2YLAA

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
419
structure length
416
Chain Sequence
GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDQYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPTNLSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 158
structure length 416
sequence length 419
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2ylaA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ylaA01
3W37A 3F5KA 1IZJA 3OLGA 3VGGA 4PUDA 5D8ZA 1VFUA 1HKKA 2VTFA 3N15A 4OBSA 4OKDA 4HTYA 3WNPA 4WK9A 3OA5A 5IXEA 3K4DA 4UCFA 2UY5A 5FOOA 3VVGA 3ZJ7A 3DYMA 4Z2IA 7A3HA 4PCTA 1BLIA 1OM0A 1E1FA 4LX4A 2J79A 3PZMA 4AEFA 3ZT7A 3BXWA 1PZ3A 1B3WA 2VZVA 2ZUWA 3L4TA 2QMKA 3KL5A 5DF0A 4TVCA 2XSBA 1EDQA 3BLKA 1JZ5A 4MADA 1V6YA 1KCKA 2BHYA 1B31A 4WSJA 1JXJA 1HN1A 3N12A 3VD9A 5AYIA 1ESWA 2J7GA 3O2LA 3CHEA 3W24A 5JIPA 2BHUA 4RE2A 1UWRA 2FH8A 2YIHA 1KCLA 3F4VA 4J3SA 3IJ8A 4UFJA 2Y8VA 3ZT6A 4W8BA 4CU7A 2WVSA 4J28A 5BROA 1GOIA 3BLPX 4Z2GA 4ATWA 5A3HA 1W1VA 3WUBA 5A6MA 3VNYA 2WAGA 5M5DA 2DGAA 1BAGA 1W9PA 2FHFA 1JD7A 1GHRA 1WO2A 1V6WA 3WSUA 5CZKA 3TTYA 3F5LA 4WLCA 3VDCA 2W61A 4MPKA 2WCAA 5KEZA 2VX7A 5M17A 4P8VA 1EHAA 1D7FA 1RH9A 1MW0A 1KR0A 4BS0A 1WAWA 3T0AA 4NRRA 2YL9A 3QHOA 2QMJA 4PMNA 2BVTA 2WYSA 2YA2A 4TUFA 1E40A 1W91A 3W4RA 2DH2A 3CUFA 1OINA 2WW5A 1Q6CA 3L4WA 1UHVA 3NYDA 3RILA 3AFBA 2OYLA 3MSDA 2E9BA 3TA9A 1UKPA 3LPOA 2XHYA 1E4MM 3VGDA 3AIQA 3I3DA 4CU8A 4FMVA 5CPQA 3G6MA 2A3EA 1MW1A 4UFLA 3VMPA 3AMKA 2DT2A 2CEQA 1OSEA 1NP0A 4MNJA 1PBGA 3BAWA 2G4FA 4H41A 3TONA 1JZ2A 5HPOA 2J7FA 5ABFA 1NWUA 2YJQA 3PZ9A 1K6AA 3RM9A 1V0MA 1B3ZA 9CGTA 1WPCA 3BCFA 2TAAA 2EPMX 3LPFA 4GZIA 1J12A 1VBRA 2WC7A 3SCQA 1DTUA 5FL1A 3ARSA 1Q6FA 3AYSA 5GNXA 2ZUVA 1OD8A 3N04A 2HVMA 5I3DA 2ZICA 3MO4A 4UQDA 3PBGA 2WNWA 1MXDA 2Z1SA 3EMCA 3A3HA 2CITA 3VIOA 1UR0A 3PZTA 1OT2A 3CH9A 3HMCA 2JF7A 5CJ5A 1VB9A 5GNZA 2BV9A 3MU7A 2GJRA 1CXFA 1YHTA 3CO4A 2WLZA 3GXFA 4S3KA 1C8YA 4E8CA 1UQYA 