3CJAA

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium and amppnp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 134
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjaA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cjaA02
4H5RA 4CZHA 3O4WA 1MWKA 2A5XA 2UYTA 3M3ZA 4BC4A 4BR0A 4NO7A 3GBTA 5KQDA 2D0PA 1QHAA 5AQUA 2IVNA 1GLDG 4CZEA 4BG9A 2E2NA 2ASMA 1TUUA 1DKGD 1Z05A 3O8MA 5ELZA 3CJCA 4PKIA 1J6ZA 3RSEA 4CJ7A 3FZMA 3LDLA 4JHDB 2A40A 3VEZA 5JLFA 3GOIA 4FWMA 1SQKA 2QWMA 1K8KB 2P9NA 3CI5A 4BR9A 5E84A 3IFRA 4PL7A 4JD2B 3FR0A 4H5TA 4K41A 3D7EO 3MN7A 3CQXA 1T6CA 4QS8A 1NMDA 5BRHA 3ID8A 1R59O 4JNEA 4CD1A 4M7YA 3DXMA 3KVGA 3BF3A 5KPTA 1GLLO 1KAZA 4A61A 4GNIA 4HWIA 4M63C 2IVOA 5EVZA 1DGKN 3EL2A 4B9QA 5BN9A 3G25A 1NWKA 2P9SB 4FWPA 1HJOA 4H0TB 2E1YA 2GTDA 4AM6A 3GG4A 5AQRA 2H3GX 3ENOA 4A2BA 3H6EA 4K43A 4B1ZA 1NGEA 1BO5O 1RDWX 3H3NO 3LDQA 4PL8A 3QB0A 2A42A 3U9DA 1E4GT 3WXIA 2ZF5O 2VYPA 1NGAA 3TU5A 5BPMA 4J8FA 2GWKA 4JHDA 2P9LB 2V52B 5F2RA 2OANA 3SLCA 2D1KA 4BG8A 1RFQA 4E1JA 5AQPA 2DPNA 3D2FA 4BRDA 3SK3A 4M7XA 4MO5A 1K8KA 5ADXH 4BRGA 3HZ6A 3OHRA 4JD2A 5EOYA 3LM2A 3EKSA 5KPZA 2CH6A 3UB5A 3GDQA 1QZ6A 3CJ1A 3C0BA 4BREA 4XH1A 5I9EB 5BPNA 3VPZA 4FWSA 5AFUA 1X9JA 1X3MA 2GUPA 3D2EA 2EWSA 4I6MB 2W41A 4WQ5A 4NB4A 1P8ZA 2QXLA 2KHOA 3H46O 5KPRA 1KAXA 4PKHA 3CJBA 3UKRB 3MK6A 2E2OA 4EHTA 3CJ7A 1NBWA 3CERA 3U4LA 2NRHA 3IMXA 3EN9A 3FZHA 2E2PA 3QDKA 3MN6A 1YXQA 3VETA 3WEEA 5LJWA 1ATNA 2V7YA 1HPMA 4KBOA 3M6GA 2YHXA 4BC2A 1V4TA 2ITMA 4FPBA 3IUCA 5AQJA 4DQ8A 1QQMA 3O5BA 3VENA 5EY4A 3WXLA 4CBWA 2HMPA 3BP8A 3QBWA 2QWPA 3QFUA 1ZBSA 1NGCA 4BRKA 1GLJO 4EAHD 4CBXA 1LCUA 3WUHA 1CZAN 4F9OA 5BREA 1GLCG 3F9MA 5BPLA 4BVPA 2YJEA 3L4IA 1NGJA 2E1ZA 1HX1A 1TYQA 3WQUA 1S3XA 3W3DA 4H0PA 4CZLA 4I6MA 2Q97A 4Z94A 2V51B 3VF4A 4XH5A 5CE3A 2YJFA 3B8AX 3ULEB 5AQVA 4H5WA 3VESA 1QZ5A 3UKRA 5AQXA 2BTFA 4DCHA 1BWFO 4GY2B 1NGHA 3JXUA 5AQGA 3UKUB 1V4SA 3L0QA 4B1XB 2A3ZA 1YVNA 