3AUJ | Genus

Total Genus 231

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	231
sequence length	552
structure length	552
Chain Sequence	MRSKRFEALAKRPVNQDGFVKEWIEEGFIAMESPNDPKPSIKIVNGAVTELDGKPVSDFDLIDHFIARYGINLNRAEEVMAMDSVKLANMLCDPNVKRSEIVPLTTAMTPAKIVEVVSHMNVVEMMMAMQKMRARRTPSQQAHVTNVKDNPVQIAADAAEGAWRGFDEQETTVAVARYAPFNAIALLVGSQVGRPGVLTQCSLEEATELKLGMLGHTCYAETISVYGTEPVFTDGDDTPWSKGFLASSYASRGLKMRFTSGSGSEVQMGYAEGKSMLYLEARCIYITKAAGVQGLQNGSVSCIGVPSAVPSGIRAVLAENLICSSLDLECASSNDQTFTHSDMRRTARLLMQFLPGTDFISSGYSAVPNYDNMFAGSNEDAEDFDDYNVIQRDLKVDGGLRPVREEDVIAIRNKAARALQAVFAGMGLPPITDEEVEAATYAHGSKDMPERNIVEDIKFAQEIINKNRNGLEVVKALAQGGFTDVAQDMLNIQKAKLTGDYLHTSAIIVGDGQVLSAVNDVNDYAGPATGYRLQGERWEEIKNIPGALDPNE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Diol dehydrase alpha subunit
publication title	Redesign of coenzyme B(12) dependent diol dehydratase to be resistant to the mechanism-based inactivation by glycerol and act on longer chain 1,2-diols pubmed doi rcsb
source organism	Klebsiella oxytoca
total genus	231
structure length	552
sequence length	552
chains with identical sequence	L
ec nomenclature	ec 4.2.1.28: Propanediol dehydratase.
pdb deposition date	2011-02-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02286	Dehydratase_LU	Dehydratase large subunit

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.350	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Diol/glycerol dehydratase, large subunit	3aujA00

1UC5A 1EGMA 1EEXA 1UC4A 1DIOA 3AUJA 1IWPA 1IWBA 1MMFA 1EGVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1HKIA 5J5DA 5MKGB 5FSDC 2PE4A 4J9JA 4C6OA 2IKJA 2QPUA 3OQ8A 1B5TA 5E5CA 4DVOA 1M6JA 1NOWA 1XLIA 1JD9A 1Y5VA 4E8CA 5CEWA 1BXBA 4KERA 1TJPA 3GFZA 4AZCA 1UKQA 3W7NA 3EKGA 1GGOA 2EG7A 1TRIA 5BYWA 3HU7A 4PN2A 3L4TA 1EDGA 2FPVA 4J3XA 2XSXA 3PWGA 1ZQ5A 1XWYA 3VMPA 4JTEA 3M47A 4WDTA 3BLOA 3M0LA 4LH8A 4ZVJA 1A5LC 3T78A 3USZA 2W0UA 4JCLA 3EX2A 3LHYA 4HP5A 4TO8A 2QUVA 1F05A 5CPTA 2VC9A 5F2GA 1EPXA 1OHLA 1NIUA 4MY1A 3SRDA 2DVUA 4A3HA 3PF3A 1DL3A 2XYLA 4FF7A 2JF7A 4AD4A 1XIGA 4WXYA 2HS8A 4RJEA 1XW8A 2HVMA 3GD6A 1V03A 3M41A 4O53A 3DIPA 3BPWA 5AYBA 1G01A 3TN4A 3ZWSA 3EAUA 3N29A 4C1NA 3PAOA 3PZOA 3LZ5A 