3AA2A

A52i e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
KQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAIIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa2A00
2G8IA 1TK0A 4CF8A 2FBTA 1NK0A 4DSIA 4I7FA 4OGCA 3AO2A 1ZYQA 2DFFA 4GW6A 3OYMA 4FM1A 3DI6A 3ZT4A 4DFPA 3VQ4A 4CECA 3S3OA 4DSLA 4BWJA 2GUIA 2P5OA 3AVBA 1VRTA 1VSEA 4CHQA 1UOCA 4B8AB 4ZTFA 4LH4A 4JS4A 4N76A 1S1XA 1RCHA 4C8NA 2OPQA 2GV9A 3QIPA 4W5RA 3KLGA 1SL0A 3DLHA 4ELTA 4BE0A 2IOCA 3HVRA 2OPSA 2DY4A 1JLFA 2G8HA 3LWMA 2RF2A 4RW6A 2F8TA 3CG7A 2KZZA 4BDPA 4DFJA 1BIUA 4FW1A 3KK2A 4DWIA 5FRMA 2P51A 3FFIA 2YNGA 3OJUA 5CY4A 5KGWA 2HW3A 4DSJA 3ZT1A 5DMRA 1JXBA 3OVNA 4W5QA 3CFRA 4QOZB 1RTIA 1RBUA 4KI4A 3JYTA 1D5AA 1T7PA 3VQEA 4FLTA 4CHZA 2HNZA 1HYVA 4FVMA 4W5OA 3KTQA 1C1CA 3SUPA 4NYNA 4K8ZA 4LSNA 3AVCA 4CIEA 4AILC 3I0SA 4FZXC 1EX4A 3WNEA 3ULDA 1S9GA 4DTJA 4CGJA 3DMJA 1JKHA 4E19A 1ASWA 4KTZA 1YTAA 1VSHA 4RW9A 1NJZA 4CJVA 2FBXA 3ITHA 2JLEA 4CEAA 4O5BA 4B9NA 3RTVA 2XY5A 4OVLA 4QAGA 4PA1A 4M3RA 4F2RA 4FLXA 2Z1HA 3NE6A 3SUNA 4CEZA 1RBTA 4ZHRA 4FJNA 1DLOA 2E6LA 4IDKA 1HYSA 1NKCA 4KB1A 4DTSA 3V4IA 3SCXA 2F96A 4O4GA 4CJ5A 1D9FA 3QEIA 4KHNA 4OLAA 2ZQBA 4CHPA 3CFOA 1NJXA 3KLEA 4JLHA 3C6TA 3NH2A 3LZIA 2X6NA 3VQDA 1NOZA 2ZE2A 1L3VA 2G8FA 1HNVA 2D0CA 3KKRA 3BDPA 1JL1A 3QINA 4KHUA 4ID5A 3V1OA 3EY1A 3AVAA 1SKWA 3ISNC 5KTQA 1VSMA 1KSPA 1RDCA 2P5GA 1IH7A 1ASUA 4PWDA 5J2MA 4Z4FA 4DF8A 3K57A 4FJIA 4Z4CA 3VQ9A 4CJ4A 1A5WA 2OPPA 4M41A 3O3HA 1HYZA 4J2EA 1VSJA 4AH9A 3NF7A 4F8RA 1JLEA 3K59A 3AA2A 4FM2A 3L2RA 2VWJA 5CYMA 1VSIA 3LWLA 2OZMA 4OLBA 1GOBA 3AO5A 4WE1A 2KW4A 4B8CA 5HRNA 4E7LA 3MXMA 4DQIA 1XHZA 1TKTA 3QLHA 3QO9A 1BQMA 4MQ3A 3PX6A 1NJYA 4GMJB 3LPTA 3OYCA 1QSYA 2IS3A 4FLUA 1RT2A 4DTNA 3ZT2A 4CERA 1VK0A 3AO3A 3RMDA 1T03A 3A2FA 4DSEA 4DQSA 1LWEA 2I5JA 1SKRA 3CM6A 3VA0A 3TARA 1BHLA 3V6DA 3LALA 1QHTA 3VN5A 5KRTA 3EZ5A 4HHTA 3U3YA 1TL3A 3RMBA 4I9LA 3ASMA 4CJEA 2Z1GA 5I42A 1D8YA 2A1RA 2G8UA 2KQ2A 1WNSA 3NAEA 1IKYA 3KKSA 1XWLA 1KTQA 1LWCA 3L8BA 1NK5A 2BDPA 4K8XA 3VQ8A 4PY5A 3L3UA 2DFHA 1TKXA 2ZD1A 4I2PA 4E7IA 