3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
1G15A 4FVMA 1LWFA 3AVNA 3C6UA 4IBNA 2Z1HA 4B8CA 4CJFA 1FXXA 1HQUA 1LV5A 1JL1A 1LWEA 2X74A 3D45A 4KKOA 3BDPA 3V9UA 5KRTA 3K5NA 5KTQA 2XY7A 4B9TA 3S3OA 3NF9A 3L2RA 1WN7A 4BE1A 3I0SA 2RPIA 4OKKA 3THVA 2B4JA 5SWMA 4IG3A 4DSJA 5JS2A 4CHPA 4XIUA 3HVTA 4OKEA 3HL8A 3K2PA 3ZT3A 4DTXA 1TGOA 4M41A 2ZD1A 1RBSA 1SL1A 3EYZA 1S6PA 3MECA 3ZSOA 3HXMA 4FM1A 1L3SA 1KFDA 4M42A 1RTJA 4RW6A 3HJFA 2HVIA 3AO2A 4RW4A 3ZSZA 1HYVA 1NK0A 4ZHRA 4FCYA 2KFZA 4DQQA 4CHNA 4E7LA 4KV8A 1REVA 1IKYA 1FKOA 4IG0A 4CJ4A 4CGDA 1A5VA 2BE2A 3IRXA 3LAKA 4IFVA 1HQEA 1DLOA 3L2WA 1UA1A 1NKCA 2HVHA 2HW3A 3ZSXA 3SV3A 3K58A 1SKSA 4DSKA 2DFFA 4AHTA 3OS0A 3NF8A 1BQNA 5C25A 1NKEA 4O55A 4FJXA 1YTUA 3SZ2A 1RCHA 4M3ZA 1BGXT 1B92A 3HT3A 4QOZB 2BANA 3OYLA 3ULDA 1BISA 4FLZA 1WAJA 4CK1A 3P83D 4CEFA 4CGHA 1K6YA 3ISNC 2E4LA 3AA5X 3QETA 3KLHA 1BCOA 4WE1A 3M8SA 4FM0A 4DTNA 2O4GA 2QKKA 1LWCA 4F2SA 2Z1GA 4QAGA 4FJ8A 3OYFA 3G0ZA 2IC3A 1NK8A 1KLNA 4PUOA 1KFSA 2ATQA 3QEWA 4OGEA 4KRFA 5HBMA 3ALYA 4GW6A 1NJZA 4FJIA 4J2BA 3DRSA 2NUBA 4CIGA 2EHGA 3OYJA 3VA0A 2KTQA 4KTQA 2WOMA 3ZT0A 3TAEA 3DM2A 1JXBA 3VQBA 3ZSQA 2D0CA 3RRGA 5CYQA 1RDAA 3DOKA 3K57A 4DFMA 2XY6A 1S1XA 2VWKA 1L3UA 4ELUA 2G8WA 4CFDA 1Q8IA 4EZ6A 1BHLA 4Z4EA 3SV4A 3MAQA 2G8IA 3KIOA 4DF4A 5FRNA 4CEOA 4YFUA 4J2DA 1HYZA 1HPZA 5E41A 3L8BA 4UQGA 3KLFA 1ZBUA 3K5MA 3K59A 3V81A 1N5YA 4DTPA 1T8EA 4J2EA 1ZBHA 3HK2A 4FXDA 4CEDA 4F4KA 3SUQA 3AO1A 1NOZA 3OS2A 4CJTA 1TK5A 4Y1CA 5KGXA 4DLGA 4KHQA 2HHVA 1Q9XA 4RW8A 1TAUA 1GOAA 1W0HA 3T1AA 4E7HA 1TKDA 4Z4GA 4DQPA 4RW7A 1L3VA 2E6LA 3RRHA 4Z4HA 3PV8A 4CE9A 4E1NA 5HROA 1R0AA 1QSLA 4M3YA 2KFNA 4W5TA 5HRSA 1VSJA 3NGZA 4B8AB 3HP6A 4PQUA 3ZSYA 3AVLA 4KI6A 1LW0A 3SQ4A 3LWLA 1FK9A 4E1MA 3OYAA 2LSNA 3MEGA 1TK0A 3TANA 4CCHA 4Y1DA 2YNHA 4CGFA 1JLQA 5CZ1A 4E7KA 4B3OA 3T3FA 4QCLA 3M8QA 4DS5A 4B9UA 3LP1A 4EZ9A 3OYHA 2KZMA 3IG1A 4O0JA 1VSLA 2FBXA 1S9EA 4H4MA 4FLXA 3S3MA 1A5WA 1UOCA 1ASUA 4ID5A 1S1VA 3MEEA 3OJUA 1VSMA 3ZSWA 2YKMA 5FRMA 1QE1A 1SUQA 1DTTA 2ZQBA 1B9FA 