2YEMA

Crystal structure of the second bromodomain of human brd4 with the inhibitor gw841819x
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
KVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Signaling protein
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Discovery and Characterization of Small Molecule Inhibitors of the Bet Family Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yemA00
4WIVA 2YELA 4FLPA 4PCEA 5D3RA 5FFYA 5D26A 3MB3A 5DYXA 4A9NA 5CQAA 4MR5A 5HQ7A 3S91A 4YADA 5DYUA 5FE0A 5DBMA 4A9FA 5EK9A 4XY8A 4YK0A 5F3AA 4C67A 5C4QA 4J3IA 4A9JA 4TT6A 4A9MA 5I1QA 2KTBB 5HRVA 5I7YA 5A5QA 5D3LA 4YH4A 3O33A 5D24A 5CQ5A 4LYSA 3MB4A 2MJVB 4NUCA 4WHWA 5HENA 4QSSA 2DVSA 4QB3A 4MEPA 4NR4A 4UIUA 5EISA 5D3HA 3QZTA 5FE8A 5I86A 4A9LA 4ALHA 2DKWA 5EP7A 5HELA 4KV1A 1JM4B 4OGJA 5EPSA 5I40A 5C89A 2OO1A 3SVHA 5ENHA 5EWCA 4F3IA 2NXBA 5CQ7A 4QR3A 4CL9A 4NR8A 4QSTA 4HBVA 5L8UA 5D25A 5ENFA 4CURA 5IGLA 5LJ0A 5DFCA 4HXOA 4LZ2A 5D3NA 4YYGA 4BW1A 5EPRA 4QZSA 4YYNA 4NRBA 4QNSA 4KCXA 4BW4A 5E0RA 4BW3A 5CZGA 5ETBA 5DW2A 1EQFA 5FE9A 5FB1A 4J1PA 4C66A 3U5PA 5LKZA 4J0RA 2R0YA 4QBMA 4AKNA 3UV4A 5HQ6A 3UVWA 4XUBA 5C87A 4TU6A 5IG6A 2GRCA 5A5RA 4NUDA 3ZYUA 2RNXA 5CQ6A 2DVVA 4IR3A 5F2PA 4X2IA 4NYWA 5HFRA 4PS5A 5FBXA 5A83A 2YW5A 4ZW1A 5FE3A 5E74A 3U5NA 4TYLA 4UIVA 5CQ8A 4QC3A 3UV5A 4ALGA 5FE2A 5I29A 3QZSA 5JWMA 3HMEA 5A5SA 3Q2EA 4IOQA 5FH7A 4O71A 5H1VA 3JVLA 4NQMA 4Z6HA 2DWWA 4XUAA 5FE4A 4TU4A 1E6IA 4UYFA 4J0SA 5ENGA 5F1HA 5E9MA 5FE5A 2R0VA 4N3WA 4HXLA 3O37A 4CUQA 2L5EA 5LKXA 4BW2A 5L97A 4ZC9A 4CLBA 4Z1SA 3QZVA 5ENBA 4QEUA 4UYGA 4UYHA 4NRCA 4QSRA 5CTLA 4N4IA 4QR4A 4TTEA 4LRGA 5J0DA 5F1LA 2E7NA 4IR6A 5EWWA 4O7FA 4HBYA 4IR5A 5A7CA 5CQTA 5F61A 4KV4A 4IR4A 4BJXA 5HRWA 5ACYA 5D0CA 4N4HA 3P1CA 4QYDA 5E3GA 3SVGA 5BT4A 2F6JA 5CUCA 5CU8A 5DW1A 5DYAA 5E7DA 5EV9A 5HRXA 4TQNA 5IGMA 4LYWA 4LDFA 4LZRA 5COIA 5F25A 4YYDA 3ONIA 5AMEA 5HCLA 5II1A 4QEWA 5AD2A 4YYHA 5L8TA 4PCIA 4O7AA 4QSUA 