2Z1HA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 47
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1hA00
5EU7A 1BCOA 2XY7A 4CEFA 3EY1A 4CEEA 3U6FA 1W9HA 4F2SA 1JKHA 5CYMA 1HMVA 3V9ZA 3OYMA 3HJFA 4E19A 3VQDA 3ZCMA 5HRNA 1VSIA 4PUOA 4DFMA 1RDAA 1WSJA 1SKRA 4ELTA 1LAWA 1TVRA 3CQ8A 4FLUA 1WAFA 1U45A 1C6VA 1JLBA 4BWJA 3PV8A 1JXEA 4IFYA 1CZ9A 3VN5A 1VSFA 1RBVA 4TSXA 3DLGA 4FK4A 3TAQA 1SV5A 5CZ1A 1EETA 5KI6A 4CEBA 1L3TA 1QSLA 2OZMA 2G8KA 1RT1A 4FCYA 4DS5A 3RR8A 1RTDA 4E0DA 3WNHA 4DF4A 2VG6A 4DWIA 1WNSA 2E4LA 2X74A 1S1VA 2DFHA 2FBTA 3QERA 1BGXT 2RKIA 2XY5A 4I7FA 3QEVA 1C1BA 3ALYA 2PYLA 3V4IA 4CJTA 4KTWA 1L5UA 3RMBA 2R7YA 4E1MA 3OYHA 3VQ6A 5C25A 1RDCA 4ELUA 3HXMA 3OVNA 3RMDA 1RT6A 4NCAA 1J53A 4C8OA 2Q3SA 3PY8A 3LP0A 3DOKA 1WSIA 1R0AA 5JS2A 2X6SA 3OYBA 4DU1A 1D5AA 3L3VA 3P1GA 3ZSXA 5J2NA 1UA0A 1KRPA 1YTUA 4OLAA 2KQ2A 4KHSA 1RT3A 3ZT3A 2XO7A 4DLEA 1NKCA 1JLGA 4Z4IA 3BDPA 3V9UA 4FZXC 4M3ZA 1SKSA 4FJNA 4Q0BA 3HPHA 1VSMA 2OPQA 4HCBA 4DTJA 4LD0A 1KVBA 4KRFA 3A2FA 3CG7A 3QO9A 4HTUA 1JLQA 4E7IA 4Z4FA 1TV6A 3AO5A 4CCHA 3IAYA 1QQCA 3QIPA 2P5GA 2AJQA 4QOZB 1TK0A 1WSEA 3T3FA 1NOZA 3SQ0A 5SWMA 4BE0A 4LY7A 1HQUA 5I42A 4HCCA 1YVUA 3AVBA 4RG8A 4DFKA 1LWEA 4OLBA 3HVRA 1N5YA 4NYFA 2DFFA 1ZBIA 1S5JA 1BCMA 4B9VA 3KKSA 3KK2A 3WNGA 4FJJA 4E7KA 4CJEA 2XRIA 1X9WA 3HPGA 4PWDA 4LSNA 3MEGA 4O44A 2GV9A 3KJVA 4DFPA 1VSJA 1KFDA 4B9LA 4PQUA 1REVA 3K2PA 4CFBA 1VSEA 1IO2A 1TL3A 3LAMA 3CFRA 4H8KA 3LP3A 4CIEA 4CJRA 1RDBA 4AHUA 1XHZA 4F3TA 4O5BA 3ZSQA 3VA3A 4FJGA 4Z4GA 1EXQA 4FJLA 3HO1A 1ZBHA 3SQ1A 3V1QA 3AVFA 1T8EA 1HRHA 4OKEA 1QSYA 3OYIA 3AVGA 2HVHA 3RR7A 4Y1CA 1D8YA 4QCLA 4E1NA 4J2DA 3CFOA 1EP4A 4CGDA 4FJKA 3NGZA 3VQ5A 3TAGA 1NK0A 1K6YA 4FLVA 4O55A 1BI4B 3KLHA 3KTQA 4BE2A 2FBXA 2B4JA 5KGXA 2IGIA 5J1EA 2B5JA 3QEWA 1T05A 4B8AB 4FK0A 4AH9A 4CFCA 4B9NA 2IDOA 3ZT1A 3AVLA 3V6DA 5HRRA 3FFIA 3K58A 2P5OA 3EZ5A 3G10A 4FJ9A 3DM2A 1YTAA 2RF2A 3VQAA 1KLMA 1CLQA 3HP9A 1VRTA 1LV5A 3LWLA 3K59A 4JRQA 4OKKA 3L2RA 3OYNA 1SL1A 3DOLA 3KK3A 3VQPA 3AO2A 3IRXA 1DTTA 1BISA 2NUBA 1WSFA 3C6TA 