The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
NSKQKVQMSIHQFTNICFKKCVESVNDSNLSSQEEQCLSNCVNRFLDTNIRIVNGLQNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
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| molecule keywords |
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM1
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| publication title |
The Tim8-Tim13 complex has multiple substrate binding sites and binds cooperatively to Tim23
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
21
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| chains with identical sequence |
D, F, H, J, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BSK B; 3CJH B; 3DXR B; 2BSK A; 3DXR A; 3CJH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q7G A; 4I55 B; 3WG7 C; 2A3Q A; 4DR6 O; 1GM9 A; 2PYJ A; 2DMX A; 3GWO A; 1BCC H; 3WB1 A; 5IYZ A; 3CCM V; 3EHB B; 1HWY A; 2UUA B; 4CH4 A; 1IVS A; 3K03 A; 5LXT B; 4JI5 O; 3K5N A; 2FB5 A; 2AGA A; 5AG2 A; 2JS5 A; 5JJE B; 2CTR A; 1WAZ A; 1YJW V; 3ETE A; 4LF7 O; 2HLD G; 4PEL A; 2ZIO A; 1EZV H; 3X2Q C; 2Q6A A; 2L35 A; 1L8D A; 4H44 B; 4UV8 A; 1N33 B; 3H1I H; 3RYF A; 2F95 B; 3CX5 F; 2DW4 A; 3E35 A; 4ZI7 B; 1R6T A; 2O57 A; 5KMG B; 2BE3 A; 2KG7 A; 3LSS A; 2ZCE A; 3K57 A; 4JPR A; 2ZE6 A; 5EYP B; 4O4H B; 3ZHV A; 4BIO A; 1Y4M A; 4DUY O; 1RPR A; 3CD6 V; 4DK0 A; 1V54 B; 1OV9 A; 3SDL A; 4YXW G; 1V55 B; 2KQX A; 3RW0 A; 3BCC H; 3CCL V; 1N34 B; 4LC1 A; 2HEP A; 3BA9 A; 1HNZ O; 4R6Z A; 1G8M A; 3IJ4 A; 4ZHQ B; 2E5L B; 3N2K A; 4L87 A; 2ZR3 A; 4U3J B; 2K1E A; 1WPB A; 3DXR A; 4H0L B; 3CXH F; 2EIL C; 3SPI A; 3A0R A; 1NVP B; 1NBM G; 3LNM B; 1EN5 A; 2VWJ A; 2A7W A; 1NT2 B; 1ROP A; 3L73 H; 2JGD A; 4X66 B; 1HDJ A; 4LFA O; 1NH2 D; 1WJZ A; 1GAX A; 3ZED A; 1VQ9 V; 2ARH A; 1IBK O; 2GBO A; 2PY5 A; 4IHJ B; 3I5D A; 2DN9 A; 2UXD B; 