5LVQA 4MR4A 5EVAA 5HFQA 3MQMA 5FB0A 5DKDA 4UYEA 3U5JA 5H85A 4CUSA 5DY7A 5IGNA 5KO4A 5E9LA 5CP5A 4E96A 5L98A 3AADA 5E3DA 5I83A 4ZQLA 4TS8A 2FSAA 3HMFA 4PKLA 5FH8A 3JVKA 2L85A 2E3KA 3UVDA 2F6NA 3LQIA 2I7KA 4MEQA 4Z93A 3RCWA 4O77A 4QSXA 3O36A 3JVMA 2YEKA 5ETDA 5KTXA 5DX4A 4NR5A 5KTWA 4TT2A 5F60A 4YC9A 2R0SA 5EU1A 4NS5A 4NR9A 4OUFA 2R10A 3DWYA 5FFVA 4QSWA 5BT3A 5KTUA 5LJ1A 4LC2A 2RNYA 5I88A 4YY4A 3LJWA 5LVRA 5EICA 3UW9A 5E9VA 3P1DA 2DATA 5FE6A 2LSPB 5DLXA 4HXRA 4YH3A 2RFJA 4QSQA 5AD3A 4O74A 5CS8A 5A81A 3S92A 4LR6A 5EWVA 1WUGA 4QC1A 5FDZA 5D7XA 5I7XA 5E73A 5ENEA 4A9OA 4MR3A 5H1UA 4MENA 5CUGA 5E9YA 5EPBA 4O78A 3UVYA 4BHWA 2RI7A 5EGUA 5A5OA 4QYLA 4CUUA 3U5MA 3P1EA 2DVQA 2D82A 3P1FA 4HXMA 5A5NA 4HBWA 2WP1A 5D3SA 4YATA 5HJCA 4XYAA 3JVJA 2I8NA 4Q0NA 5CUBA 5FE1A 5A82A 5HQ5A 3AQAA 5LJ2A 4LZSA 4HXNA 4Y03A 4MEOA 5EWDA 4HBXA 2YYNA 5G4RA 4HXSA 3MULA 3O35A 5A85A 4O76A 4O72A 4QSVA 5CRMA 4QY4A 2OSSA 5C8GA 5CUEA 5II2A 2RO1A 4QR5A 5CUAA 4NUEA 2L84A 3MUKA 3G0LA 3SVFA 5HEMA 3U5OA 1N72A 4DONA 5LKTA 4CUTA 3NXBA 2RS9B 5G4SA 5FH6A 2YEMA 3I3JA 4GPJA 4YYMA 4YBSA 2D9EA 5DKHA 4IOOA 4MR6A 5E9KA 5ENCA 5LKUA 4Z6IA 4HXPA 2YDWA 5I89A 4N4FA 5DFBA 5F36A 4Z1QA 3HMHA 4YBTA 1WUMA 5L96A 4QEVA 4UITA 4UIWA 3MXFA 4NQNA 2YQDA 3G0JA 5ENIA 4YYJA 5EQ1A 5DKCA 4YABA 2RNWA 5D3PA 4NYXA 5I80A 3K2JA 3LQHA 3O34A 4NXJA 5DFDA 5CPEA 3U5LA 4TZ2A 3UV2A 5IIDA 5DYCA 5FG5A 4IORA 4A9KA 4YYIA 5HM0A 4O75A 2WP2A 3P5OA 5IBNA 2N9GA 5LUUA 1ZS5A 5EM3A 5F63A 4CFLA 5FFWA 4TT4A 3LQJA 4QSPA 2G4AA 5AMFA 2H60A 4TZ8A 5TCMA 5CY9A 4LYIA 4A9HA 5EI4A 5BT5A 4O7CA 5CQ3A 5F62A 4A9EA 4N4GA 4UIYA 5C85A 5ENJA 4A9IA 4UYFB 4UIXA 4YAXA 1JSPB 4HXKA 3GG3A 1F68A 4NYVA 4YYKA 5FE7A 5CUDA 4XY9A 5F5ZA 3TLPA 5H1TA 5FG6A 5FG4A 5KU3A 3D7CA 4PTBA 5D3JA 4WHUA 5EA1A 5CQ4A 4PY6A 4Q0OA 5CRZA 4UIZA 2DVRA 5KHMA 3UVXA 3LXJA 4NR7A 5K29A 4QUTA 5CFWA 5EWHA 2E7OA 3Q2FA 4YBMA 5C7NA 5L99A 4RVRA 4O7EA 2OUOA 1X0JA 5CGPA 5DLZA 5TB6A 4YY6A 5D3TA 4CFKA 4NR6A 4NRAA 5E9IA 