3A5OC

Crystal structure of a dictyostelium p109i ca2+-actin in complex with human gelsolin segment 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
366
Chain Sequence
QALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMVGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAILNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAAAAIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Gelsolin
publication title Structural basis for actin assembly, activation of ATP hydrolysis, and delayed phosphate release
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 114
structure length 366
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5oC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5oC02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3a5oC03
2CGJA 4Z94A 2VWBA 3CHWA 5E26A 4WQ4C 4K43A 1GLAG 3CETA 4O5FA 4JN4A 3WXKA 2QWLA 4DCHA 3DXKA 4BC4A 1EQYA 4BGAA 4M7XA 1DKGD 2A6AA 2PBDA 2UYTA 5BN8A 3LM9A 2D4WA 4BQZA 5EXWA 3LL3A 4WQ5C 4BR9A 3EKSA 4BRHA 2CH6A 3GE1A 1NGEA 3C7NA 4K41A 3M1FA 3QMLA 5AQZA 3VESA 2QWRA 1NGCA 2FF6A 3U8XA 4C23A 2NLXA 4BRIA 2E1YA 1X3MA 3HI0A 5JLHA 1NGGA 1Q18A 3VF6A 4IO8A 2E8AA 3MDQA 1U6ZA 3O08A 3U4LA 3VEXA 3VF4A 3O1WA 4BROA 4BR7A 4QS8A 4CI6A 2QM1A 3VPZA 2YJFA 3H1QA 4PKGA 3VEZA 5AQSA 2FLOA 5AZJB 3L6QA 4JNEA 4BRMA 3TU5A 4BVOA 4CZIA 4XEIA 5BRHA 4B1UB 4H0VB 4RCHA 5AQLA 1K8KB 4IZ9A 3ZX2A 2NZTA 4CZGA 3AARA 3IFRA 3GG4A 3BF3A 4A61A 2A3ZA 4HTLA 4FL9A 3DWLA 4BC2A 4XH1A 1HKGA 3CIPA 2QXLA 1ATSA 2P9IB 2E2PA 3VEOA 3I8BA 2Q31A 3ATUA 3BP8A 1RDWX 3LDOA 1WOQA 2I7PA 2GWKA 1ATRA 1ESVA 1QZ5A 4BRNA 4CZJA 3ZX0A 3QFUA 2YJEA 3G25A 5BRFA 2GELA 2IIRA 3HZ6A 1BWFO 4YDUA 1K8KA 3M6GA 2QWNA 1S3XA 3KZBA 2P9UB 4BVPA 3EN9A 2BUPA 2YHXA 1Z6RA 1ZXOA 3A5MC 3QB0A 3U9ZA 1NGAA 3ZEUB 4BG9A 5ADXH 3GL1A 2P9IA 2Q2RA 3DJCA 1TYQA 4MO4A 1X9JA 1YUWA 2ASPA 3M3ZA 1NGIA 3QICA 5ELZA 1T6CA 1NGDA 4L3QA 3WUHA 5F1XA 3UB5A 3GBTA 3EKUA 1QQOA 4BRGA 2Q1NA 5FPEA 1BDGA 4BRAA 3WXJA 5AQVA 4A2BA 3FLCO 4MLEA 5AQHA 4IJAA 1GLBG 4EHUA 1HJOA 4LC9B 4H5NA 1HKCA 4JD2A 4CZFA 4FPAA 2HMPA 3ATVA 5KPZA 4RTFD 1BA0A 