The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
KIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Cytochrome c oxidase subunit 1
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| publication title |
X-ray structure of the NO-bound Cu(B) in bovine cytochrome c oxidase
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IY5 H; 2Y69 H; 1V54 H; 2EIM H; 3WG7 H; 3AG2 H; 3AG3 H; 3AG1 H; 3X2Q H; 1OCZ H; 5B1A H; 2OCC H; 5B1B H; 1OCR H; 2EIN H; 3ABM H; 2EIK H; 3ABL H; 5B3S H; 1V55 H; 2DYR H; 2EIL H; 2EIJ H; 3ASN H; 2DYS H; 3ASO H; 2ZXW H; 1OCC H; 1OCO H; 3AG4 H; 3ABK H; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HFH A; 1A6I A; 3VEP A; 3CCQ I; 4LIU A; 2B7E A; 2WAE A; 1X4O A; 3ZN1 A; 4V2F A; 4BAC A; 3GTP J; 1Z67 A; 2M0M A; 4RB0 A; 1NK2 P; 3TP3 A; 2HXI A; 4ZTJ A; 1JJ8 C; 1BOA A; 4BE1 A; 4HNU A; 2HQ5 A; 2L9V A; 2FQ4 A; 2WBM A; 3GYH X; 2DCE A; 1WGX A; 4RAZ A; 1K61 A; 3U9G A; 3D0S A; 3J7A O; 2RQQ A; 2BOL A; 2QA4 I; 1IC8 A; 1S29 A; 2F2E A; 2I10 A; 2EA2 A; 4EEF G; 5C44 J; 5FGM A; 5J40 A; 1MJA A; 1LDJ A; 4KIC A; 4RM2 A; 3WU1 B; 5DUK A; 1POG A; 1TW3 A; 5BQT A; 2E7W A; 2YSR A; 4ESJ A; 5TRD A; 4EM2 A; 4ENJ A; 4FX0 A; 1HW1 A; 5B1A H; 4A3E J; 1ZAO A; 1X58 A; 4L0Z B; 2OZ6 A; 3G1M A; 3LAP A; 1J75 A; 2FXA A; 3A1Y A; 4W97 A; 3FHN A; 5DM7 F; 2DOE A; 1ZG5 A; 1MMG A; 1ZHF A; 2XV4 S; 4V2G A; 4G9Y A; 2KZV A; 2FNA A; 2HWV A; 3FZV A; 2GOX B; 1ZLK A; 3FXR A; 5IYC J; 4BH9 A; 3OYI A; 3KYL A; 3KZI C; 5H2F C; 4C2U A; 4I7H A; 1AU7 A; 2XB0 X; 3BTJ A; 1RUO A; 2JQ7 A; 1JGS A; 4RGS A; 3ECH A; 1I1S A; 2E5Z A; 4BXF A; 2DJN A; 1WJD A; 3X2Q H; 3KP2 A; 2GOM A; 2IGK A; 2VBY A; 1W5S A; 3DPT A; 3BR2 A; 1J9I A; 3OS1 A; 3H5R A; 4A2U A; 2MA3 A; 3H92 A; 4M9S A; 4M6V A; 2F4O B; 2KRF A; 2WC2 A; 2Q8K A; 2FU4 A; 4AIK A; 1XDS A; 4C30 A; 3IKT A; 3IH4 A; 1BJA A; 1Y39 A; 2LC2 A; 1H89 C; 3A0H C; 5GTI C; 3T8R A; 2HS5 A; 4I0B A; 3CF5 F; 2Z1D A; 1FYK A; 5B5E C; 5FKL A; 3F21 