2ZZ3A

Covalent complex of orotidine monophosphate decarboxylase d70a mutant from m. thermoautotrophicus with 6-cyano-ump
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAAFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zz3A00
3DFSA 1UB3A 5AFDA 3WJXA 1VJIA 4FNRA 2C15A 3HPZA 2CFFA 3QSTA 1KM1A 2Y7EA 4YL2A 3S1WA 5J5RA 3TCEA 4C1LA 3PC0A 4NJJA 4Y9AA 3JRKA 1YTDA 1FXQA 3UZ5A 2ZFAA 1QMLA 1W0MA 4X22A 3QJAA 4IOTA 1HO1A 1IXQA 1TTJA 2C19A 1H60A 3NQCA 3B4UA 1RQEA 1C9DA 4YCPA 2ZZ3A 1VYRA 3HGSA 2ZYFA 4PTNA 2DZWA 2B7OA 4IMEA 1XBVA 1FDJA 5C54A 3MP5A 2Y7DA 4RR4A 4HPJA 3RFAA 3W7KA 1M7OA 3QMRA 1L6WA 1X1ZA 3L2IA 1LM1A 1OFDA 3C52A 4X3ZA 4X2RA 3KVKA 3QFEA 5E0KA 1Q6RA 1LTDA 5J5DA 2Z0IA 1VGAA 3C2OA 5F2MA 1BKSA 5ABTA 2J9ZA 4RKAA 1KBJA 1TCDA 4IX0A 3TK7A 5G1TA 3TMQA 5D2YA 4WY0F 5D32A 5IBXA 4AXKA 4AH7A 1O5KA 4Q32A 3USBA 5L9FA 1N7KA 3MYOA 1H63A 2KZHA 2WV8A 3I65A 1I8JA 5C5YA 2QDGA 4LRSA 2ZA2A 1TPDA 4TU1A 1SZEA 1LBMA 2NZLA 4K8HA 1TPUA 1ZHAA 1KFJA 3PBUA 1YTKA 4XUGA 3KXQA 3CEPA 3TA6A 2EHHA 2DZUA 3NPVA 3G8EA 2BXVA 4A21A 3CC1A 1TMHA 4JNMA 5HJLA 2FFCA 3DGRA 5LNUA 4CQAA 1SZFA 1FCBA 1WXJA 2FQIA 2D73A 4UTTA 2FDSA 3KFTA 5FEZA 1M6JA 1QFEA 3LCXA 1R46A 3BGGA 1QAPA 1PCKA 4O4WA 4O16A 1YTEA 4D2JA 3EX6A 3WK0A 3IIPA 4UFMA 3HQ1A 1M5WA 1RPXA 4CQ9A 3PBYA 3BV4A 4ZQMA 3E96A 3STEA 1ZAJA 4WXYA 1BWLA 4AB4A 4BI7A 2Q8LA 4PL2A 2XN2A 3PAJA 4MY1A 2X1RA 3RMJA 5G2WA 1JRBA 3S5OA 5FEPA 2YFNA 1QPNA 4DO4A 1EP2A 1VC4A 2ABBA 1ONRA 5D2WA 2QCNA 2TPSA 2GUUA 5HWJA 1HG3A 2HS6A 5CPMA 3LCGA 4KKXA 3W1UA 1LBLA 3WJYA 4FNTA 3DXIA 3MW7A 2HTMA 5FEWA 1SZGA 2G96A 4IJBA 3HGRA 3GAKA 5F1UA 3A21A 3D0CA 4K37A 1UBSA 1ICQA 2J27A 3W7QA 3LBCA 3O06A 4M5PA 3BLFA 1O60A 1GZGA 2CLOA 3QH2A 2NWRA 1LLWA 3LGEA 2ISSA 1OFRA 3STCA 3UXDA 