2ZQBA

Crystal structure of a psychrotrophic rnasehi variant with sextuple thermostabilizing mutations
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
149
Chain Sequence
ELKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMKYKGHTKEMSGGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYVRQGIMTWIHGWKKNGWMTSNGTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAENERCHQLARAAAEANPTQIDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Destabilization of psychrotrophic RNase HI in a localized fashion as revealed by mutational and X-ray crystallographic analyses
pubmed doi rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 44
structure length 149
sequence length 152
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2zqbA00
3MXMA 2DFHA 3DLEA 4KREA 4IG3A 3V9ZA 2G8IA 3I0SA 4FXDA 3OS2A 3KKRA 4CJUA 3P1GA 4BE0A 5HRSA 1ZBUA 1S1XA 2IAJA 3OYLA 1FXXA 1TAQA 2RF2A 4CEZA 3O3GA 3L8BA 4JS5A 4BDYA 3SQ4A 2KZMA 4FZXC 1VRTA 4CK3A 3K5NA 4I2PA 3U3YA 1NK5A 1IKXA 3VN5A 2QKKA 3L2VA 4DQSA 3QESA 2XY6A 2RPIA 3QEVA 3QERA 4M3UA 4CJWA 3QEWA 1U47A 5K14A 4GVMA 1RDBA 3DLGA 1KTQA 5KGXA 3LZJA 3ZSVA 3TARA 1KRPA 3NCIA 4FK4A 1RBUA 3VQCA 3NF6A 4FLYA 1FKPA 4FJ5A 2BDPA 3AVLA 3JSMA 2XRIA 4LH4A 4DS5A 4B9TA 4FJXA 5I42A 1RDAA 3LANA 2X74A 3MAQA 2D0CA 3K2PA 1NJXA 3DYAA 3I0RA 3QEPA 2DFEA 4ZTJA 4KB1A 1NKEA 2D0BA 4FM1A 1LWCA 3LP0A 2GV9A 1WNSA 3QIPA 4PA1A 3SZ2A 3L2WA 4CJ3A 2LSNA 4MFBA 4DG1A 4E7JA 1VSLA 3SNNA 3CM6A 1TVRA 3CM5A 2O4IA 3ZSQA 1NK4A 1WSHA 4CFCA 4OVLA 4CGIA 2YNGA 3ZT3A 4CJEA 4FJJA 2E4LA 3TI0A 4OJRA 4O4GA 1EP4A 2YNHA 3P83D 3ZSWA 1BI4A 3V9XA 4M3WA 4Z4GA 4AHUA 3OYCA 3WNHA 3CFOA 3HL8A 1R0AA 4CHZA 1RBVA 3AVNA 2OYQA 3OYBA 5HRPA 4KI6A 4I7FA 3OYMA 4F2RA 1JLAA 3OY9A 4NYFA 1WAFA 2HNZA 3NH0A 5JS1A 2FBVA 1RTHA 