3AVKA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avkA00
3IRXA 3FFIA 2ATQA 4F8RA 3LP0A 3L2WA 1WLJA 4CESA 1RDBA 2ZD1A 3DYAA 5K14A 1QSSA 4N41A 3AA4A 3OYDA 4NCAA 3ALYA 1YVUA 4CEOA 3LZJA 3ZT0A 3K5MA 3SI6A 3RR7A 1RBUA 4JS5A 4FJJA 4IFVA 1W9HA 2A1SA 3HM9A 3BDPA 1XC9A 1BL3A 4CHQA 3SPYA 4CF1A 1N5YA 3QLHA 4N76A 1WN7A 1XHZA 1U49A 4KHSA 1RBSA 1TK0A 4CJFA 2KFNA 4BDYA 1HYVA 3V9WA 4FJIA 2IS3A 4OPJA 5HLFA 1QQCA 3T19A 1KFDA 4DLGA 4K8XA 3KKSA 4H4OA 1GOAA 2ZE2A 3G0ZA 1EP4A 1JLGA 3CM5A 3AVFA 3MXMA 1S9GA 4NYFA 5HRRA 3L3UA 1NK4A 5FROA 4CJWA 1X9MA 3QEXA 2X6NA 4DFMA 1RT1A 4AHVA 1F21A 3MXJA 3IAYA 3NF7A 4QCLA 1HJRA 4B9LA 3NH1A 2HHXA 4CK2A 3DMJA 1L3UA 4E0DA 4FK0A 1RBRA 3L2QA 1NK9A 3S3OA 4DSIA 1GOBA 4Y1DA 1ZBIA 2IC3A 3ZCMA 2QK9A 2HVIA 3V9UA 5D3GA 2D5RA 2E6LA 3WNFA 4AHUA 1C0TA 3KLHA 1J53A 4Z4GA 3WNGA 1JL2A 1Q8IA 4Y1CA 4FLXA 2F8TA 4CJVA 4FM0A 1N6QA 1X1PA 4FJKA 3E01A 2B4JA 3HK2A 4CEFA 4B9UA 2RN2A 4OJRA 3D0PA 1WNSA 3OS0A 2Y1IA 5KRSA 2XY6A 1SKSA 5KTQA 4OGCA 1TVRA 2YHBA 1J9AA 4J2AA 4HVJA 4FZYA 3DOLA 5E41A 3TAMA 2JGUA 3LAMA 5T7BA 2OPSA 1ZBUA 2Z1IA 1HQUA 4DG1A 1I39A 4DTJA 4FVMA 1HYZA 1S1VA 1LW2A 2Z1GA 4IG3A 3MECA 3SV4A 3AVIA 4KFBA 4FW1A 4DQRA 4F2RA 3MEEA 4KHQA 4ID5A 4FLUA 4CERA 4CJSA 3SUOA 3SQ4A 1B9DA 4BE0A 3K5NA 1O1WA 3IG1A 4M3XA 1IH7A 3OYHA 4TSXA 4K8ZA 2X78A 1S6QA 4KRFA 1J5OA 3KD1E 1BQNA 2VG7A 3PX0A 4G1QA 2FC0A 3SV3A 4CJ4A 4DQPA 5KRTA 1UA1A 1ASUA 4N5SA 5C24A 2RF2A 3OYNA 4LY7A 3IS9A 3AO1A 1BQMA 4GMJB 1NJYA 3LWLA 4Z4IA 3I8DA 3L8BA 3RR8A 3I0SA 1CZBA 4M3WA 3AVCA 3TR8A 1EXQA 3AVMA 2GV9A 4BACA 1KSPA 1BISA 4CJ5A 2HHTA 1KLNA 2G8WA 1KTQA 3NF9A 4CFBA 2XY7A 1IG9A 4CJKA 4BWMA 4FCYA 4FJXA 4Q0BA 2D0BA 2XRIA 3L2RA 2EX3A 4LH5A 2QXFA 3SQ2A 3DRRA 2D0AA 3AO3A 2XY8A 3OYGA 3QESA 1JLFA 3AV9A 2G8FA 3G10A 3QINA 1CZ9A 3M8RA 2WOMA 2W42A 4O0JA 2OZSA 4OKKA 1YTUA 3DRPA 3DI6A 4CEZA 4CJQA 1RBTA 1CXUA 1TKTA 1ZYQA 4HCCA 3O3GA 1X9WA 4DQSA 4BE1A 3VQEA 4IKFA 4PWDA 1LWFA 3AVBA 3AVAA 3VQCA 4OLBA 3ITHA 4HHTA 4B08A 4DQQA 4YFUA 4E7IA 3K57A 1SL0A 2ITGA 4AH9A 1FKPA 1FK9A 1TK5A 4CK3A 2ZQBA 1U4BA 