3APGA

Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
AKFPKNFMFGYSWSGFQFEMGLPGSEVESDWWVWVHDKENIASGLVSGDLPENGPAYWHLYKQDHDIAEKLGMDCIRGGIEWARIFPKPTFDVKVDVEKDEEGNIISVDVPESTIKELEKIANMEALEHYRKIYSDWKERGKTFILNLYHWPLPLWIHDPIAVRKLGPDRAPAGWLDEKTVVEFVKFAAFVAYHLDDLVDMWSTMNEPNVVYNQGYINLRSGFPPGYLSFEAAEKAKFNLIQAHIGAYDAIKEYSEKSVGVIYAFAWHDPLAEEYKDEVEEIRKKDYEFVTILHSKGKLDWIGVNYYSRLVYGAKDGHLVPLPGYGFMSERGGFAKSGRPASDFGWEMYPEGLENLLKYLNNAYELPMIITENGMADAADRYRPHYLVSHLKAVYNAMKEGADVRGYLHWSLTDNYEWAQGFRMRFGLVYVDFETKKRYLRPSALVFREIATQKEIPEELAHLADLKFVTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 184
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3apgA00
3M7SA 1CGWA 5HDRA 5GNZA 2V3DA 1GQKA 2J75A 2UY2A 1VBUA 3AMLA 3GH5A 1CGUA 1XSIA 2Y4SA 4MNKA 1BQCA 1QHPA 1H3GA 1UZ1A 4AD4A 1TR1A 1H0IA 4BZYA 4UR9A 3AS2A 2XSAA 4U5IA 4H04A 4MB4A 3EDJA 1DHKA 1E70M 1EQPA 3ZIZA 3KEHA 1E0XA 5DMYA 3WH7A 1UQZA 2QPSA 2ZUTA 2CBVA 5IHSA 2WMHA 2DSZA 4A4AA 1UD4A 2ZX5A 5IXEA 1S46A 4LPCA 1UR9A 4AW7A 1E73M 1JDCA 1QHOA 3VIMA 4ACZB 3BXWA 3VMNA 4ZE5A 4DM1A 2ZOXA 4WSJA 5A69A 4W87A 2WKGA 1K9EA 3ARXA 4OZOA 3ZSTA 1E72M 2VCCA 3OBAA 1CPUA 4QLKA 5D9PA 2WC3A 3VTRA 1CGVA 3WMCA 1F4HA 5CSYA 4OUEA 3VIGA 4F79A 1LJYA 5GNYA 5TD4A 2D3LA 1E15A 3WY1A 3AMCA 4Z2IA 1TA3B 3SCSA 3TTQA 5M17A 5LA2A 2D23A 5HPOA 4AY1A 1B3YA 4M82A 2GUYA 1SMDA 1UH4A 3BAXA 4BS0A 4DWSD 4LYQA 1MXDA 1FH9A 1OINA 3HN3A 2O92A 1EH9A 1V6XA 4XX6A 3QR3A 2ZXDA 1KBBA 3K8MA 1QBAA 1J11A 2XVLA 5ABFB 4S3JA 3RJXA 1LWJA 1NARA 1A47A 3RMEA 1ISVA 2JEQA 1XSJA 4TTGA 1W1PA 2WLYA 2OSWA 1WDPA 2FHBA 4DUVA 3ALGA 4FMVA 4MJ4A 2JALA 5DT7A 3THCA 1OGBA 4GZJA 1H49A 1W9BM 2DSWA 1WPCA 1ZBCA 2E9LA 4HTYA 1B1YA 2VX4A 3AXIA 3OA5A 3SCRA 5I6SA 2BY3A 3W81A 3BCFA 4CVUA 3VDBA 3CZKA 5A8NA 4BQ3A 1CLVA 1XD0A 4UFLA 5FCZA 2D3NA 1J0YA 1HKIA 3MUY1 1HKKA 3RM8A 2OWXA 1BYCA 