1RTIA 1Z26A 4H8KA 3ZSZA 3SCXA 3O4NA 1ZBLA 1U4BA 2E6LA 4DMNA 1HYVA 2XHBA 1J5OA 4FZZA 4RW8A 1JLCA 4IFVA 2HVIA 2WOMA 4Z0UA 3QNNA 3OYNA 3HXMA 2YHAA 3SI6A 1CXUA 3V1QA 4CHNA 1O1WA 4TSXA 4CJPA 3L2RA 3DRPA 4CFDA 2WONA 3H08A 4DF4A 3LAMA 3AVFA 4DTXA 4IKFA 3ITHA 1KCFA 3VQDA 4W5QA 1NK6A 3DM2A 1UA0A 4CJ5A 4CF9A 3BGRA 1T05A 1JLGA 1WAJA 4M3TA 2B5JA 3AVHA 1FK9A 3C94A 3LWMA 3ZSYA 3VQAA 1D8YA 1ZBIA 4BACA 4PY5A 2PZSA 1RDDA 4DTOA 1VK0A 5EU7A 4CFBA 2AJQA 1X9MA 4FCYA 1LWFA 3HP6A 1FKOA 3QIOA 3ALYA 1LAVA 1W9HA 3S3NA 1IKVA 4CERA 1W0HA 4NCBA 4I9LA 1RCHA 2KTQA 5C42A 4DSEA 4DFMA 1Y97A 1WLJA 3AVKA 3S3OA 4C8LA 1QQCA 2IDOA 4AHRA 3M8QA 1I3AA 3V9WA 1IG9A 1TV6A 1IO2A 4OKJA 4B9NA 3CFPA 3G0ZA 3QLHA 3EZ5A 4Y1DA 3U6FA 3VA3A 4FJIA 1LAWA 3HPGA 4GMJB 2ETJA 2Z1IA 1YTAA 2JGUA 5SZTA 3HK2A 3A2FA 3KLGA 3K58A 2R7YA 3QEXA 1L3TA 2G8KA 3CYMA 1B92A 4R5PA 4I9QA 4OKEA 3DLHA 1HQUA 1S9EA 4KPYA 3TWHA 1GOAA 3SUNA 3MEDA 3KK3A 1D9FA 3IAYA 3O4QA 1NKCA 2RKIA 2VG5A 3G10A 1S6QA 3KLIA 4C8MA 1D9DA 4ZTFA 3I8DA 4RW4A 2PYJA 1SKRA 4OPJA 3ISNC 4FLWA 4JLHA 4CE9A 1NJZA 3F9KA 4HTUA 1RBRA 3NGYA 4OLBA 4QOZB 1TKXA 2IOCA 3QETA 3KLFA 3T19A 1WSFA 3HT3A 1L3UA 3V1OA 2QK9A 4ID1A 5J2QA 4EP5A 4B9LA 4KHQA 1YT3A 2ATQA 4OGEA 4BWMA 2Y1JA 4ELTA 4FJ7A 1SKWA 2FC0A 1DTQA 4ICLA 2GUIA 1C0TA 4Z4FA 4W5TA 1BQNA 3O3HA 3VQ4A 2KZZA 3SV3A 4J2AA 4M3ZA 1TAUA 4KFBA 4E3SA 4HCCA 2W42A 4QCLA 4BE2A 1RT3A 1NKBA 3VQQA 4DLGA 2Y1IA 4F3TA 4FZYA 2VG6A 4CJLA 3NE6A 4K8XA 5FDLA 3ASMA 3NF8A 3PX4A 2E6MA 2DY4A 4Z4IA 4DLEA 1HYZA 2HNYA 3K5MA 3B6OA 1J53A 3L2QA 3DLBA 4UQGA 3RRGA 1HNVA 1DLOA 5CY4A 3OJSA 1BCOA 4CGJA 5I3UA 1QTMA 4DFJA 4Q0BA 1UOCA 1HQEA 3E01A 4AHSA 4FLUA 2QKBA 4CECA 4B3OA 3K57A 1C1BA 3VQ9A 2XY8A 3PX0A 3HSTB 4O55A 4M3RA 3TAPA 3ZSOA 3ZT0A 4E7KA 1C1CA 3KK1A 2OA8A 3PO5A 3M8RA 2Q3SA 1J9AA 