2YJFA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
371
structure length
352
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVKDSYVGDEAQSKRKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Motor protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 111
structure length 352
sequence length 371
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjfA03
4CZEA 3H45C 2V7YA 1S3XA 5AQMA 3CERA 4IJNA 4WQ5A 4NB4A 5F1XA 3A0IX 4A61A 3ENOA 3EN9A 1BWFO 3GL1A 2AA4A 3LM2A 3VENA 1NMDA 4H0XB 5AQZA 4WQ4A 3A5OC 3EL2A 3MN6A 5CE3A 3DJCA 2P9LB 4BC4A 4AM7A 2ITMA 3UKUA 1X3MA 3M6GA 4YDUA 4JD2B 3ZX3A 4H0VB 4B9QA 2QWLA 1QQMA 2QW9A 3QMLA 2HOEA 5AQRA 3UE5A 3WXKA 3VGLA 5F2RA 1LCUA 3P4IA 3DXKA 1K8KB 3G25A 1QQOA 2ASOA 3FZKA 5E84A 4DB3A 4BQZA 4BC5A 4BVPA 1BA0A 3A5NC 4BR4A 2CH5A 3WUHA 4I6MA 2P9SB 4IXCA 4IWVA 1Y64A 1HLUA 3AAPA 5KQ8A 2BTFA 2P9NB 4B1WB 3CJ9A 3UKRB 5AQIA 1MA9B 4B1ZA 4BREA 2NRHA 1GLFO 3I33A 3ZETA 3GE1A 2GELA 3U4LA 4RTFD 5BN8A 2Q97A 2V7ZA 4M7XA 2FF3B 1MWMA 2IVOA 3MK6A 2D1KA 4LC9B 2FSJA 5AZJA 5B8HA 5KQDA 3UKRA 3O5BA 2V51B 3VEZA 5E26A 2FXUA 3VETA 3O08A 4RCHA 5FPEA 1V4SA 3H1QA 1P8ZA 1T6DA 3DWLA 5FPNA 4BR9A 3KVGA 2IVPA 3EZWA 4XH4A 5KPRA 1BUPA 2QWRA 5FPMA 2F9WA 3SLCA 1NM1A 1E4FT 4CZFA 3C7NB 3C0BA 2A3ZA 4BRMA 3CJ7A 3VEXA 4FOEA 4BRQA 2E1ZA 1DEJA 3WEEA 4JAXA 4CBXA 4J8FA 3IDHA 1NGFA 4JHDA 1Z05A 5EOYA 3BUZB 3WT0A 4BGBA 2D0PA 2GEMA 5AQJA 1NLVA 3CI5A 2CGLA 3FR0A 5AQTA 3ULEA 3U9ZA 3QICA 4FWNA 4H5WA 4PKGA 1HKGA 3QFPA 4EAHD 2I7NA 5KPTA 5JMVA 4FWSA 4DCHA 3RSEA 3F9MA 4BR5A 1Z6RA 3A5MC 1NGBA 4DQ8A 5AFUH 2VWBA 3WXIA 5KPZA 2NZTA 1YUWA 5I9EB 1ZC6A 3R8EA 4F9OA 2QWNA 2HF4A 2A41A 5AQPA 3D2FB 3FZMA 3VF2A 2P9IA 1NGAA 4BVOA 1QZ6A 2YJFA 3GG4A 2HMPA 3S41A 2QWOA 1G99A 5AQHA 1KAXA 4KBOA 2PAVA 1GLDG 2QWPA 5BRDA 3OHRA 1U2VA 3IMXA 4FWMA 4FSVA 3CJAA 4QS8A 4CJ7A 2EWSA 1GLBG 2FLOA 4XH1A 1GLAG 2P9UB 3ZEUA 4CZLA 3HSCA 1IJJA 4H5TA 3FGUA 1QQNA 3L6QA 1NGGA 5EVZA 1T44A 1NBWA 1ZBSA 1YXQA 1H1VA 2AP1A 3D2EB 5ELZA 1ATSA 