The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
115
|
structure length |
115
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit
rcsb |
| total genus |
24
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI2 K; 2HHH K; 4GKJ K; 4LFA K; 2UXD K; 4DUY K; 4K0K K; 4X66 K; 4OX9 K; 4LFB K; 3JAM O; 4CVN E; 4LF5 K; 4DR1 K; 4LFC K; 4B3T K; 1XMQ K; 4DV3 K; 4LF9 K; 4JI1 K; 4AQY K; 1HNZ K; 3T1Y K; 2UUA K; 4NXN K; 4B3R K; 1FJG K; 3J7Y P; 4B3S K; 4YHH K; 4DV1 K; 1J5E K; 3J81 O; 2VQF K; 3J7A P; 4JI4 K; 2E5L K; 4DV4 K; 1HR0 K; 4YY3 K; 4LF4 K; 5LL6 Z; 5BR8 K; 4V19 S; 4LF6 K; 4JI6 K; 4DR6 K; 4CW7 B; 4JI8 K; 5LMU K; 4JI5 K; 2UXC K; 5LMN K; 4JI7 K; 4GKK K; 4DUZ K; 2F4V K; 2UUB K; 3OTO K; 2UUC K; 4B3M K; 1IBL K; 5FLX O; 2UU9 K; 1N32 K; 1IBM K; 4DR3 K; 4LF8 K; 4DV2 K; 4X62 K; 4DV0 K; 4LF7 K; 5IT9 O; 3T1H K; 4DR5 K; 4KHP K; 1XNQ K; 4JI3 K; 1N34 K; 1HNW K; 4DR7 K; 4DR2 K; 1IBK K; 3J80 O; 1N33 K; 4JV5 K; 4X64 K; 5A2Q O; 1XNR K; 1N36 K; 4NXM K; 4DV6 K; 4DV5 K; 4JI0 K; 2UXB K; 2ZM6 K; 5IWA K; 1XMO K; 2VQE K; 4JYA K; 4X65 K; 4DR4 K; 1I94 K; 1HNX K; 5AJ3 K; 4DV7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QFP A; 3SI6 A; 1T3V A; 3AVG A; 4HCB A; 4KHQ A; 4CHO A; 2ASM A; 4JKG B; 3CJ7 A; 3EY1 A; 2P9U B; 3BY5 A; 3RRH A; 4Z4E A; 4CGD A; 4RW7 A; 1JLC A; 3B8A X; 3NVM A; 3DLG A; 4FZY A; 3O3F A; 4H0O A; 2HHX A; 5AFU H; 4JI1 K; 5MLC Q; 3C0B A; 4OGE A; 1JKH A; 2QWO A; 4FW1 A; 3THY A; 4PUO A; 4PY5 A; 3P38 A; 4BRO A; 3KK7 A; 3OW2 M; 1QSL A; 3EEQ A; 4B1Y B; 4OPH A; 3K9K A; 3ZX2 A; 3QEI A; 5B8H A; 4ISE A; 4DMN A; 2QK9 A; 5LMU K; 5BRH A; 4CGJ A; 4OLA A; 3E9L A; 4M7Y A; 3VET A; 2OTJ N; 1KSP A; 2KZZ A; 1ILY A; 1QQM A; 2KKZ A; 2I7N A; 3KD1 E; 5FLX O; 1C1A A; 3TAG A; 2BDP A; 1YJN N; 3THX B; 1IG9 A; 2YHY A; 3ZLJ A; 5BRF A; 1D9D A; 3H3O B; 3VQA A; 3TAP A; 3K5N A; 4X62 K; 3HPO A; 5JS1 A; 3ZET A; 1TKZ A; 3KK2 A; 1QSY A; 4DQR A; 4CK3 A; 3ITH A; 1QVF M; 3TSU