3AHTA

Crystal structure of rice bglu1 e176q mutant in complex with laminaribiose
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title The structural basis of oligosaccharide binding by rice BGlu1 beta-glucosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ahtA00
3AHTA 1EHAA 3WL0A 2DSZA 3LPOA 1VENA 1R8LA 4B3LA 1NP2A 1BVNP 2PBOA 4JKMA 1UA7A 3KE0A 1GOIA 1MYRA 1JXJA 1GOMA 1KR0A 4UFJA 4CD8A 3ECQA 4CD4A 1JG9A 1AQHA 1CECA 1MW0A 4E8CA 1B90A 2XTKA 3D5HA 5LYRA 3WD0A 5HPCA 3AIRA 1ECEA 2J7HA 3PTKA 4OJYA 1IT0A 2D0GA 3BAWA 2OSYA 2YL5A 2W62A 3IJ8A 4TTGA 4NI3A 2XVKA 1H0IA 1AVAA 4MB1A 2G3JA 3EBVA 2WHKA 3MMWA 1OBAA 1FFQA 4XB3A 1GOWA 1QI2A 1F4HA 1ISWA 5M03A 1W2VA 3OGSA 2YDRA 1UR9A 2VOTA 4N42A 2WVUA 1EQPA 4P7OA 1HP5A 3N12A 1C90A 2BXYA 3THCA 4JL1A 1GZJA 3VIOA 1WZMA 1JFHA 3WF1A 1QW9A 3PZNA 1PIGA 2Y4SA 1UOKA 4AZIA 2XIIA 5CPTA 1XD1A 3AHVA 2A3BA 1JAEA 4F9DA 4XZWA 2UWFA 2Y2WA 3VIHA 1OT1A 4BF7A 1E6QM 3SCVA 3SUWA 1FFRA 1XC6A 1ZBCA 2FGZA 1VAHA 4DWSC 4GZEA 4URIA 1QNSA 1SMAA 5JBDA 2QMJA 1XCXA 1W9DM 4CN6A 1E43A 3NDZA 3AS0A 1H1NA 5A2BA 3VIGA 5BXTA 4DUXA 4OZOA 1PX3A 2WSKA 2ZX7A 4MB3A 2WMHA 3VM5A 4Q7NA 4GI6A 1M03A 2E9MA 1LL7A 1U33A 4ML4A 3CGTA 5CSUA 1EGZA 4GPNA 4CVWA 4X0NA 4AIUA 2VX5A 1JZ6A 4HMEA 2GDVA 1BLIA 3U5YA 1QNQA 4OKDA 2XFRA 4PCSA 2WZEA 3ARZA 1H2JA 2BY1A 2BV9A 4ZXLA 1H09A 3K46A 4UQCA 2OWXA 1W9XA 3UETA 4AC1X 2O9OA 3SUUA 3WDIA 3EYPA 5A8NA 2DH3A 2JFEX 2ZXDA 6TAAA 1UZ1A 1HKKA 2QHAA 5D9MA 3IAPA 5LA0A 3M07A 2CEQA 1OB0A 5EMYA 4KWUA 4Z2KA 3O9NA 5DFAA 5BYWA 2YLLA 3A4XA 5A3HA 1ZJAA 3JUGA 4GQQA 1JL8A 3UCQA 4J27A 2G41A 5FIPA 1OCQA 3W24A 5FOOA 4CU7A 5M5DA 1UWRA 1OGBA 5HOSA 3MUY1 2OYKA 3OGVA 5A2AA 3L2MA 2BFGA 2ZICA 2YL6A 1W9PA 3WH7A 3VIKA 2WM0A 3AMDA 5A6BD 2QPSA 4IUGA 2DIEA 3ARTA 4RE2A 