2ZJRL

Refined native structure of the large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords ribosomal 23S RNA
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjrL01
5H1SQ 1YHQN 1VQPN 1YJNN 1S72N 3J7ZO 3PIOL 1VQMN 1VQKN 4IO9L 5DM7L 1Q86O 3CCQN 5GADP 1VQ7N 4IOCL 3CMEN 4UY8O 2QA4N 3CC4N 1KD1O 3CMAN 1YITN 5HL7L 3CC7N 3CCVN 3CCRN 3PIPL 3G6EN 1VQ4N 3I56N 3G4SN 1NJIO 2OTLN 3CD6N 1VQ5N 1QVFM 1Q7YO 3I55N 1K9MO 5MLCQ 1YIJN 1VQON 4WF9L 3CXCM 5JVGL 3CCUN 1N8RO 3CCMN 5JVHL 3CCEN 3DLLL 3CPWM 3CF5L 3CCSN 3G71N 3CCJN 1YJ9N 1VQLN 4U67L 1KC8O 4IOAL 1K8AO 2ZJRL 5GAEP 3OW2M 1Q81O 5GAGP 2ZJPL 4WCEL 1W2BM 3CCLN 1M90O 1K73O 1VQ9N 1Q82O 1QVGM 1KQSM 4WFAL 1ILYA 1JJ2M 4WFBL 3CC2N 1VQNN 2OTJN 1M1KO 2ZJQL 1YJWN 4WFNL 1OVYA 1VQ8N 1YI2N 5GAHP 5DM6L 2QEXN 1VQ6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGDA 1YHQN 3A8YA 3AVLA 1V4SA 5FPDA 4CFCA 1T05A 5HOOA 4BRMA 1NJWA 1NK7A 1RT5A 1P8ZA 4O55A 3VQ5A 3EKUA 1GLDG 5BR9A 1VSJA 1Q86O 3O9QA 1RDBA 3FLCO 3KWGA 5AQVA 1QSLA 5CYMA 5CHIA 1QQNA 4IFEA 3MXMA 1HQEA 1QE1A 4NCBA 2Q3SA 4JRQA 4B1WB 3LDSA 4JKBA 4I7FA 3CM6A 3L4IA 4BVPA 4IO8A 3DXMB 5EVZA 3K0SA 4FLWA 3QEWA 1QVFM 1HPMA 1S6PA 1BIUA 4GVMA 3SPYA 3DLHA 3CI5A 3D0PA 2JWKA 4CJSA 3KTQA 2KW4A 3CXCM 5AQYA 1NG9A 3NBPA 4K0KK 3LDNA 1WAJA 4H5RA 3CF5L 4DS5A 4JKFA 3G71N 2Y1JA 4W5NA 3ISNC 4BE2A 3ATVA 3PX6A 3NCIA 1W9HA 2F4VK 2WUSA 1TKXA 4H4OA 3OYCA 2VG6A 3UE5A 4JRPA 2E6MA 1S3XA 1JL2A 3UKUB 2G8UA 1L3SA 4ISEA 2OZSA 4YNQA 3H1VX 4IWVA 4JKHA 4CK1A 4BVOA 2Q1NA 4R79A 4JV5K 1BHLA 1WN7A 4Y0WA 4HHTA 5LY3A 4HCBA 2P9LB 1HQUA 3DRPA 1SZ2A 3SMSA 3AVCA 1GOBA 5H1SQ 1I39A 3SBTA 3C6AA 1J54A 4DF4A 2E4LA 1REVA 4DQRA 4DSEA 3OYFA 4CFBA 4Z4FA 2AJQA 3H08A 1VSEA 3J7ZO 1C1CA 1RTHA 3ZEUA 3G10A 5AFUA 4N56A 4DTRA 5JS1A 3VQ4A 3ULEB 4IG3A 3TAMA 5KQ8A 3OYHA 4DQQA 1L3TA 1RBVA 1X3MA 3CCQN 2OZMA 4BE1A 1ZYQA 2P9IA 3H45C 1BU6O 1ESVA 3PX4A 2XO7A 1Z26A 5HL7L 4FL9A 5HRPA 4WQ4C 1X9MA 1EX4A 1IKWA 2DPNA 3OBWA 3THWA 4AQYK 3NHGA 1WLJA 3SV4A 3BUZB 3N4QA 2P51A 1S1XA 4FK2A 4CBXA 4DSJA 3W3DA 4JHDB 3NH2A 4CJKA 2FC0A 4DTJA 