3B0UX

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna fragment
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 126
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0uX02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0uX01
4QQ3A 3FS2A 3M43A 2VEMA 3TE9A 2QEZA 3P81A 1O60A 4XBKA 3IEBA 4UTTC 5D02A 1JVNA 2C13A 1FXQA 2C16A 1HO1A 2ZFAA 3GXPA 1H62A 4H6KA 3W7KA 1JRBA 1TTPA 1B57A 2JKEA 3N2MA 4NT0A 3MHUA 4AWSA 1I2QA 2YXGA 3TJXA 3CT7A 1FXPA 3TXVA 1H5YA 4RZ4A 4P2VA 5E93A 3W2MA 4K37A 2FFCA 3LV6A 3R2GA 4GJ1A 3UNDA 4A21A 4S2BA 3ANYA 2FQIA 2O7SA 2Y7GA 3G3MA 3TCEA 3L0NA 5LGXA 4HSOA 4LTSA 3NQGA 1OFOA 5HMSA 2A4AA 4EF9A 2WQPA 2FPYA 2NUYA 1W3NA 1RQHA 4QAIA 1OK4A 5CZSA 1FUYA 1TPEA 3BW4A 1GJPA 4WY0F 5KMYA 1RQEA 3T78A 5AHFA 1PVNA 1MXSA 4CNNA 4MLJA 5HR6A 3WJZA 1EA0A 1QCWA 2TMDA 3FKRA 2A0NA 3NL2A 5FEWA 4WJEA 3R12A 1OFPA 2KZHA 3O07A 1TPB1 4IJBA 1KFJA 3W7NA 5TBOA 3W3OA 4HNNA 1QPOA 1WXJA 3Q58A 2WKJA 1TQJA 3STFA 3MI6A 2H3BA 5DCBA 1GG1A 5AYYA 2J6XA 3HJZA 3KX6A 4FIRA 4HNVA 4CQ8A 1H7OA 3W7CA 4MVAA 3KVMA 5DBTA 2FJKA 4K7YA 1DKWA 4LRTA 1GVQA 4Y6GA 3BO9A 1KLZA 1JJKA 1OFRA 3NEVA 4IWWA 1Z48A 4ZL1A 1LP6A 2DZSA 1Q6RA 2V82A 2A6NA 3A5FA 5D2VA 3TQVA 1W3IA 4LV4A 2Y6ZA 1TIMA 5KITA 4IGHA 1TV5A 2P1FA 3A23A 2QR6A 3GX9A 2DU2A 1ME7A 3N73A 1U5JA 3O63A 4GUJA 2V30A 4JY8A 1SU5A 1ADOA 1TJRA 4O0KA 3NR0A 1VHNA 1DJQA 3G1AA 1ICPA 3G1XA 4JTLA 5HUOA 4BI7A 1XL9A 3DFQA 1T0OA 4HN4A 2BTMA 3C2OA 3KFTA 4ORIA 3F4WA 5DY2A 5A5WA 3TSDA 5LHEA 2J24A 4MFEA 3WK1A 4K8HA 3S0CA 1W31A 1MEWA 1UUOA 3CLMA 2YDAA 2QCDA 3M5VA 3QF0A 4LV9A 2V2CA 3FYOA 4JYEA 2R14A 4FEZA 3B4UA 1BEUA 3W7MA 5G2WA 1JQVA 3DFNA 4O50A 3GKAA 4UR7A 2YX0A 2CFFA 3IVSA 3AO0A 3T55A 1F5ZA 3NO5A 1Q45A 4I7UA 1HL2A 1B4EA 4JXCA 3TK7A 1VJIA 3FLUA 3TROA 4GNJA 2E6DA 4UFLA 1XCFA 3D0CA 1WA3A 3NXFA 3R8RA 4UTUA 2H3DA 1O95A 3W22A 4LC8A 2V0TA 4M6VA 3W7JA 1IXOA 4Q33A 1XC4A 3CEUA 5G5IA 1K8XA 4IQLA 4HPJA 1NF7A 