The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OBQ A; 2VFQ A; 2IOU G; 1A1R A; 2O8M A; 2WV9 A; 3O8B A; 2XNI A; 1QQ1 A; 2A4G A; 3SU4 A; 4A1X A; 5IDK A; 2F9V A; 1JXP A; 3EYD A; 5EQR A; 2VFN A; 3SUE A; 1RGQ A; 2OC0 A; 3SU1 A; 2IJO B; 1BT7 A; 3SUG A; 1DXW A; 4KH3 A; 3SYJ A; 4U01 A; 2XC1 A; 2WZQ A; 4B76 A; 3ML3 A; 3M5O A; 3SV9 A; 4B74 A; 4NWK A; 1N1L A; 3OYP A; 3SV8 A; 1DAB A; 4B6F A; 1CLW A; 3OTP A; 2OK5 A; 3O8D A; 3PV2 A; 5EPN A; 4B71 A; 5ETX A; 5FPY A; 5GND A; 1WXR A; 2FOM B; 3SU3 A; 4A1V A; 3M5M A; 3H09 A; 4K8B A; 3SV6 A; 2A4R A; 2VFP A; 2QV1 A; 4B75 A; 1TSP A; 3SUF A; 3TH0 A; 3LON A; 4WF8 A; 5GPI B; 4B6E A; 3SU2 A; 1TYX A; 3AK5 A; 3SZE A; 2F9U A; 3SU5 A; 2VFO A; 3RIQ A; 5ESB A; 1QA3 A; 3U1I B; 1QA1 A; 1QRC A; 4TYD A; 1QRB A; 4I33 A; 3KNX A; 2F4L A; 1RTL A; 4I32 A; 3RC5 A; 3KEE A; 4R8T B; 4A1T A; 2V5I A; 3SUD A; 4OM9 A; 2OC8 A; 3O8R A; 2YOL A; 3SU0 A; 4A92 A; 5EPY A; 3U1J B; 5T1V A; 1TYV A; 2GGV B; 2P59 A; 3PV5 A; 4RI0 A; 2OC1 A; 4KTC A; 5FPT A; 3E90 B; 4WH6 A; 3L6P A; 1NS3 A; 3P8N A; 3P8O A; 4JMY A; 2OIN A; 5FPS A; 2OC7 A; 3O8C A; 1W3C A; 3LKW A; 2XCN A; 3KF2 A; 2VBC A; 2GVF A; 3LOX A; 3KN2 A; 1QA2 A; 5EQQ A; 1DXP A; 2K1Q A; 2XCF A; 5EQS A; 4M9F A; 4I31 A; 3M5L A; 3M5N A; 2WHX A; 5H4I B; 5GJ4 B; 5B6L A; 4B73 A; 1TYU A; 2FM2 A; 3SV7 A; 1DY9 A; 3SU6 A; 2VFM A; 1DY8 A; 2OBO A; 1TYW A; 4NWL A; 3RC6 A; 2A4Q A; 2FP7 B; 1CU1 A; 2IJD 1; 4WH8 A; 3RC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A8D A; 3S69 A; 1A5G H; 1A1R A; 2O8M A; 4UFE H; 3O8B A; 2F83 A; 3KQC A; 1QQ1 A; 3A8C A; 2FEQ H; 1LPZ B; 4MXN A; 1GGD C; 4B1T A; 3HGN A; 1O2O A; 2OC0 A; 1VBL A; 1EAI A; 1GDU A; 1TWX B; 1ZRK A; 1OS8 A; 3U8T H; 4IMZ A; 1JBU H; 2KAI A; 3SHA H; 4HZH A; 4X1N U; 3SV9 A; 2J97 A; 1C5M D; 5CHB A; 3A7X A; 1WOF A; 1Z6J H; 3I77 A; 1BRB E; 4BXW A; 3PMA B; 1DAB A; 1RS0 A; 1SHY A; 1S81 A; 5C1C A; 1CHO