2ZA3A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with uridine 5'-monophosphate from p.falciparum
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
318
structure length
315
Chain Sequence
MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNEEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Structural Basis for the Decarboxylation of Orotidine 5'-Monophosphate (OMP) by Plasmodium Falciparum OMP Decarboxylase
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 111
structure length 315
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2za3A00
2Y85A 3S1VA 1LBFA 3NPVA 2ZQ0A 5EA9A 5F2LA 2ATSA 3ZS4A 1OYBA 2VOMA 2XN2A 2ZYFA 5DELA 1QPQA 3P84A 4JD4A 4ZQNA 3G1DA 3G3DA 4CCEA 3HMJG 3CEUA 3CEPA 4LRTA 1HTIA 3OVPA 3EX4A 5TBOA 4ZMGA 4O14A 1ZHAA 4WY0A 2A7NA 3CWOX 1LLWA 3EXTA 5H91A 3RLUA 4AEOA 5CZTA 3BG3A 3DI0A 3LHTA 3PBWA 1FUYA 3M5ZA 3E96A 3T7VA 2QUVA 1I2OA 3G1XA 1H61A 4MJMA 1SO5A 2EAWA 4FNPA 1PL9A 3QFEA 4XKYA 4RLIA 2PCQA 3M0ZA 5EMUA 1KM2A 3PC0A 5EBUA 3GAKA 3RFAA 1KTCA 2E6YA 2QJGA 4FHAA 1LCOA 1JUKA 1H1YA 4IMFA 1M7OA 1AW5A 3FA5A 3CIXA 4O53A 2J24A 3L0GA 4QNWA 1JJKA 2Y62A 3DENA 5HNRA 4O18A 2YCEA 5CZJA 3NNTA 4LU0A 1MXSA 3NL6A 1DKWA 2DZTA 4N4QA 1FCBA 3B05A 3HGRA 3M44A 2NXHA 1AL7A 1P5BA 3B04A 5HR6A 2A1YA 3UYCA 3W7CA 1RQEA 3W1RA 1EP2A 3CLMA 1TTJA 3BG5A 3NEVA 1WBJA 1VS1A 3FIGA 5T26A 3VKJA 4IQLA 5BW6A 1H7NA 5D37A 3L68A 2WV8A 4FIRA 3LI1A 2FB2A 3W9ZA 3PWAA 3DFOA 2C16A 3GNNA 1SFJA 1PV8A 3NQ2A 3G0UA 1BEUA 4HPXA 5AN7A 5J5RA 3NOEA 4UFHA 1FWNA 3PSVA 7TIMA 1WQ5A 5C6MA 1F6KA 3MP3A 1PE1A 2C15A 2GUUA 5AYXA 1KV8A 2RH9A 3FKRA 3GB6A 1H51A 2QCFA 1A5AA 4LRSA 3PAJA 4JIPA 5DBTA 2CZ5A 4BI5A 1CX9A 1FX6A 3A21A 4NX5A 5F1VA 1NSJA 2NUXA 2YXGA 2AQWA 4WX2A 5D2VA 3SR7A 3NM1A 2V2HA 4UTTC 3B0PA 1SO6A 3TSMA 4HSNA 1GWJA 4AF0A 3GYEA 2A5HA 4TMBA 4IOTA 3CT7A 4P61A 1TPC1 4O28A 3W1NA 3A22A 4FX6M 4UMAA 5LGXA 3W7EA 1UASA 1F5ZA 1EUAA 2TMDA 5G2HA 1GVOA 3IRDA 3DXIA 4BI6A 1D3HA 1VCVA 1XCFA 3KRUA 3IIPA 1ZNNA 2Y89A 1TRIA 3W22A 