3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus tokodaii
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
3AVJA 4ID1A 2A1SA 5SZTA 3KTQA 4FM0A 3V1QA 4B8CA 1T05A 3MXIA 2D0AA 1NK5A 1VK0A 4O0JA 3CFPA 3OYNA 4FM2A 4CEDA 2JGUA 2IOCA 4H4MA 1NJYA 4PA1A 4HUEA 1SL1A 2P5OA 5KGWA 2HHQA 3EZ5A 1HQEA 3DLBA 4LD0A 1NJWA 3ULDA 3AO5A 3KIOA 3D0PA 1C0UA 1BQMA 1N6QA 3TAGA 2DFEA 1VSIA 1RTHA 4KFBA 1S1TA 3P1GA 4FVMA 5CYQA 4BDZA 1ZYQA 1S9GA 5C25A 4M3RA 4E7JA 4KB1A 3DRSA 4Z4CA 2KQ2A 3QEIA 3K59A 4FJGA 4PWDA 1IO2A 2DTUA 3LWLA 4HVJA 3D45A 3QINA 3QIPA 3OYBA 4DSIA 2DY4A 1NOZA 4J2EA 4FJMA 1K6YA 1SL2A 4BDPA 2LSNA 2QK9A 4Q5VA 2OYQA 3IRXA 2FBVA 1QS4A 4CFAA 4FJ9A 1EETA 1JXBA 5CYMA 2D5RA 4IFVA 2HHVA 3LAMA 4ICLA 3ZT2A 3G0ZA 3VA3A 4E3SA 2FBXA 2G8UA 1ZBFA 4DSEA 2GBZA 4FJLA 1RBRA 2A1RA 1TL3A 4M41A 4Z4FA 1ASUA 1KRPA 3IS9A 1KSPA 4FLVA 4DQRA 4OLBA 4O55A 4DG1A 4FLTA 1ZBLA 4CEBA 4CHYA 4E89A 1JXEA 1Q9XA 2OZSA 4CEOA 1LAVA 3QETA 1KTQA 3LANA 1YTUA 2G8FA 1NKEA 4FJKA 1VSDA 4Y1DA 3OYJA 4CHNA 4HHTA 4E7LA 4FJJA 3LP3A 2VG5A 4NCGA 2W42A 4F4KA 2EX3A 4IKFA 4CFBA 1IKYA 2I5JA 1HYZA 4O0IA 2HMIA 4AH9A 1SUQA 3C95A 3TAMA 1ZBUA 4LY7A 1HRHA 3KK1A 1ZBIA 1C1AA 3L3VA 3AA4A 3H08A 4BWMA 1T7PA 4N47A 3ZSVA 2KZMA 2PYLA 1QE1A 1F21A 3NAEA 3NGIA 2E6LA 4EZ6A 2B5JA 2IAJA 4Z4GA 3K5OA 1VSEA 1LV5A 1NJZA 2GV9A 1FKPA 3JSMA 4PUOA 4O5BA 1X1PA 3P5JA 4ZHRA 2ETJA 4E7KA 1L3TA 1B9DA 2KTQA 1W9HA 3VQ7A 2XY5A 1BI4A 1FK9A 4CJQA 4KREA 1VSFA 3CFOA 2HW3A 3HT3A 4CFDA 1I39A 3L2VA 1SKSA 1DTTA 1HYVA 4LH4A 3PY8A 2BE2A 2OPPA 3EYZA 4M3ZA 2DFFA 1L3VA 3V1OA 3VQAA 4DMNA 1TKTA 2FBTA 4N56A 4OKKA 3HSTB 4LSLA 3VA0A 4JRPA 4QOZB 2HHTA 3ZT0A 3RMBA 4DFJA 4C8LA 5CZ1A 4DQPA 4YNQA 2QXFA 4DS5A 3C6TA 4KPYA 2VWKA 3ISNC 3ZT4A 2HB5A 4QCLA 5FDLA 4CESA 1C1CA 3AA2A 1GOBA 4DF4A 3I0SA 2F8TA 3I0RA 3MEEA 4B8AB 4CJRA 4DSFA 4FJ7A 3HK2A 4LH5A 3UIQA 4TSXA 3L2RA 3HL8A 4B9TA 1S1VA 1Q8IA 1RT4A 2YNIA 3AVNA 3VQ5A 4CJ4A 4W5RA 3M8QA 1JLEA 1KVAA 4CGDA 3U6FA 4LSNA 2PY5A 2RF2A 3AVLA 3PV8A 5FRNA 4CK2A 2P51A 3MXMA 2F96A 2Y1IA 2X6SA 1NK7A 4CEAA 3CM5A 3AVIA 1YVUA 3VQ9A 3O3GA 