4H0YB 1ATRA 4K25A 4CI6A 1YAGA 3HBTA 2QWQA 2D4WA 5FPNA 3LDPA 3VGMA 3EZWA 2P9PB 4JAXA 3I33A 5E26A 2CGJA 4MLEA 4CZGA 4CZFA 5AQQA 5AR0A 1BG3A 3DAWA 4CD3A 4YDUA 3BUZB 4O5FA 3WXJA 5JLHA 4FSVA 5TKYA 3FLCO 1X3NA 3J8AA 4IXCA 5LJVA 3CETA 4FWQA 1BDGA 5AZJB 5AZIB 1GLAG 5AQFA 3A5LC 3ZEUB 1KXPA 2GEMA 4O8KA 4BRPA 3VOVA 1ZC6A 1G99A 4WQ4A 3QBXA 3S41A 4FWNA 3CJAA 1LOTB 3A5OC 4BQLA 3ULEA 3HM8A 3C7NB 4BC5A 4BGAA 2FF6A 2A6AA 1BOTO 4XEIA 4FWOA 4RCHA 1T44A 2WUSA 3UKUA 1ZXOA 4H03B 5AQYA 3VEWA 4FWRA 3O1BA 2GWJA 2I7NA 4MLHA 4BRIA 4CZIA 5AQWA 1HKBA 4BRHA 4MO4A 3SMSA 2Q0UA 3HTVA 5AQNA 1JCFA 2P9PA 5EXWA 4B1UB 2D0OA 4FOIA 1NLVA 3VEXA 2YCHA 3A5MC 3LL3A 4IJAA 4WQ5C 5FPEA 1SAZA 2ZWHA 4Y0WA 1KAYA 2HF3A 2QWNA 1Z6RA 2P9SA 3MCPA 2Q1NA 2E88A 1Q18A 3LM9A 4BR2A 3QMLA 3VGKA 2E2QA 1BUPA 1DEJA 3RSEB 5AZJA 5AZIA 3ZEUA 4IO8A 5BR9A 4L3QA 1GLFO 5AQHA 3KZBA 4CZJA 1NM1A 1T6DA 1NGFA 1U2VB 3WXKA 3LDNA 1JCEA 4QS9A 2P9NB 2P9LA 1S22A 3R9PA 2PBDA 4IZ9A 3SJHA 4H5VA 3GE1A 3LDOA 2F9WA 4BRLA 3C7NA 3UE5A 3VF2A 5BRFA 4AM7A 1BU6O 1U6ZA 3R6MA 2QWRA 1OKJA 5FPMA 2P9IB 3CIPA 1H1VA 3H1VX 3KHYA 2P9KB 3L6QA 3M1FA 4K42A 3MN5A 2FLOA 2J4RA 4IWVA 2CGKA 3A5NC 2IVPA 4FOEA 1TUYA 4H5NA 1GLBG 4EIAA 3H1QA 4ISGA 2A41A 2VCPA 3FE1A 4A62A 4CZKA 1IG8A 1HUXA 2P9UB 5AFUH 1BA0A 3P4IA 3O1WA 3ZETB 3FZLA 5LY3A 2Q31A 4FPAA 5ADXA 2W40A 3DWLA 3WT0A 1SZ2A 3ZX0A 5BN8A 5AQLA 4B1YB 1NGBA 4RTFD 4FWLA 2FSNA 4BGBA 2E20A 1WOQA 1U2VA 3DXKB 3MN9A 5AQTA 3D2FB 4ISFA 1BA1A 3ZX2A 3VEVA 2Q36A 2FSKA 2FSJA 1ESVA 1RGIA 4XH4A 4EFHA 2YI1A 4HTLA 4YDUC 5B8HA 4JN4A 3ZX3A 3CHWA 2CH5A 5F0XA 3GL1A 3H3OB 2P9IA 4H0XB 4CZMA 5AQSA 3D2EB 3HI0A 2YHWA 1IJJA 1WUAA 2IIRA 5BRDA 3W0LA 2P9KA 3O80A 1C0GA 2PAVA 3MDQA 4WQ4C 1C0FA 4LC9B 4WYBA 4BRNA 1NGGA 5AQKA 4FO0A 5JMVA 3CJ9A 2ZGZA 3VEYA 2P9UA 1NGDA 1XC3A 3JS6A 3O6WA 3WQTA 2AP1A 3WEEB 2NZTA 3ZETA 4BC3A 4DB3A 4BRFA 1MDUB 1D4XA 2VWBA 5F1XA 2ZGYA 1MWMA 2HF4A 3A8YA 4H0VB 3FZKA 4BR5A 1MA9B 2YHYA 2Q2RA 3U9ZA 2GELA 2ASOA 