4QUUA 4O70A 4CUPA 3IU5A 3U5KA 5HLSA 5A5PA 5JI8A 3IU6A 4OGIA 4O7BA 5IGKA 3DAIA 3FKMX 4UYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WIVA 2YELA 4FLPA 4PCEA 5D3RA 5FFYA 5D26A 3MB3A 5DYXA 4A9NA 5CQAA 4MR5A 5HQ7A 3S91A 4YADA 5DYUA 5FE0A 5DBMA 4A9FA 5EK9A 4XY8A 4YK0A 5F3AA 4C67A 5C4QA 4J3IA 4A9JA 4TT6A 4A9MA 5I1QA 2KTBB 5HRVA 5I7YA 5A5QA 5D3LA 4YH4A 3O33A 5D24A 5CQ5A 4LYSA 3MB4A 2MJVB 4NUCA 4WHWA 5HENA 4QSSA 2DVSA 4QB3A 4MEPA 4NR4A 4UIUA 5EISA 5D3HA 3QZTA 5FE8A 5I86A 4A9LA 4ALHA 2DKWA 5EP7A 5HELA 4KV1A 1JM4B 4OGJA 5EPSA 5I40A 5C89A 2OO1A 3SVHA 5ENHA 5EWCA 4F3IA 2NXBA 5CQ7A 4QR3A 4CL9A 4NR8A 4QSTA 4HBVA 5L8UA 5D25A 5ENFA 4CURA 5IGLA 5LJ0A 5DFCA 4HXOA 4LZ2A 5D3NA 4YYGA 4BW1A 5EPRA 4QZSA 4YYNA 4NRBA 4QNSA 4KCXA 4BW4A 5E0RA 4BW3A 5CZGA 5ETBA 5DW2A 1EQFA 5FE9A 5FB1A 4J1PA 4C66A 3U5PA 5LKZA 3D1DA 4J0RA 2R0YA 4QBMA 4AKNA 3UV4A 5HQ6A 3UVWA 4XUBA 5C87A 4TU6A 5IG6A 2GRCA 5A5RA 4NUDA 3ZYUA 2RNXA 5CQ6A 2DVVA 4IR3A 5F2PA 4X2IA 4NYWA 5HFRA 4PS5A 5FBXA 5A83A 2YW5A 4ZW1A 5FE3A 5E74A 3U5NA 4TYLA 4UIVA 5CQ8A 4QC3A 3UV5A 4ALGA 5FE2A 5I29A 3QZSA 5JWMA 3HMEA 5A5SA 3VKHA 3Q2EA 4IOQA 5FH7A 4O71A 5H1VA 3JVLA 4NQMA 4Z6HA 2DWWA 4XUAA 5FE4A 4TU4A 1E6IA 4UYFA 4J0SA 5ENGA 5F1HA 5E9MA 5FE5A 2R0VA 4N3WA 4HXLA 3O37A 4CUQA 2L5EA 5LKXA 4BW2A 5L97A 4ZC9A 4CLBA 4Z1SA 3QZVA 5ENBA 4QEUA 4UYGA 4UYHA 4NRCA 4QSRA 5CTLA 4N4IA 4QR4A 4TTEA 4LRGA 5J0DA 5F1LA 2E7NA 4IR6A 5EWWA 4O7FA 4HBYA 4IR5A 5A7CA 5CQTA 5F61A 4KV4A 4IR4A 4BJXA 5HRWA 5ACYA 5D0CA 4N4HA 3P1CA 4QYDA 5E3GA 3SVGA 5BT4A 2F6JA 5CUCA 5CU8A 5DW1A 5DYAA 5E7DA 5EV9A 5HRXA 4TQNA 5IGMA 4LYWA 4LDFA 4LZRA 5COIA 5F25A 4YYDA 3ONIA 5AMEA 5HCLA 5II1A 4QEWA 5AD2A 4YYHA 5L8TA 4PCIA 4O7AA 4QSUA 5LVQA 4MR4A 5EVAA 5HFQA 3MQMA 5FB0A 5DKDA 4UYEA 4AKIA 3U5JA 5H85A 4CUSA 5DY7A 5IGNA 5KO4A 5E9LA 5CP5A 4E96A 5L98A 3AADA 5E3DA 5I83A 4ZQLA 4AKGA 4TS8A 2FSAA 3HMFA 4PKLA 5FH8A 3JVKA 2L85A 2E3KA 3UVDA 2F6NA 3LQIA 2I7KA 4MEQA 4Z93A 3RCWA 4O77A 4QSXA 3O36A 3JVMA 