3AIEA 4C7DA 1UR4A 4M81A 4MDPA 3FY1A 1E4IA 2JALA 1C92A 3UEQA 3CZEA 4EAMA 4MAZA 4PYSA 2WW5A 5BXPA 3CO4A 3T2OA 1NOWA 3RIKA 1PZ2A 3ZSSA 1HKMA 4W85A 1VEOA 2YLAA 3CUFA 3NDYA 1FH9A 3T2PA 4CD6A 3EDEA 3WH9A 4GO9A 5I79A 4AD1A 3L4WA 2CIPA 4TX6A 2JEPA 5A6LA 2VCBA 1M04A 3WENA 2E0PA 2EXOA 3CUJA 2YDQA 4M1RA 5A94A 1OWQA 3AXIA 4UNIA 4CD5A 1B3ZA 3TTQA 5JIWA 2E9LA 3WIJA 1HX0A 3S2CA 2OSXA 4Z2HA 1UKSA 5A6MA 2BY2A 3IK2A 4UZUA 3ZOAA 4W93A 4PMOA 4XZBA 1IV8A 5A8MA 2XSAA 5DF0A 4M24A 1ISVA 1RD6A 4J3WA 3BSHA 2OLHA 2DSKA 1EA9C 2DIJA 3WUFA 2IUZA 3WD2A 1US3A 4F66A 2UY5A 3BAJA 4FLSA 1NWSA 3SCRA 3NJ3A 4PTVA 3ZQ9A 4YN5A 3TA9A 5A1AA 2ZX6A 2HVMA 1DWHM 1OD8A 1CGVA 1QW8A 3CHDA 4KRUA 4NRSA 4D6EA 5GQBA 1CLXA 1OM0A 4P8UA 1BYBA 4Y7EA 1ISZA 5CZKA 1E3XA 3VGHA 5I78A 2Y8KA 2WWDA 1J0KA 5A6AA 1HN1A 4Z2IA 1QI4A 1UD5A 3VGFA 4WK9A 5HXMA 3UR8A 3W0KA 1PIFA 2QV4A 2V5CA 2V3FA 2EPNA 1BHGA 1QBBA 1YHTA 2IXVA 4N0RA 1RP8A 4D6FA 4PTWA 1ISXA 2WC4A 5BRQA 4ZEPA 4EK7A 2WHJA 1QI5A 1E6NA 2QMKA 2JEQA 2XHYA 2BVDA 3IAQA 4WSJA 3SCSA 2OYMA 1BYAA 4JIEA 1UWIA 3BMWA 3LPPA 1R7AA 1XSIA 5A6SA 1BVZA 2VVSA 2A3HA 2J74A 2ZX9A 1UR0A 4FF5A 1KCKA 3MMUA 2ZWYA 4CKQA 3VGGA 5FL1A 1GQJA 3BLPX 1V6VA 4MPKA 1C7TA 1GJWA 3W26A 3VIJA 1KXQA 1GQIA 1UUQA 3VO0A 3KL3A 5A69A 2VZOA 5D9PA 3WDQA 3U57A 2VO5A 1J10A 3ARQA 4F79A 1TVPA 3WUBA 1JAKA 1E3ZA 3K8KA 3IJ9A 1C8QA 3VD9A 1VJSA 1JFXA 2VX7A 4MNKA 4BQ5A 3MSGA 1Z32X 4JZ5A 3WDHA 3ZJ8A 1TR1A 4PUDA 1XH0A 3AZRA 2VI0A 1QBAA 4J3XA 2ZUWA 1OGSA 1WPCA 3RJYA 4JCMA 1B3XA 3UG3A 1XYFA 3DECA 4H41A 3W82A 1B9ZA 1EHNA 1J0ZA 1YQ2A 1BYCA 2EJ1A 5CLWA 4UQEA 3HN3A 3WNNA 3GXDA 1J0YA 5JBFA 4HA3A 1Q6CA 3WMSA 2ZXAA 1UKPA 3OLDA 2J78A 4UFMA 1V02E 2NT1A 2O9RA 2WPGA 2VRQA 3GXFA 2YA2A 4P7NA 3AHZA 3VDAA 1MW3A 1UWTA 2VTFA 1D3CA 2E40A 5CGTA 