3AVJA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avjA00
5HRRA 3QO9A 4F4KA 3AA3A 2XHBA 2P5GA 3HXMA 4B08A 3AVIA 3QEXA 4RW4A 3QNNA 3V9ZA 4CJSA 4KAZA 4FLTA 5HP1A 4DU3A 3OYIA 1EETA 3KD1E 3MECA 1S1TA 1J54A 1UOCA 3H08A 1QQCA 1TKZA 4KHUA 2W42A 3C6TA 4FJIA 1TK8A 1JLQA 1JLBA 4PA1A 5CY4A 1RT6A 3F73A 2I5JA 2VG7A 4M3YA 3NE6A 1YTAA 3I8DA 1L3VA 3NGZA 1BISA 3P5JA 3ZT2A 4M3WA 1BIUA 4FLUA 3E01A 2X6NA 1WNSA 3QEPA 4BDZA 4DU4A 1BI4B 2HNDA 2IC3A 4Y1DA 2G8KA 4O44A 2Z1IA 1XHXA 1ASVA 1TKXA 4AHCA 1RDBA 3AV9A 4ICLA 4FM2A 2RF2A 4CHQA 3TAEA 4CEAA 4FK2A 4CHOA 1C6VA 3MXJA 3AVKA 3OYFA 4FM1A 3D45A 1JLAA 1HYVA 4CJEA 1IH7A 3K58A 4FJNA 1VSKA 1TGOA 4ID5A 1TVRA 3V1QA 3L2RA 3ITHA 4DSFA 3U6FA 4FXDA 3LALA 3LANA 1SL0A 4FK4A 5FRMA 4AILC 4M41A 4ELTA 1A5WA 1WSHA 2DFEA 3ISNC 3OYDA 3V9UA 4DTSA 2KQ2A 3HJFA 4JS4A 4NYFA 3QEVA 3CFRA 3HYFA 2YV0X 1KSPA 2KZZA 4O55A 4E7KA 1RT1A 1DTTA 2JGUA 1SL1A 1QTMA 4IBNA 4BDPA 4IKFA 4I9QA 2ETJA 4C8NA 3SI6A 1HJRA 4LSNA 5HRNA 3PUFA 3RWUA 2GUIA 4CEZA 1NJZA 4H8KA 4LSLA 4RW8A 3FFIA 2VWKA 3ZSYA 1N6QA 2LSNA 5KI6A 3HP6A 4CIGA 4CJKA 3KLEA 2P1JA 3OYJA 3VA0A 4IDKA 3TAPA 2FBTA 4FW2A 3KK3A 3G10A 3G0ZA 3SZ2A 4F2SA 4HTUA 1L3SA 4FJXA 4PWDA 1NOYA 1RT7A 2XRIA 5JS1A 3VQ8A 4OKEA 4CJWA 4CIEA 2X78A 4E1MA 5KRSA 1RNHA 1S1XA 2Z1HA 3PO5A 1VSDA 1GOBA 1CZBA 1NKCA 4C8MA 3WNFA 4FJJA 1BGXT 4QOZB 1J9AA 2KTQA 4Z4FA 1RTIA 2E6MA 4UQGA 3ZT3A 3ZSWA 3ULDA 1TAUA 4CFAA 3RRGA 1C1CA 2D0AA 4CJQA 3K59A 3RRHA 4CGIA 3K5LA 4CJ5A 3RMCA 3MXIA 3AO4A 3O3FA 1KVBA 4FJKA 2XY5A 4B9LA 1EKEA 3PX6A 4KTZA 3LWLA 4DTPA 2HHXA 4DU1A 3QNOA 3T1AA 4FZXC 4B9VA 3AO2A 1YT3A 3BGRA 1EP4A 3S3MA 2YKMA 1KLNA 3AO3A 4RW6A 1RBVA 3M8SA 3S3OA 1BI4A 4CJTA 4ELUA 2YHBA 1ZBLA 4KB1A 1LWEA 1X9MA 2BE2A 2HHUA 1C1AA 3VQQA 1K6YA 2F8TA 4EP4A 1UWBA 1NK5A 1JXEA 4CF8A 4CFCA 3HVRA 5JS2A 1NJXA 1SV5A 1UA0A 3AVLA 4DTNA 1VSIA 1LWFA 4FVMA 1BL3A 4KO0A 2DFHA 4CJPA 3TANA 4J2EA 3HK2A 1NJWA 4FCYA 2PY5A 2OZSA 5CYQA 2ATQA 4B3OA 3CG7A 4B8CA 2IAJA 3AA5X 4O0JA 1R0AA 4DTRA 4OPJA 4NYNA 2VG6A 4DLEA 3AVMA 5J2MA 4CJRA 4CE9A 5SZTA 3MEGA 4W5NA 3L2QA 