3AO3A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao3A00
3TABA 2QKKA 1TKDA 2DFEA 1RBRA 3QIOA 4DU3A 4KTWA 1L3TA 3KLEA 1JLQA 2NUBA 3OYMA 4JRPA 3BDPA 3TR8A 1ASUA 1ZBLA 2BE2A 5HROA 4FYDA 5CYQA 5I3UA 1GOCA 4FJLA 1UOCA 3OS2A 3OYDA 3JYTA 5HRNA 3SZ2A 3VQPA 3IRXA 1VRUA 3LALA 3K58A 3OYIA 4CHPA 3LWMA 4GVMA 3SV3A 1KLNA 2IAJA 1QTMA 4CJ3A 2KZMA 1DTTA 1LWCA 1Y97A 2WOMA 4KB1A 4DTXA 3VQEA 1RTDA 4LD0A 3WNGA 4I2PA 3ZSQA 3ULDA 3KD1E 4CJPA 4PWDA 5JS1A 1BCOA 3M8RA 3QEIA 3K2PA 1WSJA 2E6LA 5J2MA 3MXJA 4KI6A 4KREA 1UWBA 2XRIA 3NGYA 1IO2A 3V9ZA 4DU1A 3SUOA 1N5YA 3LAKA 1IKXA 1C6VA 3NGZA 3DLEA 4CGFA 1BCMA 3VQQA 1JLFA 4O55A 3V1RA 5SWMA 2F96A 2OPRA 1W9HA 1TK0A 1VSEA 1IKYA 3ZSZA 1VSMA 3SQ0A 1WSIA 4BDZA 4M3TA 3RR8A 1X9WA 3HJFA 5EU7A 4CFCA 4N56A 3U3YA 5KRTA 3DLKA 4W5TA 4KHQA 3RTVA 2YNGA 5SZTA 1QSSA 1KSPA 3AO1A 1HYZA 3TANA 3AVKA 5JS2A 1O1WA 2X6NA 4MQ3A 1X1PA 1CZBA 5J1EA 4DWIA 4I7FA 3MAQA 3DLHA 4R5PA 3VQDA 3S3MA 1SUQA 1HQEA 2Z1GA 4CEDA 3RRHA 4FK4A 3HT3A 3OYAA 2YNIA 2YKNA 1RDDA 2OYQA 1LWEA 5C25A 4EZ6A 4O5BA 1IG9A 1VSFA 3LP2A 3L2RA 4OKEA 3QETA 1S1XA 3DOKA 4EP4A 4Q0BA 2HHQA 4FZXC 3NBPA 3DRRA 1BGXT 2HVHA 3RMCA 2OPSA 4W5OA 4E1NA 3O3FA 1WSHA 2VG6A 1BISA 4BE1A 4F3TA 3OYBA 4OLBA 1WLJA 3S3NA 1TK8A 1RBUA 4I2QA 1T8EA 4GW6A 4FLTA 5FROA 4CIFA 3AVLA 2XY5A 4F2SA 4HVJA 4KAZA 4M45A 4AHSA 5T7BA 4I9LA 1YTAA 3K5LA 1QE1A 2QXFA 4ELVA 3SI6A 3QINA 1VSHA 4KFBA 1RBTA 5HBMA 1C0TA 2EX3A 4IDKA 1TL1A 3AA2A 1U4BA 4O0JA 2G8FA 2HVIA 3AO3A 2RPIA 4MFBA 4AH9A 2YV0X 4LH5A 4C8MA 4J2AA 4WE1A 1LAWA 4O0IA 4DLGA 1L3UA 4DG1A 4E7LA 4FJIA 3LWLA 3O3GA 3AVAA 1L3SA 4FLYA 2KW4A 3P5JA 3OYFA 3SQ4A 5KGXA 1HRHA 2P5OA 2XHBA 1EXQA 4BWJA 3SUQA 2PYLA 2HNYA 1Z26A 2XY8A 4KPYA 3KLIA 2ITGA 3G10A 3AVFA 4Z0UA 4CEEA 1A5WA 1U49A 2JGUA 4CCHA 1B92A 2IGIA 4NCAA 3NH0A 1NK8A 1U45A 1TGOA 4DQSA 2ZD1A 4OKJA 3PUFA 4AILC 1NKCA 4N5SA 2OPQA 4BACA 3AO5A 