3A5MC

Crystal structure of a dictyostelium p109i mg2+-actin in complex with human gelsolin segment 1
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
370
structure length
364
Chain Sequence
QALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMVDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAILNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAAAAIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Gelsolin
publication title Structural basis for actin assembly, activation of ATP hydrolysis, and delayed phosphate release
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 364
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5mC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5mC02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3a5mC03
1T6CA 5KQ8A 1HKGA 3D2FB 1X9JA 3F9MA 2Q0RA 2HMPA 3A5NC 4BG8A 4A2BA 1JCEA 2Q2RA 3I33A 4IO8A 4FOEA 3IDHA 4H5VA 3R8EA 3M3ZA 3ZX0A 2P9IB 1BUPA 4MLEA 3A5MC 1MA9B 2GTDA 3DWLA 3VENA 3VF2A 5AZJB 3BF1A 4CBXA 1K8KB 1BOTO 4BRMA 5B8HA 5JICA 5JLFA 4FWKA 2D0PA 2A3ZA 1YXQA 3WXJA 2FLOA 2AA4A 1NGFA 3VETA 1HKBA 1ESVA 1KXPA 2YHYA 1ZXOA 1TYQA 4JHDA 2P9SB 2YI1A 2V7YA 1OKJA 4FWRA 3FFKB 2E1ZA 3MN6A 2QM1A 3LDNA 5LJWA 1YVNA 2V7ZA 3ULEB 3FZLA 3FZFA 5AQFA 1GLFO 2ZGZA 4CZJA 2IVOA 5AQNA 3LDLA 3SK3A 3D7EO 5EXWA 2QWMA 3MN9A 2YHXA 2E2NA 3TU5A 1MDUB 2P9KB 3KVGA 3C7NA 3GOIA 4K25A 1QHAA 3FLCO 2NRHA 5EY4A 4HWIA 1NMDA 5AQSA 3ENHA 5BRFA 3QFUA 2Q36A 3H1QA 2P9NA 1JCFA 2QXLA 2E8AA 4QS8A 4CZKA 4BGAA 2A41A 4BROA 4DB3A 1GLCG 1ATRA 2DPNA 2OANA 4BRNA 3FE1A 2GEMA 2GWKA 2HF4A 3W0LA 3MMVA 2QWQA 4H5TA 4IJNA 3UKUA 4WQ4C 2Q31A 3CJ1A 3SLCA 4BC3A 5AQKA 4BRHA 2CGKA 4QS7A 4O8KA 4PL8A 1X3MA 2ZF5O 2A5XA 3HI0A 3O80A 5CE3A 1G99A 4BR2A 1NM1A 3L6QA 4H0OA 2QWRA 4FWSA 4FO0A 4ISFA 5TKYA 3WXIA 4FWOA 3AAQA 3O1BA 4JD2A 3O8MA 5AQMA 3U9ZA 3D2EB 2I7NA 2ASMA 5LY3A 4IWVA 4BRIA 3LDPA 3A0IX 1RGIA 3H46O 1BA0A 3VESA 1J6ZA 3IMXA 4EFHA 5BPMA 5BRDA 4BG9A 3RSEA 3ZETB 2E20A 4IXCA 3LDQA 3U4LA 1BWFO 3R6MA 1NGAA 2GELA 1IG8A 4H5WA 1GLDG 3WEEB 5EOYA 2AP1A 3O4WA 3CQYA 4NO7A 5AQHA 4FWMA 3SMPA 