3AA4A

A52v e.coli rnase hi
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAVIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa4A00
3NFAA 4LH5A 2HHUA 3G0ZA 1T8EA 2OYQA 4DTOA 3AVKA 3LP0A 3K57A 4ZTJA 2HHTA 3NF9A 4Q5VA 3SQ4A 2KQ2A 1KLNA 1TAQA 1VSFA 3ITHA 3DRSA 3VQEA 1RCHA 1WSJA 4F3OA 4F8RA 2IAJA 3E01A 4FJ5A 1IKVA 2DTUA 3AO5A 3OYHA 1S6PA 4CJTA 5J2NA 2ZQBA 1S9GA 4AHVA 4KV8A 3QERA 4KTZA 4M3YA 3LZIA 4FJJA 5JS1A 2E6LA 3VQCA 4DWIA 4FJLA 3SYZA 4M3RA 3O3HA 4DTUA 3TAFA 3HK2A 2KW4A 4E7IA 4JLHA 5HROA 1T7PA 3O3FA 3CYMA 3RRGA 4O0JA 1IH7A 1RNHA 4XIUA 3OYEA 3LP1A 4FLXA 4I2PA 2VWKA 2XHBA 1W0HA 4C8NA 4W5QA 1QE1A 4CFCA 3DYAA 3AVLA 3QIOA 3SPZA 1SL0A 1TK0A 2OZSA 1JLGA 1QHTA 3I0RA 3L8BA 2ETJA 1BQNA 3IG1A 3S3NA 1JLQA 3HPHA 3NGIA 3B6PA 3EYZA 4DFMA 3CG7A 3TAEA 4EZ9A 4K8XA 3OS0A 4FJ9A 2IDOA 2Z1JA 4FLTA 1HYSA 4E1NA 5HRPA 2XY5A 3SNNA 2F96A 1RBTA 2PY5A 3QESA 5HP1A 3AO4A 2A1SA 3U3GA 3AVCA 2Z1GA 3PX0A 4Z4GA 4KTWA 4JRQA 4FCYA 3PX6A 4PWDA 2RKIA 2KFNA 1NJWA 3OYBA 3HPOA 1G15A 4IDKA 5HLFA 1N5YA 1N6QA 2ATQA 3PX4A 1EXQA 1TKZA 3A2FA 1KVAA 1J9AA 4F2SA 5I3UA 2HB5A 3MXIA 2P1JA 4FJ7A 4FLYA 2KFZA 4LSLA 4CFDA 4BE1A 4FJHA 4NCGA 3HXMA 2ZD1A 1EKEA 4IG0A 2F8TA 4ZHRA 4HCCA 1KLMA 1BIUA 2DFHA 1CZBA 2YHAA 4CJ5A 4B9TA 4FZXC 4E1MA 1QTMA 3OS2A 3DRPA 3CFOA 1QSLA 4CCHA 4FJMA 4KHWA 1MU2A 3QEXA 4WE1A 1RT5A 4NYFA 3OYAA 3UIQA 1BL3A 1JL2A 3ZSRA 3LWMA 3V1QA 1VSHA 1RT7A 3AVFA 4F4KA 1CZ9A 4FJNA 1ZBIA 3L2WA 3V9ZA 3NF6A 5C24A 4E7LA 1UA1A 5FRMA 2BGGA 1RTIA 2JGUA 4KRFA 4OKKA 4KHSA 1SKWA 3QEWA 1RT6A 2P5GA 2R7YA 3VQ9A 3CM5A 5J2QA 1BQMA 5CY4A 1NJXA 2I5JA 3DOKA 1GOBA 4Z4EA 2HVHA 4B9NA 4AH9A 3SUPA 3SI6A 5DMRA 1RDDA 3ZT3A 3DM2A 1S1UA 4CJKA 3HP6A 4C8LA 3PY8A 4FZYA 4MFBA 1I39A 5CYMA 4M3UA 2XO7A 4KI4A 4YNQA 4MQ3A 3TAGA 4ELUA 3HYFA 5JS2A 1IKXA 3ZT1A 1LW2A 1RT3A 3KKRA 4IBNA 2RPIA 3V9XA 2OA8A 1HMVA 1C0TA 4EP5A 4KHYA 2X6NA 3PO5A 2YNFA 3HSTB 4KFBA 1TL3A 1X9SA 1L3UA 2PYJA 3DLRA 3ZT2A 3K5LA 4DSKA 2FBTA 2IS3A 2G8FA 1S1WA 4KREA 3NDKA 1UOCA 3SCXA 4FJ8A 1NK5A 2YKMA 3HO1A 1Y97A 4OPJA 3ZT4A 4W5RA 4AHRA 5I42A 1RT1A 1J53A 1HNIA 