1WSGA 4IG0A 1YTUA 2HHQA 1A5VA 3KKSA 1NK8A 1RT2A 1SV5A 2KW4A 2VWKA 2ZE2A 4CJKA 3TAFA 1X1PA 1LW2A 1S9GA 4N56A 1BCMA 4C8KA 4FM2A 2XY5A 4B9VA 2HHTA 2RN2A 4KO0A 4CEQA 3T3FA 3FFIA 4BWJA 3SJJA 1RT1A 4FVMA 3LP1A 5J1EA 1RTDA 4FYDA 4B9UA 4DQRA 4HUGA 1ASVA 1RNHA 3LPTA 4DTPA 5CZ1A 4DTSA 3V6DA 1X9WA 4CF8A 4CF0A 4DF8A 3RR7A 2KFNA 2F96A 3RMAA 4CHPA 4DSLA 2FBYA 1REVA 4MQ3A 2D5RA 3MXIA 3CFRA 5FROA 5J2NA 3SQ0A 3AA3A 3AA5X 3WNEA 1CZBA 4M3XA 1J54A 3BDPA 1CLQA 3SPZA 1Q8IA 4CJRA 3NGIA 4DFKA 1XWLA 1VSHA 3KTQA 5J2MA 4ELVA 4E1MA 1U49A 1T8EA 4DQIA 4KKOA 4CIFA 2EHGA 1ASWA 3SUPA 2F8SA 3HYFA 4DSIA 3L2UA 1TK0A 1TKDA 3SPYA 3V9UA 1HRHA 4FW1A 3ZT2A 1VRUA 1VSKA 3JYTA 2G8FA 4FK0A 2Z1GA 2F8TA 4Y1CA 1TK5A 2IGIA 3DI6A 3AV9A 3S9HA 5CYQA 2ZD1A 4CK1A 4E7IA 4IDKA 4Z4HA 2G8VA 2OZMA 4W5NA 4LSNA 2X78A 4Q5VA 1GOCA 4N5SA 4HCBA 1N5YA 1LV5A 1NOYA 1BL3A 1RTJA 3D45A 4EZ9A 4BDZA 3V9SA 4CJSA 1S1TA 3DMJA 4YFUA 1Z25A 1SKSA 3SV4A 4DQQA 4DU4A 1LWEA 3LWLA 3OVNA 3HVTA 3TABA 1KLMA 4L8RB 1BISA 4AHVA 4M41A 1U45A 5DK5A 4CEAA 2HHXA 1LW0A 3LPUA 1UAXA 3VQ7A 3C95A 3VQ6A 3AA4A 3QNOA 3AVCA 4FW2A 2HHSA 3WNGA 1GOBA 1VSIA 4H4OA 3OYEA 4FJMA 3TAEA 1EETA 2YNFA 4RG8A 1U48A 4FJHA 1BQMA 5HRRA 5HP1A 4O44A 5KI6A 1N6QA 4DSJA 4C8NA 3KD1E 3HM9A 2YV0X 4OPKA 1JLBA 1RT4A 4OLAA 4W5RA 5KRSA 3RWUA 2B4JA 4Z4EA 3KK2A 4CEEA 1S1VA 1ZBFA 4DS4A 3NH1A 4IFYA 3S3MA 5KGWA 3P5JA 3ZT1A 2X6NA 4RW6A 3PX6A 3V81A 4FJNA 2P5OA 4CJQA 4EZ6A 2OPSA 1VSMA 1WSJA 4F2SA 4PWDA 3HPOA 4I2QA 1XC9A 3RR8A 3SQ1A 3QO9A 1HYSA 4DWIA 1S1UA 1U04A 3K5OA 4BE1A 3DRRA 3MEEA 3RMCA 3AO3A 1BHLA 1CZ9A 4CJFA 3TAGA 3SUOA 2KQ2A 4O0IA 4B9SA 3NDKA 4KHWA 2HB5A 1NJYA 1T03A 3VQEA 2HHWA 1WSIA 1WSEA 4B8AB 3QINA 5HROA 1ASUA 3V1RA 4ZHRA 4AHTA 4EP4A 4YNQA 4AILC 3ZCMA 4KTWA 3PO4A 3T1AA 3AVGA 1I39A 4CJTA 4NCAA 2P1JA 4G1QA 