1L3SA 5J2PA 2VG6A 1BCMA 4FYDA 1W0HA 2HHWA 3V9XA 1LAWA 4BE1A 1ASWA 1U48A 3HP9A 2P5GA 4L8RB 1DLOA 1TKXA 1TV6A 2Z1GA 1D5AA 1RCHA 3AA5X 3OS1A 1U45A 4M3YA 1U47A 3PX0A 1KVBA 4EP5A 2O4GA 5C24A 3V6DA 3TAEA 2XY8A 3SUOA 1SKRA 3LZJA 1CLQA 4W5NA 3SZ2A 3IAYA 3WNHA 4WE1A 3ZSZA 3AA3A 3NDKA 3NH2A 4ELVA 4J2BA 3B6OA 5JS2A 3O4QA 3QNOA 2F8SA 4AHVA 4FCYA 1QSSA 1CZBA 3MEDA 4OGEA 3DM2A 4OKJA 4IBNA 3VQPA 3V1RA 4DTPA 3HYFA 1C0MA 5J2MA 3DRPA 2G8VA 3MEGA 2X74A 4NYNA 1KFDA 1D9FA 4OGCA 4HCBA 3DLKA 4DU4A 4K8ZA 4AHSA 3WNEA 4C8MA 3SUNA 5J2QA 4DSJA 3OYDA 1JL1A 1WSGA 3AVAA 3AVGA 3ZSQA 4ZTFA 1RDDA 3QLHA 4I7FA 1S9EA 4Y1CA 3ZCMA 3PO5A 3OVNA 4CF8A 4CJ3A 5KGXA 2XO7A 3TANA 3S3MA 1I3AA 1VSHA 4DF8A 4CECA 2YNHA 1TAUA 4B9UA 1VSLA 4ELTA 1WSIA 3OY9A 3K5MA 1L3UA 3NHGA 4C8OA 1U04A 4KHUA 2O4IA 3RR8A 3TABA 2QKKA 4DSLA 4IG3A 2KFNA 3ASMA 3NBPA 3PUFA 3O3FA 4CEFA 3KKSA 3RRHA 3SPZA 2PZSA 1X9WA 1J5OA 3SPYA 4IFYA 2FBYA 3VQ6A 3MAQA 3DLEA 4CF9A 1WLJA 1KLNA 4DQIA 1T8EA 4XIUA 4FK0A 4CGIA 4DFMA 2YV0X 1U4BA 3PO4A 4JS4A 3RMAA 3SNNA 4DQQA 3KK2A 4PY5A 4CJWA 1QQCA 2D0CA 1LWFA 1KCFA 3V9SA 2IC3A 1JLGA 3LZIA 5HRSA 3KD1E 4E1MA 3LP2A 1HNIA 1TVRA 2ZD1A 1TK8A 4CJVA 3SCXA 1HNVA 4F2SA 1NKCA 2QKBA 2XHBA 4CJTA 4CJFA 1X9MA 4CGJA 1LWCA 3QIOA 4CJSA 1FXXA 3AVCA 4CF2A 3K5LA 3KD5E 2BGGA 3RMDA 1X9SA 4DTXA 4RW8A 2ZE2A 5D3GA 1JLFA 3O4NA 1BGXT 4CGGA 2EHGA 3NGZA 3OYAA 1JLAA 4DTNA 4I2QA 1TK5A 2G8WA 3SV3A 4DTUA 4CEQA 4CJPA 1TK0A 4CIEA 1Z26A 3DOKA 1RDBA 3WNFA 4DTSA 4FXDA 4E0DA 4CJLA 4FZYA 3DRRA 1MU2A 2D0BA 3VQ8A 1RT3A 3HXMA 3DI6A 1QTMA 2HHXA 4F3TA 4RW6A 2G8HA 1ITGA 3L3UA 3OYEA 3OJSA 4FM1A 2JLEA 4HUGA 4NCBA 4KTZA 1BI4B 1UOCA 1IKVA 5JS1A 5KI6A 4DU1A 3SYZA 1QSLA 2DFHA 3KLFA 4CEEA 4F3OA 4Z4HA 3HPOA 3CFRA 3NF6A 5EU7A 3AVHA 4B9NA 4E1NA 1B92A 1D9DA 3DYAA 3SV4A 3QNNA 4HUFA 4M42A 1J54A 4G1QA 4I2PA 3LPUA 4DS4A 3L2WA 3V4IA 3S9HA 3ALYA 3TAFA 3SQ4A 4FJNA 4DLGA 4O44A 2X6NA 2P1JA 2X78A 3DLRA 4ID5A 3AV9A 1VSKA 4GW6A 3DLHA 4KHNA 1YTAA 1REVA 2E4LA 1KLMA 5DK5A 4CK1A 3SQ2A 3TAPA 4CHQA 3KJVA 5FROA 1RDAA 1WAJA 1S1XA 3V9WA 2KW4A 1WSEA 4AILC 3F73A 4PQUA 