2YZRA

Crystal structure of pyridoxine biosynthesis protein from methanocaldococcus jannaschii
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
309
structure length
307
Chain Sequence
TDLLKKGFAKMVKHGVVMDVTNVEQAQIAEEAGAVAVMALERVPADIRGGVARMSDPALIEEIMDAVSIPVMAKCRIGHTTEALVLEAIGVDMIDESEVLTQADPFFHIYKKKFNVPFVCGARNLGEAVRRIWEGAAMIRTKGEAGTGNIVEAVRHMRLMNEAIAQLQRMTDEEVYGVAKFYANRYAELAKTVREGMGLPATVLENEPIYEGFTLAEIIDGLYEVLLEVKKLGRLPVVNFAAGGVATPADAALMMQLGSDGVFVGSGIFKSENPLERARAIVEATYNYDKPDIVAEVSKNLGEAMKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
publication title Crystal structure of pyridoxine biosynthesis protein from Methanocaldococcus jannaschii
rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 102
structure length 307
sequence length 309
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2007-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
A PF05690 ThiG Thiazole biosynthesis protein ThiG
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yzrA00
2H90A 5CSRA 2ZZ3A 4GUGA 3W84A 4FNSA 3HMJG 3CHVA 3EXTA 3A21A 4MFEA 2BSLA 3IGXA 3NL3A 1ZENA 3C56A 1W8SA 1NEYA 1AW5A 2V0TA 1QR7A 4P2VA 2V9DA 4EWND 1H1YA 1OX4B 2DJLA 4CCCA 4TIMA 4IJBA 1JUBA 4YCOA 3LERA 5HUPA 2NV2A 3GXTA 3LLDA 1OJXA 1I2PA 3DFTA 3W1AA 3PSVA 1WDWA 1W31A 1OFPA 3W86A 2F84A 2ZZ7A 1WV2A 4OV9A 6TIMA 3UXDA 3QSTA 1IXQA 4BR1A 5EYWA 3BLIA 3CIXA 3TX9A 1TPH1 1W3NA 1FUYA 3MYOA 3NDOA 3R8RA 4MY8A 3NQDA 1VCFA 3WJZA 1QFEA 3EX2A 5HQEA 3HJZA 3M5YA 3TXVA 3PS7A 4NX5A 4IOTA 1B57A 2YZRA 1K3UA 3IVTA 1YYAA 4MZ1A 3P82A 5K9CA 1TV8A 5K3VA 3GXPA 1DV7A 1DORA 1IXNA 1GT8A 1LZOA 1YDNA 1DKWA 3O05A 1K7XA 1L6WA 2BTMA 1OF6A 1ZAJA 2ALDA 5TQLA 1WQ5A 3W7EA 2ABBA 1ICQA 1JQXA 5KSWA 1QOQA 3P84A 1AW1A 4O1DA 3F4WA 4GJ1A 3RMJA 5IBXC 2FLIA 1TV7A 1XDLA 3RF9A 1CI1A 1I4NA 4H4IA 1G7VA 4X22A 4O13A 1YDVA 2DU2A 3KXQA 3WJYA 1KM0A 1W56A 3PB0A 4CQ9A 4U28A 3LRMA 4Z0SA 2TRSA 1QNVA 