3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
3HO1A 1BISA 1IG9A 2FBVA 4BDPA 4DQIA 4KHUA 4ID5A 5KGWA 1HNVA 3V9UA 1JL2A 3QEPA 3AA4A 4KHSA 3AVIA 3LP1A 1SV5A 3TAEA 1X9MA 1TVRA 1U04A 4CIGA 1JLEA 2X74A 4M42A 3DLKA 1LV5A 1GOCA 2KQ2A 3RMAA 3TANA 4FJKA 4KRFA 3VQ9A 1QSSA 1TAQA 3AVAA 1Q8IA 1BQNA 5DMRA 1R0AA 4KFBA 1UOCA 2DFEA 4CFDA 3U3GA 5FDLA 2XO7A 4FJ9A 3V1RA 4OKJA 3V9XA 4K8ZA 3OJUA 4OJRA 3NF8A 3QEIA 5CYQA 1HYZA 4IDKA 4CIFA 3OYFA 1KLNA 1IKXA 1TGOA 3KIOA 3QEVA 4DTUA 1WSJA 1IKVA 3KLFA 4DTPA 3MECA 4FW1A 4DFMA 3AVBA 4DTOA 4ICLA 1SL0A 1SL2A 1NK8A 3HSTB 1J9AA 4BWMA 4CJ4A 1L3SA 1Q9YA 3TR8A 1JL1A 2DFFA 2BGGA 3LP2A 4FJNA 2YKNA 3B6OA 1YVUA 4AHCA 1TL1A 3JYTA 1WAJA 1RBVA 3CFOA 5CZ2A 1LWFA 1RNHA 4GMJB 3DM2A 2WONA 1UA0A 1NK5A 3T3FA 3CYMA 3S9HA 1HJRA 3SJJA 4IKFA 2FC0A 3QLHA 4CJRA 4DMNA 4DTSA 4CGJA 3RMDA 2QKKA 2IAJA 1WSEA 4CJEA 3DOLA 5J1EA 2G8KA 1S1UA 1ZBIA 5C25A 1XI1A 4CK2A 1U45A 4DSFA 1NK0A 4DFJA 3AA3A 4F3OA 3NDKA 3KKSA 4M3YA 3TAGA 3SQ0A 1IH7A 3WNHA 4IG0A 4FW2A 3RMBA 4DU4A 4HHTA 1NK7A 5HRRA 3CG7A 2E6MA 3NGIA 4C8NA 3CFRA 5J2QA 1QTMA 1RDCA 2FBTA 1RTJA 2EHGA 4DTJA 1ASVA 3ZT1A 3EYZA 4CERA 3P5JA 4E1MA 3RRHA 4I9QA 2HHTA 3LPUA 4EZ9A 1VK0A 1JKHA 4H4OA 1TKTA 3TWHA 5KI6A 3TI0A 3NF7A 3L2QA 1O1WA 3NE6A 3IG1A 2ITGA 3L2UA 5KRTA 4B9MA 1VSDA 1RDDA 5FRNA 2PY5A 4W5RA 2B6AA 3QNOA 3ULDA 4CF9A 4CHPA 4J2DA 3QIOA 4M3TA 1IKYA 3AA5X 3AO2A 1KVAA 4GVMA 3NBPA 4CF0A 1SKWA 4FJJA 5CYMA 4NYNA 1IO2A 1S5JA 1RT3A 2JGUA 3V1OA 2G8WA 1GOBA 2KTQA 4HUEA 2F8SA 1VRTA 1BQMA 5HRSA 2YKMA 5JS1A 3C95A 4PY5A 1J5OA 4EZ6A 3ITHA 1S9EA 3NGYA 3V1QA 4LSNA 3SUQA 3ZT4A 4FJHA 4FJ8A 1UAXA 2RF2A 2Y1JA 3AVNA 1BGXT 5T7BA 2EX3A 3SQ1A 1ZYQA 1JLFA 2XY6A 1X9SA 1W9HA 3B6PA 4CJ5A 3LZJA 1D5AA 3K2PA 4Y1DA 2IDOA 2YNGA 4KTQA 4E19A 3L2VA 2KZZA 4CJ3A 2ZD1A 4CJTA 2YV0X 2Z1IA 3THVA 3QEWA 1EP4A 3AVLA 3M8PA 3OYKA 4I2QA 1HYSA 4O4GA 3E01A 1Z26A 3K58A 1BIUA 3NHGA 2R7YA 4DU3A 3EZ5A 4C8OA 4E0DA 3RR7A 1UWBA 1L3UA 5HRNA 1U49A 3DRSA 4I9LA 3NGZA 4DTRA 4B9SA 2DTUA 1EX4A 5I42A 4YNQA 2X6SA 4FM0A 3HP9A 4KAZA 3LZIA 4CECA 3OYAA 