3CD6N

Co-cystal of large ribosomal subunit mutant g2616a with cc-puromycin
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
total genus 37
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cd6N00
4WF9L 3PIOL 4UY8O 3CD6N 1VQ6N 1VQ4N 1YJNN 5JVGL 3CCUN 4WFNL 1M1KO 3CCLN 1M90O 2OTLN 3DLLL 1NJIO 4WFBL 1YJ9N 1VQ7N 3CCJN 1QVGM 1YHQN 1KC8O 2QA4N 5H1SQ 1K9MO 1JJ2M 3I55N 3CF5L 1Q81O 1K73O 3I56N 1YITN 1VQLN 3CC7N 5GAGP 5GAHP 3CCMN 5DM7L 3CXCM 5DM6L 3CCQN 3G71N 1YIJN 1ILYA 1S72N 1Q86O 2ZJQL 1Q82O 4WFAL 3G4SN 1YJWN 3CCVN 4U67L 2QEXN 3CC2N 1N8RO 1VQPN 1VQON 5JVHL 4WCEL 3CMAN 3OW2M 5GAEP 3J7ZO 1VQMN 1KD1O 2ZJRL 1QVFM 5HL7L 3CCEN 3CMEN 3PIPL 1K8AO 2ZJPL 3CCSN 1VQ9N 1OVYA 1VQ8N 1W2BM 3CCRN 1YI2N 1Q7YO 5GADP 4IO9L 1VQKN 4IOAL 3CC4N 2OTJN 3CPWM 3G6EN 1KQSM 4IOCL 1VQ5N 1VQNN 5MLCQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5LC 2HMIA 5AQOA 3LP3A 1YVUA 2QWOA 4E1JA 4QS9A 3VESA 3CCUN 4G1QA 4BE2A 1KLNA 4F8RA 1KVAA 4HUFA 3DRPA 1OH6A 4A57A 1QTMA 4C8MA 4PL8A 3HTVA 4DKWA 2BUPA 4CJEA 4AHVA 4JKAA 3G0ZA 1NGFA 5ADXH 4JI4K 2P9PB 4FK2A 1TL3A 3QEVA 2QWNA 1Q81O 3U8XA 3J7YP 3WNHA 2O8CA 1ATRA 3R6MA 3DLGA 1YF5L 4JKEA 1RDWX 1RT4A 1LV5A 3SUPA 5ADXA 1S1XA 3KK3A 2YHYA 1S3XA 2EWSA 1FKPA 4B8CA 5FPMA 3UKRB 2HNDA 2ZE2A 1NJYA 4FJIA 3LL3A 1U04A 1HNWK 2FBYA 1YJWN 3CYMA 3K2PA 1YXQA 5AQPA 3K5LA 4MDBA 4RW9A 4XEIA 3HM8A 3K5NA 1VQPN 4DQQA 3IRXA 3VQ9A 4KHSA 5ELZA 3QBXA 3TSUA 3RMCA 4B9VA 4WQ5C 4C23A 2P9SB 1Q9YA 3PX6A 4DB3A 5M1NA 1T7PA 3AA3A 3L3UA 3VN5A 3THYA 3HK2A 1RBSA 1SS6A 3C7NB 3TTFA 1VQ8N 1TK5A 2BDPA 2P9LB 1FXXA 3UE5A 3I8DA 3QB0A 1JLAA 3CJAA 4YFUA 5AQNA 3CC4N 2KW4A 4IOAL 4PA1A 3O4NA 4BRMA 3D6RA 1LAVA 1NJZA 4B3TK 1HJRA 3ALYA 4CHNA 4B3OA 1UWBA 4W5TA 3ENOA 2VCPA 4LSNA 4FJ9A 1H1VA 4CF2A 1VQ6N 1L5UA 3DXMA 1HKGA 1KFDA 2Z1HA 2ZM6K 5C12A 4I9QA 2F7TA 1C6VA 4IFYA 4OPKA 3Q7CA 3DM2A 3U3GA 4GMJB 4ILGB 4CJUA 3UKUA 3CETA 4JI0K 4IOXA 3OYIA 1O1WA 3EZWA 4KTQA 1REVA 2WUSA 3G25A 1YITN 3RSEA 3Q7BA 3T69A 5EX5A 1WBBA 5AFUH 3BP8A 3ULEB 3CQYA 4KTWA 4RW4A 3NFAA 1HQEA 2JLEA 3O3GA 3OBWA 4DV3K 1IG9A 4J2AA 