3WQFA 2HQAA 3A5FA 4OBSA 2B7PA 4GXPA 4X0NA 3VGBA 2WZTA 3AHZA 2CITA 4CQAA 3ARQA 1PJ9A 2D2GA 1QW7A 1SW7A 3U57A 4QS5A 3OBAA 1A5KC 3AHXA 3HPXA 4EK7A 5JXQA 4S39A 5AN7A 1KFCA 2RDUA 4L9XA 4J27A 3N25A 2Z28A 3IPWA 1H7RA 4J2MA 3PY2A 2EG8A 4OTKA 2PTDA 4KEMA 3B8VA 2JBMA 3WD2A 1HJVA 4AHPA 1MW1A 2HMCA 3ARXA 6PTDA 1U5HA 5I78A 1MFVA 1U1JA 4IQLA 1LBFA 3N34A 1Q65A 2XIMA 4OT7A 2OYMA 4MNKA 5TAOA 2YL9A 3WUFA 1BF6A 4KH2A 3VMOA 1XQLA 4UFIA 2BOEX 2FGBA 3VD4A 4ADUA 4BCEA 1FH7A 2Q71A 1H62A 4D8LA 3N13A 4IG2A 1W1TA 4IMEA 5HNNA 3RFAA 2V69A 4QCFA 4A22A 1PZ2A 3CHFA 1WDPA 4J4KA 4GIRA 3TX9A 2ZA2A 2PDGA 3P62A 1OQFA 3A24A 1VHNA 3SUVA 4Y8EA 1EFZA 3UWVA 1VYRA 3W81A 4ZO6A 4HU8A 1QNQA 1UHVA 2D2HA 2ACQA 2I16A 3DEQA 3WNPA 3NVDA 1XLFA 4NSBA 2I5GA 4GY1A 4ZTXA 1X6UA 1DJYA 2JE8A 2WJEA 2X1RA 3VDCA 2XUCA 3O8AA 1HW6A 3V75A 3W1LA 3MWCA 5E9XA 1O5QA 2D73A 5HPOA 2RKXA 3F5KA 3SY8A 4C7GA 3V5OA 5SWUA 2DZSA 1KKOA 4MPKA 5H1WA 1QRQA 1DHPA 1W9PA 2ZX7A 4JGDA 3RLGA 3L23A 2ZKMX 1LRNA 3MBDA 1M7OA 1YXYA 1EOKA 4BZYA 3GDBA 4O16A 5D05A 4J3SA 2Z26A 2QCFA 3N2XA 5LNRA 2WMIA 1XGZA 1GPFA 3B97A 5HDRA 3M5XA 1XIBA 2DGAA 4U31A 3OVQA 2V8ZA 5TNVA 4MY8A 1UD8A 1VFHA 3FA4A 1S5WA 5DANA 4REQB 1SZFA 2HTMA 1YTDA 5G1YA 4C6BA 2GGGA 3AAMA 3QMRA 2HPIA 3K4DA 1JCTA 4CNUA 1E55A 3KVLA 4QR6A 2GQ9A 4I9JA 4FO4A 3K2GA 4F40A 2NV9A 3W1MA 1NP2A 1IT0A 1LORA 3N2OA 1TQJA 4CN6A 1IIGA 4LCSA 4UMAA 4FF5A 4LVFA 1SFTA 1Q6CA 3II1A 4CQ9A 4LUTB 1RSCA 3OYXA 1V79A 3AXMA 3LHWA 4IMCA 4DY1A 1KGUA 3UY7A 3VUPA 1HGWA 1VRXA 3FEMA 5C0QA 4BWLC 3VOGA 2WLYA 4GLEA 3HFYA 3WDHA 1VD6A 3E3HA 2DUXA 1ZCOA 1GVFA 1KRBC 2J25A 1WKYA 1QNPA 3W2MA 5A94A 4NX0A 4FPSA 2GDUA 1W6TA 4DWDA 1UIOA 1KM4A 3NYDA 3CWNA 3TOPA 2HNEA 2EPHA 1VENA 4YHGA 3F4CA 7PTDA 3VM7A 4FXJA 9CGTA 3QV9A 3XISA 3ARYA 1VZWA 2PMQA 2F84A 4LS1A 3W73A 5D9NA 2DV0A 4XV0A 2X1UA 1EJSC 2IKGA 5EA9A 3NL3A 4HN4A 2NX9A 1ISZA 1MUWA 3GNRA 1JRBA 3SUUA 1TUFA 1K8CA 3WQ6A 5CJ5A 2YCEA 2VCBA 3RN6A 2JKEA 1GOXA 5D2TA 5AYIA 1X7IA 5K7JA 1G1YA 1ITCA 3C3UA 1F6KA 2VD9A 4Y9PA 3TFXA 4FNUA 2LLEA 3RF9A 2QEZA 1S39A 4PSRA 1P0BA 4AMCA 2CU0A 3S2NA 1UWIA 2G97A 1LT7A 3FDKA 2Q02A 1A5BA 1G4EA 3H4XA 2V3GA 4LALA 1DJNA 1NOFA 3A6OA 1W1ZA 3TJ4A 3NWRA 5M2FX 2ZZ1A 5CBJA 4H6QA 3QR3A 3KRBA 1Q85A 3F7JA 1FFRA 2XGIA 3VOCA 4TVCA 