3CG7A

Crystal structure of cell-death related nuclease 4 (crn-4)
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
YQHCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, apoptosis
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Crystal structure of CRN-4: implications for domain function in apoptotic DNA degradation
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 89
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2008-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cg7A01
2P5OA 1GOCA 4FK2A 4CFBA 1WAFA 2HVIA 4BWJA 1Y97A 3DM2A 5KI6A 1L5UA 3V9WA 1BCMA 1KRPA 4FJ5A 3NF9A 1D5AA 1VSKA 4CEOA 1TK8A 4CGDA 3LP3A 3QEIA 2BDPA 4KREA 3H08A 3UIQA 4KB1A 1TKZA 3QEXA 1CXUA 3OYMA 4DFPA 5J2PA 1YTAA 4HVJA 4BDPA 4CJVA 3OYGA 3ZT2A 2DTUA 3HSTB 5HROA 3SPZA 3M8RA 3ZT0A 3LZIA 4CHPA 5I42A 2O4IA 3NH2A 4CHOA 1LWEA 4CF0A 2XY8A 4DSFA 1RBRA 5CY4A 4B9MA 3KLIA 4DSJA 4OGCA 3QERA 1J53A 4C8MA 3DYAA 1X9WA 3KD1E 1UAXA 4EZ9A 1BI4B 5HRPA 3RMDA 3L2UA 4N47A 3AVKA 4IFVA 4M45A 3VQ5A 3L2QA 3HL8A 3WNGA 3AVMA 3QIOA 4BE2A 4NYNA 4B9UA 4O55A 4L8RB 3ULDA 2Z1GA 3E01A 3TR8A 2IS3A 1NK8A 3NF8A 1Q8IA 2P5GA 1J5OA 4AILC 1IKWA 3O3GA 1K6YA 2KW4A 1IKYA 3ASMA 3ZSQA 3S3OA 1W9HA 3HXMA 4AHRA 4NCBA 1VSDA 2B5JA 5C25A 4M3TA 4KHWA 3EY1A 2F96A 4Z4CA 3OYDA 4J2AA 1JLQA 2OPQA 4F3TA 4FM1A 2OZSA 5CYMA 5JS2A 3V81A 4KKOA 4C8KA 3OYEA 4W5NA 3JYTA 3KK3A 3AVHA 4ID5A 4KTWA 4FLYA 3RMAA 3VQAA 4CEFA 4H8KA 4I2PA 4CEEA 3QNOA 1RBSA 2X78A 3WNEA 1S1UA 4CHNA 2XY7A 4O5BA 3L3UA 3HO1A 3OYFA 3LANA 3TAGA 1ITGA 2IOCA 3PY8A 3PV8A 2A1RA 3OJUA 2YNGA 3M8PA 3HYFA 2EHGA 2IAJA 1VRUA 3DOKA 4DTUA 1QS4A 3MECA 3NFAA 4F2SA 3V9XA 4FVMA 3KKRA 4F2RA 4FZYA 4DTSA 1RBTA 1C0TA 4CK1A 1WAJA 2DFEA 1WSFA 2F8TA 4OVLA 3AV9A 