2ZBTA

Crystal structure of pyridoxine biosynthesis protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
276
structure length
276
Chain Sequence
GGMEKGTFQIKTGFAEMFKGGVIMDVTTPEQAVIAEEAGAVAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPKIIKEIMAAVSIPVMAKVRIGHFVEAMILEAIGVDFIDESEVLTPADEEHHIDKWKFKVPFVCGARNLGEALRRIAEGAAMIRTKGEAGTGNVVEAVRHARTMWKEIRYVQSLREDELMAYAKEIGAPFELVKWVHDHGRLPVVNFAAGGIATPADAALMMHLGMDGVFVGSGIFKSGDPRKRARAIVRAVAHYNDPEVLAEVSEDLGEPM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
publication title Crystal structure of pyridoxine biosynthesis protein from Thermus thermophilus HB8
rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 88
structure length 276
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2007-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zbtA00
4YCOA 1C8VA 4RX0A 2PRMA 3HPZA 2VFIA 1NFBA 1VR6A 1XDMA 3UWUA 4RR4A 1AK5A 4AAJA 3QH2A 1LROA 4JY8A 3TAOA 3E0IA 4UUIA 2JGQA 4DPQA 2NZLA 3FKKA 1TQJA 1P0NA 3RLVA 1SZEA 1JULA 4S2BA 1ICPA 4MOZA 3NZRA 1RV8A 3EX2A 2ZZ3A 4QSHA 2C14A 4G1KA 1UUMA 3GR7A 1W5NA 3GAKA 1WXJA 4TIMA 3B0VC 2YZRA 3NQDA 1ML1A 3PULA 4YWIA 3PBUA 3NM1A 3EXSA 2GQ8A 3TX9A 4UR8A 3BPWA 1GYLA 3RNDA 4ADSA 2NUWA 1L6YA 3P81A 2BX7A 2OJPA 2FJKA 1G4PA 4JTHA 1H50A 5A8GA 1SU5A 2QCMA 2QDGA 3KVLA 1TO3A 3QRHA 4BI5A 4MIMA 2FPVA 1Q6LA 3NQFA 1QO5A 4E38A 4Q4KA 1GJPA 1WA3A 5CSSA 2VKZG 1SFJA 1W37A 3LXBA 4RV8A 1PS9A 1AMKA 1KFCA 3UPWA 2AQWA 3DHFA 4QJ1A 1YADA 1M7OA 1XKYA 5T26A 4DF2A 4WOZA 3QW4B 2OT0A 4PFMA 5G2HA 1OJXA 5CPNA 3N34A 3BW4A 3CC1A 1FDYA 4MZ8A 4O17A 2LLEA 4UTKA 3CWNA 4JTEA 3I7SA 3GDRA 3OA3A 3UZJA 4PH6A 3IGUA 4WOQA 1Q3NA 5DBTA 1TIMA 5H91A 5IM51 3Q58A 3NR0A 4LVFA 4GUHA 4EOUA 1W0MA 5HINA 3W22A 1W3TA 1TJPA 3IGXA 4TMBA 4ZQNA 1GTEA 4MFDA 3WJSA 1VRDA 2JGYA 3O05A 2QCCA 3QPZA 2CZ5A 4NJHA 4AHPA 5FF0A 1EWEA 1OX4A 1MEWA 3PVFA 