5CE3A 3OHRA 1XC3A 2ASOA 3DXMA 2E2QA 3GOIA 4ISEA 3U9DA 4A62A 4BRFA 4FWNA 1BOTO 1QHAA 2P9NA 4CD1A 1XQSC 3UKUA 1HKBA 3SK3A 4BR0A 1OKJA 2Q97A 3A5NC 3D2FA 3WQUA 2Q36A 4H5RA 2IVNA 4CZEA 3O5BA 3A8YA 4NB4A 1U2VB 2YHYA 4KBOA 1BUPA 2E1ZA 3BF1A 3VF2A 1R59O 2ZGZA 2V7YA 3F9MA 1V4SA 2HF3A 4BREA 5AFUH 2V7ZA 3C0BA 3ZX3A 5AQGA 2I7NA 4O8KA 3VGKA 1YXQA 3SMPA 3FGUA 3WEEB 2P9SB 4CBXA 3ENOA 4I6MB 2QWQA 2P9KA 5KQ8A 1SZ2A 3I33A 5AQPA 3EZWA 2GWJA 4E1JA 3O1BA 2F9TA 4FWPA 2ZF5O 2YHWA 1MWKA 3FR0A 3IUCA 1JCFA 5BN9A 4BRLA 1C0FA 5AQMA 4CZMA 1ZC6A 5BPMA 4NO7A 1QQNA 4EHTA 4J8FA 5LJWA 4WYBA 1IJJA 3O80A 4H5TA 1RGIA 2VYPA 4PL8A 1NGHA 4FWSA 1HPMA 3GDQA 3CJ1A 2HOEA 3CJBA 2P9SA 1H1VA 2FSKA 4I6MA 3DAWA 3MN7A 4H0OA 3D2EB 3QFPA 4H0TB 4BR4A 1X3NA 3IMXA 2E20A 4PKIA 2WUSA 4CZLA 3ENHA 3RSEB 2FXUA 2GEMA 2QWMA 4FOIA 4Y0WA 2AP1A 4ISFA 2QWPA 2P9PB 3ZETB 3VGLA 4BRQA 3J8AA 4FWLA 4B9QA 2YCHA 4MLHA 4DB3A 1T44A 5AZJA 3ULEB 5FPNA 4WQ4A 1GLJO 3LDNA 2P9LB 4QS7A 1GLLO 3FFKB 4JHDB 3CJAA 1C0GA 4FWMA 3VETA 4CD3A 5I9EB 3KVGA 1BG3A 2V51B 4BC5A 1G99A 4WQ5A 1NLVA 2F9WA 1NGJA 4BRCA 4FO0A 2E88A 3VGMA 5B8HA 1IG8A 2W40A 5BR9A 2CGKA 3BUZB 3VENA 3ULEA 1J6ZA 5BREA 5JMVA 4F9OA 4FWOA 4GNIA 4JHDA 5BPNA 1D4XA 4JAXA 1WUAA 2P9UA 3CERA 3HBTA 5F2RA 3R8EA 1HX1A 5AQWA 5AQOA 3D7EO 3ZEUA 1XUPO 3A0IX 3QBWA 4BRKA 1MDUB 2V52B 4RWTA 2IVOA 2ZWHA 3HM8A 1ATNA 2ITMA 4EIAA 2CGLA 3MMVA 4CBWA 4HWIA 2ASMA 3HTVA 1QQMA 4A2AA 3JS6A 3JXUA 4FWKA 3VEYA 4BC3A 5AQNA 3DXKB 5EVZA 3AY9A 5KPTA 2A42A 1JCGA 4H0YB 4BRDA 5AQTA 3L4IA 1DEJA 5KPRA 4K25A 2NRHA 3H46O 5AQRA 1SAZA 4DHYA 3UKRB 4IXCA 1LOTB 1E4FT 4BQLA 1BO5O 3C7NB 3FZKA 3AAPA 2QW9A 3MK6A 5LY3A 2BTFA 2OANA 3MN5A 5AQIA 5AR0A 2A5XA 2EWSA 2GUPA 3R6MA 4BG8A 3TPQA 1GLFO 2GTDA 1GLCG 4H5WA 1Z05A 4B1YB 3FZLA 4DQ8A 5AFUA 2J4RA 2VCPA 4CZHA 2KHOA 3MN9A 4YDUC 3R9PA 1TUYA 2FSNA 5AQYA 4QS9A 3IDHA 2ZGYA 1U2VA 3SJHA 3CI5A 3CJCA 5EOYA 3SLCA 5AQJA 5LJVA 4MO5A 1ZBSA 5BPLA 3UKRA 3QDKA 1HUXA 2DPNA 1KXPA 3KHYA 2W41A 3W0LA 2A40A 1KAZA 2FF3B 5EX5A 3H6EA 1Y64A 3WEEA 2HF4A 1HLUA 2PAVA 1CZAN 1E4GT 3CJ9A 3ID8A 2YI1A 4FSVA 4B1VA 3O4WA 3S41A 2AA4A 