4KH4A 3UKRB 3HPOA 4KHQA 3O4QA 3RMDA 1MA9B 1W97L 1K8KB 3V1RA 3GE1A 4CHNA 1JLCA 4EHTA 1K6YA 1T3VA 2G8HA 3MX2A 3QBWA 2A42A 3CCEN 2A1RA 4KH6A 1NJYA 2X6SA 4H0PA 3VENA 5GAEP 3HK2A 2QKKA 1A5XA 3CCLN 1TVRA 3LDPA 1RFQA 1XC3A 4CF9A 1KRPA 5AQOA 3EY1A 4CBUA 2B6AA 4H5TA 3OYIA 3L4QA 4WFBL 4CD1A 3KK7A 2F8TA 4DFKA 2KHOA 3M3ZA 2NRRA 4M3XA 1VK0A 3SK3A 1RT3A 3HSTB 4F3OA 3KIOA 3ZSZA 4BRAA 3O5BA 3KLHA 2G8FA 4DTSA 1VQ8N 4MO4A 4FVUA 3SAGA 4ISFA 4CJVA 2XY5A 1KXPA 4MLHA 4LFBK 4B3MK 4Z4EA 1X9WA 5J2QA 1JLFA 1NK5A 2RHKA 3ZLJA 4CEQA 4KHYA 2YJFA 2HW3A 1TUYA 1SL2A 1S6QA 4DSIA 1ITGA 4BC2A 5AQUA 1KLNA 4M3TA 4CJLA 5IT9O 2A6AA 3K5MA 1VQ7N 1TAQA 2BGGA 3L2QA 2D0BA 4N47A 3DXKA 2D0AA 3AGKA 5KPTA 2OPPA 4O0JA 4CZIA 4A59A 3EL2A 1KD1O 5GIOA 5JICA 4CGHA 1NJXA 1WSFA 4DV5K 3ATUA 1YVNA 2BTFA 3O3GA 4CHOA 5HP1A 1DT9A 3DLKA 3L2UA 1NJIO 2HNYA 2P9NB 2VGMA 4FWNA 1KVCA 2UUAK 4DUZK 4X65K 2OYQA 1QHAA 1OKJA 5C2FA 1CZ9A 3E66A 4K41A 1SKRA 2DFFA 4N5SA 1XC9A 3OYAA 4OGCA 3VOVA 3P1GA 3WNGA 4IEIA 3I0SA 3R6MA 1EETA 4JS4A 1TK5A 3KHYA 3SQ4A 1KVAA 4FWKA 4U67L 2WOMA 3LP3A 3HM8A 1L3VA 2HNDA 3AAPA 2F9TA 4IEEA 3VEZA 4I9QA 2A5XA 1ATRA 3HPGA 4BRDA 4LF5K 2GWKA 3ZSQA 4FJLA 4QS9A 2VG7A 1QVGM 2NZTA 5FRMA 3WQUA 1BCMA 5AZIA 4FSVA 3SYZA 2RF2A 1ILYA 4JK9A 4YOVA 3AVJA 3CFPA 4MLEA 3ZETA 4EP5A 3QEIA 5I42A 4HCCA 2VGNA 3O9TA 3PO5A 4BDYA 3OJSA 4WFNL 3ZSOA 4CERA 1NMNA 1RT7A 4BR0A 4DR2K 4B9LA 4CEEA 4CESA 5C0YA 4AHRA 1YI2N 3IDHA 1U48A 2PZSA 3ID8A 2Q31A 3O6WA 3Q7CA 2FF6A 3P31A 3RMCA 3RTVA 1S22A 2IDOA 1WAFA 2QWQA 4FLXA 4DSLA 4O5FA 4FLYA 5KPRA 4F9OA 2YNIA 5J2MA 3CERA 3ZT0A 2O4IA 4HUEA 4FJXA 3D2EA 1NOZA 3E9PA 3OA9A 4LFAK 3S3NA 4LF6K 2HHQA 2E1YA 2FBTA 2BANA 2P9KB 3OYBA 3VETA 4BRCA 1NU0A 4CF2A 1XHXA 1TK0A 3U4LA 3WXMB 4KTQA 5C2DA 2YV0X 1EO1A 3HXMA 1YVUA 3I56N 4FLTA 3AVGA 1N6QA 1NK0A 4K42A 1HYZA 3J80O 1KAYA 1Y97A 4HVJA 4B1UB 2VWBA 1WSJA 4OPHA 1QQCA 3LL3A 1LAVA 5CYQA 2ZM6K 1RTDA 3AGRA 2AP1A 1UA1A 3CCUN 3SNNA 2QWNA 3DLEA 5AJ3K 2Z1HA 4LFCK 2NRTA 2ITGA 2FBVA 4JS5A 3OYLA 1Q9XA 4CE9A 3AVNA 3R9PA 5KRSA 4KTWA 4CEOA 3ULDA 4FJIA 3MWTA 1K8AO 3RWUA 