4B9MA 4KO0A 4M3ZA 2F8SA 1RBSA 1NK8A 3AA4A 1I3AA 2FBYA 4HUFA 1HYVA 1QQCA 2RF2A 1Q8IA 5J2PA 4O4GA 2EX3A 3K59A 3DLKA 3P5JA 4CEQA 3L2UA 3RR7A 4CIEA 4Q0BA 3AVBA 4HCBA 1L3TA 4CEBA 1Z25A 2Z1HA 3SUOA 3AA3A 1KFDA 2DY4A 1SV5A 4FW1A 5DK5A 4M41A 3L2RA 4E7JA 4DTPA 1D8YA 4CJUA 4G1QA 3LPUA 4DQRA 4FYDA 1HRHA 4ELTA 3SQ0A 3ULDA 3VQ7A 1FXXA 1NOYA 4J2DA 3ZSWA 3MXMA 4CJLA 3QNOA 4CIFA 5T7BA 3LPTA 3M8RA 2YV0X 2HVIA 4CEZA 2X78A 4B8CA 3HVRA 1K6YA 4DSFA 4CFBA 1Z26A 2Z1IA 4ID5A 4NCBA 4OLBA 1A5WA 4CJ4A 1VSMA 3NH1A 4FLWA 1ZYQA 3ASMA 1X1PA 3L3VA 4W5OA 3AO3A 3NGYA 5CZ1A 1KFSA 5K14A 1SKRA 1FK9A 2YNGA 4M3WA 2GUIA 1UWBA 5KGXA 4CE9A 4I2QA 1IO2A 4CJSA 4AHUA 1KVCA 1NKCA 5KTQA 4YFUA 3ZSQA 4QCLA 3MEDA 3V4IA 3SJJA 1VSEA 2Q3SA 4Z0UA 1U49A 3VQ4A 2D0CA 3HL8A 3DOLA 3ZSYA 2E6MA 2IGIA 3D45A 2QK9A 3O3GA 3KK2A 3HT3A 4FLUA 1D9FA 1C1BA 2RN2A 4CF8A 1KSPA 4DSEA 3C6TA 3LAMA 3OJSA 2D0AA 3EY1A 3ZT0A 3VQQA 5E41A 4HTUA 4DQPA 5J1EA 3KK1A 1O1WA 1TL1A 4IFVA 5HRSA 4O0IA 4DU1A 2BE2A 3NH2A 2IOCA 1QSYA 3RWUA 4FK2A 2KTQA 3AVNA 4ID1A 1YVUA 3G10A 3HPGA 3K5NA 1KCFA 3DI6A 3DLEA 1NKEA 2VWJA 4Z4IA 3ALYA 1JXBA 4N41A 2X74A 2AJQA 3DRRA 3ZSVA 4IG3A 4AHSA 1RILA 1TGOA 2OPSA 1S1VA 3NCIA 3S3OA 2YHBA 4HUEA 1XHZA 4CIGA 4N5SA 1EX4A 2HNZA 3NHGA 4HUGA 2BDPA 3OVNA 4LY7A 3SQ1A 1UA0A 4C8MA 4KAZA 3BGRA 3CFRA 2XY6A 2ITGA 1X9MA 3KJVA 1WNSA 4J2AA 4OGEA 4EZ6A 5FRNA 4CJEA 2OPRA 5CYQA 4CEOA 4J2EA 3KLFA 1WSFA 1IKWA 4UQGA 1ZBHA 1BHLA 3S3MA 1ASVA 3RR8A 1IKYA 3C94A 1JLAA 4CHQA 1IG9A 1U04A 3IAYA 4RG8A 4OLAA 2GBZA 4DSJA 3TAQA 3TI0A 3QINA 1XHXA 4CF0A 3ZCMA 3KD5E 3LANA 5KI6A 3M8SA 3NBPA 4FLZA 4B8AB 4FK4A 4I9LA 1BCMA 4N47A 1SL1A 1RDBA 4C8KA 4FJIA 3LP3A 3AV9A 4BDYA 3M8QA 4CGHA 4QOZB 4BWMA 4DQIA 3AVGA 3SV3A 4H8KA 4O5BA 3WNGA 4BE2A 3NAEA 4DSIA 2OZMA 1GOAA 1ASWA 2FBXA 4CK3A 2G8WA 3OYMA 3QEIA 1S1XA 4BWJA 3PV8A 2QKKA 4E19A 5FROA 2HHSA 4DQSA 1ASUA 3B6OA 2GV9A 3AVMA 2NUBA 3JYTA 3U3YA 4CGDA 3WNEA 1XC9A 2LSNA 4CK2A 3TANA 2HHVA 1C6VA 3AA5X 3SQ2A 4Z4HA 2D0BA 4OGCA 4QAGA 3SZ2A 4DSLA 1XWLA 3OYCA 4N56A 5HBMA 1C0MA 3LDSA 4JS5A 4F2RA 1QS4A 3AO2A 3LAKA 4KKOA 3KLHA 