2AMGA 2FDMA 4HZ7A 4L4OA 1BYDA 4GZJA 1ZB5A 4ACZB 2RGLA 4UQBA 5D9NA 1GVIA 3PZOA 2O9PA 2B31A 1XGZA 3EDEA 2VRQA 5A1AA 1L0PA 2YDSA 1GOWA 2J4GA 2NT0A 1C7TA 4W7WA 1VBUA 4KH2A 3BAYA 3WQ8A 3NCOA 2ZE0A 1CXEA 3DC0A 1H0IA 3D5HA 1C90A 1HL8A 3B9DA 1QI5A 2JNKA 1OT1A 1TG7A 1VIWA 4P7OA 5C70A 2XG9A 3VIMA 2XFFA 3WF2A 2W62A 3VKKA 3GXMA 2WC3A 3IANA 3OGVA 5BYWA 2D24A 3ARPA 4CD6A 4CU6A 5I5RA 3PTMA 3L2MA 1GOQA 2WC4A 3FY1A 3ARTA 2F61A 1ZBWA 1FH7A 5BXSA 1CXHA 1XSIA 2DSUA 3WMBA 4M8UA 4TTUA 1JG9A 4M24A 4HZ6A 1HKIA 4JL1A 2OYKA 3MANA 2X09A 2CHOA 1ITXA 1WNOA 1W2VA 5GPRA 1E15A 4NRSA 3PTQA 2DT3A 2D3LA 3BCDA 1XYFA 4LYPA 1V6VA 4MNKA 5EB8A 4P7NA 1VRXA 4J3WA 3SCVA 1W9UA 3L4ZA 1EDTA 4J27A 2J47A 2EXOA 2UY2A 2BY1A 5I77A 4P8WA 2YOCA 4Q7NA 3VIIA 1JFHA 3W6LA 5I24A 2D3NA 3ZSTA 5D9OA 6TAAA 1TMQA 1E6ZA 3VPLA 1V6XA 3FHQA 5LYRA 1LL6A 3FNDA 5M3WA 1XH0A 4HU8A 1V0NA 4D71A 3UG3A 4X0NA 1KWGA 3ZJKA 2XPKA 3CZ8A 2J75A 3A6OA 2CPUA 4JHOA 4K68A 3CLWA 1BSIA 5DO8A 3SCWA 4HA4A 2VZSA 3VGHA 2WMKA 4TX8A 3CGTA 1TA3B 4BQ5A 3E1F1 1PPIA 2Y8KA 4H8HA 1H1NA 4AZHA 1VEMA 4QLJA 2V5DA 4HMEA 4NZCA 3ZT5A 4ZEPA 2E8YA 4D6GA 3PN8A 3BMVA 3GBDA 4GQRA 1CXKA 3EMZA 4CKQA 4GIAA 1WDQA 1AQMA 1NOFA 2VNCA 4V28A 3K8MA 3WN6A 4EE9A 1E6QM 1BYCA 3W0KA 4IISA 3OB8A 4JAWA 1UA7A 2QLYA 2BXZA 3PZUA 1E0WA 4P8XA 3TTOA 1KXTA 4P7RA 5A6LA 2GJPA 3QGVA 4CD7A 1JYXA 1W1TA 3GH4A 2A3BA 2OWCA 1LL4A 4A4AA 1UOKA 1HVQA 2GFTA 4HP5A 5CGMA 3WF4A 4ZE5A 3CUJA 1CGWA 3WBAA 3VX0A 1ISYA 1JDAA 8A3HA 1F4AA 4GI8A 5DMYA 5E70A 2BVYA 5CPSA 1UD3A 3AXIA 1RPKA 1OCQA 2DH3A 2JE8A 1HJUA 3WELA 2W4XA 3AMGA 1GW1A 4MJ2A 3VIHA 1BGGA 1UR2A 2A3AA 1E3ZA 5E9AA 3RCNA 5A6BA 3CTTA 1XH2A 1US3A 3K8LA 3UCQA 1EQCA 1R7AA 3O9NA 1GJWA 3NSMA 1HJWA 1QNSA 1MW2A 3VMNA 2GDVA 1UH3A 4ATLA 4TOQA 1MQRA 2OZNB 1JYVA 1E0XA 3WH6A 4XV0A 4AD4A 3WBEA 5D9PA 1KXHA 4TXEA 4JFWA 1Q6EA 1EQPA 2OSYA 1R87A 2YKKA 3GBEA 1HJSA 4F9JA 3SUVA 1G9HA 2F2HA 4C7GA 3UG4A 1BVZA 3WQ4A 4F66A 3WH7A 2C7FA 2XFRA 1E70M 5ECUA 1ISXA 1LG1A 1OGSA 