2OPRA 3BGRA 3OYJA 5HLFA 5J2PA 1X9WA 3LP1A 4XIUA 4W5TA 3QNNA 4O0IA 4E0DA 5C25A 4LH5A 3DLEA 1RBSA 1B9DA 3AO1A 1D9DA 4ICLA 4DS5A 4B9VA 3DOLA 4CF0A 4BE2A 3TABA 3PX0A 4B9MA 3MEEA 1BCOA 1BCMA 1BI4B 3OYFA 4B08A 1B9FA 1X9MA 3S3NA 2KFZA 3LP2A 4M3ZA 4Z4HA 3QIOA 4W5NA 1KCFA 1SUQA 4CGIA 1TAQA 4CJWA 1S9EA 4EP4A 4FM0A 1RDAA 3OS0A 3C95A 4CHNA 1RBVA 5T7BA 3O4NA 5KRSA 3LAKA 2HHVA 3ZSYA 1IO2A 3SV3A 4DU3A 1RDBA 3ZSWA 2XO7A 3SQ2A 2YKMA 4EZ9A 4YNQA 4J2AA 4FLYA 3KLIA 1NK9A 3AV9A 4F3TA 2HHSA 4CJPA 4DG1A 4F3OA 3M8SA 3OYBA 3SPZA 2PZSA 1NKEA 3NGIA 4Z0UA 4ELVA 2E4LA 3L2VA 3SV4A 4H4MA 4FK4A 2G8KA 5C24A 4DFMA 3NCIA 4IKFA 1SL1A 1C6VA 4CGGA 3L3VA 1NOYA 3JSMA 4CEDA 3M8PA 4J2BA 4Z4EA 3QNOA 3DLKA 1C1AA 3U3GA 3MAQA 1EETA 3ZT3A 1RT3A 3HYFA 2ITGA 3RRHA 2Y1IA 4B9SA 1HMVA 3KK3A 2ATQA 2Q3SA 4C8MA 3V1RA 4DU1A 2FBYA 4ZTJA 4KTWA 4KV8A 4UQGA 3AVKA 4ELUA 4TSXA 1U04A 3K2PA 4FJXA 3HJFA 3ZCMA 3OYIA 3QEWA 1TK5A 1FKPA 4F2SA 3AVGA 1QE1A 3CFPA 4DLEA 3HK2A 3DLRA 3QEXA 4R5PA 3NBPA 3IRXA 1CXUA 1HPZA 1CZBA 4FW2A 4CJQA 4CEBA 4PUOA 2IC3A 4JRPA 4JS5A 4DQPA 1LAWA 4FZZA 4CCHA 4H4OA 4QCLA 4FK0A 1KRPA 1WLJA 1J54A 4Z4IA 2YNFA 5HP1A 5HBMA 3AVMA 1RILA 4OGEA 4FZYA 4KHYA 4FJ7A 1BQNA 4E7JA 1S1WA 4B3OA 4CFBA 4FLWA 5J2NA 1FXXA 3ZSXA 4PQUA 4CIGA 1GOAA 1Q9YA 1YTUA 5J2QA 1J53A 2X6SA 1LW2A 2YNIA 3LPUA 1IKWA 4HUFA 3PX4A 2P1JA 1TK8A 2HB5A 1LWFA 1QTMA 3F9KA 3OYAA 2G8WA 1B92A 2PYJA 3DLBA 2OYQA 2WONA 2QKBA 4CJFA 4M3XA 3I8DA 5SWMA 1JL2A 2YNHA 3DYAA 4CFCA 1LV5A 1EP4A 2WOMA 4KHWA 3VQPA 4B9TA 4CESA 1TV6A 1TGOA 4HUGA 2Z1IA 4CGHA 2FBVA 2B6AA 5FRNA 1HJRA 2X74A 3NFAA 1REVA 3SNNA 1U47A 1A5XA 3CM5A 1UWBA 1SL2A 1BISA 3MXIA 1W0HA 3OYHA 2OZSA 2Y1JA 4J2DA 4FK2A 4CJLA 4AHCA 4CEQA 3LP3A 2XY6A 3C94A 4CF1A 1GOCA 3TAFA 2XRIA 1C0MA 1RT4A 4F4KA 3U6FA 3KJVA 1RTJA 1UA0A 1WSGA 1L3SA 4NCGA 1C0TA 2YKNA 3SQ1A 1U48A 3RR8A 3VA3A 4KTQA 2HHUA 2KZMA 5K14A 3P1GA 4CK1A 3DRSA 2ETJA 4M45A 4AHTA 1S1TA 5HROA 3HXMA 4IG0A 2FC0A 5KGXA 4OPJA 3QESA 4AHSA 3TAMA 4FLVA 3QETA 3G0ZA 3OYKA 1L3UA 3HT3A 1ASVA 1NK7A 4HCCA 3AVNA 4YFUA 5HRPA 1WSHA 1Y97A 3OYGA 1IG9A 1Z26A 3OS2A 4E1NA 