The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHWTSEEKQYITSLWAKVNVGEVGGEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSANAILHNAKVLAHGQKVLTSFGEAVKNLDNIKKTFAQLSELHCEKLHVDPENFKLLGNILIIVLATHFPKEFTPASQAAWTKLVNAVAHALALGYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
Hemoglobin D subunit alpha
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| publication title |
Crystal Structure of the Ligated Hemoglobin D from the Aldabra Giant Tortoise, Geochelone gigantea
rcsb |
| total genus |
58
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-08-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UHD A; 2M6Z A; 3BJ2 A; 3G4R A; 5CN4 A; 3EU1 B; 3QJC B; 1R1X B; 3OZU A; 1HHO B; 3ODQ B; 3FH9 B; 1V75 B; 1G0A B; 2B7H A; 1M6M A; 2ZS1 C; 3NL7 A; 1BUW B; 3AT5 A; 4PNJ A; 1LJW B; 5KER B; 111M A; 5HY8 B; 3M3A A; 2G0Z A; 2D2M C; 4YU3 A; 101M A; 4M4B A; 1BZZ A; 2QRW A; 1Y8H A; 2ZLV A; 1VXC A; 3LB1 A; 3GDJ B; 1MYZ A; 2DHB A; 3NG6 B; 1O1I B; 1NXF A; 2HCO B; 6HBW A; 2DC3 A; 1SDK B; 2R50 A; 4F6D A; 1MOH A; 1GCV A; 5SW7 A; 1NQP B; 2R80 A; 2V1J A; 1N9I A; 1XZ7 A; 3UHZ A; 3AT6 B; 3D1A A; 1FSX A; 3RJ6 A; 2ZT3 A; 1J7W A; 1MYT A; 5KKK A; 3D7O B; 1QSI A; 3D17 A; 1XZ4 B; 2QFK A; 3DUT A; 1ASH A; 3GQG A; 3ZJR A; 3WFX A; 3MYN A; 4MQK B; 2O5O X; 1IDR A; 5CND A; 2QMB A; 1O1N A; 1C40 B; 3HHB A; 5CN7 A; 1LH7 A; 1HBS B; 1MYG A; 4HBI A; 4L2M A; 3B75 B; 1XZU A; 1XZ5 B; 1RQ4 A; 3OO5 A; 1JZM A; 1QPW B; 1RQ3 B; 1YHR A; 4HHB A; 2MGL A; 2HBD A; 2SPM A; 1C7D A; 1Y0C A; 1Y8W A; 3A5A A; 4PQC A; 4H0B A; 1J3Z B; 3WCW C; 4MQH A; 1KD2 A; 1MNI A; 3ZJS A; 1Y22 B; 1NS6 B; 1YEV B; 3SZK A; 1J3Y A; 1DXV B; 4F69 A; 1Y7C B; 2ZSX A; 1OFK A; 2EVP A; 1SPG A; 1Y4R A; 1YEQ A; 4NI0 A; 1JEB A; 2ZT2 A; 1THB B; 1MWB A; 3NFE B; 3GQR A; 1CG5 B; 1C7C B; 1Y7Z A; 1J7S A; 1Z8U B; 1A3N A; 3G4U A; 3WCU B; 5CNF A; 1YFF A; 2H8D A; 2NX0 A; 4VHB A; 1GBV B; 3GOU B; 3VRE A; 1HRM A; 1QI8 B; 2EF2 A; 2D60 A; 3ONZ B; 1CMY A; 3ECX A; 1CH3 A; 3PIA A; 2D5X A; 3TM9 A; 3VHB A; 1YCB A; 1O1M B; 3OO4 B; 2R1H A; 2G10 A; 1IBE B; 2D5Z A; 4HSW A; 1YOH A; 1YDZ A; 1UVX A; 1MWC A; 1YHU A; 4PQB A; 3UHY A; 4TWU A; 4HRT B; 4FH6 A; 1AZI A; 1A9W A; 3E5O A; 1HDS A; 1MLN A; 3LHB A; 3HEP A; 3DHR B; 1W92 A; 1LFY B; 1TES