2Z1KA 4H8VA 4D6IA 2WB5A 5BRPA 7TAAA 2XIBA 1H11A 2VQTA 3A6OA 2XG9A 2VNCA 4DWSB 2WC7A 1AMYA 2WZHA 3APGA 2VZUA 1BF2A 3W25A 1BG9A 1I75A 3LPFA 4M8UA 1CXKA 1E70M 1VEPA 2ZXBA 3KL0A 2WHMA 1EO7A 3RM4A 2DT0A 4JFSA 4JKKA 1EQCA 3W27A 4AISA 4TVUA 2D23A 2J77A 2RGMA 3ARSA 3TP4A 1W1TA 4FMVA 3MUIA 7A3HA 3WBEA 1UD8A 5KZ6A 1WDRA 3D3AA 4FK9A 3W28A 1DWGM 1JZ3A 2XSBA 3N04A 1NWRA 3T08A 2W91A 1J0JA 2NT0A 4FLOA 1TMQA 4IM4A 3VKKA 5TD4A 5I3DA 1HJWA 2WLYA 3K8LA 5BROA 3N1AA 4H8HA 3AS1A 3B9AA 3OBAA 2W4XA 5FL0A 3VIPA 3FHAA 5AC4A 2WMGA 3WNOA 1W1YA 1MW2A 5A95A 1K9EA 5CSYA 3PZOA 5I0DA 3QR3A 2WNWA 3AYRA 1E72M 3BMVA 3RDKA 6CGTA 1JF5A 2JF7A 4M29A 4RE3A 2VURA 4W8BA 2WKLA 1MWOA 4H04A 4JFUA 1JDCA 2EPMX 3WN6A 1H41A 2G8ZA 3WNLA 1VIWA 1TZ7A 4LX4A 1CWYA 3W6MA 3B9EA 1G1YA 4OOZA 2D3LA 4QDMA 5A6KA 4U5KA 1V0MA 4JFVA 4JKLA 1B3YA 1TFVA 5E0CA 3MV11 2FH6A 4PMDA 3OZOA 3CIVA 2PWEA 2ZUNA 4X0VA 2YBTA 1PX4A 5A2CA 2VUYA 1Q6GA 3CTTA 1TA3B 2ZUVA 4OUEA 4AEFA 1V3HA 4P7QA 5A6JA 4P8VA 4XV0A 5CQ1A 3SCPA 3GBDA 3PZGA 1X6LA 1GVYA 4W5UA 3K4DA 1BYDA 1IZJA 2XGIA 2CHOA 5HDRA 1J12A 3EDKA 1ISYA 1NM9A 3PTQA 4HZ6A 3DC0A 1J01A 4LYQA 2OSWA 2VL4A 2XWDA 1OSEA 3AMLA 2V3EA 3CZLA 3WUGA 3MV01 4JL2A 8CGTA 5D9OA 4JAWA 1V3JA 2D2OA 2BY0A 1JNEA 2WWCA 2TAAA 1ZU8A 4GI9A 3ARUA 4XUYA 3MMDA 1U2YA 3VGEA 4MDOA 3L4UA 1JZ7A 1GVIA 4D6HA 3B9DA 4PN2A 1UD6A 4B9ZA 1EDGA 3AXHA 1A3HA 1BQCA 3VX1A 4GI8A 4UFLA 4LPCA 5CPSA 4KH2A 4UOQA 3N11A 1E5JA 3AISA 2CKSA 2PWGA 3N18A 1L0PA 4WKHA 3VD5A 4AD2A 1MQPA 3F5LA 2G3MA 1PEZA 2YBUA 1V0KA 5CLTA 1QI0A 3I3EA 5CJ5A 1C3FA 2G4FA 2VZSA 3IJ7A 4MB5A 2J7FA 3FNDA 4Q22A 1VFOA 1VB9A 1JYWA 4FLQA 4A3YA 4V2XA 1JD9A 4WLCA 4NF7A 2X05A 1UWUA 3RM8A 3GH5A 3QHNA 2ZOXA 4Z2GA 1W3KA 4PBGA 1CPUA 3W53A 1VBRA 4AYSA 1KWGA 3CUHA 3OGRA 1JDAA 3ALGA 