5FEWA 2X1UA 2W79A 1W5MA 3LDVA 3M43A 3NM3A 3QPYA 1ME9A 1N8FA 3G1FA 4NQ1A 4TU1A 2KZHA 2VXNA 5HUOA 3EX6A 5FEPA 3S9YA 1RVGA 4KFOA 1XC4A 4LS1A 1JQXA 3NEVA 1KM1A 3LHTA 1KLZA 4N6EA 1WV2A 3S6DA 1KBJA 3QYQA 4CCEA 2NX3A 3CWOX 3O07A 5KZDA 4JS3A 5BOOA 3GDMA 2ZRYA 3M41A 5EYWA 1VGAA 4JTKA 1KBIA 3BLEA 5L9FA 1A5SA 1QR7A 3IV3A 3BGGA 4LVGA 3HBLA 4MYAA 3W1AA 3HG2A 2ABBA 1W5PA 1A5AA 4Z08A 1OFOA 2F7FA 1E51A 1WYIA 2A6LA 4OV9A 1H51A 3M5XA 3C52A 3B4UA 3WJWA 2I9EA 3OEXA 2IQTA 1B3OA 1G4TA 3W7KA 3MW7A 1C29A 3G8EA 3T40A 3E12A 3G24A 1NVMA 4UTTC 1GOXA 3LBMA 3SY5A 3SJ3A 2Y7GA 3M16A 2JK2A 3QZEA 4IWWA 3I65A 1SW7A 3PC0A 3MI3A 4N9DA 2XN2A 3NQCA 1TPWA 5CZJA 4R33A 2GVGA 1H62A 1XFBA 4CNPA 3W2UA 1LBMA 4IJBA 3FS2A 2H8ZA 3HQ1A 2DZTA 4LS2A 3PSVA 4DBDA 2NUXA 5C55A 4BFAA 4MYXA 3CU2A 3QEZA 3LGEA 1F2JA 4K8HA 2ZZ5A 2VEIA 4JTSA 4QIUA 1BWKA 5FEZA 5I3KA 2V82A 2ZRUA 3G22A 3L5MA 2ZZ4A 3W6YA 1B4EA 2YW3A 3ZWSA 4Z1AA 3HPSA 1VLWA 1QOQA 1LRNA 1Q45A 3GXTA 1F73A 4M5PA 4UFJA 3FJLA 5D38A 2E5BA 4JTIA 4JNMA 3M9YA 1K03A 3LHYA 3O6DA 3OBKA 3LI0A 4ADTA 3JRKA 3GXNA 4CCDA 1FCVA 4O0KA 5K9CA 3WJXA 1J4EA 4OT7A 4OBTA 2NWSA 3I7RA 1KFKA 2HS6A 1JUBA 3B0UX 1RQBA 2ZZ7A 5AHNA 3CB8A 4E0CA 3Q94A 1G7VA 3DAQA 1VHNA 3W86A 4O54A 4JX5A 1TYGA 3M5YA 4QM1A 5KMYA 1QFEA 3UQNA 1I2OA 2DZVA 4L4MA 1OX4B 3W7PA 1IF2A 3TXZA 4O1BA 4JYFA 3HGSA 2TPSA 3FYPA 4HT3A 5CGQA 1A5BA 3PBVA 1XL9A 3P82A 1JQVA 4FEZA 4PL1A 3LV5A 5TQLA 2VFEA 2V0TA 1CW2A 3PUOA 2ZRXA 2YR1A 4RCXA 5AN7A 3THQA 3W7CA 5FF2A 1QO2A 4WXZA 1K3UA 3ABSA 2E68A 5K2ZA 3E96A 3M44A 4AHQA 2FFCA 4NZFA 3BV4A 3S1WA 3MP3A 3G1SA 5BRBA 2AGKA 2B7QA 3R13A 3L0KA 4TR9A 1SW3A 4O13A 5EY5A 1NSJA 3DGRA 4IGHA 3W1TA 3G8RA 3W7OA 3AJXA 4EVZA 3JS3A 1A53A 1KTNA 3V75A 4O50A 1SO6A 3G3DA 1ZAIA 3C56A 3WJZA 2ALDA 4EIVA 3FEMA 4Y90A 5D2TA 3DU0A 5AYYA 2BXVA 1ME8A 3R12A 3T55A 3OG3A 5D09A 4JICA 4UMBA 1QPRA 3OVPA 4TMCA 5KZMA 