1SQKA 3VERA 5BRFA 1ATRA 2E2OA 2GUPA 4BRFA 3CETA 3BP8A 3WXJA 3H1VX 4RWTA 4MLHA 2WUSA 1SZ2A 3VPZA 5BPNA 1MWKA 4CZIA 1HX1A 2PBDA 3ID8A 3U9DA 5AQQA 1WOQA 4FL9A 2P9LA 2UYTA 3BEXA 5AQKA 3O80A 5AQNA 3ZX0A 3HI0A 4JD2A 3HTVA 3ENHA 4NO7A 4C23A 5AQYA 2E2PA 4FWPA 2KHOA 3LL3A 3BF3A 1GLJO 4BRHA 1K8KA 2FSNA 4K25A 4Y0WA 2A42A 3VEWA 3JS6A 2D0OA 3DXMB 2ASPA 3GOIA 3L4IA 3SJHA 2P9SA 3LDPA 5AR0A 3VGMA 2QWMA 2ZF5O 2YHWA 5AQOA 2P9NA 2P9KB 4ISEA 5AQSA 5BREA 3SMSA 5JLHA 5AQGA 3UB5A 1XUPO 4FWLA 3J8AA 4JN4A 1JCGA 4CD3A 3FZHA 3O8MA 4MO5A 5AZIB 2P9PB 1XC3A 3VEYA 2E20A 3LDNA 3MN9A 3CJCA 2YHYA 2ZWHA 3ATUA 1WUAA 1NGHA 2P9KA 5AFUA 2CGKA 2F9TA 3ATVA 3B8AX 4WQ5C 4XEIA 4CZKA 2ZGZA 1XQSC 2FF6A 1BU6O 3WQTA 3SMPA 2IIRA 1RGIA 3QDKA 4WQ4C 3EO3A 4H0PA 4CBWA 2BUPA 1QZ5A 3AARA 2YCHA 3C7NA 2ZGYA 1U6ZA 4YDUC 5BPLA 1D4XA 4MO4A 4BQLA 1BOTO 5AQWA 2CGJA 2Q36A 3MN7A 2A6AA 5EXWA 3R6MA 4K43A 2FSKA 3AY9A 2J4RA 3A8YA 4O5FA 4CZHA 5BR9A 4IO8A 2E88A 2VYPA 4H0OA 5LJVA 1HJOA 3LDLA 5JLFA 4BR2A 1TYQB 3QBWA 4E1JA 2A5XA 4HTLA 5ADXA 2Q2RA 5BN9A 3EKSA 4BC3A 2Q0RA 1ATNA 4ISFA 2IVNA 4FPBA 3CQYA 3MN5A 4FWOA 1ZXOA 2QM1A 4BG8A 5AQUA 4WYBA 3D2FA 1IG8A 2E2QA 3MMVA 3M1FA 3CIPA 4B1YB 1TUUA 3VESA 3FZLA 5ADXH 3VEVA 2W41A 4B1UB 2YHXA 4BRKA 4Z94A 1TUYA 1X3NA 3JXUA 3UKUB 4A62A 1NGCA 4FPAA 3CJBA 1GLEG 1KAZA 2HF3A 2P9UA 1EQYA 1J6ZA 4B1VA 3KHYA 1T6CA 2V52B 3EKUA 3O1BA 4IJAA 3VOVA 4O8KA 4A2BA 4BRPA 3GBTA 1Q18A 4B1XB 1YVNA 3LM9A 3DXKB 2A40A 3D2EA 4FWQA 2E2NA 1YAGA 4FO0A 4CZMA 2E1YA 2GTDA 3LDOA 5FPDA 3W0LA 4GNIA 3QFUA 3H46O 4I6MB 4CZGA 3D7EO 3FZFA 2GWKA 1BO5O 3HZ6A 3TPQA 3FFKB 1MDUB 4A2AA 3VGKA 3ZETB 4PL7A 3IUCA 3FE1A 4M7YA 1S22A 4M63C 4L3QA 4AM6A 3TU5A 3ZX2A 4QS7A 5AZJB 3CJ1A 3VF4A 1C0FA 1ESVA 3DAWA 4FWRA 4FOIA 1KAYA 3HM8A 1JCFA 3AAQA 1GLLO 4EHTA 3DXMA 2YJEA 1JCEA 1CZAN 4PKHA 5AQXA 3R9PA 4GY2B 1RFQA 4BR0A 1C0GA 3I8BA 2H3GX 4CD1A 1HKBA 2E8AA 1HUXA 2D4WA 2Q31A 4BG9A 4CBUA 3QB0A 1NGJA 3O1WA 2Q1NA 1NGEA 4H0YB 4FWKA 4PL8A 3WEEB 5LJWA 1SAZA 1NWKA 3HBTA 