4JGDA 4QNEA 1T8XA 4UFKA 5CG7A 2A7RA 2J6XA 3LTPA 1XBYA 3QW3A 1VCFA 5C54A 1KTBA 1TRDA 4BK9A 1H50A 3LX9A 4NJIA 3GDKA 3YPIA 3N73A 4NXKA 2YW4A 5I3IA 2V2CA 1XI3A 3T4CA 3UZ5A 3PB2A 5D2XA 3C2FA 3LRLA 3W85A 3C4UA 2QAFA 4H6KA 4O1DA 2VXNA 3W1TA 4XTIA 1GTHA 3W7OA 3NPWA 1OJXA 2B7PA 1WDWA 2QCLA 1CI1A 1H7XA 3IIZA 4CNPA 2YW3A 4OU1A 4LC6A 3TC7A 2FPTA 3VE7A 1ONRA 3NYZA 1VCGA 1ICSA 5MHBA 4GUHA 2Z6IA 2ZA2A 4JXCA 4RK8A 4R33A 3EX3A 1PS9A 4L4MA 2CFFA 1Z41A 1LM1A 4D2JA 5FF4A 1WBHA 2VC6A 3EXRA 5FEZA 2GOUA 3NR0A 3TX9A 5HWMA 2ZZ5A 4JDBA 3GR7A 3Q2DA 3BW2A 2ISVA 4M6VA 2NUYA 5F2GA 3HPXA 4BR1A 4YCOA 3M47A 3NM3A 2J9XA 4POCA 4WD0A 3PUDA 3SGUA 3WK3A 3QMSA 4UTWA 3EX1A 1Y0EA 3GDMA 4EOUA 4FB7A 2P0OA 2Y7GA 4Q33A 1XBZA 4LVGA 1Q6OA 4O0KA 1M5WA 3CTLA 2PRHA 2Y70A 1JCNA 2E6AA 2NV1A 4NJKA 3M9YA 2ATMA 5CPNA 3H53A 4EIVA 5HQEA 1Q3NA 3N34A 5F2IA 1TPFA 4JTKA 4EF8A 4O1CA 3LRMA 3W1QA 2WSQA 3W70A 3INPA 1EP3A 3LTYA 3TW6A 3PR2A 4UTKA 2R14A 2O7SA 1G4PA 2AGKA 4UTUA 3P81A 4JY9A 3OBKA 4N6FA 3LCXA 1VYRA 3TH6A 3H55A 4AH7A 1LLZA 2E6DA 1ZFJA 2NX9A 3MHFA 2NZLA 3C2RA 4RXFA 3WJSA 1LRTA 3ZWSA 1KM0A 4HPJA 2BXVA 3B0VC 3CWNA 2ZRVA 3CHVA 3EWBX 3KHJA 1SSGA 3W23A 3Q37A 2ZRZA 4A3UA 2HS8A 3DKJA 4N2YA 4MOZA 1R47A 4CNNA 3CQ0A 4RCXA 3TKFA 2DZVA 5G4EA 1B4EA 2V30A 4HNUA 5IBXC 2NX1A 1O94A 3S5OA 1OFAA 1GQNA 1TV5A 3PUEA 1I2NA 4JTGA 4L4LA 1JRCA 2V0TA 5HJLA 3MMTA 3MO7A 5AYYA 1YADA 1THFD 2QJHA 1VLIA 1JVNA 4UCGA 4AB4A 3IIVA 2GQ9A 3PY2A 3PULA 3LM7A 4O16A 3B03A 2BX7A 1W5QA 1RPXA 4JTFA 4N9CA 4PA8A 5D09A 5HUOA 1YTEA 2EKCA 1PIIA 3G22A 3LLFA 1P4CA 3I7QA 4K37A 3RF9A 1L6WA 4Y6GA 1P0KA 3NG3A 2QCGA 2X1TA 4OQVA 4LUJA 4CNOA 5J5DA 4JTEA 1WV2A 2ZCGA 1Q6LA 3MYOA 1DJNA 5FEPA 4UTHA 4AXKA 1Q6RA 2Y7EA 4Z1CA 4PEKA 4O8RA 2Z0IA 1L9WA 2OT1A 4BWLC 5HWNA 2QCDA 2X2GA 3L5AA 1H7WA 3W7PA 3M5XA 2B7NA 4GBUA 4CQ9A 5HR7A 1F74A 2QUTA 3STGA 1F6PA 4M7SA 3NL5A 1SW3A 1TPVA 1W0MA 4QJ1A 5IM51 2OT0A 1OFOA 1P1XA 3NQGA 3VE9A 1PCWA 4CQAA 1W8SA 3UNDA 3ABOA 1YXYA 3FKKA 3OEXA 2RKXA 1KFEA 2C13A 1FXQA 4UFIA 