2G8UA 2JGUA 4CGJA 1VSLA 4R5PA 2HNYA 4XIUA 3LZJA 4CJ3A 4J2DA 1VK0A 2E4LA 1F21A 1SL0A 4E89A 4DS5A 4DQIA 1RNHA 3BDPA 2YNIA 3KTQA 1SL2A 3DI6A 3QETA 4KHSA 2KFNA 4OLAA 3A2FA 4CJFA 4B3OA 4AHVA 4M3XA 2PYLA 4W5OA 3AVJA 1ZBIA 3ITHA 3OY9A 1KCFA 4OKJA 3HJFA 3OYNA 3HP9A 3ZCMA 4FK0A 4DWIA 4JLHA 1SKRA 4I7FA 4BE1A 3AVLA 4CGHA 3U3YA 3OYIA 4HTUA 4DTRA 2PY5A 3K5NA 3L2RA 3MAQA 3B6PA 3CFRA 4DQRA 4FJXA 1D9FA 3DLKA 1DTQA 1TKTA 4ELTA 3S9HA 1RTHA 2XY6A 4Z4GA 1S1XA 4RW7A 3DLHA 4B9NA 4QCLA 4RW8A 1RDAA 1HMVA 2OPSA 5HRNA 4DU4A 4Y1CA 2VWJA 4FJMA 3DOLA 3VQPA 3OS0A 3JSMA 4DTOA 1HNVA 1TKXA 2IDOA 4PY5A 4HUEA 3V6DA 3AO1A 3SI6A 1LW2A 1WSIA 3VQ6A 3VQDA 1UA1A 3NDKA 4ELUA 3B6OA 3I0SA 4OPJA 4H4MA 4FK4A 2F8SA 4K8XA 3ZT3A 3HM9A 4M42A 3KLFA 3SQ2A 1WSEA 1CXQA 3LPTA 1SKSA 1RBVA 3KLEA 2HVHA 4W5RA 1RBUA 4DTJA 4DLEA 1C1AA 2FBXA 1NK0A 1TAUA 4PA1A 3HPHA 2XHBA 4J2BA 1O1WA 4FM0A 1HJRA 5KTQA 1NKBA 3ZSOA 3NGIA 4DTPA 3LAKA 5CZ2A 5J2NA 1RT1A 3M8SA 4B9LA 1LAWA 5DK5A 4FZZA 5K14A 1MU2A 1QHTA 3SV3A 4TSXA 4M3RA 1HYVA 4B8CA 2Z1JA 3I8DA 5HLFA 1Z26A 1I3AA 4FJLA 2Y1IA 5HRRA 1UOCA 4B9TA 3V1RA 1ASVA 3OJSA 3DLGA 3PO4A 3SCXA 3AVGA 3F9KA 4K8ZA 1LWCA 3SUPA 4IG3A 1ZBHA 2OYQA 4CK3A 1DTTA 3K5MA 2JLEA 3AVCA 4LH4A 1EETA 1IH7A 1JLFA 4OGEA 4ELVA 1HPZA 2FBTA 4DSIA 2RKIA 4FJIA 4DLGA 3U6FA 4FYDA 4PWDA 3K5OA 3DRPA 4LSLA 4RG8A 5KGXA 2XO7A 3HPOA 4HUFA 1UA0A 1REVA 4E7IA 2HHQA 1TGOA 3DLRA 4W5TA 3VQ7A 3OYBA 2XY5A 3AA3A 2A1SA 1JLCA 3NCIA 1BL3A 3V9SA 1NK7A 1VRTA 1NJWA 4Q0BA 3DRSA 3SNNA 1TK5A 1RDDA 3O4NA 3HVRA 3CFPA 3WNHA 4E1MA 4RW4A 2ATQA 4CIEA 2B4JA 3OS2A 4I9QA 4Z0UA 3SQ4A 4BDYA 3SQ0A 3T1AA 1NOZA 1YVUA 4CHYA 4IKFA 4CFAA 3TARA 3VA0A 1KVCA 4CFDA 1RT4A 5J1EA 1HRHA 2E6MA 3P1GA 4OKKA 4Q5VA 3DMJA 1LWFA 4YFUA 3QLHA 4KB0A 