3S5YA 4JTTA 4ZMGA 1FY6A 5DLCA 2ZZ4A 3E12A 3P84A 4JYDA 3I65A 3NPVA 1OF8A 1JUBA 4NZJA 4C1LA 1L9WA 1MZHA 2E6AA 4WUIA 3LCFA 2PC4A 1OK6A 2GQ8A 3C2RA 5DBUA 3RLVA 4DF1A 3T7VA 4M6PA 4O53A 1BTMA 2OX1A 3RK8A 1RVGA 1GT8A 3QYQA 4O14A 4Z1DA 3HMJG 5C6MA 4FXSA 1QO2A 5AHMA 3B04A 5FF2A 5GVJA 2V5BA 3JR2A 5CPNA 1OYCA 1EEPA 1X8FA 5KINA 3ABQA 2QCLA 3FOKA 3M1ZA 3HG4A 1NSJA 3P5ZA 1IXNA 4UIOA 2QJGA 1XUUA 3TAOA 4FNTA 3UPWA 1IGSA 2FTPA 3N19B 3ZWSA 3GKFA 1C8VA 3QMTA 1QFEA 4CLMA 2FLIA 4DF0A 2X2GA 2HS8A 4POCA 1ZAJA 3NVTA 2J9ZA 3M16A 3EX1A 3U2OA 3NA8A 3DGRA 4JD4A 3GXNA 2Y85A 1LRQA 3MW7A 1FWRA 4IMFA 4O19A 4ORMA 1FCUA 1X7FA 3MBDA 1H7PA 4FNQA 1ZNNA 2C19A 2CZ5A 4CQ9A 5D2TA 4LOCA 4YCPA 3W7OA 1ZHAA 1KLYA 2ZCGA 2W79A 5F2MA 2FPVA 1LYXA 4LVBA 4ADUA 2BX7A 2Y7FA 3ELFA 2YW4A 3L67A 2H90A 3NQDA 1JCMP 1PL9A 1SSDA 4KWWA 5G4EA 4FNPA 1JRCA 4LRSA 2HS6A 1X1OA 1DQWA 3QH2A 2QKFA 3C61A 3B0VC 1I8JA 1YDNA 3KHJA 4EOUA 4UMCA 3M5ZA 4FX7A 2CZEA 1OFQA 2CLHA 2QAPA 5FEZA 3MHGA 3W87A 3V75A 4PTNA 2Q3OA 1BKSA 5L9FA 3SSJA 3PUOA 2GVJA 4EWND 1WV2A 4XUGA 5I3IA 1SQ7A 3FIGA 2NV2A 3GDTA 3DFSA 5AHNA 3S42A 3WJSA 4X22A 5H2ZA 2WSYA 5J5RA 1KBJA 3E02A 4YWIA 3ZS4A 3BGJA 1Z42A 3CIWA 1F76A 3UY7A 4AF0A 4Q4KA 2GVGA 5AN7A 2C15A 4UTWA 4CCDA 2JGQA 3PUDA 5F4WA 2H8XA 3SJ3A 3ABRA 4H4IA 8TIMA 1EIXA 3PB0A 1I2RA 3LCGA 1EWEA 3MP4A 1TTIA 4N4PA 3JS3A 3W23A 4GRSA 4JS3A 1UUMA 4BWLC 3MI3A 3DXIA 1LBLA 5D37A 3HGRA 3P80A 4AEOA 4FB7A 1LM1A 4JICA 1M7OA 1N55A 4WOQA 3RF9A 2ZZ2A 3KRSA 1H50A 5CGQA 3QEZA 4LVFA 1GTEA 5H91A 3PS7A 1A5AA 4IPJA 4M5PA 3W07A 4FNUA 3TV8A 4UFJA 3BV4A 4YLWA 2YGYA 3DFPA 4XBSA 1YXDA 5IBXC 1GVOA 4MJZA 2ZTJA 1YXYA 3VE7A 3PWAA 4P61A 1JR1A 4MLRA 1AW5A 3C3NA 3TW7A 3PVFA 1PHWA 1JQXA 4BK9A 2Y88A 3N14A 4ZVJA 3C6CA 3MHFA 1K8ZA 4UTIA 3G1HA 3DH7A 5I3JA 3LDVA 4HHPA 1MSSA 1SW3A 2ZA1A 3TMLA 3OBKA 1OJXA 2J88A 4O52A 1O94A 4K8EA 3UY8A 1NFBA 2OCZA 3C52A 2QUUA 1XXXA 3CWNA 3IVUA 1ICQA 2WOQA 1I4NA 4DPPA 