3AA3A

A52l e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMALIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa3A00
3VQCA 4CJ5A 1VSDA 3LAMA 3ZSVA 4DQQA 3TI0A 4O0JA 2XRIA 4FZXC 4C8NA 4DSEA 3DMJA 1WSHA 3UIQA 3K57A 4DTOA 2LSNA 3MXIA 5HLFA 4L8RB 4I7FA 1S1VA 4PQUA 3AVNA 3KLGA 3KLHA 4KHNA 3DOLA 2ZQBA 3S3OA 1HPZA 3DRPA 4BE2A 4B8AB 2G8KA 4FLTA 4DSKA 3TR8A 2BDPA 1U04A 1VSFA 3OVNA 3BDPA 4ELUA 4FK2A 1VRUA 3C94A 3DYAA 4CEEA 3JYTA 4ID5A 1KFDA 1RBTA 1WAFA 4JRQA 3DLKA 2IOCA 3LWLA 3OY9A 4CEAA 3SQ0A 4CJTA 3CFOA 1NK4A 3DI6A 3U3GA 2R7YA 4NCGA 4AHUA 4BE0A 4CFBA 4ICLA 3NH0A 4AHRA 3NE6A 3LP2A 3TAMA 2FBVA 1SKWA 2E6LA 4CJ4A 1RT3A 4KI6A 1TGOA 3VQDA 1NK0A 1XHXA 2KQ2A 2HHWA 2Z1HA 1C6VA 4CJWA 3SUNA 2HVIA 1DTTA 3G0ZA 1TKXA 3QETA 1Q8IA 4UQGA 3QEVA 4CERA 4CJQA 5HRRA 3NH1A 3TANA 2Z1GA 1KFSA 2HVHA 1RCHA 1KVAA 3CM5A 3ZT2A 3L2VA 3JSMA 2F8TA 2HMIA 3LWMA 4CGIA 1GOAA 4DFMA 3NGZA 4LY7A 4BACA 1WSGA 5CZ1A 3VQ4A 4Z4EA 3SUOA 2XY7A 5C42A 3P83D 4KHSA 3HPHA 3RMDA 4KHQA 2XY6A 3F73A 4BDPA 4F2RA 4CGGA 1RTHA 1TK5A 4O4GA 4FJJA 1XI1A 2IDOA 5I42A 4DSFA 2VG6A 3ZCMA 1O1WA 3G10A 1JLGA 1REVA 4W5NA 3LZJA 3HSTB 4LSLA 3EZ5A 3V81A 3ALYA 1LW0A 4BWJA 4KHUA 3I0SA 2X78A 4DQSA 3PX4A 1FK9A 4KTZA 2OYQA 3PX6A 3V6DA 4HVJA 4E7IA 1N6QA 4DFJA 4CJLA 4FJKA 3KD5E 1IKWA 2X74A 5FROA 1HYVA 4GW6A 4IFYA 4H8KA 1U45A 5CY4A 1JLFA 4DTJA 3ZSYA 1KTQA 3FFIA 3LANA 3OYFA 3LP0A 1BISA 1RNHA 3KLIA 3K5OA 2IGIA 1CZ9A 4CHNA 5HBMA 4CHPA 3CFRA 1EETA 1RDAA 1NKCA 1S6QA 1RBRA 4HTUA 1TAQA 4Z4IA 3AA4A 2FBYA 4N5SA 2IAJA 3HK2A 3MEGA 1GOBA 4R5PA 1NJXA 4CEDA 2Q3SA 4ZTJA 1R0AA 4FJ7A 1ZBIA 3LALA 4LSNA 1KVBA 3L3VA 3HP9A 3LZIA 4DFPA 4DTMA 4FJ9A 4FLXA 1BI4B 1NK5A 4AILC 1QSSA 4OKJA 2D0AA 4H4OA 1T8EA 2VG7A 4QOZB 4FYDA 4PUOA 3SPZA 4F4KA 4CECA 4DMNA 4GMJB 4CIGA 2VWKA 4DLGA 1S5JA 3M8PA 1TK0A 4IFVA 3PV8A 1U47A 1RDDA 4AHVA 4M3TA 4CK3A 1WN7A 3V9SA 1NK6A 4I9QA 4DF8A 4F2SA 3SYZA 3BGRA 1X9WA 4DU1A 4E3SA 3EY1A 4CGJA 4AHTA 2GUIA 5J2QA 1I3AA 1TKZA 2F96A 1ZBLA 3HO1A 1CXQA 1ZBHA 3V4IA 4W5QA 4I2PA 3HT3A 3AA3A 1NJYA 1NKBA 3IAYA 2BGGA 5DK5A 1EXQA 4CEOA 4OLBA 