The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
ribosomal 23S RNA
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| publication title |
Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
17
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ6 N; 3CC4 N; 5GAG P; 5JVH L; 1M1K O; 3OW2 M; 4WFN L; 3G71 N; 3CCL N; 2ZJR L; 4WFB L; 5H1S Q; 1YJN N; 1JJ2 M; 2QA4 N; 5MLC Q; 1VQO N; 4U67 L; 4IOC L; 1K73 O; 1QVG M; 1OVY A; 2ZJQ L; 1VQM N; 3CCJ N; 1QVF M; 3CC2 N; 3CCQ N; 1Q86 O; 1YIJ N; 1YJ9 N; 4WF9 L; 1KC8 O; 1VQ7 N; 3PIO L; 5GAH P; 3G6E N; 1Q81 O; 4WCE L; 3I55 N; 1Q82 O; 1KQS M; 1VQL N; 3CCV N; 3CCR N; 5JVG L; 1VQN N; 3CCU N; 1VQ4 N; 4UY8 O; 2OTJ N; 1K8A O; 3CPW M; 1ILY A; 5HL7 L; 3CCE N; 1N8R O; 2ZJP L; 4WFA L; 5DM7 L; 1VQ9 N; 2OTL N; 1NJI O; 3CF5 L; 3CD6 N; 3CMA N; 1Q7Y O; 4IOA L; 3J7Z O; 5GAE P; 3CCM N; 3G4S N; 1KD1 O; 3CXC M; 3CC7 N; 2QEX N; 5GAD P; 1YJW N; 4IO9 L; 1VQ5 N; 1YI2 N; 1YIT N; 3DLL L; 3PIP L; 5DM6 L; 1YHQ N; 3CCS N; 3I56 N; 1S72 N; 1VQ8 N; 3CME N; 1W2B M; 1K9M O; 1VQK N; 1M90 O; 1VQP N; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D0O A; 5TKY A; 4JI0 K; 4WQ5 C; 1XI1 A; 1B9F A; 4KH5 A; 2FXU A; 5AQH A; 3O8M A; 3VEV A; 1EKE A; 4CGH A; 4K43 A; 1W0H A; 3QBW A; 4CFB A; 4BRI A; 3HI0 A; 3THY B; 4KI4 A; 4LF6 K; 4BR4 A; 1NK9 A; 4BG9 A; 3QDK A; 2F9T A; 2IIR A; 4O0J A; 3VA0 A; 3QIN A; 5J2P A; 5E26 A; 3RSE B; 3I8D A; 1YIJ N; 4LH5 A; 4ILG B; 3L0Q A; 4CHY A; 3H6E A; 4DS4 A; 3L4I A; 5BRH A; 4FLY A; 4JV5 K; 3ZT1 A; 2CGK A; 4CD3 A; 4CJ7 A; 2P5G A; 1T44 A; 4F8R A; 3G6E N; 2RKI A; 4BR7 A; 4C23 A; 1Q82 O; 2G8K A; 3VEN A; 2KKZ A; 5ADX H; 4DQI A; 1ASW A; 3TSQ A; 4B3O A; 3WUH A; 4DSL A; 4ELU A; 5AQW A; 3B8A X; 3DYA A; 3C95 A; 3ZYY X; 4CJL A; 5E84 A; 3M8P A; 4B8A B; 4KTQ A; 1BUP A; 1KAY A; 4H4M A; 1SKW A; 3SAH A; 2IVN A; 4JK8 A; 4LF8 K; 3DJC A; 3E66 A; 4WQ5 A; 4ZTF A; 1TK8 A; 1VSE A; 1UAX A; 4DKW A; 3SQ0 A; 1TUY A; 4AF1 A; 