1KWKA 4CCCA 1SYTA 3U7BA 2VX4A 1CIUA 3L4VA 1B3VA 3NSNA 4AZ5A 1GPFA 4QCEA 1CGWA 2RGLA 4C7GA 1SFSA 4GZJA 4AZCB 3VDCA 4DWSA 4AD4A 2J7BA 2Y8VA 3HMCA 1W1VA 5D9NA 5F7UA 1W3HA 5CG0A 2PWDA 4R27A 1K9FA 3AROA 2D20A 2PWHA 3A47A 3N15A 4WIWA 5BXSA 5LA1A 2J7CA 1BG4A 1UQYA 1V6UA 5E0FA 5E6YA 4B3KA 4DM1A 1UZ4A 4UOZA 5DT7A 2DGAA 3VVGA 1KCLA 2VX6A 3FAXA 4OBRA 3WD4A 4LQ1A 2E8ZA 2DPEA 3ZT7A 5FD0A 2AMGA 3E1F1 3VPLA 2X1IA 3GH4A 1W91A 3FHQA 4W84A 3ZJ7A 1CLVA 2PB1A 3TONA 2J7EA 4FLRA 2GSJA 2OWCA 4PRWA 2C0HA 5CXPA 2WLZA 1E0VA 2WBKA 2VZVA 4WSKA 3WDPP 2WMFA 2JIWA 2BHZA 1CXFA 1H0GA 4U33A 4HPHA 2YA1A 2ZX8A 1LQ0A 1DEDA 1UR2A 1GONA 4JCLA 1XRVA 1XCWA 1MQQA 2A3AA 4TXEA 1CGTA 2PBGA 1VFFA 3CHCA 1E0XA 1HVXA 3FN9A 2GJXB 3TTSA 1JZ8A 3POCA 4XX6A 1HJXA 1WB0A 4AD0A 1K9TA 5IHSA 4PSRA 2O9PA 1B3WA 4S3JA 1KBBA 3W38A 2WCSA 1TA3A 2YL8A 5BWFA 2VRKA 3GH7A 1GNXA 2VR4A 1CDGA 1MVYA 5GNZA 4B15A 1VJZA 3SCWA 3WUEA 4UFIA 1DWIM 1NWUA 3ZR5A 1ZB5A 2ZXQA 3AMCA 1GHSA 1M01A 3UG5A 2CETA 2V3DA 3VINA 1E4LA 1FH7A 5FCZA 3GXMA 1UD4A 4PMXA 4LYPA 1LLOA 3L4ZA 2YA0A 3VMOA 1E4MM 2VCAA 1KB3A 1LF1A 4ZXOA 3VM7A 3PZMA 2DSWA 2Y24A 1UH2A 2WMKA 4ACYA 2XVLA 3RPMA 1W32A 2CBJA 3WF4A 4D1IA 2F2HA 2VZTA 3K1DA 1MW1A 1Y7VA 2IXUA 3CMJA 3VD4A 4YHEA 5EFFA 1V02A 4TUFA 1QNOA 1E71M 1UQZA 1PPIA 4TVDA 4BZYA 4NRRA 2V5DA 3ARRA 4CD7A 3WELA 2ZE0A 4BCEA 4HA1A 4W7WA 2ZUUA 4E2OA 4QLJA 2BHYA 4HU0A 3GNPA 2O9TA 4AWEA 4ZE4A 1XYZA 3AIWA 4U3AA 3WNKA 1WE5A 3MU7A 4F8XA 4PMUA 1W1PA 2HISA 4RE4A 3GBEA 3WDJA 4GZIA 5D8WA 2VVNA 3KWXA 1LWHA 1TVNA 2DT1A 1HJQA 3NCOA 2X2YA 1OGGA 2G3NA 5ECUA 4AZHA 5DEZA 3KL5A 4AZCA 4BS0A 4ZE5A 1OINA 2FDMA 3WNMA 4P8WA 4J7RA 1J0HA 2J75A 3OB8A 2CESA 1E6SM 2VQUA 4J3UA 4D6CA 2WAGA 3SUVA 4QCFA 4UZSA 1MFUA 4ATWA 4HMCA 2XM2A 4HP5A 1JDDA 3MSDA 2PF0A 