1QZ6A 3VEVA 1QQOA 4H0VB 2P9PB 4EHTA 3DXKB 2HF3A 2P9UA 3CIPA 3J8AA 4M7XA 2ASOA 3FZKA 3O5BA 4I6MA 4BR0A 1C0FA 5KPTA 4EHUA 5AQXA 2YCHA 3O08A 4BR5A 4XH5A 2FXUA 4CZLA 2HOEA 3UKRB 3SMSA 5AFUH 3R9PA 1Y64A 1YUWA 3DXMB 3QBXA 1NWKA 1QZ5A 4IJAA 4RWTA 5JLHA 1DEJA 1DGKN 1HPMA 3D2FA 3CI5A 4ISEA 4JN4A 3GE1A 2QWPA 4HTLA 3GG4A 1ATSA 2NLXA 4FWLA 2ITMA 2FSJA 1S22A 2ZWHA 1TUYA 2P9IA 3EN9A 3O6WA 4CZHA 5AZJA 2BUPA 4FWQA 1T44A 4RCHA 5AQJA 4MLHA 1K8KA 1QQNA 2FSKA 4WQ5C 3VERA 2A6AA 4FPBA 4CJ7A 3WUHA 3HM8A 3B8AX 1BU6O 2V51B 2ZGYA 3IFRA 4GY2B 4BQZA 2W40A 2W41A 3VEYA 1BDGA 1WUAA 3CJAA 3EL2A 4FL9A 3QICA 5AR0A 3G25A 3ID8A 3CQXA 5AQGA 3ZEUA 4C23A 5E26A 5KQDA 3A5LC 4DCHA 4PL7A 2VYPA 4LC9B 4EIAA 5F0XA 3I8BA 5AZIA 4H0YB 3ULEA 3S41A 2ASPA 1U2VB 5JMVA 1BA1A 3H3OB 1XQSC 5EX5A 4BVOA 1JCGA 3VGLA 2D4WA 1IJJA 3FR0A 5BPLA 4M63C 4JNEA 2QWOA 5AQRA 3LM2A 4Y0WA 3QBWA 2P9KA 1ZBSA 2BTFA 1V4TA 2E2OA 2Q1NA 2IVNA 2CH6A 2E2PA 1NLVA 3CERA 3QB0A 4YDUC 3U8XA 1Z05A 4ISGA 4WQ5A 3CJBA 4XH1A 2Q97A 5BN9A 2PAVA 4BGBA 3KZBA 4BC4A 1NGCA 2UYTA 3GDQA 2CH5A 1NGEA 1X3NA 4B1ZA 3HBTA 4K42A 3BEXA 3HZ6A 3LL3A 2YHWA 3EKUA 4FWPA 3MDQA 2P9LB 3HTVA 2YJEA 5AQTA 5ADXA 2V52B 3SJHA 3EO3A 2GWJA 4Z94A 5BPNA 3UE5A 4BRPA 4CZIA 3VF6A 1QQMA 4XH4A 5FPNA 3WT0A 5AQLA 2QWNA 2I7PA 1RDWX 2IIRA 3FGUA 4H0PA 4B9QA 2CGLA 3VEXA 3D2EA 4O5FA 3VPZA 4MO4A 4CBUA 1E4FT 5FPMA 1NGBA 5AQIA 3U9DA 4CZMA 2F9TA 4BC5A 4YDUA 1GLLO 2FF3B 5E84A 1KAZA 4A2AA 3ZETA 5I9EB 4CI6A 5LJVA 2E2QA 4BRGA 2E88A 5BR9A 3HSCA 3BP8A 4CZEA 3CJ7A 3DAWA 4MO5A 3WEEA 4AM7A 2PBDA 3ATUA 2QW9A 4RTFD 3H45C 4BR7A 2E1YA 2P9PA 3DXKA 1YAGA 2A40A 1E4GT 3MN7A 1SZ2A 4FPAA 4BRKA 1U6ZA 1ATNA 1SQKA 1ZC6A 4BREA 4CZGA 3A8YA 3H1VX 3ZX2A 4EAHD 3VEOA 1XC3A 5BRHA 4DHYA 3BF3A 3UKRA 4CD3A 5KPZA 3ATVA 3QFPA 3A5OC 4H03B 4BRFA 5FPEA 3DXMA 5FPDA 5AQYA 3VEZA 4WYBA 3LM9A 4H0XB 4JAXA 4KBOA 4JHDB 1TYQB 3GBTA 4F9OA 2GUPA 4B1XB 4B1YB 4BVPA 3M1FA 2VCPA 4PKGA 3VF4A 5F2RA 3ZX3A 4FSVA 3VGMA 1HJOA 1NBWA 3CETA 3DJCA 3MK6A 2KHOA 1KAXA 3TPQA 3O1WA 3QMLA 1Q18A 3GL1A 1S3XA 1NGDA 2P9SA 4H0TB 3ZEUB 5AQUA 3VEWA 1H1VA 2H3GX 4K43A 3CJ9A 3C7NB 