1E4FT 1BA0A 1FK9A 5AFUA 1UA0A 2NLXA 1SZ2A 3MWTA 2QWRA 3C6HA 4B9MA 2E6LA 2O8DA 3OTOK 4CFCA 1WAFA 2ITMA 4LH4A 3TWHA 3QMLA 3ZT3A 1S6QA 2DTUA 2F96A 3A2FA 5DK5A 2OANA 3CI5A 1HPMA 5C24A 4CHPA 4CJ7A 4EP5A 1J5EK 4BR0A 1KLMA 3R3LA 5KGWA 1MU2A 2GBZA 2YHAA 2KZZA 3A0IX 3AVLA 1UOCA 4CIEA 3PV8A 4HUEA 4JI8K 1ZBHA 4BRKA 4CJKA 4FZXC 5JLFA 3OBYA 4DV4K 4C1NK 3MDQA 3AVIA 2P9NA 3NBPA 3CPWM 4IDHA 4ISEA 1SV5A 3KVGA 4I6MA 3CQ8A 4BREA 3U6FA 1RT1A 4CFAA 2UU9K 2YV0X 4GW6A 3SAHA 4R5PA 4Q5VA 1KAXA 3MECA 3O4WA 4I9LA 4BG9A 1QZ6A 1J9AA 2VGNA 2O8FB 4Z4HA 4C8LA 3CHWA 1QSSA 5BRFA 4WFNL 1E3MA 3L6QA 1VSJA 2NNWA 3HOSA 5C2FA 4IG0A 1D4XA 2ZWHA 1JLBA 4JD2B 1ITGA 2OPSA 4CEOA 3SQ1A 4BDPA 4KRFA 1U49A 1YJ9N 4IG3A 2FC0A 4CGFA 2OPPA 4FW1A 2BGGA 2UXCK 5M1PA 2QWQA 4JKBA 4F2SA 2YX6A 1GLBG 3B8AX 1ZYQA 1YTUA 3NVKA 4DSLA 2P9PA 4XIUA 2E5LK 2WTUA 3HYFA 1LWEA 3SYZA 4AHSA 3OYGA 3EYZA 4DR7K 2P9IB 4V19S 2FSNA 3RR7A 1NMDA 4DV6K 3UKRA 3OYFA 4B08A 3SUQA 1KAYA 1JLGA 1NGGA 5FROA 2O8EB 3SZ2A 4BE1A 3J7ZO 3TTCA 2DFEA 3KD5E 1ESVA 2YI1A 3ZSOA 3MXJA 4JS5A 1K8AO 1XNRK 4BR2A 1V4TA 1TUUA 3AV9A 4MQ3A 3QEIA 3TPQA 4C8KA 4DR6K 3IG1A 3S3NA 3V1QA 2P9SA 4GVMA 2J4RA 3SK3A 3ZT2A 3A8YA 1DGKN 3EY1A 3O8MA 2OTJN 1A5XA 2GTDA 3C7NA 4CESA 3E9PA 3NGZA 3HJFA 3WEEB 2P9LA 1NKBA 3FGUA 1VQ5N 4Q0BA 3BF1A 3SUNA 3SBGA 5LL6Z 4CJLA 2DFFA 1C1AA 3BY5A 2JWLA 4L3QA 3AO5A 4PHTX 1VRTA 3NCIA 4BC5A 1VHXA 4QAGA 3ZX2A 3VA3A 4KHPK 3TAEA 4HHTA 1WNSA 4A59A 4KHNA 4IEEA 4K42A 1T6CA 3THWB 4CERA 2KQ2A 4FK0A 3L0QA 3WXKA 1NGBA 2E8AA 2BH1A 4JKHA 3ZT0A 3CCJN 1YHQN 2G8WA 4F3OA 1JL2A 1RTIA 3OYDA 4B9QA 5GAGP 1U48A 3HVTA 1S1UA 1HNZK 4FJMA 3QEPA 3ZT4A 5AQYA 3OJSA 3ULEA 1R0AA 1YAGA 4BR9A 2HHSA 5HROA 3TABA 4PL7A 1OH8A 4FO0A 4CF8A 1DKGD 3M6GA 3LDPA 2YJEA 4DFPA 3TU5A 2CH6A 5AQVA 1ATNA 4K8ZA 2WBNA 3CJCA 1HX1A 4FVUA 5KPZA 4ILHA 3QFUA 4E7HA 4CHZA 3ZCMA 5JVHL 5M1KA 1TK8A 3MEGA 1XC9A 1QVFM 4PKIA 4YOVA 1TKZA 3QLHA 4DF4A 3NH0A 2HBJA 1WAJA 4BRPA 4RWTA 4Z4FA 5AZIB 2E6MA 1VSKA 3OJUA 3A5MC 1RCHA 4CZMA 3CCRN 3VTIA 1JLQA 1RT2A 4DV1K 3NDKA 1SAZA 2FSKA 1DTTA 2IIRA 1NK9A 2G8UA 1RDAA 