1J5OA 3OYLA 4E1MA 4NCAA 1JLCA 3IS9A 4IBNA 1YT3A 4ID1A 3HVTA 3RRGA 4OKKA 4RW8A 4BDZA 1A5VA 1HQEA 3DLGA 5JS2A 4CJSA 3SZ2A 1SKSA 5J1EA 2GBZA 2BANA 3NH1A 3UIQA 1VSLA 1FKOA 5C42A 4FLZA 3MEGA 1KVAA 2A1SA 3M8QA 4RW7A 4E7HA 3TANA 4FJKA 4AHRA 2HHQA 1C0UA 3KLFA 4KRFA 2KFNA 3P83D 5D3GA 4LD0A 4N56A 3AVJA 4HVJA 1CLQA 4KKOA 4KHQA 4RW4A 3SQ4A 3NGZA 4CF9A 4DF4A 3QEPA 1LW0A 1CXQA 5CZ2A 1BI4A 4E7KA 1NK8A 4KPYA 1ZBIA 3ZSQA 4DS4A 1S5JA 3NDKA 4JRQA 3KD1E 3SI6A 1CZ9A 1RT7A 1TVRA 3LAMA 2W42A 4BE1A 1WAJA 4CF2A 1TKDA 2AJQA 2RPIA 3V9ZA 4CJ3A 2XHBA 3AVFA 1JLBA 3T1AA 3I0RA 4KI6A 3KLHA 3KIOA 3RWUA 1HRHA 3HPGA 3PO4A 2E6MA 3NHGA 4OJRA 4C8OA 1KFDA 1BIZA 3L2QA 3D0PA 3HSTB 4CJUA 3QEVA 3S9HA 1XI1A 4KB0A 4FJJA 4M3TA 3NF8A 1RDDA 3HPOA 2Z1JA 2EHGA 3V9WA 1U49A 4IFVA 3V9XA 3V81A 4IG3A 3LDSA 2YHBA 1N5YA 4Z4GA 1I39A 2HVHA 3IG1A 4CK2A 1TL1A 1BL3A 3ZSZA 3SJJA 3VQQA 4FJ8A 3DRPA 1DTQA 3VQCA 4DTXA 3OS1A 1X9SA 1QS4A 1ZBLA 2O4GA 1TKZA 1JLAA 3K5LA 1KVCA 4DTOA 1KLNA 1U45A 1QSSA 4FJHA 2R7YA 2IDOA 2QXFA 1KVBA 3MXJA 4Y1DA 3E01A 4MFBA 3K58A 4KFBA 1VSDA 1S6PA 1RT6A 2G8VA 3KK1A 3OJSA 1G15A 4DQQA 2HMIA 3K5MA 4NYFA 2HNYA 4CK3A 4FXDA 4KHSA 3TWHA 3AVIA 1IKXA 1X1PA 2PY5A 2DFEA 3O4QA 4B9UA 2HVIA 3PY8A 3O3FA 4FJGA 4LSLA 3RMAA 4GVMA 4NCBA 2BGGA 1KLMA 4E3SA 4M3YA 1K6YA 4C8KA 3SQ0A 3VQ6A 3LZJA 1HQUA 3TI0A 3LP0A 3KD5E 3AA3A 4FCYA 3DRRA 1DTTA 3H08A 4Q5VA 2DTUA 3QERA 1YVUA 1VSFA 4IFYA 3SUOA 3SUQA 1R0AA 2VG7A 4BDYA 3V1QA 1UAXA 3NF6A 5DK5A 2QK9A 2JGUA 4O0JA 3B6PA 3AO4A 3DOKA 3F73A 3VQ5A 2B4JA 4I2QA 1FK9A 1S6QA 1WSFA 1BGXT 1S1VA 4RG8A 4FJMA 1F21A 3TAPA 1HNIA 3ZT0A 3ZSVA 3P5JA 2QKKA 4EP5A 3TAEA 4N47A 3G10A 2D0BA 2VWKA 4DU4A 1J9AA 1ZBUA 5I3UA 3WNHA 2XY8A 2O4IA 1RT5A 3AA4A 4HTUA 3L2WA 4DTUA 1RBRA 5E41A 4FJLA 1ZBHA 3NF9A 1RTHA 4KAZA 3S3MA 4CGFA 4DSKA 1JLQA 4DTPA 1NK4A 4FJ5A 3NH0A 4Y1CA 4CJRA 3CQ8A 4DSFA 1SV5A 3LANA 3C6UA 4CFAA 1C1BA 4OKJA 3MEDA 3HPHA 4OKEA 1U4BA 4B9LA 3WNFA 4HCBA 1RTDA 4CE9A 2HNDA 1XC9A 2BE2A 4HUEA 1Q9XA 2VG6A 1NK6A 2HHTA 3WNGA 1ITGA 5EU7A 3OYNA 2RN2A 1ZBFA 3HO1A 2PYLA 3M8RA 4KREA 2D5RA 2X78A 1KFSA 4M3WA 2XY7A 3CYMA 