1D9FA 1BL3A 3P5JA 2HVIA 4XIUA 3QEPA 4B9TA 4CJUA 4OKJA 3LZIA 3LP1A 1HYZA 3OYCA 2WONA 4CIFA 3AVMA 3VQ8A 4AHTA 1SL2A 4CECA 4Q5VA 2XHBA 4IFVA 1NK7A 4K8ZA 2YNFA 3TAFA 1FXXA 4CHPA 4DQIA 4IDKA 5I3UA 3DI6A 3LWMA 3NFAA 1LW0A 2ATQA 1A5VA 4DU3A 3KIOA 4M3XA 1S9EA 5SZTA 4GMJB 1B9FA 4KHQA 4B9SA 3U3GA 4FYDA 5FROA 1RDDA 1HYVA 1LWFA 4L8RB 4CJ5A 3SQ2A 4I2PA 1B92A 5HP1A 3HPOA 3AVJA 4DTRA 4M3TA 4OVLA 4ZHRA 4E7HA 3SPZA 1WN7A 3K5LA 3KLFA 4FJ7A 3CM6A 4CGIA 3MAQA 4KB0A 5CYQA 4ZTJA 3C6UA 2G8WA 2OZSA 2G8UA 1J9AA 3LZJA 3VA0A 4CFDA 3NGIA 2KTQA 3ASMA 3L2QA 1JLFA 3AO3A 4M42A 3SUOA 3OYDA 1J54A 3OYEA 2KFZA 1RT5A 5HLFA 2VG7A 4DS4A 1HYSA 1D9DA 3PX6A 1SUQA 3L2WA 4EZ9A 3V9SA 1KVCA 1U4BA 4BDPA 1RT2A 4CE9A 4CEZA 4I9LA 1JXBA 3OYJA 1IKWA 4CF2A 4AHCA 2B6AA 3TAPA 2HB5A 3NHGA 3QNNA 5CY4A 3K5MA 3LP2A 4E3SA 2YHBA 3KKRA 3SI6A 3DLBA 4M41A 1JL1A 5C42A 2E6MA 3C94A 1KTQA 3NDKA 2DY4A 3AVKA 3H08A 3MEEA 3F73A 4CHNA 3DYAA 3LANA 4FJHA 4FJXA 1NKEA 4FW2A 4CEQA 2O4GA 3S3MA 3TANA 4J2AA 4M3RA 3K57A 1TKDA 5DK5A 3CM5A 1VK0A 4OGCA 4CJQA 2ITGA 3DLKA 3F9KA 1C0TA 4CK2A 4CEOA 4UQGA 3HM9A 2HHTA 4ZTFA 3K5OA 4JRPA 2GBZA 3ZT0A 3T19A 5J2MA 3TABA 2Z1HA 1DLOA 3M8RA 2KZZA 3MEDA 3NF9A 1C0MA 3HL8A 1TK5A 1BIZA 1LW2A 2RN2A 1WLJA 4HUEA 4BE1A 1LWCA 3SQ4A 4CGGA 3S3NA 2QKKA 3O4NA 5FDLA 3OYLA 4GVMA 5K14A 3VQ4A 4O0IA 4GW6A 2Z1GA 3RMCA 4DLGA 1L3UA 1EX4A 3MXMA 1GOBA 3ZSRA 4G1QA 3V1RA 4YNQA 1BIUA 4AHSA 1NJXA 4BDZA 4FLZA 1G15A 4DSIA 2FBYA 5D3GA 4KHYA 2W42A 3L3UA 4N5SA 4DQPA 3OYFA 3AVIA 3VQBA 4W5TA 1CXUA 3EYZA 1ITGA 4CHZA 3RTVA 4DQQA 3OJUA 4CJSA 4ID1A 4KHUA 1QHTA 2HNYA 3I0SA 4BACA 3KD1E 1TAUA 4DFJA 3AA2A 1BQMA 2F8TA 4KHNA 4DTMA 3B6OA 4MQ3A 3NH0A 1IG9A 4FLWA 3B6PA 2IOCA 3DRSA 1ASWA 4CJFA 4CESA 4KO0A 5CZ2A 2OPPA 4CJKA 4MFBA 4WE1A 1RT7A 5HBMA 3O3HA 3PX4A 1SKWA 3V81A 3AV9A 1MU2A 3AO4A 3VQEA 1HJRA 4B3OA 1UAXA 2QXFA 3DLRA 3QLHA 1XI1A 1U49A 4E7JA 3QETA 3O4QA 4DTOA 1WSGA 3ZT4A 1NK8A 4DG1A 3NGYA 3OS0A 4HVJA 4F4KA 2OPSA 1WAJA 1JLEA 1Z26A 3AA3A 3G0ZA 3M8SA 1WSHA 1X1PA 2IS3A 2EX3A 2YNIA 3M8PA 3DLEA 4QAGA 4CJ4A 4CHOA 3CFPA 1FK9A 4IKFA 3IS9A 