The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
70
|
structure length |
70
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Chain Sequence |
MDPNTVSSFQVDCFLWHVRKRVADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*
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| publication title |
Structural basis for dsRNA recognition by NS1 protein of influenza A virus
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
30
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF4 O; 1R1B A; 4JI4 O; 4B3T O; 2VQE O; 2E5L O; 4X66 O; 4DR6 O; 3R66 A; 2UXB O; 1N36 O; 4LFA O; 4DV4 O; 1NS1 A; 4A5U B; 2FKX A; 4OX9 O; 4X65 O; 2UU9 O; 4LF7 O; 4JI3 O; 1IBL O; 4JI1 O; 1KUQ A; 3T1Y O; 4K0K O; 4DV5 O; 4DR7 O; 5BR8 O; 4B3M O; 5IWA O; 4JYA O; 5LMN O; 4DR1 O; 4OPH A; 1FKA O; 2DOS A; 1J5E O; 2VQF O; 3M8A A; 2UXC O; 2ZM6 O; 4JI6 O; 1X59 A; 1FJG O; 1XMO O; 4NXM O; 4DV1 O; 4OPA A; 5BY1 A; 2HHH O; 4DV2 O; 5FLX N; 3RT3 C; 2AGA A; 1F7Y A; 2ZKO A; 4DV0 O; 4B3S O; 1IBK O; 5H5N A; 1G1X B; 1XEQ A; 4X62 O; 2UUC O; 2LW7 A; 3J81 N; 1I94 O; 2Z0A A; 3F5T A; 1HNW O; 5IT9 N; 3T1H O; 1N33 O; 4DUZ O; 4LF5 O; 4AQY O; 2DJV A; 1YZB A; 1HNX O; 4JV5 O; 3J7A U; 4YHH O; 1A32 A; 4DR3 O; 1IBM O; 1AIL A; 1HNZ O; 1R6T A; 4NXN O; 2UUB O; 4LF9 O; 5LMU O; 4B3R O; 5A2Q N; 3O65 A; 3J80 N; 3OTO O; 2N74 A; 4LFC O; 4DR5 O; 4JI7 O; 4JI5 O; 1N34 O; 5LL6 Y; 4GKK O; 4DUY O; 4JI0 O; 4DV7 O; 1XMQ O; 4KHP O; 3JAM N; 2JRI A; 1D2D A; 2F4V O; 4YY3 O; 2UUA O; 5BXZ A; 1HR0 O; 1XNQ O; 1DK1 A; 4LF8 O; 2UXD O; 4JI2 O; 1N32 O; 4DR2 O; 4LFB O; 4DV3 O; 1XNR O; 3SDL A; 4X64 O; 4DR4 O; 1FYJ A; 1AB3 A; 4JI8 O; 4LF6 O; 4GKJ O; 4DV6 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LNU A; 5JQG A; 2KG7 A; 1XBL A; 3SYO A; 4JI4 O; 5DM6 V; 4CH6 A; 1ARO P; 2P7T C; 3K03 A; 1BQZ A; 2UU9 B; 1KKD A; 5L3B A; 1NS1 A; 4H13 B; 1IBL B; 4PI0 A; 1AP6 A; 1BSM A; 1NH2 B; 2CH7 B; 4DR1 B; 2EIJ C; 5D5Q A; 4GX2 A; 5DN6 G; 1W59 A; 3GB7 C; 5EIB C; 3AG7 A; 4B08 A; 