2QWOA 3DXKA 3ENHA 5AQMA 4A2AA 3H45C 4PKGA 3O08A 5JICA 2V7ZA 4EHUA 1E4FT 4B1WB 4ISEA 3DJCA 3QFPA 3R8EA 4FL9A 4IJNA 4C23A 3CQYA 2F9TA 4BRAA 2I7PA 3EKUA 3ATVA 2NLXA 4CBUA 1QQNA 4DHYA 4FWKA 1QQOA 3BEXA 3VEOA 3AAQA 3MMVA 3VGLA 4BR4A 1HLUA 1TYQB 2QM1A 1Y64A 4BQZA 1GLEG 1YUWA 4BRMA 4BROA 4BRQA 3HSCA 2BUPA 5EX5A 3A0IX 2QWLA 2Q0RA 3AAPA 4H0OA 1XQSC 3SMPA 4BR7A 5AQZA 3AARA 3QICA 4BRCA 3U8XA 1EQYA 3I8BA 4RWTA 5AQIA 3AY9A 3FFKB 2FXUA 1XUPO 1ATSA 5FPDA 5AQOA 3EO3A 3VF6A 2CGLA 2AA4A 1NGIA 3DXMB 3ATUA 3BF1A 3FGUA 4BVOA 3VERA 2HOEA 2ASPA 4B1VA 1HKGA 1JCGA 2E8AA 5KQ8A 3FZFA 1HKCA 2QW9A 4QS7A 3IDHA 2FF3B 3TPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZHA 3O4WA 4F2SA 2A5XA 3F73A 4CE9A 4BC4A 4BR0A 3SNNA 5KGXA 1RBSA 1GLDG 4CZEA 1WSHA 1FW6A 2FC0A 2E2NA 3TSUA 1Z05A 3TTFA 3RSEA 3K0SA 3G4SN 3ZSVA 2O8BB 4JHDB 2A40A 3VEZA 2W6LA 4FWMA 4JS5A 3K5OA 2QWMA 1JXEA 1LWFA 2P9NA 4RW6A 4JD2B 3OTOK 1OH7A 2HHWA 3AVGA 2OCEA 3OVNA 2DFHA 2A1RA 5BRHA 2HVHA 4QOZB 3LWMA 4W5NA 5M1PA 3TAGA 1KCFA 4OKJA 4M7YA 2QKKA 3HP9A 3E9PA 5KPTA 2QXFA 1A5WA 4HWIA 2Z1HA 4M63C 4FJIA 5J2MA 2Z1IA 3VQ9A 3WXMB 3VQEA 3L4QA 1D8YA 4AM6A 4YOVA 4C1NI 3CCRN 2H3GX 1FK9A 4RW8A 3AA2A 5CY4A 2OTLN 1YIJN 4JI0K 1NGEA 4CFBA 4LF9K 4CHYA 4OKEA 1VQKN 1VQ5N 4AQYK 1NGAA 2GWKA 4YOYA 3KD1E 5F2RA 2OANA 4J2EA 3KIOA 1VSJA 2HBKA 1RFQA 4E1JA 4W5RA 4JI7K 2DPNA 3D2FA 1NNEA 3UIQA 3RR7A 4MO5A 3LZJA 3DOKA 3ZYYX 3K9JA 3F2KA 3BGRA 3DRRA 3LM2A 5KPZA 3UB5A 1HYZA 3GDQA 2FBVA 1QSLA 4O8UA 4BREA 4XH1A 4CF8A 5I9EB 4JKGB 4DLGA 1RTHA 5AFUA 5HRSA 2OPRA 2GUPA 2B6AA 3D0PA 4PKHA 3HOSA 4KRFA 2A1SA 3CJ7A 3C6UA 1KFSA 2IC3A 4JRQA 4R79A 1TL1A 3EE9A 3EN9A 1N5YA 4AHCA 2E2PA 3QDKA 3DOLA 1BIZA 4OPAA 1YXQA 1X9MA 3MWPA 3KLFA 2V7YA 4KBOA 3U3YA 4IEIA 4N76A 4FJMA 4FPBA 4CGJA 3B6PA 4DQ8A 4KB0A 4NCBA 5FLXO 3VENA 5EY4A 4DTSA 4YOUA 4CHZA 1TKZA 2HMPA 1Q8IA 3QBWA 2QWPA 3QFUA 4DSKA 1NGCA 1XHZA 1S72N 3RWUA 5CYQA 3K59A 4OVLA 1N33K 2QKBA 1LCUA 3J7YP 2O8CA 1RDUA 1T05A 