3AVIA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aviA00
4CIEA 3VQDA 3SV3A 3HP9A 3JYTA 3VA0A 4M41A 4FW2A 3QINA 3PX4A 2DTUA 2A1RA 2QKKA 1JL1A 2BGGA 4CJRA 4FVMA 2JGUA 2G8HA 1XHXA 1JLAA 4C8KA 4HCBA 2OZSA 4ICLA 3O3FA 4UQGA 1WAFA 5J2PA 4M3ZA 3DLEA 3MXMA 4FK4A 1Z25A 4O4GA 1XHZA 1RT6A 1S5JA 4AHTA 2OYQA 4E19A 4E7JA 1GOAA 2YNGA 1RDAA 1RDBA 2E6LA 3H08A 1WN7A 4N76A 3ITHA 2X78A 2KQ2A 4IG0A 5FROA 3NH1A 4DLEA 4DTJA 4KHNA 1RT1A 1CXQA 4Y1DA 2YV0X 3AVCA 3NH0A 4DTOA 3K58A 1BI4B 3OYAA 1ZYQA 3QLHA 4ZTFA 1CLQA 4OLAA 3HJFA 2YHAA 3KKRA 1JLEA 4JS5A 3AO1A 3P1GA 3VQCA 4CJEA 3KK2A 5FRNA 1T8EA 2OPPA 4CGIA 3L8BA 4QCLA 5HRRA 5EU7A 4KHWA 1YTUA 3CG7A 3KK3A 4E3SA 1IG9A 1YTAA 3DRRA 1U4BA 3AVNA 5HLFA 1GOBA 4F3TA 3SUQA 3ZSVA 4CEDA 4DF8A 3TAGA 4J2EA 4KPYA 4FJ9A 4HHTA 3AA3A 4IFYA 4CGDA 4JS4A 2HHUA 1RTDA 2VG5A 4CJPA 1QQCA 1K6YA 1SL1A 2QKBA 3WNFA 4CJTA 3OYEA 3OJUA 1X1PA 1TAQA 4W5RA 3MXJA 3VQBA 3KKSA 3HT3A 4E7IA 3BDPA 3SUPA 1S1VA 5KRTA 5KRSA 1NKCA 3ZT0A 1NK6A 3V4IA 3AVAA 3ZSZA 3MXIA 4FLUA 2VG7A 4CESA 3SPYA 1W9HA 4RG8A 3C95A 4JLHA 2KFZA 1NJZA 4XIUA 2EHGA 4OKEA 2IAJA 4HTUA 4LD0A 1RBVA 2DFEA 1JXEA 5JS1A 3F73A 3TABA 4M3RA 3DLGA 1HNVA 1FK9A 1S1TA 4KTZA 4CJVA 1WSFA 4HUEA 1HJRA 3RRHA 5FRMA 2Z1IA 2XY5A 2KZMA 3EZ5A 3SQ0A 4RW6A 1VSKA 2XY7A 3G10A 1B92A 1JXBA 4ID1A 1X9SA 4DF4A 1U47A 1VSJA 4FLTA 3K57A 3M8SA 4CIGA 3OS2A 2HW3A 1VSIA 1KFDA 4B9UA 4M42A 4DFPA 3NF7A 1HYZA 4HUGA 4CE9A 4FM1A 3VQEA 3OYDA 4DTMA 1LV5A 5JS2A 2KFNA 1Y97A 3AO3A 2IGIA 3AVIA 5KI6A 4CERA 4FJMA 4B3OA 1BL3A 4O5BA 3TANA 3WNEA 4AH9A 1S1UA 1D9FA 1RTJA 4CEOA 4FCYA 3RRGA 3L3UA 4KFBA 1IH7A 4KV8A 4AHUA 4YNQA 5I42A 4FJ7A 1KVBA 3JSMA 4DQQA 3QEXA 1IKVA 2IS3A 4E7HA 3EY1A 3V9XA 2ZD1A 3PY8A 3V1QA 1A5WA 1NOZA 4E1MA 3BGRA 4CK1A 1UA0A 1DTTA 3ZSXA 3SNNA 4CFBA 4OVLA 2B4JA 4QAGA 3KJVA 3QNOA 5J2MA 3SI6A 3K5OA 3OS0A 1S6PA 3CM5A 4CJ3A 3WNHA 1WLJA 3RMCA 4CHYA 4F2RA 3B6OA 3NF8A 4IFVA 4LH4A 4CF0A 3LDSA 3I8DA 3SQ4A 1TK0A 4L8RB 1REVA 1BCMA 1L3VA 1JLCA 4CF9A 1J5OA 1QSLA 4B8CA 4CHOA 3NE6A 2HHSA 3PUFA 3K2PA 3AVBA 5CY4A 3ZT3A 5SZTA 3IS9A 