3AO5A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
135
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 135
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao5A00
3T1AA 4CFCA 4Q0BA 2FBXA 3G10A 4B9LA 2QKBA 3AO3A 4CEOA 4DTXA 1QQCA 2FBTA 4I2QA 4EP4A 1XC9A 4OJRA 3QO9A 2XO7A 1RBTA 4B9TA 3IG1A 3KLIA 3M8QA 2KZZA 3ZSWA 4FJ9A 3LWLA 4XIUA 3AVCA 5KGWA 1ZBHA 1U4BA 4E0DA 3P83D 3VQ5A 4DFPA 3MEDA 4HVJA 2OZMA 4J2AA 4CHYA 1TKDA 3KLFA 1IO2A 3TARA 4L8RB 4KHNA 2F96A 1VSMA 2VG5A 2Z1HA 3MECA 3QINA 4MFBA 4CHZA 4CCHA 5HBMA 1XI1A 3K57A 4Y1CA 4BDYA 4OPKA 3SUQA 4Y1DA 1WSHA 2P51A 2B4JA 1RNHA 3CM6A 1TKXA 4GVMA 4I2PA 4AILC 4DFJA 3DLBA 2HVIA 3MXMA 4DG1A 5J1EA 3HP9A 3CFPA 2R7YA 4M3WA 1VSHA 4N56A 4F3OA 1T8EA 3U3GA 4J2EA 4B9UA 3T3FA 4CF9A 1LAVA 4B9MA 1NK7A 3ALYA 5HROA 2QXFA 1Y97A 4DLGA 1VK0A 1LWEA 2Z1GA 2RKIA 3L2RA 4E1MA 4C8NA 2G8FA 1XWLA 4OLAA 1TGOA 3ZSYA 2XY6A 1IG9A 4CGIA 1S9GA 4M41A 1JL2A 4W5QA 1TKTA 4FJKA 2HW3A 4ICLA 4CJKA 1D9FA 4C8LA 3TAQA 2DFEA 3VQ7A 4FLXA 1TKZA 1QSSA 1QSYA 3HSTB 3C94A 4FLTA 4M3RA 1WLJA 1RTDA 1W9HA 4NYFA 4JS5A 4IG3A 4ZHRA 4NCGA 4C8KA 3BDPA 3EYZA 1C0UA 4FW2A 4E1NA 3VQ4A 3TAEA 4FJXA 3AO2A 3DLEA 1D8YA 4FJLA 3IS9A 2W42A 3NE6A 3AVJA 1HNVA 3QNNA 4CK2A 5J2QA 2B5JA 2RN2A 3QERA 3RMDA 3ISNC 3KKRA 4CEFA 2HVHA 5JS1A 2O4GA 2X6SA 4FLUA 1SUQA 3KKSA 5JS2A 4CIGA 4W5RA 4FJ7A 1U49A 3HJFA 2YKMA 4CJUA 4FLYA 4N76A 3RR7A 3AVGA 3AVAA 3C95A 4G1QA 1C0MA 5CYQA 1QS4A 1U04A 4OKJA 4AHTA 4DQRA 4DQQA 3OYDA 1WSEA 1VSJA 4O55A 1YTAA 1GOCA 1JLGA 4HCCA 1RBRA 4J2DA 4ID1A 3SNNA 1U48A 1KLNA 4E89A 3RRHA 2Y1IA 1XHXA 4CEEA 3NHGA 2G8VA 3ZSOA 1T05A 3SZ2A 1IKYA 1RDBA 4QCLA 1HYSA 4CEAA 4NYNA 4DSJA 4KTZA 4DTOA 3VA3A 3TAPA 1BL3A 1IKVA 4CGGA 5FRMA 1DLOA 4FW1A 1I39A 4FJNA 4CGDA 2BDPA 2JGUA 1TK0A 1C0TA 4Z4CA 4QOZB 1C1AA 1VSFA 3S3OA 3S9HA 4CERA 4M42A 2D5RA 2KFZA 1X9WA 3ZSVA 3JSMA 4B9SA 5C24A 2IOCA 5FROA 1YTUA 1BIUA 1A5WA 2HHUA 1HQUA 4DU1A 1XHZA 3TABA 3H08A 4DFMA 1VSEA 4HUEA 3QEPA 1Q9XA 3RRGA 3O4QA 3LP2A 2EX3A 1ZBFA 4DFKA 4JRPA 3LDSA 4E7JA 1LV5A 4KPYA 2I5JA 4RW9A 3CQ8A 3M8SA 1U47A 3A2FA 3UIQA 4KTQA 