3B6OA 3LZIA 2ZJPL 3M8SA 4CJEA 4J2BA 4LF8K 1S9GA 1IKYA 2YCHA 3LDOA 5E41A 3BF3A 1FKOA 3QERA 1NGFA 5BRFA 3GDQA 3THVA 3KLEA 3DYAA 3D6RA 4F2RA 3FFIA 1UA0A 3AVFA 3C0BA 4F4KA 1KVBA 4LH4A 3VGMA 1QQOA 4DU1A 3C95A 2YJEA 3FR0A 1SUQA 1NGDA 1RCHA 3THYA 2ASOA 4E19A 3ID6A 1VHXA 2V51B 3K58A 2HB5A 3P5JA 1IKVA 4HTLA 5AQPA 4A5BA 3HL8A 1T6DA 2I7NA 4J2AA 4A62A 1IBLK 3O3FA 4DSFA 1S1WA 4RG8A 1N32K 4YY3K 1TV6A 2E1ZA 3VF2A 4BR4A 1W7AA 3SUOA 4OX9K 3HBTA 4FJ9A 3H3OB 3S41A 3THXB 4DTPA 2UUBK 3HOTA 4NO7A 5E84A 2KKZA 4UQGA 1JLAA 2QA4N 4TSXA 3SQ0A 3MEGA 1U49A 1UAXA 4C8OA 1GLFO 3AO5A 3IUCA 3HYFA 5ADXH 3G4SN 5HLFA 4KREA 3BZKA 3ZT1A 4H0TB 3CJAA 1B9DA 3O9SA 4YORA 4AM7A 4C8KA 1XHZA 1C0UA 5A2QO 1YXQA 4DV4K 5I3UA 5MLCQ 4ELTA 3VQQA 2LSNA 3MAQA 2EWSA 3TU5A 4YDUA 4PUOA 4F2SA 4IFYA 5F2RA 3O8MA 4DU3A 4AHVA 2P1JA 1T8EA 4PL8A 3ZX3A 1BL3A 1L3UA 3F5TA 3JAMO 3C7NB 4YOUA 3IMXA 1RTJA 4BRIA 4B8AB 4I6MA 1S1TA 3PY8A 3LM2A 4WCEL 4KAZA 4JI6K 1IG8A 4Z4GA 1BI4A 3M6GA 2E2OA 3WNHA 2DY4A 5F0XA 5EOYA 3A5OC 4CJTA 1ASUA 4KI4A 1X9SA 1JCGA 4X64K 1CXUA 2IS3A 4YHHK 5F1XA 2YX6A 1MWKA 3RMBA 2ITMA 3VQAA 2DTUA 2YNGA 2QWRA 3LP2A 4CZLA 3ZT2A 2KFZA 3W0LA 2G8IA 2OPSA 3DRRA 2QW9A 2YHBA 1RT4A 2YHXA 1C1AA 3DWLA 2E2NA 4H0YB 4V19S 5HBMA 4X66K 1S72N 3M5RA 5SWMA 3MN7A 3OS2A 3AY9A 4RW9A 4N41A 3MXJA 4Z4IA 4F3TA 3QETA 2W40A 4CJUA 1X9JA 1GLJO 4FJJA 2HVIA 3SCXA 2PAVA 3DXMA 4C8LA 1WSHA 3E1YA 3P83D 4BDZA 3GBTA 3TR8A 3T69A 3VQ8A 3VERA 3V6DA 4KPYA 1XNRK 1BQNA 1V4TA 3VTIA 4B9MA 4MO5A 3CETA 1WNSA 5AQXA 1GOCA 3OBYA 3EE8A 3KK3A 3VGKA 4JAXA 3ZSWA 4B9QA 3KLIA 4JKAA 4K8XA 3HJFA 1NOYA 1J5OA 2W42A 2QM1A 3FZMA 2QWLA 2NRXA 3O1BA 3ZSRA 4JYAK 2D0CA 2HBJA 1YTAA 4HWIA 2YNHA 1RDDA 1LAWA 4LD0A 4JD2B 2O8BB 3UKUA 4DUYK 3TSQA 3A0IX 4ICLA 1J53A 4CF8A 1GOAA 5J2NA 2YKMA 1K73O 3U9DA 5KGWA 1BUPA 4DB3A 1Q82O 1TUUA 2JGUA 1XWLA 4DFPA 1C1BA 4H0VB 4CIFA 2P9LA 3CC2N 3VQDA 1BA0A 1X1PA 3PV8A 3EYZA 1M1KO 3WNFA 1B9FA 4CHYA 2ZWHA 3A5NC 2RPIA 2X78A 4B3SK 5KQDA 4IDKA 1S1UA 2RKIA 2ZQBA 5HRRA 4H0XB 4JI3K 2D1KA 2IVNA 4FCYA 4MDBA 1GLBG 3V4IA 3ULEA 2IC3A 3QB0A 4CEZA 