4LW7A 5AC6A 5AFDA 3MYPA 3C2EA 4LY8A 4UMBA 3IIXA 1EUNA 4AMAA 3MBFA 2BXVA 5HWJA 2ZQ0A 1HG3A 3B05A 3W73A 2E5BA 3FA5A 2BZNA 2QCNA 4M7TA 1G6CA 1QR7A 1SZGA 3W70A 5EYWA 3UZJA 3F4NA 1FWWA 3NQ7A 2FIQA 3H55A 3HGSA 5CPMA 1FDZA 5LGZA 2VFDA 1DOSA 3LCXA 3PBUA 4I7WA 3LCIA 2EKCA 4TIMA 1XKYA 4RLIA 5LNRA 4PEKA 4DELA 3MWAA 5F1VA 4Z1CA 3TSMA 3TC7A 2DZUA 3P8JA 3G1YA 3UWYA 2Y62A 3A24A 3B06A 1LOQA 3N9SA 4JTIA 3HG5A 2EAWA 4NJHA 3RU6A 1DHPA 4HKPA 4XWUA 3W2NA 2A85A 3LTSA 4EIVA 2QUTA 2ZZ6A 3S8HA 5E1QA 1P0NA 1SSGA 2GPTA 3FFSA 1R2TA 3LOTA 5CSRA 3SGUA 1TPC1 2VFFA 4Y96A 4Z1BA 4TMCA 2OZ0A 4NNBA 5T26A 3W7QA 1S3HA 4IMEA 2RH9A 4O18A 5FI8A 3LCLA 1R47A 4UTJA 4S2CA 1PV8A 1K03A 2DJXA 5L6UA 5I3HA 3W7LA 2ISSA 3GIYA 4M19A 2XFWA 1B4KA 5D38A 1QAPA 3Q37A 4JX4A 2CLIA 1TREA 3CU2A 3L5AA 4NXKA 3PUEA 2Y7EA 4UTHA 3W74A 3KOFA 3P74A 4U4MA 3THQA 3DENA 4CQAA 3CEPA 4Y90A 3A22A 3IGXA 4ZQPA 5FF7A 1FBAA 1W1ZA 3JRKA 3EXSA 3K30A 2NV1A 4JTEA 4O57A 2F84A 3PULA 4BFAA 1KM5A 3O6DA 3CB8A 2V2HA 3HGOA 5AHIA 5HWNA 5FEXA 1KW1A 4UMAA 2QF7A 1OABA 5EA9A 4OWGA 3EX6A 4HSNA 1ZY9A 4DF2A 1D3GA 4JIQA 1W5NA 2ZA2A 4OV4A 1TPFA 2E1DA 4XKYB 3C8FA 3O06A 5DXXA 3W88A 4NNCA 4Z08A 1TV8A 5SWUA 5A8GA 4DO4A 4MY8A 3DZ1A 2W6RA 3HO8A 3IV3A 4MJMA 2DZXA 5D30A 3PF3A 4X3ZA 4AXKA 2ATMA 1KBIA 1SZFA 4LUIA 3P60A 1KFKA 2IQTA 4WD0A 3G8RA 4JX5A 3LBCA 2JKPA 3GDRA 1OF6A 3M5XA 1JCNA 1YXCA 5AC8A 5DCDA 3LGEA 3W1AA 1R46A 3PG8A 2Z2UA 2G5WA 5IM51 1OVDA 1FX6A 2NXGA 1CW2A 4GXMA 4JX6A 4WOZA 1Q3NA 4O11A 2C14A 1JCXA 2B7QA 2E5CA 2ABBA 1B3OA 1XBZA 3G1DA 3QC3A 4EF8A 3TJLA 2A1YA 3DFOA 1LORA 4PL1A 1WBHA 2V81A 4R34A 2NUXA 3M0ZA 2B4GA 4ZQMA 2YPIA 3LHUA 2J27A 3P7YA 2ZTKA 3W2JA 1P5BA 4IXXA 4WX2A 1F05A 3G1VA 3IIZA 4TO8A 1QDSA 5F2LA 3NPWA 1YADA 4Z0JA 2XN0A 1WBJA 3FYPA 4ONVA 3DAQA 4O16A 3R5EA 3QMSA 1NVMA 3EB2A 2YR1A 2NX3A 3LX9A 2RDUA 4N9EA 4O15A 5E0KA 1ML1A 3P62A 2HMCA 4QNWA 3QRHA 2OT0A 3RFAA 1VCVA 1VR6A 4AHPA 1IIHA 3BG3A 4RXFA 