3OYA A; 4OKE A; 2HBJ A; 2WUS A; 3FLC O; 3LAL A; 3RVC A; 1NKC A; 2W6L A; 3PO5 A; 3NVM A; 3HVT A; 3OY9 A; 3I8B A; 1IKW A; 4W5N A; 5FRM A; 1NJW A; 3E9L A; 3M8Q A; 3WXJ A; 1U4B A; 2OYQ A; 4DTJ A; 4CEC A; 3MN5 A; 3L2Q A; 3CG7 A; 3VES A; 4LD0 A; 1W97 L; 3HOT A; 2HHT A; 5AQM A; 1BIS A; 1ATN A; 4NCB A; 1RTJ A; 5AQS A; 2IGI A; 1K9M O; 5JMV A; 5J1E A; 3VN5 A; 1JCG A; 1C1A A; 2JGU A; 1D5A A; 4DU4 A; 2F4V K; 4KH4 A; 3MX2 A; 1QQN A; 1S1U A; 2FF3 B; 4CEE A; 3LPT A; 4ID5 A; 2BE2 A; 4BGA A; 3H1Q A; 3DXM A; 2NRX A; 3NFA A; 2FLO A; 2P9S A; 3L6Q A; 3S9H A; 5KQ8 A; 4OPK A; 4JKG A; 4UQG A; 4R5P A; 3U3Y A; 1IBK K; 4PKG A; 4E7H A; 1FKO A; 1QZ6 A; 1VRU A; 4J2B A; 2P51 A; 2OPQ A; 1CZ9 A; 3HST B; 4KHW A; 4Z4C A; 1VQM N; 1KRP A; 1HNX K; 3CCJ N; 3PY8 A; 3LAK A; 4K8X A; 1A5V A; 4BDZ A; 3VTI A; 1S1W A; 3J81 O; 1NMN A; 1RDD A; 1OH7 A; 4KH6 A; 3D2E A; 4FK2 A; 3HK2 A; 2OPS A; 3TAF A; 4J2A A; 4Z4F A; 4B9Q A; 3PSF A; 5I3U A; 5BPM A; 2HHH K; 2Z1I A; 4DF8 A; 3L8B A; 4L8R B; 4DR4 K; 4E3S A; 3VQB A; 4FJ7 A; 3CCU N; 4FM0 A; 3SNN A; 4UY8 O; 1ITG A; 1KLM A; 3SV3 A; 1EWR A; 3KJV A; 1NGJ A; 3IS9 A; 4M3U A; 3EEQ A; 1RT5 A; 2YNI A; 4AHV A; 4FVU A; 2X6S A; 3P39 A; 1XNR K; 1C1B A; 2PY5 A; 1LAV A; 1QSL A; 4Y0W A; 5C42 A; 4Z94 A; 2KLA A; 2QKB A; 1RBT A; 3SQ2 A; 1KVC A; 4H0T B; 4CEB A; 2HMI A; 5F2R A; 1XMO K; 3J8A A; 1Y64 A; 4LSL A; 5AQO A; 3AVL A; 4QS8 A; 2HF3 A; 5AQP A; 2I5J A; 3AVK A; 4M3R A; 5DM6 L; 4BAC A; 4IJN A; 4IZ9 A; 2VGN A; 3CJ7 A; 1W2B M; 1D4X A; 5LL6 Z; 3NH0 A; 3JSM A; 3HYF A; 1IO2 A; 4KRF A; 4HUE A; 3QEV A; 1SAZ A; 3VEY A; 1GLL O; 2P9U A; 4WYB A; 5TKW A; 4DV5 K; 4H03 B; 4O8U A; 3SBT A; 3LL3 A; 4OKK A; 4FM1 A; 2IVP A; 3TSP A; 1RDC A; 3VQA A; 1QQC A; 5EVZ A; 5JLF A; 2G8H A; 4DQS A; 1XWL A; 3M6G A; 2GUP A; 1RTH A; 1ATR A; 5M1N A; 3CC2 N; 5J2M A; 3DLG A; 2LSN A; 1C6V A; 1HUX A; 3NGZ A; 4N41 A; 4H5R A; 2PYL A; 3CJB A; 4KV8 A; 1IKX A; 1RFQ A; 4CJT A; 5HRN A; 3FZM A; 2B6A A; 