2ALDA 1FFQA 4D2JA 3R0UA 1ZS2A 4O1EA 1OX5A 3ZLHA 1YNQA 3RIKA 3FSTA 1VRDA 2YDRA 2DORA 1K8ZA 1SVDA 1JPHA 3W1XA 1GG0A 5E0FA 4QJ4B 2PDNA 4XD4A 4O11A 2ISWA 4JIEA 1W5QA 2BXZA 1WX0A 2YA1A 3KAOA 3URNA 4W7VA 3IIPA 4MWAA 5I3DA 4K68A 2EAWA 3FAXA 3G1YA 3U7VA 1CB2A 1MXGA 2V5JA 3ZT6A 2I17A 3B0PA 3AIWA 1OT1A 2VELA 4KRTA 3LV5A 2V3FA 4I9MA 5HWJA 3PM6A 2DT0A 5F2LA 2YCLA 4BA0A 1QNOA 1D8CA 2WPBA 5CJMA 4HKPA 1XRFA 3VE7A 1G94A 3ABZA 1DJQA 1PX8A 4ZB5A 1PIIA 3MUY1 2ANUA 3L4XA 3PUEA 3WUBA 1GHSA 1IIHA 4IP7A 3GXIA 4KEVA 3RMEA 1JGMA 3HGJA 3W6MA 2HBXA 1JZ7A 2R14A 1E1FA 3HQNA 3V5CA 2HK1A 1E9YB 1R47A 4S3KA 1CGTA 1H0IA 1WKFA 3WEZA 1K8YA 3MY9A 4B3ZA 1C7TA 2GJNA 4HSOA 3WLJA 3OA3A 4NU7A 3EXSA 5LNUA 3H4WA 3T0AA 3UR5A 3FN9A 1HO4A 4OJYA 4PMOA 4DJDC 4PULA 2FZMA 1XCXA 1XYAA 3PJUA 3RO6A 3N3MA 4E3VA 3LY0A 1R46A 2YW3A 5FJTA 4PEEA 4TVDA 1EHNA 4GK8A 3R1ZA 1SU5A 2BBFA 2EKCA 2VNCA 2ZA3A 3MSDA 4ZXLA 3VNIA 4JIPA 2FB3A 3ZSSA 4RNFA 5DQPA 3PUDA 1U30A 3URQA 3U48A 4GE8A 1O94A 4IJRA 4Y2WA 1EX5A 3GHSA 3LMZA 1W1IE 2J62A 3QGAC 4GVFA 3UXAA 2IQTA 4PTXA 3APTA 1XD1A 3USBA 1UIPA 2E1WA 2QS8A 4W88A 4R85A 1PTGA 4IIEA 3GX9A 2AKZA 1HQTA 2WC4A 3W2JA 2VFDA 3VM5A 4WZHA 1E6PA 3B4UA 4K7YA 2X0YA 5A6LA 2ZX9A 3GK0A 4W85A 4DI9A 1OYBA 4RCXA 1KM0A 3NSXA 3EOSA 3AROA 3CUJA 1FVPA 4FOUA 3JU2A 1HVXA 4WHBA 1A3HA 2C1GA 3RM9A 3WEMA 3VAVA 3VA8A 1QOPA 2OKTA 3BAXA 3C2VA 1JI2A 4DO6A 1S2UA 2ZZ6A 1DIOA 2ISDA 1QNRA 4TOQA 3W7DA 5LNWA 3BW2A 4MM1A 4UR7A 2Z1SA 4O1FA 4L5ZA 4JBRA 1LROA 2RUSA 3UYIA 2QAFA 4HMCA 1EQPA 4QM1A 1FHDA 2V82A 3HB9A 3WLNA 1F6PA 3DUGA 3W7PA 2J8TA 3BMVA 3KLLA 2Y5EA 3DI0A 4RPPA 2ZUMA 5A8GA 2EHHA 1PX4A 1IEQA 1J79A 4R27A 3C2EA 1S5TA 3LLDA 3QPYA 2ZUWA 1NDZA 4DIAA 4Z2LA 4Y9NA 1RBAA 3G0XA 1ICPA 4ZOAA 4Q8TA 2WNWA 2ZE3A 2CLOA 4PRRA 1QFEA 4ZXOA 2WVUA 3WF0A 3GAKA 3U0HA 2OYKA 1IXNA 3GQYA 2X1IA 4J5NA 4PTWA 3EPNA 1IE7C 3AS0A 3SR7A 2EO7A 1PIFA 1VPYA 1Z41A 1X1NA 4R9XA 4C6CA 3QGVA 2OZTA 3MBFA 4F0RA 4UTUA 1Z6KA 1TPEA 1EL3A 2FHCA 3W82A 5D8WA 4C91A 2WMKA 4AH7A 4HJWA 2DZPA 3NDYA 1G69A 3DC8A 2HISA 2Z4GA 1UQZA 2BNJA 2J8FA 1E6NA 1FXPA 5IFPA 2PDJA 4ZQPA 4FP1A 3BSMA 3TK7A 4B9YA 1MNZA 1AD4A 4DUOA 1YLVA 4JPGA 1LBMA 5C9UA 3SRFA 4JTGA 3WDRA 5T8GA 4HB7A 3GNPA 2I5IA 1E1EA 3KHDA 4LTSA 3OBEA 2PBGA 2WNZA 4YMZA 3WH7A 