4CGHA 1NKEA 2Z1HA 4W5QA 4J2AA 3KD5E 1RT4A 4GW6A 4Q5VA 3V9ZA 3LPTA 4RW6A 4JS5A 4PUOA 1HMVA 3KK3A 3MEGA 2GUIA 3O4NA 3KK1A 2Y1IA 2O4IA 4AH9A 5SWMA 4NYFA 1VSLA 4BWJA 1D9FA 3DRPA 2BANA 3IS9A 1ITGA 3MXJA 3TAMA 1KCFA 2Q3SA 4CEQA 1LWCA 3HPGA 4OGEA 5E41A 2HW3A 2YNIA 3CM5A 3K57A 4DFKA 3QETA 4Z4HA 4FM1A 1RTDA 4HCBA 1JLCA 4CFBA 3OYNA 1FKOA 5CY4A 3NH2A 3LWMA 1JLBA 4CJKA 2A1RA 3LP3A 4FK4A 4FXDA 1S9GA 2HHXA 3L2RA 2XY5A 1BL3A 3SV4A 3OVNA 1RT7A 4B9UA 2HNDA 3PO4A 1N5YA 3CQ8A 2YHAA 4FCYA 1W0HA 3AVCA 1DLOA 3NH0A 4BE1A 4E7HA 5J2PA 1QSLA 1RT6A 3IRXA 1I3AA 3AO5A 3NF6A 4F8RA 2IC3A 3OYIA 2OYQA 4H8KA 1U4BA 1X9WA 1NOYA 1NK4A 4O5BA 1XHXA 2X6NA 4FJLA 1GOAA 3HL8A 4ELUA 3ISNC 3VQAA 3LP0A 2OA8A 1NJYA 1QS4A 1HPZA 1ZBUA 4CFAA 3A2FA 3NH1A 2AJQA 3UIQA 1EKEA 1VSMA 4CEBA 3AVJA 1YT3A 1C0UA 1T03A 1FKPA 4CHZA 1RTIA 3NF9A 4NCGA 4NCAA 1JXBA 1T05A 4K8XA 4E3SA 3TABA 2KZMA 4E89A 3AVGA 3DRRA 1ZBFA 3QERA 3KD1E 2FBYA 4LY7A 2XRIA 1DTTA 1VSFA 4CGGA 4QOZB 1S1VA 3DLGA 2D0CA 4MFBA 5FROA 3VA0A 3AVFA 3KLEA 1CZ9A 1RBRA 4FJ7A 3AVMA 1KVCA 4FZXC 3OYMA 4KI4A 4FLZA 3QESA 1BI4B 3G10A 1FXXA 3C6UA 4DG1A 3DLRA 1NOZA 2D0AA 2IOCA 3LANA 3MEDA 5K14A 3SZ2A 3L2WA 1C0TA 1NJZA 4FVMA 1S6PA 4CJVA 4C8KA 4C8LA 1VSIA 3KK2A 1BCOA 1BHLA 4I2PA 3U6FA 4CJFA 3VQ8A 2NUBA 4IFYA 3TAQA 2E4LA 3V81A 3I8DA 1VSEA 3ZT2A 1DTQA 2G8UA 3KKRA 3K5MA 4DF8A 3VQ6A 4FLWA 3PX4A 4AHVA 3KLHA 3K5NA 3SPZA 2VG5A 1HQEA 1G15A 3VQPA 5HP1A 3QEXA 3MEEA 3TAPA 3BGRA 2OZSA 4FLYA 1CLQA 4JRPA 4Z4FA 1SKSA 4E7LA 5FRMA 1D9DA 3LAMA 4NCBA 4DLGA 4F3TA 2OZMA 1NKBA 1B9DA 1K6YA 2F8TA 4DSLA 4B9TA 4AHUA 4FJGA 3ALYA 4DTNA 1B9FA 2GBZA 4UQGA 1TV6A 4B8CA 2E6LA 4W5TA 4RG8A 1NK9A 2HHWA 4Z4CA 1RT1A 4OLBA 2HHVA 4CJPA 3EY1A 3ZSVA 4HCCA 3PX6A 3VQEA 1Q9XA 5DK5A 4FJIA 1JXEA 2HNZA 3K5OA 4J2BA 2KFNA 2HHSA 2B4JA 2XHBA 2RN2A 3PUFA 3JSMA 4KPYA 4QAGA 4KB0A 1WN7A 4KHWA 3DLHA 1QHTA 3PV8A 4AILC 1T8EA 1C0MA 1TKZA 4CJQA 4FK2A 4LD0A 1YTAA 4ZHRA 1N6QA 4KREA 2P5OA 3OS2A 5C24A 4HVJA 4ID1A 4ZTJA 1KFDA 1WLJA 3OYEA 4CEEA 4PWDA 3KLIA 3MXMA 4B3OA 1L3VA 4E1NA 4DQSA 1SKRA 2LSNA 1RT2A 