3BDPA 4B08A 3VQBA 2G8KA 4NCAA 4AHRA 3AVMA 1BQNA 3VQCA 5HLFA 1NKBA 3JYTA 1VRTA 3KLIA 1RT2A 5CZ2A 4E19A 5HP1A 2YNFA 1WAFA 3B6PA 3CM6A 2ZQBA 5KRTA 1NK9A 1JLCA 1EX4A 4HTUA 3VN5A 1FKOA 4FLZA 1G15A 5I42A 1JKHA 4EZ9A 2HVIA 4M3WA 2HHSA 1VRUA 5SWMA 3OYLA 2B6AA 1CXQA 2OPSA 3HPGA 3TR8A 1NK8A 4DTOA 4O4GA 3ZSXA 2YHAA 4FZXC 1RTIA 1CXUA 1S1UA 1WSFA 4OPJA 4N41A 3NF8A 4RW7A 2KFZA 3V9ZA 4KO0A 1GOCA 1SL0A 2OPRA 3AVBA 4B9LA 5K14A 4AHUA 2Z1IA 4BE0A 5HBMA 3EY1A 3FFIA 4FJXA 3K5NA 1SV5A 1WSJA 2IS3A 2WONA 4CJEA 3C6UA 4KHSA 1BL3A 3QO9A 3K58A 1CZ9A 4KB0A 2VG7A 4OPKA 4B9SA 2RN2A 3QESA 4W5QA 1LW2A 3DOLA 3KLEA 1RDCA 1UAXA 2YKMA 4RG8A 3OYKA 3L2UA 2Y1JA 2HVHA 2BANA 4M3XA 2BDPA 3CG7A 2GUIA 4BE2A 1NK0A 1VSMA 1RT1A 3HJFA 1XHXA 1RBTA 4K8XA 4MFBA 1DTQA 3ITHA 2RPIA 1R0AA 3AO2A 4CIGA 1B9FA 3QERA 3PX4A 1RT5A 4JRQA 4FLUA 1TKDA 4Z0UA 4Q0BA 1Z25A 3ZSRA 2OPQA 2IGIA 3RTVA 1SKWA 3S3NA 5I3UA 4DWIA 1LWEA 3AO1A 4RW9A 3SQ1A 1EP4A 2YHBA 4CFCA 4CK3A 4BACA 3TARA 2VWJA 3G10A 4KAZA 1BIUA 4JLHA 4DU3A 1VSJA 2Q3SA 3THVA 3KK3A 3S3OA 3HVRA 1Y97A 3ZSOA 3OS0A 4M45A 1BCOA 2XRIA 4CIFA 3LALA 3CQ8A 3U3YA 3OS2A 3V81A 1XI1A 4DFPA 3OYMA 5HRNA 1UA1A 3M8RA 1ZBHA 1RTJA 4DTRA 4FLWA 3LPTA 3NF7A 1T03A 5J1EA 4R5PA 2ATQA 1EXQA 5HRRA 4KTQA 3F9KA 2WOMA 4DFKA 2Z1JA 1J9AA 3VQEA 4CEZA 1NOYA 1D8YA 1C0TA 4RW4A 4UQGA 3TAQA 1IG9A 1RTDA 3T19A 3O3HA 4AHTA 4CHPA 4JS5A 1RT7A 2HHUA 3HVTA 4CF1A 1A5WA 2HNDA 4FJ8A 3SJJA 3OYHA 3I8DA 4YFUA 3IG1A 2HNYA 4MQ3A 2YKNA 1BIZA 4CJKA 1HQUA 5KTQA 5T7BA 3LDSA 1TL1A 3MXJA 4DTMA 2OA8A 2PYJA 2ITGA 4OLAA 4CGHA 3OYGA 2G8IA 4B9VA 4DSKA 4FZZA 4ZTJA 1XWLA 1A5XA 4CGFA 1IH7A 3QEWA 4OVLA 2B4JA 1NK4A 1HJRA 4I9LA 3HO1A 1ASVA 4GVMA 1YT3A 3SI6A 3SUPA 1XHZA 3V9UA 1UA0A 4FJ5A 3LP0A 4H4OA 4QAGA 5CY4A 3QEPA 3L2QA 1N5YA 4N76A 3TI0A 4IDKA 1S1WA 4EP4A 4Z4EA 3LAKA 1XC9A 2OZMA 1HMVA 3TWHA 4DQSA 1HYSA 3PX6A 3QEVA 1C1BA 3M8PA 5HROA 1EKEA 5DMRA 4FLXA 3C94A 4C8NA 3NF9A 1RBSA 1U49A 4FK4A 4F2RA 4KRFA 4B9MA 4Z4IA 4KHWA 4BDYA 1TGOA 4BWJA 3K2PA 4CHZA 4OKEA 2NUBA 5J2NA 1NJXA 4FW1A 1S5JA 3T1AA 4KV8A 3P83D 2HNZA 3WNGA 1RBUA 1WSHA 