2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
4UQGA 3MEDA 1WSJA 4I9QA 3C95A 3NCIA 1KLNA 1EETA 3K59A 3LP1A 3QNOA 4FXDA 4KRFA 4CJTA 3NGZA 4M3TA 4NYFA 5HBMA 5HRSA 4M3WA 1S1TA 3LDSA 4B9UA 4E0DA 3CG7A 1JLAA 3HVTA 1HYVA 1NOZA 1RBRA 4IFVA 3VQ5A 2GUIA 3VN5A 4CGGA 2XO7A 4N76A 4DU3A 2HNZA 2KW4A 4EP5A 4B9NA 4N56A 3AO2A 4ZTJA 1TL3A 3ZT0A 2D0BA 4DS5A 1RTJA 3U3YA 1KSPA 4Z4EA 4YFUA 3OYHA 1UWBA 2FC0A 5K14A 1N6QA 1T7PA 3KKRA 2W42A 1IO2A 1B9DA 3DLEA 4BACA 3V1RA 1WNSA 2E4LA 2I5JA 3AO5A 4CJKA 2YNIA 3HPHA 1ASVA 5KRTA 3WNFA 3PX0A 4CJQA 4C8MA 5HROA 1VSIA 4DTOA 2F8SA 4CF9A 3V4IA 2YV0X 1BI4A 1VSFA 3VQEA 1IH7A 4GW6A 1XC9A 1TGOA 5HP1A 4KB0A 1IKWA 2G8UA 1RT4A 3P1GA 3HK2A 1FXXA 5KRSA 4CF1A 3AO1A 1XI1A 1TVRA 4FM1A 4CCHA 4AHVA 4AHCA 1UAXA 1DTQA 4LH5A 1CLQA 1S6PA 4CHNA 4CIFA 2F8TA 4KTWA 1WLJA 1NKBA 4CGJA 4NYNA 4OGEA 5DMRA 4JRQA 2DFHA 3NE6A 5CZ2A 2D0CA 3QEWA 4CEDA 5I42A 3P5JA 1W0HA 3AVIA 2B6AA 4CK2A 3OYIA 3ZSRA 2YKMA 4TSXA 4CEAA 2G8KA 2JLEA 2WONA 2XY8A 2ATQA 2G8VA 3SUOA 1QSSA 4W5NA 3O3GA 2KTQA 2O4IA 1F21A 3RMAA 2VWKA 1JKHA 3RMCA 3ZSXA 3DMJA 1Q8IA 3K5OA 1D5AA 1RCHA 4XIUA 2HHSA 1L3SA 5HRRA 3CQ8A 2XY6A 3D0PA 4RG8A 1I3AA 1JXEA 1BGXT 1Z26A 4CGHA 1C0UA 1NK8A 1IKXA 4KHWA 4FK0A 3VQDA 4E7HA 4FYDA 4M42A 1IKVA 4CIEA 2IAJA 3ZSYA 1KVCA 2QKBA 3HO1A 4N47A 1C6VA 3VQ4A 3LAMA 3RR8A 3HP9A 4I9LA 4CECA 4CHQA 3LANA 1SL0A 1WAJA 4HTUA 4FJ5A 1TKZA 5DK5A 5JS2A 3NDKA 4ZTFA 1RT7A 4J2DA 4CJSA 3SCXA 3HL8A 3VQ8A 4CEZA 4C8KA 2QK9A 3TWHA 3TAMA 1VSKA 1HPZA 5KGWA 4DSEA 2JGUA 1FK9A 1VRUA 3F9KA 3NF9A 2BANA 3U3GA 1HNIA 5JS1A 4CHPA 2VG7A 3EYZA 3L8BA 4QOZB 3NH2A 4FLXA 4DWIA 1B92A 2HW3A 1RT5A 3HM9A 3HP6A 4DTXA 3NGIA 4M3ZA 1RTIA 4RW9A 2D0AA 2IS3A 4CHOA 1G15A 3NAEA 1J53A 2YNFA 2RKIA 3L3UA 4KHSA 3OYCA 2RF2A 2VG6A 4QAGA 4FLYA 3B6PA 3PV8A 3OVNA 4W5RA 3OYFA 1DTTA 1WN7A 3SJJA 4GVMA 3F73A 2Y1IA 1NK0A 1QSLA 3K58A 1HYZA 3VQPA 3SUNA 3KK1A 4E7JA 4FLZA 4O0IA 1U04A 4IG3A 4MFBA 1VK0A 3VQAA 4CF2A 4DF4A 4FJHA 3KLFA 4ELUA 4J2EA 2RN2A 3OYMA 4DFPA 3LZJA 3LPUA 2ITGA 3QNNA 2Z1GA 5J1EA 2QXFA 4OPKA 5HRNA 3V9XA 