A; 2OTL I; 5J4V A; 3G71 I; 2XGC A; 4XKC A; 1BOB A; 5CVU A; 1XS9 A; 1B72 B; 2BHY A; 5D5X B; 4M6X A; 1P7I A; 2LDU A; 1GV2 A; 2CH0 A; 2EFN A; 3ZQI A; 5LHH A; 1ZQ3 P; 2MH2 A; 2L3D A; 3SXY A; 5CQG A; 3MZH A; 1OYW A; 1FY7 A; 1E3H A; 4DQ2 A; 1IG7 A; 4A3K J; 2K40 A; 2NAZ A; 3HRU A; 2FNP A; 2OZU A; 3PQJ A; 5J47 A; 1JHH A; 2BV6 A; 5ILV A; 4M3D A; 3CCM I; 3M4O J; 4D5C A; 1VQP I; 3ZRG A; 1XGS A; 1FSE A; 1IUY A; 1PVE A; 1G3Y A; 2CYY A; 3RCO A; 2BXZ A; 3J7Z I; 4BDZ A; 2VJI A; 1OYY A; 1B9M A; 4E4H A; 5C4J J; 2PMH A; 1WJB A; 3CJQ B; 4AYB N; 4KYW A; 4R1H A; 4XLP F; 2NOG A; 3CO6 C; 3L2V A; 1FBQ A; 4RBO A; 5DEQ A; 4FTH A; 4DZJ A; 4UV9 A; 1ONV A; 3FX3 A; 4HNV A; 3HPH A; 2ISZ A; 4IL6 C; 4XKW A; 1UHM A; 2M4G A; 2X6W A; 4Y3O A; 4L0Y B; 4PSW A; 3KLN A; 1DDN A; 1VQ4 I; 1W36 D; 2ZCW A; 4NDL A; 2OTJ I; 3I71 A; 2F48 A; 3RTR A; 2E60 A; 3RQI A; 2DXI A; 1QQI A; 2HU9 A; 1I5Z A; 3FK6 A; 4D5F A; 1YJN I; 2F5E A; 4PJJ A; 2PN6 A; 3I59 A; 2QVO A; 2XDV A; 2HDC A; 4HLY A; 2ZB9 A; 1BC7 C; 3R60 A; 4F92 B; 2DDA A; 3HBL A; 1SC7 A; 1I6H J; 2KPM A; 2DTZ A; 1WJF A; 4AIH A; 1HLV A; 3S14 J; 2IS1 A; 3CLO A; 1D1B A; 3BPV A; 1A6Q A; 5B66 C; 3P5J A; 5H6R A; 4NB5 A; 4XRS G; 2O03 A; 1N75 A; 1L0O C; 4L9T A; 4C9Y A; 4Y7N J; 3CLQ A; 3L09 A; 2VLA A; 3GZ6 A; 1RRJ A; 2LY2 A; 1OLT A; 2QGU A; 4A5N A; 1BR1 A; 1TTY A; 4A0Y A; 3IRQ A; 3H5A A; 3VSK A; 2WY8 Q; 3UKG A; 2EPF A; 2MGQ A; 3BR1 A; 3O2P E; 3P9I A; 1DU0 A; 5E79 C; 1W0T A; 2IS2 A; 3P7N A; 2DMT A; 1BI0 A; 1ETQ A; 2MBF A; 3VYS B; 3F0C A; 2IW5 A; 3E5Q A; 4LG0 A; 3WG7 H; 1V3F A; 3LOC A; 1YS7 A; 4RGR A; 4L9V A; 5E8I A; 4BQQ A; 4H4K C; 3T5X A; 4F3Q A; 1JUM A; 4RMN A; 3IAM 2; 5CQE A; 3ABM H; 1GXP A; 1UAA A; 2FMY A; 2STT A; 1MND A; 1UZC A; 3K1N A; 1MDM A; 3OOP A; 2R93 J; 4EGY A; 2KFD A; 3FM3 A; 1AWC A; 4OAZ A; 1ETK A; 2R7T A; 4D0P A; 1MJB A; 4ZYD A; 2V1N A; 4PJ0 C; 4QPO A; 3ABK H; 2B0L A; 2A07 F; 1AOY A; 2CQK A; 3QP5 A; 1V5G A; 3FF5 A; 4QSH A; 4DNC A; 