The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
GSSGSSGEPVLCSRTTCRAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCYQRNQFPPSYAGISELNQPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| molecule keywords |
Protein transport protein Sec23A
|
| publication title |
Solution structure of the zf-Sec23_Sec24 from human Sec23A
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
5
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04810 | zf-Sec23_Sec24 | Sec23/Sec24 zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Zn-finger domain of Sec23/24 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KYN A; 5KYW A; 3EFO B; 3EH2 A; 3EH1 A; 1M2O A; 2YRD A; 3EGD B; 5KYU B; 5KYW B; 1PCX A; 2QTV A; 5KYX A; 1PD0 A; 1PD1 A; 1M2V A; 3EG9 A; 3EGX A; 2NUP A; 5KYX B; 2NUT A; 5KYY A; 2YRC A; 1M2V B; 3EFO A; 3EGX B; 3EGD A; 3EG9 B; 2NUP B; 5KYY B; 2NUT B; 5KYU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CUB A; 3PVQ A; 5HKC A; 3I9Q A; 3CCQ Q; 1B34 A; 1GCQ A; 4RTW A; 4RMO A; 1N27 A; 2DJQ A; 1GBR A; 1UJ0 A; 3HKS A; 3MEW A; 2DFU A; 2RK2 A; 1D3B B; 3BDU A; 4FYY B; 1WXB A; 2JM8 A; 1JB0 E; 2FRY A; 3VS5 A; 2EW3 A; 4A4K A; 3JB9 D; 2M16 A; 4C8Q G; 3EFR A; 2F1L A; 2EJG A; 2Y4Y A; 1YIJ T; 2PVO B; 2AKK A; 1HSQ A; 1EIF A; 2QA4 Q; 5KYW A; 3JCM J; 2ZAE A; 2K5L A; 2DBK A; 5IHK A; 1ZSG A; 1M1K C; 2G3R A; 4PJO F; 2BE7 D; 2E64 A; 3X28 B; 1YNZ A; 1Z9Q A; 4EMK C; 4BE0 A; 3OBY A; 2NLU A; 3TVT A; 1BI2 A; 3M4Y A; 4M75 E; 5J39 A; 5GMK l; 2D9T A; 2KYB A; 3E1S A; 1KQ2 A; 2E3H A; 4FSS A; 5LJ3 g; 2DL8 A; 4R55 A; 3RBB B; 1WHM A; 1WJS A; 2HD0 A; 1Y0M A; 2FO0 A; 5IHN A; 1K9M R; 2FHD A; 2M0O A; 3EG1 A; 2BE9 B; 3MKD A; 3I5S A; 3SHW A; 3SWN A; 4M77 C; 3L1A A; 3OYM A; 4M7A E; 4Q5W A; 2EWN A; 4J9H A; 3QUI A; 1ZUY A; 2YLB A; 2COZ A; 1NZ9 A; 1QKX A; 3QHS A; 5A0L A; 1YIJ Q; 3J80 E; 3VS7 A; 2MYS A; 2B8A A; 5GAM f; 1YJN A; 5GAM h; 3EG9 A; 2OTL A; 1EFN A; 2VYT A; 4DBH A; 3H41 A; 1K73 U; 2HZY A; 3ME9 A; 2G6F X; 2YUO A; 4J9G A; 1WHH A; 