4CECA 4FK2A 3I0RA 3AV9A 3LP0A 2YNGA 4CJ4A 3I0SA 2JLEA 3V1RA 3NAEA 1QE1A 1WSGA 3AVNA 2IGIA 4CGHA 4CJEA 1WSFA 2ZD1A 3OYGA 3RMBA 1ZBLA 2GV9A 3PY8A 4PA1A 4CHNA 3PX0A 5HRNA 1B9FA 3SI6A 3G0ZA 3KD1E 1FKPA 2E6LA 2VWKA 3M8PA 4LSNA 3ZT4A 1NOYA 3PO5A 2G8IA 5K14A 3WNHA 1IH7A 4K8ZA 1QHTA 5J2MA 2ITGA 3OYAA 1CLQA 3LP3A 3CM5A 3DI6A 3NH1A 3L2VA 1JLBA 3HXMA 3KLHA 1VRUA 3QEIA 3KD5E 1L3SA 3TAMA 4K8XA 4NCBA 1NK5A 3AVKA 4ZTFA 1DTQA 1HQEA 1KVCA 1RDDA 3QIOA 3QESA 1NKEA 3VQ8A 4RW7A 3L2UA 1RDAA 3LALA 4DU3A 2HHXA 3ZSXA 4HUGA 1RTIA 1JKHA 2D0AA 4B08A 4TSXA 2YV0X 1SKWA 3K2PA 3ZT0A 1DTTA 4IG0A 2X6NA 1S6PA 3DRPA 1N5YA 2OPSA 4LH4A 1JXBA 1RT3A 3ULDA 4DF8A 3NBPA 1CXUA 1SL2A 4B9NA 2F8SA 4FJGA 3MXIA 3NDKA 1B92A 3V9ZA 4FK0A 3AO5A 4OLBA 3OYIA 4KO0A 4W5TA 4CGJA 1LAWA 3NFAA 4ELUA 4IBNA 3SPYA 4CFDA 3O3HA 3IAYA 4BACA 1Z25A 3TAGA 1EKEA 2EHGA 2FBYA 4LSLA 1UA1A 1NJWA 1VSKA 1HRHA 3CFRA 4DMNA 2DY4A 3EY1A 5I42A 2OPRA 4OKEA 4DLEA 3DLHA 1WSIA 4FM2A 4DS4A 4FJHA 4NCAA 3NGIA 4DSLA 1RT2A 1TAQA 1R0AA 3L3UA 1IKXA 4OKKA 3DLGA 4CJLA 3SUOA 4FK4A 3NCIA 4LH5A 4DQPA 3NF6A 5SZTA 1ITGA 1EX4A 2X78A 3RMCA 4O0JA 3B6OA 1RCHA 5I3UA 1NJZA 3AVIA 4IKFA 1KFSA 1WAJA 4CF2A 4KHSA 5E41A 3CFOA 3NH0A 2KQ2A 1NKBA 3I8DA 3NF9A 4KKOA 4DTJA 1T7PA 3KK1A 2YKNA 2GUIA 1D9DA 2IC3A 4JRQA 4HTUA 3V9XA 4EZ6A 2OZSA 4CF8A 5T7BA 3SQ2A 1SV5A 3PX6A 4HUFA 1W0HA 3AVHA 3MAQA 1TAUA 1G15A 3K5OA 3DMJA 1A5VA 1KTQA 4CIFA 2Z1IA 4N5SA 4CFBA 5CYMA 1X9SA 4RW4A 2PYJA 2ZE2A 3AVLA 3DYAA 4I9LA 4OGCA 4DTRA 4GMJB 3C6UA 1JL1A 1BHLA 1Q8IA 4CJRA 3QEXA 4BWMA 3CG7A 4WE1A 3TANA 1T03A 2OPQA 1L3TA 4EZ9A 3AA4A 3THVA 4YFUA 3F73A 4CHQA 3VA0A 4DTNA 4DU4A 3QEVA 4H4OA 3PV8A 4O44A 2P1JA 5HLFA 3SV3A 1ASWA 5DMRA 4CE9A 3M8RA 4IFYA 4AHSA 4CEDA 1KRPA 2FBVA 4C8OA 4HCBA 2BE2A 1KLMA 3LAMA 1D5AA 1TV6A 5KRSA 4LD0A 4CJPA 3OS1A 3OYEA 1HYVA 2YNIA 3VQBA 3U3YA 1RBVA 2YHAA 4ZTJA 4CESA 4Z4IA 3AO4A 4CJSA 3OYJA 1S1XA 3TR8A 1VRTA 4DTMA 4J2BA 2IAJA 4M3XA 4CJ3A 3V4IA 3KLGA 1N6QA 1FK9A 3VQEA 2OYQA 2O4IA 3ZT3A 3KK2A 1SL0A 1SKRA 3OS0A 1BGXT 3V6DA 2LSNA 3HL8A 4FZYA 5C25A 4M45A 4B9VA 2RPIA 3LZIA 3P1GA 2WOMA 2HHWA 