5AZIA 3W3DA 4ISGA 4IZ9A 2P9PA 1LOTB 4H0TB 1HPMA 4JHDB 1R59O 2W40A 4HWIA 4BRGA 4DHYA 3ULEB 3QBXA 3O4WA 5EY4A 3VF6A 4MLEA 5EX5A 4CZJA 4K41A 4BRIA 1V4TA 1GLCG 5F0XA 1RDWX 3GDQA 4EIAA 3O6WA 1BDGA 3RSEB 4XH5A 2NLXA 2DPNA 2Q0UA 3KZBA 3U8XA 3WXLA 4BROA 4EHUA 3L0QA 3BF1A 3H3NO 3M3ZA 1KXPA 2ASMA 4BRAA 2QWQA 2GWJA 2P9IB 1OKJA 2OANA 3H6EA 1X9JA 1DKGD 1DGKN 3MDQA 4H5VA 5TKYA 4CI6A 4K42A 1QHAA 4H03B 5AQVA 5LY3A 3WQUA 1NGDA 5AQFA 4JNEA 5BRHA 1TYQA 1BG3A 4BGAA 4QS9A 4BR7A 1U2VB 2YI1A 1NGIA 2VCPA 1HKCA 4BC2A 3SK3A 4BRCA 2CH6A 1E4GT 3VEOA 3CHWA 3MCPA 4BRNA 5BPMA 3CQXA 2QXLA 3ZEUB 3H3OB 1BA1A 2I7PA 4PKIA 3IFRA 3LDQA 4BRDA 4EFHA 4H5NA 4H5RA 4BRLA 5JICA 3A5LC 5AQLA 3FLCO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NUBA 2X78A 3E1YA 4OPAA 3NDKA 4NB4A 3L8BA 1D9FA 4NCGA 2KTQA 3VENA 4CGJA 1RDCA 4WQ4A 3A5OC 5J2QA 2VG7A 2B6AA 1ZYQA 2P9LB 4DR4K 2IC3A 2ITMA 1TKTA 4JD2B 4G1QA 4CHQA 3HVTA 2QWLA 1QQMA 3QMLA 4X66K 4JK8A 3ZT4A 5C15A 4CE9A 1VSDA 3K2PA 5F2RA 4WFAL 3P4IA 3NMUA 4J2BA 4A59A 1HYSA 2ASOA 4IKFA 4K8ZA 5AJ3K 4K8XA 5E84A 3OYAA 3MX5A 3WNGA 4DSFA 2HVIA 3A5NC 2CH5A 3WUHA 2QA4N 2OPQA 4KHQA 1Y64A 4KHWA 1P90A 1RTHA 5KQ8A 4JRPA 2EHGA 1HQUA 1W97L 2P9NB 3RVCA 3PIOL 2YNHA 1NKBA 1GLFO 3ZETA 3TSUA 3E9LA 4LF7K 4RTFD 4Y1CA 2G8KA 2VGMA 4K0KK 1Q9XA 4DG1A 2D1KA 1VK0A 2HB5A 2NRRA 4JKAA 4E89A 5E26A 4B9SA 4W5TA 1JL2A 3CCSN 1BIUA 3H1QA 3Q7BA 1T6DA 2HHWA 4DFPA 4XH4A 5KPRA 3OYDA 4DF8A 3KK3A 1FKOA 3SLCA 4CCHA 1E4FT 4DTMA 5JVGL 4CJKA 1VQ9N 4BRMA 2A3ZA 1ZBIA 3THWB 1Q82O 3R3LA 1RT5A 4N76A 4FOEA 1DEJA 2YKMA 3QEXA 1RT4A 4JAXA 2A1RA 3MEDA 3IDHA 1NGFA 3U6FA 1Z05A 3SUPA 3BUZB 1N33K 1XMOK 4M3WA 5AQJA 4J2AA 3QICA 3AO1A 4FWNA 4H4MA 4H5WA 4NXMK 4EAHD 3DLLL 1C0MA 5JMVA 3AVBA 2WFBA 3F9MA 5AFUH 3O3HA 3WXIA 5KGXA 1OVYA 3CFPA 2NZTA 1YUWA 3SV4A 5I9EB 1ZC6A 4JEPA 2G8WA 3HK2A 2A41A 3PX0A 4IFYA 2KKZA 4JKEA 4DQPA 1IH7A 1FJGK 3CXCM 1LWFA 3GG4A 2HMPA 3VTHA 3TABA 2QWOA 4O55A 3L2QA 2PAVA 3O3FA 1U2VA 4WE1A 4FVMA 5IT9O 1I39A 4FSVA 3VQEA 