3B04A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with oipp.
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
NRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 133
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b04A00
2HMCA 4IOTA 3B0PA 3JRKA 4HNTA 4Q32A 4UTWA 3Q2DA 1TPB1 2WNQA 3P60A 3W70A 2Z6IA 1H7PA 3W7KA 2B7QA 4FEZA 1Q6QA 3RLUA 3NA8A 2YFNA 3GXTA 4AF0A 2B0MA 2BZNA 3IVTA 2PE4A 4BF9A 3C2VA 3W1MA 2W79A 4DO6A 4PFMA 3GDKA 1CW2A 1OFAA 3TC7A 3IIXA 2GOUA 1TIMA 3ABOA 2E5CA 1JCLA 4HIBA 1F73A 3W1UA 2F7FA 3HG4A 3S1XA 1KM2A 4OBTA 1QOPA 1QAPA 3SZ8A 1ZAIA 3N3MA 3G1DA 5HINA 1GVFA 3DHDA 4D2JA 4NQ1A 1VS1A 2GPTA 4A29A 3C61A 4E0CA 3EKZA 4N9CA 2C13A 4JXCA 3M6YA 4FO4A 1LZOA 3A23A 3GVGA 3E0IA 4AHOA 3MYOA 1TV5A 4X2RA 3W22A 4LY8A 3STGA 1H7XA 4WJEA 4YL2A 3P8IA 1LORA 2H8XA 3ATYA 3DFTA 4LC6A 5D33A 4CLMA 3DKLA 3KVMA 3ZWTA 3QYQA 1TCDA 2NUXA 3C56A 4UFLA 1IF2A 2DORA 3IVUA 1T8XA 1AG1O 5DBTA 3B0UX 2BXVA 4KFNA 3L65A 3VKJA 1F6PA 1ONRA 3RFAA 3W7MA 3MJYA 3B05A 1H5YA 3QSRA 5H2ZA 4EVZA 1THFD 2QF7A 4HPXA 1W5MA 2V2HA 1K7EA 3L66A 1GPWA 2PURA 4N4PA 1LYXA 1SO5A 1W5QA 4JDBA 3MMTA 5TQLA 1B4KA 4CQ9A 5AHLA 5LGXA 4QAIA 3CTLA 1G4EA 1KTNA 3LRMA 1TMHA 3ELFA 2EPHA 3A22A 2DZUA 1OYBA 1TQXA 4LT9A 4AHPA 3EX6A 2NUWA 2R14A 1Q6OA 1X1ZA 5E0KA 3PF3A 4UFMA 4UTJA 4PCFA 3LB0A 3P67A 5KINA 3PUEA 3ABQA 1PHWA 3HGJA 1OK6A 3MO7A 3OA3A 3THQA 3LHVA 1RVGA 3NQDA 3F4WA 5FF3A 2QEZA 3TXVA 5CPNA 4MFEA 3PULA 3B06A 4Y96A 3V75A 1WOAA 1X8FA 1QNVA 1G4SA 4LRSA 5HR7A 1PCKA 4HPJA 4NZJA 2Y7EA 1WYIA 5EBUA 3NNTA 4WQ6A 1Y0EA 2FPVA 4UR7A 3KRZA 1AL7A 2QCMA 2V81A 5LGZA 3QF0A 2H90A 3O8AA 4GC4A 5DCBA 1ADOA 3QM3A 1P5BA 1KFLA 5D2YA 1Z48A 2BTMA 2FB3A 3LXAA 1LLWA 1GTEA 3LLFA 4NU7A 2WSQA 3CC1A 1W56A 1YTEA 3W2MA 1RQEA 3LHUA 3D0CA 4JIQA 3SECA 2OT0A 1H51A 3DI1A 4M6VA 1HO1A 5I3KA 3TJXA 4XTDA 4XUGA 6ALDA 1KM4A 1ZFJA 3KVJA 4A2RA 1TPC1 3QMSA 3W84A 2XN0A 3SW6A 1VCVA 1WOBA 1N7KA 