4C7U A; 5L3C A; 3ABL C; 3E8G A; 2P67 A; 1G1X B; 4JI4 B; 1M5I A; 1PL4 A; 3ETD A; 4UCU A; 4LF9 B; 2YID A; 5JWP A; 1SER A; 1VQK V; 5H6R A; 5B1O A; 2HFE C; 1QLE B; 1H2L A; 3FB8 C; 5GTH Z; 4IT5 A; 1TAE A; 5LP6 C; 1WA8 A; 3RYC A; 1JA8 A; 4I55 A; 1U96 A; 4YHH B; 1P7B A; 1VEW A; 2DQ3 A; 3STZ C; 3RFR A; 3KZI Z; 2FL4 A; 4TQF A; 4UVA A; 3W7U A; 2ZT9 B; 4DR1 B; 5LXT A; 1K97 A; 4DV3 B; 2UXC B; 5LYJ B; 2NLJ C; 1NTZ H; 2F23 A; 3UCS C; 1M93 A; 2GSM B; 3B40 A; 3ZBH A; 3AG4 C; 4D7T A; 2F4V O; 5BR8 O; 1J95 A; 2RDC A; 3VQV A; 4TT3 G; 1QQC A; 1XMQ B; 3O9O A; 1R73 A; 4ZI7 A; 3OE7 G; 4JTC B; 2LJ2 A; 5BZB A; 3AK2 A; 5KMG A; 1J5E B; 3LDC A; 2D3O W; 1FXV A; 2QWQ B; 3FFQ A; 4FLV A; 5EYP A; 4DUZ O; 4O4H A; 2H3O A; 2Q0O C; 3ZRS A; 4UCT A; 4XBF A; 2HR3 A; 5LOV B; 3AG2 B; 2Q67 A; 4B7E A; 1Q81 W; 3E2E A; 2DYS C; 3K04 A; 1M57 C; 2EIN C; 4I5S A; 3B8M A; 3J81 N; 3WFV A; 4JI0 B; 1GKF A; 5E79 Z; 3OTO B; 4U7N A; 3IAY A; 4WFF A; 4Z2W A; 1IXM A; 2QM4 A; 3C90 A; 5H9C A; 4NKG B; 4ZHQ A; 5CB4 B; 4I50 B; 3TXQ A; 4U3J A; 5IY5 B; 1ZX3 A; 2Y69 C; 5IJ9 B; 2UXC O; 3G67 A; 3ML0 A; 1YZB A; 2ZXW B; 3FYI B; 4QNH B; 1R3K C; 4E2L A; 5JQG B; 3QO7 A; 4JI3 O; 2UU9 O; 4AQY O; 2GV9 A; 1QNM A; 1HW7 A; 5J9P C; 2AW9 A; 5B1A C; 2E76 B; 2PGG A; 2UUC B; 5J2T B; 1N0N A; 4JI8 B; 3ABM B; 1KB9 F; 4PHZ A; 1GK9 A; 1AJN A; 2FML A; 3BAB A; 4LH6 A; 2YI9 A; 4DV5 O; 5KUK A; 3G6B A; 2Q69 A; 2Z3Y A; 1WPX A; 3K79 A; 5BMV B; 2QWO B; 4OX9 B; 2RCV A; 1LR1 A; 4JI2 O; 4CZZ A; 3K06 A; 3ZHS A; 1IXB A; 2KKW A; 2GTA A; 2N05 A; 4X1Y B; 4B3R O; 5GW7 A; 3E22 B; 5KAI Z; 4BW9 A; 3T1Y O; 2E3C A; 3ZX6 A; 4MW8 A; 3JD4 A; 1ZSP A; 3FYE B; 4AIL C; 3QF7 A; 3MHH C; 1JR9 A; 3HPL C; 3ZMS A; 1AI4 A; 1FFX B; 3ZHQ A; 5CA3 A; 1SF9 A; 1Q43 A; 4EEQ A; 3CCE V; 5B66 Z; 3JYC A; 4J10 A; 2JJ1 G; 4GX2 A; 4JV5 O; 4I9Q A; 4X1I B; 3JD1 A; 2WPD G; 3SYC A; 2EJ7 A; 