2B5JA 3QERA 1HYVA 4KHYA 2DTUA 3F73A 1TAQA 4HHTA 3OJUA 4Y1CA 3V81A 2GBZA 3LZJA 1SKWA 3DLBA 2DFFA 1BL3A 1ASVA 3OVNA 3RMDA 4CEAA 4CHOA 3OYHA 1NJYA 4O4GA 4DSKA 3OS0A 4B9LA 1EKEA 1R0AA 2HHUA 2HHVA 4KHSA 4HUEA 2P1JA 4E0DA 4PY5A 4CJEA 1VK0A 3VN5A 3V9WA 5HP1A 2OA8A 4FLUA 4FZZA 1B9FA 4J2BA 4CJVA 2B4JA 1C0UA 1X9MA 4NYFA 3NDKA 1XI1A 2BDPA 1DTQA 4DQIA 5CYMA 5FRNA 2KTQA 4PA1A 4M42A 1S1TA 4NYNA 1I39A 3DLGA 2XY6A 3OYJA 3AVBA 3VA3A 4DSJA 2DY4A 2Z1IA 4N41A 4CEFA 2Z1HA 1RBVA 2RN2A 1NK7A 1BI4B 4KKOA 4CJRA 1TAUA 4FJMA 3OS1A 3KIOA 3U3GA 4F4KA 3O4QA 3NFAA 4IFYA 4RW6A 4IBNA 1LWFA 2RF2A 1C1CA 3RMBA 1RT2A 3BGRA 4FJHA 3SQ2A 1CLQA 1FKOA 3HXMA 3KJVA 3SUPA 1HPZA 3MECA 4FCYA 1QSLA 4BDYA 3T19A 4DQQA 4DFJA 1C0MA 1NK9A 4NCBA 3HPHA 1MU2A 3QO9A 2E6MA 4LH4A 1CXUA 1S5JA 4ID5A 4UQGA 4H4MA 1HQUA 4CGIA 4CEBA 4N76A 4EZ9A 5C24A 2X74A 4DTUA 4CEQA 3QIPA 4CHNA 3HP6A 3TAMA 3NH2A 4CJ4A 1S1UA 5HRPA 4OPJA 1UA1A 1BIUA 4K8XA 3DRSA 3QNOA 4CF8A 3I0RA 3OJSA 2PY5A 4CF2A 4I9QA 1S6PA 4AHTA 2XO7A 4DTOA 3L2VA 5C42A 4C8NA 3HYFA 1RT5A 3SJJA 1SKRA 4FXDA 4G1QA 3ITHA 4DTJA 4O44A 1WNSA 2O4GA 4CFAA 2B6AA 2D5RA 4AHVA 3RR7A 4E7IA 5CY4A 2ATQA 4B8AB 1C1BA 3AA3A 3WNEA 3TAQA 2R7YA 4BE2A 1S1WA 1QSYA 2A1SA 4C8KA 3TI0A 2F8TA 4LSNA 3TAGA 4Z4IA 5KTQA 1LV5A 3ISNC 5KGWA 4CGHA 1CZ9A 1NJXA 3QNNA 3NF8A 3S9HA 2KFNA 2G8IA 3L8BA 1KVBA 2HW3A 4E7KA 3QLHA 2X6SA 1I3AA 4N47A 3TAFA 1UAXA 4CGGA 3ZSYA 3CFPA 4K8ZA 4EP5A 1YVUA 1VSIA 4ZTFA 4DMNA 4E1MA 3VQ5A 4OLAA 3EY1A 2P51A 1Z25A 1D8YA 1U47A 5D3GA 3PX4A 3VQ9A 1BQNA 1G15A 4H4OA 1HMVA 4Z4CA 3QESA 2HNZA 4Z4FA 3ZSOA 1JLBA 3TAPA 2G8UA 4M3WA 1S6QA 3LPTA 4H8KA 3KTQA 3G0ZA 1SL0A 4B9SA 4DS5A 5J2PA 3PX6A 2G8WA 3K5OA 3ZSRA 2FBXA 1JKHA 5CZ2A 4ZHRA 1KLMA 3THVA 4HTUA 4CHYA 4CESA 1J53A 4W5RA 4QCLA 1RT4A 3KK1A 4CFDA 4HUFA 4DTRA 3M8PA 4TSXA 1RDBA 4FJNA 3FFIA 4HCCA 3H08A 4KO0A 2G8VA 1Q9XA 1KRPA 4ZTJA 4FJXA 