2QWOA 1DGKN 4CJ7A 3AAQA 5AQKA 4B1WB 3WXIA 1LCUA 5AQXA 4M7YA 1MA9B 1SQKA 3BEXA 4K42A 3H3OB 5FPDA 5AZIB 2Q0UA 1TUUA 4IJNA 4IWVA 4H0PA 4PKHA 5AQFA 1RFQA 2D0OA 3LM2A 5FPMA 4B1ZA 3H1VX 3H45C 1KAXA 3VEVA 2D0PA 5JLFA 3L0QA 3A5LC 3D2EA 4B1XB 2CH5A 4PL7A 4XH4A 3RSEA 3LDQA 1GLDG 1TYQB 5F0XA 4BR5A 3MN6A 1BU6O 3O6WA 3WQTA 2P9PA 3ZETA 4EFHA 4CBUA 2D1KA 3B8AX 1NGBA 5AZIA 1T6DA 1NM1A 3FZFA 1MWMA 4M63C 5AQUA 3WXLA 4EAHD 5JICA 2H3GX 5AQQA 3W3DA 2P9LA 4H03B 4FWRA 2E2OA 1S22A 1GLEG 2IVPA 1NBWA 1NMDA 5ADXA 3QBXA 4BR2A 4CZKA 4JD2B 3VERA 3VEWA 3A5OC 3EL2A 3EO3A 1JCEA 3O8MA 5KQDA 3CQXA 3DXMB 1V4TA 1NWKA 3MCPA 5E84A 3CQYA 3HSCA 2P9NB 3VOVA 3UKUB 3H3NO 3UE5A 5EY4A 3CJ7A 4AM7A 3D2FB 3P4IA 4ISGA 4FPBA 2FSJA 5TKYA 1QZ6A 4BGBA 5BRDA 4XH5A 4FOEA 1BA1A 2A41A 4H5VA 1KAYA 1NGFA 3FZHA 4FWQA 1P8ZA 3FE1A 3LDPA 4AM6A 3FZMA 3LDLA 1YVNA 4BRPA 3WT0A 2E2NA 3SMSA 2P9KB 4GY2B 1YAGA 2Q0RA 4H0XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IAYA 2VWBA 3SV3A 4C8LA 3RWUA 1C0MA 5CY4A 1YVUA 3CHWA 4GV6A 4WQ4C 2ZE2A 1NJWA 1SS6A 4O5FA 1MU2A 4C8MA 5JVHL 3WXKA 2JWLA 4JI4K 3RMDA 2RHKA 1DKGD 4EP5A 2PBDA 2E4LA 4LF9K 3LL3A 1NJZA 4FJLA 1UAXA 4BR9A 1Z26A 4ID5A 3JSMA 4Z4IA 1IKVA 2UXBK 2IGIA 4C23A 3L2VA 2E1YA 1X3MA 4DQIA 4CIEA 1QSYA 5J2MA 3VF6A 2EX3A 3CCJN 4BROA 3U4LA 2OYQA 4LH5A 3VF4A 4FJJA 3VPZA 2YJFA 3H1QA 4BWMA 3DRPA 2FLOA 4DUZK 3NMUA 5AZJB 5KRSA 4JKHA 1ZBHA 3PUFA 3TU5A 4BVOA 5HBMA 4B1UB 4RCHA 4A61A 2A3ZA 4FL9A 1S5JA 3DWLA 1VQKN 4F3OA 4C1NI 3CIPA 1ATSA 4FJMA 3I8BA 1K6YA 3HM9A 4YOVA 2P1JA 1X9MA 1ATRA 3PX0A 5BRFA 3NGYA 2GELA 3HZ6A 4RW6A 4YDUA 3M6GA 1TK8A 1T05A 4WCEL 3EE9A 3E9LA 4DFKA 1S1WA 1CXUA 1Z6RA 1JLEA 3A5MC 1WSJA 4LF6K 2QEXN 1Z25A 1IKXA 4KB1A 4FW1A 3WXMB 3GL1A 2P9IA 3DJCA 3F5TA 4MO4A 3DLEA 3M3ZA 1DTQA 3LZIA 3CQ8A 5M1OA 3VQAA 5I3UA 5FPEA 4FJ9A 1UOCA 4BRAA 3WXJA 3OYAA 1NK9A 4YOTA 3A2FA 2W6LA 4IJAA 4FM1A 5JS1A 2YX6A 4H5NA 1HKCA 3QESA 2O4IA 4FPAA 1IKWA 3B6PA 5KPZA 4RTFD 5CE3A 2O8EB 3ZYYX 4ISEA 4A62A 2FBTA 4JKFA 4IDKA 3UKUA 3LWLA 4BR0A 4O8UA 2HHQA 2B6AA 2E6LA 3DRRA 1OH5A 4FLUA 3J7YP 1U2VB 2YHYA 3O9SA 3V9XA 3BF1A 4DSJA 3TSPA 