3O06A 4ZMGA 1KLZA 4UIOA 3P74A 3SECA 4WOZA 5EL1A 4FX7A 4GUIA 4BWLA 1VH7A 1GVQA 3QQ1A 3QZEA 4HKPA 3PY2A 2Z6IA 2PRHA 3O1NA 1FWRA 1S5TA 3MP4A 4O0ZA 1B4KA 1RQEA 5AYYA 2Z0IA 1FXQA 1W5MA 1UUOA 3W2KA 1FBAA 2QDGA 3BARA 2RHGA 3S5ZA 1LOLA 1K8ZA 5G2WA 4XQ6A 3N2XA 3PF3A 2ZYFA 2Y70A 1DQWA 3IIXA 2VEMA 2PE4A 4PA8A 1T99A 4FX6M 3SGZA 3K30A 2WQPA 1OYBA 5DCEA 1DVJA 3W7GA 4FO4A 2QJGA 3ZFHA 1W3IA 2VOMA 3BVJA 1FCQA 4NQ1A 3HGRA 1C9DA 5KZEA 3BW3A 1OVDA 5FF2A 1HO1A 2ZRZA 4HIBA 1H50A 1J2WA 2A6NA 1LRNA 4RKAA 4FB7A 2V82A 1KV5A 2ATMA 1HL2A 1QDSA 1O5KA 1K8XA 3LV6A 4JR5A 1VC4A 1OFQA 2CLHA 4K8EA 3PBVA 2OT1A 4LS1A 3CU2A 1TPDA 2HS6A 5F2GA 1A53A 4RZ6A 4N02A 3W9ZA 3W1XA 5AC6A 4HSOA 1S5WA 4JTJA 1ZY9A 4HNVA 3BGGA 5E0KA 3ELFA 3BGJA 5C54A 3MYPA 3MHUA 1AW2A 2Y7FA 1HO4A 2OJPA 5CPMA 3TQKA 4LT9A 1P4CA 4O28A 1T96A 2YYUA 2YXGA 2D73A 3L21A 4MJZA 1EX5A 4JTEA 4RCXA 5D2VA 3OHIA 3TK7A 1H7RA 1BTMA 1K8YA 1XC4A 2Z2UA 3NQMA 5HINA 5AYZA 3O63A 2EGZA 1KFCA 1VPXA 3M47A 3DBPA 3MMTA 4H3DA 3IV3A 4WJEA 1KTCA 5KITA 3MHFA 5BNKA 3MP5A 3TQVA 1F7BA 3A5VA 3Q94A 1EUNA 1RV8A 3N14A 4K6AA 2TPSA 1TPVA 3DI0A 2GJNA 4LS0A 2YR1A 4AWSA 1ZAHA 4ZQNA 4UCGA 4QIUA 1DOSA 1TTPA 3L2IA 3OVRA 4K36A 3STFA 3ATYA 4UTKA 1H63A 3M7WA 3FLUA 1ZCOA 1I8JA 2PRLA 1ZNNA 4AB4A 5U4NA 2CU0A 3CEUA 4MJMA 3NPUA 4XKYA 1WOAA 2DZWA 2JKEA 4PEKA 3W73A 3NQ2A 1LRTA 1FWNA 1GVOA 3KRSA 2J9ZA 3IVUA 4IQLA 1KBJA 1M6JA 2JKPA 1LM1A 1PCWA 2ZA2A 5EY5A 3W1UA 2O7QA 1EA0A 3SY5A 1Y0EA 1MSSA 3LCHA 3TKFA 3TW6A 3G18A 1M7PA 3W6YA 1T8XA 1BKSA 3CM4A 3G0XA 1SSDA 3TCEA 3FOKA 4CQ8A 4XKYB 4EF8A 5FI8A 4Z1BA 2R8WA 2DZTA 3TJXA 1OK4A 3SSJA 2E5CA 2V2DA 3DFPA 3TAOA 4MFDA 1QWGA 3E0IA 1LTDA 4IXHA 4R33A 2YYTA 4O53A 2Y88A 2ZTKA 3LCIA 3I7RA 4JX6A 1OABA 1P5BA 4UTTA 3WJWA 1IXPA 1XBYA 4IWWA 4C1LA 1N7KA 1A50A 2LLEA 3PSWA 4WX2A 4PC8A 4K7VA 2Q8LA 3LCGA 1HFBA 1JULA 3KVKA 3T4CA 2V2CA 1XL9A 4ALDA 1NF7A 1RR2A 3HQ1A 3CQ0A 2YFNA 4O8RA 4HPJA 3BLEA 