3L4IA 4NB4A 3WXLA 5AQZA 3BUZB 3LDOA 5BREA 4QS9A 3W3DA 2CGJA 5AZIB 5KPRA 1HLUA 2A42A 3EZWA 4BRLA 1GLAG 4BR4A 3AARA 3MN5A 4FOIA 2QWLA 4CBWA 1Z6RA 3P4IA 2P9NB 4A62A 3M6GA 1XUPO 4CZFA 4H5NA 3WQUA 2IVPA 1BO5O 3VOVA 5AQWA 2F9WA 3CJCA 3EKSA 1U2VA 2NZTA 1MWKA 3UKUB 1EQYA 1KAYA 4E1JA 4BRQA 1HUXA 4BR9A 3H3NO 1SAZA 1NGGA 3FZHA 2EWSA 5AQVA 1D4XA 1TUUA 4BRDA 1HKCA 1CZAN 3VGKA 3OHRA 4JD2B 1LOTB 4H5RA 1P8ZA 1NGIA 2D0OA 3ENOA 1NGHA 1RFQA 1MWMA 4GNIA 1GLBG 1GLJO 4BRCA 4B1UB 2D1KA 4M7YA 1LCUA 4BQLA 4BRAA 4AM6A 1GLEG 3RSEB 1V4SA 2WUSA 4FWNA 2P9LA 4PKIA 4DQ8A 2YJFA 5BN8A 4CD1A 1BG3A 2J4RA 3UB5A 4L3QA 4XEIA 4B1VA 5AFUA 3WXKA 1WOQA 4PKHA 3H6EA 3QDKA 4K41A 2Q0UA 3AAPA 3L0QA 1NGJA 2FSNA 3MCPA 2P9UB 4J8FA 5AQQA 3WQTA 2VWBA 4A61A 5EVZA 3KHYA 1HX1A 5F1XA 5AQPA 4I6MB 1R59O 1T6DA 3FZMA 1DKGD 3CHWA 5ADXH 3IUCA 4BC2A 3C0BA 3AY9A 2FF6A 3JXUA 4WQ4A 3JS6A 5ELZA 4IZ9A 5AQOA 4B1WB 1C0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6CA 4ZTJA 3ENBA 3QO9A 4CGJA 3T1HK 1N36K 2HVIA 3A5NC 4BG8A 3KLFA 4A2BA 2KZZA 4KO0A 2GX9A 4B9VA 3CCVN 3M3ZA 4FZYA 4DMNA 3KIOA 2NRZA 5HRRA 1YJWN 3CCJN 2GTDA 4LF8K 3VENA 3VF2A 1T8EA 3AV9A 4M3TA 1BOTO 4BRMA 2HHWA 3NF6A 1VQON 4FWKA 1VSIA 3IKMA 4LF7K 2OZMA 3S9HA 4Y1DA 4FZXC 1Q9XA 3WXJA 4YHHK 1KXPA 1W7AA 2YHYA 3DLKA 3OYBA 1I39A 3JSMA 4NYFA 1NJWA 1B92A 2QM1A 4FJMA 4FK0A 1YVNA 2V7ZA 3D45A 1GLFO 2HHQA 4JI0K 4CZJA 4JKAA 3HVTA 3D7EO 4IOAL 3K5OA 2E2NA 3TU5A 1QSLA 2P9KB 3BGRA 4JI6K 3C7NA 4K25A 2HSTA 3TWHA 5CYQA 3IAYA 3TANA 3AA4A 4CHYA 1NMDA 2VWJA 2F7TA 3ENHA 3KD5E 3ZT0A 3OS2A 5KRTA 3QEWA 3ZT4A 1D8YA 3L3UA 1LAWA 3TSQA 4QS8A 1GLCG 1ATRA 3RMBA 4W5OA 4BRNA 4LFBK 2QWQA 5JVHL 3UKUA 4ID1A 4WQ4C 2IAJA 1U49A 2Q31A 2E4LA 3CJ1A 2CGKA 4QS7A 1JLQA 1X3MA 2F8TA 3THWA 5CE3A 1NM1A 3AVCA 2HNDA 4FWSA 3SYZA 3HM9A 4FO0A 3AVGA 4CHZA 2HHXA 3ZYYX 3O3FA 2ATQA 3MWTA 4BDYA 3D2EB 1KD1O 2ASMA 3ASMA 5LY3A 2AJQA 2UUCK 4KTZA 3A0IX 3CCUN 4JKHA 4FJGA 3IMXA 4IDKA 5BRDA 3AO2A 3U4LA 2UXBK 1JJ2M 3AVMA 1S9GA 1R0AA 1VSDA 1NGAA 1S72N 1TKZA 1EO1A 4B9LA 2NRTA 4AF1A 1IV0A 5M1FA 3O4WA 1DT9A 3DLEA 4NO7A 1HNXK 1QQOA 1KQSM 1REVA 3DXKB 