2HMIA 2I5JA 4B8CA 1UA1A 4CJVA 3AVJA 1C0UA 3DOKA 4CFAA 4E1NA 5C25A 4JRPA 3OYGA 1SL2A 4OGCA 3VQ5A 4ID5A 4FLXA 1L3SA 4RW7A 4CHQA 4FLZA 2OPPA 3KIOA 1JKHA 1B9DA 3DLKA 4WE1A 4FLTA 4M3YA 3M8SA 4M42A 1S1WA 2ITGA 3C6TA 2HHVA 1XHZA 2GBZA 1XI1A 5DMRA 1EX4A 5C24A 3OYIA 4KHSA 1IH7A 5HRNA 4DTJA 1RDCA 1HJRA 5FRNA 3AO5A 1SL1A 3EYZA 2BE2A 3RMBA 4KAZA 1VSDA 4K8ZA 3OS1A 1TL3A 5HLFA 2HHUA 3TR8A 4DTNA 3ULDA 1UWBA 1VSEA 4HHTA 4KI4A 1BIZA 1RT7A 2B6AA 4LD0A 3F73A 3AO4A 4KHNA 1ITGA 2YHBA 1KVBA 1XHXA 1NJWA 3AO2A 4FJKA 1Q9XA 5SWMA 1L5UA 4KB0A 2A1SA 1IKWA 2OPRA 4F3OA 4CJ4A 3TAQA 4QAGA 1HPZA 4CGGA 1C0MA 1C6VA 5KTQA 1S5JA 3L3UA 1TL1A 4KTQA 1JL2A 3LAKA 3UIQA 4J2DA 3HO1A 4CK2A 3OS0A 4CGDA 4KTZA 3OYJA 3RRHA 3AVMA 4N76A 1KLNA 1JL1A 3K59A 1ZYQA 1KFDA 4CEBA 1JXEA 4CEDA 1RILA 2DFFA 4FJLA 4E7HA 1TKTA 5KRTA 1NK9A 1QSSA 3TANA 4JS4A 3IS9A 3NAEA 4KRFA 1QS4A 4H4MA 3SUQA 1NK0A 3L3VA 1KVCA 2Z1JA 4DFPA 5CZ2A 2QXFA 4PUOA 4DSFA 1S6PA 4CF1A 1RT6A 4FJGA 1HNIA 2FBXA 2ZQBA 4DU3A 2BANA 1TGOA 4J2BA 3TAMA 2OPQA 3QEIA 3AA2A 1B9FA 3LZIA 4E19A 3NF9A 4HVJA 4CGFA 4JRQA 1KSPA 1ZBHA 2PYLA 4DQPA 4FK2A 1YVUA 4B9MA 2D0AA 4HUFA 1C1AA 2P51A 3MECA 2KFZA 1T7PA 1G15A 5HBMA 3B6PA 3PUFA 1VSJA 3NGZA 1MU2A 4AHCA 1RBSA 1QSYA 3VQ8A 3CQ8A 5CYMA 1EXQA 1QE1A 4DU1A 4E0DA 4IBNA 4DSKA 1VSFA 3NF7A 4CEFA 1SL0A 1QHTA 3NH2A 2YKMA 3LP2A 4RW9A 3IRXA 4E7LA 1BGXT 4CESA 4AH9A 4LSLA 3SQ2A 1L3VA 4N41A 1JXBA 4FJ9A 1A5WA 3ZT4A 4KV8A 4W5OA 4FM0A 4LH5A 3AVBA 3THVA 1D5AA 4CIGA 3RTVA 4LY7A 3V4IA 1TK8A 3OYFA 2FBTA 1F21A 1JLEA 2YNIA 3MXJA 4N47A 4NYNA 2XO7A 3KD5E 3HJFA 3C6UA 2VWJA 1EKEA 1A5XA 3AVIA 4O5BA 3U3GA 3LDSA 1JLQA 1BIUA 2X6SA 1NOZA 3RMDA 2EX3A 3K5LA 2G8HA 4CEOA 1K6YA 3M8PA 4Z4CA 3EY1A 2A1RA 1IKYA 4DTMA 1RBTA 3OYHA 4B08A 4F8RA 1HMVA 4O0JA 2IC3A 2HNDA 2G8UA 3IG1A 3OYKA 