4QNWA 5T26A 2VEIA 5LNUA 3QPYA 3QMSA 3PR2A 3LDVA 3NVTA 3MUXA 4BI5A 4O15A 5F4XA 5AHMA 1K7EA 3QRHA 1UJPA 3DFQA 2WV8A 2V5LA 3B4UA 3EWXA 4MZYA 4FIRA 2A0NA 1KM1A 3SR7A 1F74A 3G3DA 5HWMA 2DZUA 3PUDA 4UFHA 2FFCA 1R47A 3QSRA 3B0VC 3V75A 2JGQA 3TJLA 2YX0A 3NQAA 4O16A 3NQVA 1IF2A 4AWTA 5CPNA 2G97A 2Z1BA 2VEKA 4LRSA 3KVJA 3OVQA 1TPEA 3RFAA 4UUIA 1AMKA 2CWNA 3EX1A 3W7LA 4UFLA 3ATZA 5D38A 3HGSA 5BW6A 5D2TA 4A3UA 4WY0F 3L0KA 4DEFA 3LBMA 4YXGA 1WYIA 3RLUA 2PRMA 4Z0JA 1FWSA 1JJKA 2V81A 4HPXA 4NUWA 3KAOA 5DBUA 3P80A 4O10A 2E6DA 4JTGA 4FX8A 4FNPA 3I68A 3LB0A 5FEXA 3TA6A 1O4UA 2QCGA 5LNRA 4EF9A 3LX9A 3L68A 5CPLA 5FEWA 2NX3A 3W2NA 4IMGA 4WY0A 4KFNA 2H8XA 2QCDA 3EXSA 1G4SA 4FNUA 5SWUA 2J27A 2A4AA 3EX6A 3IRDA 3TFXA 8TIMA 4ICNA 3LHVA 3F4NA 1RD5A 1FDYA 3W22A 4BWLC 4IX2A 1ME9A 3S1VA 4LV9A 2CFFA 4Y9AA 4KKXA 2TSYA 1A5SA 4Q33A 2ZCGA 5CZJA 2C16A 2E5DA 3W7DA 2ZZ2A 3N9SA 1LROA 4CNPA 1P1XA 4K39A 3W7HA 4PCFA 5BMXA 3G1HA 1XXXA 3LHWA 3BLFA 5LHFA 1AG1O 5K9DA 4MIMA 1PS9A 4JYDA 1H7PA 4XUGA 3M5XA 5L9FA 1ZAIA 3CPRA 4MUZA 2C18A 1KFLA 1EUAA 1G6CA 4JXCA 3SGUA 3VI2A 2P10A 4GRSA 2VFGA 1SR9A 4PFMA 3ZS4A 3PBUA 4WXZA 4GWEA 4JS3A 3QH2A 2RKXA 1EB3A 2QAFA 1FX6A 3S1XA 3NPVA 1OF8A 4H6KA 4AHOA 5D2WA 5LGZA 1PHWA 1GPWA 2NUYA 1TPFA 1TB3A 2WO5A 4N2YA 1A5CA 1LDCA 1UB3A 4QM1A 2CZEA 3M44A 2QCFA 4GNJA 4ADSA 4YMZA 1F73A 2B7OA 5LNVA 3GAYA 4DPQA 3EX3A 3DENA 3S1WA 2ISWA 2ZFAA 5A5WA 1LLZA 1MEHA 2E5BA 4MY9A 5E93A 1KM3A 4UMBA 1WOBA 4A2RA 1FDJA 3EKZA 3RU6A 4JNMA 3PULA 1PCKA 4IXXA 4D2JA 1XI3A 1KFJA 1OFOA 2VFHA 3L9CA 3M41A 2E6FA 5F4SA 1OFRA 4AF0A 1TV5A 1OYCA 2ZZ4A 3H53A 1W3TA 1VS1A 5G4WA 5H91A 2WNQA 3PB2A 4OWGA 3QC3A 4LVGA 2ZA1A 3LI1A 2CZDA 4QITA 3GZ3A 3NQ8A 4WOQA 4GC4A 3UWVA 2V30A 1R2TA 3NQCA 4XBSA 1UBSA 2GPTA 4IUOA 3IGUA 4O57A 3HBLA 1VCVA 5DY3A 2X30A 1H7OA 3OVPA 1GG1A 3HG4A 4X3ZA 2QDHA 3MW7A 4K37A 4N6EA 3TROA 1YDOA 3ZWTA 3TAKA 3G1VA 3W74A 4GUJA 3MP3A 3UYCA 2A7NA 