3TABA 4Y1CA 1ITGA 4HUFA 1JLEA 3LP3A 5HLFA 4K8XA 4R5PA 3KTQA 4G1QA 4F4KA 4E1NA 3DI6A 2HHTA 2Z1HA 1VSHA 1RBUA 3QLHA 4K8ZA 3S3NA 5CYMA 2P51A 1RT2A 2AJQA 2YNGA 3L2QA 4PUOA 4KV8A 4EP4A 2E6MA 4N5SA 1X9SA 3V9ZA 4B9LA 2KZZA 3LALA 4KTZA 4DTRA 4Z4CA 1TK0A 3SPYA 4Q5VA 3ASMA 1CZBA 4CHZA 1U47A 4HCBA 3K5LA 2PYJA 1KVAA 4Z0UA 4JRPA 4BWJA 3K5MA 4QCLA 4E7IA 4HUGA 1RBTA 4DSFA 1NJZA 2EHGA 4DQRA 4KTQA 3IS9A 4LY7A 1RILA 3KLIA 4W5OA 5CY4A 4DFJA 1EXQA 4FM2A 4FZYA 1HQEA 5FDLA 1UA0A 3L2RA 4CEBA 4BWMA 1RDBA 4AHSA 4CK3A 3ITHA 3ZSZA 1RDAA 2XY5A 2ZE2A 4Z4FA 1J5OA 5C24A 1I39A 4DLGA 3BDPA 5FRMA 4CJ5A 4E1MA 2EX3A 1TAUA 4DU1A 1VSJA 4KKOA 3ULDA 3T3FA 1C0TA 4LD0A 2KZMA 2X6SA 4DU4A 3QERA 3M8RA 1A5XA 2F96A 2QKKA 3VQQA 4C8OA 2ZQBA 3DLGA 4CJFA 4DSIA 1YTUA 1GOBA 1HNVA 1QS4A 4DTPA 3IRXA 1BHLA 4PWDA 2HHQA 4CFAA 2OZSA 1T03A 3QETA 4N41A 3DLHA 2Y1JA 4CEQA 3O3HA 1ZBUA 4DTMA 4CE9A 3OYLA 4B9VA 3AVKA 4BDYA 4EZ9A 4M3UA 3M8PA 3ZSQA 3VA0A 4CESA 3LWMA 1Q9YA 3D45A 3AVHA 4LSLA 3AVLA 3AA3A 3LP0A 3SUQA 1NKCA 2OA8A 2OPPA 3V9UA 1U45A 5CYQA 4FZXC 4KHNA 1Z25A 3RRGA 1HQUA 3K57A 2X78A 3VQCA 2OPSA 3QO9A 3CM5A 4KI6A 3I0SA 1NJXA 1IG9A 2HHUA 5I3UA 1JXBA 3CYMA 3IG1A 2XY7A 1HRHA 1KTQA 1TL1A 3TAQA 4FJ9A 2HNYA 5HRPA 4CEFA 2D5RA 3VA3A 3SQ0A 2Q3SA 3OYGA 4BE2A 4OKKA 3S9HA 4JS4A 3AA2A 3OS1A 4M3YA 4FK4A 5FRNA 3LP2A 4O5BA 4CGDA 4IBNA 4PQUA 4ELTA 1TK8A 4JLHA 1SL2A 3OY9A 4OGCA 3AA4A 2R7YA 3CM6A 3KIOA 4AHTA 1FKOA 1LW0A 1KFDA 1HMVA 2HNDA 3PO4A 1RTHA 1ZYQA 1QHTA 1SKWA 1HJRA 3ZCMA 2A1RA 1Q9XA 3MXMA 1C0MA 3UIQA 3OS2A 3P83D 2BGGA 4BE1A 1T05A 3ZT3A 3QESA 1YVUA 3HSTB 3KJVA 3L3VA 1BIZA 3OJSA 4AH9A 1CXUA 4CJWA 3SZ2A 4H8KA 1J9AA 1C1CA 1X1PA 2FBYA 4C8LA 3NHGA 4RW8A 4CJUA 2YNHA 3DYAA 3VQ7A 3RMDA 1BCMA 4DLEA 3RWUA 3SQ2A 5T7BA 3PO5A 4FJJA 1EKEA 3MXIA 1LWFA 4DS4A 4KHQA 1JL1A 3WNGA 1ZBLA 1JLGA 1BI4B 3ZSOA 1RT3A 3NH0A 3NH1A 4L8RB 2RPIA 3O4QA 4DG1A 4FJ8A 3DLBA 3LWLA 1WSEA 3H08A 4FJXA 4DSLA 2P1JA 1RT6A 2DFEA 1A5WA 4M45A 4OKEA 1N5YA 1QTMA 1L3VA 4W5TA 4KB1A 4F2RA 4Q0BA 1S9GA 1A5VA 4H4OA 1DLOA 1S9EA 1W9HA 4M3RA 1FKPA 1IKYA 