3CCU V; 5LBQ A; 4DW0 A; 2BOC C; 3WFV A; 3VQY A; 4LH6 A; 1PV0 A; 5L3E A; 2HHH B; 3FYI B; 4DW1 A; 1VQ5 V; 2LQT A; 4WBN A; 3LSS A; 3OW2 U; 4EFE A; 2JS3 A; 2WA4 A; 2RMK B; 2R9I A; 2QWO B; 4IYI A; 1I5X A; 1XHX A; 5LP6 C; 4OXS A; 2P67 A; 5B66 Z; 2YDE A; 3HKD A; 4FLY A; 5GTI Z; 1NTZ H; 4DUZ B; 3RVZ A; 1BMF G; 1SER A; 2QJ1 A; 4TWK A; 2PGG A; 4MVZ A; 1SZX A; 2CK3 G; 3H01 A; 3J7A U; 2QKS A; 2OTJ V; 5IY5 C; 4DR3 O; 1HNZ O; 2PZS A; 3LUT B; 1OV9 A; 5KHK A; 4FIP C; 3FX7 A; 3SJB C; 1AR5 A; 3BAA A; 1K5Q A; 4LFC B; 1YTF B; 4JI0 B; 2HEP A; 5ITZ A; 4JI7 O; 1YVW A; 2PTM A; 5JCO A; 1WPB A; 1S5L Z; 2DWE C; 2B1I A; 1R6K A; 3SPH A; 3U10 A; 1P7G A; 5B3S B; 4PJ0 Z; 3B09 A; 1YEW A; 5JVD A; 4CS3 A; 2Y69 C; 3JCZ A; 3DTU B; 3FB6 C; 2CGN A; 5KHI A; 1K8A W; 1Y4M A; 2QWQ B; 3IAY A; 1BT8 A; 2DMX A; 3E2E A; 4O4H A; 3ZS8 C; 3WU2 Z; 2KSD A; 5FNV B; 1U97 A; 1YCI A; 1BHA A; 4DR6 O; 2CTR A; 4DV4 B; 4YJ3 B; 4P9P A; 4UCR A; 5JH7 A; 2YEV A; 4JI3 B; 3MHH C; 2Q9L A; 4TV9 B; 2FKX A; 3K9S A; 4D7S A; 5LA6 A; 2WLI B; 4FJC C; 1KUQ A; 4NKG B; 3L70 H; 4E4E A; 1NJI W; 1KP3 A; 4TQF A; 1XIL A; 4FFB A; 5CA0 A; 4LNU B; 1VQK V; 2KG7 B; 3ABK B; 4JI6 O; 3ZHV A; 4CH4 A; 1X4T A; 2ZR3 A; 4X1I A; 3ZIA G; 1VMG A; 2A79 B; 4FFK A; 2EIN C; 5CMU A; 3RWR D; 2Q67 A; 1M9N A; 2AGA A; 3L71 H; 3OAA G; 1XEQ A; 2ZE7 A; 5L3C A; 1N33 B; 2QKA A; 3F5T A; 4JV5 B; 4LF5 O; 4NXN B; 1OCO C; 4YHH O; 3APO A; 3WB0 A; 4WBN B; 3K9A A; 1IBM O; 2XUM A; 3VQW A; 4LF9 O; 5JJE B; 2DYR B; 2IJJ A; 2OWO A; 3O65 A; 4PA7 A; 2BE3 A; 3AK2 A; 5IDJ A; 5L3G A; 3HKD B; 2L35 A; 3WB2 A; 4GX0 A; 2Q6A A; 1JPX A; 3OM3 B; 4W4L A; 4DK1 A; 4DR4 B; 3CHX A; 3L74 H; 5CA1 A; 1N32 O; 4JI8 B; 5JJN B; 5KA6 A; 3OEE G; 4DV3 O; 1Z2G A; 3SJC C; 3AG2 B; 1YI2 V; 5J2T A; 3AEI A; 4LF4 O; 2ZT9 B; 1AJP A; 4KXR A; 1H2S B; 1GN2 A; 4D7T A; 1SF9 A; 5ITZ B; 4AI8 A; 1Q7Y W; 1TAE A; 4RWU A; 5EBW C; 4AHC A; 4FM1 A; 2IM9 A; 3T1Y B; 4OX9 O; 4FM0 A; 3VOU A; 4UVC A; 2W0F C; 3SJQ C; 3ABL B; 3ZN0 A; 3ZBH A; 5JVD B; 1AI4 