3FIGA 3NOEA 4TMCA 1H51A 3NM1A 1TYGA 1LYXA 2ZZ6A 3PG9A 3NZ1A 1TQJA 4CQAA 2QEZA 1LBFA 2BXVA 3PVFA 3A23A 3V1PA 1QPOA 1J4EA 4HT3A 3W3OA 4E2DA 3DFNA 1XUZA 4XZ9A 2EKCA 4JTFA 1PHQA 3MJYA 3QQ0A 1TCDA 4UTWA 3S5OA 3C2EA 2QCCA 4O18A 3O07A 5AHLA 2QR6A 4S2BA 5L6UA 3FS2A 3GDLA 1EEPA 4AHPA 3IEBA 5K4ZA 4NT0A 4UTTC 3BG3A 1R46A 4NNCA 2NX9A 4MLRA 4G1KA 2FB3A 3C52A 1PVNA 1QOPA 2DZVA 4E0CA 3O6YX 4O1CA 2QCLA 2TYSA 3G1DA 1IXOA 5EKYA 3IIZA 1TRDA 2WPBA 3FFSA 1LP6A 2FQIA 2ZRUA 3QEZA 2JGYA 1RQBA 1Z44A 4OBTA 5KZMA 2QCMA 2OX1A 3E12A 4O17A 3TR2A 4UTUA 4ORIA 3QMTA 5DY2A 1ME8A 3TU9A 2B7QA 4HNNA 2OZ0A 2PC4A 3DI1A 4XBKA 3C2OA 3UXAA 3W2MA 3PBWA 4IX0A 5ABTA 3EX4A 1MXSA 3W7KA 1I45A 2FPVA 3TMQA 3GNNA 2AGKA 3O15A 2FDSA 3TDFA 3DKJA 3FYPA 5D2XA 2X16A 4K7YA 1ALDA 1JRCA 4EVZA 1H1ZA 3R89A 2V8ZA 4KWVA 3BK0A 5I3GA 1ICSA 3W76A 4AVFA 2GQ8A 3M43A 5D2YA 1NAL1 1LBLA 5CZSA 1GEQA 3E49A 1JUKA 1B4EA 3FEMA 3LHYA 3OA3A 1YPFA 1N8FA 4RK8A 3UWWA 3VFLA 2I9EA 3E02A 3CC1A 4K8HA 2Y85A 2WSYA 1KA9F 4WXYA 4U4MA 1HTIA 4RXFA 1ADOA 3I7SA 1KTBA 5G2IA 1GVFA 1KTNA 2GUUA 1VYSX 5CZ0A 2A5HA 1JVNA 1BEUA 5FEZA 4E2BA 1S5VA 4TO8A 2YDAA 3LXCA 2NZLA 2XN2A 4UFKA 4AEOA 1R30A 3NQ7A 3STGA 5AB3A 3ABQA 7TIMA 2NLIA 3CT7A 3NO5A 3B03A 1RPXA 3LRLA 1OG0A 1DL3A 5I3FA 4JX4A 3MBFA 2NUXA 3Q58A 2GQ9A 1BWKA 4HHPA 4UMCA 1Q6LA 3TSDA 3DGRA 4A29A 5C5YA 3THAA 3KVLA 3RNDA 2TMDA 3DXIA 1RQHA 1Q6QA 1GG0A 4NJJA 1U83A 3JS3A 2VFIA 2HS8A 4NVTA 2GVLA 3DH7A 5E1QA 3TE9A 4LC6A 1QAPA 3RK8A 5D09A 4POCA 1PV8A 1JRBA 1PE1A 4MY1A 2C14A 3NAVA 3TV8A 4JX5A 1VYPX 1K03A 4LV4A 1SO3A 4A21A 3CEPA 3S5NA 2HMCA 1TPB1 3HG3A 1G7UA 1HG3A 4RLIA 1OHLA 3GVGA 5HNRA 3O16A 2WJZA 3M0ZA 4LNYA 1GTHA 1VCGA 1MO0A 1AK5A 3DZ1A 5GVJA 1PL9A 4L4LA 1MZHA 4UNLA 4RJEA 4Z1CA 1Q3NA 1CW2A 2E09A 4MYAA 5AFDA 2BX7A 3R2GA 1FWTA 2CLIA 4UMAA 4PODA 3UQNA 1WX0A 4FNTA 3NL6A 3NR0A 3VKJA 5HR7A 1EWEA 1XDMA 1O60A 1TO3A 3HPSA 3P5YA 4WZHA 2EAWA 4FF7A 3GDMA 4I9AA 