A; 3SV4 A; 2NUB A; 3PSF A; 4E7K A; 4BR2 A; 1RBU A; 3DXK A; 2HHW A; 1KXP A; 2VWK A; 1ASU A; 5BPN A; 3LP3 A; 3KLI A; 4JV5 K; 4FWM A; 3KTQ A; 2EX3 A; 2LSN A; 4YOW A; 4H5N A; 3DRR A; 4EZ9 A; 1S1U A; 2FSN A; 3DYA A; 1T44 A; 2HMP A; 1ASW A; 4DG1 A; 3NFA A; 4DV5 K; 3C6U A; 4NCA A; 5AQL A; 4NCB A; 4KBO A; 2RPI A; 1TL3 A; 1V4T A; 3OA9 A; 1HYS A; 3CJB A; 2HND A; 4H0Y B; 2O4G A; 3OYI A; 1HRH A; 2HBL A; 3VTH A; 1LCU A; 1I3A A; 3VQ6 A; 1VQO N; 1NJX A; 4OX9 K; 2BH1 A; 4Y1D A; 4RW4 A; 1NGI A; 3QIC A; 3VN5 A; 1QZ5 A; 3CET A; 4YOY A; 4FM0 A; 4AQY K; 3OJU A; 2B6A A; 4CF8 A; 4JS5 A; 3M1F A; 5AQR A; 4H5R A; 2HB5 A; 3SNN A; 3TAQ A; 3J81 O; 3MXM A; 4BR0 A; 1QQC A; 3IMX A; 4BRD A; 1LWF A; 4CES A; 4HUF A; 3H45 C; 1TKT A; 4C8M A; 1RGI A; 4KO0 A; 3GL1 A; 3TSP A; 4BC5 A; 1QHT A; 2A40 A; 1NLV A; 3V1R A; 1NWK A; 4RTF D; 4CK2 A; 5GIP A; 4G1Q A; 5JS2 A; 4CIF A; 1XHZ A; 2XHB A; 4CJQ A; 2ZJR L; 3KVG A; 5LJV A; 3K5O A; 3CD6 N; 3DWL A; 3HYF A; 3CFO A; 3LP1 A; 3NGY A; 1LOT B; 3VEV A; 4FJX A; 2E8A A; 4KTW A; 1J6Z A; 3KKS A; 3TAM A; 2FBT A; 4W5T A; 2WBN A; 1K73 O; 1N32 K; 2A42 A; 1T6C A; 3A5O C; 4Q0B A; 1NK5 A; 4M3Z A; 3LPU A; 3AO1 A; 1WBD A; 3V9Z A; 3ATV A; 3U3G A; 4AIL C; 1YAG A; 4MO5 A; 3SUN A; 1TAQ A; 2E6M A; 4ILJ A; 4M45 A; 4DU4 A; 3DLH A; 1D9F A; 3O4Q A; 5C24 A; 2F8S A; 3MX5 A; 3T7Z A; 4A59 A; 4YOR A; 3K5L A; 4O8K A; 3A5L C; 3J80 O; 3MWP A; 4B8C A; 5AFU A; 2HHT A; 1U2V B; 4BR9 A; 1Q9X A; 3SZ2 A; 1BOT O; 3VQ8 A; 1NMN A; 1VRU A; 4BE1 A; 2HHU A; 3I0R A; 4IEE A; 5AQN A; 3QES A; 4FPB A; 2YKM A; 3M5R A; 4JKH A; 5HBM A; 4BR7 A; 3DLL L; 4DR4 K; 1YVN A; 3G6E N; 3FZF A; 1BCO A; 5EXW A; 2KHO A; 4DUY K; 4FJM A; 1L5U A; 3DM2 A; 3GBT A; 4LFB K; 4IOC L; 4BC3 A; 3LM9 A; 3G4S N; 3HXM A; 3UKU B; 4BRI A; 3F73 A; 3VEY A; 4B9U A; 2YHW A; 2VQF K; 4CJV A; 1WUA A; 4JI4 K; 3AO5 A; 1RT5 A; 2E5L K; 1W97 L; 4J2B A; 2IDO A; 3AA3 A; 2YJE A; 4O44 A; 2HW3 A; 4YDU A; 1TK8 A; 3SJH A; 