1X9SA 2X78A 4PQUA 3HPGA 4RW8A 2DFHA 3OY9A 3V9UA 3PO4A 4FZYA 1F21A 3VQAA 3HM9A 1XC9A 3ZCMA 2OZMA 3NHGA 3CM6A 3S3OA 3HL8A 4KI4A 4CGDA 4JLHA 3PX0A 4ELUA 3L3UA 4FW1A 4KTZA 1RDAA 5DMRA 1VSLA 3ZT0A 3IG1A 3V4IA 2FBYA 4OJRA 3DLRA 4CJUA 1U04A 3SQ1A 3KK2A 4E3SA 1JL1A 1VSJA 3V1OA 5FDLA 4AHCA 1NK0A 4DF4A 3B6PA 5J2NA 4YNQA 3NGIA 4HUGA 4E7JA 4B3OA 4OGEA 1REVA 1TKZA 4FLVA 2XY7A 3L2UA 4RW7A 1TL3A 4FJGA 1JXBA 2BGGA 3K5MA 1FXXA 3P83D 1HYSA 3RMAA 4CHQA 3AA4A 1RT6A 4C8LA 4DTMA 1D5AA 1WAJA 3D45A 2P5GA 1FK9A 3EYZA 1NJWA 3V9XA 2E4LA 3A2FA 4M3ZA 1BHLA 2F8SA 3ZSVA 4M3UA 4Y1DA 1S9GA 1RBSA 2HHWA 2G8HA 1S9EA 3VQ4A 1U48A 3WNFA 4ICLA 2QK9A 3U6FA 3DRPA 4JS5A 4FM0A 3OYCA 4JS4A 1RILA 4CGJA 3EZ5A 3DI6A 4RW9A 4FJJA 1NKBA 2BANA 4CJLA 1NOYA 4BE0A 4NCGA 1T05A 3ZSXA 4KRFA 4CJSA 3HSTB 3LPUA 1RNHA 3DM2A 2PYJA 1ZBHA 1NKEA 1KCFA 2GUIA 2AJQA 2A1RA 4CF1A 1TKTA 1VSDA 4F2RA 3QEWA 4L8RB 2IOCA 4F3OA 1TKXA 1WSGA 3C6UA 4RG8A 1TK5A 3DYAA 1EETA 3L2QA 4ID1A 4DF8A 4B9UA 1HJRA 1RTJA 1S1VA 3AO4A 3TARA 3CM5A 4DQRA 4DSLA 2KFZA 3KKRA 1ZYQA 2YNFA 1KVCA 4FM2A 5K14A 1L3VA 5KI6A 1ZBUA 3ZT1A 3VA0A 4DU4A 2D0CA 4GMJB 2G8KA 3HPOA 1VRTA 3RRGA 1RTIA 1D9DA 3C94A 4M3RA 4F8RA 1KFDA 4DFKA 4HCBA 1HNVA 1GOAA 4QAGA 4CJ5A 2RKIA 3LDSA 5HRRA 3CYMA 2ZQBA 4CJWA 3AVCA 3PO5A 2VG5A 5KRSA 4CJFA 4CF0A 4CJQA 4CJTA 5CZ1A 1SKSA 1UA0A 1WAFA 1RT1A 3KLHA 2KZZA 4OVLA 1ITGA 1W0HA 2YKMA 3CFOA 3MEGA 3ZT3A 1IKVA 4CK3A 4B9TA 4DQPA 3IAYA 3SCXA 1KTQA 2LSNA 3KLGA 2VWJA 2HHSA 3AVGA 2JLEA 1NK6A 4IFVA 5E41A 3OYGA 3AV9A 2EHGA 1WSEA 4CK2A 4DSFA 1NK5A 4DSIA 3LANA 3VQ7A 3K59A 4M3YA 2YNHA 3KKSA 1SL2A 1L5UA 4FJ8A 1RDCA 1SL1A 3O3HA 3NE6A 3HP9A 1TV6A 1EP4A 1IKWA 2Y1IA 4DS4A 5I42A 3HK2A 3NF6A 1FKPA 3HVTA 3LP0A 1CXQA 4LY7A 1QS4A 4BWMA 1VSKA 4B8CA 4CEOA 4DTNA 2VWKA 1Q9YA 3MXMA 4KTQA 4DFPA 1LAVA 2IS3A 3QEXA 4KHNA 1A5XA 2VG7A 3SPZA 1TVRA 3NF9A 3VQBA 5J2QA 4E89A 