3HJFA 3KK1A 2ITGA 3OYNA 4C8OA 5DMRA 3NFAA 1J9AA 4NYFA 4K8XA 2BE2A 4M45A 4JS4A 1XC9A 3V1QA 1X9SA 4CF9A 3EYZA 3L2UA 4E7HA 4HUGA 3NF7A 3QEPA 2XHBA 4CJVA 2KTQA 1BGXT 1RT2A 4B9TA 4Y1DA 1BI4A 1A5WA 1U48A 3TABA 3QEWA 3AVBA 5KI6A 5C24A 3H08A 4FLYA 1BIUA 1D8YA 4DG1A 3SUQA 4N76A 3RWUA 3A2FA 4CIEA 1U4BA 3OYIA 4CJRA 3MEEA 4O44A 1JLQA 3SNNA 1T03A 3AVJA 3NF9A 1WSIA 1ZBUA 1S1XA 1KSPA 1RDBA 3AVLA 3M8RA 1GOCA 4KHYA 1QQCA 1F21A 1NK8A 4KO0A 3VQEA 5HRPA 2G8VA 4CK2A 2G8UA 4FJLA 4FM0A 2G8FA 4W5RA 2EHGA 1C0MA 1TL1A 1VSKA 4RG8A 1UA0A 1N5YA 4DQRA 3ZSOA 3SQ1A 1NKEA 1VSMA 3RRGA 2HNZA 1TV6A 3KKRA 4CK1A 1RBVA 1WAJA 2P5OA 4FZYA 4CFAA 3C95A 2RN2A 3OS0A 4M3ZA 4FJNA 2G8IA 1BQMA 2KFZA 3WNFA 1FXXA 2DFHA 1NOZA 2X6NA 3DRSA 3WNGA 1ZYQA 3RMAA 2IC3A 2Z1IA 4B9NA 3SPYA 4LH5A 3AVFA 2W42A 1NK7A 4W5TA 2WOMA 3KJVA 1U49A 3NF6A 1LAVA 4DQIA 2RPIA 5HRNA 1G15A 3AA5X 1QTMA 1WSEA 4EZ6A 3NDKA 4J2AA 3K5MA 5JS1A 2F8SA 1K6YA 2EX3A 3IRXA 3WNEA 5I3UA 1TKTA 2RF2A 4I2QA 4WE1A 1QS4A 3HVTA 3VA3A 2Y1IA 4IG3A 4OVLA 3L3UA 2PYJA 4FJ8A 4KI4A 2B6AA 4GVMA 1D9DA 3C6TA 4DTRA 3AVCA 3F9KA 4RW6A 4YFUA 3VA0A 1X9MA 1D9FA 4FK4A 4JLHA 1JXEA 3AVHA 4Z4GA 1WSJA 4J2EA 3I8DA 3I0RA 2YNHA 1RBSA 1IKVA 2YNIA 1C1BA 1BHLA 3DLEA 3NCIA 3THVA 3RR8A 4J2BA 3SV3A 4AHSA 1VSLA 5KRSA 3TAFA 1XHZA 4B08A 3ZSXA 1YTAA 3O4QA 4J2DA 4W5OA 2KFNA 3ITHA 1DLOA 1BL3A 3NGYA 1HMVA 4B3OA 4AH9A 3QLHA 2DY4A 1QE1A 1ZBFA 1JLBA 3ZT0A 4DSIA 1JLAA 1YVUA 3OYMA 3CYMA 3CM6A 2OPPA 1VRTA 4FJXA 3KLEA 4LH4A 4KB1A 3TAPA 4Y1CA 3K5LA 1IH7A 3AO1A 1XWLA 3DRRA 2OPSA 4FLZA 3PY8A 3KIOA 4Q0BA 4IG0A 2WONA 2XY8A 3OJSA 1RTDA 2OPRA 3AO2A 4CF2A 4ELTA 4CF8A 3PUFA 1WSFA 3VQ9A 4ZHRA 1KLNA 1BCOA 3MECA 3T19A 4OPKA 3NAEA 2YV0X 4Z4HA 2E6MA 1NJZA 3CQ8A 3NGIA 3KKSA 4KB0A 1ASWA 3E01A 4CF0A 1NJWA 3V1RA 4CGFA 5J2MA 2HHUA 2RKIA 1A5VA 4CIFA 1DTQA 1HQEA 3ISNC 3TWHA 4FLUA 4DWIA 2OPQA 4FW1A 3LP1A 2HHSA 2G8WA 3LP3A 3VQBA 3KTQA 4CCHA 3NHGA 1RT7A 1C0TA 3LAKA 5CYQA 3SV4A 3SQ4A 3S3NA 3QO9A 4JS5A 1C1CA 3QNOA 4FVMA 3S3MA 1L3TA 4N41A 1RTIA 1HRHA 3TARA 4CJFA 1HNVA 1UOCA 3AVMA 1S1TA 3T1AA 3K59A 1RDCA 4HUFA 