3HM9A 4FLYA 3E01A 4HCCA 3KKRA 4CERA 4KKOA 1JL2A 5E41A 5FRMA 1NK6A 1TKZA 3ZT3A 2KZZA 1IKWA 3AVKA 3CYMA 4CF0A 1WNSA 3NGYA 4B3OA 4FK2A 4FW2A 3M8SA 3DMJA 3RRGA 3BGRA 4KHYA 4AHCA 1C6VA 3VQDA 1UWBA 4CJ5A 3L8BA 3MECA 3NH1A 3OYCA 4KI6A 1J53A 3VQ4A 4NYFA 3AO4A 3ZT1A 3NE6A 4E7HA 4J2DA 1A5VA 3VQQA 3AO3A 3OYIA 4KHQA 4FJHA 3RR7A 4CHOA 4W5OA 2IDOA 2XY7A 1RBVA 4C8KA 4ELUA 5C42A 4N5SA 3KLGA 4GMJB 3KLHA 3A2FA 3SQ0A 1QSYA 4DTJA 3U3GA 4DLEA 3LWMA 1S6PA 3NCIA 1GOAA 1LW0A 1BISA 3RWUA 1KVCA 2YNGA 4OJRA 4W5TA 3SUQA 4KTWA 3OJUA 2RKIA 1HPZA 3ZSWA 1BHLA 4IG0A 4H8KA 2FC0A 2R7YA 3QEXA 5HRPA 3ZSYA 4CE9A 1L5UA 4J2AA 2E6MA 3NFAA 3HP6A 1KFSA 2AJQA 4CCHA 1JLBA 3K57A 3AVFA 4I9QA 4F8RA 1WN7A 1S6QA 2XY6A 3LP1A 4M3UA 4FJIA 3RMCA 1RT6A 4M3TA 1TAQA 4KI4A 1JLQA 1O1WA 1QHTA 1RILA 5KRSA 3NH0A 3OYFA 3HPHA 3T3FA 1Q9YA 1IKXA 2Z1HA 1RNHA 4CJUA 3DLGA 4E7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FM0A 2D0AA 1VK0A 3MWTA 3T1HK 2JGUA 4PA1A 2P5OA 2HHQA 1HQEA 1RDUA 3WXIA 3KIOA 1RTHA 4KFBA 4BDZA 2CH5A 5C25A 4KB1A 5DM7L 4Z4CA 2KQ2A 4LF4K 3ID8A 2Q0UA 4FJGA 3UE5A 2Q36A 4NXNK 4YDUC 4HVJA 3WQTA 2DY4A 1NOZA 4BDPA 4EAHD 4LF7K 1EETA 3C6AA 1JXBA 4IFVA 3G0ZA 1HLUA 2QEXN 3DXMB 4C1NK 4DG1A 4CHYA 1JXEA 2E2OA 3SJHA 1QZ6A 1KTQA 4A5AA 2G8FA 1NKEA 4FWLA 4EIAA 4FSVA 4IEEA 4CHNA 4HHTA 3CJAA 4BC4A 2W42A 3EO3A 4PKHA 4F4KA 3C95A 3KK1A 1ZBUA 5M1QA 4N47A 5GINA 2H3GX 4BG9A 1QE1A 3T1YK 2IAJA 4ILHA 4B3TK 4BQLA 1V4SA 3G71N 2AP1A 4DR7K 3P5JA 4PL8A 2KTQA 3VQ7A 3AARA 4KREA 3HT3A 3EEQA 1HYVA 5BRDA 2BE2A 2OPPA 3EYZA 5ELZA 3MWPA 1Y64A 3J8AA 4DMNA 1OH8A 2P9UB 4N56A 1BG3A 5BPLA 2GUPA 3N4PA 3W0LA 2QWMA 4LF6K 5A2QO 2VWKA 3ZT4A 2E2NA 3SAFA 4CESA 1GOBA 2QM1A 4DF4A 1HNZK 2QWLA 3U4LA 4M7XA 4DSFA 4FJ7A 2FSJA 1XNRK 4MDBA 4TSXA 4CZKA 3L2RA 3HL8A 2P9IB 2YNIA 3AVNA 4W5RA 1JLEA 2PY5A 5HOOA 3U6FA 5LJVA 5KPZA 3UKRB 1YAGA 3ZYYX 5AQXA 1G99A 4DV4K 5AZIB 3G6EN 2X6SA 3AVIA 1YVUA 3VQ9A 4A2AA 1LAWA 3TU5A 4BE1A 3GOIA 4L8RB 3TSUA 2UUBK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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