4O0IA 4DQPA 2Z1GA 3AVKA 3ISNC 1C0UA 3NH2A 3OYHA 4BWJA 1VSEA 2P5OA 3TR8A 4BE1A 4ZHRA 1HPZA 3MECA 1WAJA 3L2RA 1RT5A 2GUIA 4B9SA 1N5YA 1VSMA 4B9VA 2HMIA 4KTQA 3DLKA 3V1OA 1X9MA 2F8SA 3SJJA 3VQ4A 4W5OA 1KVCA 4KO0A 4I7FA 3I0RA 4DLGA 4DSIA 4Z4FA 4CJ5A 3AVHA 4BDPA 5T7BA 4Q0BA 4C8NA 4ID5A 3U3YA 3V1RA 1NK8A 2OA8A 4Y1CA 1BHLA 3AA4A 3CFRA 1I3AA 1RT3A 3TWHA 3V9WA 3LANA 4NCGA 4B08A 4FLZA 4DU4A 4DTNA 3NGIA 4DTUA 1SKSA 4RW9A 2G8IA 1NKBA 4FYDA 3FFIA 4Z4HA 1U04A 3I0SA 4CGHA 5HP1A 2P1JA 1B9DA 1WSGA 2ZQBA 3PO4A 4FXDA 4NCBA 1RILA 3AVLA 3ZSYA 4CGFA 3OYCA 3QESA 4FJJA 4FLWA 3K5LA 4CF1A 3DLHA 4M45A 2RN2A 1HNIA 2WONA 4CF2A 3ZSWA 1ASVA 1WNSA 3OYKA 3SCXA 3M8PA 2YNFA 1Q8IA 1HQUA 3VQAA 1Q9XA 4OLBA 2Y1JA 3AO5A 1D5AA 1TKXA 4J2DA 4FZXC 3AV9A 3QEWA 1NJYA 4CCHA 1D8YA 5HRPA 4BDYA 4CHZA 4FJGA 2FBTA 5D3GA 2O4IA 1BQMA 4LH5A 3AO4A 5CYMA 2KW4A 1LWFA 1J9AA 1O1WA 2FBVA 3ZT1A 3AVGA 3VA3A 2ITGA 1WSJA 4FW1A 2HNZA 1SL0A 5C24A 1KSPA 1J53A 4RW7A 4O0JA 2XHBA 4DU3A 3TAQA 1U45A 1FKPA 1KRPA 1JLFA 3CFPA 4DMNA 4FJKA 4LSNA 2HVHA 2RPIA 1VRTA 3HL8A 5K14A 2A1SA 3DOLA 4BE0A 4DS5A 4PWDA 4FLVA 1IKWA 2LSNA 1ZBUA 3OYIA 2D5RA 4EP5A 3QO9A 5KTQA 3V9SA 4DTSA 1VSHA 4OPJA 3RWUA 1JLQA 2GBZA 4FK0A 3LALA 4JRQA 3RR7A 1ITGA 1C1CA 4CEAA 3DOKA 5SWMA 1ZBLA 4HVJA 3TAPA 3T1AA 4M3YA 3TAFA 4YFUA 3V81A 1BGXT 1FKOA 2Y1IA 1RDDA 4FM0A 4FM2A 3HXMA 4B9LA 1BQNA 4CHNA 4AHCA 1NOYA 2YHBA 1C1BA 1N6QA 1Z26A 1RNHA 3E01A 1WSIA 4DQRA 4PA1A 2ZE2A 2VWJA 3C6UA 4FJHA 4KKOA 4Z4GA 3VN5A 4E7KA 1ASWA 4M3TA 1QE1A 1XI1A 2XRIA 3L2UA 3HO1A 1C0TA 3VQ7A 3CFOA 3F9KA 3L3VA 1S9GA 3OYJA 2PZSA 4CK3A 3KLEA 4CJLA 1KCFA 1NK4A 3DYAA 3OYLA 5HROA 1IO2A 2OPQA 2F8TA 4KB0A 4FJ5A 3DLBA 1MU2A 1IKYA 1JLGA 3LZJA 4ELTA 4PUOA 3KD5E 3LPUA 1EP4A 1RT4A 4G1QA 4TSXA 1CXUA 4OKJA 3AA2A 2BANA 4FJLA 1JLBA 5CYQA 4BACA 4DU1A 3KD1E 4OJRA 4CHPA 1HYVA 1S1WA 3TARA 1ZBFA 3DM2A 3NF6A 5HRNA 4C8LA 4DFKA 4I9QA 1ZBHA 2VG6A 4CJUA 4AHRA 1VSLA 2O4GA 3K5MA 1U49A 1R0AA 1RBRA 3PX0A 1EXQA 3NAEA 1F21A 1J54A 2AJQA 1JL2A 1KTQA 3G0ZA 3CQ8A 2PY5A 3TAEA 1RDCA 3V9UA 4HUFA 1T03A 1QHTA 