4Z4IA 4E3SA 3HVTA 3LALA 4IBNA 4DSLA 1EKEA 1TKDA 2HHXA 1BGXT 4KTQA 4KI6A 1QQCA 5HRSA 3HK2A 1KVBA 4JS4A 4DFJA 2R7YA 1TL3A 3KD5E 4Z4HA 4AHSA 4G1QA 4CERA 4DU3A 1FKPA 1VSIA 4YNQA 4E7LA 4DTNA 5D3GA 1CLQA 1C6VA 2X6SA 3VN5A 4CJWA 3IG1A 3K57A 1HQEA 1S6QA 2FC0A 4B08A 1JKHA 1RTDA 1D9DA 4BDZA 2QKKA 5KRTA 3P83D 1R0AA 2EX3A 1XWLA 4KHUA 1B9DA 4FLUA 5J2MA 2YNFA 1VSHA 4B9VA 1HYZA 4KHYA 3CYMA 4DTMA 3TAFA 1XC9A 4F4KA 1S9GA 2Z1HA 2WONA 2DY4A 4CK2A 1WLJA 1RILA 1ASWA 4DF4A 4ZTFA 3RR7A 4CJRA 3RR8A 1FXXA 1GOAA 3G0ZA 3L3VA 5DMRA 2Z1IA 4DG1A 1TK0A 5FRMA 4FCYA 4FJ8A 3HPGA 3RMBA 3SYZA 3TI0A 3S3NA 3QESA 4PUOA 2BGGA 2PYJA 3TAMA 4F3OA 1G15A 3MXIA 2OZMA 1KSPA 2ZQBA 1NK5A 1BCOA 4HCCA 4CHZA 1RDCA 3OYJA 2HB5A 1ZYQA 3MXMA 2OA8A 1RDBA 3NGZA 4DQSA 4CGIA 1JXEA 4GW6A 3CQ8A 3CG7A 3LP2A 5FROA 4ID1A 3TAPA 1X9SA 3IS9A 1N5YA 3SPYA 1YTUA 1X1PA 1QTMA 1VSEA 3NF6A 3K2PA 1Z25A 3AA2A 4RW6A 4CECA 3ZSRA 4ZHRA 1T8EA 3AVFA 2YHAA 3DLBA 4AH9A 3AVBA 1IO2A 4CIGA 3TWHA 3OYLA 3LAMA 4EP5A 1FKOA 2HMIA 1NKCA 4CJEA 5FRNA 1NOYA 4M3ZA 2YHBA 4FJKA 1NJYA 1SUQA 3LPUA 3KJVA 2YKNA 1KFDA 3QINA 3OYHA 2KQ2A 3ZSVA 3L2WA 5KGWA 5HBMA 3THVA 3QEWA 1ZBLA 1NK9A 2X6NA 4O4GA 3ZSZA 2HHTA 5E41A 4KHNA 1CZBA 2Q3SA 2HNDA 1C1CA 4FLXA 3C6TA 1BQNA 3RRHA 3SZ2A 4CF9A 3IRXA 4Y1DA 3V4IA 4DU1A 2D0BA 1L3VA 1U45A 1WNSA 1J9AA 4CF1A 4DMNA 4FXDA 1C1BA 3TAEA 1BISA 4O0IA 3SUQA 4CEQA 4CJUA 2G8IA 3QO9A 4LSNA 1U4BA 1JL2A 3NBPA 4NYFA 1ZBUA 4WE1A 1LW0A 4AHUA 5CYQA 2KZMA 2XRIA 3MEEA 3EZ5A 1VSMA 3OS1A 5J2QA 3PX0A 4E19A 1QE1A 1NK6A 3O4QA 1A5XA 3L2VA 4F8RA 4N76A 1RTJA 3KK1A 3SQ1A 2QK9A 1RTIA 5CZ1A 4DFMA 1NK4A 1I39A 4CF2A 2G8WA 2KZZA 1VSJA 4CJTA 2LSNA 3PX6A 4DTXA 1L3TA 4BACA 3NHGA 4B8AB 3LP0A 2VG7A 1KVAA 2FBYA 3TAQA 2D5RA 3O3HA 1A5VA 2VG5A 