5EK0 A; 1Q6U A; 3GWK C; 4JYC A; 4IIJ B; 4UCR A; 2XAS A; 2OTL V; 2R72 A; 5LOV A; 2CTP A; 5IYB O; 4EFB A; 1S5H C; 3AEI A; 1VF6 A; 1HNX B; 1FXH A; 3FD9 A; 4B3M O; 1L1F A; 1S5L Z; 4FPP A; 1YTF B; 5KHK A; 2EIM C; 4GYC B; 1SQP H; 4LBE C; 4I7Z B; 5CB4 A; 1R6K A; 4I50 A; 5IYC O; 4JYA B; 2QDO A; 4FFB B; 1GM8 A; 1QR9 A; 5EBW C; 1XUQ A; 1AI5 A; 1Z5W A; 3P30 A; 4DV1 O; 1T5E A; 4X1K B; 5JJJ B; 5JQG A; 3A0H Z; 3WB2 A; 2YIB A; 2E75 B; 4F4L A; 2QE7 G; 2AHY A; 4JYB A; 5EBM C; 1YIT V; 1XRE A; 4I9W A; 3QVN A; 5J2T A; 1FS0 G; 2ZNI A; 4DV7 B; 2QWR B; 1OHH G; 3AG3 C; 2IM9 A; 2P4V A; 3GB7 C; 2Q0A A; 4GT1 A; 3SYQ A; 1OCR C; 1NS1 A; 5CBH A; 2Y0P A; 4MW3 A; 5C93 A; 1BHA A; 5BMV A; 3TET A; 2CGN A; 3ASO C; 2F43 G; 2YC0 A; 4EFE A; 5L3F A; 1Y76 B; 3UKM A; 2ETN A; 3R66 A; 4X1Y A; 4LF6 O; 3E22 A; 4DV0 O; 2VQE O; 4LF5 B; 4U3F H; 2HKO A; 4JAS A; 5CA0 B; 5IYD O; 2JEU A; 3IFX A; 4LCU C; 3SPG A; 1N8R W; 1Q3E A; 2W6I G; 1FFX A; 2WLN A; 5FPR A; 3T4D A; 4DW1 A; 4DR7 O; 1MSW D; 1D2D A; 2OIG A; 4TOI A; 2OT5 A; 1Q8I A; 1VF7 A; 2P5O A; 4ZKI A; 1JJO A; 1MZE A; 2Q7H A; 5B3S B; 2CH7 B; 3HKC B; 1XMO B; 4X1I A; 5KA5 A; 3THO A; 1PM9 A; 3OM3 B; 1L0L H; 2ZE8 A; 2Z0A A; 4IIJ A; 2HP8 A; 4O2A B; 1BQ0 A; 5LL6 Y; 3MDS A; 3CCS V; 3SR2 C; 4G28 B; 2IJI A; 1IBM O; 5JH7 B; 4NB5 A; 1SQX H; 1XNR B; 1VQO V; 1SQQ H; 2JRI A; 2WLI B; 4DR2 O; 5H5N A; 4FLU A; 3OEE G; 2XAG A; 4UCV A; 2LP7 A; 5TIS Z; 3D3I A; 5B1B C; 4JI5 B; 3OGC C; 4FFB A; 3BAA A; 1H2S B; 4JI6 B; 4LF7 B; 3CSX A; 2ZQM A; 1F23 A; 3I55 V; 4MVS A; 4X1K A; 2OCC C; 1FD9 A; 2C2A A; 4FFK A; 1KQS U; 4LWS B; 4W4K A; 3T1H O; 2AZ0 A; 3BEH A; 3K9S A; 1ZLZ A; 1R1B A; 1ZL8 B; 3E89 A; 1P7G A; 2Y4T A; 1SZX A; 4X64 O; 3CEI A; 2WAM A; 1VQ7 V; 1QVG U; 3MD0 A; 1GN6 A; 4B3T O; 2XAF A; 4L8J A; 2EIJ C; 1K9M W; 2Q9L A; 3F5W C; 3JAL B; 4UCO A; 1JFF B; 2BOB C; 4KL1 A; 1TA8 A; 3ASN