1JI1A 1WDSA 1R7OA 2CKRA 5C71A 4EE9A 1CYGA 2GJRA 1XHGA 1G0CA 4GIAA 1ZBKA 2O92A 3OLGA 1GQKA 2YKKA 4PTMA 3PZVA 1UWSA 1H5VA 2F61A 2GJPA 1NWTA 4IISA 3PZIA 4PMQA 5IFPA 4JHOA 1NOFA 1KXVA 2C7FA 3VILA 3HJEA 3AZTA 5EBAA 4BA0A 3FAWA 1W9BM 3AHXA 3AICA 3CMGA 3VNZA 1L8NA 5M3WA 4AZ7A 1H49A 3W37A 2EQDA 3WQWA 1UD3A 4W88A 3II1A 1TG7A 4H2CA 2E4TA 3POHA 1GOKA 3A3HA 1WCGA 1TUXA 1GCYA 3WL1A 3U5UA 3AIQA 5C70A 1CXLA 1H3GA 1WZKA 5DT5A 2B31A 1HJUA 1CBGA 1FP9A 1O6IA 1HT6A 2D3NA 3KEHA 2GJXA 4D6GA 2EPKX 3LPGA 3WMBA 3L4YA 1AQMA 4UR9A 3AMGA 2JIEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AHT A;  1EHA A;  3WL0 A;  2DSZ A;  3LPO A;  1VEN A;  1R8L A;  4B3L A;  1NP2 A;  1BVN P;  2PBO A;  4JKM A;  1UA7 A;  3KE0 A;  1GOI A;  1MYR A;  1JXJ A;  1GOM A;  1KR0 A;  4UFJ A;  4CD8 A;  3ECQ A;  4CD4 A;  1JG9 A;  1AQH A;  1CEC A;  1MW0 A;  4E8C A;  1B90 A;  2XTK A;  3D5H A;  5LYR A;  3WD0 A;  5HPC A;  3AIR A;  1ECE A;  2J7H A;  3PTK A;  4OJY A;  1IT0 A;  2D0G A;  3BAW A;  2OSY A;  2YL5 A;  2W62 A;  3IJ8 A;  4TTG A;  4NI3 A;  2XVK A;  1H0I A;  1AVA A;  4MB1 A;  2G3J A;  3EBV A;  2WHK A;  3MMW A;  1OBA A;  1FFQ A;  4XB3 A;  1GOW A;  1QI2 A;  1F4H A;  1ISW A;  5M03 A;  1W2V A;  3OGS A;  2YDR A;  1UR9 A;  2VOT A;  4N42 A;  2WVU A;  1EQP A;  4P7O A;  1HP5 A;  3N12 A;  1C90 A;  2BXY A;  3THC A;  4JL1 A;  1GZJ A;  3VIO A;  1WZM A;  1JFH A;  3WF1 A;  1QW9 A;  3PZN A;  1PIG A;  2Y4S A;  1UOK A;  4AZI A;  2XII A;  5CPT A;  1XD1 A;  3AHV A;  2A3B A;  1JAE A;  4F9D A;  4XZW A;  2UWF A;  2Y2W A;  3VIH A;  1OT1 A;  4BF7 A;  1E6Q M;  3SCV A;  3SUW A;  1FFR A;  1XC6 A;  1ZBC A;  2FGZ A;  1VAH A;  4DWS C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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