4E7KA 4BE1A 1HYSA 4DSLA 3AO4A 3NF8A 4DTPA 3VQPA 2P1JA 4OJRA 3K58A 3ZSRA 3KK2A 3TAEA 1D5AA 2Y1JA 5C25A 1SL1A 3AO3A 1TKDA 1JL1A 4NCAA 2HHQA 2ZD1A 1MU2A 4CF1A 2O4IA 3ASMA 3O3GA 1FKOA 3OYKA 2YKNA 1X1PA 2GBZA 5D3GA 2VG5A 3IS9A 3NBPA 3M8SA 1WLJA 4AHCA 1IKXA 4FLWA 4DTNA 2P51A 5CYMA 4CE9A 3QEXA 3ZT1A 3HVRA 4JRPA 2B4JA 1J5OA 1LAWA 4PWDA 4CJEA 4CFCA 3AVKA 3V1OA 3OYLA 4HUEA 3K5NA 1QSLA 5FRMA 4HHTA 4LD0A 2D0BA 3QNNA 4FXDA 2HB5A 4DTSA 1S6PA 2B5JA 5KTQA 2AJQA 5SZTA 4BWMA 3RRHA 1KRPA 1EX4A 3B6PA 4RW7A 2FBXA 4CHYA 3L2RA 3PX0A 4C8LA 1YT3A 3TAGA 1VSJA 1RT5A 2ZE2A 4Z4FA 5KGWA 4KTWA 3OS2A 4CHQA 4CJKA 1SL2A 2PZSA 2NUBA 1UWBA 2QK9A 4F3TA 4CEBA 3QEIA 3DLRA 4B8CA 1C0UA 1VSIA 3ZSQA 2KZMA 1RT4A 3D0PA 4DS4A 4B9MA 3VQQA 3KD1E 2HNYA 3OYDA 4E0DA 2G8HA 4O0IA 3HP6A 1JLCA 3OYHA 4ZTFA 1SL0A 1QHTA 4DS5A 4EP4A 3OYEA 4FJ5A 4RW8A 2XO7A 1TAUA 3K2PA 4FJMA 4DQPA 2QXFA 4B9SA 2E4LA 4E1NA 4KV8A 2DFEA 1SKSA 4F8RA 4EZ9A 4N56A 1L3UA 3AVAA 4Q5VA 3O4NA 3CG7A 2QKKA 3DLHA 4QAGA 4BDYA 4FM1A 5HROA 2BANA 3MXMA 2A1SA 1UA1A 4OPJA 4M42A 4K8ZA 4OLAA 2OA8A 4FJIA 1B92A 5J2PA 3MAQA 3DM2A 5KRTA 2OZMA 4KPYA 4FW2A 4M3WA 4OGCA 1S1WA 1SKRA 4KRFA 1C1AA 5FDLA 3O3FA 4C8KA 3C6UA 1ITGA 3HL8A 3QIOA 1QSYA 4E7LA 2FBTA 3OS1A 2PYLA 1YTUA 2D5RA 4OKEA 4EP5A 4H4MA 3ZSWA 4IBNA 1EKEA 1CZBA 4CJ3A 3NH2A 3OYBA 1L5UA 4HCBA 3HXMA 2D0CA 5J2NA 1BQNA 2IS3A 4DLEA 3VQ6A 4ID1A 3RTVA 3U6FA 1NK9A 3RR7A 1LW2A 1NOYA 4CJSA 3SZ2A 4DSJA 1B9FA 4CESA 2HHXA 4DU4A 1W0HA 1RTJA 2XY5A 4CJPA 1LWFA 3SI6A 3P1GA 5E41A 1Q9YA 2HHVA 4DFKA 2DTUA 4OGEA 1LV5A 1FKPA 4G1QA 3QERA 3QESA 1T05A 3KLFA 1HYZA 1ASUA 1RBUA 1TVRA 3AVIA 3VQ5A 1L3VA 3PO5A 4ELVA 4NCBA 2HW3A 4CHZA 4M3YA 4Z0UA 5SWMA 3CFPA 1S9GA 3T3FA 3VQ8A 4KFBA 3DLGA 3SJJA 2YKMA 1KCFA 1BIZA 4FM2A 4HCCA 3HPOA 2ATQA 4CEFA 1TK8A 4M3UA 1I39A 3V9XA 1TL3A 2P5GA 2X6SA 4Z4CA 5FRNA 4FCYA 3V9WA 4CGDA 3L8BA 4KKOA 3OYAA 3S9HA 1JKHA 3HYFA 4DTUA 3P5JA 4KTQA 1CLQA 3QIPA 1JLEA 4KHWA 4OKKA 5JS2A 4XIUA 1LWEA 4FLVA 3AVGA 4N47A 2HNDA 3O3HA 4CEZA 4M3XA 3V9UA 4TSXA 3B6OA 2I5JA 5T7BA 2FC0A 1CXUA 1HNIA 2DFFA 4RW4A 5EU7A 5J1EA 