1WSHA 4FPBA 2G8FA 2NRXA 4CJWA 4FVMA 4CJRA 2RN2A 1GOCA 4LF7K 3LM9A 4O5BA 3VQCA 4XH1A 4WQ4A 5HRSA 3CFOA 4BQLA 3P39A 3HSTB 3MXMA 4IKFA 3VQDA 4NLCA 4OKEA 2IAJA 2PFUA 2E1YA 3AO2A 3P31A 4DQSA 1R59O 3I33A 2O8FA 1N34K 4OO1J 2YHWA 2RHKA 1MA9B 5JMVA 2F9WA 3OYEA 5LMUK 3CJBA 3LP2A 1JLEA 2BE2A 3PSIA 1C0FA 3VEYA 4JD2A 3H46O 3FZLA 4BC2A 2PY5A 4LF8K 1BCOA 4BWMA 1T3VA 3VQ6A 3S3OA 4ZTFA 4J2BA 3NF7A 3V9SA 4DLEA 5DM6L 1KCFA 1RBRA 3LZIA 3G71N 3FZMA 3QINA 4FJ5A 3CM6A 4CZGA 3HM9A 3SV3A 3LPTA 3LDNA 3QDKA 4F3TA 2HHQA 4CI6A 4FLZA 4OPJA 1BIUA 4EHUA 5M1FA 5AQFA 3VEZA 4LFAK 1X9JA 1HPZA 4N5SA 3LWLA 4CEQA 2P9IA 4EHTA 1LAWA 3DYAA 3LPUA 4FYDA 4CGDA 3NH2A 3JS6A 4DV2K 2NZTA 2QWLA 4GV3A 3TI0A 1XNQK 2I5JA 4OPHA 5J2QA 4YORA 2IC3A 4M3YA 4CGIA 4B1ZA 3RMBA 4NCBA 4FM1A 1NOYA 4GNIA 2HVIA 4WYBA 2Z1IA 2X74A 4DUYK 3L2WA 4H5VA 4FLVA 5C42A 3QEWA 2HHTA 5CYMA 5GADP 1XUPO 2QTDA 2A5XA 4K41A 1YT3A 1HKBA 3ITHA 4FM0A 3SCXA 4MO4A 2CH5A 2I7NA 4FLYA 2D4WA 2YNFA 3LP0A 1CXQA 4JAXA 5CE3A 3WEEA 3H08A 4CBWA 3GL1A 2IOCA 4MLEA 5IT9O 3HBTA 4BR7A 3AVMA 4OGEA 5CZ2A 4CBXA 3HPGA 3L2UA 4KI6A 4JYAK 4H0PA 2ZF5O 4RW7A 2OTLN 2GUPA 4FWPA 2FLOA 3QERA 3ENHA 2YNGA 4FW2A 1NK4A 4Z4EA 4DR4K 3KD1E 3AAQA 3THVA 4KKOA 3CQXA 4LFBK 1CZ9A 4NO7A 4JKFA 1K73O 3I56N 3O3FA 1IH7A 5AZJB 4ZTJA 2F9TA 5BREA 4C8OA 3V81A 5EOYA 3LAKA 5DM7L 4CEAA 1HNIA 3VETA 3VQ5A 1F21A 4H4MA 1VSEA 5FDLA 3BEXA 1EWRA 3F9MA 2PAVA 4KB0A 1Q82O 2Z1GA 2W41A 3NHGA 2KFNA 3CC2N 1C0MA 4RW6A 1IBMK 1XWLA 1DT9A 1GLLO 1LOTB 5K14A 3CMAN 3OW2M 4DCHA 4K43A 2HBMA 4FK4A 2BANA 2XRIA 3SLCA 3U3YA 1FJGK 4G9ZA 2X6NA 4LD0A 4KI4A 3CPEA 1SKWA 1SL2A 4RW8A 3VENA 1J53A 2QW9A 3OHRA 3ZETB 3CCSN 5SWMA 2A3ZA 5C0YA 4HCCA 4OKKA 1WSJA 1N36K 1HJOA 3VGKA 5AQKA 2PYJA 4FWKA 3SMSA 5AZIA 4RTFD 3VMFB 2XY5A 4DQ8A 3O5BA 3F9KA 2IVOA 3PO5A 1SL1A 3JXUA 4FJKA 4JK9A 2GEMA 1BO5O 1RT6A 3O9RA 1IG8A 1SKSA 1N32K 3IMXA 4ZHRA 5MLCQ 2OZMA 1K6YA 1VSDA 4B3SK 3SUOA 4JNEA 1MWKA 4CEZA 2NRRA 1EQYA 3L3VA 2P51A 2YKNA 3ZSZA 2GWKA 3TAGA 1NJIO 1ZBUA 2D0AA 1XMOK 3J7AP 3FZKA 1QVGM 1QQNA 1KC8O 3OS0A 5J2PA 3F5TA 3AO1A 2CGJA 1JCGA 4W5NA 