4C0D B; 3N5B B; 2HBP A; 2W10 A; 2K79 A; 4C0F A; 1M1G A; 3R6N A; 4M78 E; 1ZBX A; 1Y07 A; 2E12 A; 3GNF B; 5GAN g; 1NPR A; 1H3Z A; 2RI3 A; 1VQL T; 1G3W A; 3GF5 A; 3HRT A; 1SG5 A; 2AZV A; 4NS5 A; 4OMO A; 1VQ8 T; 4M4Z A; 5LL6 S; 4BY6 B; 2KNB B; 1UGV A; 1AWJ A; 1JXO A; 1SHF A; 4XU1 A; 4B9X A; 2ZPH B; 4LDY A; 3I35 A; 2J6F A; 3EH2 A; 3CCS Q; 1FX7 A; 2HKQ B; 4KH0 B; 3CCR Q; 1CKA A; 4X34 A; 3UF4 A; 1NBE B; 2EYZ A; 4OMQ A; 1YIT T; 1PKT A; 4AFS C; 2JTE A; 4IUR A; 4PJO E; 1LOJ A; 5LJ3 f; 1U8R A; 1M1F A; 3EG9 B; 4J7I A; 4OMM A; 2LCS A; 1UTI A; 4KGZ B; 1QKW A; 4E2F B; 4PFO A; 4BD3 A; 1AD5 A; 2KI7 A; 3OYF A; 2R57 A; 1D1B A; 3EAE A; 2QQ9 A; 1U1S A; 5CKH A; 4FT4 A; 4JZ3 A; 3OYC A; 1V76 A; 3MP6 A; 2CZ7 B; 4C92 D; 5CR2 A; 3S3M A; 2RHX A; 5LJ5 d; 3JCM g; 4HT9 A; 4L6V 5; 3TCJ A; 1WHG A; 5I21 A; 3HTR A; 3S6W A; 4B6M A; 2KAF A; 5L23 A; 3CXC S; 5GAM d; 1TXQ A; 1ZQ1 A; 2LNH B; 2YXY A; 1VQ9 T; 1RI0 A; 3EGX A; 3A8G B; 3I55 A; 4OGE A; 3MET A; 1VQK T; 3M0T A; 2RHZ A; 1MND A; 5CO7 A; 1VQ7 T; 3OS0 A; 2VB6 A; 4FU6 A; 4E6R A; 1VQN Q; 4M7A C; 1AZE A; 2P84 A; 1FMW A; 4F7U A; 4XU3 A; 1MMG A; 3OSS C; 4C8Q D; 3TEE A; 1Y71 A; 3OB9 A; 3HFO A; 4RTT A; 1WLP B; 2B86 A; 2E6N A; 2H3J A; 2BZY A; 2QQB A; 2LQN A; 5FRM A; 4QQD A; 1VYU A; 5KYX B; 1NE8 A; 1VQ6 T; 1TH7 A; 2MCN A; 2CZ0 B; 4AFQ C; 2MAM A; 4DA4 A; 4GBQ A; 4RG8 A; 4OMN A; 3CC7 A; 3HRU A; 4CC3 A; 1QW1 A; 1CSK A; 1PRM C; 3G4S T; 4RTX A; 2HDA A; 4OB0 B; 2LNV A; 1S1N A; 2V8K A; 1BIB A; 3F70 A; 1RAE B; 5IN1 A; 4OMP A; 3TSZ A; 3QDF A; 4C8Q A; 1UUE A; 3S3N A; 4CC2 A; 3IQL A; 4HCK A; 2KBT A; 3G6E Q; 1BI1 A; 1UHC A; 2FZC B; 5GMK i; 5KCH A; 1YJW T; 1VQM A; 2F2X A; 3PFS A; 2A08 A; 1M4Z A; 2E3I A; 4J6W A; 5HK3 A; 5GAO r; 3CPF A; 4AFZ C; 1QWE A; 3KXT A; 3M0U A; 2COY A; 3KUF A; 1Q81 U; 3JCM f; 2PU9 B; 3QDR B; 5DLO A; 3JCM h; 4ELY C; 2V1R A; 4CC7 A; 4O5V A; 2VXE A; 1OZ3 A; 3CC4 Q; 1FMV A; 2DIL A; 3OYB A; 3L2W A; 1PNJ A; 1VQ6 Q; 4JDS A; 1I0C A; 3QJY A; 1I1J A; 1DJ7 B; 3TSW A; 4E7K A; 1G5V A; 1PHT A; 3CXC A; 