4AH9A 2X74A 3IS9A 3K57A 3VQ4A 3SUNA 4ELVA 1ITGA 3O4NA 4IG0A 4Z4GA 1JXBA 4B9TA 2QXFA 2XY8A 4FJLA 2KW4A 3AVGA 4RW7A 4AHSA 1WAFA 4DFMA 1SKWA 1U47A 1T03A 1JLCA 3CM5A 3V9XA 1U4BA 4Z4IA 3AO5A 2B5JA 4DFJA 4HHTA 3OJSA 1C0UA 3L3UA 3AVHA 2B6AA 4DSEA 4CJLA 3QERA 4CCHA 4BWMA 3RR8A 3D0PA 2D0BA 1FKOA 2EX3A 3VQ9A 4FJ7A 1LAVA 3HPGA 3TAFA 3DLGA 2IS3A 4AHVA 4IFYA 1WLJA 3VN5A 3V81A 1Q9XA 5C24A 3TI0A 3DOLA 4DLGA 1NKBA 3SUPA 2P51A 4N5SA 4KREA 4E7JA 2VG5A 1ASWA 4OGEA 4CEQA 5C42A 4GMJB 4TSXA 2XO7A 3RMDA 2G8HA 2HHQA 1RT5A 4Z4CA 1RBSA 4CJ4A 4Q5VA 3DLBA 5FRNA 4R5PA 1X9WA 5J1EA 4J2BA 1RBUA 3M8QA 4XIUA 4CESA 3LP0A 1HMVA 4W5QA 3OS1A 1HNVA 4LY7A 3WNEA 1NK7A 1NK9A 3K5NA 4C8OA 1HYZA 4KV8A 1F21A 1S9GA 1T7PA 4DSIA 2KZMA 4KRFA 3MAQA 3IAYA 1J53A 4M3TA 3LP1A 4KFBA 3ZT4A 3NCIA 3AVBA 1NJYA 1GOCA 2D0CA 1FKPA 3HVTA 3SUOA 3SCXA 3TARA 4FJ9A 1C0TA 3DRRA 3RMAA 3TR8A 4CF1A 3QLHA 3OYEA 4KKOA 3AVFA 3ZSZA 4DTXA 1WSFA 1ZYQA 2P5OA 2OA8A 4FJGA 4JLHA 4ID1A 2G8UA 3OYGA 1IKVA 2KFZA 1LWCA 3B6OA 3QINA 4LD0A 3OYMA 1REVA 3LWMA 2OPPA 1JKHA 4OVLA 3TAGA 4KB0A 4CFBA 3DLRA 3NBPA 4I2PA 4DTUA 1WSGA 3HSTB 3UIQA 4BWJA 3OY9A 4J2AA 3SPZA 2XY7A 3K5MA 1HRHA 4QCLA 3M8RA 4ZTJA 1WAJA 1CXQA 2X6SA 4DG1A 1D5AA 4CEEA 4DTJA 4CK1A 1W0HA 4GVMA 2ZQBA 1CXUA 2HNYA 3MEEA 3LZIA 3NH1A 3HT3A 1KCFA 3VA3A 4EZ6A 3OYBA 3MXMA 5HBMA 4O0IA 4M3UA 4NCAA 3DLKA 4DQSA 1L5UA 5CZ2A 2HW3A 3KKSA 3P1GA 4E19A 4KI4A 1Z26A 2FBXA 3HPOA 4FZYA 4KI6A 4KPYA 1LV5A 3DOKA 4I9LA 2BANA 1RILA 2JLEA 4OPKA 1SKRA 3U3GA 3A2FA 3NH2A 1VSFA 1RDAA 1QSSA 2OPRA 1TL3A 1D9DA 4BDYA 2BDPA 4KHYA 5KGXA 3NAEA 4O5BA 3T3FA 4C8KA 1RDDA 4OLBA 2F8SA 1WSEA 2HHWA 1XC9A 1G15A 3AA4A 3LZJA 4AHTA 4AHRA 4OKJA 3KLHA 3OS2A 4FLZA 3RMBA 1N5YA 5T7BA 4HCCA 4E7HA 5J2QA 1L3TA 4M42A 3NF9A 4QAGA 4BE1A 3PV8A 1TV6A 2EHGA 3NF8A 1TK0A 3CFOA 4JRQA 3LP2A 4FJMA 1HQEA 2HVIA 3ZSQA 4CK2A 5FROA 3SQ0A 2G8IA 1Z25A 3EZ5A 3V1RA 4L8RB 3VQAA 1FXXA 4CECA 2HNZA 3DI6A 3OYNA 3V9SA 4FLYA 5HRSA 3I0RA 4N41A 5KRTA 4OKKA 4CFDA 3O4QA 3LP3A 1BQNA 3TAQA 2KFNA 4FLWA 3NDKA 3SYZA 1S1VA 3IRXA 5J2NA 1Y97A 4RW9A 