3OYNA 3NF7A 3O4NA 3KK3A 1JLEA 3M8SA 3MEDA 4DTPA 3ASMA 4FLWA 1ZBFA 2ETJA 2QKBA 4YFUA 3HO1A 1XHZA 4W5QA 3QEVA 2PZSA 3K57A 2OPPA 3TAEA 4RW4A 3PY8A 1T03A 4Z4HA 3HVRA 1J5OA 3ZSWA 4IKFA 1ZBIA 3LP1A 4FW2A 1RCHA 3V1QA 4AHUA 3UIQA 3SYZA 3VQ6A 3NAEA 5HLFA 1HNIA 4FJ5A 2FBTA 4DTSA 4LSLA 2D0BA 4B9NA 1B9DA 1JXEA 1K6YA 1ASWA 4M41A 2O4IA 3AVNA 4DSEA 4XIUA 2HMIA 4IG0A 3LZIA 2HNDA 4OGCA 3SNNA 1T7PA 4Z4GA 3D0PA 4FM1A 3AA5X 4FLXA 2Y1JA 1KFSA 1J54A 1N6QA 4W5NA 4PUOA 1IH7A 3V9SA 4B9VA 1JLCA 4JRQA 1DLOA 4CECA 1RT7A 3I0SA 4E19A 1BI4A 4J2DA 4KHUA 4KHWA 4CIEA 1JLAA 3T1AA 4CFBA 3V6DA 3AVJA 3QEPA 4CERA 2HHXA 2Z1JA 1BIZA 4KB0A 3KLFA 3I8DA 2HB5A 1EX4A 4IG3A 3SPYA 4B9MA 3DOLA 2GV9A 3ALYA 3AVMA 4CE9A 3SUNA 1RT3A 3NCIA 3VQ8A 1SV5A 1NK4A 3LAMA 3F9KA 1C1AA 1NOZA 3K5NA 3TWHA 2YHBA 3C95A 3DMJA 1YTUA 3NH1A 4B08A 1QHTA 3JSMA 4FVMA 3RWUA 2ZE2A 4CIGA 2I5JA 4C8OA 1YT3A 4E7HA 4FJ9A 3CFRA 3ZT2A 4CJKA 2IC3A 4AHRA 4J2EA 5HRSA 1JL2A 1LW2A 1XWLA 2IDOA 5FRMA 1LW0A 4FJKA 4CHZA 3CG7A 3LP3A 4BDPA 1J9AA 1XHXA 4CK1A 3E01A 1RTHA 2FC0A 3PV8A 2YHAA 1A5VA 4DFMA 4KV8A 1QQCA 3CQ8A 1D9FA 3C6TA 4OPKA 3OYLA 2KQ2A 3MEEA 3OYKA 3WNHA 4ELTA 3AVIA 4CEZA 3L3VA 3KD5E 2HHTA 1WN7A 1BQMA 3VQCA 4DLEA 2FBVA 2Q3SA 3IS9A 4FJ7A 2WONA 2OZSA 1Q8IA 5DK5A 4FK0A 3ZT4A 1WSFA 2W42A 3T3FA 1JLGA 3M8QA 4FLZA 3AO2A 1NJZA 4Z4EA 3AVHA 1KVAA 4QOZB 3MXIA 1GOBA 4Q5VA 3L2WA 2D0AA 3SV4A 4FK2A 4M3XA 4CF9A 3OYEA 3B6OA 4OKKA 3P1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QKKA 3IKMA 5M1OA 1JLQA 2NUBA 4DV2K 2O8BA 3H6EA 1ZBLA 2V52B 3QBWA 3U9ZA 5HRNA 1VRUA 3K58A 1T3VA 3ZEUB 1DTTA 2E1ZA 4CVNE 2QXLA 1K9MO 3D2FB 3VQEA 3LM9A 4LD0A 4PWDA 3F9MA 2VQFK 1VQPN 3QEIA 3UKUA 2V7ZA 4GKKK 2XRIA 3V9ZA 4DU1A 3SUOA 4NXNK 1C6VA 1MWKA 3ZX2A 4RCHA 5SWMA 2VGMA 1VSEA 4M3TA 3HJFA 5EU7A 2VYPA 4DCHA 3VPZA 3VGLA 3OHRA 1X1PA 4DWIA 3MAQA 1EO1A 3VQDA 3RRHA 1HQEA 3HT3A 2OYQA 