1NKBA 2P5GA 2VWKA 4FJNA 4DQIA 4FM1A 3ZSRA 4RW7A 4B9SA 4PUOA 5JS1A 3JSMA 1KLMA 3HVTA 1LAVA 3CM6A 3MAQA 3CFOA 4M3YA 3LANA 4DFPA 1RCHA 1CLQA 4OKEA 3OYBA 3B6PA 5KGXA 2WONA 1YTAA 4BWJA 4FJ9A 3ISNC 5HBMA 3VQ7A 3TI0A 4CEBA 4LH4A 2FBVA 4C8LA 3ZSVA 1IKVA 1HRHA 4RW9A 3LALA 3NH2A 3K58A 4JRQA 4I9LA 3P5JA 4LD0A 1U48A 4EP5A 1ZBFA 4O0IA 4E1MA 3TAQA 1BCMA 1J54A 1NKEA 4CJ3A 3QNOA 4M3TA 4C8KA 3OYCA 4CGHA 3LP3A 4DTMA 1NOYA 2IGIA 2KQ2A 3AVHA 2FBYA 3HPGA 2FBTA 3ZT3A 5HRSA 3SYZA 1CXQA 3AO5A 4CEEA 3DLBA 4B3OA 3H08A 3K5LA 4KREA 3KKRA 3QEIA 1RT5A 1T7PA 4Z4CA 3SUQA 4IFYA 4FJ5A 4KHWA 3S3NA 3QEVA 4HUFA 1WSIA 4CF0A 3KK3A 4FJ8A 2KZMA 4HTUA 4ID1A 4ZTFA 3PV8A 1DLOA 3VQAA 4FZZA 2GBZA 4OKJA 3SNNA 4CF8A 3OS2A 1XWLA 1DTTA 4CEQA 4GW6A 3NH0A 3ZSWA 4OPKA 4IG0A 4DS5A 3NDKA 5J2QA 4CECA 3S9HA 3CFRA 3MXIA 4DTRA 4DSLA 1JLBA 3ULDA 2IOCA 1FXXA 1Z26A 3K2PA 4QOZB 3LPUA 1EETA 4CHZA 3VQ6A 3RMBA 4M41A 3M8QA 4CJRA 3S3MA 3V81A 4KHNA 4CJTA 1LW0A 4I9QA 2KFZA 3OYEA 1RT2A 4Q5VA 1C6VA 4C8MA 4R5PA 4F2SA 1HYSA 1RTIA 2Z1HA 5I42A 4CEDA 3V9XA 1UOCA 1TKZA 1SL1A 1QHTA 2OPQA 3K59A 3TAEA 3NF8A 1LAWA 1SL2A 2HNYA 4MFBA 1UAXA 3HYFA 5CZ2A 4RG8A 3DOKA 3OYIA 1KCFA 5SZTA 3TAGA 3KLFA 1RT3A 2DY4A 3T1AA 4CGIA 4KI6A 2EHGA 3JYTA 4IBNA 4DSFA 1S9EA 1WSGA 2P51A 5DMRA 4KTWA 3KLGA 4RW8A 2RKIA 3PX6A 3TABA 4MQ3A 1ZBLA 3HXMA 4E7LA 4KTQA 1KVBA 2YV0X 5CYMA 1GOCA 4GVMA 4I2PA 3CYMA 1VSJA 4Z0UA 1ITGA 1SKRA 1ZBHA 4OLAA 1TAUA 4DSKA 4DF4A 1RT6A 3TANA 4I2QA 3VQQA 2G8VA 2YHAA 4CJUA 5HRNA 2IDOA 4F4KA 2IAJA 4J2BA 2OPPA 4O55A 3L2VA 4Z4FA 4CFDA 3DLEA 1VSHA 3CG7A 3NGZA 3OJUA 3OYKA 1RILA 1UWBA 1JLQA 1WSFA 3HL8A 1U04A 3VN5A 4UQGA 2HHSA 3HPOA 4W5OA 4M3UA 3SQ0A 3KK1A 4EP4A 1KRPA 3AA2A 3L3VA 4IDKA 1ASVA 3BGRA 3M8PA 2VG5A 3LWMA 4E3SA 4CIGA 1VSMA 1W0HA 5FDLA 3NGIA 3V9SA 1D8YA 2BDPA 4FJMA 3U6FA 4E7JA 1S1XA 4E19A 1EX4A 3SPZA 4FXDA 1JLEA 2X6SA 1A5VA 4CHPA 1RT7A 1HNIA 4H4MA 3V1RA 3VQ5A 3DLRA 4HUGA 4E7HA 3V4IA 2G8KA 3THVA 1RNHA 3LP1A 3OVNA 4DSEA 3K5OA 4O4GA 3QEWA 4PQUA 4B8CA 3VQBA 3HP9A 5HRPA 3HVRA 4FJLA 4FYDA 1HMVA 5J2PA 3DRSA 3VQ8A 