3TARA 1S1TA 1R0AA 3VQPA 1BISA 2WOMA 3SV4A 4DFKA 2G8VA 1DTQA 1UAXA 4CF1A 3V9SA 3QEPA 4B9LA 4FJXA 4OPKA 3F9KA 5EU7A 1FKPA 3ZSXA 2IC3A 3PUFA 3OYDA 1ITGA 3F73A 3OY9A 1C1CA 3TAPA 2YKNA 3TABA 3LWLA 4Z4FA 1L3SA 1BI4B 3P1GA 2HHWA 5J2MA 1SL2A 1RDCA 1A5VA 1TKTA 4CHZA 3SPYA 4PY5A 1LV5A 4HVJA 4KB1A 4I7FA 2P5OA 4CGJA 3KTQA 3D0PA 4DS5A 2B4JA 1WAFA 3I0SA 1SKSA 3NF8A 1LAWA 1LWFA 4CJPA 3DLGA 1WSEA 1JL1A 2FC0A 4DS4A 1C1AA 3RMAA 4B9SA 1CLQA 2JLEA 1VSLA 4Y1DA 2VG7A 3K5OA 4CEEA 5KRTA 1RBVA 3V6DA 1CXQA 3TAMA 1VK0A 1WN7A 1VSDA 2DFEA 4CF2A 1KVBA 3TR8A 4DTXA 3T3FA 3DLBA 3ISNC 3AVAA 3ZSOA 1NJZA 4PUOA 1B9FA 1Q9XA 1BI4A 4AHCA 3KLIA 3QNNA 3VQ5A 3CQ8A 4DFJA 1NK7A 1LW0A 4RW6A 4KHNA 3RMBA 3K58A 1EETA 1LAVA 3C6UA 3I8DA 3VQ8A 3RMCA 3HP9A 4AHTA 1WAJA 1TVRA 1JKHA 5FDLA 4DMNA 4E0DA 4FVMA 4FJKA 4DU3A 4J2BA 4KI6A 1VRTA 3V1OA 1GOCA 1NKBA 4W5NA 2W42A 1HJRA 2FBVA 3KLEA 1L5UA 2QKBA 3IRXA 2D5RA 3MECA 1WLJA 4W5TA 5C25A 1YTAA 4H4OA 3H08A 1B92A 1WSIA 3NE6A 3VQBA 1HYZA 5D3GA 1JXEA 4L8RB 4BDPA 4CERA 3MEEA 4CGIA 4IKFA 3L2QA 4B3OA 4DU4A 4C8OA 3HJFA 1TKXA 1VRUA 5HRNA 1T03A 4E3SA 2A1RA 2G8HA 2XRIA 2HW3A 2HHXA 3TWHA 1JLCA 1BGXT 1HNVA 4FLVA 5KRSA 1Q9YA 1TK8A 4M45A 1HQUA 3P83D 4ICLA 1TV6A 4N76A 3RMDA 4CJ3A 2HNYA 3KIOA 3AVHA 2WONA 3C95A 4CK1A 1EP4A 4OVLA 5HRRA 3AVIA 3O4QA 4B9UA 3KD1E 2DFFA 2E4LA 2OPQA 1B9DA 4DTRA 4KB0A 3RRHA 1RT4A 1A5XA 4H4MA 2BANA 1D5AA 3L2VA 1ZBUA 3VQ6A 2O4GA 2YNHA 1ZBLA 5C42A 1RDAA 1TK5A 3THVA 4FXDA 4DTJA 1NK9A 3MEGA 4B9VA 4IFYA 4DFPA 4DF4A 4OJRA 1TAUA 5SZTA 1YT3A 1S9EA 3ZSZA 3VA0A 2KZZA 3OYJA 1JLEA 2Y1IA 1RTDA 4CHOA 4M42A 4DG1A 4FZZA 4GMJB 1T05A 5KGWA 4NYNA 3AO1A 1VSIA 4OKJA 4CJRA 3BDPA 1YTUA 3K2PA 1X9WA 3QO9A 4RW8A 1RTHA 2EHGA 1WSGA 3VQDA 4JRPA 1D9DA 4CEFA 4CJWA 2G8UA 4RW7A 4Y1CA 2VG5A 4F3TA 3U6FA 4KPYA 2B6AA 3NF7A 1LWCA 2YNIA 3QETA 4PQUA 3CFPA 3L3UA 4BACA 4DF8A 3LP2A 3LZJA 4CJQA 4CESA 1U4BA 4E7HA 2G8KA 1S5JA 4DTSA 4CJVA 4GVMA 4LSNA 4GW6A 4CHNA 4KHUA 4Z4CA 1FKOA 3V1RA 1KTQA 1RBUA 1CXUA 1S6QA 4RW4A 4ZTFA 4BE0A 3DMJA 3HVTA 1VSJA 3EZ5A 1NOZA 4CF9A 4M3TA 1C0UA 2HHQA 3V9WA 4CECA 4FW2A 