B; 4PI0 A; 5JVD B; 3RBZ A; 1O9H A; 2B1I A; 4JI1 O; 4FZ1 A; 3VOU A; 4ABM A; 1KU9 A; 1Y76 A; 2ITD C; 4LNU A; 5LMN O; 1B6Q A; 1WB7 A; 2IW5 A; 2P90 A; 1SKV A; 1HNZ B; 3SYA A; 3UQ8 A; 1THZ A; 1M56 C; 1K5S A; 3RGB A; 4FK5 C; 1PNL A; 1NVP D; 3WU2 Z; 3G4S V; 2RNB A; 4KHP O; 4CBC A; 4PI2 A; 4FLT A; 2MW2 B; 1H8H G; 3A2F A; 3L74 H; 5CA0 A; 5BY1 A; 1CP9 A; 2A0L A; 3LNN A; 5CBG A; 1BS3 A; 1N36 O; 1GN4 A; 4E4E A; 4JI6 O; 2GHY A; 3B8N A; 1H8E G; 3CCU V; 1OCZ C; 1ARO P; 4LFA B; 3JD2 A; 4DV4 O; 3OR6 C; 5LHH A; 1YEW A; 4OXS A; 4XDK A; 3CP1 A; 2X7R B; 1IBK B; 2QJ1 A; 2CH7 A; 3HKC A; 3QO5 A; 1CXZ B; 4QE9 A; 2DWD C; 2DYR C; 3K0D A; 2GDS A; 3LUT B; 3ZMU A; 4CH6 A; 4UB6 Z; 5CN0 A; 2YIA A; 4PV1 B; 4JZG A; 3TCU A; 3ZN0 A; 1ORQ C; 2WWW A; 5LA6 B; 4O2A A; 3P3N A; 5KX5 B; 2ZKO A; 1IX9 A; 2XAH A; 4WFG A; 4N21 A; 3QG5 A; 1AR1 B; 1N32 O; 3UM7 A; 4KP4 A; 4DR4 O; 5JH7 A; 4GZR B; 4UFZ A; 2X0L A; 1SS3 A; 2WLI A; 2LFS A; 4EB6 B; 4UVC A; 2W6J G; 1CPY A; 4MVQ A; 3UO2 A; 3OUS A; 1NI8 A; 1XDC A; 2QKS A; 4GKK O; 5E1A C; 3OR7 C; 1WNS A; 2CAZ C; 4RQF A; 3G6E V; 2YXL A; 5FLX N; 1RM1 B; 1VQ8 V; 3CWB H; 1XIL A; 2IJH A; 5IJ0 B; 3CCV V; 1Q5O A; 3T4Z A; 2F4V B; 4LWS A; 4AHC A; 5BR8 B; 4O4L B; 4F6E A; 4KFM A; 1KP2 A; 2JEX A; 2RJZ A; 2EIK B; 4IYI A; 1ZL8 A; 2DWE C; 1Q90 D; 5LBQ A; 3RYI B; 3CE2 A; 2YXY A; 3HB3 B; 4BWA A; 3CRR A; 4DUZ B; 3JSL A; 1K5Q A; 1EFR G; 3JAL A; 2QSA A; 3L9D A; 2QWN B; 1JFF A; 5JVD A; 1S76 D; 1KC8 W; 3K5O A; 1UJW B; 1K3E A; 4DRX B; 2PUS A; 2OYQ A; 1VP7 A; 2Q5Z A; 4PDL A; 3BY6 A; 2CTW A; 1OCC B; 2JVD A; 4UXN A; 3K5L A; 2PI4 A; 1HP8 A; 3FKS G; 5DM6 V; 3SPH A; 3AG1 C; 1OCO C; 1YVW A; 3QO8 A; 2YIB D; 3DSQ A; 3HKB B; 2A9H A; 3OMA B; 2UXX A; 2VRZ A; 1JOY A; 4PDM A; 4D6T H; 1EN4 A; 4JI3 B; 4RUE A; 3F7Y C; 2UU9 B; 4DO2 A; 4Z1M G; 4AQY B; 4YJ2 B; 5ITZ B; 1B04 A; 1O9G A; 2OTJ V; 4JAV A; 