2X3W D; 3CBO A; 4JJN K; 4KUI A; 2CYZ B; 2J05 A; 2MWO A; 1ZA1 B; 4MMK A; 3TRE A; 1D1C A; 2RF0 A; 2X4J A; 3JCM P; 4JS4 A; 2BZ8 A; 2EYY A; 1LNX A; 3OYL A; 2V8J A; 2V8I A; 1AWX A; 1RAH B; 4JRI A; 3PNW C; 3CD6 A; 1YJW Q; 1AHJ B; 4NOY A; 3VUZ A; 3G7Z A; 2CH4 A; 2OTL Q; 4EMK B; 2LQ8 A; 4J9C A; 1K76 A; 2NUZ A; 2ZCF B; 1BK2 A; 1OV3 A; 1PRL C; 2ZPG B; 3S3O A; 5CQY A; 2O9S A; 4HA8 A; 2EQI A; 2DXT A; 3A8L B; 5M9O A; 3CCM Q; 3CCE Q; 2JMA A; 1WA7 A; 2L0A A; 1LVK A; 1KJW A; 5A2Q E; 5GAN 7; 4F14 A; 2DER A; 1PD0 A; 4KRT A; 2F2V A; 4HVW A; 2VKN A; 2L3R A; 2NYS A; 2YRC A; 1VYT A; 1S72 T; 1WYX A; 2RD1 A; 1X69 A; 2L3P A; 1W2B S; 1ARK A; 3CXC P; 2CGH A; 1NEG A; 2AIR B; 2RM4 A; 2DPP B; 4PLI A; 5GAM j; 3RKW A; 4LUD A; 1YHQ T; 3NMZ C; 5J26 A; 5GAN 6; 3MO8 A; 4M77 F; 3INZ A; 4CRI A; 4XK8 E; 4JS5 A; 4E7I A; 2MIO A; 3OYK A; 1MMA A; 2X4X A; 1UB4 A; 4D8K A; 2EQM A; 1VQP Q; 4CC4 B; 1U3O A; 2YRV A; 2MOX A; 3PTA A; 4MDX A; 2JXB A; 4RG2 A; 5D7U A; 2RN8 A; 2FEI A; 2DJZ A; 2F5K A; 1V29 B; 5GAM e; 1X6G A; 4PJN A; 1I4K 1; 3L2U A; 1GRI A; 4HVU A; 3EHR A; 4HXJ A; 1Q82 C; 1WFW A; 1WJR A; 4VUB A; 1PC0 A; 3I55 Q; 2EYX A; 4C92 E; 3MP8 A; 4KBM B; 3CQT A; 1K9M U; 2QDY B; 2DM1 A; 2BKD N; 3FC3 A; 2DLP A; 1LJO A; 4BI4 A; 1KC8 R; 2FYK A; 1WHJ A; 4GY5 A; 3HSB A; 2D0N A; 5CKF A; 2DYB A; 3AHU A; 1UEB A; 2EJ9 A; 4UC4 A; 2LP5 A; 1QVF S; 1RAF B; 1MUZ A; 8ATC B; 4II1 A; 2QG9 B; 5C0M A; 3ZBD A; 1BCO A; 3URG A; 3OYA A; 1MV0 B; 1HJD A; 4M75 B; 4LDU A; 3CCL Q; 1VQ5 T; 5DM7 R; 4WTO B; 4M78 A; 2F69 A; 1GFC A; 2JTM A; 4J7F A; 4JUV A; 1E6G A; 1OI1 A; 2HSE B; 3CCU Q; 4DEX A; 1W2B A; 3JCM Q; 4FT2 A; 2ATC B; 3OS2 A; 4XAX B; 2FPF A; 3T9N A; 1U5S A; 4IUU A; 2K7A A; 1PD1 A; 2L3S A; 5CQX A; 2NUT A; 3CCV T; 4JJC A; 4DEY A; 4M7A B; 1YFN A; 3OYH A; 4MZP A; 3CCQ T; 1OU9 A; 3OYJ A; 2DNU A; 2K9G A; 4M77 E; 1D3B A; 3R6O A; 1T0H A; 2E10 A; 2O4X A; 5CCA A; 1KD1 C; 1MMD A; 3UPU A; 2L3Q A; 2K3B A; 5FW9 A; 4E7H A; 2QA4 T; 1VQL A; 4ANJ A; 2HEQ A; 1AZG B; 3HRS A; 1Q82 R; 4M7A F; 1OU8 