F; 1DAN H; 4MNY A; 1GMH G; 5FPY A; 2FMJ A; 2FX4 A; 2UWL A; 1K5C A; 1BTU A; 1SFQ B; 4KTS A; 5DJ7 A; 3D62 A; 4FUD A; 1AB9 C; 1UCY H; 2A4R A; 4K3J A; 4FUH A; 1K9O E; 4WF8 A; 4OZZ A; 2FOB A; 1RMG A; 5L30 H; 1NBM E; 4X1R U; 4CRB A; 2BZ6 H; 1RTF B; 4DOQ A; 1QA1 A; 2LEL A; 4O03 A; 4X1S U; 4XLE A; 1ZJK A; 5C5N A; 1O0D H; 2WUC A; 3HK3 B; 5FBI A; 5K7R A; 1PPG E; 3FZD A; 1KCD A; 1PYT C; 4GSO A; 4U49 A; 3UY9 A; 4UDW H; 4R8T B; 3URC A; 4X1Q U; 1OFE A; 2VJ1 A; 1EZG A; 4YCQ A; 1BTX A; 5C0U A; 2Y80 A; 4OS4 A; 2XBW A; 1CA8 B; 1OSS A; 4JZF H; 3OY5 U; 3RU4 E; 5JB9 S; 4IN2 A; 1OFL A; 3GY8 A; 3SUC A; 2LP6 A; 1W2K H; 2STA E; 2Y7X A; 5C1Y A; 2EQN A; 1K1I A; 2FLB H; 1O3G A; 1YCP H; 1FV9 A; 1XUI A; 4D8N A; 3LGY A; 4RT1 A; 3N90 A; 1EAU A; 3ZVD A; 5DSF A; 2A31 A; 1O5F H; 1QIX B; 2OCV B; 4AZ2 B; 5A0B A; 5EG4 A; 1C2H A; 3LOX A; 3KN2 A; 3A8A A; 5E0H A; 1OFM A; 2BLW A; 4LK4 A; 2HNT E; 4GAW A; 1PXZ A; 1EA0 A; 2VIQ A; 3GIS B; 2Z9I A; 1SPJ A; 1XX9 A; 2WPM S; 1HCG A; 3IWM A; 2W7Z A; 1O2V A; 2PTC E; 2AMQ A; 1FX0 B; 4MG3 A; 4MPU A; 1K22 H; 5LPF A; 4GCH G; 1TB6 H; 8GCH G; 1O2G H; 1TAB E; 1C1V H; 2XTX A; 4ZKN U; 3KRG A; 5J4Q A; 1B0E A; 1L2E A; 4WH8 A; 1C5L H; 4B2A A; 3M37 A; 1JRT A; 4CRA A; 1ID5 H; 2C4F H; 2QIQ A; 2J95 A; 3M3T A; 1C1M A; 4Y11 E; 2AER H; 2PP6 A; 1BRU P; 1TNK A; 2SGD E; 1S6F A; 4MDS A; 3TH3 H; 2J98 B; 1Q3X A; 2IJO B; 3DFJ A; 1ZMN A; 1BMF D; 2BY9 X; 4RKJ B; 3U8O H; 2XC1 A; 3PRB A; 2C8Z B; 4IBL H; 4CR9 A; 3PET A; 3M3V A; 3IG6 B; 6GCH G; 2FS9 A; 1O5C B; 3GCH B; 2ODQ A; 3EQN A; 1QUR H; 4UFD H; 3SNE A; 3GY4 A; 1ZML A; 1NC6 A; 1CLW A; 2GDD A; 2PFE A; 3BTQ E; 1C9T A; 5CHA C; 5EPN A; 2ZCL P; 3OY6 U; 4AN7 A; 1EAW A; 3MFJ A; 3RXF A; 1MZA A; 1O3C A; 1WAY B; 2YUH A; 3EQO A; 5GCH G; 3JZ1 B; 1MAB B; 2Y5G A; 2BVS H; 2VVU A; 4TSF D; 1Z71 A; 3UNS A; 2NU3 E; 4W8Q A; 1BMN H; 1AZ8 A; 4B6E A; 1ZJD A; 3GIC B; 1TOC B; 1H4W