3W7W A; 1FXK B; 5JCO A; 2DOS A; 2AZ2 A; 4IYH A; 1VIB A; 3FX7 A; 3MHS C; 1XNQ O; 3B09 A; 5HFL A; 2YIC A; 2OIE A; 3ABK B; 4CC5 A; 5LA6 A; 4Z1V A; 4DV5 B; 2B9Z A; 5KX5 A; 2UXB O; 4J7K A; 2QTO A; 5D5P A; 3TJT A; 2ZIM A; 2BOC C; 4CH5 A; 4JI2 B; 4OGQ B; 2VS0 A; 5LGN A; 5L3B A; 1K4C C; 1NR7 A; 4B3R B; 4JYY A; 4MTG A; 1JCH A; 2QKC A; 3W7X A; 3T1Y B; 3OW2 U; 1LUW A; 3R65 A; 4RO2 A; 4TV8 B; 4BW5 A; 2HJD A; 2HVJ C; 4HAM A; 2P22 C; 4MTO A; 4QE7 A; 3CC7 V; 3OEH G; 2Q68 A; 5IJ0 A; 1BHB A; 3Q4H B; 1FFT B; 1BMF G; 4PDR A; 4X62 O; 1VQP V; 2W0X A; 4BR6 A; 1IDS A; 1V54 C; 4O4L A; 1G4Y B; 4JV5 B; 2NNU A; 1OCR B; 1V55 C; 2WLK A; 1L0N H; 3D36 A; 5K1X A; 4P2Z A; 5F2V O; 2ZDI A; 4IHJ A; 3S3W A; 3RYI A; 1SZT A; 3BA8 A; 4HZ3 A; 2V7Q G; 3L70 H; 3L75 H; 5C8Y B; 5CBF A; 3W7T A; 1YTF D; 5IWA O; 1VQ5 V; 4FMT A; 3BFR A; 4B3M B; 2YDE A; 1H2M A; 3GVM A; 4MTF A; 2QGN A; 1MAB G; 1AP5 A; 4QGP A; 3EXA A; 3K59 A; 3DC6 A; 4FIP C; 4DRX A; 3ZJZ A; 2EBO A; 2RMK B; 4H33 A; 1K33 A; 2ZR2 A; 3J7A U; 3LSU A; 2XOK G; 1EBO A; 5B1N A; 1H38 A; 4LP8 A; 3HKD B; 4DR5 O; 4FJC C; 5LYJ A; 4JZ2 A; 1XQ8 A; 3HKB A; 1GN2 A; 2N74 A; 1X4T A; 4DV1 B; 4JGS A; 2P06 A; 2ZM6 O; 4J42 A; 1PV0 A; 1QLE C; 4NTY A; 2FYU H; 4TV9 B; 4YJ2 A; 3LSQ A; 5ITZ A; 4X8A A; 3APQ A; 2EJR A; 2WSS G; 1VMG A; 1FXK A; 4RAI A; 4EKW A; 5JJN B; 4NXM O; 2NN4 A; 4QIW F; 1PPJ H; 1DLB A; 4UCS A; 2PZS A; 3TK1 A; 5FNV B; 1R6N A; 1D5N A; 1AI6 A; 1JVM A; 1M90 W; 3UO3 A; 1TGO A; 3A8T A; 4R8C A; 1LUV A; 5BXZ A; 4ASU G; 3F5T A; 1GMG A; 1W0K G; 3RT3 C; 2P4K A; 4CS2 A; 2HHH B; 4I0X B; 2HJF C; 1WP8 A; 2CK3 G; 4FLX A; 2R9A A; 4LF6 B; 4DV0 B; 2VQE B; 2VQF O; 1BL8 A; 1XHX A; 5LMU O; 4TV8 A; 2YS8 A; 4UVB A; 3FB7 C; 1EM1 A; 1DF4 A; 1MA1 A; 3AG7 A; 3DTU B; 2NR5 A; 2Z5U A; 1OZ0 A; 4FVM A; 5IJ9 A; 4DR7 B; 1CEZ A; 4DYL A; 4IL6 Z; 3H1L H; 1NZ6 A; 1W0J G; 3Q4H A; 