2YKNA 3K5OA 4CJUA 4IFVA 3VQ6A 3VQCA 3LDSA 1IO2A 3JYTA 2FC0A 3B6PA 1EX4A 1VSMA 3SV3A 3BDPA 1S6QA 3RR7A 4LH4A 4C8LA 4N76A 4PY5A 5I42A 3KJVA 4M3ZA 3NHGA 5C25A 4BE0A 4DSLA 2DFFA 2IGIA 3ALYA 2R7YA 3HP9A 1MU2A 4CHYA 4HUGA 2Y1JA 1TAQA 3ASMA 1XHZA 1ZBIA 4YFUA 4FK0A 1TL1A 4Y1CA 1NKEA 4O4GA 1NK6A 2GBZA 3SV4A 3SUQA 1S1UA 2NUBA 1JL2A 3AA2A 2DY4A 1B9FA 4CJ3A 2O4IA 1UAXA 3K2PA 3KKRA 3KIOA 3OJUA 4Z4HA 1IKWA 3L8BA 4DQRA 3I0SA 5J2PA 2G8FA 2BGGA 5DK5A 3TWHA 3V1OA 2IDOA 3PX4A 3SPYA 4CGDA 1X9SA 4F8RA 1HYSA 4HVJA 4KHQA 1VK0A 4CERA 3U3YA 4B9MA 3HL8A 4WE1A 5SWMA 4E7LA 5K14A 1S9EA 3QESA 3S9HA 1RTDA 3EYZA 4EZ9A 1RTJA 3PY8A 1LW2A 2HHSA 3TABA 1U49A 4HCBA 3DM2A 4CEOA 2B4JA 4CF2A 1RT2A 2OPSA 1NK8A 3QETA 4Z4EA 4Q0BA 1KFDA 1D9FA 1Q9YA 1LAWA 1RBRA 3AVJA 4E89A 3JSMA 4ZTFA 2RN2A 5EU7A 2E6LA 4ZHRA 5DMRA 1TKTA 1L3UA 4CHNA 1QSYA 4PQUA 4DWIA 4BE2A 1VRUA 2PYJA 2Q3SA 3WNGA 3DLHA 2PYLA 3SQ4A 1HNIA 1WSJA 1TK5A 4W5TA 3C6UA 2XY6A 1BCMA 1VSJA 1XWLA 2G8WA 3ZT1A 3C95A 1UA1A 1EXQA 1KVAA 3ZT0A 2Y1IA 3OS0A 3F9KA 2HB5A 2ZE2A 4N47A 3OYAA 1VSHA 1B92A 2VWJA 3LPTA 2A1SA 1ZBFA 5CYMA 1VSEA 1D8YA 3LAKA 4CJFA 4FLVA 4F3OA 1FK9A 3L2WA 3T19A 3SQ2A 1IKXA 3KD5E 4KHWA 3CQ8A 2HMIA 4KHSA 3KLGA 3ZSVA 4B8AB 5D3GA 3KTQA 1I3AA 4I7FA 3L2UA 4HUFA 3SNNA 3IG1A 3SQ1A 4FJ8A 1A5XA 2RPIA 2WONA 3ZSXA 5HROA 3AVCA 4N56A 4CHPA 3NGYA 3DLEA 3VQ7A 1RBTA 2GV9A 3P83D 1RTHA 4CGGA 4E0DA 1BIZA 3LAMA 3V6DA 3NF7A 3MEDA 1RCHA 1J5OA 3OVNA 4DQIA 3RTVA 4H4OA 4K8XA 3HO1A 3CM6A 3NF6A 4H4MA 2IOCA 1VRTA 3V4IA 3OYKA 1T05A 2OYQA 1KLMA 1RT3A 4M45A 4DF4A 1YVUA 3PX0A 1I39A 4FJHA 4PUOA 1BHLA 2QKKA 1YTUA 1W9HA 1WN7A 3SJJA 1JL1A 5KTQA 1IKYA 3VQBA 4DSJA 1XI1A 3AVNA 2OZMA 4CF9A 4NCGA 5HLFA 3KK2A 4MQ3A 4KTQA 4YNQA 4FW1A 1JLFA 2D5RA 3AVAA 3NH0A 2G8VA 2YNGA 1BQMA 1QS4A 1WSIA 1ZBUA 4FLXA 2HHVA 4M3XA 2YNIA 4KHNA 1U45A 3OYHA 4DQPA 4K8ZA 4G1QA 1NOZA 1SL2A 1S1WA 3DRPA 4DS5A 2DTUA 2RKIA 1LW0A 3AO1A 3TAMA 4M3RA 1ZBHA 1RT4A 4DTMA 4FM0A 1JLEA 1HQUA 1ASUA 4OLAA 2O4GA 3DMJA 1Q8IA 3WNHA 3QEWA 1NK4A 1U48A 1CLQA 1RDCA 1DLOA 3L3VA 1CZ9A 1BCOA 3VQPA 4CEDA 