A; 3U1I B; 2CGA A; 1F0U A; 4P02 A; 2ODL A; 1KY9 A; 4MPW A; 3VB6 A; 1L4D A; 1OYQ A; 2BTC E; 2V3H H; 3KNX A; 3LGT A; 3WWF A; 1DIC A; 4HTC H; 3FP7 E; 1SGI B; 4W8T A; 1KIG H; 3SV2 H; 4AB9 A; 1JIR A; 1GJB B; 1O3E A; 4OM9 A; 2BY6 X; 3EST A; 1HNE E; 1XUK A; 2YNB A; 3DA9 B; 5T6D A; 2UVF A; 4J2Y B; 4NA8 A; 3TU7 H; 1SVP A; 2VJJ A; 3A82 A; 3MOC A; 5DP6 A; 1HDT H; 4YXW D; 2V3O H; 4C2L A; 4WH6 A; 5DP5 A; 1EKB B; 4ABE A; 3UOP A; 1GBE A; 1F7Z A; 1W12 U; 2BLQ A; 1CBW B; 3SJO A; 3TJN A; 1SB1 H; 3TIU A; 1HAO H; 2F9O A; 2PYG A; 1RFN A; 4K5Z A; 2J5U A; 3N7E A; 2ANY A; 4MNX A; 3BTT E; 2K1Q A; 1ZPB A; 2H2Z A; 5EXL A; 3MH5 A; 3UNR A; 1SC8 U; 1ELV A; 1TQ0 B; 2WHX A; 2GCH G; 1GHB F; 3RMN H; 2Z3E A; 2AS9 A; 1DFP A; 3BH7 B; 1WQV H; 4NWL A; 1YBW A; 3RC6 A; 1V2L T; 1F5L A; 2R2M B; 4INL A; 4KP0 A; 2O8T A; 3TNT A; 5A09 A; 3ZYD A; 1UVO A; 3ATI A; 2INU A; 1L1I A; 1GWA A; 3RXK A; 2VFQ A; 2B8O H; 1LQE A; 1PQ7 A; 1GI4 A; 4Y71 A; 1ESB A; 4MVN A; 2AFQ B; 1KMH B; 1SHH B; 3GYL B; 5EQR A; 4DIH H; 3QLP H; 2B9L A; 4JK5 A; 4OZY A; 3QZQ A; 3E8L A; 3DUX H; 4Y0Z E; 4TT3 D; 1VGC B; 3HPT B; 4DY7 B; 1ANC A; 4A6L A; 1MD8 A; 4ZHL U; 4GLY A; 2FTL E; 4NWK A; 3PV4 A; 1AY6 H; 4ABD A; 1VR1 H; 1OXG A; 3HKJ B; 3QWC H; 2Z94 A; 4IMQ A; 3SNB A; 2KCP A; 3B90 A; 3UFA A; 4F4O C; 1W13 U; 1GI3 A; 4K1T A; 2Q1J A; 4YTA A; 3AAV A; 1WQS A; 2ZEB A; 2QXI A; 2BQ7 B; 2STB E; 2G51 A; 1YPJ H; 1WV7 H; 3OEE D; 3BEF B; 1P3E A; 1TBQ H; 3SUF A; 1O8E A; 3DFL A; 2ANK H; 2O8L A; 1W0K D; 2F9U A; 4BAM B; 3HKI B; 3SOR A; 3A81 A; 1EX3 A; 1O2L A; 3WY8 A; 1GHZ A; 3U69 H; 1FON A; 4B2C A; 4JCN A; 3ZPP A; 3Q76 A; 5CDF E; 2WV5 A; 3DU1 X; 1C2K A; 5EGM A; 5HM9 A; 4MNW A; 1GVL A; 4U2W A; 1F0T A; 1FXY A; 1HRT H; 2HLC A; 2R0L A; 5J4S A; 2XTW A; 2JH6 D; 1BMM H; 2RA3 A; 1HG8 A; 3EGK H; 1BTP A; 1DVA H; 1FIZ A; 1X0C A; 3PMB B; 5JDU B; 2HVX A; 1BJU A; 5DN6 D; 1WMR A; 1K28 D; 1A4W H; 