4P7LA 1CGVA 1UKQA 1SR0A 2XGBA 2VX4A 4KRTA 4D6CA 2X1IA 3AJ7A 3AMDA 1UR9A 3K1DA 1E71M 1UWTA 2VR4A 3MV11 3RO8A 4DM2A 5BXRA 2V3GA 2VR5A 1HT6A 1UH2A 2OO2A 1QI2A 2WHMA 3AS2A 2ZIDA 3CUHA 4OOZA 3FAWA 4QP0A 1O7AA 4ZFMA 4BQ4A 3PZQA 4AISA 5FCZA 2J7BA 2WZHA 3DYPA 5A2CA 1OGGA 4BA0A 4XX6A 5CXPA 4UTFA 2ZX9A 5DT5A 3W25A 1EIBA 4W5ZA 2VURA 2GJXA 2W5FA 4JKKA 4V27A 3AXHA 3GM8A 4UR9A 2YA1A 1TZ7A 2PBOA 4H7VA 1Z32X 5JBDA 2DSWA 5CPTA 1ZJAA 4M29A 3I3BA 4W7VA 1JI2A 3EMQA 2WM0A 4ATDA 3VO0A 1HJVA 1PIFA 3VIFA 1K9FA 3KZSA 1DWGM 1AQ0A 4PMUA 1ISZA 1E1EA 5CSUA 3OLDA 1EA9C 3KE0A 2VQTA 2ESCA 3HN3A 4QLKA 4D1JA 1AVAA 3SCPA 5IHRA 2CBUA 4CCEA 3AI0A 1JYNA 2ZX6A 5F7UA 1XV8A 3AZTA 1PX3A 3QHNA 4B3KA 5GQBA 3O6AA 1SFSA 1ZBCA 3QHMA 3GNPA 4URIA 3CZEA 1CECA 1E0VA 1C8XA 7TAAA 1B3XA 6A3HA 4N0RA 3WNOA 2DPEA 2E0PA 3FHAA 3N9KA 4AZIA 3ZQ9A 2JFEX 2WHKA 1CTNA 4AD5A 3BGAA 4DUVA 3L4XA 5JUVA 1QI0A 5I2UA 1JGIA 3WIJA 2YL8A 3W82A 1VF8A 1HJQA 4BF7A 1W2PA 4P7QA 2BFGA 4S3JA 1WB0A 3AIUA 1VENA 2CXGA 1TE1A 4AWEA 1H41A 3AS1A 5DFAA 2HISA 3POHA 1R85A 1CNVA 1J0KA 1UZ4A 4U33A 3BAJA 3EDJA 4PMOA 3UESA 4RE4A 1UR4A 1UWQA 2VCAA 1JD9A 3VINA 4BCEA 3FAXA 4JFUA 2J7EA 1JNDA 1MYRA 2CCRA 4UNIA 4Z2HA 2Y24A 1PEZA 1NWSA 4FK9A 3ZMRA 2WANA 1OB0A 1C91A 1TVPA 1W9XA 2BY2A 1EO5A 2X0HA 1J0ZA 1KBBA 1QBAA 3DYOA 3T2PA 2JF6A 1GHSA 4JFSA 2G41A 1ISWA 2VVSA 3WDJA 4EKJA 4AD2A 4W7UA 4WJXA 1EDGA 3IAQA 3MMDA 2VX5A 1GOMA 1BGAA 4W85A 1V3MA 4XZWA 2Y2WA 2XYLA 2WXDM 2FGZA 4UFIA 2CBJA 3ECQA 4OIFA 2FGLA 3VU2A 4D6DA 2OSXA 1C3FA 4U5IA 3T08A 4D1IA 1G5AA 4M82A 3CMGA 3WEMA 4AZ5A 2EQDA 4WF7A 5A6AA 4KGLA 2MANA 4U3CA 1QNPA 3VD5A 3AHZA 4CD5A 1WKYA 1DP0A 1X6LA 3LPGA 4HOZA 2CESA 1CGTA 1H0GA 4W86A 5CGTA 2VZOA 2WWCA 3THCA 3GZAA 2XIBA 4CD8A 4AZCB 1QI3A 2QPSA 4GZEA 1MW3A 1HL9A 1E3XA 1XC6A 4LGXA 3WDQA 2A3HA 3W81A 4AY1A 1BPLB 2C8NA 1KGXA 2X0YA 3OGRA 4YHGA 1ODUA 1QOXA 1G0CA 3VGBA 3NUKA 5ABEA 3OZPA 1AMYA 1JDDA 1K9TA 4PMDA 3EDDA 3ZM8A 1UWIA 2CIPA 1UKTA 3SUWA 3WQVA 1KGUA 