4WD0A 4IGHA 3W70A 3N34A 5F2LA 4HNUA 3YPIA 1F6KA 1N55A 3UPBA 3NQEA 4OT7A 3QFEA 4C1KA 3ABSA 1SFJA 3S1UA 1G69A 3GDTA 4JTUA 3G1XA 5HUOA 4NNBA 1OFEA 3TUUA 4E38A 1FCBA 4Z08A 1X8FA 5DELA 1OX4A 2X2GA 4O0KA 3R5EA 5C2XA 4UR8A 1XM3A 3F1QA 2UV8G 3R13A 2JBMA 3GR7A 1XBVA 3HGOA 5CKSA 3GAKA 4B5NA 1OK6A 4O4VA 3KRZA 1TIMA 3UPWA 2FPTA 2Y7EA 5AHNA 5I3IA 5KINA 4YCPA 2QF7A 1VHCA 3IVSA 3OBKA 4NJKA 4I7WA 3LI0A 3C0JA 4Y96A 4RX0A 4M19A 1W1ZA 4IMDA 2PURA 1Q6OA 2VC6A 4N9EA 2YGYA 4JTHA 1SZGA 1MEIA 3W2JA 5AC8A 4GUFA 2Y63A 3VCRA 4NXSA 4M7SA 4AMAA 1GYLA 3IIPA 1H7NA 2G5WA 3KRUA 4HSNA 2VFEA 3PM6A 1NF0A 2QUUA 3W72A 3LOTA 3LBCA 1YTEA 2X1UA 3P8JA 3HPXA 4DBEA 3B04A 4LC8A 4NJIA 5HMSA 1WAUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L6F A;  3T81 A;  4EAN A;  1C92 A;  3W84 A;  4FNS A;  1V0K A;  1KXQ A;  3EXT A;  3A21 A;  4MFE A;  3IGX A;  2E4T A;  3NL3 A;  3C56 A;  1W8S A;  2V0T A;  2PMQ A;  2VT0 A;  3VZY A;  2DJL A;  3AUO A;  1FP8 A;  4CCC A;  4TIM A;  4MDO A;  1E40 A;  5E0F A;  1QK2 A;  1YQ2 A;  4YCO A;  4GPN A;  5HUP A;  2NV2 A;  3TYE A;  2BNJ A;  1OFP A;  5AZ0 A;  3QGK C;  3HUR A;  4BR1 A;  1ISV A;  3AHY A;  3BLI A;  1H1N A;  4D9P A;  3UGR A;  3PNU A;  1TPH 1;  1XLL A;  3O7U A;  4TOQ A;  4DBW A;  4MY8 A;  4LB3 A;  1VCF A;  3WJZ A;  1QFE A;  1W2P A;  2YBU A;  1BRL B;  2ZXD A;  1IHI A;  4Q8U A;  2Z1X A;  1HXJ A;  4D6D A;  5I24 A;  4MZ1 A;  1GHR A;  1YYA A;  2BHY A;  3VO0 A;  4C6E A;  5K3V A;  2J8F A;  4LYP A;  3W53 A;  1FWF C;  1ZAJ A;  4IIF A;  4O1D A;  4X0V A;  2PUZ A;  4GJ1 A;  3RMJ A;  2WBG A;  4ZA0 A;  3WQF A;  3RF9 A;  1CI1 A;  2QF8 A;  3TOP A;  1RCO B;  2WLZ A;  2ZUW A;  3PB0 A;  4H6Q A;  4CQ9 A;  1XLG A;  4U28 A;  3T4W A;  4C6L A;  3VII A;  1KLZ A;  2G3N A;  3N1A A;  2WVV A;  3SEC A;  5EL1 A;  1UR1 A;  4J3S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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