3AA5X

A52f e.coli rnase hi
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAFIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 46
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa5X00
4IFVA 5SWMA 1ZBFA 4FLTA 4FJ5A 4FLVA 4M3WA 4Y1DA 4FLZA 1HQUA 2ATQA 3OYGA 4E7IA 5I42A 1C6VA 4M42A 1RDCA 3T19A 1RBVA 1S1UA 2Y1JA 1TAQA 3RMCA 4FYDA 3ZSYA 1L3VA 3SPYA 2D0CA 2YKNA 1S9EA 4M3ZA 1SUQA 4OJRA 4EP5A 4FK0A 3SZ2A 3V1RA 3ZT1A 1VSIA 1CZBA 2DY4A 2Y1IA 4CJWA 3OS2A 2RPIA 4CEDA 4QAGA 3K5MA 1NOZA 3LDSA 4TSXA 2KFZA 2HW3A 3NH2A 4ELTA 4FZYA 4J2AA 2OYQA 3HSTB 1ASVA 3RWUA 1X9SA 1YVUA 3L2VA 4FM2A 1UA1A 4HUEA 1B9FA 4C8KA 3KLEA 2KQ2A 1A5WA 2WOMA 3G0ZA 1TK5A 4DU4A 3AO4A 1S1TA 1WN7A 1C0UA 1JLFA 2Z1IA 4CJPA 5KRSA 3KK1A 3RMBA 4M41A 3KD5E 3SQ2A 2IAJA 3TAMA 4RW9A 3QEIA 1U4BA 1QSYA 1D5AA 3WNHA 3SQ1A 3HL8A 4HUGA 3SQ4A 4KREA 3L2UA 3V6DA 4IG3A 1HMVA 3HXMA 4KPYA 1C0TA 4W5OA 4DQSA 3AA3A 3L3VA 1O1WA 1IG9A 1BL3A 1G15A 3OJUA 1SKSA 4B9LA 2A1RA 4CHPA 3SUOA 5T7BA 2G8KA 3VN5A 3QINA 4O55A 3NDKA 3I0SA 4ICLA 3LWLA 1LV5A 4DTPA 4MQ3A 1J53A 1VRUA 4DMNA 4CERA 4LD0A 1Z25A 4DTOA 1NJXA 4M3TA 1J54A 1BI4B 1WSIA 2FBXA 4Z4HA 1BGXT 4CEQA 1BIZA 1YT3A 3LP0A 4HHTA 1L3SA 4PY5A 2QKBA 3ITHA 3AVAA 4Z0UA 2PYJA 3TAEA 2GBZA 3NGIA 1ZBHA 1DTTA 1RBRA 4MFBA 4BACA 4FJHA 4KRFA 4CF8A 3MXIA 4CEAA 2BDPA 4FLYA 3ZT3A 3RMAA 4CJUA 4F4KA 3RRHA 2HHTA 4CIFA 3K2PA 4CECA 4CK2A 3VQ9A 3AVKA 2HHUA 4KHNA 4JRQA 1UA0A 1TK8A 3OYHA 1LWEA 4B08A 1TK0A 1WSEA 1ZBIA 4CGIA 3OS1A 5J2NA 4CK1A 2AJQA 3NF8A 3WNEA 5J2PA 3O4NA 1EX4A 5HRSA 4O4GA 3OYKA 3ZSZA 4PUOA 1ZBLA 1BISA 3BGRA 4KHYA 3TAFA 4B9UA 3DRSA 1S1VA 4ID1A 4CJRA 3K57A 5KI6A 4DFPA 4J2BA 4OKKA 1CXQA 1EETA 4NCAA 3DLEA 1XI1A 4C8MA 2YKMA 3KIOA 4AHCA 4UQGA 3MECA 3DI6A 5FROA 4CFAA 4C8OA 1I3AA 4LSLA 4KAZA 4GMJB 1WAJA 2OA8A 2QKKA 4I9QA 2DTUA 4JLHA 4DTMA 2P51A 1NK5A 1LWCA 1VSHA 4B9TA 3KKSA 2DFHA 4NCBA 3KTQA 1RBTA 4FK4A 3OYAA 4IFYA 3V9SA 3AA5X 2BGGA 4EZ6A 3OS0A 4FM1A 3AVFA 4N47A 2IS3A 5E41A 2F8TA 2Q3SA 4DQQA 3VQEA 4DSKA 3CFRA 1FKOA 4RW6A 3OYEA 2XHBA 3L8BA 1SKRA 5J2MA 2G8IA 1C1AA 3TR8A 4AHRA 4CEOA 1XHXA 3DLBA 