A; 1UGQ B; 1M27 C; 4J83 A; 1UG1 A; 3EHQ A; 2IG0 A; 4J9E A; 4M78 B; 1YI2 Q; 2JM9 A; 2OTJ Q; 2LC4 A; 2A3L A; 2RO0 A; 1W1F A; 3OYE A; 2CP0 A; 1NG2 A; 3C0C A; 2EFI A; 4RCC A; 1H92 A; 4OGC A; 4FIB A; 2KGT A; 2WSC E; 1GFD A; 5GAM g; 2DRK A; 4O6J A; 1W2B P; 2QYZ A; 1YIT A; 3GIB A; 2CZ6 B; 3JCM X; 1YCS B; 2DX1 A; 3V8K A; 4R0K A; 3M0R A; 1C6V X; 3M58 A; 4J9F A; 1UFF A; 1QVF A; 3CD6 Q; 4M7D F; 3QWX X; 1N8R C; 2C0O A; 1I5O B; 3M5A A; 4Y28 E; 4C92 C; 5CVI A; 3NGP A; 4PJO B; 3DB3 A; 2J6K A; 3BDL A; 2RQU A; 3H0I A; 1EX4 A; 2O4X B; 3NTH A; 1G8X A; 3LX7 A; 2PUO B; 2IPO B; 4GLM A; 4A54 A; 2EKH A; 3EH1 A; 1JJ2 S; 1M30 A; 4MML A; 1JO8 A; 3QZ5 B; 2XIC A; 2EAY A; 3OQ5 A; 2VUB A; 1WNL A; 5J3B A; 1IO6 A; 1QCN A; 2HBW A; 3LH5 A; 2C0T A; 1RAI B; 2VV5 A; 5KE3 A; 1KD1 R; 5AYF A; 1VQK A; 4C8Q C; 2ZPF B; 1D0X A; 2CP2 A; 3VKI A; 3JCM e; 3H0F A; 1BKB A; 1TS9 A; 2ED0 A; 3RKX A; 1E7O A; 4BE2 A; 2KYM A; 2XMF A; 4QT7 A; 2C06 A; 2O9V A; 2O88 A; 1WIE A; 1RLQ C; 3CCS T; 4ZTJ A; 3CCR T; 4ME7 A; 5LJ5 f; 1QVF P; 3L42 A; 1IZ6 A; 5LJ5 h; 1K0S A; 1WDX A; 3VUB A; 1Q86 R; 2YWW A; 1X2K A; 1X6B A; 2FPE A; 3SB2 A; 3MP1 A; 4N4G A; 4PJM A; 2EYW A; 3LLR A; 2YSQ A; 2DTH A; 3CMA A; 1AOJ A; 1IRX A; 3QYH B; 2RQT A; 4FYV B; 4N4I A; 2XK0 A; 3GNG A; 4FL6 A; 1N8R R; 2FB7 A; 2EQK A; 1ZBJ A; 3JCM W; 1W70 A; 2M51 A; 1SRM A; 4X1V A; 4IIM A; 1OPK A; 1AWW A; 2X9H A; 3OSV A; 5I2M A; 3V8L A; 2GQI A; 2D1X A; 5FWC A; 1VQ4 A; 2CP3 A; 2RB6 A; 2XID A; 2W0Z A; 4M7D E; 2XDB A; 2LT4 A; 3O5Z A; 3RER A; 1BI0 A; 2BZX A; 1Y96 A; 2BTT A; 2P4R A; 2EYQ A; 3UWN A; 3MCA B; 1WX6 A; 3REB B; 1LCK A; 1ZSZ C; 3LGL A; 2LCL A; 1QWF A; 4PJL A; 1JJ2 A; 5GAN 4; 4IUT A; 2E1H A; 3OYG A; 2DVE A; 1OYX A; 2AT1 B; 3G71 A; 5A0D A; 2LRQ A; 4J8O A; 3ZFJ A; 1VQN T; 3QKJ A; 4A4G A; 2FL7 A; 3UA7 A; 2MWP A; 3LW5 E; 5IT9 E; 3SD4 A; 3HL8 A; 4FYX B; 2QEX Q; 3WXM B; 4RTY A; 2X4W A; 2FG0 A; 1D09 B; 4RTZ A; 2MPX C; 4ATO A; 1YJ9 A; 3RR6 A; 4LD6 A; 3RNJ A; 4OP0 A; 3JB9 F; 4M75 G; 5KYX A; 2MI6 A; 4L5G A; 4Z88 A; 2LVM