1SZGA 3IEBA 4N2YA 4UNKA 3SSJA 1B57A 3TC6A 4WY0B 3IVUA 3F4WA 3EKLA 3A5VA 3W70A 2WKJA 6TIMA 2EKCA 1FY6A 5G4WA 1HUVA 1PL9A 4UTWC 2OMAA 1PIIA 1H60A 1SUXA 3EWUA 3C6CA 3STCA 3ZFHA 1W3NA 3MUXA 1DBTA 1DVJA 4N02A 1F76A 4UTLA 3C2FA 4Y96A 3BG9A 3M7WA 1HO1A 4IX0A 4P61A 1QPNA 2B7OA 1XBZA 1TQXA 2ZZ6A 1YLVA 2RDUA 2A5HA 4ONVA 4ALDA 4O10A 5CZSA 2QCDA 5LZLA 2V8ZA 1F6PA 2BSLA 4RXGA 3VKJA 1D9EA 3NQ8A 2WSQA 4N4PA 5F1VA 3LCIA 3THAA 4A22A 3B06A 3ATZA 3B03A 5D05A 1D3HA 2A6NA 3KRSA 1VS1A 1G7UA 1VJIA 3VE7A 2Y89A 2YYUA 1L2UA 3G1HA 2ZQ0A 4Z1CA 5AHEA 3LHUA 2CZFA 3LXAA 1OK6A 2GUUA 3I7QA 4JTFA 1H7WA 2Y7EA 4HPJA 1G69A 1KTBA 4I9AA 3TAKA 1M6JA 2X1RA 3H54A 2CLLA 1KM6A 2J9ZA 4BWLA 2ZYFA 3PWAA 2VEMA 4HPXA 5CG7A 4ZMGA 1IXOA 3W7LA 2QUVA 4BI7A 3W74A 2C13A 3EX4A 3E9AA 3FYOA 4BK9A 1WBHA 4IX2A 4UTHA 1DORA 1ZFJA 4OQVA 3T44A 2C15A 4JR5A 3P80A 1LBLA 1TRIA 3DKJA 3GB6A 3O15A 1H7RA 2C3ZA 1YXDA 4N9EA 1NF0A 3RK8A 3TH6A 5A5WA 1IGSA 3PUDA 1KV8A 4GC4A 1O5KA 3SI9A 2J6XA 2GPTA 2Z0IA 3ATYA 3MI2A 3NL3A 3W7QA 3LX9A 3BW2A 1FBAA 2ZDRA 3TR2A 1TPUA 4O18A 4FHAA 1OABA 2E6AA 2A4AA 1P5BA 4U28A 1FX6A 1YTKA 3MHGA 4W9TA 4IMEA 3CIXA 5C2XA 4ADUA 1ZHAA 4GFSA 2Y6ZA 1JR1A 2B0MA 3HG5A 2V5LA 4YL2A 4O4VA 2H3DA 3IIXA 3NA8A 3GDTA 2WJZA 3UD6A 2ISWA 3UYCA 3RU6A 1K7EA 1YDOA 1HTIA 1R2SA 5LNVA 3T4CA 3NQAA 3CIWA 2X1TA 4LTSA 2E5DA 1I2PA 4NUWA 1LCOA 3ABOA 4K6AA 1TMHA 1YPFA 1O60A 5D37A 4MLRA 2WPBA 4GRSA 2A7PA 1OFBA 5IBXA 3GR8A 1I4NA 4ZQMA 3LB0A 2O7SA 1SW0A 2EAWA 5E0KA 4JTLA 3EX1A 1U83A 4K7VA 2FB3A 3NQ7A 3N19B 1ICQA 3A9IA 1NAL1 3GVGA 1QCWA 1UB3A 3Q37A 4K36A 1N7KA 4RZ6A 1XBXA 1AW2A 4FIQA 2CZDA 5DXXA 4FIRA 1W54A 5AOUA 4DPPA 1KM0A 1QMLA 2QCDB 1EX5A 3U2OA 3W2MA 4UFLA 1PE1A 2PRHA 4WY0F 1H5YA 1LBFA 3CM4A 3DFPA 3TSBA 1BKSA 1ZENA 5CSRA 3TKFA 2NV2A 1W5QA 5DN1A 4OWGA 4RJEA 1GQNA 1GVRA 3P5YA 3NQEA 3NQMA 2R91A 1I2NA 1LDCA 3CLMA 2Y70A 3G3MA 4N4QA 