4OPJA 3VQ7A 3VQCA 3MXIA 3SV3A 4DTUA 2LSNA 4CF9A 3TI0A 1Q8IA 2F96A 2XY8A 3HVTA 3KLIA 3L2VA 3TWHA 4C8KA 3PX0A 3NAEA 3I0RA 2BANA 3AVCA 3TAEA 1Q9YA 4KAZA 3D45A 3SJJA 3LAKA 1N6QA 4H4OA 4NYNA 4C8MA 4NCBA 3RRHA 3O3FA 2OPRA 3LDSA 1A5XA 4O4GA 3RRGA 1FKPA 2QK9A 2XY6A 5T7BA 1SL0A 4OJRA 4Z4CA 3SUPA 1DTQA 3ZT2A 3SPYA 3QNOA 1C1CA 1ASUA 5KRTA 3O3GA 3ZSOA 3OS2A 4FXDA 4CK3A 2Y1IA 1RBSA 2IC3A 1S1XA 1ZBFA 4CF0A 2I5JA 3DLHA 4RW9A 3KD5E 2OA8A 4KB1A 1A5WA 2ZQBA 5HROA 2VG5A 4IBNA 4FJ8A 2ETJA 4DSEA 1VSKA 3VQ9A 3WNEA 5DMRA 4CERA 4FW1A 1XWLA 4H4MA 2FC0A 1S9GA 4F8RA 4FJMA 2WOMA 2A1RA 3UIQA 3QIOA 3NF8A 4Z0UA 3ZSWA 4FM0A 4DTNA 1C1AA 4ICLA 3THVA 1HNIA 1L3SA 5FRNA 1NKBA 1RBRA 1IH7A 4KI4A 1BI4A 1S1UA 1RCHA 1S1WA 3OJSA 4LH5A 1IKVA 4PA1A 4CF8A 3D0PA 1RBTA 2G8FA 2DTUA 1BQNA 4HHTA 1Z25A 3LPUA 4FM2A 4E7LA 3SNNA 2BGGA 2HHUA 2ZE2A 4CJWA 4Y1DA 1IKXA 3NBPA 3IG1A 3OYKA 2VWKA 1F21A 1HPZA 1QE1A 3VQQA 2IAJA 4FLXA 3TAMA 2G8IA 2HHXA 4DU4A 4E89A 4FK2A 4CHQA 2HMIA 1RTJA 1XC9A 3LPTA 3ISNC 2D0AA 2P51A 1Y97A 3MECA 4CHYA 1JL2A 4KREA 2YV0X 4RW4A 3BGRA 4KV8A 1U48A 4LH4A 2HW3A 4W5QA 2HHVA 4CF1A 2HNDA 4F2RA 1JLAA 2P1JA 2X6NA 3TR8A 4FZZA 1KFSA 4KTZA 3SV4A 4B8CA 3HK2A 2Z1IA 1NJZA 2GUIA 3K5NA 1GOCA 4F3OA 1S1TA 3AVAA 4CEAA 3AO1A 2X78A 3QINA 4J2BA 3HT3A 3T1AA 4JS4A 4B9UA 1EKEA 4DSJA 4RW6A 4I9QA 2PZSA 4JLHA 1X9MA 4FVMA 1TK8A 1YT3A 1ASVA 3U3YA 4KKOA 3ZSVA 2G8HA 4N76A 1ZBUA 4DTSA 1B9DA 1T03A 1HNVA 4AHRA 2HHWA 3NE6A 2D5RA 3V1OA 3L8BA 3RMAA 1O1WA 2D0BA 4CGJA 4OPKA 4CK1A 4W5RA 3HSTB 3JSMA 2JGUA 1BHLA 3L2UA 1U47A 3OS1A 1QSSA 2O4IA 4BWMA 2YHAA 3KK1A 1I3AA 3V9XA 2OYQA 4PY5A 4HUFA 1KSPA 5JS1A 1RNHA 4KFBA 1VSDA 1LAVA 4YFUA 1KCFA 3NH2A 4CGFA 3TARA 2FBVA 1NK9A 1GOAA 1NOYA 4DTPA 4KTQA 4EP5A 5KGWA 1CZBA 3SCXA 4DSKA 4C8LA 3PO4A 3NCIA 3S3OA 4K8XA 4FLYA 1S6QA 3M8QA 1TKXA 2DFEA 5KTQA 3ZSYA 3V9WA 1CXQA 1NJYA 1QTMA 1RBUA 2HNZA 3ULDA 2RPIA 1RT4A 3SYZA 3OY9A 3HP6A 1VRUA 3SZ2A 3AVHA 1TKZA 1RILA 5J2QA 4JS5A 5HRSA 4NCGA 3S9HA 4B9MA 4DQSA 1J5OA 1ZBLA 1NK4A 4FM1A 1TL1A 2Y1JA 1U04A 4M3WA 4HUGA 4DTXA 1Q9XA 4DSLA 1JLCA 4IG0A 4EP4A 