A; 2QM4 A; 3C90 A; 5B1B B; 3I5D A; 1M57 B; 3KG2 A; 5AG2 A; 3KKY A; 4P2Z A; 1FKA O; 4CH5 A; 4L8J A; 4O4H B; 4U7N A; 2ZM6 O; 5DEC A; 5K1X A; 1IDS A; 4FZ1 A; 5JH7 B; 2GUZ A; 4MS2 A; 5JCO C; 2YEV B; 3QNE A; 3WB1 A; 1K4D C; 2YIB A; 3D8C A; 2GTS A; 4ZKI A; 5LA6 B; 1W2B U; 1HDJ A; 2YSU B; 2ZE8 A; 1G6U A; 3ZHU A; 3G71 V; 1JR9 A; 1HNW B; 1SET A; 1AR1 B; 3W7T A; 1F23 A; 4FFB B; 4LR3 A; 5CA0 B; 1OCR B; 3B2E E; 1VQ4 V; 1H2G A; 3T1H O; 4PDM A; 3E83 A; 2X6C A; 1SQX H; 4E2L A; 4X1I B; 5LMU B; 3K06 A; 4JAV A; 3X2Q B; 3LSQ A; 4QGP A; 1O9H A; 3HKB A; 2PI5 A; 3OR6 C; 2Z5U A; 4GKK O; 1B6Q A; 5H2F Z; 3SPG A; 5LHG A; 2DN9 A; 1SC5 B; 2W0X A; 1I7F A; 2N04 A; 3CRC A; 1JFF A; 1FXV A; 3K3W A; 1NZ6 A; 3CWB H; 1OCR C; 4R8C A; 1YIJ V; 2XT9 A; 3A0H Z; 4X64 O; 2D3O W; 1FXK A; 5FL7 G; 4IIJ A; 1UFI A; 2E74 B; 4O4I A; 3JAR A; 5EBL C; 4BW9 A; 2VQE O; 2UXB B; 4PDL A; 4J9Y B; 4LFA B; 2P22 C; 4HNA A; 1Q3E A; 4H37 A; 1IXM A; 1MAB G; 1PNL A; 1PPJ H; 4NB5 A; 2PUS A; 4X65 O; 4LF7 O; 1MSW D; 5CA1 B; 1IX9 A; 1XHZ A; 2UXC B; 2JK5 C; 5J2T B; 3QF7 A; 5KA5 A; 1GAX A; 1XL6 A; 2RQ6 A; 4NXM B; 3W7W A; 1K92 A; 3O9O A; 1MNG A; 3IJ4 A; 2EUL A; 1F4N A; 1TUB A; 1WNS A; 2BTO A; 4B3S B; 4WFB V; 1JVM A; 3OFN G; 3E8H A; 1DTO A; 4BR6 A; 1DLB A; 1QVG U; 1SS3 A; 1WLE A; 5EC1 C; 3E86 A; 1SZT A; 1SQG A; 1VEW A; 1OCZ B; 3G4S V; 1IUR A; 2GV9 A; 4XBF A; 4G2K A; 2Y0I A; 1B06 A; 3FYE B; 3BRC A; 3I56 V; 2N05 A; 2XND G; 2UUB B; 2GUZ B; 3IC9 A; 3QTC A; 3CC2 V; 3QG5 A; 4MT8 A; 1CPY A; 4JI5 O; 3HKC A; 4YY3 B; 3ASN C; 3WG7 C; 4DV7 O; 2RDC A; 4KHP O; 3K5L A; 2ADP A; 1M1K W; 1M5I A; 1S72 V; 1BGY H; 3BAB A; 2LGQ A; 4O4L A; 3RYI A; 1BL8 A; 2FB5 A; 2JJ1 G; 3HKB B; 3LNN A; 4JGS A; 1GM9 A; 3LNM B; 3U0Z A; 1ZLZ A; 4JAU A; 4BIZ A; 4IL6 Z; 1DF4 A; 3TJT A; 1V54 C; 4IHJ A; 1V55 B; 3B4S A; 4PDR A; 5CA3 A; 5GON A; 2OIE A; 1JFF B; 4DV5 B; 3A0R A; 5LP6 A; 4FLW A; 2CTP A; 2VQF B; 1FXK B; 1R3J C; 3AK3 A; 2V1D A; 4IIJ B; 1H8H G; 1Y67 A; 5DED A; 1XMO B; 1K34 A; 2OCC C; 