4WQ6A 2FB3A 4MIMA 2OX1A 3SGZA 1UCWA 3A23A 5LHFA 5F1UA 2QR6A 4N9DA 4JTHA 2WPBA 1XUUA 1Q6QA 1GVFA 1OX4A 4LVDA 5SWUA 1KFBA 1NAL1 5C2XA 4W9TA 5G1TA 4UUIA 2NWRA 3O15A 1YPIA 3MWAA 3FYOA 2A7PA 3G1HA 4XBKA 3NA8A 4A29A 5DBUA 1QPNA 4WJEA 3DAQA 2DZPA 1IGSA 3W7NA 2P1FA 2A85A 4LV4A 5F4XA 3SZ8A 3DBPA 4UMCA 1WOBA 2BSLA 1DVJA 4RR4A 1SO4A 1SZGA 3QZEA 4DO4A 3V75A 1SUXA 4H4IA 1FWTA 4JYDA 5L6UA 3IGSA 1NF0A 1LRNA 4FXSA 5D04C 3S5ZA 4UC5A 3ZR4A 2VFDA 3L66A 6ALDA 1KBIA 1G7VA 5AHLA 2TRSA 4FNQA 4O1BA 4MUZA 3HO8A 1I2QA 1QPRA 4Z1BA 1N8FA 2RDTA 1IXPA 4MFDA 1HL2A 1A50A 1TREA 4TO8A 1RZMA 3U6WA 2CLLA 2P10A 3UWWA 2ZDRA 2WSYA 1FDZA 4IGHA 1EP1A 3GDTA 4YCPA 3LBMA 3QC3A 1AMKA 2XFWA 1EB3A 3ABSA 1FBAA 3W76A 1WA3A 1YDOA 3P5YA 2GVLA 3PSWA 1RD5A 4ZQPA 3GXNA 4A2RA 3W71A 1LYXA 5AHEA 5E0KA 2DU2A 1GYNA 3KVLA 2FTPA 3KFTA 3TROA 1GJPA 4C1KA 1FWSA 2E6FA 3O8AA 2JGQA 3W7IA 3N9RA 3ATYA 5K9XA 3L67A 1NF7A 4DEFA 1JCMP 4MVAA 2YDAA 2JKEA 3W1LA 1YDNA 4AVFA 2VFFA 4K7VA 1Q45A 1D9EA 1I8JA 4HIBA 5D33A 2UV8G 1OX6A 2DJXA 5K9DA 3QQ0A 1UUMA 3HGSA 2C1HA 2E09A 4DO6A 4KWVA 1OYCA 4IMDA 3LDVA 3W83A 3N3MA 5K4XA 4FNRA 3ELFA 4WXZA 3W1MA 3G3MA 1S5TA 2XN0A 1ME7A 3ANYA 3FJLA 3PG9A 2QCCA 1H62A 1GZGA 5TQLA 3HF3A 3AO0A 2RFGA 3MI3A 4LTSA 2TPSA 6TIMA 3TW7A 1T0OA 2H8ZA 4A21A 1LP6A 4ONVA 1H1ZA 3CU2A 4MZYA 1FWRA 4BFAA 3W2UA 3MI6A 3LOTA 3W2NA 3W2MA 2QCMA 1JR1A 4G1KA 3NAVA 3G1FA 2QJIA 3MYPA 4NT0A 4ALDA 2G96A 3NL2A 1XDMA 1TPUA 5AC7A 3B4UA 2CU0A 3N9SA 1NVMA 3UWUA 4YLWA 3S0CA 2WO5A 1QAPA 4WZHA 5CZ0A 5A8GA 3GKFA 3QYQA 4LT9A 5CSSA 1EUNA 2OZ0A 4CQ8A 1GVRA 2QCEA 4GXMA 5CPOA 3STEA 1OYAA 4Y96A 2NLIA 4O4WA 4QAIA 4UMBA 3W84A 3G8EA 3ABQA 3MHUA 3UD6A 3P7YA 4UTTA 1W5OA 1HO1A 2Y7FA 4LNYA 4K7YA 4NU7A 5DY2A 3UPWA 3TUUA 4ZL1A 3PS7A 3S1WA 1ZAHA 4GC4A 5C5YA 3C3NA 3QSTA 1K7XA 1GT8A 1U83A 4P2VA 1W3NA 2OMAA 3CC1A 3S8HA 3LV5A 5HULA 5FESA 5K3VA 4M5PA 3DU0A 4O19A 1LROA 4AAJA 4TR9A 3WJWA 2VFIA 1G7UA 2Y63A 4I7WA 1KLYA 4S2CA 5AOUA 4HKPA 1B3OA 1K8XA 1O5KA 5AYZA 4X9SA 1YYAA 4IXXA 1LOLA 2O7QA 1W5MA 