3IIPA 1NAL1 3ABOA 4JNMA 4HNUA 1B9BA 3C56A 3SZ8A 3I6RA 4DBDA 5BNKA 2WSQA 3TX9A 3LXAA 3HG2A 1TPUA 4UR8A 4UTKA 2Y89A 1GVSA 3DHDA 3M47A 2AQWA 5EY5A 1WAUA 4WY0A 4O12A 2C18A 1EX5A 2B0MA 4N9DA 1TO3A 1ZAHA 3N9RA 1BWLA 1WOBA 2DZWA 3B03A 2VFEA 5D2XA 4OU1A 3S1WA 3QM3A 3V1PA 3W84A 2RFGA 3NL5A 5U4NA 3DHFA 1WQ5A 5I3KA 1F6KA 4E2BA 1TYGA 4JR5A 5G2IA 3UYCA 2HTMA 1H7XA 4AHQA 3PBYA 1ICSA 2ZRWA 3EWYA 3WK3A 1ME8A 2G96A 2CZFA 4O54A 4K39A 1S5WA 3UD6A 2I14A 1G69A 3W9ZA 2WNZA 3EX4A 2A21A 3QSTA 5CZJA 3NQ8A 3A5VA 4FNSA 4PCFA 5LKYA 5FF4A 1GVRA 2J9XA 5KZDA 1SO3A 1A50A 4JTKA 1GYNA 3F03K 4JGDA 3TQKA 2QCEA 2ISWA 2I1OA 5TQLA 1SFJA 3CQ0A 4RCXA 4U28A 2PRLA 2E5DA 4IOTA 3M9YA 1Z41A 4QJ1A 3A21A 3LRMA 4N6EA 3W1LA 5CPLA 2RDTA 4IMCA 2X30A 3E0IA 3W1QA 4FF7A 3SIZA 2QAFA 3TW6A 4A3UA 3TAKA 1VLWA 2A2IA 2YCEA 3BW3A 3NQ6A 2R91A 1GTHA 4K36A 3QW3A 1LLWA 1TCDA 2DZTA 2ABAA 1GYLA 1AG1O 3ATYA 3KRZA 1YTKA 1EP2A 1W5OA 2Z1BA 4NJIA 3EWWA 4O4VA 4MKNA 3NL6A 4OQVA 2D73A 3EWZA 5BMXA 1E51A 1L6YA 4NQ1A 4O1BA 4FX8A 3G8EA 1M5WA 1FDYA 1MO0A 4O0ZA 3O16A 2PURA 1ALDA 2NWSA 3TH6A 1KFBA 1I45A 1ZAIA 1OFBA 1ME9A 4N9BA 3STEA 1TPWA 4R33A 2E6FA 4ZQNA 2ZRUA 3LTPA 5LNVA 1D9EA 2ZA3A 3EKLA 1RV8A 2DJLA 1HO4A 3GZ3A 3FJLA 3G1SA 1K7FA 4A22A 1VHCA 1RZMA 4UC5A 2UV8G 4IX0A 2GOUA 1WX0A 3I68A 1XI3A 3G1FA 1DORA 2R94A 1DL3A 3BLEA 1WOAA 2VEKA 3GAYA 4ALDA 4NJJA 1VYPX 5ABTA 3O1NA 3VCRA 1AW2A 5CZTA 3G18A 1X6UA 1M7PA 3W72A 4EVZA 5LSMA 2V8ZA 1KFLA 3IVTA 3STCA 2A7NA 3OEXA 4ZQCA 5EBUA 3CC1A 4ADTA 3UWVA 4C1KA 4MUZA 3SR7A 5F2GA 1N8FA 4JTFA 4HT3A 1LLZA 1QNVA 1QO5A 3VNDA 3GVGA 1VS1A 2JKAA 1AL7A 3PSVA 3WJWA 2GJLA 3W7DA 2Q8LA 1TPVA 3BARA 2C3ZA 4FIQA 3TXZA 4R53A 4BI5A 3I7RA 2ZRZA 3NYZA 1YTEA 1Q6LA 2DZVA 3LHTA 2VEPA 1O4UA 4RK8A 1OHLA 4O1CA 4RXGA 3NM1A 1Q6QA 2QCDB 5AB3A 4JN6A 1W54A 4OT7A 1I2PA 1HFBA 1W37A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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