4O4I B; 3JAR B; 1ROP A; 4X20 A; 1W0J G; 3T4Z A; 1AR4 A; 1OZ0 A; 1ZSP A; 4HNA B; 4OPA A; 2H94 A; 2GHY A; 2EIM C; 4DV2 O; 4JI7 B; 3JCU Z; 1NU1 H; 4JTA B; 1N0N A; 2VRZ A; 2HVJ C; 4I7Z B; 4K8X A; 1DGS A; 3OEH G; 2LO1 A; 1PL0 A; 1HW7 A; 2ZXW B; 1R73 A; 1R6T A; 3OTO B; 3CSX A; 2MK3 A; 1IXB A; 1TUB B; 3B8N A; 1PP9 H; 2OT5 A; 2W6I G; 4WFF A; 2XAG A; 1XMQ B; 5LL6 Y; 1GH6 A; 2QTO A; 1Q82 W; 1R6N A; 4CH3 A; 2P4K A; 1HP8 A; 4XDL A; 4LF8 B; 2UXD B; 1EZV H; 1NT2 B; 1EN5 A; 2ZNJ A; 2XTA A; 1HR0 O; 2WLJ A; 3JAW A; 4MVQ A; 3CCR V; 1JOY A; 3T4D A; 1NVP D; 4DV6 B; 2RCV A; 3D36 C; 2EZP A; 3CCM V; 2B5U A; 1PD3 A; 1R1B A; 2DQ0 A; 2CAZ C; 3EXA A; 2Q8V A; 2VWK A; 4FLU A; 1QU7 A; 3HKC B; 4UXN A; 4I9W A; 1MZE A; 1H2K A; 3ZX6 A; 4QPK A; 3JAT A; 2EIJ B; 2JVD A; 4O4L B; 3RYI B; 1YHQ V; 3ZMT A; 2XAF A; 3E8G A; 3ABM C; 1QBZ A; 2YID A; 4MTG A; 1B3Q A; 3ABT A; 4B3M O; 2ATK C; 4JYA O; 2WLH A; 2GTA A; 2HVK C; 1XRE A; 4X9Q A; 1L0N H; 5KUK A; 3ZMU A; 3ZHS A; 2FYU H; 4DV1 B; 1K3E A; 4NTX A; 3SGI A; 4IHJ B; 3STZ C; 4TQD A; 1BE3 H; 4I55 A; 4F6R A; 5GON B; 5LYJ A; 4TUY A; 4WFG A; 1Y76 A; 5LP6 B; 4UCS A; 2MW2 B; 4J80 A; 2UUC B; 4JTC B; 1OCC C; 3TCU A; 2OYQ A; 5H5N A; 4MSW C; 2VWJ A; 2YXH A; 4X62 O; 3MD0 A; 5IT9 N; 4X88 A; 2R9A A; 5IY5 B; 4X20 B; 3OMA B; 3TXS A; 3ZED A; 1CEZ A; 1I0H A; 2DQ3 A; 5KAF Z; 1AIL A; 1EFR G; 3C3T A; 4LF4 B; 2NNU A; 1NBM G; 2Q0O C; 1N34 B; 5A2Q N; 1S76 D; 1D5A A; 4DR5 O; 3OE7 G; 4MVU A; 3ICX A; 2A3Q A; 1LR1 A; 4NVP A; 2NN4 A; 1YXB A; 4TT3 G; 4H0L B; 1IVS A; 2Y69 B; 3MHS C; 2OIG A; 4LFB O; 2YS8 A; 1IZ3 A; 1XNR O; 2HP8 A; 1S77 D; 2ITC C; 4GKJ O; 3ABU A; 2EIK C; 1R3I C; 2F95 B; 1P84 F; 4X66 O; 2WAM A; 1NI8 A; 4WFA V; 1NR7 A; 1QCE A; 5KMG A; 2Y0P A; 2EBO A; 2YIC A; 2IJK A; 3JAW B; 5IWA B; 1ORQ C; 1KP2 A; 4U3J A; 2Q7G A; 1QR9 A; 1SQB H; 2XAJ A; 1JCH A; 2IJI A; 3H1J H; 3E35 A; 2ARH A; 3RN4 A; 4X1K B; 4TOI A; 1M93 A; 2YXY A; 3AG1 C; 1GN4 A; 4O4J A; 4Z1V A; 2LFR A; 1VIB A; 2EIN B; 3STL C; 1Z5V A; 5BY1 