2YEKA 5ETDA 5KTXA 5DX4A 4NR5A 5KTWA 4TT2A 5F60A 4YC9A 2R0SA 5EU1A 4NS5A 4NR9A 4OUFA 2R10A 3DWYA 5FFVA 4QSWA 5BT3A 5KTUA 5LJ1A 4LC2A 2RNYA 5I88A 4YY4A 3LJWA 5LVRA 5EICA 3UW9A 5E9VA 3P1DA 2DATA 5FE6A 2LSPB 5DLXA 4HXRA 4YH3A 2RFJA 4QSQA 5AD3A 4O74A 5CS8A 5A81A 3S92A 4LR6A 5EWVA 1WUGA 4QC1A 5FDZA 5D7XA 5I7XA 5E73A 5ENEA 4AKHA 4A9OA 4MR3A 5H1UA 4MENA 5CUGA 5E9YA 5EPBA 4O78A 3UVYA 4BHWA 2RI7A 5EGUA 5A5OA 4QYLA 4CUUA 3U5MA 3P1EA 2DVQA 2D82A 3P1FA 4HXMA 5A5NA 3D1BA 4HBWA 4AI6A 2WP1A 5D3SA 4YATA 5HJCA 4XYAA 3JVJA 2I8NA 4Q0NA 5CUBA 5FE1A 5A82A 5HQ5A 3AQAA 5LJ2A 4LZSA 4HXNA 4Y03A 4MEOA 5EWDA 4HBXA 2YYNA 1ZKRA 5G4RA 4HXSA 3MULA 3O35A 5A85A 4O76A 4O72A 4QSVA 5CRMA 4QY4A 2OSSA 5C8GA 5CUEA 5II2A 2RO1A 4QR5A 5CUAA 4NUEA 2L84A 3ERRA 3MUKA 3G0LA 3SVFA 5HEMA 3U5OA 1N72A 4DONA 5LKTA 4CUTA 3NXBA 2RS9B 5G4SA 5FH6A 2YEMA 3I3JA 4GPJA 4YYMA 1PUOA 4YBSA 2D9EA 5DKHA 4IOOA 4MR6A 5E9KA 5ENCA 5LKUA 4Z6IA 4HXPA 2YDWA 5I89A 4N4FA 5DFBA 5F36A 4Z1QA 3HMHA 4YBTA 1WUMA 5L96A 4QEVA 4UITA 4UIWA 3MXFA 4NQNA 2YQDA 3G0JA 5ENIA 4YYJA 5EQ1A 5DKCA 4YABA 2RNWA 5D3PA 4NYXA 5I80A 3K2JA 3LQHA 3O34A 4NXJA 5DFDA 5CPEA 3U5LA 4TZ2A 3UV2A 3VKGA 5IIDA 5DYCA 5FG5A 4IORA 4A9KA 4YYIA 5HM0A 4O75A 2WP2A 3P5OA 5IBNA 2N9GA 5LUUA 1ZS5A 5EM3A 5F63A 4CFLA 5FFWA 4TT4A 3LQJA 4QSPA 2G4AA 5AMFA 2H60A 4TZ8A 5TCMA 5CY9A 4LYIA 4A9HA 5EI4A 5BT5A 4O7CA 5CQ3A 5F62A 4A9EA 4N4GA 4UIYA 5C85A 5ENJA 4A9IA 4UYFB 4UIXA 4YAXA 1JSPB 4HXKA 3GG3A 1F68A 4NYVA 4YYKA 5FE7A 5CUDA 4XY9A 5F5ZA 3TLPA 5H1TA 5FG6A 5FG4A 5KU3A 3D7CA 4PTBA 5D3JA 4WHUA 5EA1A 5CQ4A 4PY6A 4Q0OA 5CRZA 4UIZA 2DVRA 5KHMA 3UVXA 3LXJA 4NR7A 5K29A 4QUTA 5CFWA 5EWHA 2E7OA 3Q2FA 4YBMA 5C7NA 5L99A 4RVRA 4O7EA 2OUOA 1X0JA 5CGPA 2EJNA 5DLZA 5TB6A 4YY6A 5D3TA 4CFKA 4NR6A 4NRAA 5E9IA 4QUUA 4O70A 4CUPA 3IU5A 3U5KA 5HLSA 5A5PA 5JI8A 3IU6A 4OGIA 4O7BA 5IGKA 3DAIA 3FKMX 4UYDA
chains in the Genus database with same CATH topology
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