A; 1YIE A; 1G09 A; 1Y35 A; 3IC2 B; 3UGZ A; 5E29 A; 1A01 A; 1S69 A; 1HBB B; 1VRE A; 1NZ2 A; 3OJ1 A; 1PMB A; 3M38 A; 4MQJ A; 1COH B; 2ZLX A; 2NRM A; 5EUI A; 3R5I B; 1LFT B; 2LH6 A; 1RQA A; 5CMV A; 3U3E A; 1HGB B; 1BJE A; 3ZHW A; 1DWS A; 1XY0 B; 103M A; 1IRC A; 1HV4 A; 4MQI B; 1Y0T B; 4DWT A; 1YZI B; 1O1O A; 2MYE A; 3BJ1 A; 1Y0A A; 4NXA A; 2HHB B; 2ZFO C; 5HAV A; 1YEO A; 3BJ3 B; 1R1Y B; 2AA1 B; 1YGD A; 1RVW B; 1RSE A; 4F6F A; 1Y7D B; 4FWY A; 1A9W E; 1SDL B; 2D2N A; 1WMU A; 1HLM A; 3HXN A; 2VLX A; 1XZ2 B; 3HYU B; 2O5S X; 1V4W A; 3ZJJ A; 4AVE A; 1Y0W A; 4N7O A; 1G08 A; 1GLI B; 3O89 A; 3ZJN A; 1AJH A; 1HBI A; 2VYY A; 4MU5 A; 3GKV A; 2WY4 A; 3DHT B; 5D5R A; 2Z6N A; 3WCT C; 2MGG A; 2W31 A; 2SPO A; 3ECL A; 1HGC A; 1LA6 B; 1VWT A; 1MOB A; 1Y8I B; 2ZLW A; 3PI4 A; 3W4U B; 3PI8 A; 4O4T A; 3WCU C; 1YHE B; 4U8U B; 4HRR A; 1M6C A; 1SHR A; 2W6V A; 1MOD A; 5HU6 A; 1UIW A; 2FAL A; 3WR1 A; 1MNH A; 1X9F B; 2O5L X; 2Z8A A; 4N8T A; 3QJD B; 1CH5 A; 1YMA A; 1MDN A; 1JY7 A; 4NK1 A; 2HBF B; 2AV3 A; 2FRF A; 1H97 A; 1LUE A; 4MQG B; 1UX8 A; 1BIJ A; 1HCO A; 1A0Z B; 1V5H A; 1NIH B; 1NS9 B; 1XXT A; 2RI4 B; 4DC7 A; 3ZH0 A; 1ECN A; 2EKU A; 1S5Y B; 1A3O A; 1GBU A; 3KMF A; 5D1V A; 1GCW B; 1DUK A; 2BK9 A; 5EU2 A; 1YGF A; 1V9Q A; 1XCH A; 2R4W A; 1A6N A; 1BAB A; 2GTL B; 4F6B A; 1T1N A; 3S65 A; 1FN3 A; 4O4Z A; 1J40 A; 3LR9 A; 3ASE A; 1ABY B; 2FRI X; 1MTK A; 2ZS1 B; 1XZV B; 2ZS0 B; 1LH1 A; 2O5T X; 5E6E A; 1GDI A; 1YEO B; 1S5X A; 1CO8 A; 2PGH A; 1NZ3 A; 1HDA B; 3MJP B; 5F2A A; 2MB5 A; 3MBA A; 1F5P A; 2HBC A; 1FSL A; 1V4U B; 3FS4 B; 2GKN A; 4G51 B; 1LFZ A; 2HHD A; 1VHB A; 1S0H B; 1YVQ A; 3AG0 A; 1JF3 A; 5CN6 A; 2GKM A; 1LFV A; 2SPN A; 3E4N A; 3PT7 B; 3BOM A; 1FLP A; 1Y01 B; 2G0R A; 5JDO E; 3UHG A; 3LB3 A; 3VRG A; 1HDB B; 2QFN A; 3UHT A; 2CMM A; 3BA2 A; 4G1B A; 1Y5F B; 1DXT B; 2DXM A; 2VYW A; 1A6K A; 3WCP B; 1EBC A; 4NI1 B; 1OUT B; 1YH9 A; 1BZ0 B; 2IG3 A; 2ZSS A; 1K0Y A; 1LTW A; 1UMO A; 2DN1 B; 3QM6 A; 2MGM A; 4NK2 A; 4U8U C; 2EKT A; 2G11 A; 3HC9 A; 3WCW B; 2YRS A; 3GK9 A; 1TU9 A; 1M9P B; 1BZP A; 4MXK A; 1X9F C; 5CHR A; 1S56 A; 3LQD A; 1HLB A; 1MYH A; 1YE2 B; 1HAB B; 1MKO B; 1HBR B; 1YHU C; 3DR9 A; 2HZ1 A; 3M3B A; 3ARL A; 1DO4 A; 1Y45 A; 2PEG A; 2ZWJ A; 2QU0 B; 3R0G A; 1O1L