3CBWA 3VCNA 1UC4A 1SFJA 1GVEA 3LCLA 3WJSA 2GSEA 3PFMA 3MCNA 3CIVA 3IIXA 3ME3A 1XXXA 3QMTA 4UB9A 1IEXA 3GAYA 3GBEA 4FOJA 1B1YA 2GJLA 2OXNA 3WUGA 5BRQA 3UU0A 2PDHA 4YNGA 2VEFA 2KX9A 4X61A 1MQPA 4ML9A 4HHLA 3S9IA 3AMKA 1EXBA 4EAMA 5I3KA 3TJLA 1H4PA 1W0MA 3WFZA 3JZEA 1DWJM 5BRPA 3WLKX 1A5CA 3P80A 2NVAA 1TPB1 5CH9A 1JDEA 1HGYA 1EH9A 1OCJA 4K6AA 2HXTA 3PZMA 4JEQA 1PYMA 1HIZA 4DJDD 1C29A 4IIFA 4PCTA 2V2DA 3EDKA 3KL5A 1BQGA 2XFYA 3CASA 4E4PA 3WDPP 2YXXA 1V3LA 2XVPA 1AK5A 4UFHA 2TAAA 4S3EA 1K1DA 1QMLA 5HQLA 2QGHA 3WNMA 3MMWA 1FP8A 4NF7A 4AEEA 4I5RA 5EL1A 2ZVRA 4WQ6A 3E0LA 3BARA 1EC8A 4J2PA 1W1YA 1T96A 3CTTA 3CQKA 1OFBA 1XSKA 1FWIC 4N9BA 4MUZA 2AL2B 4YWSA 1L8PA 3WLLA 4LUJA 1ZJIA 2YKKA 3GR4A 4MZ1A 2Q6ZA 3BLPX 1E51A 4HJFA 2DH2A 3TIMA 2F61A 1WZLA 3NYZA 1TPUA 4JTHA 1JAEA 2VXNA 1K7XA 3NPVA 2QXWA 1W2VA 4WRHA 3HV9A 1SZEA 1PHQA 1EXPA 1FP9A 3H7RA 3MV11 3DN5A 1V3MA 3FS2A 1UBPC 3LZ3A 2QCNA 2JFEX 1J11A 4XSLA 3DENA 2G3FA 5CGMA 5HJLA 2WZHA 3TDFA 1XDMA 3UZXA 3GTFA 2QUNA 5HJXA 4WSKA 3L5LA 4GQRA 2PDMA 3NL5A 3IARA 3PZQA 1Z48A 2FMNA 4DWSC 3NIYA 4O19A 1TIWA 3RITA 3W70A 4QDMA 4LRTA 4S3FA 2QW5A 4QIUA 3GC4A 3HQPA 3GC5A 2CYGA 4IL0A 2WO5A 3UZZA 2QF7A 2XVLA 2DZVA 3GG0A 2G37A 4FX7A 5I00A 1HP4A 2CW6A 2Z27A 5I06A 2X09A 3NUKA 2F6UA 4Z0SA 4C6DA 4XIMA 1EB3A 4PYSA 3EWYA 2X1SA 3Q2DA 1JUBA 1W8SA 2NSXA 4LVAA 1TZZA 3QYSA 1W9UA 4HT3A 4L1WA 3WF1A 2YXOA 1RK6A 1WXJA 1WPCA 3CO4A 3KTSA 2F8QA 3MCMA 1P43A 4FNQA 4TQTA 4JD4A 4F8XA 2GSJA 4E2BA 2OG9A 3LGEA 4G7EA 1NTHA 3VIOA 4JDBA 1DJZA 3BAKA 3CK5A 5IM51 4IFOA 3CB8A 4DEFA 5DX7A 1OK4A 2I9EA 5JH1A 4C6IA 2RDTA 2Z1XA 4GIYA 3EA2A 3AU2A 4NKCA 3DFPA 2GYIA 3MP4A 4TX6A 1ISYA 1F3TA 2QJNA 2FZNA 1PAMA 1G4TA 3KX6A 3PAJA 3CYJA 4DBSA 5C2XA 3OVGA 4O0QA 2WCSA 5T26A 4WSHA 1G9HA 3GB6A 2ZUNA 4TMBA 4W93A 3PJXA 4EE9A 4CD7A 1KD0A 4LUSA 2EPLX 3CV6A 4L6DA 4YN5A 4JY9A 4HMNA 4ERIA 3KBVA 3R13A 3IGUA 4DPQA 3LOTA 3T8LA 1ZUAX 2PDIA 3ARZA 2WMHA 2POZA 3S5ZA 4OECA 3GXDA 4NX5A 3VIPA 1QBAA 1WOBA 4KETA 1YYAA 4ERAA 3AQUA 4OOUA 4MVAA 4KW2A 1MEHA 4IGNA 3T4CA 1H2JA 1ODZA 2DFAA 3OHMB 1CEOA 3N19B 2WHKA 3KL3A 3ZR6A 1MO0A 2RGMA 1UMYA 3DFYA 4OQVA 5H6HA 4GNVA 3W85A 1BHGA 3KE0A 4HYVA 1CIUA 1R3QA 4NI8A 4WSJA 2E7FA 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1UC5A 1EGMA 1EEXA 1UC4A 1DIOA 3AUJA 1IWPA 1IWBA 1MMFA 1EGVA