3AVB A; 2NLX A; 2OZM A; 3VQP A; 3P83 D; 4JHD A; 5AQQ A; 2IVN A; 5ADX H; 2O8D A; 3RMC A; 4CF0 A; 1NGD A; 5TKW A; 5AQF A; 3VF4 A; 4CGI A; 3RSE B; 2GBZ A; 3R1X A; 1JL1 A; 2VYP A; 5JVH L; 3VA3 A; 3SQ1 A; 2F4V K; 1EX4 A; 3PSI A; 4CZH A; 2ZJP L; 1JLG A; 1K8A O; 2PYL A; 4RW6 A; 1VQN N; 4CHZ A; 1NJI O; 5AQG A; 4WF9 L; 1TV6 A; 4IFE A; 1CZ9 A; 4R5P A; 3RMD A; 1NOY A; 4HUG A; 1P90 A; 3AVK A; 5D3G A; 4LF8 K; 1BI4 A; 5AQX A; 4ELT A; 4FK4 A; 3MEC A; 4LD0 A; 3VQB A; 3CQY A; 3C7N A; 3L4I A; 1VSH A; 1GOA A; 5AQY A; 3SAH A; 4PQU A; 4F9O A; 4F8R A; 4GVE A; 1HX1 A; 4XH5 A; 1JLQ A; 2NRH A; 5E84 A; 3IG1 A; 4J2D A; 3VQ5 A; 3D0P A; 5GAH P; 2O8B A; 2YHA A; 1ZC6 A; 2NNW A; 4AHV A; 4JEP A; 1T05 A; 2QWL A; 3CCL N; 5M1Q A; 2QW9 A; 1SKS A; 3ZSW A; 3L2W A; 5KTQ A; 1VSJ A; 1ZBS A; 3I8B A; 4J2A A; 4IOA L; 3CCU N; 4X65 K; 1WNS A; 3HPG A; 1U45 A; 1RDW X; 3HZ6 A; 1HMV A; 4GV3 A; 4BRK A; 1IKX A; 3AVL A; 1TYQ B; 4JI2 K; 3M8P A; 3ULE A; 4GW6 A; 4OPK A; 4JKF A; 5C2F A; 5BN8 A; 4CFC A; 4K0K K; 3SCX A; 5LJW A; 4B1U B; 3HO1 A; 4OLB A; 1LW2 A; 4LF9 K; 2O8F B; 4O8U A; 4BR4 A; 5EU7 A; 4QAG A; 1A5V A; 4B3R K; 1FJG K; 4FLZ A; 3CF5 L; 3VMF B; 1KAY A; 4FZZ A; 5BRD A; 5K14 A; 2GWK A; 4FWN A; 4LF4 K; 2QXL A; 2ZF5 O; 3DLE A; 3PUF A; 1Q86 O; 3HP9 A; 1LAW A; 1JXE A; 1D8Y A; 3VEW A; 2P9L B; 4XH4 A; 3CC2 N; 1C1C A; 3O3G A; 2BGG A; 2P9P A; 2IGI A; 4IKF A; 3U9Z A; 4F2R A; 1KVB A; 4LSL A; 3MX2 A; 4B3M K; 5FPD A; 4W5N A; 3ZSQ A; 1KFS A; 2FBX A; 4DSE A; 1NGJ A; 4FWK A; 3WEE B; 3HI0 A; 1FW6 A; 3RRG A; 3K57 A; 3ASM A; 1XWL A; 4KHP K; 1XNQ K; 1LW0 A; 4C1N I; 5DM7 L; 4DQ8 A; 1ESV A; 4WQ4 A; 3E9P A; 3KLG A; 4WQ5 A; 5C10 A; 4FVM A; 3L3V A; 5HL7 L; 1RT1 A; 3VER A; 2G8K A; 3GDQ A; 2QXF A; 2HBK A; 3CFP A; 5CYQ A; 1TGO A; 1VQ7 N; 4CEB A; 4F2S A; 3ULD A; 2D0O A; 4ILH A; 3OS2 A; 4NCG A; 5CE3 A; 2O8C B; 2Q36 A; 3TSQ A; 4JKE A; 4H0P A; 2XRI A; 4J8F A; 3ZEU B; 1BU6 O; 1KRP A; 3K2P A; 4CJ7 A; 5ADX