2GVGA 3HBLA 3HOJA 3SR7A 4CNPA 1GYLA 1K02A 4NXSA 5D32A 2JKPA 1A5SA 1KM5A 3QEZA 4OT7A 3T44A 1MEHA 3EX4A 3NL3A 4TO8A 1UUMA 4RZ5A 4PL2A 3S0CA 3SY5A 2VELA 3TFCA 1XUZA 2Y7GA 1W31A 1FCQA 2CWNA 1I4NA 5EY5A 3LHYA 4YCOA 4JTFA 4BWLC 3CIWA 4O12A 3LERA 1MO0A 2C16A 1FQ0A 5AC8A 4N6FA 1SW3A 5DELA 2Y88A 1UJPA 1QPRA 1SZNA 3UY8A 3NEVA 2WJZA 4HNNA 2XN2A 3TJLA 5LNRA 4WY0F 2A2IA 1OF8A 3K30A 1FCUA 4ZQCA 1OX6A 4MLRA 2QUUA 4JTJA 2HTMA 3TXZA 5C6MA 4JTIA 4M6QA 2A21A 4O19A 3EB2A 4HT3A 4KWWA 1KA9F 3L5MA 1KTBA 5D30A 4CQAA 1H1ZA 1GYNA 1A50A 1EUAA 4DELA 5LZLA 5DBUA 1I45A 4RX0A 2A0NA 1VC4A 1VCGA 2DU2A 2ISVA 3CEPA 2FPYA 3GIYA 4GUFA 1F74A 1ALDA 3LV5A 3GX9A 3W7QA 1OK4A 4JEQA 3W7GA 3NG3A 3Q94A 1TTPA 1KFKA 4LW7A 5D2XA 3P74A 1R2RA 4N6EA 2ZZ4A 1LBMA 4WZHA 3STCA 3UWVA 4RZ6A 3QMTA 4P61A 4IGHA 3P84A 3JS3A 2KZHA 4N2YA 1VRDA 3EWZA 3W1QA 3TH6A 1DVJA 2A5HA 4JTTA 4A21A 3O05A 3CT7A 2ZDRA 2Q3OA 1ZNNA 2ZZ1A 1I2NA 1ME8A 4QIUA 5DCDA 5AOUA 1VR6A 1G7VA 3FYPA 3T7VA 3I65A 3LM7A 4K36A 1TPWA 2CFFA 3W9ZA 2H3BA 4MPQA 5DY2A 4UTIA 4NZFA 2TYSA 1DBTA 4OE7A 4CNOA 1YXDA 2G95A 2ZRWA 5K4XA 3ANYA 2ZA1A 3CQ0A 4Z0JA 1IIHA 3O6YX 4DPQA 3NQVA 3OVPA 5DXXA 4B5NA 2WPBA 1V5XA 4O0ZA 2E77A 3USBA 3G1YA 3N2XA 3FS2A 4N9BA 3BVJA 4N9EA 4MKNA 1TTIA 1A5CA 2P0OA 3WK1A 1SR9A 2B7OA 3I7SA 4ZL1A 3UWZA 3GDTA 3B04A 1FWRA 4ORMA 1SQ7A 2ZZ6A 1JQXA 2PRMA 3W1AA 5EMUA 1B57A 1E51A 5FEWA 2ZQ0A 5HQEA 1PVNA 3BLIA 5BRBA 1XBYA 4UFKA 4GUGA 2B4GA 3W72A 4IXXA 1DQXA 2X1SA 4QSHA 2EGZA 3PBWA 3NL6A 3TQKA 2QCNA 3NQ6A 4MY8A 4RR4A 2CLKA 3WK2A 3QJAA 1CX9A 1GVOA 2WV8A 2O7SA 4JS3A 3BG3A 1YADA 1F05A 2E5DA 1PS9A 3A5FA 2ABAA 1L6SA 2Y62A 3L0NA 1AMKA 1H62A 2A85A 1XDLA 1I2PA 1FCBA 1YXYA 2BX7A 3LX9A 1F7BA 2RDWA 3EWBX 3T40A 2DZTA 2JKEA 4NXKA 2RH9A 3LRLA 4Z1DA 5AB3A 1IXPA 3UQNA 1K7XA 2DZPA 3CB8A 4O4VA 1OFBA 2J9ZA 1EB3A 2WOQA 2Y70A 1N55A 3CWOX 2RDTA 4Z1BA 1XXXA 4O28A 3KFTA 2X30A 2CLFA 3C2FA 4AEOA 2C14A 5IM51 1KV5A 2Q8ZA 3MWAA 