The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
241
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sequence length |
768
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structure length |
761
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Chain Sequence |
DIFNSPQNKASILTALMEDVLIPKRFRPAKDPLDSPQAAAQFLKDNKYRILRPRAIPTMVELETDAALPRLRQMVEDGKLKDTVSVPEGTTAFYPKYYPFHKPDHDEVGTFGAPDITLLKQLTFFLLENDFPTGPETLRQVREAIATLQYGSGSYSGQLNRLLAMKGVATGRNPNKTPKTVGYTNEQLAKLLEQTLPINTPKHEDPDLRWAPSWLINYTGDLSTDKSYLPHVTIKSSAGLPYIGKTKGDTTAEALVLADSFIRDLGRAATSADPEAGVKKTITDFWYLSCGLLFPKGERYTQVDWDKKTRNIWSAPYPTHLLLSMVSTPVMNESKLNITNTQTPSLYGFSPFHGGMDRIMTIIRDSLDNDEDLVMIYADNIYILQDNTWYSIDLEKGEANCTPQHMQAMMYYLLTRGWTNEDGSPRYNPTWATFAMNVAPSMVVDSSCLLMNLQLKTYGQGSGNAFTFLNNHLMSTIVVAEWVKAGKPNPMTKEFMDLEEKTGINFKIERELKNLRETIVEAVETAPQDGYLADGSDLPPIRPGKAVELDLLGWSAIYSRQMEMFVPVLENERLIASAAYPKGLENKALARKPGAEIAYQIVRYEAIRLVGGWNNPLLETAAKHMSLDKRKRLEVKGIDVTGFLDDWNNMSEFGGDLEGITLSEPLTNQTLVDINTPLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
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| publication title |
The N-Terminus of the RNA Polymerase from Infectious Pancreatic Necrosis Virus is the Determinant of Genome Attachment.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Infectious pancreatic necrosis virus
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| total genus |
241
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| structure length |
761
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| sequence length |
768
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2011-05-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Infectious bursal virus vp1 polymerase fold | Infectious bursal virus vp1 polymerase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O9H A; 2YI8 A; 2E3C A; 4TQD A; 2JVD A; 2ZIN A; 3VQW A; 2YIB D; 2Q7G A; 5K1X A; 4CS4 A; 4ZIB A; 4CS2 A; 2ZNI A; 2ZNJ A; 4BWA A; 2YI9 A; 2ZCE A; 3VQY A; 4CS3 A; 2R72 A; 1O9G A; 5K1P A; 2Q7H A; 4Q6G A; 4CH5 A; 2R70 A; 2PGG A; 2ZIM A; 2QJ1 A; 2YIA A; 2YIB A; 4CH3 A; 3ZED A; 2PUS A; 4BW9 A; 3DSQ A; 2Q7E A; 2ZIO A; 4CH6 A; 4TQF A; 2HEP A; 3BHP A; 3QTC A; 3VQX A; 2RJZ A; 1G6U A; 3VQV A; 4CH4 A; 