4W7UA 3GBEA 4CD4A 2FGZA 3VMPA 4CN1A 1KWGA 2VTFA 3N17A 2QF8A 1XV8A 4M24A 2C0HA 3W6LA 3T0BA 4MPKA 5BCAA 5BRPA 1US3A 1QVBA 5A6BD 2CESA 1ZL1A 1G1YA 1K9DA 3AXHA 3VINA 4D6HA 2OLHA 1Q6CA 1TVPA 1MWOA 3WNMA 1JZ5A 5AY7A 1P6WA 4FLSA 1V3IA 4WKFA 4D1JA 1UWQA 3J7HA 4LXFA 3AIVA 4XZWA 3CZLA 1PJ9A 3WDRA 3WMSA 5DEZA 1EGZA 3VX1A 2VZTA 1ZU8A 1UHVA 3AHVA 4D6IA 3MMWA 1DWFM 4JL2A 1NOWA 2D0FA 2VZUA 4HA3A 1B3WA 3MV11 2EXOA 2EPLX 3AHXA 3AHYA 4F8XA 3VM5A 4D71A 1ZS2A 1E43A 4A3HA 4PMOA 1E6XM 1U30A 4E8DA 3A6OA 2WMIA 1E71M 1VEPA 3DYOA 4H41A 1MYRA 3IAPA 3WH6A 1BVZA 1HVXA 4JFTA 1FHLA 1FP9A 2E8ZA 3WNLA 1BGAA 1OGSA 4BQ5A 1UZ4A 1TZ7A 3KL5A 2DIEA 3DHUA 1VIWA 3AMGA 1U33A 3L2MA 2W61A 2ZE0A 2VCAA 3RM9A 4MNMA 1NWSA 1E4MM 2CETA 1EDTA 4ZFMA 1QI3A 1UWRA 1E5NA 4M80A 4U2YA 3WD3A 2VZVA 3AIWA 1JI1A 5CPSA 5GNXA 3TTOA 4IUGA 3WNNA 3ZJKA 4F9DA 3OLIA 4UQAA 2YDRA 1BG4A 1QI4A 1QNQA 3TP4A 3WF0A 2WAGA 3VKKA 3NYDA 1W32A 2EBNA 1UA7A 4DWSA 2NT0A 2ZXBA 2XVGA 2WBKA 1HL8A 4PMQA 3O2LA 3GXDA 3EYPA 4HOWA 2WHMA 2X2YA 3PBGA 4MB3A 2J77A 4U33A 4ATWA 2DT1A 1SMAA 4GQQA 4HOXA 4L4PA 1GPFA 1G01A 1KGUA 5HOSA 1JZ4A 1UOKA 1A3HA 3VIOA 2GSJA 1MFUA 4CD8A 3EMCA 5GPRA 1CDGA 2V38A 1E3ZA 4PMRA 1PBGA 2WVTA 4C7GA 5ABEA 4W86A 2OSXA 4IISA 2CHOA 2E9MA 1ISYA 1Q4NX 4D6DA 2AMGA 4C7FA 5CJ5A 4AD0A 2BY0A 1JF5A 2PWFA 2RGLA 2IUZA 4KH2A 3GYCA 4U2ZA 4AD1A 4AZCA 2XYLA 5FIPA 3ZJ8A 4D6JA 1X6NA 4ZXOA 1KXVA 2W92A 3MUIA 3WUGA 4NI3A 1JGIA 3WFLA 4UFMA 1JAEA 4PRWA 5EFDA 2ZUNA 5F7UA 3ARPA 4Y7EA 2V3GA 4ACYA 3EBVA 2XPKA 3MS8A 2BS9A 4UCFA 3FXYA 1HXJA 4H2CA 4X9YA 1KCKA 4U5KA 2WMFA 4LYPA 5EMYA 3T08A 1AVAA 5E6YA 2J8GA 1KGWA 5JIPA 2QHAA 2BVDA 1XYZA 1MQRA 2VRJA 3VDCA 1GUVA 4UQCA 1KQZA 2D22A 5C8BB 2V5DA 3NSXA 3MANA 3U7BA 1R8LA 1XHGA 2NT1A 4MAZA 1DTUA 3ARZA 3SUUA 3PHAA 1CTNA 1NP0A 5JBFA 1F4AA 4IM4A 4EAMA 2G4FA 1PX8A 1UR1A 5E0CA 5A6SA 4GO9A 1OGGA 