4IXCA 1E4GT 3TAQA 3P1GA 3WT0A 2FBXA 2A42A 3CFPA 4HCBA 3SJJA 3IFRA 4AHUA 3MN5A 3PUFA 3FR0A 2WONA 2CGKA 5BR8K 3OYLA 1TKDA 1NKEA 4B1YB 4BC3A 3CM5A 4H0YB 3SJHA 1W0HA 4M3WA 2HNZA 2XO7A 5BPNA 3TSQA 4CD1A 3ISNC 4CJ4A 3T1YK 5BR9A 2E4LA 3ATVA 4J8FA 3AGRA 4FSVA 4DTNA 2QEXN 4DV5K 5AQHA 4JLHA 3L8BA 3AAPA 3DLRA 1Z25A 1Z05A 2GX9A 4FWSA 5LY3A 3OYNA 2P5OA 5LMNK 3D2EB 1KD1O 1TAQA 4QCLA 4FLWA 2HF3A 5KRTA 3H3NO 3ID8A 1VSMA 5AJ3K 5HRPA 3TAPA 4CZIA 4FM2A 1P90A 5GIOA 3VEOA 2ZJPL 1V4SA 3HZ6A 3LP1A 3QETA 3VEXA 3VQQA 1VK0A 4CVNE 1X9MA 1YUWA 2ZGYA 4IFEA 4FPAA 1MDUB 2IS3A 1ASWA 4FWNA 1GLJO 3BUZB 4Z4CA 4X62K 5M1OA 4BE0A 3OYMA 4DWIA 4IFVA 4FZZA 1NK5A 2HW3A 1YVNA 1RDDA 3EE9A 2KFZA 1HNVA 1NJWA 1CZAN 1Y64A 2VQEK 1I39A 2VWBA 1KFSA 4PY5A 2B4JA 3OA9A 1BHLA 3RR8A 1HYZA 4DTRA 2AJQA 4EFHA 4OVLA 1QQMA 5E84A 4JI5K 3O3HA 1VQ4N 3PX0A 1G15A 4DHYA 3WUHA 5C2DA 4C1NI 2WOMA 5AQUA 1TV6A 3O9TA 4WFBL 1SUQA 4FWQA 3K58A 3QICA 1K9MO 3EEQA 1J54A 1RTJA 2VG6A 3AVFA 3DLEA 4FJJA 4DSEA 1TK0A 4NXNK 3LM2A 2JWKA 2OPQA 3CXCM 3RRGA 2QK9A 2RKIA 1BQMA 4JRQA 2KHOA 4W5QA 3IDHA 1U45A 4ISFA 5AZJA 1C0TA 3WNGA 4O8KA 3HPOA 3VEWA 4DR3K 4YOUA 2FBTA 3G4SN 1IBKK 3CCVN 1TL1A 4BRFA 4QS8A 3O4QA 4ISGA 3R8EA 4JI2K 4GVEA 1N8RO 1KSPA 4M42A 1QHTA 3LZJA 1DEJA 4WCEL 3E01A 1EWQA 2VWKA 5HL7L 1T44A 3SAFA 5EU7A 3BZCA 4B8AB 3RRHA 3ZLJA 4CD3A 3K5OA 4H4OA 1VQ9N 2Y1IA 3VA0A 4A61A 4ID5A 4M41A 4YDUA 2Q0RA 1YI2N 3V6DA 1SKRA 3ZETA 4FJ8A 1VQKN 3MN6A 4DQPA 1KQSM 4JI6K 1RBUA 3O6WA 1Q18A 2ASPA 5AQQA 1DTQA 1NU0A 3VOVA 3DLBA 3KLEA 2FXUA 3NF6A 1VSFA 4NCGA 2W6KA 4CZLA 3AVHA 4WE1A 4DFJA 4YOXA 3PIOL 4JI1K 4UY8O 4A5AA 3FZFA 1TYQB 2VYPA 4WQ4C 2EHGA 5I3UA 1HKCA 3RWUA 4OPAA 2HHUA 4CEEA 4CECA 3O9UA 3SQ2A 4MDAA 5IWAK 3HT3A 2E88A 3N4QA 4UQGA 1GLEG 3VF2A 1BIZA 4YOYA 1JLCA 3QIPA 5HP1A 1K8KB 1IKYA 1BWFO 1IKVA 4CJTA 3HP9A 1C1CA 2P9UA 1ASUA 1S1VA 1U6ZA 3AVCA 4N56A 4NLBA 2ZJQL 4Z4GA 3GDQA 2IGIA 4CZFA 4WFAL 1NGHA 1S22A 3UB5A 3NVMA 4LSLA 4N47A 4E7IA 4NCAA 3CFRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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