1VSLA 4XIUA 4CHOA 3CQ8A 1VRUA 2BGGA 2PZSA 1YT3A 1S5JA 4KHYA 3DLKA 4DTPA 3HSTB 1S1WA 1RDCA 1QE1A 2YKNA 3P1GA 4FK4A 4CHYA 1B9FA 1HPZA 3OY9A 3KTQA 2XO7A 4L8RB 1U47A 3O4NA 3PY8A 1TL3A 2G8HA 2RPIA 4DLEA 3V9ZA 4PY5A 1IKXA 1XI1A 5J2NA 1T03A 4H8KA 1BGXT 1RDAA 2VWJA 1R0AA 2E6MA 5CYQA 4B9NA 1K6YA 3ZSXA 4JLHA 3NCIA 2F8SA 4FK2A 1WSHA 2O4IA 3AVKA 1HNVA 4DU1A 4B9TA 1TAQA 1UA0A 3OYMA 1QSLA 3ZSYA 3D45A 2KW4A 4FJGA 2HVHA 1S1UA 4FLVA 4YNQA 2A1RA 3C6UA 2X74A 3A2FA 3OJSA 4M45A 1TKXA 3AO4A 3AVLA 3ZSZA 4B9VA 4KKOA 4LSLA 3VQ9A 3EY1A 3QNNA 4ELUA 3QO9A 4FW2A 1TKDA 2QKKA 4PA1A 2ETJA 1MU2A 3F9KA 4BE2A 4CJLA 4RW4A 3ZSOA 4E89A 4O44A 3ZT1A 4BDPA 4FJHA 2HW3A 3HP6A 4CE9A 1TK8A 4FM2A 2VG6A 3OYLA 4B8AB 4W5NA 4EZ6A 3DLHA 4CGJA 1C0MA 3OYJA 1VSFA 3NAEA 4FLZA 2O4GA 2D0CA 3QETA 3MEDA 2Q3SA 4DTNA 1NK5A 3LDSA 1KVAA 4F3TA 5I3UA 2DFFA 1C1AA 1NK0A 3HT3A 1XHXA 2Y1JA 4N47A 1LV5A 3KK2A 1IO2A 4KO0A 1REVA 1BI4A 3SUNA 4CCHA 1JLCA 1VK0A 5HROA 2YNGA 1L3VA 3KD5E 1A5XA 3WNHA 1QTMA 1A5WA 1VSKA 3SJJA 1HQEA 4C8NA 1U45A 2PYJA 5HP1A 4ELVA 2KZZA 4RW6A 4KI4A 5EU7A 4CF9A 3EZ5A 4KHUA 3EYZA 1BIZA 4FLWA 4WE1A 3OYFA 3NE6A 4W5TA 2Z1JA 2KTQA 4O5BA 2NUBA 4FJ7A 3AVGA 2B6AA 2F96A 4CJPA 2I5JA 1C0UA 4DU3A 4JRPA 3PX4A 4M42A 2DFHA 1QSYA 1WSJA 2PYLA 3QERA 5DK5A 1D9DA 3B6OA 1NOZA 2XY5A 1RTHA 4CGDA 3TWHA 3HPHA 5KI6A 4CGFA 1RTJA 4DS4A 3SQ1A 1X9SA 4M3RA 5FRMA 3VA0A 3AVNA 1WSEA 1JXBA 3C6TA 3NF6A 4KTZA 4W5RA 2GUIA 4CK1A 4LSNA 4Z4EA 1JKHA 3L2UA 1TL1A 3UIQA 1JLAA 1SV5A 3P83D 3QIOA 2HHVA 4FLYA 4AILC 4DMNA 3CFPA 3AO2A 4M3ZA 1RTDA 3V1QA 3SZ2A 3LPTA 4ELTA 2BANA 4CFAA 2HNZA 1KFSA 1D9FA 3NBPA 3TARA 4HCBA 1BCOA 3RMDA 4J2EA 2FBXA 4I7FA 4BDZA 4OGEA 3T3FA 1EKEA 3F73A 3PO5A 5KGWA 3ZT4A 1RDDA 4AHRA 4DTOA 3ZT2A 3RTVA 2YNFA 2HNDA 5SWMA 1WAFA 3LAKA 1DTQA 3NGYA 4AHCA 3KLEA 3U3YA 2OZMA 2JLEA 4AHTA 4DFKA 4KAZA 3HO1A 3MEGA 5J1EA 3QIPA 1LWCA 3RRHA 4CGGA 1LWEA 1IKWA 4B9MA 2OYQA 1ASWA 3NHGA 3AA3A 1VRTA 4J2DA 1VSIA 3I0RA 4DU4A 5CZ1A 4CEAA 3KJVA 3DLGA 1NK8A 1L5UA 3AVJA 1C1BA 1RT4A 3TAFA 3PO4A 1SUQA 3SUPA 2PY5A 1G15A 4CF2A 1T05A 4QAGA 