3K8KA 1E0WA 5IFPA 1E4IA 3DYPA 3ZOAA 4GO8A 3IJ8A 3AYRA 3AZRA 1QOXA 2O9OA 4JKKA 3SUSA 2YBUA 2J7EA 2E8YA 4GI6A 6CGTA 1FFQA 5LA0A 1LF1A 2D0HA 4V2XA 3UG3A 1GOMA 1UG6A 3GNRA 2Y24A 5FL0A 4PCSA 4HPGA 3VU2A 1UR0A 2VX5A 4MB1A 2J7BA 3WQVA 1JXKA 2YOCA 1K6AA 4PBGA 1VEMA 1E3XA 3WD4A 4X0NA 1GORA 3CMJA 3WKZA 4W5ZA 3AIEA 4M29A 4U31A 3WH5A 1E40A 1E0VA 1QBBA 6A3HA 2CBUA 2X1IA 2W4XA 5I5RA 1HJQA 5M5DA 5FKYA 4QLJA 2EO7A 1JNEA 2YA1A 1JIBA 5C70A 1XRVA 1Z32X 1B2YA 1QNOA 2W67A 1JFXA 3SUTA 2WK2A 3CHCA 1VBRA 1E9LA 1G9HA 3L4YA 3BLKA 1CXLA 3OLDA 1UKQA 3VIFA 4S3KA 3SCPA 1ZBWA 2AAAA 3AI0A 3POCA 4GZEA 2Z1SA 3VNZA 3GXMA 3GM8A 3MUAA 3M07A 2GVYA 2FHFA 2UY4A 2XGIA 1DEDA 3EMQA 4MADA 4HU0A 3WDHA 1V02E 3W26A 1HN1A 3L4XA 3E1F1 2MANA 1UWUA 1UKPA 3KWXA 4UQBA 1MW1A 4HZ8A 1ITXA 4GINA 1E4LA 1G5AA 1GZJA 5ECUA 5E6ZA 4CU7A 3DC0A 2ZX7A 4WKHA 1G0CA 1GJWA 3N18A 4RE4A 2G41A 1BGGA 4CU8A 4JCMA 3A4WA 4J28A 2XWDA 1NOUA 4PUEA 3TONA 1WCGA 3K8LA 3N1AA 1CZ1A 2BY1A 5A6JA 2E9BA 3GDBA 1WP6A 1MVYA 3BSGA 2VC9A 3WUBA 3IAQA 4UQ9A 1WKYA 2WW5A 2E40A 4CN4A 1C3FA 2F61A 2GJPA 5I79A 2OWCA 3I3DA 1DWJM 2XVKA 3WDJA 3FW6A 3T0DA 4W5UA 5I77A 3SCQA 2A3HA 4UFJA 1VEOA 1G94A 5I78A 3CO4A 1ESWA 5A8MA 2WMIB 1WZKA 4KGLA 4W93A 4PTWA 3F4VA 3T2QA 2E0PA 5A2CA 3QGVA 4HP5A 1UKTA 4JHZA 2QPUA 4PUDA 3WDPP 4Z2JA 1LWHA 1FH7A 2YJQA 3K4AA 2WKLA 4NZCA 3AFBA 3DHPA 2BVYA 1LG2A 2YA0A 1ISZA 4FLQA 2PWHA 3WUFA 4UOJA 3CZJA 1GOQA 4PSPA 4QFUA 1TFVA 1CBGA 4IPNB 2VOTA 5AC4A 4AZ7A 3ARVA 4XV0A 2J8FA 3PZ9A 1GOKA 2A3BA 2NSXA 4B15A 3CLWA 1UD3A 4PMNA 4DWSB 3ALFA 3UG4A 1EDQA 2VX7A 2ZX6A 1E6RA 2GJXA 3CHFA 2W91A 3VGGA 2WLZA 1B9ZA 1XGZA 2WVUA 3CH9A 4Z2GA 1GOIA 3AQUA 2DQXA 2BNJA 1JYVA 1VFUA 3QHMA 3IK2A 2ESCA 1VB9A 5HPCA 3TTYA 3ZO9A 1M7XA 4WIWA 3WEZA 3ZT7A 3EDEA 4D6GA 2XM1A 1ECEA 2J7HA 4JIEA 1V3JA 4TX6A 4JFVA 3TTSA 1AQMA 2XWEA 3K1DA 4ML4A 1C7TA 3WQ6A 