1NK0A 5FDLA 3NGIA 4B9SA 4W5OA 2FBVA 3LPUA 3L2VA 4CJVA 3ZSRA 4BACA 4LH5A 3OYLA 3M8PA 4CHZA 4DS4A 2PZSA 1KRPA 1JLGA 1O1WA 4CGJA 1SKSA 4CEBA 4CF0A 2Z1JA 3VQ5A 2YNHA 3CYMA 1U04A 1TKDA 1DTQA 2AJQA 2FBYA 4RG8A 3EY1A 1HPZA 3ZSOA 4E7IA 4FZZA 4CGHA 2E4LA 4B9UA 1QE1A 4KTWA 5HRPA 4FYDA 4DMNA 3S3NA 2QKBA 3V9WA 4JRPA 3OYCA 2QK9A 3THVA 4E1NA 4W5RA 1A5VA 1B9DA 4DSKA 4NCBA 4CEFA 2Z1GA 4DF8A 4DTOA 3QIPA 3NFAA 4AHUA 1GOAA 2F96A 4MFBA 3VQDA 4JS5A 4B9NA 1C1BA 4DQQA 3VQEA 1KFSA 4CGFA 5I3UA 3QIOA 2HHTA 3DRSA 4GW6A 4HUEA 4F3TA 1C0MA 3HPHA 1VSLA 3C94A 2ZD1A 1T8EA 2OPQA 1QSLA 5CZ1A 1SUQA 3O3GA 3HM9A 4F2RA 3KLFA 1QHTA 4I2QA 1KVCA 4DFKA 2A1RA 4FJ5A 4CK3A 2ITGA 1S6PA 1X1PA 4OJRA 5E41A 4OGCA 3KK1A 4E3SA 4Z0UA 2HVHA 3ZCMA 3KLIA 3DYAA 2YHAA 1KTQA 1S5JA 4CIFA 3CFPA 3O3HA 1IG9A 4J2DA 3PO4A 4EP5A 4IG3A 2YNFA 4DFPA 5KGWA 2WOMA 3QEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVPA 2P5GA 3HXMA 4B08A 4FWPA 2V7ZA 4KHPK 4X65K 2WC9A 3WEEB 4KAZA 3OYIA 2GTDA 3P38A 5BREA 3H08A 1QQCA 1XUPO 2W42A 2P9KA 4FJIA 3R3LA 1JLBA 3MWPA 4IFEA 1BO5O 1YTAA 3U4LA 3NGZA 1BISA 4FLUA 2D0PA 3E01A 1WNSA 3WQUA 1BI4B 3CJ9A 4DU4A 2G8KA 5HL7L 4AHCA 3TAEA 2BH1A 2RF2A 4CHQA 3D45A 1HYVA 4FJNA 3PLAA 3R8EA 4BVOA 1TVRA 3L2RA 4FXDA 3LANA 4FK4A 4K43A 4AILC 1A5WA 1WSHA 3ISNC 3OYDA 3V9UA 4DTSA 4NYFA 1NBWA 3QEVA 2NRZA 3CFRA 2KZZA 2YV0X 1IJJA 4O55A 4E7KA 1DTTA 4CZFA 3VF2A 1QTMA 3SBGA 4IKFA 2NRXA 3VMFB 4YOVA 2OTLN 2ETJA 4K25A 1NGFA 4DV3K 4CEZA 4JV5K 3O80A 4LSLA 3ULEB 4H5WA 2P1JA 2P9IB 4IWVA 3VA0A 4IDKA 2FBTA 2IVNA 3KK3A 3SZ2A 3I55N 4HTUA 4A57A 1L3SA 1RT7A 4GKJK 4CJWA 3PO5A 1RNHA 4FL9A 3VGKA 4HWIA 5AZJA 2FF3B 3P4IA 4QOZB 3CCMN 2KTQA 3CERA 4Z4FA 3CXCM 5AQVA 3ULDA 1TAUA 4H5RA 4JHDB 3MXIA 3DXMB 3QDKA 1KVBA 4DV5K 4R79A 4B9LA 1VQLN 4DU1A 1KAYA 2ITMA 3T1AA 1NM1A 3AO2A 4B9VA 2E20A 3HZ6A 3S3OA 4A5BA 1RBVA 1I94K 1BI4A 4QS7A 1ZBLA 3ID6A 4ILGB 1LWFA 4FVMA 1BL3A 3TANA 4J2EA 2OZSA 1RGIA 1R0AA 1T6DA 3AA5X 4BREA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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