4AHUA 2LSNA 3CFPA 3LZIA 3V1QA 1X9WA 1L3TA 3SV3A 2YKNA 3AVBA 4BE0A 1D8YA 2PYLA 2IDOA 3KKSA 4CF8A 2IGIA 4E7LA 3HPGA 2HVIA 4CJPA 1XHZA 3ALYA 4JS5A 2O4GA 3MECA 3IAYA 3HJFA 4ICLA 2HHWA 2B4JA 3K5NA 3AVNA 1K6YA 1RBSA 1XWLA 1O1WA 5SZTA 4F2SA 3B6OA 3QIOA 2OZMA 3C94A 4J2BA 1NK5A 1SUQA 4I2QA 3SUPA 1GOAA 1QE1A 4E89A 3RR7A 1TKDA 4FJMA 1XHXA 1J54A 1JLBA 1T8EA 4KHUA 4Z4GA 4CGFA 4CEOA 1B9FA 1VSEA 4DQPA 1S1UA 4ELVA 1SL1A 4DTNA 1EX4A 4CFBA 3O4NA 1WSFA 1JL2A 3EZ5A 2IOCA 3DRPA 3C6UA 1NJYA 4DQSA 3OYKA 3DLRA 1TK5A 1KRPA 2HVHA 1NK7A 2P5OA 2KFNA 1BL3A 3FFIA 1ASUA 1C1BA 1HYSA 3AVFA 2XHBA 1TKXA 1RBVA 4DQIA 4KPYA 1BQNA 3AVJA 3HT3A 1BIUA 3WNEA 3OS0A 1SV5A 4YNQA 3KD5E 3JYTA 4C8NA 4CF0A 2IC3A 3AA5X 3C6TA 3WNHA 3QEIA 3V81A 4MQ3A 3PY8A 4FJLA 3NF8A 4I7FA 1QQCA 3CFOA 3G10A 3KLHA 4ID1A 1BCOA 2KFZA 1D9FA 3AVGA 4AILC 1LWCA 2FBVA 1BQMA 3VQ6A 3TAFA 1REVA 4F3OA 2BE2A 4OLAA 4NCGA 2ETJA 1R0AA 1UA1A 3AV9A 1CZ9A 4AHRA 4HVJA 2GBZA 4CFDA 3QEPA 3O3FA 3ZT2A 4NCAA 2VG5A 3MEGA 2YHAA 1TKTA 4Z4IA 2YHBA 3AO4A 4E3SA 1LW2A 3SI6A 1JLFA 1Y97A 1S5JA 3NBPA 3OJUA 2XRIA 3BGRA 3L2VA 4GMJB 4KI4A 1WSIA 4KO0A 4NCBA 1WSHA 4CEEA 3DOKA 4FW2A 3OYAA 2NUBA 3KK3A 3HYFA 4HHTA 4DMNA 4HCCA 3QEXA 4M41A 4ID5A 3ZT1A 3PX6A 3TANA 1CXQA 3CFRA 1NJWA 3A2FA 1VSMA 3TAEA 4FJIA 1KLMA 4DTJA 3HXMA 3DRRA 4DSJA 1ZBIA 2HHVA 3SYZA 1TV6A 4Y1DA 2PZSA 5CZ1A 4LH4A 4FJNA 4FJGA 3V9SA 3ISNC 1UOCA 4OLBA 2DFFA 4FJKA 4PY5A 1S6QA 4E19A 4CGIA 4KFBA 4B8AB 3I8DA 4FM0A 4DFMA 5EU7A 3TR8A 1ZBFA 3SPZA 4KHYA 1TAQA 4CJ4A 1ASWA 1KCFA 3L2UA 3NFAA 5D3GA 2DTUA 1S1VA 3MXJA 3VQ9A 3AVCA 3PX4A 1GOCA 3LAKA 4B08A 3HPOA 3NGYA 3M8QA 3TAGA 3KD1E 2DY4A 2A1SA 5J2NA 2BDPA 3HVRA 1RT1A 3THVA 4RW7A 3K2PA 4FW1A 2E6LA 4B8CA 1NKEA 1RTDA 1QSYA 4CIGA 4BDPA 4J2AA 4KREA 4ZHRA 4CHYA 4RW6A 4CJ3A 1ZBHA 2OPQA 3KLGA 5FROA 5KTQA 1U48A 3NF7A 3ZT4A 3JSMA 3S3MA 4IDKA 1S1WA 4OJRA 3VQBA 1MU2A 1EP4A 4FJ7A 1JLQA 1VSDA 1LV5A 2WOMA 2HMIA 4EZ6A 1LAVA 3LPTA 3V6DA 4HUEA 1X9MA 1U4BA 1VSLA 4RW4A 3QINA 1C1AA 1YTAA 4W5QA 4FLTA 4DQQA 4FK2A 3EY1A 4O4GA 3RRHA 4DFKA 3G0ZA 2Z1IA 3I0RA 