4C8MA 3VA3A 5EU7A 3K59A 2XY7A 1BIZA 4FLUA 4B9LA 4EP4A 4DS5A 2VWKA 3OYDA 3U3YA 1NJXA 1RBSA 2OPRA 1CZBA 4KKOA 4Z4EA 1TKDA 3WNEA 3VQDA 3I0RA 3T1AA 3ZSWA 4O0IA 1TAUA 4O55A 4KI6A 3ZSOA 3RWUA 1HYVA 3OYGA 3AO4A 2G8VA 4N76A 3KTQA 1HRHA 3OJSA 4KO0A 1CXQA 4EP5A 4FLXA 2YNHA 1U47A 4FK0A 3V9WA 4ELVA 4F2SA 4DF4A 2Z1GA 5HROA 3HJFA 3CFPA 4N41A 3HVRA 2O4GA 1RDAA 2DY4A 3HYFA 3O3FA 4L8RB 4FZZA 4Y1CA 3S3OA 4IBNA 1RT5A 4M3ZA 3NFAA 4DTXA 1ZBHA 1HNIA 4M41A 4QCLA 1A5XA 4RW8A 3LDSA 1KLMA 1S1XA 4Z4GA 4M45A 1I39A 4CK3A 4Z0UA 2DFHA 4OPJA 2PYJA 2IGIA 4M3RA 2WOMA 1KRPA 4B8AB 3L8BA 1T7PA 1L5UA 4DQQA 1FK9A 4BDYA 3LAKA 4KTZA 4I7FA 3O3HA 1RBTA 4CGDA 1KFSA 1TK8A 1MU2A 2HHQA 4M3UA 3G0ZA 4CJWA 2P51A 4H4MA 3ZSXA 2HMIA 1TK0A 3QINA 3IAYA 1RCHA 2HHUA 4KV8A 4OPKA 3SPYA 2QK9A 3AO1A 4M3XA 2VG6A 4OVLA 3SQ4A 3QNNA 4HUFA 4O44A 2JLEA 4JS4A 1TL3A 1WNSA 4HTUA 4DSKA 3ZT3A 3AA2A 4CIEA 4ELTA 1WSHA 5D3GA 4KHYA 3OYBA 3NAEA 3QIPA 4Z4IA 4Q0BA 2HB5A 5SZTA 3V6DA 3VQ5A 4DS4A 2OPSA 4LSLA 2VG7A 1ASWA 3AO3A 4O0JA 4B08A 4OKKA 3KLGA 1WSIA 2ATQA 2QXFA 4PQUA 2FBXA 4CHOA 5KTQA 1VSKA 2RPIA 2XY8A 4CE9A 1B92A 3MAQA 4W5NA 1EXQA 4OKEA 4CF1A 4CK1A 3D0PA 4HUGA 1F21A 3TARA 3DYAA 2HVIA 3QO9A 4KHNA 3LALA 2D5RA 1RILA 3M8QA 5KRSA 4JRQA 1EETA 1S1TA 4LH4A 3VQCA 1S1WA 3V4IA 3ZSYA 4CFCA 1VSJA 3D45A 1REVA 3AVHA 4XIUA 5JS2A 3PX0A 4W5OA 1J54A 1BI4A 2A1SA 5HBMA 3HVTA 4CEFA 3HT3A 4BE2A 3HK2A 4FJXA 1C1CA 4M3WA 3SYZA 2HVHA 2RKIA 1VSHA 3RR8A 1LAVA 1JLGA 3L3UA 4DSJA 4CEAA 4FYDA 2ZQBA 1Y97A 3AV9A 5C42A 3HP6A 4BACA 4FZYA 3DLEA 4DSEA 1S6QA 3MXIA 1TKXA 2OPQA 3PY8A 1LW2A 2HNYA 3VQ7A 4YFUA 1TK5A 5KGXA 3DMJA 4CF2A 5J2NA 1L3TA 1SL1A 3VN5A 2Z1JA 3S3MA 4CJSA 4PA1A 3OYLA 1KSPA 4CGIA 3I0SA 3SCXA 2G8FA 4LH5A 1NJWA 2BDPA 1J53A 4DFPA 2YHBA 4KHQA 4CF8A 1CXUA 3PO5A 3L3VA 4FM2A 1XHZA 4R5PA 4CEZA 3OYJA 1LW0A 4RW7A 4N47A 4CHQA 3HM9A 4DLEA 4DU1A 1QE1A 3WNGA 2VWJA 4RW4A 4CHYA 3SI6A 3FFIA 5CZ1A 1QQCA 1WAFA 2F96A 1X1PA 4IG3A 4CJLA 4FLVA 1UA1A 4KB1A 4TSXA 3RTVA 1RBUA 3F73A 1SUQA 1QSYA 1LWEA 2I5JA 5I3UA 1JLQA 1D8YA 4CESA 2KW4A 3O4QA 2X78A 