3MMTA 4OE7A 1MZHA 1LOQA 2D73A 4FNSA 1OHLA 3G1DA 5DCBA 1SO4A 4IXXA 5HULA 2ZTJA 4FNQA 3SFKA 1JJKA 5TIMA 3PAJA 1TPVA 3W7RA 3BO9A 4LVDA 3HB9A 2YDAA 1LOLA 5D30A 1EP3A 4FNRA 2CFFA 5KSWA 3DBPA 1XBVA 5I3JA 3IGSA 3M5VA 2WO5A 2CLHA 4IPIA 3MI6A 4XWUA 1VHCA 4YXGA 3W1MA 1W31A 2ZA3A 3O6YX 4MZ1A 4E2BA 3MWAA 5F1UA 4HIBA 2X1SA 2QJHA 1Z42A 1UUOA 1K8YA 2AAMA 4JX6A 5CPLA 1DJQA 3ABQA 2QCHA 1XDLA 5F2GA 5DCEA 1V7YA 3N14A 4YCPA 1TSIA 3LRLA 1LOSA 4Z0JA 4I7UA 3G0XA 1JVNA 2DJLA 3PF3A 4LV4A 5BMWA 4LT9A 2FB2A 1W8SA 1LP6A 1XUUA 1QDSA 2F84A 4UIOA 3ABRA 2FTPA 3MBFA 3S0CA 3NNTA 1EA0A 1FDZA 1LORA 3PB0A 1QWGA 3NQ6A 2ATSA 5C5YA 5J5RA 4MY8A 4PODA 4MFEA 1L6SA 2WV8A 3E02A 5G5IA 4MJZA 4NT0A 1GT8A 3L0GA 3HJZA 3QMTA 3VI2A 1T96A 1RQHA 1VC4A 5HUPA 3USBA 1LRTA 4LW7A 4GUGA 4XKYB 2E5CA 3FOKA 4L4LA 5H2ZA 3WK1A 1JCLA 1MEHA 3PBWA 3W87A 4B5NA 2A85A 3BG5A 1QOPA 1DV7A 3DH7A 2WOQA 3K30A 1TPC1 3PUEA 2EHHA 4FO4A 1VZWA 1R47A 5AYZA 3SECA 3UZ5A 5FF4A 4LOCA 5HMSA 4M19A 4KWVA 3N9RA 3GDKA 3O1NA 5F4WA 2Y85A 2J24A 4Y8FA 4A29A 5F4SA 2EPHA 4JY9A 4LUIA 4GUJA 4AF0B 1TTJA 3UXAA 5LHEA 5KINA 2Y88A 2NXIA 3VNDA 3W7IA 1T99A 3TK7A 5BMXA 3GYEA 4O15A 4IMFA 2JKEA 1QNVA 4OHQA 1OFQA 4MUZA 3G0SA 4J9JA 3HPXA 4O1AA 4JEQA 2G96A 3SR7A 2B7NA 3N9SA 1K7FA 2YCEA 1J5TA 2OZ0A 3IIPA 3L68A 1JRCA 4WY0A 3W73A 4EWND 2P1FA 3Q2DA 3PS7A 2ZA1A 3W75A 4GXMA 3EB2A 4HHPA 1YTEA 2Q3RA 4WQ6A 4JTJA 3BW3A 3NO5A 4O16A 3WJYA 3QF0A 4AH7A 1AW1A 3C2RA 5C54A 3OVQA 3TMQA 5CZ0A 3DHDA 2DZWA 3NPUA 5EKYA 4O53A 3WK0A 2W0UA 3IIOA 4LC6A 1F05A 2VFFA 5C6MA 3UY8A 3QSRA 4ML9A 4S1FA 1V5XA 1WOBA 4ICNA 3LLFA 5AYXA 1G4EA 2DZSA 1NF7A 1EP1A 2CLKA 3TSMA 1F6KA 1BTMA 5DY2A 3LHWA 1DL3A 1GWJA 1TTQA 4UFMA 3S5ZA 4NVTA 4XQ6A 3KVKA 5CKSA 3DI0A 2YSWA 4UFKA 2GQAA 1WBJA 3W7DA 4DEFA 4NU7A 3T7VA 2Q8LA 2X30A 4IQLA 1R2RA 4IPJA 4HNUA 2B7PA 3RF9A 2Y7FA 4A21A 2H90A 3W2KA 3BK0A 4H6KA 5K3VA 2ZRZA 4O19A 