2RQ6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BR8 B; 2V4D A; 3JAS A; 2UU9 B; 1MZE A; 2F4V O; 4CS4 A; 2DWD C; 1NVP B; 3ZHT A; 3CCE V; 2YI9 A; 1S72 V; 2DMX A; 5FNV B; 2JGU A; 4FMT A; 3FB6 C; 4NTW A; 4FLY A; 2HVJ C; 3I55 V; 2F23 A; 3D3Q A; 3ETG A; 2B1I A; 3SYQ A; 3T1H O; 3L73 H; 1QLE B; 2WLL B; 3K5L A; 3EXA A; 3HKC B; 4HYO A; 3K06 A; 4ICG A; 2P6J A; 2WLI A; 4JI4 B; 4X1I A; 1GH6 A; 1FS0 G; 1B06 A; 1NKD A; 2YI8 A; 1XMO B; 4TWK A; 4ZI7 B; 4W4K A; 3RYH A; 1AI7 A; 2Q6A A; 3ABM B; 2MK3 A; 2VQF O; 4UCS A; 2Z3Y A; 3RW0 A; 1IBL O; 3OM3 B; 4O4L B; 1SZT A; 5IYD O; 3RYC A; 2XAJ A; 2DOS A; 3K9S A; 1H38 A; 3MHS C; 3HR0 A; 5DED A; 2ZKO A; 3J80 N; 3M8A A; 5GON B; 2UUA B; 4X65 O; 1YSC A; 1W59 A; 2FTK A; 1K34 A; 2F43 G; 4WFA V; 1GN2 A; 4UV9 A; 2XHB A; 1EFR G; 3U10 A; 4XBF A; 2QM4 A; 5B1B C; 1PP9 H; 1ENV A; 1XQ8 A; 5BR8 O; 1QBZ A; 3N2K B; 2IJH A; 5C8Y B; 2IM9 A; 3TK1 A; 2UU9 O; 5CBG A; 2Q69 A; 1NVP D; 3WG7 C; 3AG2 B; 3L9D A; 2HJD A; 1KP2 A; 1ARO P; 1U96 A; 2VQE O; 2X0L A; 3G80 A; 5A2Q N; 2FB5 A; 2PF4 E; 2QKA A; 4P9O A; 1N32 B; 2X6B A; 2JEX A; 2ZE7 A; 1BE3 H; 4LF6 B; 2V1D A; 1L0L H; 4GUN A; 3ABL B; 2YID A; 5KX5 A; 3MDS A; 2JJ1 G; 3A0B Z; 4CH4 A; 2AZ2 A; 2F93 B; 1OJH A; 2M7W A; 4R50 A; 2BE3 A; 5J2T B; 3ZRX A; 1IDS A; 4JI4 O; 3JAL A; 4R8C A; 3TXS A; 3JCU Z; 4GKK B; 1R6K A; 2K9P A; 4DV0 B; 1I5Y A; 3TET A; 3PJS K; 4O4I A; 2VWJ A; 4JYC A; 1AI4 A; 3P3N A; 4J7J A; 3VQV A; 2YS8 A; 1XMO O; 3K3W A; 3K79 A; 4IIJ A; 1JMK C; 2CK3 G; 1JOY A; 1F4M A; 4D6T H; 1BHA A; 2VRZ A; 2OYQ A; 5LA6 B; 4NYK A; 4C7U A; 1XNR B; 1QLN A; 1N36 O; 1Y74 B; 4PA7 A; 5H2F Z; 3IJ4 A; 4FLX A; 4I9W A; 2QWP B; 4JI1 O; 1PNM A; 5LBQ A; 3AG7 A; 3OW2 U; 1FD9 A; 1M9N A; 2EIJ C; 4FPP A; 1OCO C; 2A3Q A; 4DR3 B; 2ZNI A; 1BHB A; 4CS3 A; 5DEC A; 3N2G B; 4J42 A; 1B3Q A; 3OR6 C; 1H2K A; 1TA8 A; 4ZKI A; 2VS0 A; 3QNE A; 2YIB A; 3CX5 F; 1RSO A; 3RVY A; 2PI5 A; 4PD4 F; 2E3C A; 4K0K O; 3W7T A; 1MNG A; 4DRX A; 2OT5 A; 4LF9 O; 1JFF B; 3ZHS A; 3ZMT A; 3APO A; 2ODM A; 3UO3 A; 4I5S A; 4FVM A; 3S3X A; 2H8P C; 1MAB G; 2LGQ A; 3J81 N; 2CE4 A; 3VOU A; 5TIS Z; 4CH3 A; 1LNQ A; 3FKS G; 2ATK C; 5LP6 B; 4RUE A; 1TUB A; 3E8H A; 1H2S B; 1GO3 F; 3E8B A; 1Y66 A; 5CA3 A; 5KAI Z; 4DK1 A; 2F1M A; 4CC5 A; 1SA0 B; 2KG7 B; 3FB5 C; 4GKK O; 2ZDI C; 1UPG A; 5IYZ B; 4XDK A; 