3OVNA 3KJVA 3FFIA 3PUFA 4R5PA 4DTPA 3PX4A 2HHSA 1QSLA 4CEBA 3HP6A 4DSIA 2Q3SA 4F8RA 1BI4A 2BGGA 1HNIA 4CF1A 3EZ5A 4KHWA 2HHVA 4KREA 3ZSZA 3OY9A 1NK4A 4OGEA 1O1WA 1S1TA 2XRIA 5J2NA 3HPGA 4CHPA 1S5JA 3SCXA 1ASVA 3DOKA 4FCYA 3SUPA 1SL1A 1ASUA 1KFDA 1BQMA 3WNFA 4M3ZA 1LW2A 4FJ8A 4FJIA 2G8WA 4OVLA 5KI6A 3SJJA 2PY5A 4DSKA 4F3TA 1JLAA 4Z4EA 3SQ0A 3WNEA 3DRSA 2B6AA 1JLFA 3QNOA 3QETA 1RT1A 1S1UA 1RT7A 1EP4A 4O4GA 1HJRA 4UQGA 1GOAA 3DM2A 3LPUA 1JLQA 3L3VA 4E7HA 2IDOA 5DK5A 2HNDA 3K58A 2Z1JA 1UWBA 3L8BA 2KTQA 2E4LA 5KTQA 3DLRA 3RMAA 2HHTA 1HYZA 2D0BA 2XY5A 2QKKA 4KB0A 4PWDA 2P5GA 1TL3A 1KSPA 1Q9YA 4Z0UA 1J53A 1NJYA 1NJXA 1CZ9A 2XY7A 1REVA 4O5BA 3VQ6A 2RF2A 4W5NA 4FM0A 2KW4A 1UA0A 4AHUA 5CZ1A 4BDZA 4CIEA 4KI4A 4DSEA 4CJ5A 4H4MA 3AVBA 5KGXA 1NK9A 1RTHA 4DSFA 3V9SA 4KHYA 3RR8A 3WNGA 3L2QA 5J2PA 1FKOA 2GBZA 3SQ1A 2VWJA 1NOZA 3OYNA 1NKCA 2XHBA 1J54A 4BDPA 1RT5A 4F2RA 2PYLA 1RBUA 1JLEA 1MU2A 4IDKA 1SKSA 3K5MA 3HT3A 3OYFA 1QTMA 3CYMA 2WONA 3S3MA 3K5LA 4B3OA 2XY8A 3HVTA 5HRSA 2YNFA 4C8MA 3DLKA 3MEGA 2DTUA 4E7LA 1TK5A 3D45A 4M3UA 1WN7A 3V1OA 2ETJA 2F8TA 3NF8A 3NGYA 2ATQA 1F21A 3HPOA 3D0PA 4BWJA 3KIOA 3HPHA 3VN5A 3LWMA 3HO1A 4EP5A 3VQAA 4FZZA 2BANA 1S1WA 3OS2A 3SQ4A 1BI4B 4LY7A 3P5JA 1TK8A 2G8HA 4CFAA 3K59A 2OPPA 4KI6A 4KHUA 3OYLA 1L3VA 2YHBA 5CY4A 4KFBA 3VQ9A 1X1PA 1ZBUA 4I7FA 1YVUA 3V9WA 4CJVA 1VSDA 2VG6A 3ZCMA 1I3AA 3B6PA 4FLVA 2HB5A 3QIPA 1S6QA 5HP1A 4FZXC 1UAXA 1J5OA 1BIZA 4M3TA 3MXJA 1YT3A 3NGZA 2G8KA 4KHQA 1KVAA 4JLHA 3VQPA 3ZT2A 3OYMA 3AVMA 4CHOA 3ZT1A 3OJSA 3AA2A 3ASMA 3AA3A 4OPJA 4PY5A 1WAFA 3C6TA 3TI0A 2IS3A 4H8KA 3KLEA 4CJTA 1IKWA 1J9AA 2D0CA 4AH9A 3ZSQA 3NF7A 3V9UA 3PO4A 3BGRA 2KZMA 2DFFA 2FC0A 3ZSRA 1WNSA 4FLWA 4FJMA 1LWFA 1A5XA 4CEQA 4JS4A 1Z26A 1RTJA 4CK3A 1BQNA 4ELTA 4F4KA 3AA5X 4CJWA 4Z4GA 4KV8A 2A1RA 4DWIA 3E01A 5CZ2A 4ID5A 4BE1A 4KRFA 1RT6A 1UOCA 1NK6A 4PUOA 3V1QA 2X74A 4FYDA 1JLCA 4M3YA 2HNYA 5SWMA 4E3SA 3K5NA 1RILA 3HYFA 5HRRA 1C1BA 1B9DA 3LANA 5FDLA 1VSIA 3VQDA 4AHCA 4CK1A 5HRPA 4DQIA 1ZBIA 4RG8A 4HHTA 3KTQA 2AJQA 4DTUA 4E7IA 3TWHA 4GW6A 5D3GA 4FLZA 