3TIMA 1XM3A 4O1CA 3OVRA 4WX2A 3PY2A 3LBCA 3TU9A 2ZBTA 2A2IA 2VC6A 3HGJA 2CZEA 4UMCA 1ONRA 5CPMA 1TJRA 2VFHA 3CEUA 3E49A 1JRBA 3CTLA 3S1UA 3W1QA 3GLCA 3M0ZA 2DU2A 3LRKA 4CQ9A 2ZTKA 1GVSA 2B4GA 3GX9A 2HMCA 1JCXA 4X3ZA 4H3DA 1S5WA 3NPVA 2TYSA 1BEUA 3W1NA 3O8AA 1PVNA 2PCQA 3W9ZA 4CLMA 3PM6A 1SFLA 3FJ6A 4TX9A 3I68A 3N2XA 2OX1A 5HQEA 5K9DA 4MLJA 5EL1A 1X1OA 4RZ4A 4WXYA 3H55A 3EWXA 3FA5A 3LI1A 4LV9A 4ZVJA 1QPQA 1FWWA 3A22A 2QDHA 4DF1A 1TPEA 3M1ZA 4M7SA 4RLIA 1Z41A 4K39A 5G2IA 4Y9AA 4NJGA 3BLFA 2RH9A 3CPRA 3L0NA 3VFLA 4R34A 1FDJA 2ABAA 4DQWA 2V9DA 4N6FA 1TCDA 1TPFA 4Z0SA 1O4UA 1RQEA 5EBUA 4NX0A 3HF3A 2PRLA 4O0ZA 1I45A 3KXQA 1H63A 1P0KA 2YXGA 2R94A 5I3IA 1OFRA 3UWWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RX0 A;  2PRM A;  1NFB A;  1VBJ A;  3LNM A;  2VC5 A;  3EBV A;  4IGM A;  2NZL A;  1H3G A;  1J6O A;  2PGW A;  4JAW A;  1TQJ A;  3WLQ A;  2PMQ A;  5E09 A;  2NVA A;  2WLY A;  1IEI A;  3CMF A;  4G1K A;  3ANU A;  3WQG A;  4TIM A;  2NQJ A;  3NQD A;  3BV7 A;  3RND A;  4RPQ A;  2NUW A;  3P81 A;  1KCL A;  2XZ7 A;  1P7T B;  1G4P A;  4AWE A;  4OOU A;  4GNK B;  1UKQ A;  2D3L A;  5FKY A;  3EDJ A;  1E73 M;  3VIM A;  3KVL A;  3OLE A;  1TO3 A;  3QRH A;  3SCR A;  1QO5 A;  4GIA A;  4IIS A;  1XIN A;  1W37 A;  3LXB A;  3VIP A;  1KFC A;  3CLW A;  3UPW A;  1M7O A;  4ZO6 A;  5T26 A;  4EPB C;  2FZN A;  3WQD A;  5TF0 A;  1OJX A;  3N34 A;  2WVS A;  3IJ6 A;  3BW4 A;  3WG6 A;  5CC6 A;  1XGZ A;  2AKZ A;  3UZJ A;  3IGU A;  3A3H A;  4WOQ A;  3P93 A;  5H91 A;  1GHR A;  1GQL A;  4R7O A;  3H7U A;  1PB0 A;  3SAZ A;  1JYN A;  5CPT A;  3PUG A;  3GUG A;  2ZOX A;  1GHS A;  3CH0 A;  4ZQN A;  1GTE A;  4U5I A;  2D20 A;  3CPU A;  5T9C E;  3WJS A;  1VRD A;  2JGY A;  3O05 A;  1G0C A;  2CZ5 A;  1FVP A;  2X40 A;  1U5H A;  1UMY A;  1W5M A; 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