A; 1RPS A; 3WCV A; 2KSC A; 1A3O B; 1QSH A; 1OFJ A; 1G9V A; 3K8B B; 1A6M A; 1FAW A; 3UHH A; 4ZVA A; 4B3W A; 1Y83 B; 1ABW B; 1MLF A; 4M4A B; 3QM5 A; 106M A; 1MGN A; 1LFL A; 4LPI A; 1IRD A; 2H8F B; 2OHB A; 1V4X A; 1MZ0 A; 2BW9 M; 3GYS B; 2AUR A; 3CY5 A; 1DXU B; 2O5Q X; 2V1F A; 1Y09 A; 2FAM A; 4UUR A; 1A00 B; 2GTL C; 1YG5 B; 3GQP A; 3CIU B; 3UHU A; 2ZSP A; 3AQ6 A; 1NEJ A; 2LH2 A; 4YU4 B; 1YEU A; 1Q1F A; 1DKE A; 1O1P A; 2HBE B; 2ZS0 C; 2ZLU B; 1F65 A; 5C6E B; 2SPL A; 3PI9 B; 2DN3 A; 2R4X A; 3WCV D; 1Y5K B; 102M A; 3VRF A; 1ECO A; 2D2N C; 3IC0 B; 2WTH A; 3OZV A; 1Y46 B; 2HBG A; 1VXD A; 1XYE B; 1Y4G A; 2QSS A; 2XKH A; 1OUU A; 1Y4B A; 1V07 A; 4PQ6 A; 1MTJ A; 3QQQ A; 1JW8 A; 2MHB A; 3D4X A; 1H1X A; 3MJU A; 3AQ5 A; 4KMW A; 1YE0 B; 1YVT B; 4XS0 A; 2MGH A; 2VLZ A; 1EBT A; 1GDL A; 1J7Y B; 1MBO A; 3IA3 B; 3AQ7 A; 2ZFO B; 3ORD A; 1Y0D B; 3ZJL A; 1Y4F A; 5KDQ A; 3WTG B; 1O1J B; 4F4O B; 3QJE B; 2W6W A; 3NML A; 1DO3 A; 2MGB A; 1CH9 A; 3A59 B; 1CLS A; 4MBA A; 2QSP A; 2ZFB A; 3UHR A; 3A5B A; 1Y7G A; 1AJ9 A; 3WFT A; 1G0B A; 3PEL B; 3A5G A; 3P5Q A; 3QJB A; 1NPF A; 1Y2Z A; 1B86 B; 1AJG A; 1VXG A; 1YIH B; 4BJA A; 1HGA A; 4H2L B; 2ZSR A; 2MGA A; 3HEO A; 1MBI A; 1UFJ A; 2HBS A; 1JP8 A; 1FHJ B; 3G53 A; 2W72 B; 2RAO B; 3ED9 A; 3KMF C; 1YEN B; 1A0U B; 5EE4 D; 1VXH A; 3HRW A; 2GRH A; 2HHE B; 2O58 X; 3NMM A; 2M6Z B; 3RGK A; 5JDO C; 3BJ2 B; 1BVC A; 4TWV A; 4UIQ A; 3S66 A; 4MBN A; 5CN9 A; 1QXE A; 2B7H B; 3UH7 A; 1FDH A; 1URV A; 3NL7 B; 4FC3 A; 1BBB A; 1MLS A; 3AT5 B; 1Y4Q A; 3LR7 A; 3SDN A; 3UH6 A; 2ZLT A; 4AVD A; 4YU3 B; 2AUO A; 1MCY A; 3RJN B; 4M4B B; 1BZZ B; 3GKT A; 1Y8H B; 4ODC A; 2ZLV B; 3UHS A; 1CBL A; 3UHC A; 4IT8 A; 2DHB B; 3MYM A; 4ESA A; 4N7P A; 6HBW B; 3KUN A; 1GCV B; 5SW7 B; 1B0B A; 3UGY A; 2R80 B; 1HAC A; 1XZ7 B; 3D1A B; 1FSX B; 1J7W B; 1C7B A; 3ZJP A; 1QSI B; 3D17 B; 2H35 A; 3DUT B; 3K9Z A; 4WCH D; 3GQG B; 1HBA A; 107M A; 2MGF A; 2G0V A; 1HBG A; 1O1K A; 1GJN A; 1X3K A; 4IRO A; 2QMB B; 1O1N B; 2MGC A; 3HHB B; 2E2Y A; 3PI3 A; 1K1K A; 4XDI A; 1BVD A; 1XZU B; 3UH3 A; 3MKB A; 1RQ4 B; 3OO5 B; 1CG8 A; 1QXD A; 1LFQ A; 3WHM A; 1MYI A; 1MNO A; 3WCT A; 1VXB A; 1YHR B; 4HHB B; 1BZ1 A; 4X0L A; 2HBD B; 1C7D B; 1Y0C B; 1Y8W B; 1MTI A; 1LH2 A; 2G0S A; 3D1K A; 