5SZTA 4CEOA 3TR8A 1MU2A 1RT1A 4AHUA 4CEEA 3THVA 3VQ7A 2B5JA 1LAVA 4N41A 3RMCA 2YV0X 4G1QA 3EYZA 2F8SA 3V9UA 3HP6A 4I9QA 4CFDA 1EXQA 1L3TA 3HP9A 4C8LA 4CHYA 4E89A 3OY9A 2IAJA 1I3AA 1Q8IA 4Q0BA 1WSEA 5HRRA 4H8KA 4KO0A 3T19A 1EKEA 3ALYA 4DQRA 4CEFA 1T8EA 1JLGA 3OYEA 2KTQA 4CHOA 4OPKA 3K5NA 4BACA 3T3FA 3PUFA 3ZSOA 3RR7A 4L8RB 2RKIA 1WN7A 1RNHA 1WAFA 1QQCA 4CIFA 3SYZA 3TAQA 4DLGA 1W9HA 1WSIA 3DM2A 1IKVA 1XHXA 4DMNA 1NKBA 3NGYA 4O44A 1WSJA 5HRSA 1VRUA 1T05A 2HHWA 3SPYA 2VG5A 4M42A 3MECA 4FJ9A 4DTRA 3AVHA 3B6OA 2OA8A 1JXEA 3K5OA 2IGIA 1N6QA 1Z25A 3V9SA 3HL8A 1O1WA 1VSKA 5KI6A 3L2UA 3AA5X 4O55A 4N5SA 3PO5A 5CYQA 2D0AA 4LY7A 3D45A 3OYDA 2YHAA 5CZ1A 3ZSRA 5FROA 3IAYA 4CGDA 3O3GA 4DTMA 4EZ6A 3TAGA 3HM9A 1QSLA 1TAUA 4FYDA 2LSNA 4BWMA 4M3UA 1L5UA 5JS1A 3PV8A 2NUBA 4CJTA 2EX3A 3VQBA 1UA1A 1S1UA 2HHXA 4DFKA 4CJKA 5FDLA 4AHVA 3VQAA 3AVLA 1NJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBTA 4I7FA 4OGCA 1ZYQA 3OYMA 3G71N 3PLAA 2ZJRL 4BRHA 2W6KA 3CCMN 4IEIA 4FWMA 4N76A 3CPEA 1RCHA 4C8NA 4W5RA 3QIPA 3KLGA 2IOCA 3SAFA 4RW6A 2F8TA 1GLCG 2J4RA 3FFIA 2YNGA 1QQOA 1XQSC 3WQUA 3CFRA 1RBUA 4KI4A 1D5AA 1VQ9N 4W5OA 2HNZA 4MLEA 1C1CA 5LJVA 4K8ZA 3AVCA 1EX4A 3ULDA 3UKRB 5LMNK 4E19A 2CGLA 1YTAA 4Y0WA 1NG9A 4PKIA 4B9NA 3RTVA 5JMVA 5M1QA 3S41A 3PIPL 4FLXA 2O8EA 3NE6A 4B1ZA 5AQMA 2E6LA 4JKBA 1HYSA 1NKCA 4KB1A 4DTSA 3V4IA 1YJWN 2F96A 3CETA 1BG3A 3VGMA 3QEIA 1ESVA 4GV9A 4OLAA 3OW2M 1OVQA 3IMXA 4IXCA 3KLEA 3HOSA 3C6TA 1HNVA 2D0CA 3KKRA 3BDPA 1JL1A 3QINA 1JJ2M 3V1OA 3TSPA 3O9RA 1GLFO 4PWDA 3VGKA 5ELZA 3VQ9A 4DCHA 1WUAA 2OPPA 3O3HA 1HYZA 4WQ4A 2VWJA 1GOBA 3MXMA 2KW4A 3D2EB 4CZIA 2KHOA 1BQMA 5FLXO 1NJYA 4GMJB 4DV1K 1QSYA 2IS3A 3L4QA 4QS7A 3O4WA 5AQNA 4DQSA 4C1NK 5CR4A 1BHLA 5B8HA 5KRTA 3VN5A 3U3YA 1Q7YO 3VETA 4I9LA 5I42A 2IIRA 3EEQA 2KQ2A 1WNSA 3I8BA 3L8BA 1XWLA 3Q7BA 2BDPA 4B1WB 1E3MA 4E7IA 5J2PA 3LP1A 4W5TA 1HNZK 4O0IA 5C25A 5BN8A 1RBSA 1B9DA 4WQ5C 3O1WA 3SLCA 4BE2A 3PX0A 1BCOA 3OYFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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