4CJ7A 1K6YA 1GLAG 3J7YP 2W00A 3HSCA 1DT9A 3FGUA 4KB0A 2Y1JA 2UXBK 5CR4A 4FJ5A 2RPIA 2VGNA 1ATSA 4IOXA 3VERA 3G4SN 1ATRA 4ZTJA 4BRFA 1O13A 1ZBFA 4CF9A 3BP8A 3H1VX 2OTLN 5H1SQ 2WUSA 3VPZA 3SZ2A 3CM5A 5AQQA 1WOQA 4FM2A 1EKEA 5AQKA 2G8VA 5CZ1A 3ENHA 4NO7A 1NK0A 2Z1JA 3LANA 4LFBK 5IWAK 1A5VA 2G8UA 4KH4A 1TL1A 5AQYA 3O4NA 3HVRA 2KHOA 3IS9A 3LL3A 2FSNA 3QLHA 4FJ8A 3ID6A 2D0OA 3AO4A 3HP6A 1DLOA 1C0TA 1JKHA 3C95A 2ASPA 4C1NK 3SJHA 2NRTA 3LDPA 3VGMA 4OO1J 3L2WA 4DV0K 4FW1A 1N32K 3THYB 2A1SA 2FBTA 4ISEA 3QEPA 5AQGA 3SCXA 1NKEA 3VQDA 3F2KA 4B9LA 1U47A 4JN4A 2YHBA 4CJPA 1JCGA 4EP5A 4MO5A 2P9PB 3LDNA 1VRTA 1EWRA 3MN9A 3CJCA 1K9MO 3ATUA 1WUAA 3QEVA 4IOCL 3RTVA 3E9OA 4WQ5C 3ATVA 1XQSC 5J2PA 3EE8A 2IIRA 4OX9K 1RGIA 3QDKA 4JLHA 3AARA 4TSXA 2YCHA 3C7NA 4KV8A 4HVJA 3SBTA 4MO4A 2CGJA 2Q36A 4MDAA 2A6AA 4OKJA 1T03A 5EXWA 4F2RA 2RHKA 3MWPA 3D0PA 2O8FB 4F2SA 2RKIA 4BR2A 3QBWA 2ZM6K 1QSYA 4KI4A 2A5XA 4B3OA 2BGGA 1SV5A 3AVLA 3EYZA 4CJLA 2ATQA 4PA1A 2Q0RA 4AF1A 4DTRA 1UA0A 2OYQA 1EO1A 4JK9A 3CPEA 1KVCA 3AO2A 3MXIA 2HMIA 4WYBA 5LL6Z 3L2UA 3VQPA 2NRWA 3MEGA 3MECA 4M3YA 3WNHA 1TUUA 3VESA 1RNHA 1L5UA 4B9UA 4Q5VA 2YHXA 4HUEA 4Z94A 1TUYA 1K73O 2ZQBA 2P5GA 4H4OA 2ZJPL 4A62A 3BGRA 3CJBA 4CJVA 3PO4A 4KKOA 4B1VA 3KHYA 1T6CA 3EKUA 2E6MA 3KK1A 1N34K 3NHGA 2A40A 1C1CA 2E2NA 4F3TA 4FO0A 3PUFA 1FW6A 5FPDA 1JLCA 2E5LK 4FZYA 3QFUA 4IBNA 1HPZA 3CD6N 3K9KA 4JI2K 5C12A 4FZZA 3NGZA 1RDBA 3LWLA 1B9DA 2RF2A 3FE1A 4M7YA 3L3UA 1S22A 4L3QA 4LSNA 3V9XA 3BZCA 3LWMA 1QHTA 3DLEA 3ZLJA 4Z4CA 1UAXA 3ZT2A 1KAYA 3HM8A 1XC9A 1JCFA 4B08A 3L2VA 5AQXA 3OS0A 4DR3K 3OBWA 3MX2A 3HPGA 4LF6K 1J9AA 5M1OA 2Z1HA 4CF0A 3PO5A 1IO2A 3OYGA 1HUXA 2HHQA 1RDUA 3OYLA 1T05A 1BHLA 3O1WA 5AZIA 1VHXA 3DI6A 2W40A 4LH5A 3LP3A 4FYDA 2FBXA 3O4WA 2GUIA 4MLEA 5EX5A 3SQ0A 4BRIA 5F0XA 1MU2A 3AVIA 3VA0A 4OGEA 4DFJA 3WNFA 2OPPA 4CEOA 3AO3A 4FJIA 2F4VK 3WXLA 3P5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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