3ZX3A 2I7NA 4O8KA 3K58A 3LP1A 4FK0A 4DFJA 4JK7A 2HVHA 4MDBA 4CBXA 1VSMA 3ENOA 5KQ8A 5AQPA 1R0AA 3VQEA 4BY9C 4FWPA 2OZSA 4NLCA 2ZF5O 2YHWA 2F7TA 3IUCA 4F4KA 5M1KA 5AQMA 2RF2A 1VSEA 3TAMA 3BDPA 5LMUK 4CVNE 1KTQA 1RGIA 4AILC 1TKXA 4DV6K 4B3OA 4CFCA 4G9ZA 2P9SA 4I6MA 4YFUA 4FLVA 1YHQN 3NH1A 4BR4A 2E20A 4LD0A 2WUSA 4CZLA 1N34K 3KKRA 2GEMA 3P39A 4CFBA 1U49A 4FOIA 2QWPA 2P9PB 4CFAA 3K5NA 1Q81O 4B9QA 2JLEA 4I7FA 4FJKA 4Z4FA 5AZJA 1GLJO 4CESA 4Z4EA 4QS7A 3SUNA 1GLLO 4BE0A 4NXNK 4DV3K 3VETA 3Q7BA 5GAHP 1KVAA 5H1SQ 4KHPK 1JXBA 3U3YA 2V51B 4BC5A 1NLVA 3C6TA 3C95A 2RE2A 3OYKA 1W2BM 1D5AA 1TKTA 1RT7A 1WSIA 4DWIA 4DV0K 3ULEA 1DLOA 4AHTA 4QCLA 3VTIA 3KKSA 4BE7B 2OTJN 1D4XA 5M1NA 1RTJA 5CYMA 4CGGA 3V1RA 4EP4A 4CJUA 2VGMA 3D7EO 3NF8A 3L2UA 3A0IX 5HOOA 3DLRA 2IVOA 1Q9YA 5MLCQ 1HNWK 4FLWA 2ITMA 1W7AA 5GAGP 1HRHA 1ZBLA 2Z1JA 3MXMA 4NCBA 4DLEA 3V4IA 3QO9A 3VEYA 4M3XA 5AQNA 3CCLN 4JI8K 1HNIA 4H0YB 5AQTA 1OH7A 3VQDA 4K25A 1N8RO 1VSJA 2G8IA 5AQRA 4GV9A 1SAZA 3HP6A 4W5RA 2HB5A 3QINA 4BQLA 3OBWA 2O8EA 1VQ6N 2QW9A 3V9ZA 3JYTA 2BTFA 1GOAA 5AR0A 2EWSA 4K8ZA 1DT9A 4YOXA 4GVEA 3WNFA 3SBTA 1NK8A 4KHSA 4B1YB 4CK2A 3AVMA 2J4RA 3MN9A 3G71N 4OPAA 1U2VA 3CI5A 1J54A 1X9SA 4NCGA 3DLLL 4C1NK 4MO5A 3SZ2A 4YHHK 5CHIA 1VQMN 2OTLN 3KHYA 4DSEA 2FF3B 1B9FA 4DFPA 1S9EA 1RBSA 2HF4A 1HLUA 2AJQA 1CZAN 3CJ9A 4CHZA 3O4WA 3S41A 4OGEA 3SQ4A 4CJ7A 2X6NA 1SKWA 4M3UA 3OJSA 3VQ5A 1J5OA 3C6UA 4M7YA 1ASVA 4Z4GA 2O8BB 5HP1A 3H3OB 3SAFA 3RMAA 5AZIB 3P83D 1W9HA 3KK2A 4NLBA 4DV1K 1SUQA 1A5XA 4LSNA 2D0OA 5M1PA 4DR5K 5FPMA 4B1ZA 4CJSA 4CEZA 4O0IA 3J7AP 4DR6K 3MXJA 4XH4A 3TSQA 2D0CA 3OYMA 3LANA 3AO1A 3MEGA 1BU6O 2P9PA 4A57A 5FLXO 4JKCA 3EYZA 4DTMA 5AQUA 2BANA 3O3FA 2QKBA 2HHIA 4FCYA 3KIOA 4FWRA 1A5VA 2E2OA 2VWKA 3QNOA 3SPYA 3EL2A 1F21A 4DKWA 4CJRA 1XMQK 1BISA 3O8MA 1VQ7N 2ATQA 5E84A 4DSFA 2P9NB 3T19A 1VQNN 3J81O 2ITGA 3CJ7A 3K5MA 2A1RA 3D2FB 3TI0A 2G8HA 4BGBA 5BRDA 4XH5A 4FOEA 1BA1A 1S1XA 3NH2A 3CC4N 1NK4A 1M1KO 2NRWA 1KAYA 3EEQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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