3QEWA 1C6VA 3TAFA 3O3GA 1RBSA 3AO1A 1K6YA 1TVRA 5EU7A 4CEZA 3LAKA 3RWUA 1S9EA 2HHQA 2YNHA 1C1CA 4CGFA 1GOBA 4DF4A 3OYBA 3DOLA 3OJUA 1L3UA 2VG7A 1BISA 2ZQBA 3OYKA 4CF0A 4E7KA 4ELVA 4DQSA 1X9MA 2QK9A 4KTWA 4B8CA 1JXEA 1VSLA 3AVFA 5C42A 1BCMA 2A1SA 3OYHA 4FXDA 4AHVA 4BE0A 4RW8A 4AHRA 3HM9A 4CJFA 1L5UA 1BCOA 4KB1A 3DRRA 3JYTA 1NK0A 5KRTA 2E6MA 3VQCA 4FM1A 3LPTA 4KAZA 3LZJA 1LW0A 1KVBA 4MQ3A 1TL1A 2G8UA 3SPZA 3HVRA 3U6FA 3V81A 4N41A 1WSJA 1ZYQA 2OA8A 4FJJA 3O4NA 1EXQA 3QLHA 4YNQA 3ITHA 4PQUA 1FXXA 1U45A 3LP1A 4Z4FA 1HPZA 3L2WA 4F2SA 4FJ5A 2PZSA 3SYZA 4CJQA 4E19A 4N47A 4O0IA 4B8AB 3HK2A 1HMVA 2KFNA 1CXQA 3OYCA 1LWCA 3MEEA 3T19A 2HNZA 4IFVA 1RT4A 3SV4A 3F9KA 1NK8A 1EETA 2HMIA 4FVMA 1KCFA 3O3FA 3VQQA 3IRXA 2Y1JA 3KK3A 4DS5A 1RDCA 2P5OA 2DFHA 4BE2A 1S1VA 4RW6A 3S3NA 4I9QA 3NH2A 4QAGA 1CZBA 4Z4HA 3SUNA 4W5OA 5FRNA 4Q5VA 3RTVA 2NUBA 4DTSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGFA 1KC8O 2QKBA 4B9LA 3AO3A 3AGKA 4CEOA 2ZM6K 2FBTA 1XC9A 3KLIA 3SJHA 3LWLA 4XIUA 3AVCA 4JI7K 1U4BA 5ADXH 3L4IA 1NMNA 3ATVA 3ZX3A 4M7XA 3KLFA 1OH8A 3K57A 5LJWA 3SUQA 4Y1DA 4KH5A 5KPTA 2P51A 2B4JA 2F9TA 3CM6A 1TKXA 2IVOA 4GVMA 4I2PA 4DFJA 4CD3A 2R7YA 1T8EA 1HJOA 4B9UA 4CF9A 4AM7A 3G4SN 2FSKA 3L2RA 4E1MA 4C8NA 2G8FA 4WCEL 4JKEA 1TKTA 4ICLA 4C8LA 3HM8A 4FOIA 3VQ7A 4FLXA 1TKZA 1QSSA 1QSYA 4FLTA 4M3RA 3MX2A 4JS5A 4IG3A 3THYB 3VQ4A 4FJXA 5BPMA 1E4GT 4QS9A 1VHXA 4GNIA 3QBWA 3QNNA 4CK2A 2B5JA 1BA1A 2HVHA 4MLEA 4CEFA 5JS1A 1MDUB 2X6SA 3KKSA 4W5RA 4UY8O 3HJFA 3JXUA 4FLYA 3RR7A 3AVAA 3KK7A 5CYQA 3GL1A 4XEIA 4DQQA 1QVFM 4B1WB 1JLGA 1QQNA 3FZKA 4J2DA 1KAZA 3NHGA 1IKYA 4H5NA 1HKBA 5AQGA 3BF1A 4H0OA 3VA3A 4IWVA 4O8KA 2UUAK 5FRMA 2UXCK 4FJNA 4GV3A 1C0TA 4Z4CA 3ZYYX 3BY5A 4QOZB 2DPNA 4M42A 3S9HA 2KFZA 1DT9A 3KZBA 2UUCK 4B9SA 5FROA 4H0YB 1GLAG 2IIRA 2HBKA 1OH6A 4JKGA 3H08A 1Q9XA 3RRGA 3L6QA 3J7YP 2A41A 1LV5A 3LDSA 2I5JA 4RW9A 3CQ8A 3M8SA 1U47A 3EL2A 4CECA 3I0RA 5M1FA 4IO9L 1BA0A 2P9SB 2YNGA 4BRCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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