1LAWA 2P5GA 4DWIA 1S9EA 3IRXA 5HBMA 3B6PA 3RTVA 2D0CA 2OZMA 1TK5A 3ZT2A 3OYNA 1RT7A 4B9MA 1LWEA 4KRFA 2Q3SA 4I2PA 3VQ6A 3V9ZA 4CJWA 3K5NA 3OVNA 2VWKA 3O3HA 4OKKA 3EYZA 4FJ8A 3NFAA 1CZBA 4F8RA 2HNYA 2WOMA 1DLOA 3TI0A 2EX3A 4C8MA 4Z4CA 4N56A 1KLNA 2Z1HA 3ASMA 4E89A 3S3OA 5FDLA 2HVIA 4RW8A 2FBYA 1UWBA 3VQ8A 4E0DA 3NHGA 4FLXA 4DFJA 2G8WA 4HCCA 2I5JA 3KLFA 1KFSA 3ZSRA 4W5NA 1BCOA 1WSHA 3HPHA 3SQ2A 3S3MA 3QEIA 2DFHA 3PV8A 1U48A 1KLMA 3O3GA 3ZT4A 1A5VA 1TKZA 2OPRA 1QSSA 4W5QA 4NYNA 2HB5A 2IC3A 3D45A 4I2QA 3ZCMA 3HPOA 3L2QA 3KLIA 3NGYA 3LWLA 3SUNA 1VSFA 1L5UA 4C8OA 4GW6A 4DSLA 2QK9A 3T3FA 2Z1JA 2ATQA 3VQQA 2OPSA 1RT2A 4CEFA 3OYFA 3VQ9A 3LWMA 1T05A 4CEZA 2R7YA 4KI6A 1ZBIA 2YNIA 5C42A 4LSLA 3SUOA 4CFCA 1YT3A 1BI4A 4DQSA 4DSFA 2NUBA 1LAVA 4KTWA 4KHYA 1EETA 1RBSA 4OPKA 4FZZA 3L2WA 1T7PA 4CJKA 4MFBA 3CM6A 3SYZA 3UIQA 1TVRA 5E41A 3U6FA 5KGXA 3HVRA 3ALYA 3L2VA 1SKRA 4N47A 2YKMA 5C25A 3QIOA 4Z4IA 4H4MA 3QNNA 1FXXA 3A2FA 4DTPA 3ZSOA 1VSDA 4KREA 2E4LA 2HHXA 3HPGA 1TKTA 4I9LA 1NJWA 4CJFA 3KLHA 2F96A 4F4KA 3O4NA 4IBNA 4DG1A 2X6NA 1RBTA 3OJSA 2HNDA 4B9NA 2HHTA 4Z4EA 4CHQA 4DSEA 1EX4A 4FLYA 3DLRA 1TKDA 2D0BA 4CEEA 3NF9A 3DRSA 4CFAA 4J2AA 3MEDA 1L3SA 2XO7A 1GOCA 4FJIA 4OGCA 1NK9A 4CK2A 1UA1A 4F3OA 3LP3A 1UOCA 3OYMA 3C6TA 1C0MA 4E1NA 4ELVA 1UAXA 3AVMA 1BISA 4OGEA 5DK5A 4JRPA 1NK7A 1Q9YA 1G15A 1RBUA 1YVUA 3LP1A 3MEEA 1TL1A 4IDKA 4CJ4A 3M8RA 2XY6A 3QEPA 2KZZA 5CZ1A 1RCHA 3HYFA 4NYFA 3HP6A 4PQUA 5CZ2A 1JKHA 2E6MA 1RTIA 3QERA 2HHWA 1I39A 1TGOA 1NKEA 4AILC 4B8AB 1RTHA 3NDKA 5I3UA 1IKXA 1SL2A 5HRSA 2HHQA 4Z0UA 3S9HA 2RF2A 3WNGA 1S6QA 3OY9A 3DRPA 3MAQA 2FBXA 4GMJB 3KIOA 3O4QA 4W5TA 4F2SA 3LP0A 1C1AA 1SV5A 2FC0A 1NJXA 2BE2A 2GV9A 4KI4A 3SPZA 1LW0A 5J1EA 4FZYA 1SUQA 3V6DA 4ELUA 3K59A 3RR8A 1HYSA 3RMAA 4CJSA 1XWLA 4AHVA 3OYBA 3LP2A 1B9FA 3P83D 3ULDA 4N41A 1TK8A 4FK2A 4KHUA 4BE2A 2X74A 5J2NA 4H8KA 4DSJA 4FJNA 4N5SA 2YKNA 3DMJA 3D0PA 1DTQA 4K8ZA 1L3UA 3THVA 4QOZB 1QS4A 5J2QA 3LPTA 2RKIA 2ETJA 1TV6A 3MEGA 4RW4A 3NCIA 3QETA 1XC9A 4DTRA 2PYLA 4DTXA 4PY5A 4CGGA 1BIUA 