1BHGA 3U57A 1QNSA 3AZTA 3THDA 1AMYA 3VD4A 2WM0A 1NH6A 4U3AA 4HZ6A 3IANA 5E70A 3CUGA 3MUZ1 3U5UA 1NOFA 2OWWA 4TVDA 1XCXA 4W7VA 3B8SA 2CEQA 1E5JA 5CPQA 2YL6A 4AZCB 2BHYA 2PC8A 3SCNA 1H1NA 3D3AA 2PBGA 1IZKA 1SR0A 3AJ7A 3WN6A 1CXHA 4WLCA 4AWEA 2G3NA 1US2A 4H7VA 2O9PA 4ZXLA 3RIKA 2ZX8A 1V6YA 1V08A 3SUWA 4HA4A 2ZWYA 4V27A 3VDAA 3KZSA 4P8UA 1JG9A 1VAHA 3BAYA 5FOOA 3FAWA 1QHZA 1QI2A 2WMKA 1MXGA 1YQ2A 4P7QA 3ZT6A 4JFSA 1CGXA 1PPIA 1DWAM 5M03A 3BAIA 2YKKA 3II1A 1KBKA 4JHOA 2G3JA 1V0LA 1JYWA 3CIVA 1GVYA 4BCEA 5JIWA 1R86A 3WF1A 3W24A 2DEPA 2WC4A 2HISA 3FAXA 1W9VA 2WZIA 5A3HA 2WCGA 2VCBA 1E55A 3PZTA 1JYXA 3ARWA 2D24A 3F5LA 2VRQA 4MDPA 3RILA 2RGMA 2XUCA 2XTKA 4AMCA 1E56A 1AQ0A 2YDQA 5DT5A 3WNKA 5E9AA 2ZWZA 1EDGA 3G6MA 4HMDA 3PZGA 4OOUA 4URIA 3T09A 3UERA 1W1TA 3PTQA 1JZ6A 3FHAA 4AXNA 1B30A 1L0PA 4W85A 4FLOA 5A8OA 2GDUA 4GXPA 2DSUA 5I2UA 4AIUA 2XSBA 2QMKA 8A3HA 1H11A 3VDHA 1EA9C 1UD8A 2VRKA 2G8ZA 3LMYA 1EHNA 1CIUA 2YLLA 4M8UA 1WZMA 2GK1A 3ARSA 1WDQA 2ZXAA 2DH3A 2G3MA 1OBAA 3CBWA 4GZIA 1C8XA 1BTCA 2XFYA 1W1YA 3ZMRA 3OGRA 1EIBA 1FA2A 3AMDA 1OT1A 3PZQA 4QDMA 3N15A 2JIWA 4CUCA 3L4TA 3VGHA 3VGDA 4HPHA 4AEFA 1QW9A 2JIEA 4AIOA 1KR0A 3CUIA 1WZAA 1HJSA 4JAWA 3VVGA 3UETA 1E6ZA 2WBGA 3LPOA 1CXEA 1GVIA 5AYBA 1GOWA 5D9MA 2EPKX 3AIQA 1IZJA 1WO2A 3QHNA 2J7FA 2VR4A 2C8NA 3VPLA 1EOKA 3KE0A 3KL0A 1RH9A 2W62A 3GXFA 3T2PA 4YPJA 1UQYA 1KR1A 2VURA 4PYSA 4MNJA 4W7WA 3U5YA 2X0HA 3WDQA 2QV4A 4NRSA 3FY1A 4LX4A 4AZGA 4E4PA 4D6FA 2Z1KA 1EHAA 4LGXA 4ATLA 1XD1A 1EO7A 1V6WA 1JZ8A 3UCQA 2XFRA 4Z2HA 2JFEX 3BMWA 2PI6A 2X05A 1KCLA 1OB0A 2BHZA 3CZ8A 2CYGA 1TUXA 1BF2A 1I1XA 1UR8A 4A3YA 5A95A 5D9OA 2WHLA 1WAWA 2IXVA 1FP8A 5JUVA 4YHEA 1C7SA 2XM2A 3WH8A 5A6LA 4WSKA 1VRXA 7A3HA 1XH0A 3WELA 2VZOA 4TTUA 2WYSA 2ZX9A 4AC1X 2Q8XA 2JE8A 2QMJA 2J78A 1V3LA 5E09A 2NW0A 2Y8VA 4P8VA 3LPPA 