3G52 A; 1Y4V A; 3TM3 A; 1CQX A; 4MQH B; 1KD2 B; 3HEN A; 4ROL A; 1J41 A; 2AUQ A; 2MYB A; 3SZK B; 1J3Y B; 3UBC A; 2Z6S A; 5JGG A; 4L7Y A; 3A0G A; 2D2M A; 1SPG B; 2ZT4 A; 1EMY A; 1Y4R B; 5E83 A; 3KUO A; 1YEQ B; 2Z6T A; 3BCQ A; 4NI0 B; 3EOK A; 1JEB B; 2BNL A; 3HF4 A; 1PBX A; 1Y5J A; 3GQR B; 2BMM A; 3MN0 A; 2EB8 A; 1UFP A; 1Y7Z B; 1J7S B; 1SWM A; 1A3N B; 1A6G A; 2G0X A; 3S48 C; 1ABS A; 2QLS A; 1YFF B; 2W72 C; 3A9M A; 3MVC A; 2H8D B; 4MQC A; 3VRE B; 3WFW A; 2D60 B; 4OF9 A; 4NXC A; 1CMY B; 2D6C A; 3LB4 A; 3WCT D; 2GNW A; 3PIA B; 2D5X B; 2DN2 A; 4O2G A; 1HBH A; 2R1H B; 2D5Z B; 1IT2 A; 1ECD A; 1DWT A; 5CN8 A; 2EVK A; 2IN4 A; 3UHK A; 1YDZ B; 2ZS1 D; 3QM8 A; 3PT8 A; 5HLU A; 1YHU B; 2NSR A; 1CP5 A; 1MOC A; 4ROM A; 5HLQ A; 2D2M D; 112M A; 1Y8K A; 1S6A A; 1HDS B; 2MGI A; 4O35 A; 1XQ5 A; 1SI4 A; 1YIE B; 3MOU A; 3K3U A; 3E5I A; 1G09 B; 2VYZ A; 1DO1 A; 1Y35 B; 5E29 B; 1A01 B; 1OBM A; 4G1V A; 2BLH A; 1Y31 A; 4MQJ B; 4QAU A; 5CN5 A; 2ZLX B; 3UBV A; 5EUI B; 1N9X A; 4SDH A; 1RQA B; 5CNC A; 1GZX A; 5ILE A; 2O5M X; 4N7N A; 1HSY A; 1JP6 A; 4KN3 A; 1HV4 B; 1CBM A; 1IWH A; 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6HBI A; 1BAB B; 3V2Z A; 2V1K A; 1T1N B; 3S65 B; 1FN3 B; 1YEV A; 1J40 B; 1UVY A; 1DXV A; 2VEB A; 1Y7C A; 2LH7 A; 2GNV A; 2V1I A; 1MWD A; 1DWR A; 1VRF A; 1CQ2 A; 1THB A; 5E6E B; 3NFE A; 3G4W A; 1S5X B; 1CG5 A; 1NZ5 A; 4WJG 1; 2VHB A; 1C7C A; 2PGH B; 1MYM A; 3TLD A; 4DWU A; 3WCU A; 1FDH G; 2HBC B; 2ZFO D; 2ZT1 A; 2XKG A; 1GBV A; 3GOU A; 5EYJ A; 1MBD A; 1QI8 A; 5CNG A; 3ONZ A; 1LFZ B; 2HHD B; 2GLN A; 1YVQ B; 1YOG A; 4O1T A; 2VRY A; 1BZ6 A; 1O1M A; 3OO4 A; 1NPG A; 1IBE A; 4F6J A; 3QQR A; 1LFV B; 3BOM B; 3G46 A; 4HRT A; 2HZ3 A; 2ZSQ A; 2VLY A; 2OIF A; 3VRG B; 2DXM B; 3DHR A; 2OH9 A; 1OR4 A; 4ILZ A; 1LFY A; 2V1H A; 4OOD A; 3UHE A; 1X46 A; 1CP0 A; 1LH6 A; 1YH9 B; 3O7N A; 2G14 A; 2V1G A; 4MAX A; 1K0Y B; 3IC2 A; 3WCU D; 3EDB A; 5EET A; 1HBB A; 5MBN A; 3WI8 A; 1COH A; 2YRS B; 3R5I A; 3ZJQ A; 5C6Y A; 2ZST A; 1LFT A; 3LQD B; 5AB8 A; 1LH3 A; 1HGB A; 3S1J A; 1XY0 A; 1Y45 B; 2PEG B; 4MQI A; 4B4Y A; 1Y0T A; 1YZI A; 1O1L B; 1RPS B; 3WCV B; 2G3H A; 1QSH B; 3ZJO A; 2HHB A; 1G9V B; 1JF4 A; 1FAW B; 3BJ3 A; 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