1LLZA 5BMWA 1HL2A 3QSTA 4LS2A 3P5ZA 2FLIA 1I2QA 1PCWA 1ME9A 3M1ZA 4FIRA 1Z44A 1RPXA 4ALDA 3ZR4A 5D2TA 1P0KA 3QH2A 1QPOA 4OWGA 1LRNA 2I1OA 3HQ1A 1EWDA 2C19A 2TMDA 3IRDA 4O18A 3UWQA 1JRCA 5G2IA 5IBXC 1XFBA 4O15A 2P10A 3T78A 1EPXA 4JIPA 3W85A 5FEPA 2A7NA 1MEIA 2VEMA 1JJKA 3NYZA 3G22A 4JDYA 5AHNA 2ZRYA 1GEQA 1XUUA 1FWNA 2X1RA 4ORIA 4CCCA 3M41A 2ZZ3A 4OV4A 3NZ1A 4L4MA 4AWSA 1HFBA 1NVMA 4IJBA 4NJKA 4GWEA 1EEPA 4W9TA 2C3ZA 3ATZA 5KTLA 2P1FA 4CQ8A 3W7IA 3TMLA 4K38A 4TMCA 3FYOA 3L9CA 1QPNA 4MYXA 5FI8A 4MUZA 3UPWA 3HJZA 1S5WA 2R8WA 2Z1BA 1D3HA 5A5WA 3LCIA 3LLDA 3BGGA 3NOEA 3BK0A 4Q4KA 3S42A 4FNRA 1QPQA 5HWNA 1C29A 2QUTA 2RFGA 5AC6A 2W6RA 3KXQA 2VFEA 4UMBA 5I3JA 5LHFA 1UCWA 3G1FA 1XKYA 1H7NA 3MP4A 1S5TA 1KV8A 1AK5A 4TMBA 1KFEA 4K7YA 5F2LA 3TUUA 3MHUA 3IGXA 4EF9A 2QJHA 1M5WA 3SJ3A 1PE1A 4NJIA 4UTWC 3PC0A 4MZ1A 3A24A 4O57A 5FF2A 2VFFA 2CLLA 4MFDA 1JQVA 4DQWA 4X9SA 4O1CA 3TSMA 1BTMA 2V5LA 1W3NA 4JTSA 1KM6A 1FWSA 2J88A 1R46A 3G24A 3MI2A 1TPDA 2VEIA 3QC3A 2E5BA 1P4CA 5U4NA 2EHHA 3IGSA 4EOUA 1M6JA 1SZEA 3STFA 2NZLA 2FDSA 1D3GA 1SW0A 1ZHAA 1W5NA 1GG1A 3HO8A 5K4ZA 1W8SA 1F2JA 2E1DA 3PUOA 4WX2A 2BLEA 3W3OA 3W86A 5EA9A 1TO3A 3M43A 4JX6A 1KFBA 4RXGA 5G1TA 2ZYFA 3LHZA 3WFAA 3NL2A 5TBOA 3OIXA 4EF8A 4UTHA 3UYCA 4MY1A 5DY3A 2A7RA 5D2WA 4IMGA 4AH7A 3PWAA 4NX5A 1G69A 5CSSA 3MUXA 1YPFA 5F2GA 3G0SA 3WK0A 4G1KA 1AW2A 5F1UA 1VYRA 5LNWA 1I2RA 3F03K 4A22A 3THAA 5F2MA 4A2SA 2AAMA 4ZQPA 2C0AA 4NNBA 5L6UA 1K03A 5AFDA 2J24A 3G8RA 3W7PA 1VLIA 3STEA 3TX9A 4Z08A 1W5PA 4O16A 4OU1A 1J2WA 4FNSA 2JBMA 4X22A 2X2GA 1GJPA 3NQ8A 1VCFA 2OJPA 3FA5A 3MI6A 1ZALA 3W1XA 4BR1A 1VLWA 3LCLA 2YSWA 3PVFA 4UTTC 2ZZ7A 4UFIA 1TSIA 4LTSA 5F4XA 3C8FA 2YW4A 2QCGA 1XL9A 3Q58A 1RD5A 1VH7A 4JX4A 4Y6GA 2NLIA 5DCEA 4ML9A 3CM4A 4UNKA 3VE7A 1X1OA 4Y90A 3NQMA 5C54A 4JN6A 2QCDB 4UTUA 2J9XA 3IIPA 1G4PA 2J9YA 1DQWA 5KZEA 1VZWA 1GVQA 3CIXA 2QAFA 1PIIA 3DFOA 3BW3A 3GB6A 2BWGA 