1VSDA 3AV9A 4EP4A 3NE6A 4W5OA 3SNNA 2DTUA 1TL1A 1QS4A 3U3GA 4NCAA 3AVBA 3L2UA 3AVAA 1YT3A 1X1PA 4CF2A 3ZT1A 4CEZA 1MU2A 3G10A 1CXUA 1TKTA 2RF2A 3RTVA 1RT1A 3LPUA 3TAPA 1JLFA 4CK3A 3QEXA 1SL0A 5CY4A 4FLVA 3SUNA 3OYBA 3QESA 1C1CA 1XWLA 4O44A 2IAJA 4CHYA 3B6PA 3O4QA 4CFCA 3LPTA 4O0IA 3OY9A 1U49A 3FFIA 4M3UA 1QTMA 3V9ZA 3S9HA 3SQ2A 5J1EA 3HVRA 2KW4A 4K8ZA 1UWBA 4AHSA 4W5QA 4AHUA 5HRRA 4ICLA 2A1SA 2ZE2A 2DFEA 1QSYA 1KVBA 1QHTA 1RBUA 3DLRA 3DYAA 4LH4A 1RTHA 1ITGA 2HNYA 3VA3A 3HM9A 1C0MA 3HSTB 3I0RA 4I2QA 3T19A 2P51A 4LH5A 1XHXA 3LWMA 4FJJA 3JYTA 3KD1E 1J53A 4CGJA 3AVGA 3AO4A 2HHSA 3KD5E 4F2RA 4M3XA 1J54A 4LY7A 1IH7A 2JGUA 4KB0A 4DFJA 4CEQA 3VQ6A 2OPPA 4B9NA 1XI1A 5HP1A 3UIQA 4FZXC 4FLTA 1S1WA 4I9QA 1D8YA 3CM6A 1BI4A 4JLHA 4DLEA 1BIZA 4JS4A 4BE2A 1GOBA 4C8LA 2QXFA 3NGYA 3P1GA 3VQEA 3HO1A 4CJLA 4IKFA 4PWDA 1SKWA 5JS1A 4M45A 4M3WA 3M8RA 3VQAA 4E19A 3CM5A 4H4OA 3QIOA 2OZSA 2XRIA 4OJRA 1EX4A 3AVCA 1BIUA 4HTUA 2Y1IA 4C8MA 5HLFA 1WSHA 5CZ2A 3QO9A 3L3UA 2Q3SA 4CJ3A 4CF8A 1X9WA 4Z0UA 1U4BA 4DSIA 2KZZA 1NJXA 3ASMA 1HRHA 3OYGA 3A2FA 3OVNA 3SCXA 4B9LA 4AHVA 2BDPA 1BQMA 2D5RA 2YNFA 4OPJA 2YNGA 3KLGA 3DRRA 3SPYA 2F8SA 4CFBA 4MQ3A 1JL2A 3AVFA 4Z4CA 2P5OA 1X9SA 2HHWA 3VQDA 1WSFA 4CIEA 4Z4IA 1Q9YA 4HUFA 2B6AA 5KI6A 3AO5A 1TK8A 1U04A 1C6VA 4CHQA 1RBRA 3F9KA 4HCCA 1CXQA 2VG5A 3OJSA 3LP3A 1X9MA 1EETA 5KRSA 4BACA 3WNGA 2PYJA 4N5SA 4DQSA 3AA3A 4CJVA 3O3GA 2ITGA 1WSJA 2KQ2A 3D0PA 2G8UA 4DQIA 4N41A 5CYMA 3RR8A 1HJRA 2XY8A 2VWJA 3RMBA 1NOYA 3O3HA 3V9WA 2DY4A 3ZT2A 3QNOA 4CF1A 3OYMA 4AHRA 5C24A 2FBYA 3MEDA 3OYNA 2PY5A 4KREA 3DLGA 1XC9A 2PYLA 4FW2A 4KB1A 3RMCA 4KI4A 2XHBA 1U47A 2VG6A 3HPHA 3EY1A 3LDSA 3U6FA 2YNIA 4DTJA 3HPGA 4KPYA 4W5NA 1RT6A 2IS3A 3E01A 5FDLA 2R7YA 1WSIA 4DFKA 3U3YA 2G8FA 4KHWA 4OKJA 1UAXA 5DK5A 4IDKA 4F3OA 1JLAA 2HHQA 4CJEA 1IKWA 5I3UA 3PO4A 4CGGA 3OYEA 4JRPA 4FM2A 3MXMA 1ZYQA 1QQCA 5KGWA 4C8KA 1NKBA 3OS1A 1YTAA 3VQCA 1KCFA 1NK7A 4DTUA 1TKXA 2FC0A 4CEBA 2OPQA 4B9VA 4ID1A 4CF9A 3NFAA 5EU7A 3TR8A 1D9DA 1RT7A 1YVUA 4CEEA 1IG9A 3V1RA 4W5RA 