4EHTA 3ZSVA 3SUQA 1DTQA 3PY8A 1S1UA 1OH6A 3K9JA 3ITHA 2KW4A 4FW2A 4B3MK 5C2DA 4CFAA 3OYFA 2OZSA 4BR5A 4FJLA 2FXUA 2HOEA 3ID6A 1BI4B 2YKMA 4E7LA 1YUWA 3FFIA 2A1SA 3DXMB 3DLRA 1NWKA 3AVKA 5D3GA 4IJAA 1YHQN 3D2FA 3NH2A 2HB5A 4LH5A 4CJEA 3IRXA 2JWLA 4FWLA 1J5EK 3M8RA 2P9IA 3NFAA 3O6WA 4O0IA 2O8FA 5AZJA 3C6AA 1K9MO 4E0DA 1QS4A 5GIPA 1WAJA 4DFJA 2A6AA 4B8CA 4IEEA 4DSJA 4BQZA 2W41A 1W9HA 4PA1A 2KKZA 4FL9A 4YFUA 3ID8A 3TR8A 3PX4A 4FK4A 1QTMA 4GVMA 3A5LC 4DCHA 4J2EA 3LAKA 2VYPA 4U7BA 4E1NA 1ZBIA 4DV6K 3S41A 2ASPA 3BZCA 2E5LK 3PSFA 1I94K 1IH7A 4CEQA 1UOCA 1IJJA 3FR0A 5BPLA 4M63C 4JNEA 4CK1A 3OYCA 3LM2A 1VQNN 3RTVA 5HRSA 2KFZA 2IVNA 2W6KA 1EKEA 3TSPA 3V1RA 2G8IA 4OLAA 4DTSA 1EETA 2OTJN 4ISGA 4QOZB 5BN9A 5JVGL 3HL8A 4CCHA 1IBMK 4B9UA 4DR6K 3MDQA 3KTQA 2P9LB 4NCGA 5DMRA 5ADXA 3CMEN 3SJHA 5M1PA 3EO3A 2GWJA 4G9ZA 2UUBK 4BWMA 3T69A 3TI0A 2OPRA 3UE5A 4CZIA 3VF6A 3DOLA 3WT0A 1VQ9N 1HQUA 4B9NA 1RDWX 3FGUA 4JKGA 4H0PA 3T1YK 2NRVA 1FK9A 2CGLA 3U6FA 5C10A 3SV3A 3VPZA 4FLWA 3SI6A 1NGBA 5AQIA 4CZMA 3ZT1A 2Q3SA 4BACA 3G6EN 4OO1J 3LWMA 2FF3B 5I9EB 4B8AB 4BRGA 1QE1A 3VN5A 1X1PA 4CZEA 4HUEA 3WEEA 4FZZA 4AM7A 4W5RA 1I3AA 3P38A 2IC3A 4RTFD 5BR8K 4JI7K 1KC8O 4DLGA 2ETJA 3VQ5A 1UWBA 2A40A 3KWIA 1SZ2A 2Z1GA 3A8YA 3H1VX 3VEOA 4JKEA 4WF9L 3OYKA 2RHKA 3UKRA 5KPZA 3QEPA 3ATVA 4Z0UA 3I8DA 4JKDA 5FPEA 4DV2K 3VA3A 4DF4A 1S1TA 1VSEA 3VEZA 4JK8A 4CJ3A 4KBOA 5CZ1A 1TYQB 1RTJA 2XY8A 1QHTA 2NRWA 4ELUA 4W5TA 4BVPA 2VGNA 3CG7A 3VF4A 3HSTB 3AO1A 3E9LA 2G8KA 4FVUA 1NBWA 3CETA 3DLLL 3MK6A 4WFAL 1KAXA 3M8PA 3O1WA 1SV5A 3QMLA 1KVAA 1Q18A 5AQUA 4CFDA 5C15A 3HRGA 1YF5L 3L4IA 4NB4A 5BREA 2FBYA 4NCBA 4IDHA 4YOTA 3CPWM 4JKCA 2OA8A 1A5VA 4M3RA 1Z6RA 2P9NB 1C1BA 4JRPA 4ZTFA 4AILC 4FLZA 4H5NA 2UUAK 4IG0A 3WQUA 2IVPA 4Q5VA 5AQWA 4DFKA 3F9KA 4FW1A 4E19A 1JXBA 4BRQA 2O8BB 1SAZA 3WNHA 2EWSA 3M8SA 1D4XA 3P5JA 3SBGA 4BRDA 4E89A 3VQ7A 1XWLA 3T1AA 3PLAA 3VGKA 4JD2B 1LOTB 4H5RA 4CVNE 3MXMA 4C8KA 4AHSA 1NGIA 4IOXA 1TKDA 1T05A 4MDBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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