3W1QA 4LVAA 3W7GA 4A22A 4K8EA 5LSMA 1Q6OA 4YMZA 4IWWA 5I3IA 3LCLA 1THFD 3H53A 4HT3A 3TIMA 1KV8A 4HHPA 4UMAA 1HUVA 3V1PA 5I3FA 4FO4A 1FWSA 4LWWA 1OFQA 3OEXA 4IXXA 1WBJA 1JCJA 3PG8A 1UUMA 4MLRA 3CEUA 1YLVA 1PS9A 2E6DA 5I3KA 3W7JA 1DV7A 3F1QA 2J88A 1H51A 1GVQA 4JY9A 3MHUA 2A7RA 5IBXC 2QCDA 2C1HA 3C0JA 3TR2A 1W54A 5EPDA 1H5YA 4MPQA 1EX5A 3TSMA 1R2SA 5FESA 3SR7A 3SJ3A 4HNVA 2G5WA 4FX6M 1TO3A 1IXOA 3M7WA 4FNPA 2X1TA 3W2UA 3PULA 3CTLA 3BPWA 4DELA 3C8FA 2X30A 4NT0A 2C16A 3HOJA 3MI3A 4RZ6A 2CLHA 3L5MA 3N2MA 4JYFA 3MP4A 3SIZA 3K30A 4NXSA 2YGYA 1XUZA 4DPQA 3HMJG 4UTTC 4HSOA 4CNOA 3W1TA 1JR1A 4R33A 1ME9A 4FNQA 2Y85A 3R12A 1ZAHA 1DBTA 1RQBA 3OVRA 4NNAA 4AWUA 4XKYB 2OT0A 5CSSA 3P5YA 4FHAA 2V9DA 1I4NA 1W56A 3O8AA 3W83A 5D37A 1YDNA 1LROA 3GIYA 2NUWA 2AQWA 3DI1A 3G0UA 1PE1A 2A6LA 3BG9A 1OFEA 2YCEA 4O1CA 3S8HA 1DQXA 4AWTA 3NL5A 3NOEA 3UXAA 4AF0B 3W1LA 2PC4A 3O16A 5DCDA 3LLDA 2YDAA 5LHEA 3GDRA 3HGOA 4GC4A 1KFBA 4LS0A 3P81A 2ZRZA 2E5BA 3BO9A 4NX0A 1W5OA 1JULA 4PC8A 2NXIA 3GR8A 1EEPA 2QUUA 4GUFA 5F4SA 2JKAA 4QNWA 3EKZA 3MBDA 4OE7A 1SO4A 5DBTA 3ABQA 2EF9A 5C6MA 5G1YA 2E1DA 2VC6A 2H90A 1LP6A 2RDUA 5AOUA 2J24A 4M6QA 1WDWA 4O10A 2ZQ0A 3RF9A 2B7PA 5D38A 2QR6A 5FF0A 3M47A 5K4ZA 4MYXA 5LZLA 4IMDA 1DOSA 1KLYA 1MEWA 5G2IA 2WPBA 4H4IA 4MKNA 4WD0A 1BWKA 4FNUA 3NM3A 4NJIA 4Y8FA 3GXPA 5K3VA 3P67A 7TIMA 2R91A 5KITA 1J2WA 3QW3A 1XKYA 4H3DA 3QYQA 3T4CA 1WBHA 5K9DA 1FWNA 5U4NA 1NAL1 5DXXA 3L0KA 3N14A 2X16A 3NA8A 4DXVA 1H1ZA 1R30A 3RLVA 3BLIA 1S5WA 4ICNA 1P0KA 3FS2A 3GKAA 4O19A 4O0KA 2P1FA 1LYXA 3UWVA 2DJXA 1GVFA 2DP3A 3GB6A 4ORIA 4OBTA 1KM0A 3EX1A 4ADSA 5AHEA 3B06A 1TREA 3R8RA 4TO8A 2BZNA 3TW6A 3UQNA 4KFPA 1DORA 5BW6A 3SGUA 2QAFA 1ME7A 3DFTA 2FPTA 4UFHA 3W73A 4S2CA 3W1RA 4OWGA 3A9IA 