3AVNA 1C0UA 3QEIA 3DMJA 1UWBA 1TKTA 2A1SA 3OYGA 3JYTA 3HYFA 4DMNA 1XHXA 4FLTA 4CJ3A 5J2PA 3SUNA 1ZYQA 4FJ5A 3DRPA 4N47A 4CJPA 5HRPA 2KFNA 4W5NA 1RTHA 1KVAA 2HHSA 1VSLA 4C8NA 2PYJA 1S6PA 2F8SA 1KLNA 4CIGA 4DQRA 4N41A 4KHWA 4RW8A 1NK5A 4OGEA 4M45A 3QEXA 3QESA 3NF7A 1TGOA 3NH1A 4CFAA 1UOCA 3MXJA 5E41A 3KLGA 3AA4A 4R5PA 4N56A 2ZD1A 3WNFA 4Z4EA 4DSFA 4M3YA 5C24A 2KW4A 4IG3A 4O0JA 2YNGA 4Z4HA 4DF8A 4KI6A 4J2EA 3C95A 1UA1A 3KLEA 1NK6A 4W5OA 4CGHA 3LALA 1X9SA 2VWJA 2YKNA 4ID5A 3PUFA 4CJLA 4CJVA 4B08A 2PY5A 2D0CA 3ITHA 1QS4A 2YNHA 3CYMA 5KRSA 3I8DA 1NJWA 4FZYA 5FRMA 1IKYA 4AILC 2JLEA 1RTIA 3ZSZA 3PO5A 2G8VA 1HQEA 3DRRA 3SUQA 3E01A 1I39A 2BDPA 2BE2A 1W0HA 2Z1JA 2EHGA 4LSLA 1FKOA 3RWUA 4AHVA 2E6LA 1L3VA 2QKBA 2HHQA 3AA5X 3P83D 4EZ6A 1T7PA 4M3UA 1VSHA 4KPYA 3NF6A 4I2QA 4CEDA 2YKMA 4RW7A 3OYAA 4FJIA 2KZMA 1TAQA 4ELVA 4BDYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BOTO 5EU7A 2XY7A 4CEFA 5H1SQ 4AQYK 1C0FA 1TYQA 3V9ZA 2BTFA 3E66A 5E26A 4DFMA 4FWMA 4ELTA 1TVRA 1U45A 1C6VA 4BWJA 1CZ9A 4YOWA 1VQ9N 3DLGA 4GV3A 1SV5A 4CEBA 2G8KA 3HOSA 1VQ6N 4FWSA 5MLCQ 2VG6A 2DFHA 4M7XA 3QERA 1BGXT 2XY5A 2PYLA 3ALYA 4CZKA 4WQ4A 3M1FA 3RMBA 3ZYYX 2R7YA 3VQ6A 3KVGA 4ELUA 3HXMA 1RT6A 4NCAA 4C8OA 4WF9L 2V51B 3PY8A 3QMLA 3K9KA 1R0AA 4JI2K 3SJHA 3OYBA 2E8AA 3L3VA 3P1GA 1UA0A 4OLAA 2KQ2A 4V19S 4Z4IA 2ITMA 1JLGA 3R3LA 1O13A 4Q0BA 1VSMA 4DTJA 4LD0A 4KRFA 3QFUA 4HTUA 4E7IA 1JLQA 4CCHA 1QQCA 3QIPA 5DM6L 4LC9B 3AVBA 1T6DA 4DHYA 4LF9K 3TSQA 4B9VA 3KKSA 4FJJA 2HOEA 4DR1K 4BRLA 1T3VA 5AQTA 3KJVA 4DFPA 1VSJA 3BF3A 3CFRA 3LAMA 3LP3A 4E1JA 5BN8A 2FSJA 4F3TA 3VA3A 2QEXN 3HO1A 3VF6A 3V1QA 3AVFA 3VEOA 1HRHA 1QSYA 3OYIA 1EP4A 4CGDA 4O55A 1BI4B 4BVOA 3ID8A 2FBXA 5M1KA 2OANA 2IGIA 4J8FA 2P9UA 3QEWA 1T05A 3TSPA 1ATSA 4AH9A 4CFCA 4B9NA 3V6DA 2P9NB 1EWQA 1VRTA 1LV5A 5FPDA 4H0TB 3LWLA 3EL2A 3KK3A 5F1XA 2BH1A 1QZ5A 3P38A 3P5JA 4CJUA 3LZIA 4DV7K 1GLJO 2WONA 4CIFA 4K8ZA 1FXXA 4CHPA 4MDAA 5M1OA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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