3VQAA 5HRRA 3ZSWA 3PV8A 4M3XA 4W5NA 3AVIA 3HPHA 1TL3A 2PYLA 4FJMA 4DFJA 3AA2A 2O4IA 3O3FA 3QIOA 4AILC 1JLEA 4CHNA 2RN2A 3AV9A 4DSEA 1J5OA 1RT5A 4HCBA 4GW6A 3PX0A 1RT3A 4EP4A 1NKBA 4FW1A 1CXUA 3DLGA 3OYDA 1HJRA 2FBTA 4B9SA 3NE6A 4R5PA 2I5JA 3M8RA 4E89A 3QNOA 2X6SA 4DTXA 4CESA 1VSKA 3TANA 1WNSA 4FK2A 4CFDA 4Q0BA 4OPJA 4CJVA 1MU2A 3CG7A 3KKRA 4OGEA 1UAXA 3AO5A 1NK8A 2X78A 3AO1A 5EU7A 3PUFA 4E1MA 5KTQA 3P1GA 4CF0A 1IH7A 4ID5A 1RBUA 3DLKA 3K59A 4Z4FA 3AVCA 4FJ8A 4OGCA 1X9WA 3DLHA 1RCHA 4FJLA 3L3UA 3V4IA 3HPOA 2B6AA 4E7KA 3TABA 1WSFA 1RTIA 3ZT2A 3TARA 1NK0A 2P5GA 1TKDA 3LPTA 1T03A 4CHQA 3VQQA 1SKWA 5DMRA 1N5YA 1EXQA 1LAVA 2OPSA 1L5UA 3RTVA 2Z1HA 1JLGA 1RDBA 1TKZA 1HPZA 3AVMA 3G10A 1QSLA 4XIUA 2OPPA 1FK9A 1JXBA 2D0AA 3MEGA 1NKCA 3NGZA 2OZSA 2YNFA 2E4LA 4DSFA 4DS5A 2YHBA 1KLMA 2G8FA 2KW4A 4FCYA 1XC9A 3DOKA 2FBVA 4YFUA 4CJ3A 2F8SA 5I3UA 3VQ8A 3RMDA 4O44A 1TL1A 1WSHA 4CHYA 1NOYA 2IDOA 4KHQA 3B6PA 4DQIA 1S5JA 1JLAA 2YNGA 2HVIA 4LH5A 2B4JA 3U3GA 4HTUA 2IOCA 1XHZA 2Z1JA 2P5OA 3OYCA 1J9AA 3VA0A 4FJNA 3M8QA 2G8VA 3EYZA 4M3UA 4Z4EA 1ZBUA 3F9KA 1NJWA 3ULDA 3S3OA 3SNNA 3H08A 2OPRA 3FFIA 3KLIA 1Q8IA 3A2FA 3KK2A 4DTRA 2IC3A 4LY7A 1CZ9A 1S6PA 2XO7A 3SV3A 3HPGA 4E7HA 1X1PA 3NFAA 2VG6A 3S9HA 3CM6A 3EY1A 4ZHRA 2OZMA 1TAUA 4KI6A 2G8WA 1HQEA 3RR7A 4DTSA 1DTQA 4AHVA 4CIGA 4DSIA 1C1BA 4H4MA 3QESA 4K8ZA 5J2QA 4B9MA 4QOZB 2KFNA 4KHUA 1JXEA 4DSJA 2FC0A 2HVHA 4H4OA 1RTHA 4QCLA 4FZXC 4BE2A 4C8LA 5HLFA 3MAQA 2EX3A 1TKTA 4OLBA 2FBYA 3PY8A 4PWDA 4AHUA 3DRRA 3DOLA 3TAGA 2XY7A 1VSDA 4I2QA 1BI4A 2VG7A 5CYMA 3SUPA 3RRGA 3O3GA 1WSJA 1TKXA 1YTAA 4CGDA 5D3GA 3TWHA 2LSNA 3QEWA 4AH9A 4FVMA 1KTQA 4FJXA 1U04A 2EHGA 1QSSA 4RW8A 2Z1GA 3CQ8A 3PX4A 1BQNA 4KFBA 4BE0A 1RDAA 3OYJA 4DU3A 3K5LA 4OKJA 3V9WA 4E7JA 1KRPA 3ZCMA 5C24A 3V9UA 1LWFA 3DM2A 1HYZA 1RNHA 4KTZA 3I0RA 1K6YA 3OYBA 1GOCA 1QTMA 4KHSA 4O5BA 4JS4A 1RILA 5SZTA 5CYQA 1KLNA 3DLRA 4FW2A 3OYNA 3KK3A 3O4QA 3SI6A 1WSGA 1T8EA 3KLFA 3JYTA 1TV6A 3QEVA 2KZZA 3LAKA 4KTWA 3LZIA 1NJZA 1VSEA 1RT7A 1LAWA 1HYSA 1A5VA 4BDPA 2HNDA 1TVRA 3C95A 1JL2A 1QHTA 3V9XA 4RG8A 