1U47 A; 3V9Z A; 2UYT A; 4CFA A; 3I55 N; 1J9A A; 4AH9 A; 1GLF O; 1RT4 A; 4FW1 A; 3TU5 A; 3QEX A; 3P1G A; 4B8C A; 1EWQ A; 4CJP A; 2Q0U A; 2EX3 A; 4OKJ A; 3S3O A; 1QS4 A; 3E1Y A; 4DMN A; 1HNZ K; 2YX6 A; 5KPR A; 1BU6 O; 4QOZ B; 3FGU A; 1BIU A; 2GEM A; 4YOY A; 3VQ8 A; 2O8B B; 3A5L C; 1ZYQ A; 2FSJ A; 3P83 D; 4GY2 B; 4YOX A; 1WLJ A; 3BF1 A; 3M8S A; 3OHR A; 2HHV A; 1QZ5 A; 5AFU H; 3SYZ A; 1IJJ A; 4BWM A; 3J7Z O; 3EE8 A; 3C6H A; 5FPN A; 1BL3 A; 1UA0 A; 3KK2 A; 2DFE A; 4BE0 A; 4FL9 A; 3EY1 A; 2ZGY A; 1JCF A; 3WEE A; 1RBS A; 4EHT A; 5I9E B; 4NB4 A; 1V4S A; 4O0I A; 2NNW A; 1YT3 A; 1YJW N; 4KB0 A; 3HM9 A; 5AQF A; 3S3M A; 3ZT3 A; 1GLD G; 3ZSY A; 1E3M A; 3IRX A; 1KAZ A; 4PKH A; 5J2Q A; 1VQK N; 3C0B A; 3NGY A; 4YOU A; 3THX B; 3NMU A; 3DRP A; 1RCH A; 4JI6 K; 1LOT B; 3RMB A; 4YNQ A; 1N33 K; 2ZJR L; 4E1J A; 2O8F B; 3LDN A; 4FYD A; 4CHZ A; 4MFB A; 3L3U A; 4B1U B; 4Y1C A; 1TGO A; 3T3F A; 3TWH A; 1J54 A; 2D4W A; 2JWL A; 2W41 A; 5HBM A; 4BC4 A; 3SAG A; 5AQK A; 4IWV A; 3AVJ A; 1WUA A; 1BGX T; 4M45 A; 1QQO A; 4E7L A; 3LDL A; 4CBU A; 3KKS A; 4BWJ A; 5HRP A; 3GG4 A; 1BWF O; 1Z05 A; 5GAH P; 4YFU A; 1RDU A; 2JWK A; 4BR5 A; 3FZF A; 1QQM A; 4PKI A; 5HRS A; 4M3W A; 1KQS M; 3QNN A; 1S6P A; 2ZD1 A; 4BG8 A; 1NK0 A; 1EO1 A; 1VQN N; 1BQM A; 1NK5 A; 1WSJ A; 3AVN A; 4DFK A; 3WQU A; 4W5O A; 1FW6 A; 5AQG A; 4GVM A; 3NBP A; 4JI8 K; 3HP9 A; 2WBN A; 1RIL A; 3OJS A; 3CFP A; 4FJH A; 4KRE A; 3O1W A; 1I3A A; 3D2F B; 2J4R A; 3CM6 A; 3MWP A; 5BPL A; 5AQZ A; 3KLG A; 1VQ9 N; 3VA3 A; 3O9S A; 3KIO A; 3AA3 A; 2XY5 A; 3TPQ A; 1SL0 A; 1IG8 A; 4A5B A; 1JLF A; 2FBX A; 3AO1 A; 2VCP A; 1KD1 O; 2PBD A; 2Y1J A; 1HKB A; 3THW A; 4GV9 A; 3ZEU A; 1BHL A; 3LWL A; 4AM7 A; 1KCF A; 2WON A; 3CQ8 A; 3VQ5 A; 4BC2 A; 2Q3S A; 2P9L B; 4EP4 A; 3VEX A; 2A42 A; 3T1A A; 3OBY A; 1M90 O; 3J7A P; 3AVF A; 5AQR A; 2EWS A; 5C2F A; 3O08 A; 4ISG A; 3VQ6 A; 1SS6 A; 3MXJ A; 3ZCM A; 2AP1 A; 3ZT0 A; 4CGJ A; 2FSN A; 2VWK