4I9LA 4YNQA 1IG9A 3OYCA 4DF4A 1HJRA 1SV5A 3U3YA 2HHTA 1S9EA 3ZT3A 1IKYA 1L3SA 1KVCA 2PY5A 4KAZA 5K14A 1BCMA 4PY5A 4CHOA 4E19A 5CZ2A 2A1RA 2YNFA 1VSEA 1JXBA 3IG1A 3ZT4A 3PO4A 1Q9XA 1WNSA 3LPUA 3LPTA 1KLMA 4MFBA 3VQAA 4E89A 1Z26A 3OYGA 3L2WA 2GV9A 3AA2A 4B9UA 3L2QA 1S1UA 3SUPA 3MEDA 4O5BA 4E7JA 2O4GA 4PA1A 3OJUA 2KZZA 1Y97A 3VQ7A 1RT1A 5HRSA 3OYJA 3KK3A 3LDSA 4NYNA 3VN5A 1UAXA 4IKFA 1W9HA 4QCLA 1HQUA 1VSHA 4CEQA 4CGHA 4C8MA 4CJUA 2ETJA 3QINA 4O55A 4E1MA 4FJHA 1B9DA 2Z1JA 3TAQA 3MXJA 2JGUA 3D45A 3SCXA 4RW9A 3WNHA 3RMBA 5KGXA 2OZSA 1T7PA 2QKBA 1RILA 1A5XA 3M8QA 1SUQA 3ULDA 4DU3A 3AV9A 4KREA 2JLEA 4DTXA 4IDKA 1RT6A 1JL2A 2VWJA 1J54A 1EP4A 4MQ3A 3HM9A 3RMCA 2YHBA 4F3OA 2YNGA 3DOKA 1VK0A 2KW4A 3AO5A 3HPGA 3ZSZA 1Z25A 4BDZA 4B9VA 1J53A 4B9LA 4FJGA 4FK0A 1LWCA 4CFDA 5HP1A 1ASVA 4M41A 4FZZA 2YHAA 3V9ZA 4M3RA 3DLBA 1IO2A 3SQ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LAMA 3WXMB 5AQZA 3VF4A 3TI0A 4C8NA 4DSEA 1WSHA 4NLBA 3K57A 3MXIA 1HKGA 3IUCA 3QBWA 3KLGA 1N32K 4PL7A 4BE2A 4DSKA 3TR8A 2BDPA 4FK2A 4CEEA 4DQ8A 1RBTA 5FPEA 2IOCA 2F7TA 4CZJA 3CCVN 1YIJN 3NH0A 4FPAA 2E6LA 3CCSN 4O8UA 2QWRA 3SUNA 4EFHA 3G0ZA 4X64K 4UQGA 1X3NA 3QEVA 4CJQA 5HRRA 3TANA 4WQ5C 1RCHA 2F8TA 4CGIA 3ID6A 4LY7A 4LF5K 1WSGA 1YJNN 3VQ4A 3D2EB 3UB5A 1E4FT 2Q36A 1OKJA 3AGKA 3HPHA 3VEZA 4A59A 1IBMK 2XY6A 1OH7A 4KHQA 5CR4A 3F73A 1RTHA 5I42A 3ZCMA 5BRHA 1O1WA 3G10A 1Q82O 1REVA 1E4GT 2KHOA 5EX5A 4LSLA 1NBWA 2O8CB 2HBJA 4FWQA 4RTFD 2X78A 3PX4A 5ADXA 2W6LA 4HTLA 3KHYA 2X74A 5CE3A 3QFPA 4ILGB 1HYVA 5GIPA 4BVPA 3L6QA 1JLFA 1OH5A 1OVYA 3LANA 3OYFA 3K5OA 2IGIA 3D2EA 4JK9A 3P39A 1XC3A 3CFRA 3BZCA 2Q0RA 4PKGA 1WBBA 4Z4IA 4JI7K 2FBYA 3HK2A 2NRXA 3MEGA 4YOTA 4R5PA 2O8CA 3L3VA 3VEWA 1BI4B 4JI0K 4WFBL 2D0AA 3IMXA 4H4OA 1T8EA 4QOZB 3SPZA 4DMNA 4GMJB 4DLGA 3FZFA 4H0OA 4E1JA 3PV8A 1TK0A 1U47A 4AHVA 3V9SA 1NK6A 4DF8A 3GL1A 5BREA 4DU1A 1NJIO 3DLLL 2GUIA 5BN8A 3CXCM 1CXQA 1NKBA 4GKJK 3NVKA 3OYNA 1GLFO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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