4ELTA 3PX0A 3WNEA 1S1UA 3KLIA 4CECA 3SQ0A 3OYKA 2VG7A 1ZBFA 3C6TA 3I8DA 4BDYA 4DU3A 4GMJB 2D0BA 3LP0A 3PX6A 4FJLA 4CJ5A 3CFOA 4DMNA 1J9AA 1NK9A 1ZBLA 5HRNA 4B9SA 4E7IA 3NH0A 1RDBA 3NF6A 4IFYA 2JLEA 4CIFA 3HP9A 2B5JA 4ELVA 1VSIA 4HUGA 3DI6A 2Z1IA 1T05A 1RTIA 3IS9A 4FK4A 1RILA 2YHAA 4BE0A 1KVCA 3DRPA 3NBPA 2A1RA 1VSHA 4DTSA 3V6DA 2G8VA 2OZMA 4CJSA 3WNHA 2QK9A 2HHTA 5I42A 1VSKA 2P5GA 2YHBA 3KJVA 3CQ8A 4HHTA 4AHCA 4FJGA 1EP4A 1W9HA 3OYDA 1N6QA 3QEVA 1DTQA 4FW1A 2OA8A 4F3TA 4GVMA 1I39A 4FJ9A 4CHOA 4N76A 3CFPA 4KHUA 3QIPA 3HPOA 2O4IA 1KVAA 1C0UA 3AVHA 3DOLA 4NYNA 3L2VA 3TAMA 1JLEA 3B6OA 3CG7A 3KTQA 1VSEA 1WAFA 3AVMA 1SL2A 3NGIA 4FZZA 4FLYA 1UA0A 3SI6A 4CJQA 4OPKA 1CZBA 2HNZA 3C95A 3KKSA 2YV0X 2HHXA 1SV5A 3PO5A 1SKRA 4HCBA 3AA2A 3VQ5A 3SPZA 5SZTA 3DLHA 5J2PA 4I7FA 4JRQA 2RKIA 2GUIA 4TSXA 4FJHA 4PA1A 3AA4A 4ZTJA 1QSSA 3VQQA 3MXIA 4PY5A 3VQ9A 4CF0A 4G1QA 4BDZA 1CZ9A 1RDDA 4RG8A 5K14A 4J2AA 1TV6A 1Y97A 1CLQA 4DSEA 3DLKA 1U45A 1TVRA 1EXQA 2Y1JA 3SYZA 4MFBA 1BCMA 3M8PA 4N47A 1NK5A 3ZSVA 1JLGA 2BGGA 2AJQA 3V9SA 4KTWA 3TAFA 1KSPA 4OLAA 4CJKA 1ZBIA 5DMRA 4HVJA 4AILC 3S3NA 1TAQA 4FLUA 3WNFA 4KO0A 3V1OA 3TAGA 2OYQA 3TWHA 3VQ7A 5D3GA 1WSEA 3HYFA 3KLEA 1HYSA 2XO7A 1LW2A 3NF7A 3LZJA 3AVIA 1HNIA 4E0DA 4CEAA 2X78A 3TI0A 2OPSA 1FKPA 5C42A 1ASWA 5J2NA 4BDPA 4DU1A 3OYIA 3F73A 3TARA 1IKVA 3LZIA 1GOCA 4FK0A 2EX3A 3QEIA 3SUPA 2FBVA 1WLJA 1O1WA 1RBVA 4M3TA 3NHGA 1VSFA 4M3RA 3QNNA 3LP2A 1IO2A 1IKXA 1S9GA 3O4NA 3TABA 1RT2A 3KK1A 3KK2A 4KFBA 2YKNA 1KLMA 2XY5A 4BWJA 1RT5A 3AVJA 4DS4A 1T03A 1A5XA 1D9FA 4FLWA 3KKRA 1RTDA 3VQPA 1S5JA 3QLHA 1XHZA 3DLBA 5T7BA 1L5UA 4I2PA 4HUEA 4DF8A 3ZCMA 4E7JA 4KHNA 3C94A 4NCGA 4Q0BA 1HMVA 1KTQA 4RW9A 4CJWA 4DFPA 2G8HA 2HHUA 3OYCA 4EP5A 4FK2A 4CFAA 4JS5A 4DTRA 1B9DA 2X6NA 3NDKA 4FZYA 4CGIA 1I3AA 3JSMA 3PUFA 3ZSRA 1JLCA 4OLBA 1NK4A 4DTMA 3ZT4A 4E3SA 3VQ4A 4C8NA 4R5PA 4OGCA 3NAEA 3V4IA 1T7PA 3AVKA 4LD0A 3QEPA 1RNHA 4DWIA 3VN5A 4O5BA 1WNSA 2HNDA 2IDOA 3P5JA 2WONA 3VQ8A 2IOCA 4CESA 1LAVA 3NCIA 3LANA 1C1BA 2GBZA 3LAMA 2I5JA 2ETJA 