5J2MA 4DTUA 3OYEA 1U49A 4DF8A 4OVLA 3DOLA 1NOYA 1YT3A 2FBXA 3MAQA 4I2PA 2OPRA 2GV9A 5C42A 2HB5A 2FBTA 1JLCA 3KLEA 4IFYA 2VWJA 4FLWA 1SKRA 1L5UA 5SWMA 2G8WA 3U6FA 4B9MA 3AO3A 2G8HA 3L2WA 5J2QA 4DTSA 3TARA 3AVMA 1BISA 4CERA 1KFSA 2X6NA 1D9DA 3T1AA 3TI0A 3AVAA 5E41A 3TAPA 1NK6A 3ZSWA 4O0JA 4CJVA 2G8FA 3NF6A 4B9TA 1LWEA 2Z1JA 4B3OA 4Z4HA 5C25A 4FCYA 3RTVA 4CJEA 5KGXA 1SKSA 1WAFA 3S3OA 3OYDA 3M8SA 4DSKA 2OYQA 4M3XA 4CJRA 3DRSA 4E7KA 3KK2A 3SQ1A 2G8IA 3MEEA 3QIPA 4O44A 4CJLA 2X74A 4PA1A 4IG0A 3QEVA 3OYNA 3RMBA 4BDZA 2PY5A 2HHXA 1NK4A 4OPJA 4FLUA 4IKFA 2P5GA 4LSNA 3SNNA 4OKJA 4WE1A 4CFCA 3OYBA 3OYJA 3V9WA 1NK9A 2B5JA 2KQ2A 4CK1A 3E01A 4FVMA 1LAWA 5J2PA 1KVBA 1VRTA 3SV4A 3T19A 3PUFA 1RNHA 4H4MA 1L3UA 1RDCA 4FZZA 1WSGA 4F3TA 3V1OA 1RDDA 4KAZA 4O55A 3DM2A 3SQ4A 4F8RA 3ZSVA 3DLKA 5KI6A 4B9SA 4FLVA 2ZD1A 1S1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UQGA 3MEDA 4H5RA 1XC3A 1Q86O 3QNOA 2NRRA 4MO5A 5HRSA 1S1TA 1NGJA 4B9UA 4H0OA 2V51B 4E0DA 1S72N 2NNWA 1YF5L 4JKDA 1KAYA 4FPBA 2HNZA 3CQXA 4N56A 3AO2A 1KSPA 2D0BA 3U3YA 2D1KA 3VGKA 2RHKA 1UWBA 5K14A 1N6QA 1T7PA 4FWKA 3E9LA 1IBLK 1SAZA 3AO5A 2YNIA 3HPHA 1ASVA 4CF9A 1BI4A 2E88A 4WQ5A 2A5XA 1XC9A 5HP1A 2A42A 4KB0A 1IKWA 5AZJB 1GLFO 3CERA 4ISGA 1BOTO 1FXXA 5LMNK 4BRLA 1TVRA 4AHVA 4AHCA 1HKCA 1DTQA 1S6PA 4CHNA 2F8TA 4CGJA 4OGEA 2W41A 3NE6A 1V4TA 3ATUA 1V4SA 2YKMA 2Q31A 2XY8A 1QSSA 2VWKA 3RMCA 3DMJA 4BR7A 1D5AA 4JEPA 5AJ3K 4HWIA 1RCHA 3IUCA 3CQ8A 3VEXA 2QWOA 1QQMA 4E7HA 5TKYA 4M42A 2D0PA 3VF4A 2QKBA 3HO1A 3ZSYA 1KVCA 4N47A 3RR8A 4I9LA 4CHQA 1SL0A 1WAJA 2E8AA 1TKZA 5DK5A 3NDKA 1RT7A 4CJSA 3SCXA 3HL8A 2GUPA 4CEZA 4C8KA 1HPZA 5KGWA 2JGUA 3F9KA 4JHDA 3NF9A 2BANA 3U3GA 5JS1A 2HW3A 4DWIA 3HP6A 4M3ZA 4RW9A 3K9KA 3NAEA 1T3VA 3OYCA 1U6ZA 4QAGA 4X64K 3B6PA 3SJJA 1WN7A 2UYTA 4GVMA 3F73A 1NK0A 2E1YA 2P9LB 3K58A 3VQPA 3KK1A 5ADXA 4MFBA 4DF4A 3VQAA 4J2EA 2RN2A 3LZJA 3LPUA 2ITGA 1TYQB 5HRNA 4CZKA 2O8BB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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