1Y67 A; 3G6B A; 4OXS A; 1N0N A; 3BCC H; 3JSL A; 4JZ2 A; 4YJ3 B; 2QWR B; 1NZ6 A; 3ICX A; 4TQD A; 2EUL A; 2YC0 A; 2AHZ A; 4HZ3 A; 1KKD A; 1K4D C; 1AP5 A; 1PNL A; 3CYO A; 1O9G A; 2E75 B; 1YJN V; 1TGO A; 1XNR O; 1M90 W; 4LF7 B; 1QR9 A; 3H1L H; 1VQ8 V; 1HNX O; 1YVW A; 4YIP A; 2ZE6 A; 4Z2W A; 5H9C A; 5JJJ B; 2B9Z A; 2EJ7 A; 4UVA A; 2EIM B; 4K35 A; 5CA1 B; 1OCC B; 1JCH A; 3B40 A; 2F66 C; 1WB8 A; 4DR2 O; 3ABT A; 1HNZ B; 4IHJ A; 2WSS G; 4I4T A; 4B08 A; 3OMA B; 2UXN A; 5LHH A; 4U3F H; 1M5I A; 3JD4 A; 4Q6G A; 5CB4 A; 3O9O A; 2PGG A; 1AR4 A; 5DN6 G; 3A0R A; 5CA0 B; 1HR0 B; 5C93 A; 1M56 C; 1DLB A; 1AR5 A; 2P06 A; 4JYA B; 1N4C A; 3SDL A; 1B6Q A; 4JZG A; 1G8M A; 3EFF K; 1K5Q A; 2EIL C; 3Q4H B; 3H1J H; 3DXR A; 2ZXW B; 3RYI A; 1P7B A; 1YIT V; 2E5L O; 1LUW A; 5D5Q A; 1V55 B; 3K08 A; 4GX5 A; 1MA1 A; 4J10 A; 4DUY B; 3RBZ A; 1R3L C; 4WFB V; 2YSU B; 4XDJ A; 4JI5 B; 4F4L A; 1Y76 B; 5LYJ A; 3HKE A; 4DUZ B; 4L8J A; 4LF4 B; 3JYC A; 1PL4 A; 3CCR V; 2C2A A; 4NKG B; 4LF7 O; 4LCU C; 3FAV B; 1JA8 A; 3H1K H; 2YEV A; 5LOV B; 3ZHU A; 3ZED A; 2WLM A; 1J5E B; 2Z0A A; 1RM1 B; 5GTI Z; 4WBN B; 3PN1 A; 5EIB D; 4WF9 V; 5LGU A; 4U3J B; 2IH1 C; 4JI7 B; 1AVM A; 3HKD A; 4GKJ B; 3L74 H; 3ZRW B; 1CPY A; 4I50 A; 2WA3 A; 4HNA A; 3JAK A; 2GSM B; 3FYE B; 2JGD A; 1FFX A; 3ABU A; 1HP8 A; 4JAS A; 2ZDI A; 1OCZ C; 4X66 B; 4H13 B; 1GN6 A; 3JD0 A; 4UCR A; 4TV8 A; 5IE9 A; 4YHH B; 4MW8 A; 1OCR C; 4JYY A; 1HNZ O; 2P5O A; 3OEH G; 3EVK A; 3BAA A; 2EZO A; 4NR1 A; 5L3E A; 1I08 A; 4AI8 A; 2GTS A; 4B7K A; 2P90 A; 4J41 A; 3T4Z A; 1PL0 A; 3CRM A; 1HR0 O; 4IYH A; 3K9A A; 1FPO A; 4F6R B; 1AI5 A; 3VBB A; 4JYA O; 2QE7 G; 1E1R G; 3OUS A; 1XBL A; 3CCU V; 4PA3 A; 4RO2 A; 5JJE B; 3OMN B; 3E83 A; 1M4U A; 1GKF A; 4PA9 A; 1NR7 A; 3ZMU A; 5EBL C; 4DUY O; 3GWO A; 4JI5 O; 1G6U A; 1LUV A; 1YHQ V; 4B3T B; 5GW7 A; 4LF4 O; 1XNQ O; 1GM9 A; 5IWA B; 1SQG A; 4PEL A; 2P67 A; 3G6E V; 4O2B A; 1YDX A; 1M93 A; 4LWS A; 2ETN A; 4B3S B; 4DR6 B; 2H94 A; 4I0X A; 3ZBH A; 3E22 B; 1FXK A; 4LFA O; 4G2K A; 2HG5 C; 3AK3 A; 4JI6 B; 3A8T A; 4LR3 A; 3F5T A; 3SJA C; 4JI7 O; 4IYI A; 4DV1 O; 4BAY A; 4N21 A; 3IFX A; 4GKJ O; 1SS3 A; 5CBH A; 1GMG A; 1YXB A; 1V54 C; 3TJT A; 3ASN C; 4RUF A; 1WP8 A; 4X66 O; 4FLT A; 2LQT A; 3OTO B; 1R6T A; 2M6Y A; 4YHH O; 2LGW A; 4X1K B; 4JPR