A; 4XIU A; 1WSE A; 5C15 A; 1P8Z A; 1DKG D; 2QWL A; 4GW6 A; 4K41 A; 2ZGZ A; 2BDP A; 1Z26 A; 4R79 A; 1GLA G; 1RT3 A; 2KHO A; 4I2P A; 5C2D A; 3RR7 A; 1OH6 A; 1Q86 O; 3C7N A; 3CET A; 4HUG A; 2I7P A; 4JKA A; 3SPZ A; 1C0F A; 1KFD A; 4DQQ A; 3U6F A; 2ASP A; 4BRD A; 4IO8 A; 2QWO A; 2OAN A; 3O3F A; 3ITH A; 5LJV A; 3AVA A; 3KKR A; 1TYQ A; 1KFS A; 1KVB A; 1O1W A; 2GUI A; 4CFD A; 4X66 K; 1WAF A; 1TKD A; 3GE1 A; 4DUZ K; 4DB3 A; 3TAR A; 4DV2 K; 3RRH A; 2B5J A; 1FXX A; 3HTV A; 3CCR N; 3R9P A; 4A59 A; 4CK1 A; 5SWM A; 4JKD A; 2HST A; 3OYC A; 4CVN E; 2FC0 A; 2Z1J A; 5GIP A; 3RR8 A; 4E7J A; 4CFC A; 4HTL A; 3GBT A; 3K5N A; 3MED A; 3VF6 A; 2FSK A; 4I2Q A; 4WFA L; 5DM7 L; 2HMP A; 3C94 A; 4MDB A; 5EY4 A; 4X62 K; 1IH7 A; 3VQP A; 4EHU A; 1QSY A; 5BN8 A; 5CHI A; 4V19 S; 4BVP A; 5JLH A; 3TSU A; 4A57 A; 3SBG A; 4JNE A; 5LJW A; 3CQX A; 1HYS A; 4IG0 A; 1NLV A; 5CZ1 A; 4NCA A; 3H45 C; 4CJW A; 2QEX N; 1RT2 A; 1C0U A; 4BR9 A; 4JKH A; 2NRV A; 2VG6 A; 1HPM A; 2ASO A; 2YNF A; 3AO4 A; 4Z4I A; 4AM6 A; 1ATS A; 3L2R A; 4FOI A; 1X3M A; 4AQY K; 3KD5 E; 2ITG A; 1BDG A; 4F3T A; 3QBX A; 3MN7 A; 5AQX A; 4LSN A; 2Q2R A; 3ENB A; 4FJL A; 4JK9 A; 4H0X B; 4RW4 A; 1ZBL A; 3ZSO A; 5AQT A; 1TL1 A; 2Q97 A; 5BRF A; 3DM2 A; 1QHT A; 4WFN L; 4J8F A; 3KLI A; 4O5F A; 3HL8 A; 3ZET A; 1SKR A; 4JI4 K; 3M8R A; 4DR2 K; 3P38 A; 4GVE A; 2O8C A; 1E4F T; 1SL2 A; 5I42 A; 3VQE A; 3ULD A; 4CJ3 A; 3SAF A; 2YHB A; 4TSX A; 5GIO A; 1K6Y A; 5DMR A; 3RRG A; 3UKR A; 3AA2 A; 4OJR A; 3K5O A; 3LAN A; 4XH4 A; 1YJ9 N; 3MN6 A; 4WF9 L; 2QWP A; 2E6L A; 4KPY A; 2A1R A; 4DV0 K; 2HBL A; 3KD1 E; 2KFZ A; 2HW3 A; 4FWK A; 4OVL A; 5E41 A; 1JLE A; 2A40 A; 3OA9 A; 4KFB A; 3FR0 A; 1A5X A; 4QCL A; 3DLK A; 3LDO A; 3ULE A; 2QI2 A; 2G8V A; 1T05 A; 3EN9 A; 3PUF A; 2YKN A; 2F9W A; 4FPA A; 3GDQ A; 4DSI A; 4H5W A; 4KB1 A; 4B9V A; 3AA4 A; 1I39 A; 1NM1 A; 3UKU A; 3KK1 A; 2E88 A; 5M1F A; 4GV3 A; 1U2V A; 4IFE A; 1N8R O; 1ZBF A; 3ZT2 A; 1VRT