3T8T A; 4UUS A; 2M7B A; 3TMO A; 4YIR X; 4OMZ A; 1XCB A; 4PFO A; 4KIB A; 1PUE E; 1D1A A; 3QOE A; 3REO A; 2DA7 A; 2DFI A; 2E5N A; 2O0Y A; 4RS8 A; 3E1S A; 3RI4 A; 2JSP A; 1H9G A; 4AM3 A; 4HV5 A; 2MH9 A; 2R7U A; 2DOA A; 3M9A A; 2KJB A; 3MMY B; 4HST A; 1Z6T A; 3HOV J; 1OFC X; 5KAI C; 1T8I A; 4ABZ A; 1ETX A; 1STZ A; 3OSF A; 3L9F A; 5FFX A; 5LHG A; 2O9L A; 2VT3 A; 2OU2 A; 1D0Z A; 1H8A C; 3W6K B; 3LST A; 3JRG A; 2XF5 A; 2ECC A; 3OYL A; 9ANT A; 3K4C A; 4C3H J; 1MBE A; 4MTE A; 3E5X A; 1LEA A; 1YS6 A; 4I6Z A; 1UCR A; 3GX4 X; 5E17 F; 4BQN A; 5A2Q Z; 1QGP A; 4BUP A; 3DXJ F; 4FT8 A; 1TNS A; 3V7C A; 3S3M A; 4HF1 A; 3R0J A; 3KIO A; 2JVH A; 4YFK F; 2D1H A; 4EGZ A; 2EV5 A; 3RZD J; 2CUF A; 3I3L A; 3PSF A; 4KJZ A; 1A5J A; 3F6O A; 5JI6 A; 1LVK A; 1TWH J; 1WI3 A; 4Y17 A; 4EJU A; 4UUV A; 3IHU A; 1Y8R B; 2L7M P; 4CH7 A; 3KET A; 4XRM A; 2DK5 A; 2XGE A; 2W57 A; 2DMN A; 4IRH A; 1QRY A; 1FLI A; 4P55 A; 1Z91 A; 1LQ1 A; 2LK2 A; 2X48 A; 3F8C A; 3GTO J; 1WPK A; 2A05 A; 2EFW A; 3IC7 A; 2JA6 J; 3IAS 2; 2XIG A; 2P5K A; 3E3V A; 2V1D A; 2K27 A; 3F72 A; 4N4N B; 1YLF A; 3AL0 B; 2FUG 2; 2YX7 A; 1VQM I; 3IH2 A; 4I01 A; 3FXK A; 1J5Y A; 1PUF A; 3RYR A; 3C1D A; 1R5G A; 2QM3 A; 4EVI A; 4HAM A; 2JVG A; 4KMU X; 1CF7 B; 4AD9 A; 2H6C A; 2R5Y B; 5BPD A; 2ECB A; 2CW8 A; 3IWF A; 4GYI A; 3HEF A; 2VOP A; 5E3L A; 4QWQ A; 2KIF A; 5IOY A; 4BQA A; 1XMK A; 1WJ5 A; 2GWR A; 3AG4 H; 2HQR A; 4O6J A; 3FMS A; 4L18 B; 1QHH D; 2PEX A; 2H8W A; 1A35 A; 4FET A; 1BI1 A; 4CCK A; 4FIS A; 3DWL E; 4LG3 A; 1W1W E; 3ISP A; 1R7J A; 1VQ9 I; 3LSK A; 1DGR M; 1Y6I A; 2VKD A; 3J80 Z; 3ZMZ A; 5EG0 B; 3H35 A; 1T56 A; 4KA4 A; 4EMS A; 2OBP A; 3OIP A; 2W00 A; 4HYE A; 2AHQ A; 5HDK A; 1HF0 A; 3JSP A; 2LNB A; 1XB4 A; 2JRM A; 1JUP A; 4XRF A; 2P8T A; 4Q48 A; 2NRA C; 1MNE A; 1WJE A; 2EFP A; 3GZN B; 2UXX A; 2A5W A; 5HS8 A; 2OD5 A; 5K5Q A; 2W24 A; 1P2F A; 2X0L A; 4YRV A; 1APL C; 1EF4 A; 2HKX A; 4CCJ A; 3JAM Z; 4DYC A; 2BY2 A; 3S3N