1HYVA 1RDDA 4ZTFA 4BWMA 1F21A 2VWJA 4DTNA 3SJJA 4F2RA 3PO4A 1IKXA 3SPZA 4Z4IA 3NH0A 3C6TA 4AHTA 2GV9A 1Q9YA 4J2DA 3JSMA 4I7FA 2RKIA 4CGFA 5KRTA 2XY6A 4PQUA 1D9DA 1VSMA 1LW2A 2VG5A 2ZE2A 2RF2A 3T1AA 3ZSXA 1GOBA 2PZSA 3HT3A 4E0DA 4FJIA 1EP4A 3UIQA 3ZT4A 4M3RA 1BHLA 3CFOA 3V1QA 5C42A 3EZ5A 1YTUA 1D8YA 4HCCA 2HHSA 2DFEA 1NK9A 1NK4A 4FJJA 3AVJA 1SL0A 3MEDA 3ISNC 4I9LA 4KKOA 4CEBA 4O0IA 3OY9A 2B5JA 2D5RA 1HNVA 4B8AB 1I39A 4BDYA 4JRPA 4CJFA 3NCIA 4DLEA 4FLXA 3QERA 5DK5A 3TAQA 3OYIA 5HP1A 1X9MA 3TI0A 4M45A 1DLOA 1JLCA 1RTJA 2ZD1A 4DLGA 1IKVA 3HVTA 4DF4A 4DFKA 1L3UA 4CF2A 3ZSVA 3VQ5A 4M3YA 3CYMA 1JLBA 4CK3A 2HMIA 4WE1A 2XY8A 3KLHA 1RT6A 2NUBA 3V81A 3HYFA 5FDLA 1BCMA 3LP3A 3VQ7A 3OYFA 1HRHA 3K58A 4JS5A 2YHAA 4BE1A 3K5NA 3PO5A 1KFDA 2YNHA 4RW4A 2JGUA 3QETA 4O0JA 5CY4A 4E19A 3LZJA 2XRIA 4DTJA 3AO2A 5K14A 2VWKA 1RT2A 3P83D 5KGWA 3M8PA 1U45A 1ZYQA 5HROA 2BANA 3NBPA 4CHOA 3LALA 4F8RA 1REVA 1NKEA 3ASMA 3HO1A 3V1OA 4FLWA 3DMJA 4DSLA 1C0MA 4EZ9A 3L2QA 3LPUA 3NF6A 4G1QA 4Z4GA 4FXDA 3T3FA 1Q9XA 5FRMA 2KZMA 4N5SA 2YV0X 3C94A 2XY5A 4H8KA 5HBMA 3WNGA 3ZSQA 4CGGA 3F73A 1VRTA 4W5RA 1R0AA 4Y1CA 1T05A 3HK2A 3NH1A 1KVCA 1B9DA 4FJ7A 1Z26A 5CZ1A 3I8DA 3D45A 1B92A 3DYAA 1FKPA 4J2EA 4K8XA 1JLQA 2HHVA 2X74A 4B3OA 4OKEA 4YNQA 1HNIA 4PA1A 4E1NA 4KO0A 4KB1A 1SL2A 4CCHA 1RBSA 1VSFA 4DWIA 4I2PA 1C1CA 4CE9A 1BIUA 1U49A 3P5JA 4F3OA 4CEZA 5C25A 3S3NA 2R7YA 1BQMA 2E6LA 2O4GA 4IDKA 3HP6A 4L8RB 3NGYA 4N56A 3QEXA 1LW0A 2PY5A 2QK9A 4IG0A 4E3SA 3LP1A 3MEEA 4C8NA 4DFMA 1QS4A 2G8HA 4FZZA 4NCGA 3HM9A 3B6OA 4LSNA 2HNZA 3AVGA 3TAPA 4IBNA 1U48A 1GOAA 1VSLA 3IRXA 3SV4A 3CFPA 1N6QA 4OVLA 4B9NA 3HP9A 3L2RA 3HVRA 1ASWA 3MXMA 3VQ6A 3AVBA 5HRNA 3D0PA 4CJ5A 4CJ4A 2D0BA 4BDZA 3C6UA 2GUIA 1RTDA 4W5QA 4DQRA 2QXFA 4NYNA 3NHGA 3AVLA 5FRNA 4NYFA 3SCXA 4KHWA 3PX6A 1L3TA 3AVHA 1KSPA 3U3YA 3VQPA 1IO2A 4F3TA 1S1XA 2E6MA 3DRPA 3MXJA 4LH4A 1NJYA 4KV8A 1D9FA 1NK6A 1ITGA 1T7PA 3ZT0A 5KGXA 3VQCA 1QE1A 4ZTJA 2HHQA 4CF9A 1W9HA 4CJEA 2HB5A 3NAEA 1S9GA 2DFFA 2HHWA 4Z4CA 5HRPA 3M8SA 3SYZA 3BDPA 1JL1A 4CJQA 3NF9A 4ELUA 4CFCA 1IKWA 1UOCA 