A; 3FFQ A; 4MVM A; 4AQY B; 3A0H Z; 1VQ6 V; 4UFZ A; 2Y4U A; 4LH7 A; 4LF5 B; 3AG2 C; 1DF4 A; 2E76 B; 2ZNJ A; 5EYP B; 5BMV A; 1K3E A; 5IT9 N; 4JGS A; 1R3I C; 4X9Q A; 2IH3 C; 5LHG A; 3DSQ A; 3JAS B; 3VQX A; 1P7G A; 1H2G A; 4WFF A; 1SRY A; 4MVS A; 4KL1 A; 3JSN A; 4E4E A; 2E74 B; 4DV2 B; 1Z5W A; 1GK9 A; 2Q5Z A; 3ZMS A; 3WB1 A; 3QF7 A; 3CP1 A; 2HVK C; 1WB7 A; 3L72 H; 3LNM B; 2B1G A; 4B7E A; 5JH7 B; 1XI1 A; 1NTK H; 3NR7 A; 4LFB O; 5IWA O; 4O2A B; 5LMU O; 5LXT A; 1WAZ A; 1XRE A; 2ZT9 B; 4K8Z A; 4P9P A; 4X1Y A; 4JV5 O; 1MSW D; 1KMI Z; 2BTQ B; 2QM8 A; 4NTX A; 2BOC C; 1NTM H; 2CTW A; 3LDE A; 3P3P A; 1PNK A; 1NT2 B; 4X1I B; 1VQK V; 5KHG A; 4NB5 A; 1I94 B; 1Z5V A; 3DC6 A; 4J9Y B; 5HFL A; 4K8X A; 4LFC B; 5GTH Z; 1YCI A; 1KQS U; 5IJ9 A; 2JEU A; 1YI2 V; 1S3J A; 2P7T C; 1O9H A; 1M57 B; 2RCV A; 1U97 A; 1BS3 A; 1Q5O A; 1ZL8 A; 5IDJ A; 2R72 A; 3HKC A; 2FKX A; 3UKM A; 4DV3 O; 3AG4 C; 4TUY A; 4R6Z A; 4OGQ B; 3MAQ A; 4PJ0 Z; 3T1Y B; 3BHP A; 3OFN G; 2JJ2 G; 3CXC U; 1UJW B; 5KA5 A; 3VQW A; 1Q6U A; 1AJQ A; 1GTO A; 2XAG A; 2QSA A; 4DV6 B; 4ZI7 A; 3L75 H; 1VQP V; 3AG3 C; 3C90 A; 3JAR B; 4FM0 A; 4GX0 A; 3K5N A; 2GTA A; 2ZIO A; 2YIC A; 4NXM O; 4PHZ A; 3HKB A; 1QVF U; 5CN0 A; 1IXM A; 4O4H B; 4AHC A; 4YIO A; 3CXH F; 3QG5 A; 3CRR A; 1NU1 H; 1AI6 A; 3HPL C; 1QNM A; 4GZR B; 2V7Q G; 4QPK A; 3QO5 A; 5KX5 B; 5GON A; 1DF5 A; 4JI3 B; 1EN4 A; 2QA4 V; 2PZS A; 5JJN B; 5FPO A; 4DW1 A; 1MMM A; 1XL6 A; 2XAQ A; 2LJ2 A; 3CE2 A; 3JAL B; 1SZX A; 4LH6 A; 1VQM V; 1I94 O; 5JVD A; 3B2E E; 5KHH A; 2EIK C; 4X89 A; 1Q43 A; 5L3B A; 4LFC O; 1BSM A; 2DYR B; 3RYF B; 1K4C C; 2Q8V A; 3E35 A; 4DR1 B; 2HLD G; 2OCC C; 3IAY A; 4X62 B; 1AJN A; 3TCU A; 1BT8 A; 1AR1 B; 4GX1 A; 4I55 A; 4Q20 A; 1E1Q G; 3OAA G; 3F7V C; 3W7W A; 4FZ1 A; 4FLV A; 4UVB A; 1QR8 A; 2PYJ A; 5J2T A; 4J9Z B; 2LO1 A; 3ETE A; 5B1A C; 3THO A; 1Q8I A; 1H2N A; 1K73 W; 2BOB C; 1RFY A; 3STL C; 2ZIN A; 4ZBM A; 4MVR A; 4DV6 O; 3ETD A; 5IY5 C; 2NLJ C; 1XHZ A; 1GM7 A; 2UUA O; 2OTL V; 2OCH A; 1E79 G; 2NN4 A; 1SQX H; 5L3C A; 4LF8 B; 1URF A; 4ASU G; 3HB3 B; 5FPR A; 1K97 A; 3FB7 C; 4HBN A; 3SPC A; 4OX9 B; 3BRC A; 1Z2G A; 3MHH C; 4TQF A; 2W0X A; 1XHX A; 4PDV A; 1SQQ H; 4J80 A; 3LSQ A; 4R7C A; 1NBM G; 1HNW B; 3I56 V; 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