4O44A 1W9HA 4CHPA 3OS1A 4E7KA 4AILC 1U48A 4M3XA 1NK4A 1NK6A 1J54A 3RTVA 1QSSA 3DLHA 2P51A 3AA2A 4DTMA 3SUQA 2HMIA 4R5PA 5CZ2A 1RT2A 2VG6A 3LALA 1WSHA 2HNDA 4FJGA 3KLGA 3V9UA 3VA3A 5SWMA 3VN5A 1NK0A 2PYLA 4K8ZA 2G8IA 4NCAA 3IS9A 3JSMA 3T19A 3KK3A 3QEVA 1U47A 4DLEA 1ZBFA 4CFAA 4EP4A 2PZSA 4TSXA 3VQAA 4CEAA 2QXFA 4FM2A 1SUQA 1DLOA 1XI1A 4LD0A 3K5MA 4I9QA 1REVA 4FK0A 4DLGA 3KKSA 4KHQA 3QLHA 3OYKA 3PO4A 2KZMA 1NJYA 4FM0A 4PA1A 2XY8A 4CGFA 4JS4A 3FFIA 2ZE2A 3CM6A 1LWEA 4CEDA 3OYIA 3OYNA 2B5JA 2X6SA 4ELVA 4CJFA 2XY7A 3AVJA 3NH0A 4O55A 4RW9A 3OYGA 3MAQA 3S9HA 3T1AA 3WNHA 4KTQA 4DTNA 2O4IA 1HPZA 1U45A 3OYFA 1RTJA 1RBRA 3QIPA 4OKEA 4LH4A 4CHYA 4DQQA 1TKDA 1BIZA 2OPPA 4CGGA 3HM9A 3OYLA 1L3VA 3SUNA 1DTTA 4BDZA 3V81A 4FM1A 1BCOA 3O4NA 3OJUA 1HQEA 1KRPA 3WNFA 2Y1JA 1F21A 3M8PA 1JLBA 1VSKA 1JLFA 4E89A 1J5OA 3MXJA 3NGZA 4B08A 4HHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F1XA 1T8EA 2HHTA 3L4IA 3NF9A 3NMUA 4BRCA 1C0FA 3OW2M 1RCHA 1WSJA 4F3OA 2IAJA 1QQOA 1IKVA 3O9SA 5BRFA 5LJWA 5KQ8A 1S9GA 2P9SB 4KV8A 3QERA 3D2FA 3LZIA 3DWLA 4FJJA 2E6LA 3TAFA 4M3RA 3O3HA 3CJCA 3AAPA 4C1NI 2KW4A 5BPLA 1T7PA 3OA9A 3OYEA 1RNHA 1GLJO 2XHBA 1W0HA 4C8NA 1Z6RA 2P9KB 4CFCA 3E1YA 3DYAA 3AVLA 3QIOA 5BR9A 1QHTA 3I0RA 1JLQA 3EYZA 1BWFO 4FJ9A 3GG4A 4E1NA 5HRPA 2PY5A 4IZ9A 3VESA 2Q97A 3H1QA 4Z4GA 4FSVA 2O8BA 4JRQA 4PWDA 2KFNA 1NJWA 3HPOA 1N5YA 1E4GT 3R6MA 3LDQA 1J9AA 3MXIA 4FLYA 1S22A 2A3ZA 4LSLA 2ITMA 4CFDA 4NCGA 1EKEA 4IG0A 1VAZA 3SAHA 2YHAA 1MWMA 1QTMA 1OVQA 3CFOA 1E4FT 1QZ6A 4WYBA 3UIQA 1BL3A 3LWMA 1RT7A 2PBDA 5ADXA 1ZBIA 1NGIA 5FRMA 4E7LA 4K42A 4IDHA 5C12A 1RTIA 2JGUA 2NLXA 4FWMA 3KHYA 3SMPA 1BQMA 3DOKA 3SUPA 3A5OC 4YDUC 3HP6A 3U8XA 5CYMA 3J8AA 4WFBL 4YNQA 3TAGA 4BRIA 5AQMA 1EWRA 4DKWA 4DHYA 4H5VA 4IBNA 1HMVA 4KHYA 4JI4K 2X6NA 1KD1O 4KFBA 1X9SA 4EIAA 2OTJN 3DLRA 4DSKA 2G8FA 4DV5K 4FJ8A 3HO1A 4JKGB 4A61A 1J53A 2F8SA 4KO0A 1RBSA 3AA4A 5M1FA 4KH6A 2W6KA 1Q8IA 3QICA 5GIOA 3VF4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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