2ITGA 4OLAA 1W0HA 3OJSA 3V9ZA 3THVA 4CEEA 2WONA 3CM5A 3OVNA 3L2WA 4FJGA 1XWLA 3VQ4A 4Q5VA 1ASUA 3OYMA 4E7LA 3IAYA 1JKHA 4N76A 1UWBA 4FLUA 3O3HA 3LWMA 4CEFA 3NF7A 4CJLA 3QO9A 5J1EA 4B9VA 1NK7A 4HVJA 3VQBA 4DS4A 2BE2A 3OYLA 3LANA 1EKEA 3QIPA 3KJVA 3QLHA 3SQ0A 3AO3A 4N41A 3AVNA 4B8CA 3VQDA 1CLQA 3KLGA 3ALYA 1RT4A 2X6NA 1VK0A 3AA4A 1BCOA 2P1JA 2A1SA 2YNIA 3K5OA 3LP2A 3LAMA 5CZ2A 4CIEA 3QEPA 2G8UA 3SUNA 4KI4A 2IGIA 4CJSA 1WLJA 4AHSA 1S6QA 2ETJA 3VA3A 4DU1A 4F2SA 5JS1A 3WNFA 2W42A 4BWJA 4FJ9A 1QQCA 1S1WA 4CJKA 4DF8A 4CFBA 2OPQA 5JS2A 1TGOA 3ZSOA 2HHXA 1IKYA 4CJTA 1RT1A 4CGHA 1KVAA 3IS9A 4HUFA 4IKFA 2KTQA 2HNYA 3ZSRA 4ELVA 4FJKA 1Y97A 3E01A 1KVBA 3HJFA 4DG1A 1WAFA 3IG1A 3RR8A 4FM0A 1U47A 3U6FA 4W5TA 1VSJA 3S3MA 1KCFA 2ZQBA 4DTUA 2F96A 3KD1E 4GVMA 4DQPA 4CGJA 4RW7A 1SV5A 4CF1A 3SUQA 4OPKA 1SL1A 1A5XA 2JLEA 3QNNA 1FXXA 4CHZA 1KFSA 4KTQA 4KB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 4QS7A 3PSIA 3R1XA 3ENBA 4JD2B 4FJ5A 5C2DA 2GELA 2ATQA 4GV9A 1RBVA 1S1UA 1IJJA 1NGAA 2QI2A 3SPYA 3EKUA 3BZCA 5BPMA 3EO3A 4OJRA 3THYB 4BRQA 5JVGL 3M5RA 3ZT1A 3J80O 1NOZA 4TSXA 3W0LA 3NH2A 4ELTA 3P38A 4J2AA 3HSTB 3RWUA 1X9SA 1HKBA 4HUEA 4YOXA 1XMOK 2NRWA 4B3RK 3KLEA 2KQ2A 2WOMA 1TK5A 4A2AA 1KD1O 1C0UA 3KD5E 4CJPA 1HNXK 4M41A 1S22A 3QEIA 1U4BA 4B3SK 1D5AA 3SQ4A 4KREA 3V6DA 3KZBA 4BC4A 4GNIA 1IG9A 1G15A 5JMVA 4IEEA 3QINA 4ICLA 4DTPA 1J53A 4CERA 4LD0A 2V7ZA 4DTOA 3ENOA 3FGUA 5JICA 1BI4B 4DCHA 2FBXA 4CEQA 1YT3A 2QKBA 3TAEA 2GBZA 3NGIA 4LF7K 3ZT3A 1HR0K 4F4KA 3ZETA 2HHTA 4AM7A 3K2PA 4RTFD 3MX2A 1SAZA 1XMQK 1TK8A 1RDWX 2P9SA 4B08A 4BRCA 5J2NA 1NGDA 3A0IX 5J2PA 3O4NA 1EX4A 3OA9A 4NLCA 1U2VA 3E9OA 4O4GA 1BISA 3UE5A 4PUOA 4KHYA 5M1OA 1Z05A 4ID1A 5KI6A 1EETA 4FOIA 2KHOA 5FROA 4CFAA 4C8OA 2DTUA 2OA8A 3AGKA 3ZX0A 5GINA 4B9TA 3KKSA 3QBXA 1NBWA 3I55N 1QQOA 4N47A 2IS3A 4JK9A 2H3GX 4DQQA 3GL1A 3VQEA 3M6GA 1RGIA 4JK8A 3OYEA 2G8IA 1XNRK 4AHRA 1QHAA 3ZSWA 4M3XA 5CR4A 4DR6K 1EWRA 3HPHA 4WQ5A 5BN9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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