1GLCG 1WNSA 2IOCA 1XHXA 4L8RB 4E1MA 3J7AP 4BVPA 2YJEA 4Z4EA 3OYAA 1FXXA 5FRNA 1R0AA 4H0PA 4DMNA 3TTDA 1VK0A 2ZE2A 1QZ5A 5C2FA 4F2RA 1KD1O 1S1VA 4DU3A 4GY2B 5CYMA 1V4SA 4M3TA 1QE1A 2BH1A 4C8KA 4JI1K 1IH7A 3HBTA 3I56N 3PLAA 3VGMA 4FVUA 4JAXA 4N56A 4KHPK 2CGJA 1N8RO 4FLTA 1YJWN 3I0SA 2GUIA 3WXJA 1NK5A 2NRTA 4CJSA 1SL0A 4B9VA 3SUNA 3M8RA 4X66K 1GOBA 5AZJB 3THXB 4FVMA 1G99A 2D5RA 3AVIA 3Q7CA 4JS4A 3K5LA 3RMBA 3PX6A 4KREA 1OVYA 1BCMA 3CJAA 3P31A 3ASMA 1LOTB 3A5OC 5C2DA 2WOMA 3ULEA 3P1GA 4BC5A 2A6AA 3LPTA 4FWOA 1UA1A 1T44A 3OA9A 2IGIA 3P39A 1VQLN 3O1BA 1WSIA 1VQ6N 5HRRA 2O8DA 4IEEA 3NH0A 5AQWA 1K73O 1Z26A 3QIOA 3SMSA 2Q0UA 4DQIA 4OX9K 5AQNA 1D9DA 2P9PA 3ID6A 4B1UB 4EZ9A 4FOIA 3MX5A 4IJAA 3NHGA 1DTTA 3OYJA 3PX4A 3ZSRA 3E9LA 2XY7A 2QWNA 2Q1NA 4KB1A 2EHGA 1Q18A 4CEFA 1Q9YA 2UUCK 2X6SA 3VQBA 1RT7A 4DWIA 1IKVA 4FLZA 3LDSA 1BUPA 4KO0A 3AO5A 3ZEUA 4CJPA 4CJVA 4JI8K 1RBTA 1IBLK 1SKSA 4TSXA 1JCEA 3QETA 1J53A 2PBDA 3EZ5A 3KD5E 3GE1A 4PY5A 3MXMA 3LDOA 4E7IA 3C7NA 2LSNA 1ZBFA 5BRFA 1YT3A 2X6NA 1UOCA 3H1VX 4PWDA 3Q7BA 1S6QA 3M1FA 4GKKK 2IVPA 4H5NA 4ISGA 5KI6A 2VCPA 1HNIA 2ATQA 5C12A 4H8KA 2P9UB 3O9TA 2O8FA 1BI4B 3P4IA 4O55A 1L3UA 3MXJA 2Q31A 4FPAA 1SZ2A 3G10A 1W9HA 5C24A 4B1YB 1T03A 1HNWK 5C15A 3MEDA 1WOQA 4DR6K 2HBJA 1TL3A 4IFYA 3LANA 4Y1DA 4FJKA 1B92A 1RTIA 2QK9A 4GKJK 4U7BA 4HTLA 3DMJA 2JWKA 2HW3A 4H0XB 2P9IA 4H4OA 5AQSA 4GV9A 3D2EB 3HI0A 3LP2A 4I7FA 3CCSN 1VQNN 3W0LA 2P9KA 4DTMA 1HMVA 3NGYA 3SPZA 3MECA 3SI6A 3THYA 4M3WA 3LZIA 3CCLN 5BR8K 5JMVA 4C8MA 3CJ9A 1GOAA 3M5RA 1XC3A 2KZZA 3WQTA 2AP1A 4ILGB 2OTJN 2KZMA 4CW7B 4HCBA 3HYFA 1NJIO 4BRFA 2ZGYA 1JLFA 4BE1A 1NJYA 2NRXA 2HNYA 1W2BM 4RG8A 3LP1A 2QWOA 1RDAA 3DXKA 3ENHA 5JICA 1E4FT 2I5JA 4E7LA 2XY8A 4B3OA 4BWJA 5HROA 3ATVA 4Z4CA 1QQNA 1L3TA 4DR2K 3TR8A 3SBGA 1ZBIA 1TYQB 3CC2N 1DT9A 4ID1A 3ZLJA 4FW1A 3THXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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