5FRMA 3LALA 3MEGA 3NBPA 4CF2A 1BI4B 4OKKA 4DTUA 4KHYA 3KJVA 4HUEA 1QSLA 4CCHA 3PY8A 3OJUA 1TKZA 3VA0A 2IS3A 3CG7A 4M45A 3OYDA 3NHGA 4NCGA 5J2PA 3PV8A 1X9SA 2G8WA 3LP3A 4DTRA 3WNFA 5JS2A 2OZSA 4ELUA 3DLRA 2XY7A 3HPHA 3DOLA 4C8OA 2BGGA 3ZSXA 3AO1A 3NFAA 3OYAA 1JLFA 3HP9A 5T7BA 3KLEA 3HVRA 2NUBA 1Q9YA 2VG7A 2O4GA 1NK7A 2JLEA 2P5GA 1DTTA 3KLHA 1RT5A 4XIUA 4E89A 3D0PA 4PQUA 4BDPA 2DTUA 2YKNA 2HVHA 1SUQA 3VQBA 4FLVA 4CIEA 1KFSA 3DRSA 4GW6A 4CHOA 3ZSRA 4J2EA 4CGHA 3VQPA 4CHYA 3AVAA 3SYZA 1KVAA 1WN7A 4FJ8A 5D3GA 4F4KA 2HW3A 4KHUA 2Z1HA 3O3FA 1CXQA 2PY5A 5E41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLEA 2G8IA 3L4QA 3CXCM 5E84A 5C10A 4BE0A 1ZBUA 2E1YA 3CCUN 2RF2A 4CEZA 3L8BA 2KZMA 5KPZA 4FZXC 4PKIA 3PSIA 2P9NA 4O8UA 1IKXA 3L2VA 3QESA 3VENA 4CJWA 4IZ9A 3LZJA 2VWBA 3ZSVA 3TARA 1KRPA 3VQCA 4FJ5A 4GNIA 2XRIA 4LH4A 4DS5A 1K8KB 3P4IA 3MAQA 1NJXA 3HM8A 4H5VA 3VESA 1WNSA 4FPBA 4Y0WA 3L2WA 4CJ3A 4MFBA 3SNNA 4WFNL 2HBJA 1TVRA 2O8FA 2I7PA 2D4WA 2RE2A 3ZSQA 1NK4A 4CFCA 3CETA 3TI0A 4O4GA 4U67L 5F1XA 2YNHA 3P83D 3V9XA 3OYCA 2D1KA 1RFQA 3CFOA 1R0AA 1S22A 4JI4K 1RBVA 4YDUC 4NYFA 3ZEUA 1RTHA 3ZSZA 5JLHA 5FPMA 2NRTA 2NNWA 1JLCA 2WOMA 1NMNA 2OTLN 3OYNA 3HOTA 2YHAA 3SI6A 3ULEA 3MMVA 3O5BA 1O1WA 5TKWA 3H08A 3TSUA 1OH8A 4IKFA 1NK6A 4CJ5A 4CF9A 1VQ5N 1T05A 1ZC6A 3W0LA 3C94A 3O9SA 3VQAA 2AJQA 3BY5A 2P9PA 5AQPA 5CHIA 3QIOA 1LAVA 4B3MK 4ILGB 4DFMA 3DLLL 2HHHK 4C8LA 4NXNK 3M8QA 1T3VA 4OKJA 3G0ZA 3QLHA 4AQYK 4FSVA 4FJIA 1YJWN 4CZGA 5FLXO 3CI5A 3QEXA 3K58A 2R7YA 5EXWA 2NZTA 1SS6A 1VQMN 4X66K 1LOTB 4NO7A 3TWHA 4KPYA 3KK3A 3CF5L 3TTCA 1NKCA 2RKIA 1QZ5A 3ENBA 3I8DA 2FXUA 1M90O 4OPJA 5B8HA 4DUYK 4FLWA 2QTDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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