2HVK C; 3AG2 C; 1WLE A; 1WB8 A; 1R3I C; 1N4C A; 1VF6 C; 2JJ2 G; 1K8A W; 1KUQ A; 1MZF A; 2WLH A; 3KKY A; 2ILM A; 1K4D C; 1RPO A; 3LDD A; 1BZK A; 4O4I B; 2F66 C; 4TQD A; 4LF4 O; 1XBL A; 3CRC A; 2DJV A; 4Q6G A; 2LFR A; 5IY5 C; 3JSN A; 2ZE5 A; 5A2Q N; 3WG7 B; 2V1D A; 1QBZ A; 1IBM B; 2LO1 A; 4K3A A; 1FJG O; 2ZXW C; 4MVZ A; 3DC5 A; 4X89 A; 4X20 B; 3W7S A; 2CUG A; 4P9P A; 4BAY A; 4DR2 B; 3AK1 A; 2HHH O; 4LFC O; 1ENV A; 1TUE B; 1NU1 H; 3ICX A; 1DGS A; 3ABM C; 3WB0 A; 3HKD A; 3X2Q B; 1Q7Y W; 1VQL V; 3JAM N; 3SYO A; 3SJB C; 4FLY A; 3N2G B; 1LNQ A; 2A79 B; 3T1H B; 2XUM A; 2UXN A; 1SQG A; 3OTF A; 2M6Y A; 2XTA A; 4P9O A; 3ZRW B; 4TV9 A; 2E74 B; 4BIZ A; 4DW0 A; 4MVO A; 5KA6 A; 3OUF A; 3ZCC A; 2LGQ A; 4H37 A; 3C3T A; 1XHZ A; 4DV2 O; 3P3P A; 4X64 B; 4NXN O; 3M7M X; 5FNV A; 1IZ3 A; 3STL C; 3KCX A; 4B3T B; 1FYJ A; 3E8H A; 1TVK B; 1COW G; 2WLL B; 1AP6 A; 5EBL C; 1JQ0 A; 1RSO B; 4JI1 B; 2YXH A; 1YCI A; 1WN7 A; 1Q6H A; 5LMN B; 4HBN A; 5KLV H; 3OGI B; 4YY3 B; 4IGG A; 3RWR D; 4X65 O; 2EIL B; 1AB3 A; 2Y48 A; 4KHP B; 1EZJ A; 2UUB O; 4RQE A; 1KP3 A; 2DQ0 A; 1BGY H; 4FM0 A; 4G2K A; 4B3S O; 3S3X A; 4WF9 V; 3O65 A; 2R70 A; 2WA4 A; 1N36 B; 4OPA A; 1AI7 A; 1F51 A; 1H2K A; 1AJQ A; 2ADQ B; 1EN6 A; 1IBL O; 1I0H A; 2IU3 A; 3H9V A; 1OJH A; 2F93 B; 5L3G A; 4K8Z A; 3SPC A; 5IT9 N; 4DV4 B; 3KCY A; 3ABL B; 1YI2 V; 3RYH B; 1DF5 A; 1HNW O; 3NR7 A; 4GX0 A; 3H1J H; 4LH7 A; 2AXT Z; 5J2U B; 1S72 V; 4WFE A; 1E1Q G; 5HFM A; 4CH3 A; 3OAA G; 4JF3 A; 3PJS K; 5LGU A; 4QJF B; 4JI7 B; 4O4I A; 5LP6 B; 4RUF A; 2OWO A; 5K1P A; 3ZIA G; 1QVF U; 2QEX V; 1N32 B; 3K08 A; 5KHJ A; 2GUZ B; 4DR4 B; 1HR0 O; 4I4T B; 4X20 A; 3ZS8 C; 3OFN G; 2Q8V A; 4O4J B; 3ZN1 A; 1F7Y A; 4J41 A; 3H1K H; 3TXS A; 4YY3 O; 3RN4 A; 4GKK B; 1M9N A; 3C3S A; 4X9Q A; 4PA3 A; 1QU7 A; 2IJK A; 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