A; 1KIK A; 4MDW A; 2K5I A; 2RK1 A; 1XOV A; 3DB4 A; 4C0G A; 4DBR A; 1R0B G; 2CZ1 B; 4DOW A; 1XJW B; 1WQ7 A; 1OPL A; 3KBG A; 2RHU A; 1Y96 B; 3FIF A; 3QBY A; 3RMS A; 1KFZ A; 2YUP A; 2BUD A; 4OVA A; 1X2Q A; 3PIO A; 2KDS A; 1B7T A; 3HPW A; 1BCM A; 3ULR B; 4OF1 A; 3O8V A; 1VUB A; 5EG2 A; 3G6E T; 1K1Z A; 3NPF A; 4M7A G; 1RAB B; 1CKB A; 3E19 A; 4BDZ A; 3P8B B; 4FSX A; 1UHF A; 4IUQ A; 4WF2 A; 3RES A; 1JJ2 P; 3RDV A; 4LDX A; 3CPW S; 5KYU A; 4KGV B; 1FWZ A; 2E6Z A; 1S72 A; 2E70 A; 3CC2 A; 2IVW A; 3FB9 A; 3CC4 T; 4ELZ C; 2ED1 A; 4M78 G; 2CP6 A; 3CCJ Q; 2COW A; 5GAO m; 1YHQ A; 2PUK B; 5GAO n; 2VGM A; 3CME A; 1I07 A; 1RAC B; 4JLG A; 3LGF A; 2HSP A; 3TU4 K; 4M7D C; 3ASK A; 1MNE A; 1EZZ B; 3OW2 S; 2KMT A; 3QSU A; 4ZGJ B; 3WVD B; 1SSF A; 4EMH A; 3PMI A; 2VXF A; 4QVC A; 2DL3 A; 2PQW A; 1ZHI A; 2HMA A; 1NM7 A; 4EDU A; 2HKN A; 3PMT A; 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3GPL A; 3G71 Q; 1UGR B; 1PCX A; 2RQW A; 5GAO l; 2MMP A; 5D6X A; 2OX7 A; 3JAM E; 5L8R E; 3L2V A; 3VS1 A; 2RMO A; 4BI8 B; 3CPW P; 3NHN A; 4XTX A; 4Z8A A; 4L59 A; 4Y91 A; 2X4Y A; 1QMC A; 1P92 A; 4AG2 C; 3CCL T; 4M75 A; 5LJ5 e; 1X01 A; 3OYI A; 3CCU T; 4PL6 A; 3UAT A; 4BY6 C; 2KXC A; 5I22 A; 3E9F A; 3PGG A; 1ZSZ B; 2KT1 A; 3MEV A; 5FU7 C; 4BUG A; 1MMN A; 4OB1 B; 5FWB A; 2LZ6 B; 1Q7Y R; 2RNA A; 1KD1 U; 1Z9Z A; 1WXT A; 3SWN C; 4M78 D; 5KH6 A; 4KUL A; 5GAN 3; 3OW2 P; 2L5Q A; 5D6Y A; 2L2P A; 2EVR A; 5KCO A; 4BAC A; 5GMK h; 1G3S A; 1YIJ A; 4J6Y A; 1G3Y A; 5IXB A; 3L2R A; 3FLG A; 2MF2 A; 1MV3 A; 4F7U E; 1JXM A; 4M7A A; 2OJ2 A; 4D8D A; 1JEG A; 3M53 A; 8AT1 B; 2CT4 A; 3VS2 A; 1PG5 B; 3OMC A; 1PKS A; 2SRC A; 2VC8 A; 3G1J A; 4HCB A; 1M90 R; 1QQJ A; 3CC2 Q; 3JCM b; 1Q86 U; 4IUV A; 2CS7 A; 2QTV A; 5FRN A; 1X27 A; 1O9S A; 4MZT A; 1WI7 A; 2MK5 A; 4WCI A; 2ZPI B; 3NFC A; 4AFU C; 2P0P A; 4B9W A; 4PJO D; 2CSQ A; 3OY9 A; 1YI2 T; 2OTJ T; 2DTI A; 4FYW B; 1D1A A; 2RJD A; 1N8R U; 3OS5 A; 2A28 A; 3CC7 Q; 4JRK A; 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