2E6YA 2H8ZA 2YPIA 4HKPA 4LV4A 3GYEA 4M6PA 2GJLA 4O53A 3PY2A 3TDFA 3S6DA 3P81A 3BW4A 2NWSA 6TIMA 3TKFA 3HMJG 3FIGA 4UFJA 2J27A 3NPVA 1SW7A 5C55A 1L9WA 3W75A 3JR2A 4JYEA 2ATMA 3PM6A 2WSRA 4LV9A 1LOSA 3FOKA 3NQGA 3ABSA 1OVDA 4KFOA 4PODA 3W1NA 2D73A 2V82A 4DXVA 5K3VA 3S5NA 4O52A 4GFSA 5FF0A 1JUEA 3I68A 3WJYA 4EIVA 1Z41A 2CLMA 3W88A 1VJIA 3QQ0A 3OBKA 5A8GA 3MW7A 5E1QA 3DBPA 4TX9A 3L2IA 4C1LA 4N4QA 4M5PA 3BLFA 3PBYA 4H3DA 1TPVA 2CLIA 4UXDA 5BNKA 2WNNA 3WJWA 3LCXA 5D05A 4LVDA 1GQNA 5AHMA 1L6YA 3NM1A 5D38A 1GT8A 1PV8A 2LLEA 4O17A 1RQBA 2A6LA 3IIOA 3IVSA 1YLVA 4O50A 2RDUA 1VYSX 4K6AA 4K8HA 1GTHA 2YDAA 2ZFAA 2FJKA 1XCFA 1XI3A 5F4WA 1O95A 4NJHA 4UTLA 4WOQA 4YLWA 5HMSA 4JTLA 3UWWA 5AN7A 1TPEA 4FX7A 1DV7A 4UMAA 1ME7A 1EP1A 3RMJA 3HGRA 1ZJIA 5T26A 4Y9AA 5H91A 4E2BA 1GG0A 1TTQA 2ALDA 4S2CA 1FXQA 1XBVA 1WXJA 3NQEA 4S1FA 4RKAA 3LTPA 3UPBA 1B3OA 3H55A 1FWWA 2NV2A 3TA6A 3VCRA 3G1HA 1KFJA 4BWLA 3GNDA 3C2OA 3LV6A 4XBSA 3W74A 2R94A 2GUUA 4IMEA 1KW1A 3KHJA 3TR2A 1RV8A 2NX3A 3NM3A 4O1BA 3LGEA 3G18A 2I9EA 1JCMP 3MHGA 4IPJA 3NPWA 5F2IA 2R91A 5ABTA 3I6RA 1G67A 1JUKA 4AMAA 5MHBA 3W7DA 3UY7A 3OVQA 2DZVA 3NPXA 4OV9A 2ATSA 5AC7A 4NX0A 1MEWA 4RCXA 4E38A 3W2UA 3GR7A 3PBVA 3H54A 2VKZG 3GDLA 4UMCA 1T0OA 1I2OA 1JCXA 1EUNA 1PHQA 4QQ3A 5DLCA 4GUHA 4O11A 1R30A 1QOQA 5G2HA 3N9SA 3TROA 2H3DA 1W54A 3CWNA 1YDNA 1DL3A 2QUVA 2BSLA 3A9IA 4JD4A 3C6CA 3IV3A 2A1YA 2EAWA 1OX5A 2VC6A 2X1UA 4JYFA 5CZTA 4U4MA 3KX6A 3LBMA 2X16A 2DJXA 5KMYA 4FXRA 1LTDA 1PL9A 2EKCA 4R34A 3L0GA 4UR8A 4S2BA 3PS7A 4LNYA 3PG8A 4MIMA 2YZRA 3GZ3A 3VFLA 4PA8A 4PC8A 3EWXA 5G5IA 2W0UA 4O4WA 4IMCA 4UFHA 2TRSA 2OMAA 2AQWA 1UASA 3LCHA 2CZFA 3LRKA 1ICPA 4QISA 1TPFA 3P80A 1CI1A 1VPXA 3DFSA 1TJPA 3W2JA 2V0TA 1QCWA 1Q45A 3HIJA 1M7OA 3S9YA 1HO4A 1TV8A 4PL1A 3W2KA 1SO6A 2WO5A 1XC4A 1YDVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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