A; 1GN6 A; 5TIS Z; 1ZL8 A; 2CGO A; 3JYC A; 3JAT B; 1IBK B; 1Q43 A; 1VQN V; 3KCX A; 2A7W A; 3SPJ A; 4FLX A; 2JIZ G; 5JQG B; 5IYC O; 1OCO B; 1KD1 W; 3EHB B; 3H1I H; 2HFE C; 1XL4 A; 3SYP A; 3CE2 A; 3ETG A; 1QNM A; 4I55 B; 4F6R B; 1VQL V; 4R7C A; 2YIA A; 3ZJZ A; 5LYJ B; 4TUY B; 2QM8 A; 4DUY B; 3J80 N; 2PF4 E; 1Y76 B; 4XDK A; 4I0X A; 3ZCC A; 3OUS A; 2OCH A; 1XNQ B; 5LXT A; 4JYY A; 1KQS U; 4BIO A; 2UXX A; 1QQC A; 4F6E A; 4MTF A; 1RSO A; 4LF6 O; 5L3D A; 3SR2 C; 4B3T B; 1M56 C; 2P4V A; 4PA3 A; 2Y4T A; 1AJN A; 2L6L A; 1SKV A; 4FLV A; 1SES A; 3CYO A; 3S3W A; 2F23 A; 1KMI Z; 3K0G A; 1PL4 A; 2XHB A; 4DO2 A; 2DYS C; 4I50 A; 3VBB A; 2Y4U A; 1B04 A; 2UU9 O; 1MA1 A; 4R50 A; 3RBZ A; 1IBL O; 5LMN B; 1WJZ A; 1WPX A; 1J5E B; 4ZOL A; 1MOF A; 4DR1 O; 2P6J A; 1FFX A; 1K97 A; 1FJG B; 2BCC H; 2JGD A; 3N27 A; 3A2F A; 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1AP5 A; 3A0B Z; 1K9M W; 2GDS A; 1RM1 C; 2LFS A; 2HKO A; 3OD4 A; 1G8M A; 2YXL A; 2QE7 G; 4ZOL B; 3P3N A; 1I94 B; 1Q5O A; 3Q4H A; 3C3S A; 1WA8 A; 1FFX B; 3K04 A; 1GN3 A; 3ZRW A; 4CBC A; 4AQY B; 1WB7 A; 5B1O A; 1HNX B; 3ZHT A; 5GTH Z; 2ZIN A; 4ZBM A; 3SPI A; 4EB6 A; 1N33 O; 3CD6 V; 2JGD B; 3KZI Z; 3K5N A; 4JV5 O; 1FAF A; 3D36 A; 3F7Y C; 1ZTE A; 2ZIM A; 3ZMV A; 4NXN O; 1FFT B; 3AG4 C; 3RW0 A; 2RJZ A; 5D5P A; 5E79 Z; 1Y74 B; 3K08 A; 3LDC A; 1T5E A; 4KP4 A; 3ASN B; 3WG7 B; 4FMT A; 1TVK B; 3ZHQ A; 4BAY A; 4H33 A; 1SA0 A; 1CXZ B; 2UUA B; 3OMI B; 4ZI7 B; 4JI2 B; 3UT5 A; 4LBE C; 3ETQ A; 2F66 C; 1ZAU A; 4QNH B; 2H3O A; 1PKX A; 4DR4 O; 1FYJ A; 3AG3 C; 1VQM V; 2JEX A; 2CUG A; 4JI8 O; 3FKS G; 4JI4 B; 1V54 B; 2ZD9 A; 3DXR A; 2IH3 C; 3FAV B; 3CB2 A; 2F1M A; 2XAQ A; 1AVM A; 1S5H C; 4J11 A; 3G6E V; 5KAI Z; 3JAK A; 1YJ9 V; 2NR5 A; 3QO7 A; 3SPC A; 3JAL A; 3T1Y O; 3CEI A; 4KFM A; 1JJO A; 5C8Y A; 1JX9 A; 2OCC B; 1VQ8 V; 3E8F A; 5B1A C; 2ADQ B; 2A9H A; 4N21 A; 3ML0 A; 2EIM B; 2R9R B; 3H1H H; 5IJ0 B; 3LDE A; 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