A; 4HTU A; 3CI5 A; 3C6A A; 1TUY A; 1A5W A; 1EET A; 4JNE A; 4CI6 A; 3C6T A; 3CCE N; 1QSS A; 4N5S A; 3CMA N; 4FJ5 A; 4A2B A; 3J7Y P; 4FJ7 A; 1GLA G; 1E4F T; 1VQM N; 3RR7 A; 4N47 A; 1S72 N; 5KRS A; 2OYQ A; 1J54 A; 4JAX A; 2NRX A; 3U6F A; 4C23 A; 5KQD A; 1QQN A; 1KLM A; 4FPA A; 1LWC A; 4XH1 A; 1YHQ N; 3PO5 A; 3DI6 A; 3LPT A; 4BQL A; 1UA1 A; 1GOB A; 1NGA A; 3QIP A; 5HRS A; 4L8R B; 3VGK A; 3MN7 A; 4QS9 A; 3ENB A; 3TAR A; 1WSJ A; 4JKB A; 5BPL A; 2BE2 A; 5GIN A; 3UB5 A; 1KAX A; 1BQN A; 4FWL A; 4DFP A; 1N6Q A; 2X78 A; 5EY4 A; 3O6W A; 4CHQ A; 3AAQ A; 4DF8 A; 3ZT0 A; 3D2F A; 3TPQ A; 5HLF A; 4B1W B; 1RDU A; 2HF3 A; 5JIC A; 3K58 A; 4CGG A; 2YCH A; 4WFN L; 3QEX A; 3D2E A; 4H4O A; 1BIU A; 1VSM A; 4ZHR A; 2P9I B; 3DMJ A; 3VQD A; 4JI3 K; 2KFZ A; 4B9Q A; 3HVR A; 3EL2 A; 4N76 A; 1VSL A; 4DTJ A; 4B8A B; 1NJZ A; 2FF6 A; 4W5Q A; 4DS5 A; 3L0Q A; 4Z4G A; 3OYB A; 1TVR A; 1BA0 A; 3OYA A; 3SV3 A; 3DAW A; 1KQS M; 1NBW A; 3NF6 A; 3ZSV A; 2AP1 A; 1OVQ A; 1YJ9 N; 4JI0 K; 1DEJ A; 5KI6 A; 1CXU A; 1Z25 A; 4ZTJ A; 4JYA K; 5CHI A; 1MWM A; 3SPY A; 3DXM A; 3BUZ B; 3MXJ A; 3HM8 A; 5AQK A; 4Z94 A; 2G8F A; 3SQ0 A; 5KPR A; 2UXD K; 2DFH A; 1WB9 A; 4FXD A; 4CJE A; 3JAM O; 2OPP A; 1HKG A; 1W0H A; 4PL8 A; 3CQX A; 4RW8 A; 4KRF A; 1BO5 O; 2PY5 A; 2PAV A; 1U6Z A; 2OPS A; 3NHG A; 4KB0 A; 4CD1 A; 3LDQ A; 2NRV A; 4JD2 B; 3L6Q A; 2P9K B; 5DK5 A; 4M3Y A; 5AQP A; 2A41 A; 4BRP A; 1KAZ A; 4YY3 K; 4FJJ A; 4DFJ A; 4FJN A; 1W9H A; 2V52 B; 4QCL A; 1VRT A; 3CC4 N; 1HQE A; 1S9E A; 3OBW A; 4KHU A; 4N41 A; 3QIO A; 2CH6 A; 4BAC A; 3WXL A; 4YNQ A; 4M3U A; 1DGK N; 3AAP A; 4CJ4 A; 4TSX A; 3VEZ A; 4AF1 A; 3SMP A; 4DKW A; 5C0Y A; 5M1O A; 2UUC K; 1YXQ A; 3CHW A; 5AR0 A; 3TAB A; 1T7P A; 4EAH D; 4DR3 K; 1YVU A; 4IO8 A; 1MA9 B; 4FJI A; 4LY7 A; 5IT9 O; 3O9R A; 3T1H K; 4QOZ B; 5AQI A; 1P8Z A; 5J1E A; 2DY4 A; 4BE0 A; 4CZK A; 3OYD A; 3GG4 A; 4O0J A; 5FPE A; 4PA1 A; 4DTM A; 4UY8 O; 5KGW A; 4CBW A; 2P51 