2HMIA 4Z4HA 3O3FA 4ICLA 4DTUA 1NK6A 4OVLA 4C8OA 5CY4A 1KVCA 4W5QA 2YKMA 4KV8A 1NKCA 2OA8A 1NJZA 2YNIA 3ZSQA 3KIOA 4KB0A 4DTXA 4KPYA 2HHWA 3OS1A 2HB5A 3TAPA 2HHUA 4ZTJA 2LSNA 1Z25A 5C25A 1RBVA 1NJWA 2HHQA 3RWUA 1VSEA 4F3OA 1FKOA 1SKWA 4DFJA 4NCBA 1QS4A 3DM2A 3KLIA 3O3HA 3OYAA 4HUEA 3VA3A 1NJXA 1T8EA 1L3TA 1WAJA 2OPRA 4JS4A 3HJFA 4NCGA 4FZXC 3NFAA 3LZIA 1TV6A 1Q9XA 1L3SA 1C1CA 3VQ4A 1B92A 4ZHRA 3RRGA 4N56A 1IKYA 1S1TA 3U3GA 1I3AA 5FRNA 2DTUA 5C42A 3AA5X 4AHSA 3VQDA 4CHNA 4CJEA 1JXEA 3ASMA 3RMCA 2P5OA 1JL1A 4CFCA 1D5AA 3VQPA 4E1NA 4CIEA 4CIFA 2XHBA 3LP2A 4EZ9A 2QKBA 2BE2A 3C94A 3V1OA 1BHLA 1S6PA 5JS2A 3O4QA 2YNHA 2R7YA 5J2MA 3RMAA 4E7KA 2P1JA 3M8SA 2B5JA 1BI4B 1NK7A 4KB1A 2DFEA 4DWIA 1Q9YA 3C95A 4NYNA 4FLTA 4DF8A 4DSJA 1TGOA 2E4LA 1BIUA 3SCXA 3V6DA 3WNEA 1VSDA 2G8IA 3QEPA 2AJQA 3PUFA 2G8UA 4DTSA 1Y97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9IB 2CGKA 4XH1A 4N41A 4NCAA 1HNXK 2IVPA 2P9LB 3SI6A 1W97L 2A1SA 3PSIA 3THWB 1BL3A 5AQPA 1WN7A 1XHZA 1TK0A 2KFNA 4BRQA 4OPJA 1QQCA 1KFDA 5AJ3K 3G0ZA 3MCPA 1EP4A 3THYA 3GG4A 3WEEB 1NK4A 4CJWA 4K0KK 1X9MA 3SAFA 1JCEA 1RT1A 2ZGYA 1HJRA 4FOEA 4CK2A 4JI2K 1L3UA 4E0DA 2HHXA 3L2QA 1NK9A 1ZBIA 4Y1DA 3HOSA 2QK9A 3V9UA 4AHUA 1IBMK 2YX6A 3R9PA 1IBKK 1LOTB 3UKUB 4FLXA 1V4SA 2F7TA 4CJVA 4FM0A 1N6QA 1X1PA 2B4JA 2ASPA 4B9UA 3SMPA 1YXQA 3CJ7A 2JGUA 2OPSA 4J8FA 4H5VA 2ZWHA 4BRAA 4IXCA 3E9PA 4B1WB 1I39A 5LJVA 3O6WA 1HYZA 2CGLA 2H3GX 1LW2A 3T1HK 4GV9A 3MECA 1NBWA 3VESA 2NRTA 3RSEA 5KPZA 3CCEN 4ID5A 4NXMK 1Q81O 3O1BA 3U4LA 4K8ZA 1S6QA 3D2FB 4KRFA 2NRZA 2VG7A 3VETA 3SV3A 4DQPA 1KXPA 2RF2A 1Q82O 3LWLA 4QS7A 3L8BA 5AQIA 4M3WA 5GAHP 1EXQA 3JS6A 4QS9A 3AVMA 3F5TA 4CI6A 1KLNA 1KTQA 4CFBA 3ZLJA 4BR7A 4BWMA 4JK9A 4FCYA 3ENHA 1NGEA 4H5RA 4FOIA 4BQZA 3OYGA 3QESA 2Q97A 3GE1A 3G10A 3QINA 3WUHA 3G71N 3DLLL 3I8BA 3MWPA 4X64K 1MWMA 1ZYQA 4HCCA 1X9WA 4BE1A 3AVBA 3AVAA 4CZIA 2O8DB 3ITHA 3WXJA 5KQDA 3VMFB 4DQQA 4YFUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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