2BD4 A; 3PSS A; 2ZTY A; 1X7A C; 2J92 A; 3VXE H; 2A32 A; 2OC7 A; 1W0Y H; 3LKW A; 4YLU A; 4AFU A; 4CH2 B; 2PGQ B; 2XT2 A; 2FIR H; 1VKY A; 3F9E A; 4WVP E; 1P2M A; 3BEI B; 3QX5 H; 1THP B; 3UQO A; 4XLH A; 3BTE E; 1T8N A; 1C1Q A; 4WXI A; 3V12 A; 4YM9 A; 1O3A A; 1UMA H; 5B6L A; 3ZYE A; 2ZU4 A; 4DJZ B; 5F8X A; 4X1P U; 2FWW A; 5JB8 S; 1QB1 A; 1OGO X; 4OS6 A; 1SFI A; 5EOD A; 4ZKS U; 1C5R A; 2TBS A; 1AFQ B; 2CHA B; 2LPR A; 4NIX A; 1SL3 A; 1GBD A; 3R0F A; 1OP8 A; 4THN H; 1FI8 A; 4ZHA A; 4CRD A; 3VB7 A; 2SFA A; 1AMH A; 2BDI A; 2JJ2 D; 5L6N H; 1QJ7 B; 1A46 H; 1BML A; 1WUN H; 2Y81 A; 1BT7 A; 1KSN A; 2C90 B; 1HF2 A; 1BMA A; 1SGF A; 1QNJ A; 3SGQ E; 1GCT B; 1EB1 H; 3C1K A; 4GPG A; 1AVG H; 2Z9K A; 2KCA A; 2NWN A; 3GQ7 A; 1MCV A; 3BSQ A; 4K1S A; 2ZHD A; 3PWB A; 1VCQ A; 4JZD H; 4NIW A; 2QXZ A; 1BRC E; 1HIA B; 1FZZ A; 2BB4 A; 5ETX A; 2BM4 A; 2W7U A; 1TA2 A; 1QJV A; 2G5N A; 1HFD A; 2SGF E; 3LJY A; 1Z8R A; 2PR3 A; 1SLX B; 1T4U H; 1P09 A; 2VWM A; 5SGA E; 3FAN A; 1O3B A; 3SOS A; 4A7I B; 1S82 A; 2HPQ H; 2VFO A; 1ARB A; 1PPZ A; 2P3F H; 2ZPS A; 1A5I A; 1BIT A; 2B0R A; 1RTK A; 1QRB A; 3F0P A; 1N6X A; 1C4U 2; 4I33 A; 2ZDK A; 3GCO A; 1YY3 A; 4OJL A; 1GHA G; 3E3T A; 4QT8 C; 1W0Z U; 3MO3 A; 4X8V H; 1O3F A; 1AVW A; 2NU4 E; 2GJG A; 2ZG0 H; 3TK9 A; 1GDN A; 1H8D H; 1KLI H; 3V7T A; 1A0H B; 3GQA A; 3T25 A; 4BNR A; 1VCW A; 1RIW B; 1BTH H; 3A7W A; 2F3C E; 2O17 A; 2NU1 E; 2P59 A; 4ISI H; 3DSP A; 1TBR H; 7GCH F; 1KXC A; 3BTD E; 3MNC A; 1OWH A; 1LVO A; 1GBT A; 2QC2 A; 1NM6 A; 4ISN A; 2A7H A; 5E0J A; 5TJX A; 1OGM X; 1AZZ A; 2VVV A; 3UAI C; 2GX4 A; 3V3M A; 5EU8 A; 2X3H A; 1RXP A; 2SNW A; 1OWD A; 3ZZ3 A; 2P8O B; 1ZHR A; 1N8O C; 2BZA A; 1EPT C; 1QA0 A; 1MTS A; 3PSZ A; 1QA2 A; 1DLK B; 2EI8 A; 1V2P T; 3K6Z A; 1TA6 A; 2OLG A; 4X8U H; 3HK6 B; 3CS7 A; 2GD4 B; 2XND D; 5H4I B; 1IQL A; 1WDI A; 2IQ7 A; 4KEL A; 1IQM A; 1K4Z A; 5DNS A; 3D65 