1ZAJA 4S1FA 2V5LA 4LY8A 3HB9A 1J2WA 3F03K 4ZVJA 1TCDA 1XUZA 3N2XA 3W7DA 3HG5A 1VHCA 4UNLA 3M16A 3DGRA 3NO5A 4PL2A 1U5JA 2BZNA 1XM3A 4NVTA 1S5WA 1QWGA 2FPVA 3QSRA 2WSRA 4GFSA 3GLCA 3LB0A 1SPQA 3EWUA 3DFTA 3NPXA 1HG3A 1IXQA 4K36A 5KINA 2F7FA 3FYPA 1R30A 4M6QA 3S6DA 2VEIA 2VEMA 5FF2A 3WK1A 2X30A 1BTMA 3QRHA 4E2DA 3N19B 1SR9A 3U8GA 2PE4A 3TSBA 5FEWA 3W7GA 3A5VA 2BTMA 2Y61A 4JICA 5D02A 3BLFA 2RHGA 4IJBA 1BKSA 1L2UA 4Y9AA 5G5IA 5F4SA 4HN4A 3HPZA 1LDCA 4PC8A 3HIJA 3EB2A 3N14A 3T78A 2TYSA 3C2EA 1QNVA 1TJPA 4UFMA 2FQIA 2FIQA 4JTJA 3UWYA 2V2DA 1HO4A 2CW6A 1K7FA 2YGYA 3NQMA 3WJYA 4NJGA 3A24A 1LTDA 2Q8ZA 4XBSA 1G67A 4MLRA 4UNKA 4ZQCA 1AL8A 1MEIA 4QITA 1VPXA 1TPEA 4ZQMA 4J9JA 1YXDA 3QM3A 2QCHA 4YWIA 3ABRA 3PBYA 4WOQA 2I14A 1KM3A 5BRBA 3E0IA 4MYXA 3OG3A 2ZRWA 5KMYA 3UWVA 5KSWA 5HWJA 1L6SA 4MZ1A 4JTTA 3C0JA 3H54A 3TQVA 4Z1AA 1E51A 3HJZA 3R13A 1D3GA 3HBLA 5F4WA 3SW6A 1JULA 3BW4A 1G4SA 3UZJA 1XL9A 5EY5A 1GPWA 3L5MA 4OE7A 3TFCA 4A22A 5IBXA 1W3TA 3F1QA 2KZHA 4E0CA 3TXZA 4IWWA 1EIXA 4JTSA 5E1QA 2ALDA 5LNWA 4DF1A 3W2JA 1W1ZA 5BOOA 4AWUA 3VFLA 2DORA 5CKSA 2Z1BA 3M41A 4UTLA 3PB0A 3P5ZA 1KW1A 1ZENA 3MUXA 4LV9A 4O52A 3W72A 4M6PA 4X2RA 4IMCA 3QMRA 5AB3A 2JBMA 3M1ZA 1M7PA 1N7KA 4A2SA 4GUIA 3QQ1A 1W5PA 3NGJA 3Q58A 3CPRA 1FY6A 2H90A 5TIMA 4MY1A 4K39A 1MZHA 4O50A 3W7RA 1TQJA 3LCHA 5CPLA 3DFQA 2YZRA 1ME8A 4TX9A 3UXAA 1K7EA 5D05A 3FEMA 3FLUA 1J4EA 3O16A 1B9BA 2Z6JA 3BVJA 5C55A 4O54A 2YX0A 3S9YA 3L5LA 3NQ7A 2Z2UA 2EHHA 3O6YX 4LWWA 1W56A 1W31A 4BWLA 3ZWTA 3UPBA 5LZLA 3T44A 2YFNA 3O07A 1DOSA 1ZJIA 3NXFA 3O1NA 4MY9A 2HMCA 3GKAA 1GTEA 3C56A 1OFDA 3TC6A 4ADTA 1IIGA 4QIUA 5K4ZA 3FS2A 2CLKA 4MFEA 1ICQA 1AW1A 4LVAA 5EKYA 2ZZ2A 3HG4A 3KRZA 3LHZA 2JK2A 1FCVA 1VQTA 2YSWA 4OHQA 3LXAA 4AHQA 2WNZA 5G2WA 1QPOA 2R8WA 2B0MA 1KTNA 2WNNA 3LHYA 1SU5A 1EWDA 3C52A 3WK0A 3SJ3A 1TTIA 4FEZA 5HINA 3P60A 1OK4A 4I7UA 1Z44A 3LRKA 4DF0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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