A; 1ZRC A; 3MZ8 A; 2HPI A; 1JT0 A; 2YR2 A; 5E8G A; 1EKE A; 4A3B J; 2F5V A; 3K2A A; 3PUF A; 1QHG A; 1EH8 A; 4Q47 A; 2P5L C; 1RET A; 2HVS A; 3KYC B; 2CU7 A; 3U1D A; 1O3T A; 3LFU A; 2E35 A; 3H3Z A; 4EAT A; 4BXX J; 2JRT A; 2KIQ A; 3ZQQ A; 1CQT A; 2M5W A; 3BCB A; 1LVA A; 4P9F A; 2DI3 A; 2JJ7 A; 3GVA A; 1LPQ A; 1N78 A; 3QPS A; 4A93 J; 3MFK A; 4HX8 A; 4P5O A; 4EJW A; 3CUQ B; 3RJP A; 2LLK A; 1S7E A; 5F6F A; 3N4M A; 4MQ9 F; 2EV0 A; 3DEE A; 2V1X A; 1SVM A; 2EB7 A; 3NAU A; 4M3F A; 3ZMT A; 5HNH A; 1K7A A; 3K70 C; 2QSG X; 1T0F A; 1FC3 A; 1X3Z B; 1YW8 A; 3I53 A; 3PJR A; 2HVQ A; 1JTY A; 3BR3 A; 2IGM A; 2W84 A; 2M87 A; 3COA C; 3HKZ N; 2VC0 A; 1Z77 A; 1IN8 A; 3JRF A; 6PAX A; 2JA8 J; 2GZW A; 2HQA A; 2JTV A; 3BTL A; 3WTU C; 4ZC3 A; 1R5H A; 2DMP A; 2ETH A; 1XSV A; 2XKO A; 4M71 A; 5BS6 A; 3E7L A; 1PP7 U; 1IZ1 A; 1VQ7 I; 2D1V A; 3P9K A; 2G7U A; 1HKS A; 3BP8 A; 3CCY A; 4ZYG A; 1GV5 A; 1P4W A; 4G6D A; 3LSP A; 2JA2 A; 5HVQ C; 4A3G J; 4ASN A; 4M6Y A; 4HX4 A; 1ETV A; 4RM3 A; 2L5Q A; 2COB A; 2HZT A; 4LK1 F; 1BBY A; 3LA7 A; 1QZE A; 2DA2 A; 3K69 A; 2V9V A; 1H88 C; 1K6O A; 1HBX G; 1F9N A; 2ZME A; 2BW3 A; 4Q5S F; 4HQM A; 1E3O C; 2EIJ H; 4UY8 I; 1Z3Y A; 1OCC H; 2LY1 A; 4MFD A; 1ZK8 A; 3LA3 A; 1MBK A; 2AO9 A; 1QPM A; 1J09 A; 1YRN A; 1IO2 A; 2P6T A; 4KUM A; 4B8X A; 1BIA A; 2CW7 A; 3FDY A; 2Z9O A; 5DS9 A; 1FIP A; 2CUE A; 3DKY A; 3KEQ A; 4XID A; 3GF2 A; 3QQA A; 4X6A J; 1SD5 A; 1ZN2 A; 4B3X A; 2H8R A; 4IHT A; 2K9L A; 2YPR A; 2NVX J; 3PFY A; 1Z05 A; 2Q2E B; 3A01 B; 1ENH A; 2ICW G; 5E18 F; 2YS9 A; 4CYC B; 3OS2 A; 4KN7 X; 4V19 K; 2XRN A; 5FRN A; 4DZP A; 2DA5 A; 2RNJ A; 1XSX A; 2HR3 A; 2Z3Y A; 5DYM A; 3HOY J; 1MZB A; 3TQN A; 2CUJ A; 4PK4 A; 2P7C B; 3HOZ J; 1JKP C; 4OIN F; 3A2K A; 2VI6 A; 2CS3 A; 1W7P B; 1K83 J; 2QQB A; 3ERE D; 5F08 A; 2V6C A; 1XSD A; 4XLF A; 1ZTR A; 2IGN A; 4ZZL A; 3I0T A; 5M5X J; 3OYJ A; 4EJT A; 3PSI A; 3S1N J; 2O61 A; 1U5T C; 5DD8 A; 4XK4 A; 4BS9 A; 1O4X A; 