3VIIA 2YBTA 5BXSA 4AD3A 1BYAA 3HJEA 3VIKA 1W91A 2J7DA 3ARQA 2ZICA 2WZEA 7TAAA 3W37A 1I75A 4W8AA 3SCWA 1D7FA 3U7VA 2CBIA 3AIUA 3N12A 4N0RA 4CN6A 1E6SM 4J3WA 1TG7A 2EQDA 2X09A 2BXYA 3WD1A 5A6AA 3NIYA 1BFNA 2Y8KA 3ECQA 3GZAA 1X1NA 4MAVA 2PBOA 4QP0A 5AC5A 2DH2A 3CHDA 2CBJA 5CZKA 3OG2A 2EJ1A 5A6MA 3NCOA 4EE9A 4CU6A 1TMQA 2CIPA 2DT2A 3SCTA 2D20A 2W5FA 1B31A 1FH8A 1FHDA 1PIFA 2GJXB 4MTVA 4GI8A 5CLTA 4W8BA 1M04A 4PMDA 3OGVA 1XSKA 4PMUA 2FDMA 3UESA 3MMDA 2WXDM 2DT0A 1IV8A 3NDZA 1HKJA 3PZVA 3UR7A 4J3XA 5CSUA 2YL9A 2VZSA 4BA0A 3FHQA 4P7NA 1ZBKA 5CG0A 3GNPA 1XC6A 2FGLA 1E6QM 4QCFA 3HMCA 1UH2A 3WSUA 4D1IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M7S A;  1CGW A;  5HDR A;  5GNZ A;  2V3D A;  1GQK A;  2J75 A;  2UY2 A;  1VBU A;  3AML A;  3GH5 A;  1CGU A;  1XSI A;  2Y4S A;  4MNK A;  1BQC A;  1QHP A;  1H3G A;  1UZ1 A;  4AD4 A;  1TR1 A;  1H0I A;  4BZY A;  4UR9 A;  3AS2 A;  2XSA A;  4U5I A;  4H04 A;  4MB4 A;  3EDJ A;  1DHK A;  1E70 M;  1EQP A;  3ZIZ A;  3KEH A;  1E0X A;  5DMY A;  3WH7 A;  1UQZ A;  2QPS A;  2ZUT A;  2CBV A;  5IHS A;  2WMH A;  2DSZ A;  4A4A A;  1UD4 A;  2ZX5 A;  5IXE A;  1S46 A;  4LPC A;  1UR9 A;  4AW7 A;  1E73 M;  1JDC A;  1QHO A;  3VIM A;  4ACZ B;  3BXW A;  3VMN A;  4ZE5 A;  4DM1 A;  2ZOX A;  4WSJ A;  5A69 A;  4W87 A;  2WKG A;  1K9E A;  3ARX A;  4OZO A;  3ZST A;  1E72 M;  2VCC A;  3OBA A;  1CPU A;  4QLK A;  5D9P A;  2WC3 A;  3VTR A;  1CGV A;  3WMC A;  1F4H A;  5CSY A;  4OUE A;  3VIG A;  4F79 A;  1LJY A;  5GNY A;  5TD4 A;  2D3L A;  1E15 A;  3WY1 A;  3AMC A;  4Z2I A;  1TA3 B;  3SCS A;  3TTQ A;  5M17 A;  5LA2 A;  2D23 A;  5HPO A;  4AY1 A;  1B3Y A;  4M82 A;  2GUY A;  1SMD A;  1UH4 A;  3BAX A;  4BS0 A;  4DWS D;  4LYQ A;  1MXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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