1RDBA 5J2MA 1U48A 2KFZA 3ZT0A 4CCHA 3M8SA 4G1QA 2G8HA 1A5VA 3OYCA 2OPPA 2ZE2A 3ZSQA 3SUOA 1C1AA 3SV3A 1HQUA 3HXMA 1WSFA 4IFVA 2D0BA 2PYLA 3T19A 3RMCA 1ZBLA 4WE1A 4MQ3A 4CJUA 3SUNA 4DQPA 3C94A 3VQBA 3TAFA 4F4KA 3LWLA 1Z25A 5HLFA 1KTQA 3K5LA 3KJVA 4BE0A 2GV9A 1A5WA 3BDPA 2PZSA 3SNNA 2YNFA 4FLTA 1C1BA 3VQQA 2W42A 2G8IA 1WSGA 3OS0A 4JLHA 4F2RA 1IKWA 1XC9A 4J2EA 3NCIA 4B9VA 1VRUA 3WNFA 3OYHA 4CEOA 3DLBA 3O3GA 4E7JA 5HRPA 4E7KA 3VQ4A 4RW9A 2P5GA 4CEDA 4AHRA 4OGCA 4N5SA 2B5JA 3RRGA 3P1GA 1BCMA 3ASMA 3SQ2A 3F9KA 1LAWA 3HPHA 4FJMA 3DI6A 4DWIA 4ZTFA 2QKBA 2ETJA 4N56A 4DQRA 4BDZA 3S3NA 1KVBA 2IS3A 3H08A 3SUPA 3AVKA 4KTWA 1NKCA 4AHTA 2BE2A 4AHSA 3DOKA 1C6VA 1YTUA 3CM6A 2P1JA 3P83D 4E7IA 1RTHA 4FJ5A 3ZSZA 4CGFA 4CHNA 3C6TA 3OS1A 1NK6A 4B9NA 1ASUA 3V9SA 4DSIA 4OLAA 3OY9A 4DTMA 3HPOA 3ZCMA 3M8RA 1XWLA 1JLAA 3ZSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z05A 1BISA 1IG9A 4BDPA 4DQIA 5KGWA 3CPEA 1JL2A 3KVGA 3AVIA 3CMAN 1TVRA 1JLEA 3LM2A 3DLKA 4KRFA 3VQ9A 1QSSA 1TAQA 3AVAA 1Q8IA 3L4IA 5DMRA 1R0AA 2Q2RA 5FDLA 3EN9A 3OJUA 3NF8A 3QEIA 5CYQA 4CIFA 1BOTO 1K8KA 3QBWA 1TGOA 4DTUA 4DKWA 1WSJA 4DR4K 3H3NO 2FSJA 3KHYA 5M1NA 1S72N 4CJ4A 1Q81O 1Q9YA 1DEJA 1JL1A 3KK7A 2BGGA 3LP2A 1TL1A 3JYTA 5AQUA 4LF4K 3CFOA 4FWRA 1RNHA 3DM2A 2OCEA 2WONA 1UA0A 4BR9A 3CYMA 2E2QA 2FC0A 3QLHA 1BWFO 4CJRA 3QBXA 4QS9A 4FWNA 2ZF5O 4BRMA 4B1ZA 5C25A 1IBLK 3VEYA 4CZKA 3AA3A 3SQ0A 1IH7A 3ULEA 4IG0A 3WNHA 3BUZB 3CJ7A 4HHTA 4JI5K 3FZMA 2E6MA 4BGBA 4C8NA 4RCHA 4DTJA 5J2MA 1ASVA 3EYZA 4CERA 2P9KB 5BPNA 5AQZA 4EZ9A 2HF3A 1FW6A 3TWHA 4OO1J 1NGCA 3BZKA 2P9IB 5M1FA 5FRNA 2B6AA 3EKUA 4YOTA 5AQLA 5JLFA 4KH5A 2KTQA 1VRTA 1BQMA 4IXCA 5HRSA 2YKMA 3C95A 3H6EA 4PY5A 1QQMA 3VEVA 1S9EA 1HNWK 3QICA 3LDOA 1UAXA 2NRHA 3THXB 2EX3A 2XY6A 3LZJA 1D5AA 3PIOL 2KZZA 5C2FA 2ZD1A 4CJTA 4PHTX 3GL1A 1EP4A 3QEWA 4O4GA 3E01A 4YOWA 4GV3A 1BIUA 4PKIA 1XMOK 1E4FT 1L3UA 4B9QA 5HRNA 5B8HA 2JWKA 4XEIA 4JKEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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