E; 2XW9 A; 3FP6 E; 1DY9 A; 2HOB A; 3PLK A; 2VGC B; 1J14 A; 1QBO A; 1BIO A; 2SGA A; 2NT6 A; 1O8M A; 1RJX B; 1TPP A; 4Q80 A; 2J2U A; 1AE5 A; 2TPI Z; 3SJI A; 2UUK B; 2Y82 A; 4ZXX H; 2ZPQ A; 3RDZ A; 2RA0 A; 3GDS A; 3VSU A; 2VIP A; 2KCO A; 1XG2 A; 1MMJ N; 1PQ8 A; 2V7Q D; 2Z7F E; 3UWJ H; 1SGC A; 2QAA A; 4V02 C; 1C5Z B; 2VWL A; 3G01 A; 2FDA A; 4ISH H; 1SQA A; 5LH8 A; 3S9C A; 3H5C B; 2GZ8 A; 3FZZ A; 3PV2 A; 3ZVA A; 4B71 A; 3N6Z A; 4CBN A; 3BIV H; 2FOM B; 1KXB A; 1O3N A; 4I8L A; 3SNA A; 2VVC A; 2Q6D A; 2A4O A; 3B8J A; 1U6Q A; 2BHG A; 3TNS A; 3A7V A; 3GS9 A; 2WPK S; 2GZ9 A; 1VIT H; 2GTB A; 2QCY A; 1K1L A; 1P02 A; 3BG4 B; 2P16 A; 3K2U A; 2W3I A; 1SGQ E; 3ATK A; 5FX6 A; 1CVW H; 3FOA A; 1HAZ B; 3SU5 A; 6LPR A; 1O8D A; 2ZC9 H; 2C8X B; 1CGH A; 2WPD D; 4XMY A; 3RXC A; 2BY7 X; 2F4L A; 5C1E A; 4X6O A; 4NFE A; 1AWH B; 1SGP E; 3SUD A; 1UTJ A; 6CHA C; 2JDI D; 1O33 A; 1O2X A; 2XBV A; 1LHD H; 2VID A; 3H7T A; 1SQO A; 4A92 A; 4BTU B; 4K69 A; 1TIO A; 3AAS A; 2CMY A; 2P93 A; 4JK6 A; 3P6Z B; 3BTF E; 4WXV A; 3CS0 A; 1SKY E; 5T3H A; 3QDZ B; 1SGE E; 1VIT F; 2AGI X; 2G8T A; 1TGB A; 5LPR A; 1Q31 A; 3URE A; 2AH4 X; 1JTA A; 5FCR A; 5C1U A; 4XLA A; 2FOC A; 2H9T H; 3OAA D; 3SHC H; 3E16 B; 1JRS A; 3T26 A; 1LM1 A; 4ABF A; 1H9L B; 1C5Q A; 1HJA C; 3F68 H; 1P8V C; 2XWB I; 1F0R A; 1O2Y A; 4CR5 A; 1INC A; 3QTV H; 4U32 A; 3A7Z A; 1AKS B; 3BG8 A; 1RWR A; 2GZ7 A; 1G2M A; 3EA9 A; 1GL0 E; 2J8I A; 1O5A B; 4B73 A; 3NXP A; 2FM2 A; 2FX6 A; 1OWK A; 3U28 C; 4ABG A; 1ZTJ A; 1FJS A; 1GI1 A; 1KXA A; 1LVB A; 1KLJ H; 4ZHM U; 1CU1 A; 1TLD A; 4AC9 A; 2UUF B; 1GBH A; 1D6R A; 3CP7 A; 2BM7 A; 4CHA C; 2TIO A; 3S0N A; 1JXP A; 1EZQ A; 2PKS C; 2W6J D; 1C5V A; 2VFN A; 1O2H A; 4WJG 2; 2FPZ A; 1AHT H; 3A86 A; 3A8B A; 5JLV C; 2ZFP H; 2WZQ A; 1UO6 A; 1YGC H; 1Z1J A; 2G4U A; 1GVK B; 2OQU A; 3SI3 H; 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