1SAX A; 2MLK A; 3O6B B; 4X1E A; 4BAY A; 3S2W A; 2L2O A; 3K10 A; 4BJ5 C; 1FZP B; 5KHD A; 1Y1W J; 5J1R A; 4U7B A; 3CZ6 A; 2HYG D; 1IRX A; 2BBY A; 2XF7 A; 3Q0U A; 3EQL F; 1DP3 A; 2A69 F; 2VJJ A; 3S3O A; 1HXD A; 2CQ7 A; 2LOO A; 3FXQ A; 5FLX K; 4XON A; 2R7Z J; 2H27 A; 4OU0 A; 3VYR B; 2KQR A; 5D4R A; 4ZDO A; 2XRO A; 3DPL C; 3DLA A; 1JGG A; 1OQY A; 4K2E A; 1LJ9 A; 4I98 B; 1W5T A; 4ENM A; 4B4C A; 1Z0X A; 3KFW X; 3H0D A; 3PO2 J; 4FHT A; 1VQK I; 1XX5 A; 3F8M A; 1X1A A; 2EK5 A; 2PJR B; 1Z7L A; 1WVR A; 1R00 A; 1ETY A; 3CJT B; 1KU2 A; 1WFX A; 5FD6 A; 3CTA A; 3A4C A; 1I1G A; 5D5U B; 4HG2 A; 2FX0 A; 4FX4 A; 3CDH A; 4S05 A; 2VUM J; 3PIO F; 2JT1 A; 3H3V K; 2F6C A; 2XC7 A; 1T33 A; 2NS8 A; 4OIO F; 2R7S A; 4CSW A; 1KQ0 A; 2TRT A; 2AXL A; 5HLH A; 5L3D A; 1W36 C; 4IO9 F; 2DA6 A; 1B1B A; 4HNT A; 2BEO A; 3IL2 A; 4L5E A; 1FTZ A; 3JCU C; 5CPR B; 2CV1 A; 1OPC A; 3BT9 A; 4ESB A; 1XMX A; 1B72 A; 5A2Q K; 1IRG A; 4M73 A; 3HHG A; 3L2R A; 3BQZ A; 3O3K A; 3S32 A; 3F8B A; 3KYD B; 3QP6 A; 5HDG A; 1ZGJ A; 1EH6 A; 1MMS A; 1Y0N A; 4NC8 A; 4NC7 A; 1QZZ A; 5F27 A; 3HRT A; 1YIT I; 3W3C A; 5HLT A; 3SDG A; 3TO6 A; 2BVL A; 3CC7 I; 2PX9 A; 3P9C A; 1NHA A; 2Y2Z A; 3ZXS A; 1S8N A; 5DCM B; 3I4M J; 1TP4 A; 3HYI A; 1YW7 A; 1ZLJ A; 3GME A; 4ZDL A; 2QQA A; 1R36 A; 2QBY B; 1EJ9 A; 1X1C A; 1ERD A; 3IH3 A; 1SMY F; 4FE7 A; 1Y8Q B; 1FMV A; 1KZH A; 1ZYR F; 1MMN A; 5KK1 A; 3GCM A; 5AIQ A; 3V8K A; 1Q1H A; 1X2N A; 3CCV I; 2HOE A; 2GXB A; 2LY9 A; 1VQL I; 2XAU A; 2M1B A; 3DBL B; 1H9T A; 3DLL F; 1G3T A; 1W4M A; 1N77 A; 1KU3 A; 2L9N A; 4II3 A; 4IVN A; 2V79 A; 2PMZ N; 3W2V A; 4XLN F; 5ICG A; 2VBX A; 3RKX A; 1IUF A; 2MLG A; 2VQG A; 3WTS C; 5EZG A; 3I4N J; 2ID3 A; 2FSW A; 5HOD A; 3S16 J; 4I2O A; 1BA5 A; 2KHM A; 3PM1 A; 3TBI A; 5HS7 A; 3GEZ A; 1MJ9 A; 3QPT A; 4ZYE A; 5BNG A; 3BJ6 A; 1XGN A; 5IYD J; 3AL0 C; 3GZ5 A; 1IGN A; 5FKN A; 5EEG A; 3KPH A; 3CP8 A; 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