3AHTA 1YQ2A 2XVLA 4TX6A 2XVNA 5E6YA 2D2OA 3B9AA 4DWSB 1XH1A 2XUCA 1KXVA 2ZWZA 6CGTA 3FN9A 3TOPA 1F4HA 5A2AA 1XHGA 1ZJBA 2OWXA 5IFTA 2VCBA 5EBAA 3WL0A 3U7VA 1PAMA 3OGSA 2EO7A 3ARYA 4M1RA 3AIVA 1LLOA 1QNRA 4D6EA 3WY1A 1UD8A 1D3CA 3DHPA 5AC4A 1BTCA 4BQ2A 1E73M 1E6RA 2D1ZA 4FLQA 4ZXLA 3WNNA 2VQUA 2ZUUA 1R86A 1VFFA 3T2QA 3GH7A 3CUIA 4UQ9A 2WVVB 1QNOA 3PHAA 2OLHA 4FZOA 3KWXA 4AIUA 2WMGA 3VIGA 3OLEA 1V3LA 4QAWA 1KR1A 3SUUA 3T09A 3OZOA 4PMZA 1CDGA 1TCMA 4CVWA 3HJEA 2V3DA 2WVTA 2DSZA 3B8SA 2D23A 2D22A 1M04A 1HVXA 3PTKA 3MMWA 3OBAA 3QOMA 4UFKA 3ARRA 4LYRA 3IK2A 1B0IA 1UYQA 3M07A 3BMWA 1BG9A 3ARQA 3N18A 4CN1A 2VX6A 3QR3A 1E6SM 1NWTA 3APGA 3WMCA 4GXPA 5HBFA 1GQLA 4PTWA 1RP9A 1JYWA 2G3JA 8CGTA 1PJ9A 1CIUA 1MVYA 1V3HA 4HZ8A 4W93A 5D4YA 5HOSA 1XSJA 3MUY1 1W3KA 3RJXA 2C0HA 4XB3A 4CN6A 2XFYA 4Q22A 1A3HA 1MWOA 5I78A 1BYAA 1H3GA 1GPFA 1GQKA 3CHFA 1HXJA 1XSKA 1OBAA 3IAPA 4MB5A 4UZSA 3WUGA 2E9MA 1V02E 2GVYA 1M53A 5JBEA 4H8UA 4IPNB 3PZNA 4D6IA 4UFMA 1PZ2A 4Y7EA 2X2YA 4FLOA 4HMCA 3W26A 4PMRA 1RD6A 4A3HA 1UWUA 4JKMA 1UR1A 2VJXA 1US2A 5LA1A 1XD0A 3SEPA 1PX8A 1JNEA 1DEDA 1JL8A 1JZ3A 1FOBA 2V38A 3AS0A 2D0GA 2VOTA 1U30A 2E9LA 4AMCA 3ALGA 2J7DA 4JKLA 1H5VA 1A47A 1BHGA 1KXQA 1QBBA 4PEEA 3RIKA 5HDRA 3KL3A 4ACZA 4UOQA 5AC5A 3TTQA 2DDXA 2WZIA 3EDFA 1CWYA 2PWFA 2DIEA 4W8LA 1GQIA 1UD5A 1GOOA 1CYGA 3W6MA 1QVBA 1V3KA 4P8UA 3N1AA 1C7SA 2ZX7A 3VILA 2IXVA 2D0HA 3T2OA 4QFUA 1QPKA 4QDMA 3MV01 1LG2A 4DWSD 1ZBKA 1GONA 2PWGA 3KEHA 3VX1A 1OD0A 3A47A 4DUWA 1BFNA 2PB1A 4CD4A 4UQEA 1K9EA 3VUPA 3WH9A 4KWUA 2GK1B 3VD3A 4D6HA 4KMQA 1V0LA 1JDCA 3W53A 4AXNA 4GO9A 1JAEA 5ABGA 1BF2A 2PWEA 2G8ZA 4U3AA 2W66A 1LJYA 1SYTA 5A6JA 1UA3A 3WUFA 1UQZA 3KL0A 1WDRA 3EDKA 5BWFA 4LQ1A 3UR8A 5HXMA 1AQHA 3CBWA 3AXXA 1CGYA 3T0BA 2DIJA 2W92A 3ZR6A 3NIYA 1E43A 3BAIA 4PMQA 4QCEA 1UD2A 1CENA 1GORA 1R7OA 3RDKA 2WMFA 2GDUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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