4CHPA 2GEMA 1YJNN 1U2VB 4BG9A 4C1NK 1YT3A 3KK2A 4M41A 2F9WA 4K43A 4FM1A 4HTUA 4L3QA 4DR7K 1NGIA 3PUFA 4QS8A 3GOIA 5C10A 3G0ZA 4H5NA 1N33K 4GNIA 3SAFA 4FJNA 5HRNA 1CZBA 4FZYA 4FJ8A 4GMJB 4EZ9A 1D5AA 3O1WA 3TTCA 4A2BA 1LWFA 3AVBA 3JXUA 4UY8O 1Q9YA 1X3NA 1RBTA 1RT2A 3FZLA 1YITN 3BY5A 4JHDA 1IO2A 4JI7K 3UKRA 3AO3A 3G6EN 3QNNA 3HRGA 3HVTA 1ZXOA 1K8KA 2F8SA 4BDPA 1RBRA 1VQ5N 1FK9A 3ASMA 4YDUC 1EP4A 3I33A 2E20A 1N36K 1EXQA 2D4WA 5BR8K 4IDHA 3MEEA 4FJMA 2HHUA 4BC3A 1RT6A 2P9UA 2HHVA 4OPKA 3AV9A 3OHRA 3P4IA 2E6LA 1R0AA 2ZJRL 2ASPA 4WYBA 3QFUA 5LMNK 1RDAA 1D9DA 4W5OA 2FBXA 3EE9A 4NYNA 2ETJA 2QKBA 4LH5A 2E8AA 2CGJA 3QDKA 4XH1A 5AQGA 5AQHA 1QZ6A 1HPZA 3OS1A 3SPZA 1BOTO 4B1ZA 3N4PA 4BQLA 4NCAA 3ENOA 2YKNA 4FLUA 4BE0A 3F73A 4MQ3A 1MDUB 4A5AA 4FWQA 2HHWA 4U7BA 3E9LA 1NBWA 3GG4A 4OPAA 4GVEA 4E7HA 4R5PA 1NJZA 3HZ6A 4DQIA 4F8RA 4JI2K 4DTXA 5FLXO 4CZMA 3BF1A 4CECA 5GIPA 1G99A 4WE1A 2FSJA 4PL7A 3HVRA 3SMPA 1OH8A 1FXXA 4KKOA 3T3FA 4B1VA 1JXBA 3SUNA 3A5MC 5GADP 2OCEA 4B9TA 4DV7K 4CJ5A 3CMEN 2P9NA 4IJAA 3NH0A 2BDPA 4CGFA 4YFUA 3TANA 1B92A 3MN5A 4JK8A 4JI4K 3DOKA 5AQSA 2JLEA 4DTMA 1T03A 1IJJA 3L2WA 1ASWA 2I5JA 3DM2A 4DR5K 1J6ZA 4CJRA 3L2RA 1BQMA 4W5RA 4MFBA 4NLBA 4I2QA 3LWMA 3CIPA 3V81A 4LC9B 4LSLA 3RR7A 4HUGA 1QQMA 3ITHA 3PSIA 1T7PA 4B9NA 1WBDA 5M1NA 4EAHD 1FW6A 1FKPA 4DHYA 3CQYA 1IBMK 3O4NA 4BC4A 3VESA 2QTDA 1E4GT 4DFJA 4FM2A 1RBSA 4DCHA 5ELZA 2AA4A 1S1VA 3KD5E 4OJRA 4AHTA 2QXFA 4HUFA 2PBDA 3PSFA 4GV9A 4FLVA 4B1XB 4LF7K 3HI0A 3L6QA 2O8EB 3VTHA 2KZZA 4O5BA 4DSKA 1KAZA 2PY5A 3BDPA 1OH7A 3DRSA 4CF0A 3K2PA 2NUBA 1D8YA 4CFAA 2YHWA 1JLBA 5DM6L 3D2FA 3ZT3A 2A3ZA 2VQFK 1HKCA 5BPNA 3OTOK 1VQPN 1HYVA 2BE2A 2GX9A 4DWIA 4E1MA 1RGIA 2IIRA 4IXCA 3ZX2A 2WTUA 2P9KA 1F21A 5CE3A 1NKBA 4FWOA 3TSPA 2OA8A 1U04A 2GTDA 4KHNA 2VCPA 2VQEK 1NKCA 2P9SA 5CZ2A 1DTTA 3FZHA 4CZJA 4CEDA 4A2AA 1EWQA 1YF5L 4RW8A 2EHGA 3SUPA 1BWFO 4RCHA 3CJ1A 5CY4A 1QSSA 1TKDA 3M8QA 5LJVA 5DK5A 4JKCA 2NRZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 5H1S Q;  1YHQ N;  1VQP N;  1YJN N;  1S72 N;  3J7Z