5C25A 1IG9A 3E1YA 4K42A 3QETA 3J80O 3NBPA 3RMCA 4BRCA 4W5OA 3VGKA 5H1SQ 4E1NA 4BE1A 1WSHA 2VG6A 4JKAA 4FLTA 4CIFA 4I6MB 3ENBA 4NO7A 4HVJA 5IWAK 3THWB 1U6ZA 4MLEA 5LMNK 3QINA 4KFBA 3OTOK 4Y0WA 2HHHK 3CCEN 1QQOA 2G8FA 4AH9A 1T6CA 3THYB 1Z05A 1YIJN 4DV3K 4C1NI 3O3GA 1KD1O 1YAGA 1L3SA 4FLYA 3P5JA 3BY5A 1DT9A 1O13A 3B8AX 3SUQA 2ITGA 2GUPA 3G10A 4OO1J 3D2EB 4A62A 4JV5K 1U49A 2GWJA 2JGUA 4H0TB 1RFQA 3NH0A 1U45A 4DQSA 1NKCA 3TU5A 4IO9L 2A5XA 4BACA 2Q2RA 3QERA 2FSJA 3HOSA 3OJUA 4Y1CA 3V81A 3CJ1A 3EE8A 1SKWA 4BQLA 1BL3A 4CBUA 4CHOA 4O4GA 4CJEA 4BRDA 4CD1A 1X9MA 4NYFA 2KTQA 5BPMA 4JKBA 2O8EA 3DLGA 2XY6A 4DSJA 2DY4A 3G6EN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QKK A;  3IKM A;  5M1O A;  1JLQ A;  2NUB A;  4DV2 K;  2O8B A;  3H6E A;  1ZBL A;  2V52 B;  3QBW A;  3U9Z A;  5HRN A;  1VRU A;  3K58 A;  1T3V A;  3ZEU B;  1DTT A;  2E1Z A;  4CVN E;  2QXL A;  1K9M O;  3D2F B;  3VQE A;  3LM9 A;  4LD0 A;  4PWD A;  3F9M A;  2VQF K;  1VQP N;  3QEI A;  3UKU A;  2V7Z A;  4GKK K;  2XRI A;  3V9Z A;  4DU1 A;  3SUO A;  4NXN K;  1C6V A;  1MWK A;  3ZX2 A;  4RCH A;  5SWM A;  2VGM A;  1VSE A;  4M3T A;  3HJF A;  5EU7 A;  2VYP A;  4DCH A;  3VPZ A;  3VGL A;  3OHR A;  1X1P A;  4DWI A;  3MAQ A;  1EO1 A;  3VQD A;  3RRH A;  1HQE A;  3HT3 A;  2OYQ A;  5C25 A;  1IG9 A;  3E1Y A;  4K42 A;  3QET A;  3J80 O;  3NBP A;  3RMC A;  4BRC A;  4W5O A;  3VGK A;  5H1S Q;  4E1N A;  4BE1 A;  1WSH A;  2VG6 A;  4JKA A;  4FLT A;  4CIF A;  4I6M B;  3ENB A;  4NO7 A;  4HVJ A;  5IWA K;  3THW B;  1U6Z A;  4MLE A;  5LMN K;  3QIN A;  4KFB A;  3OTO K;  4Y0W A;  2HHH K;  3CCE N;  1QQO A;  2G8F A;  4AH9 A;  1T6C A;  3THY B;  1Z05 A;  1YIJ N;  4DV3 K;  4C1N I;  3O3G A;  1KD1 O;  1YAG A;  1L3S A;  4FLY A;  3P5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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