1ZNNA 1GVOA 1X7FA 5D09A 2OT1A 2ZZ2A 2YYUA 5KZDA 4GE8A 3TROA 5MHBA 4UUIA 3NQ7A 2NUYA 2RHGA 5F1VA 3EWXA 3LHVA 1SO3A 4UXDA 1Q3NA 1TPH1 2V2HA 4OGZA 2B7QA 3IVTA 4ZQRA 4UTLA 5I3JA 4LV4A 2H3BA 5DY2A 4LTSA 4O4VA 1MSSA 5AC7A 2A21A 2FIQA 4TMBA 4RJEA 4WXZA 3NO5A 1FWRA 3TQVA 2YR1A 3LXAA 2GJNA 3EWYA 3W71A 4K6AA 5BMWA 1MO0A 2G97A 1A5CA 4O1AA 1GT8A 2TMDA 3NXFA 1W5QA 1SR9A 3N19B 3TU9A 4WUIA 1FXPA 1O4UA 2WNZA 2X2GA 4DBDA 3NQEA 3R89A 5IM51 3KVJA 3OIXA 3G1VA 2Y63A 2OCZA 3CWOX 3P8IA 3L21A 1TPFA 3RU6A 1WOBA 3FA5A 3W23A 1M7PA 1N55A 1TQJA 2QCGA 1D3GA 4XZ9A 2CLFA 5EA9A 3S1UA 1SUXA 5LNVA 2ABAA 3M0ZA 3GAYA 3PUOA 4B5NA 4A2RA 4UTKA 3KHJA 2NXHA 3HG4A 2JGQA 1RVGA 2QJGA 4OQVA 4NNBA 1GVRA 1ME8A 1TJPA 1TPEA 4QM1A 4R53A 4JTKA 4UMCA 1G69A 5LGZA 3PS7A 1F6KA 3W1AA 3CPRA 2NX3A 1YPFA 3DAQA 3W2JA 2VFGA 1YADA 5TBOA 1QO5A 4GJ1A 3HO8A 4YXGA 2XN1A 2CLKA 2C6QA 2VFFA 3CQ0A 2GOUA 4WY0A 3DU0A 4IXHA 2TSYA 5CGQA 3LOTA 4BWLC 1K03A 3GLCA 1FCQA 4LVFA 1FY6A 3NQAA 4CLMA 4FX7A 3C4UA 4EF9A 1K7FA 1EWEA 3TC7A 3O6DA 3M5XA 2Y89A 1OK4A 1EP1A 3A5VA 3FYOA 3GNNA 3RNDA 1SW7A 2GVLA 1AW1A 3PM6A 4OV9A 3VKJA 1MEIA 3W85A 2VFHA 1OHLA 5G4EA 3I7RA 2FPYA 1XM3A 2ZA3A 1UASA 1PCWA 1MZHA 1IXPA 1KFEA 4JGDA 2CLMA 1K7XA 2P0OA 3G1FA 1V5XA 3UYCA 1F74A 1X8FA 3NYZA 3P60A 4NX5A 1AL7A 2AAMA 3EEGA 1G67A 4NJKA 2TRSA 3LXCA 2HS8A 3WFAA 1OJXA 3DFPA 4TX9A 3FIGA 1CI1A 4IMCA 3W76A 4K7VA 1A50A 2W0UA 5AHMA 4M7TA 3W9ZA 1K3UA 3PSWA 3QC3A 2OJPA 2EKCA 3O15A 2PE4A 1LDCA 2ATSA 2DZVA 3LI1A 3O6CA 4RK8A 3SZ8A 3DFQA 2E68A 5D30A 3ELFA 2RFGA 1VQTA 2E6YA 3QMTA 2NX9A 3W2KA 4N4QA 3B0VC 1TV7A 2ATMA 1RV8A 3BW2A 3IV3A 4LT9A 5DCEA 3A24A 3IVUA 3UPWA 4LS2A 2Y88A 4N2YA 3HB9A 1Z44A 1KM3A 4XTIA 1GYLA 1TV8A 1QPRA 1FUYA 1SFJA 1TB3A 4RXFA 1S5VA 2ZA1A 1DJQA 1QCWA 3A5FA 