A; 4K42 A; 2VWJ A; 1U48 A; 4B3M K; 2CH6 A; 2V7Y A; 3FFI A; 2OTL N; 3OYK A; 4IOX A; 2NRZ A; 2A1S A; 3DXM B; 3SJJ A; 2P9S B; 3A2F A; 3S3N A; 1WAJ A; 3CJ9 A; 2HHU A; 4JKG B; 1KVA A; 3DMJ A; 4MLH A; 5FPE A; 3K9J A; 4H5N A; 3O80 A; 4M3Z A; 2ASM A; 4DS5 A; 4YOW A; 1YIT N; 2NRT A; 4CHQ A; 3PIP L; 3R3L A; 1S72 N; 1NGA A; 3D2E B; 3B6P A; 3SZ2 A; 4DTS A; 2ZF5 O; 4CIF A; 3MK6 A; 3ZSW A; 3WNG A; 4BR2 A; 5GAG P; 3ATU A; 3V1Q A; 1QSS A; 2QXF A; 4DSF A; 1WOQ A; 5H1S Q; 2IVO A; 4G1Q A; 4DUY K; 5MLC Q; 2NZT A; 1NGF A; 3NCI A; 3KVG A; 1JKH A; 4IOC L; 4AHC A; 4CJU A; 4FO0 A; 4GKJ K; 2ZJQ L; 3HPH A; 1RGI A; 3NGI A; 2HOE A; 2E2Q A; 3QB0 A; 3I0R A; 3VEZ A; 3OS2 A; 3ZSX A; 3Q7B A; 4ZTJ A; 1KC8 O; 1VSJ A; 4H0V B; 1L5U A; 2BGG A; 1O13 A; 4PL8 A; 5BR9 A; 1TKZ A; 5DK5 A; 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1LWC A; 4QAG A; 4QS7 A; 1N6Q A; 3HJF A; 4CF8 A; 1JXB A; 3VOV A; 1T8E A; 4FLU A; 3TAM A; 1YXQ A; 3CJA A; 4JD2 A; 4WCE L; 4DTO A; 2E1Z A; 4BRH A; 4NYF A; 2RPI A; 3WEE B; 3CCV N; 4H5T A; 1YF5 L; 5J2N A; 1LWF A; 4DR6 K; 4FLZ A; 4EAH D; 3CFO A; 1S5J A; 1F21 A; 4E19 A; 2E20 A; 2Q36 A; 1W9H A; 4ELV A; 4J2E A; 1RBU A; 4AHT A; 3RMD A; 1IKV A; 5CY4 A; 1HPZ A; 2F8T A; 3U3G A; 1S1X A; 3KHY A; 1ZBU A; 4C1N K; 2XY7 A; 4FJK A; 1DT9 A; 1LW2 A; 4DV3 K; 4KHP K; 4BVO A; 4FVM A; 4FLV A; 4B1Y B; 1OKJ A; 4BQL A; 5GAE P; 4MO4 A; 3VPZ A; 2NLX A; 1LW0 A; 4LFB K; 1DGK N; 3HVR A; 4Q5V A; 3QES A; 4FJ8 A; 4X65 K; 4E89 A; 1RNH A; 1NJX A; 4BRK A; 2O8D A; 2KQ2 A; 1CZA N; 2KZM A; 4FJ9 A; 3AO3 A; 1VQ8 N; 1XNQ K; 1EQY A; 3F73 A; 4C8L A; 4DQP A; 4L3Q A; 4FJN A; 4JK7 A; 1NMD A; 5EXW A; 4E0D A; 1CLQ A; 3DOL A; 3F9M A; 4CZL A; 3CC4 N; 1TKT A; 3ENH A; 4FWP A; 3QEP A; 3FZH A; 3VTH A; 3QIC A; 3PX0 A; 4I9Q A; 3V1R A; 5JIC A; 4JYA K; 1JCE A; 1I94 K; 4BRC A; 1S3X A; 4OX9 K; 3HBT A; 1X9S A; 3AGK A; 3T19 A; 1NGI A; 5KTQ A; 4DQR A; 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