4KAZA 4I9LA 4DG1A 3NH1A 1D5AA 1ASVA 3DMJA 3EZ5A 4KHYA 4L8RB 1WSGA 2D0AA 4FJ5A 4LSNA 3CFRA 2P1JA 1NJWA 2G8KA 2PZSA 5J2QA 4B9MA 5HRPA 3ITHA 4DTOA 4CJRA 4Q5VA 4ZTFA 1BI4B 1RT4A 4C8OA 3SJJA 4FJNA 3V9XA 1KRPA 4B08A 4FYDA 5FROA 4CHZA 4FJKA 3RR7A 3IAYA 3K5LA 4FJ7A 1NJYA 4F8RA 3TAQA 1BL3A 1EKEA 4OVLA 1U48A 3KK3A 3PX4A 1TL3A 3RMDA 4CERA 4YNQA 3BGRA 2F96A 4BWMA 1S6QA 2HMIA 1RDCA 4KTZA 1JKHA 1C0TA 1F21A 4H8KA 1NK6A 1C1AA 3MXJA 4AH9A 3DLEA 3O3FA 4N56A 4LSLA 4DSLA 2FBTA 1VRTA 3H08A 1JXEA 1RBTA 2Z1JA 1TKZA 2F8TA 1Z26A 4DQRA 2OPRA 3L2QA 2GV9A 3AO3A 4FJMA 1LAWA 3LALA 3RWUA 4NCBA 4NYFA 5J2MA 1HNVA 1VRUA 1J5OA 3V1QA 1JLBA 3QERA 3PY8A 2QKBA 2HB5A 3RMAA 4Z4FA 4O4GA 3K5OA 2E6MA 3SQ1A 4K8XA 1RT3A 1Z25A 3NH2A 3QINA 4DU4A 2X6SA 1L3TA 2IGIA 3CYMA 4CJPA 4CJUA 2RN2A 4E89A 4KHSA 3L3VA 2W42A 1S1TA 2DFHA 4DSFA 3SUOA 4CK2A 1VK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC2A 1LWFA 4IBNA 2ZGYA 1FXXA 3L4IA 1LV5A 1JL1A 3BDPA 5KRTA 4GY2B 5CR4A 1OH5A 4OKKA 5SWMA 4CBXA 5JVGL 3HVTA 3HL8A 3K2PA 4M7XA 4M41A 2V7YA 2ZD1A 3W0LA 1RBSA 1VQPN 5AQGA 1SL1A 4JKDA 4WQ5C 3ZSOA 1KFDA 3HJFA 4RW4A 4DKWA 4FCYA 1VQLN 4DQQA 4E7LA 1IKYA 1FKOA 3L2WA 1A5VA 1HQEA 1QQOA 1O13A 3ATUA 5C25A 3HT3A 4QOZB 1P90A 1BISA 1OKJA 5F0XA 4CEFA 4JHDB 3H46O 3AA5X 5BRFA 3KLHA 4DTNA 3VEXA 3I8BA 2D1KA 4FJ8A 1NK8A 2IC3A 4H0TB 4PUOA 3QEWA 4PL7A 3UKRA 2FLOA 3ALYA 4GW6A 2QA4N 1NJZA 4FJIA 4J2BA 2O8CA 4A5AA 3R6MA 3J7ZO 2KTQA 4KTQA 3ZT0A 3DM2A 3K57A 4DFMA 1L3UA 3AAPA 3MCPA 4EZ6A 1BHLA 4Z4EA 3ZETA 4DF4A 3J81O 4KH4A 3JS6A 4UQGA 3BZCA 3WEEA 4EAHD 1K8AO 3ZX0A 4F4KA 2NNWA 4FPBA 4B3SK 5KGXA 5C0YA 2P9NA 1GOAA 3VTHA 3SAFA 1TKDA 4Z4GA 4JKAA 4BR9A 5HROA 1R0AA 5BPNA 3CJAA 4WFBL 4M3YA 4B8AB 3HP6A 2UUBK 2PBDA 4PHTX 3EE8A 4E1MA 4DV0K 2LSNA 3DLLL 4DS5A 4EZ9A 3IG1A 1VSLA 1T3VA 3S3MA 1A5WA 3OJUA 3MEEA 4BG8A 3ZSWA 2YKMA 1QE1A 1SUQA 3SNNA 3SAGA 3AVAA 2BUPA 3KVGA 2NRTA 2RF2A 3MX5A 4FLVA 4H03B 2HBJA 3O4QA 4O0IA 2P9LA 3GBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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