3NPXA 2ZRUA 3Q37A 4IX2A 4OU1A 1KM5A 1TTIA 2ISWA 4Y6GA 8TIMA 1SSGA 1OYAA 4UFKA 5C2XA 3GKFA 6TIMA 4TR9A 2VFIA 2IQTA 2GQAA 2PRMA 4M7SA 1G4PA 5G4WA 4UTJA 4FF7A 1W5MA 1VZWA 4BI6A 2W79A 3IRDA 4HN4A 5AC8A 3LCWA 1LBFA 1KFKA 4FNSA 1KLZA 3TV8A 4JIQA 3M5YA 5BMXA 4GFSA 1JCXA 2ZZ7A 3G3MA 4UTWA 3LHYA 3PF3A 4AHQA 3P82A 1PHQA 1XBYA 3UPBA 4K38A 1LOLA 1PVNA 4GBUA 3TXVA 5CZJA 4CCEA 4E2DA 5HULA 1KFCA 3THAA 3BARA 4O28A 4A29A 4BI5A 3EX3A 3Q94A 1YXCA 2VOMA 2JKPA 2R14A 4EWND 1I45A 3QEZA 3H54A 3P7YA 3G1SA 3NL6A 5DBUA 3IGXA 4MIMA 1G4TA 3MO7A 3WK3A 3NQGA 4MYAA 2I1OA 3Q58A 4HNNA 1B57A 3NZRA 4PL1A 2FJKA 3LV6A 4TIMA 3DZ1A 1D3HA 2QJHA 1W37A 3C3NA 4ML9A 1LORA 1JJKA 4MFEA 3HF3A 1WYIA 3HG5A 1G4EA 2A4AA 3OHIA 4GNJA 1P4CA 1NEYA 2C14A 1CX9A 2GVGA 1T99A 3W22A 2ZZ4A 3GVGA 2FTPA 1KTNA 4XTDA 4P61A 4DPPA 5FF4A 3GX9A 3DBPA 3LM7A 4RLIA 2WOQA 1ICSA 2WSYA 1VCFA 3TW7A 1TRDA 4J9JA 3CHVA 3KVLA 2JKEA 4JTEA 2H8XA 1EUNA 4GWEA 2E6FA 3LCHA 4LU0A 4P2VA 1EP3A 3VE7A 2WSRA 1P5BA 1EWDA 4XWUA 3BVJA 3L5LA 3KVMA 4FXSA 1L2UA 5CZ0A 4WQ6A 4JXCA 3UNDA 5DELA 5HUOA 1VH7A 4U28A 4NJHA 4TMCA 3DENA 4GUGA 1GQNA 3MI2A 3EXTA 4FXRA 5D2TA 5SWUA 2QCMA 2Z2UA 5K7JA 2P10A 1H7OA 3YPIA 4LOCA 1KV5A 1YDOA 4Y96A 1GWJA 4O8RA 4RCXA 3QRHA 3TNOA 4N4PA 1OX6A 3LLFA 1KTBA 3C56A 3P84A 5DXYA 1KA9F 2E6AA 3BLEA 4O53A 3S6DA 4BK9A 2Y7FA 3M1ZA 1P1XA 5FF7A 4L4LA 4A3UA 2BLEA 2VEIA 4U4MA 4O1DA 1W1ZA 2ALDA 3NL3A 3LCIA 3B0PA 1DQWA 3N34A 1PV8A 2ZBTA 3BW4A 4IUOA 1LCOA 1TPWA 2FB2A 3G3DA 3JR2A 1BEUA 3S0CA 4UNKA 5KTLA 3S5YA 2EPHA 5AYYA 4LVBA 1B9BA 4Z1DA 3ABOA 4G1KA 4O52A 2A85A 1C8VA 4CCCA 4UTWC 1VCGA 3AJXA 1GYNA 1HTIA 3TQKA 3G0XA 2QUVA 3FJLA 3TAOA 1ZFJA 3TJXA 2OMAA 4MZ8A 3LTSA 2ZZ6A 2DZXA 4RX0A 4WY0B 5KSWA 2CLLA 3VCRA 4JEQA 3C2FA 4DBEA 3OVPA 1TPVA 3QPYA 