A; 3A5N C; 4WFA L; 3L2V A; 2IVP A; 3ISN C; 1ZBI A; 3R6M A; 3LDP A; 3KLE A; 3V9S A; 5TKY A; 4DHY A; 1NK8 A; 3I55 N; 2ZM6 K; 4K8X A; 4WCE L; 1NKC A; 4JLH A; 3CCR N; 4EP4 A; 2V7Z A; 1GLC G; 1RBV A; 2Q97 A; 4K8Z A; 2KFN A; 5T7B A; 3KLF A; 3O4W A; 1Y64 A; 3U4L A; 1M1K O; 3H46 O; 1HQU A; 2RHK A; 1I39 A; 4CJU A; 5BRE A; 4CJL A; 2YNH A; 1XMQ K; 4IJN A; 3V9U A; 4OVL A; 3NDK A; 2JGU A; 3M8R A; 3R9P A; 5AZI A; 4CK1 A; 3THY B; 4CEQ A; 2KTQ A; 3E01 A; 3EE9 A; 3QEP A; 2O8E A; 4B3S K; 3CYM A; 5HRP A; 1U49 A; 4H5T A; 2FLO A; 2W41 A; 4BRG A; 3RVC A; 3WNH A; 4O55 A; 3JYT A; 2A1R A; 3VPZ A; 4DV4 K; 4CJR A; 1HR0 K; 1U48 A; 4LH4 A; 4HTL A; 3QO9 A; 3PX0 A; 4O0I A; 4KH5 A; 3MXI A; 1JXB A; 4CEC A; 3MEE A; 2W6L A; 3MWT A; 2ZQB A; 1KLN A; 4DSL A; 2H3G X; 4ID5 A; 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1IBL K; 4IBN A; 4H03 B; 2HHV A; 1NK6 A; 5FPM A; 5KGX A; 4BE2 A; 1OH6 A; 2B5J A; 2AJQ A; 3AVJ A; 2RE2 A; 1RFQ A; 2NRT A; 3I0S A; 4LF7 K; 1W7A A; 2CGJ A; 4M3X A; 1E3M A; 4Y0W A; 1GLD G; 2QKK A; 3THV A; 3VQQ A; 1NOZ A; 2Q0R A; 4BRC A; 3OS1 A; 5H1S Q; 4LSN A; 3P5J A; 4ISF A; 2O4I A; 1N33 K; 1NGF A; 2ITG A; 3L3U A; 3ZSO A; 1BHL A; 2R7Y A; 4HCC A; 4IG0 A; 2KZM A; 4E3S A; 1HPM A; 2D0A A; 1NGG A; 3OVN A; 2D1K A; 4C8N A; 4YOU A; 4DQI A; 2HOE A; 5M1F A; 1RBR A; 3HT3 A; 1X1P A; 3ZT1 A; 2NRW A; 3KIO A; 2O8F A; 4CZE A; 4FWS A; 2FF3 B; 1N8R O; 1VSI A; 3TR8 A; 2FSK A; 4BDY A; 1ZBF A; 2WOM A; 4K25 A; 1VQ5 N; 3AVM A; 4JN4 A; 3T1A A; 4FK0 A; 3PLA A; 1KTQ A; 2VG7 A; 4JK7 A; 1T6D A; 4IWV A; 1WAJ A; 4B08 A; 4BRE A; 3FR0 A; 5EOY A; 5CZ1 A; 2E2P A; 2FXU A; 1SL0 A; 2YKN A; 3G25 A; 3KD5 E; 2BAN A; 4R79 A; 2GEL A; 2OAN A; 4CZI A; 5SZT A; 4FJ9 A; 3ZX0 A; 4JHD B; 3CXC M; 5LL6 Z; 3VTI A; 2D5R A; 3LAK A; 1BIS A; 2YHX A; 5J2N A; 1NKE A; 1Z26 A; 4CW7 B; 3P1G A; 1QS4 A; 2HHQ A; 3MK6 A; 4DUZ K; 3KHY A; 1QVG M; 3DOK A; 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