1ZBFA 4AHTA 3RTVA 1T03A 2QXFA 2RF2A 3L8BA 1KFSA 1T05A 2O4GA 3V9ZA 1U48A 1BI4A 3FFIA 3LP1A 1L3UA 1C0UA 3V9UA 4HUGA 1U04A 2YV0X 4BWMA 4DQQA 1RT2A 3MEGA 5C24A 4HCBA 3AA5X 1T7PA 1BQMA 1RCHA 5FDLA 3TABA 2D0CA 1VSFA 4CJSA 1EP4A 2BANA 4FLWA 3EYZA 1WSGA 4LD0A 4FJ7A 1WSJA 4C8OA 4KI4A 4OLBA 1XI1A 1TV6A 3NAEA 4E7KA 3NH1A 3OYAA 2YKMA 4N41A 1D8YA 1S1WA 3K59A 4JS5A 4W5QA 1U47A 1S1VA 1HYSA 4KV8A 4KAZA 2DFHA 2HNZA 4GVMA 3V1OA 3VQEA 4DQPA 1L3SA 2P1JA 1TAQA 4RW9A 4FM2A 3AA4A 3AO5A 4C8LA 3IAYA 3VQQA 3F73A 5T7BA 3ZSXA 4M3YA 4UQGA 3LDSA 1LV5A 3BGRA 1BIUA 4I2QA 3QNNA 2IC3A 2IGIA 3D45A 3TANA 4FJGA 3NE6A 4MQ3A 2E6LA 4DFKA 1KLNA 1FK9A 1JXBA 1SL1A 1QSSA 3T3FA 4KTZA 2YNHA 2BE2A 4JRQA 1Q9YA 2G8FA 4CEBA 3SV4A 3AVIA 4CEDA 2VG6A 2OPPA 4KFBA 4CJKA 1WN7A 3QIPA 4H4OA 3O3FA 3QEVA 4DSKA 4CEAA 4EZ6A 1QSYA 4CCHA 3MEDA 4CHQA 3VQBA 2G8VA 4KO0A 5C42A 5SZTA 4O44A 3KLHA 4C8NA 1S1TA 1WSHA 1JL1A 1TVRA 4CFCA 4CJPA 3C94A 1JLEA 3MXJA 3VQ8A 3WNFA 1JLAA 4M3UA 4LY7A 4JRPA 2HHSA 4N5SA 1LAVA 4BE0A 4ZTJA 1RT7A 2P51A 3VA3A 2VWKA 2OPRA 1DLOA 1RT6A 3AVNA 4GMJB 1IKXA 4HHTA 3VQ9A 2X74A 4O0JA 3QEPA 1NKEA 1RT5A 3NGYA 3G10A 4CIFA 1HNIA 4KRFA 1EXQA 4AHCA 2HHVA 3AVAA 1IKVA 4OJRA 3I0RA 3KK2A 1SV5A 3LWLA 1NJXA 3SUNA 1QSLA 4ICLA 4CE9A 4Z4EA 2GBZA 2NUBA 3DLEA 1JLBA 1S5JA 3CM6A 1JLGA 1W0HA 3KIOA 2FBVA 2ETJA 4QAGA 4FJ9A 3OVNA 3C95A 3AO4A 4DSEA 1S9EA 1CZ9A 4IG0A 4PQUA 4NCGA 3VQCA 2B6AA 4FW1A 4M41A 3T19A 1TL1A 3PUFA 3ZT4A 3OYCA 1S6PA 1XHZA 2AJQA 3D0PA 1GOBA 2G8KA 4FJNA 2Y1JA 3RRGA 2GUIA 1C0MA 3K58A 4E1NA 4IFYA 4KHQA 4OKEA 4M3WA 4CJQA 3U3GA 2KTQA 1BHLA 4NCAA 2HW3A 2PZSA 1B9FA 4CESA 2WOMA 1IG9A 1A5WA 4OPKA 1B92A 3CFOA 3SJJA 1NJZA 4DF8A 2HHUA 4MFBA 1BIZA 3HT3A 4FLVA 3HP6A 1U49A 5I3UA 3K5LA 1HQUA 1XHXA 