O;  3PIO L;  1VQM N;  1VQK N;  4IO9 L;  5DM7 L;  1Q86 O;  3CCQ N;  5GAD P;  1VQ7 N;  4IOC L;  3CME N;  4UY8 O;  2QA4 N;  3CC4 N;  1KD1 O;  3CMA N;  1YIT N;  5HL7 L;  3CC7 N;  3CCV N;  3CCR N;  3PIP L;  3G6E N;  1VQ4 N;  3I56 N;  3G4S N;  1NJI O;  2OTL N;  3CD6 N;  1VQ5 N;  1QVF M;  1Q7Y O;  3I55 N;  1K9M O;  5MLC Q;  1YIJ N;  1VQO N;  4WF9 L;  3CXC M;  5JVG L;  3CCU N;  1N8R O;  3CCM N;  5JVH L;  3CCE N;  3DLL L;  3CPW M;  3CF5 L;  3CCS N;  3G71 N;  3CCJ N;  1YJ9 N;  1VQL N;  4U67 L;  1KC8 O;  4IOA L;  1K8A O;  2ZJR L;  5GAE P;  3OW2 M;  1Q81 O;  5GAG P;  2ZJP L;  4WCE L;  1W2B M;  3CCL N;  1M90 O;  1K73 O;  1VQ9 N;  1Q82 O;  1QVG M;  1KQS M;  4WFA L;  1ILY A;  1JJ2 M;  4WFB L;  3CC2 N;  1VQN N;  2OTJ N;  1M1K O;  2ZJQ L;  1YJW N;  4WFN L;  1OVY A;  1VQ8 N;  1YI2 N;  5GAH P;  5DM6 L;  2QEX N;  1VQ6 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CGD A;  1YHQ N;  3A8Y A;  3AVL A;  1V4S A;  5FPD A;  4CFC A;  1T05 A;  5HOO A;  4BRM A;  1NJW A;  1NK7 A;  1RT5 A;  1P8Z A;  4O55 A;  3VQ5 A;  3EKU A;  1GLD G;  5BR9 A;  1VSJ A;  1Q86 O;  3O9Q A;  1RDB A;  3FLC O;  3KWG A;  5AQV A;  1QSL A;  5CYM A;  5CHI A;  1QQN A;  4IFE A;  3MXM A;  1HQE A;  1QE1 A;  4NCB A;  2Q3S A;  4JRQ A;  4B1W B;  3LDS A;  4JKB A;  4I7F A;  3CM6 A;  3L4I A;  4BVP A;  4IO8 A;  3DXM B;  5EVZ A;  3K0S A;  4FLW A;  3QEW A;  1QVF M;  1HPM A;  1S6P A;  1BIU A;  4GVM A;  3SPY A;  3DLH A;  3CI5 A;  3D0P A;  2JWK A;  4CJS A;  3KTQ A;  2KW4 A;  3CXC M;  5AQY A;  1NG9 A;  3NBP A;  4K0K K;  3LDN A;  1WAJ A;  4H5R A;  3CF5 L;  4DS5 A;  4JKF A;  3G71 N;  2Y1J A;  4W5N A;  3ISN C;  4BE2 A;  3ATV A;  3PX6 A;  3NCI A;  1W9H A;  2F4V K;  2WUS A;  1TKX A;  4H4O A;  3OYC A;  2VG6 A;  3UE5 A;  4JRP A;  2E6M A;  1S3X A;  1JL2 A;  3UKU B;  2G8U A;  1L3S A;  4ISE A;  2OZS A;  4YNQ A;  3H1V X;  4IWV A;  4JKH A;  4CK1 A;  4BVO A;  2Q1N A;  4R79 A;  4JV5 K;  1BHL A;  1WN7 A;  4Y0W A;  4HHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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