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 2Z0I A;  4JTU A;  1KFE A;  4QDW A;  4UR8 A;  1YPX A;  1V0L A;  4F0M A;  3M0V A;  1TJ2 A;  1XYL A;  2V30 A;  4UR9 A;  3WO8 A;  4A3Q A;  1YQ2 A;  4A21 A;  1JPK A;  3WUE A;  3QR0 A;  4AAJ A;  1M5W A;  1IF2 A;  3RRX A;  4W4Q A;  2J9X A;  3QGK C;  4G2D A;  1GQI A;  1UR2 A;  4RZ5 A;  2WJD A;  2VWS A;  3PTD A;  3IJ7 A;  4JTL A;  2J6V A;  3PK7 A;  4AZ6 A;  1EPV A;  1BYC A;  2ZXD A;  3E2R A;  3G1V A;  5E0K A;  1XDL A;  1C90 A;  5K9X A;  3SEP A;  3UWZ A;  1LOQ A;  4KIR A;  2VTF A;  3HTW A;  1KM5 A;  3QZ6 A;  1DVJ A;  1BKS A;  4Q33 A;  3N1A A;  3H12 A;  5HIN A;  5C54 A;  3RO8 A;  1J0H A;  3RPD A;  1IXO A;  1H61 A;  3DGR A;  1EKO A;  3F03 K;  3WN6 A;  3LYE A;  5CZ0 A;  3SGZ A;  4IXH A;  1JXK A;  4JQ2 A;  3H23 A;  3UF9 A;  3NZG A;  1DE6 A;  1OC7 A;  1MI3 A;  5GPR A;  2E28 A;  3G3D A;  2VOM A;  3GR8 A;  1WDS A;  1FWE C;  1ITU A;  1QHO A;  3DFN A;  1WUE A;  2E6Y A;  3ARW A;  3VD7 A;  1SQ7 A;  4QG8 A;  5K4X A;  3AJ7 A;  3HBL A;  5GJM A;  4GIE A;  5G2H A;  2Y6Z A;  2NX3 A;  3W7O A;  3B8D A;  2DZB A;  3A4X A;  3G1H A;  5T9C E;  4O10 A;  4EP8 C;  3WL0 A;  5LA0 A;  1VR6 A;  4H8H A;  1SO6 A;  3NPX A;  4OKD A;  3SUT A;  4H83 A;  4AIU A;  3UZ5 A;  1YEY A;  3QVQ A;  4UCG A;  3CHE A;  3FJL A;  1FKX A;  5EKY A;  2O7Q A;  1LM1 A;  1CLV A;  1R2T A;  2XGZ A;  4HK6 A;  1KWK A;  4JNZ A;  1WKE A;  2D1Z A;  2R94 A;  5BRB A;  1BYB A;  2WVT A;  3W74 A;  1Q4W A;  3S1G A;  3E2S A;  1K8X A;  4EWN D;  5CCZ A;  4IXX A;  4I7U A;  5IXE A;  2DSZ A;  4GIA A;  2X8R A;  5HR7 A;  1VKF A;  1VCV A;  2CC0 A;  2XFR A;  3OEX A;  2ODO A;  3YPI A;  3OB8 A;  3RLH A;  3SW6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1UC5 A;  1EGM A;  1EEX A;  1UC4 A;  1DIO A;  3AUJ A;  1IWP A;  1IWB A;  1MMF A;  1EGV A;

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similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)

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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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3AUJA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations