3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
3P1GA 2E6LA 3HVTA 4FW2A 3LALA 2KZZA 4OKJA 4OGCA 3OYBA 2XY7A 2P5GA 2HHVA 3LAMA 3M8PA 1LV5A 4KHWA 4CE9A 3PV8A 3V1QA 2GUIA 1TAQA 2Z1HA 4HCCA 4I2PA 4FLVA 1WAJA 3KIOA 3LP3A 1F21A 1REVA 4CFBA 4QAGA 4FYDA 2KQ2A 3L2WA 1I39A 4Y1CA 4CHOA 2DFFA 1VSMA 3HL8A 3VQBA 2B6AA 3AVMA 3NBPA 3OYLA 1X9SA 1SUQA 4E7LA 1C1CA 4M3ZA 4JS4A 2YKMA 4ELVA 3HPGA 5HROA 4CGGA 4CJFA 4FZYA 3AVJA 3ZT2A 3RMDA 1ZBHA 3HPOA 3DRPA 3OJSA 1QHTA 5HRNA 4UQGA 1T05A 3K5LA 3TARA 3HK2A 3QNNA 3V81A 1RBSA 2D0BA 4KV8A 1TV6A 3LDSA 4J2BA 1BIZA 1RTJA 1ZBIA 1JLCA 2DFHA 4CGJA 4CGDA 1O1WA 1RBRA 1WSJA 3AA3A 3K2PA 4CGHA 1ZYQA 1YTUA 2R7YA 2HHQA 4HVJA 2IC3A 2PZSA 3DRSA 4AHSA 3HJFA 1SKWA 1RT2A 5DK5A 3TAPA 2OYQA 1SL0A 1NOZA 4YNQA 1I3AA 1D8YA 2XY5A 2PYLA 4W5NA 1G15A 3DRRA 4FLTA 4IFVA 3SQ4A 3OYHA 1LW2A 4CF2A 1A5VA 4IFYA 5I3UA 1KLNA 5C25A 4NCGA 3P5JA 4B9NA 3RMCA 1NK9A 1DLOA 1RT5A 1CXUA 4E19A 4Z4IA 1D5AA 3DI6A 3MXMA 4F2SA 4FZZA 3NF7A 4FM1A 3ZCMA 4DFKA 1U4BA 1KFSA 4E1NA 4TSXA 1VRTA 3VQCA 4CEDA 4GMJB 4RW8A 1L3TA 1KVAA 2PYJA 3DLKA 3ZSQA 3BDPA 4PUOA 1RT1A 3ITHA 4CK1A 4DTRA 1S1WA 2BE2A 4CECA 5FRNA 4DTNA 1LAVA 4ZTJA 3F9KA 1N5YA 1EETA 3OYKA 3DM2A 4KFBA 4KI6A 4CEBA 4DTUA 1BCMA 4KKOA 1UA1A 1NJZA 1LW0A 2QXFA 2EHGA 5E41A 1C1AA 1RT6A 2ZQBA 2GBZA 3AA5X 3DOLA 2RPIA 2O4GA 4BACA 1WLJA 3D0PA 3SQ1A 5HLFA 3DMJA 3ZT0A 4FJ8A 4FJ9A 4CEOA 4DF8A 4DU1A 1RTDA 1W9HA 4N41A 4CHPA 4FXDA 3KLFA 3SZ2A 2QK9A 3LPUA 1TKDA 1YTAA 2FC0A 4ZHRA 4J2DA 1BL3A 4EZ9A 3UIQA 3QEVA 3OJUA 1BIUA 2RKIA 4CIFA 3HM9A 2P5OA 4ICLA 3T1AA 1Z25A 4C8OA 4F2RA 3PX4A 1TK0A 2KW4A 1HYZA 4M3YA 4IG3A 3VQAA 4LH5A 3V1OA 4FJGA 3AVFA 3D45A 4DS5A 1J9AA 4CJVA 3AO1A 3IS9A 1GOCA 4GW6A 1VSKA 4I9LA 1TL3A 1TGOA 4FM2A 1KVBA 3VQ4A 2VWJA 3PX6A 4RG8A 1HPZA 4CJQA 3HP6A 4DSKA 1ZBFA 1S1VA 2W42A 4W5TA 1IKWA 3OYAA 3SQ2A 1KRPA 4KRFA 3AA2A 4DQSA 4PY5A 1RTIA 3VA3A 3OY9A 3AO2A 3AVCA 4LSNA 3IG1A 3VQ7A 4CJ5A 5KRSA 1NJXA 5J2NA 1JLFA 1EXQA 1J53A 1D9FA 4BDPA 4K8XA 3QESA 5CZ2A 3SPZA 4CHNA 1IKVA 4FLWA 4FJ7A 1EKEA 3AO4A 4CEQA 4Z0UA 5KRTA 4DSLA 3QIPA 3WNEA 4KO0A 3ZT3A 1QTMA 1TKXA 4FJNA 3K59A 3DLHA 1VSDA 3VQDA 1JLGA 1T03A 1RT3A 3NF8A 5HRRA 3KD5E 4EZ6A 1WSHA 4FCYA 1DTQA 2YNFA 3LP2A 4DSFA 2IDOA 4FLZA 1TVRA 2HW3A 1BGXT 2ITGA 4DSEA 3MXIA 1CLQA 4E7HA 1YT3A 1SV5A 2DY4A 4LY7A 3SQ0A 1RNHA 4E7JA 2LSNA 2ATQA 2HB5A 4RW4A 2HMIA 3WNGA 4Z4GA 3VN5A 1ASVA 1QE1A 1WSFA 3NH2A 3KLEA 4FLXA 4JRPA 4DG1A 1C6VA 4HUGA 5J2PA 1TK5A 3TI0A 2OPRA 1SL1A 4NYNA 1IKYA 3O3HA 4C8KA 2G8IA 1UOCA 4N5SA 4ELUA 4I7FA 4CJRA 2P1JA 3HVRA 2FBVA 4CJ4A 1KSPA 4CFAA 4C8NA 1B92A 3G10A 2Z1JA 4DQQA 1HRHA 4DTSA 4HTUA 2OPPA 5FROA 4N47A 2OZSA 4Q5VA 4BE1A 2D5RA 3M8QA 4O0IA 4KTZA 4FLUA 2IAJA 1XHZA 4OJRA 3SPYA 4Y1DA 1ZBUA 2X6SA 3L8BA 4CHQA 3HP9A 3CG7A 1NJYA 4HHTA 1BCOA 4NCBA 4FK4A 3I8DA 5I42A 3KJVA 3SI6A 1WNSA 1RT4A 5HRSA 2ZD1A 2XRIA 3DLRA 1CZBA 4PWDA 4CJPA 3NDKA 3OYCA 3V4IA 2D0AA 3MEDA 4PQUA 2HVIA 1S1TA 1T7PA 4O4GA 3K58A 1X9MA 1HJRA 2A1SA 1S1UA 2BDPA 3NFAA 2PY5A 1BI4B 2WOMA 5DMRA 2QKBA 3QNOA 1EP4A 2NUBA 4CF8A 1HQEA 4IKFA 4KTWA 4CFCA 4W5QA 2VWKA 3P83D 1VSJA 4JRQA 1NK0A 4FJIA 3KLHA 4MFBA 1TKZA 2YKNA 5CYQA 3NGIA 1RBUA 2RF2A 2RN2A 2Y1JA 3ASMA 3OYJA 2B5JA 2A1RA 2JLEA 2F8SA 3L3UA 1J54A 4R5PA 3CM5A 3DLBA 2IOCA 4CEZA 3TAFA 1LWCA 1JXEA 3O4QA 4C8LA 4DSIA 4FJKA 4OKKA 2BANA 1RT7A 2QKKA 1BHLA 3ISNC 2Q3SA 3NGYA 1IO2A 1KVCA 2VG5A 3LZIA 4DTXA 5FRMA 2KTQA 2IGIA 3NF9A 2HNYA 3SUPA 4CHZA 5SZTA 3LZJA 5KI6A 4DTOA 3QINA 3TABA 5KGWA 4E89A 2EX3A 3OS0A 2E6MA 1QSLA 3U6FA 5HBMA 4O0JA 3T19A 3OYNA 4FZXC 4FJLA 2YNHA 4CEFA 1VSFA 4B08A 1WSIA 4E7KA 2XY6A 3ZSOA 3AVNA 4E1MA 3THVA 4QOZB 1JLAA 3CFOA 4DQIA 1S9EA 4DWIA 4BWJA 4DTMA 2OA8A 3S3MA 4Z4HA 2Z1GA 1WSEA 3ULDA 4BWMA 3QEXA 1UA0A 5JS1A 2G8UA 4IDKA 4Q0BA 2XO7A 3L2UA 4KHNA 4KHYA 1RILA 1GOAA 2HNDA 4CHYA 4BDZA 3KK3A 4ZTFA 3L2RA 4F4KA 3WNFA 3HT3A 1B9DA 5HRPA 4DLEA 4CJWA 3KKSA 3LP1A 3TWHA 4RW6A 1HMVA 1RBTA 3NH1A 3QEPA 3OVNA 3VQEA 3RRHA 3CM6A 1NK5A 3RR7A 1FKPA 4W5RA 3KTQA 4B9SA 1L3UA 2JGUA 4O55A 1R0AA 5CZ1A 4CJTA 4CFDA 3MEEA 4CIGA 4W5OA 3S3NA 4FJHA 1VRUA 3ALYA 3ZSVA 4H4OA 2YNGA 3AVHA 3RMBA 1QSYA 4FK2A 5CY4A 2X78A 4OPKA 3C94A 4OLBA 2HHUA 3HO1A 3SNNA 4CGFA 3AVBA 1JKHA 1S5JA 3RRGA 4OVLA 4BE0A 4CERA 3K5NA 2BGGA 1XWLA 3V9XA 3I0RA 3MAQA 4KHQA 3EYZA 4CCHA 3PO5A 3IRXA 3QIOA 4CJEA 1N6QA 4DMNA 3SUQA 4M42A 3L2QA 3WNHA 1RBVA 1NKCA 4HUEA 1KCFA 1HNIA 1VK0A 3JSMA 3K5MA 4RW7A 4DS4A 1WN7A 4DF4A 1NK6A 3C6UA 2HHWA 1XI1A 1ASUA 3CFRA 4CJLA 4RW9A 5T7BA 3LAKA 1IG9A 1RTHA 4CJ3A 3LWMA 4OKEA 3MEGA 2HNZA 3M8RA 2DFEA 1Q9XA 4WE1A 4M45A 3PX0A 1NKBA 5HP1A 1JLEA 1LWEA 3OYIA 3E01A 3NE6A 3PY8A 1Z26A 4B9LA 4N56A 2YHAA 3VA0A 1RDAA 1QQCA 4KI4A 3U3GA 3MXJA 3HSTB 2FBYA 4B8AB 4ELTA 1QS4A 4B3OA 1VSLA 4KPYA 5C24A 2G8KA 3NCIA 4FW1A 4O5BA 2YNIA 2G8FA 2KZMA 4MQ3A 1NOYA 2KFZA 4CESA 1HQUA 1C1BA 1U48A 1GOBA 4AH9A 1C0UA 3ZSRA 3V9UA 5D3GA 3OS2A 1NK4A 1KFDA 3VQPA 1KLMA 1T8EA 1SKRA 3TAMA 4DTPA 3QO9A 4FJXA 3OYGA 3U3YA 3SV3A 4J2AA 1Y97A 4CF0A 3SYZA 3MECA 4CK3A 4ID5A 2DTUA 2XHBA 3KK1A 1RDBA 3AVAA 1RCHA 4FJMA 2VG6A 1IH7A 4L8RB 2O4IA 4OGEA 2OZMA 3AVIA 1J5OA 1B9FA 1C0TA 1FKOA 4KTQA 2KFNA 1S6PA 3DLEA 5J1EA 4KB1A 2OPSA 3AA4A 4CJUA 1ASWA 3QLHA 4M3XA 4M3TA 4KAZA 1Q8IA 4CJSA 4EP5A 1DTTA 3TANA 4NYFA 3RTVA 1NKEA 4KHUA 3I0SA 4BE2A 2FBTA 1WSGA 3ZSZA 1VSIA 3EZ5A 2Y1IA 1L5UA 3AVLA 4B9VA 3O3GA 3IAYA 3CQ8A 4B9UA 3AO5A 4FK0A 4FLYA 3KLIA 1HYVA 4CGIA 1HYSA 4M3UA 4AHVA 1CZ9A 1TK8A 2G8WA 2P51A 3S9HA 3ZT4A 3TR8A 3CFPA 4DU3A 1X1PA 1S9GA 2Z1IA 4DU4A 4CIEA 3QEIA 1TAUA 3AO3A 4KB0A 4B8CA 1HNVA 3QEWA 5C42A 4QCLA 3KD1E 4M3RA 1C0MA 3K5OA 1XC9A 1NK8A 1L3VA 4J2EA 4FM0A 3KK2A 3NF6A 1VSEA 1QSSA 2HHXA 3QETA 2F8TA 1A5WA 1LAWA 2X6NA 1S1XA 3JYTA 1U45A 2YHBA 4DFMA 5FDLA 1U04A 4C8MA 4LD0A 3VQ8A 4AHCA 4CF1A 1K6YA 3QERA 2WONA 3B6PA 1Q9YA 3C6TA 4KHSA 4BDYA 4B9MA 3TAQA 4ID1A 3C95A 1NK7A 3KLGA 4JS5A 3VQQA 4F8RA 1RDCA 2VG7A 3K57A 3DLGA 1NJWA 2E4LA 4Z4FA 4F3TA 3NH0A 3HPHA 3OYEA 3HXMA 3SUNA 5J2QA 3RMAA 1LWFA 5CYMA 3SV4A 2OPQA 3TAEA 3S3OA 4FJ5A 3M8SA 1A5XA 3BGRA 4HCBA 2B4JA 2FBXA 3V9ZA 3TAGA 3AVGA 5EU7A 1KTQA 3AVKA 4H4MA 4YFUA 3RR8A 2ETJA 3O4NA 3O3FA 1U49A 4N76A 4NCAA 3EY1A 1X9WA 4M41A 4IG0A 3NHGA 2F96A 3F73A 3H08A 3SUOA 3CYMA 1JLBA 3VQ5A 1SKSA 5KTQA 1D9DA 4I9QA 3LANA 4AHRA 4DLGA 1YVUA 1BISA 5J2MA 4DFJA 1U47A 4HUFA 4JLHA 4LH4A 5SWMA 4Z4EA 3PO4A 3NAEA 3LP0A 1XHXA 3LPTA 3V1RA 4M3WA 4E7IA 3VQ6A 4FJJA 4CEEA 4K8ZA 2HHSA 1TKTA 3A2FA 4GVMA 4AHTA 2AJQA 3FFIA 3ZSYA 1S6QA 1JL1A 3NGZA 4AILC 4DSJA 2ZE2A 4F3OA 3L3VA 1L3SA 3PUFA 3OYFA 1MU2A 4DQRA 3V9WA 1JXBA 4CEAA 1ZBLA 3KKRA 1IKXA 3DOKA 1RDDA 1W0HA 3AV9A 2IS3A 2X74A 3OYMA 3OYDA 4XIUA 1EX4A 1ITGA 3V9SA 3B6OA 4O44A 1UAXA 4E0DA 4E3SA 1TL1A 2G8HA 2D0CA 4OPJA 1BQNA 3V6DA 1BI4A 5K14A 3SCXA 3RWUA 1CXQA 3ZSXA 4KREA 4G1QA 3DYAA 4AHUA 2HHTA 4Z4CA 5KGXA 3OS1A 4DFPA 1BQMA 3VQ9A 4FVMA 3G0ZA 3LWLA 1FXXA 4PA1A 5JS2A 4H8KA 4EP4A 4IBNA 2GV9A 2G8VA 2I5JA 3ZT1A 4DQPA 4LSLA 1UWBA 3SJJA 3T3FA 1WAFA 1FK9A 4CF9A 3HYFA 4OLAA 1JL2A 1JLQA 2XY8A 4DTJA 3ZSWA 4CK2A 4CJKA 4B9TA 3L2VA 1SL2A 2HVHA 1VSHA 4I2QA 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAZA 2HMPA 4QS9A 2D0OA 4ISEA 2GEMA 4OKJA 5KPTA 5GADP 4JI6K 2HHVA 5AQIA 3PV8A 3V1QA 4BRGA 4CI6A 2Z1HA 2YJFA 3EZWA 3LP3A 4DHYA 3R6MA 1J5EK 4BQZA 4E1JA 3K9JA 3I56N 2EWSA 5JICA 1VSMA 1X9SA 2B6AA 2FF3B 2YKMA 3CPEA 2P9NA 2QWMA 4DR2K 4FZYA 3ZT2A 2P9PB 3RMDA 2ZJRL 4BGAA 4UQGA 5EY4A 4KV8A 3T1HK 3CCSN 3JS6A 1BIZA 4BRHA 1WSJA 3K2PA 2R7YA 2HHQA 2IC3A 3HJFA 4EIAA 3TAPA 1NOZA 1D8YA 1I3AA 1X9JA 2PYLA 4FLTA 3SQ4A 5M1KA 1LW2A 3U9DA 4E19A 1CXUA 1ZC6A 3OW2M 1SQKA 4FM1A 3ZCMA 4DFKA 2VGNA 4GMJB 4RW8A 3ZSQA 3J81O 4CZFA 4BROA 4DTRA 4JKFA 3TU5A 4LFAK 3C0BA 4DTNA 1EETA 3OYKA 3DM2A 4CEBA 2PAVA 4BRFA 1NJZA 2GBZA 3AA5X 2HSTA 3PSIA 4N41A 3AAPA 1XUPO 4CHPA 3LPUA 3R8EA 4ZHRA 4J2DA 3QEVA 3RSEB 2NRTA 2DPNA 2KW4A 1HYZA 1T6CA 1QZ6A 3SJHA 4LH5A 3VQAA 4EHUA 3S41A 4DS5A 1J9AA 4A5BA 2O8CA 1GOCA 4GW6A 4FM2A 1TL3A 2VWJA 3QDKA 4CJQA 4YOYA 1S1VA 2W42A 4W5TA 1IKWA 1TYQA 4B3RK 1ATSA 3LDOA 4KRFA 3AA2A 4PY5A 1NGBA 3VA3A 3AVCA 1EWQA 2I7NA 1JLFA 1EXQA 4HTLA 1IKVA 4CEQA 1BWFO 3ZT3A 5LMUK 4FJNA 4M3UA 3VQDA 1X3MA 4QS8A 4IJAA 5LL6Z 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1BA1A 4BRQA 2X78A 4OPKA 3VEXA 2HHUA 3L4QA 4BRPA 4DQ8A 3ID8A 4CGFA 3B8AX 4JK8A 4OVLA 4BE0A 3H1VX 3CD6N 5KPRA 3ULEB 4CCHA 2F7TA 4M42A 3WNHA 5AQYA 3IFRA 4HUEA 1HNIA 1VK0A 1VQNN 2HBMA 1ASUA 3CFRA 1HUXA 4MLHA 2QWLA 3O9UA 4CJ3A 4OKEA 2HNZA 3M8RA 3GOIA 3NE6A 1RDUA 4N56A 3VA0A 3HZ6A 1N34K 4KI4A 3U3GA 1W97L 3HSTB 4BC2A 4B1ZA 2G8FA 3A8YA 3TTDA 1C1BA 4CBWA 1GOBA 4XEIA 3P38A 3V9UA 4CD1A 4FOEA 1J6ZA 3BP8A 4J2AA 4LF8K 2V7ZA 4CK3A 5C12A 1RCHA 4FJMA 2O4IA 4L8RB 4OGEA 3WQTA 3ENHA 1FKOA 3CC7N 4KTQA 4DV1K 1S6PA 4LC9B 4B1VA 3AA4A 1NMDA 4M3XA 1NLVA 4EAHD 4EP5A 3CJCA 2P9UB 4A5AA 3RSEA 4NYFA 1NKEA 1G99A 2Q97A 3ZSZA 2Y1IA 4PL8A 4B9UA 4FK0A 4FLYA 1HYVA 1CZ9A 4BG9A 1X1PA 2Z1IA 2HHHK 4B8CA 3QEWA 3OHRA 3UB5A 4LF7K 5CE3A 3EE8A 1QSSA 3VGMA 5EVZA 1A5WA 1S1XA 2Q31A 3CETA 1K6YA 3HBTA 1E4GT 4B9MA 1Q7YO 3CF5L 3KLGA 1NJWA 2E4LA 3BF1A 3NH0A 4BRCA 4FJ5A 5CYMA 3TAEA 3SV4A 3CMAN 4HCBA 3CJ9A 5EU7A 4CZLA 3RR8A 1U49A 3O4NA 3EY1A 1X9WA 2KHOA 5GAHP 4K41A 3O6WA 2E20A 2ZM6K 5AZJB 5AQNA 4Z4EA 3PO4A 3LP0A 3J7AP 2HHSA 4CEEA 4DR5K 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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