3G0SA 4I7UA 3PBVA 1TJRA 3DH7A 3T55A 1I2QA 3GDKA 3HGJA 4WJEA 4GXMA 3EWZA 4N02A 2ZZ1A 2GQ8A 3GZ3A 1K7EA 1TTPA 3U6WA 5GVJA 1MXSA 4UMBA 1UCWA 4QJ1A 4MVAA 4UR7A 4Z1CA 1R47A 2CU0A 3FEMA 4AAJA 1OVDA 1LRNA 5F2IA 5HR6A 2HSAA 1SFLA 3C2EA 1RQHA 1TIMA 3CIWA 4QQ3A 1OX4A 2W6RA 1QR7A 2VEPA 3ATYA 1IIHA 1H7RA 5EY5A 1ADOA 3G1DA 1JUBA 4UR8A 3NNTA 2ZDRA 1DVJA 3PBWA 3W7RA 4O15A 3M41A 1AW2A 3MYPA 4YCOA 4MFDA 1EPXA 4ZMGA 3KRZA 3ABRA 2DZPA 3B03A 3THQA 4BFAA 2LLEA 2V8ZA 5DN1A 1RD5A 2VKZG 3AO0A 4S2BA 1B4KA 2Z1BA 4O1BA 3I6RA 3QSRA 1J5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RM8 A;  1VJI A;  2PMQ A;  4FNR A;  3BLL A;  1QRQ A;  1KM1 A;  3TCE A;  5A8P A;  2O92 A;  2PTW A;  4J3X A;  2ZFA A;  3VGH A;  3B0Y A;  4X22 A;  3MO4 A;  1RXO B;  3NYD A;  3UXI A;  3UJS A;  3GTX A;  1QHO A;  1X1N A;  3KBJ A;  1ZUA X;  1C9D A;  4YCP A;  2WYS A;  4HB7 A;  4KEU A;  4PTN A;  4US6 A;  4Z2J A;  3CB3 A;  2PWD A;  3RU8 X;  4HMD A;  2ZAD A;  3MP5 A;  2PLM A;  1P0B A;  4W4Q A;  3RFA A;  2PDM A;  3HQO A;  1AZ1 A;  4HTB A;  3L2I A;  4M51 A;  3KVK A;  1Q6R A;  3L4U A;  1LTD A;  5J5D A;  3EWD A;  2BS9 A;  3C2O A;  3C3U A;  3HU7 A;  4PMZ A;  1BKS A;  3ZT7 A;  5ABT A;  1RHC A;  3SUW A;  1UR0 A;  4WY0 F;  1WZL A;  3CHD A;  5IBX A;  3OGS A;  4AXK A;  5L9F A;  4MDO A;  3EAU A;  2KZH A;  3I65 A;  5C5Y A;  2ZA2 A;  3TN4 A;  4M29 A;  5AYB A;  4TU1 A;  5D4Y A;  1SZE A;  1LBM A;  4M1B A;  1KFJ A;  2OLH A;  3QGK C;  2DZU A;  2XVP A;  6ENL A;  4B3L A;  3G8E A;  4JNM A;  1DID A;  2P0I A;  2FFC A;  5LNU A;  2PP1 A;  1FCB A;  1B31 A;  4C7F A;  4PSR A;  4GX9 A;  2D73 A;  5BWA A;  3KFT A;  3W53 A;  4INF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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