2HHVA 3IAYA 2G8FA 4R5PA 1L3TA 1LWCA 3AA5X 3KK1A 3LZIA 3SV4A 4LY7A 3DI6A 4KAZA 3P5JA 3VQPA 1BIZA 4DFMA 3T19A 2P51A 4CECA 1QTMA 3AO2A 2IOCA 1TAUA 2W42A 3AVJA 4CGJA 3KLGA 4EZ6A 4O44A 1A5XA 4IG3A 4DQIA 2IDOA 4CEBA 3IG1A 1D9DA 1NK0A 1HQEA 3NGZA 3PO5A 3SZ2A 1HMVA 3LAKA 1LW2A 2G8UA 4AHSA 4M3WA 2B5JA 3HK2A 4KHSA 3M8QA 1VRUA 4H4OA 1QSYA 4M3UA 1C6VA 2G8VA 5KGWA 3VQ5A 1VK0A 4EP4A 2XY8A 3CYMA 4GVMA 4BWMA 1WSEA 4WE1A 4FJXA 2BDPA 3PX6A 3U3GA 1ASUA 4E7LA 3ZSQA 1SKWA 2JLEA 3HVTA 3OS1A 1HRHA 5DMRA 3RMDA 4M3XA 2KTQA 1W0HA 2DFFA 3LAMA 1TL3A 3TAMA 4J2BA 1NK5A 4EZ9A 3NBPA 3QEVA 3KTQA 4KB1A 3HM9A 3AVFA 4DS4A 1S1XA 4CIFA 3S3NA 4NCAA 4Q5VA 3OYGA 4O55A 4K8XA 1X9WA 3RMBA 4DSKA 2YNHA 3HSTB 3C94A 1CZ9A 1EKEA 2X6SA 4CJQA 3QIPA 2D0AA 4ZTJA 4B9TA 1KVAA 2B6AA 4MQ3A 3SQ1A 2DY4A 4CFDA 2PYJA 4CEQA 4BDZA 4KHQA 4IKFA 4CF8A 2G8KA 2QXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIEA 3SV3A 3CPWM 1YJ9N 3CCSN 2G8HA 1XHXA 2P9SB 2OZSA 1BA1A 5J2PA 3DLEA 3R1XA 3DXKA 3TTDA 2YNGA 1RDAA 1VQPN 3GDQA 2KQ2A 5FROA 5AFUA 4GKKK 5BPLA 3OYAA 3QLHA 1CLQA 4BRHA 1HNWK 1BDGA 3P1GA 3KK2A 4KHWA 1YTUA 3CG7A 1IG9A 1YTAA 3AVNA 1GOBA 4F3TA 1MDUB 3E9PA 1GLBG 4KPYA 4HHTA 4CGDA 4B3RK 4MO5A 3FZMA 5AQVA 4CJTA 3OJUA 1X1PA 1TAQA 4E7IA 3BDPA 3R9PA 3M5RA 3RVCA 2VG7A 3HM8A 3O6WA 1ZBSA 4XIUA 4LF8K 3SAFA 1GLDG 4DR2K 1HNVA 3D2EA 3RRHA 4KTZA 4RW6A 3G10A 1JXBA 5FPDA 2W6KA 4DF4A 4CIGA 1VSIA 4M42A 1BOTO 4DFPA 4LF5K 3WXKA 3WXLA 3VQEA 4JKHA 3OYDA 4DTMA 2KFNA 3AO3A 4O5BA 3BP8A 3VEZA 1RTJA 3VEYA 4FCYA 4JI0K 3RSEB 3QEXA 3V9XA 2W41A 3CQYA 1ESVA 3A8YA 3V1QA 1NOZA 3BGRA 3U8XA 4CK1A 2YHXA 3SNNA 4CFBA 4OVLA 4PKIA 3SI6A 3NVKA 3K5OA 3CJ7A 3NF8A 2WBNA 1BCMA 2BTFA 1HNZK 4B8CA 2NRHA 2ZWHA 3ZT3A 3IS9A 2Z1GA 1IJJA 4ZHRA 1HPZA 3KK7A 3MECA 5BN9A 5AQZA 2HMIA 3DLKA 4JI8K 1X9MA 4W5OA 4DLGA 5HOOA 4DSIA 4FWMA 5HL7L 3AVHA 4Q0BA 3U3YA 3V1RA 5BN8A 4WFAL 3AA4A 3CFRA 3H3OB 1RT3A 3LANA 4NCGA 4YHHK 2G8IA 4DTUA 4BRCA 4RW9A 4GNIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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