5KRSA 2KFZA 2I5JA 4CJ4A 3CM5A 4B9SA 5JS1A 4IDKA 3RWUA 4FJJA 5HP1A 2GV9A 3OYKA 5EU7A 2HHWA 4CGGA 3AO2A 2QKBA 4E0DA 2DFFA 3RMCA 4CJLA 4KPYA 4CEZA 3P5JA 1EX4A 3LWMA 4E7JA 2W42A 1N6QA 5SWMA 4FW2A 3ZSWA 4FLTA 3SUOA 1Q9XA 3ALYA 3M8QA 4FLZA 4FZXC 2ITGA 2ZE2A 4I9LA 3V1QA 2RPIA 3ZT1A 3S3MA 1YT3A 3C6UA 4N56A 4DS4A 4CGFA 3VQ4A 3KLGA 1X9MA 2ZD1A 4FJHA 2D0AA 4E7HA 2RN2A 3DRRA 3KKSA 1SKWA 4Z4FA 1RT3A 1UWBA 4LH5A 3NH0A 3ZSYA 3ISNC 1KTQA 3NF7A 2G8HA 4J2EA 4CJ5A 4QOZB 3PX4A 3PO5A 3AO3A 1J54A 4CF8A 4EP4A 1ASUA 1KLMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GOCA 4JYAK 4FK2A 4KBOA 1HNWK 4BWJA 3EO3A 5KI6A 3AAQA 4FJ5A 1KRPA 3NF9A 1VSKA 4CEOA 3BF3A 3UIQA 2IVPA 1TKZA 1CXUA 3OYMA 4DFPA 3OYGA 1NMDA 3ZT2A 2DTUA 3LZIA 2YJEA 2O8FB 1LWEA 1RBRA 4DSJA 4EZ9A 1UAXA 4DV4K 3VERA 4IFVA 3C65A 3AVMA 4Y0WA 4NYNA 1NK8A 3EN9A 1ATSA 4A5BA 1IKWA 4PL7A 3MX5A 4H0OA 4YDUC 3EE9A 1IKYA 3S3OA 1NGDA 1W9HA 1VSDA 2B5JA 1YAGA 5C25A 2O8DA 3EY1A 1N8RO 4A5AA 4FM1A 5JS2A 4ID5A 4KTWA 3RMAA 3VQAA 3IUCA 3R1XA 2X78A 4CHNA 1S1UA 4K0KK 1NGEA 3TSQA 3HYFA 1QS4A 3MECA 3NFAA 3V9XA 3KKRA 4FZYA 1HNXK 1C0TA 3OBYA 4WF9L 2F8TA 3HOTA 3AV9A 2G8UA 4J2DA 1SL0A 4XEIA 3BDPA 1JCEA 3KTQA 4OX9K 2KFNA 4OLAA 4B3OA 2P9KB 3UKRA 3AVJA 4W5OA 5A2QO 1KCFA 4OKJA 3ZETB 4DWIA 1SKRA 3AVLA 3U3YA 3OYIA 3KWIA 4HTUA 4DTRA 3J7AP 2PY5A 3CFRA 4DQRA 4FJXA 1D9FA 1DTQA 3S9HA 1FW6A 3FZMA 3H1VX 2JWLA 4RW8A 4AM7A 4FJMA 3DXMB 4JKDA 1TKXA 1HNVA 2IDOA 5AQVA 3SI6A 3WT0A 3ZX0A 1E4GT 4H4MA 2F8SA 4K8XA 3KLFA 2QA4N 4CZIA 4ISEA 4GKJK 1HR0K 4JNEA 3FZFA 4W5RA 1RBUA 4CZHA 4PA1A 5LJWA 4J2BA 2H3GX 5E84A 4FM0A 1HJRA 4H5RA 5KTQA 3NGIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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