3CLMA

Crystal structure of transaldolase (yp_208650.1) from neisseria gonorrhoeae fa 1090 at 1.14 a resolution
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
352
structure length
352
Chain Sequence
GMTILSDVKALGQQIWLDNLSRSLVQSGELAQMLKQGVCGVTSNPAIFQKAFAGDALYADEVAALKRQNLSPKQRYETMAVADVRAACDVCLAEHESTGGKTGFVSLEVSPELAKDAQGTVEEARRLHAAIARKNAMIKVPATDAGIDALETLVSDGISVNLTLLFSRAQTLKAYAAYARGIAKRLAAGQSVAHIQVVASFFISRVDSALDATLPDRLKGKTAIALAKAAYQDWEQYFTAPEFAALEAQGANRVQLLWASTGVKNPAYPDTLYVDSLIGVHTVNTVPDATLKAFIDHGTAKATLTESADEARARLAEIAALGIDVETLAARLQEDGLKQFEEAFEKLLAPLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Transaldolase
publication title Crystal structure of transaldolase (YP_208650.1) from Neisseria gonorrhoeae FA 1090 at 1.14 A resolution
rcsb
source organism Neisseria gonorrhoeae
total genus 150
structure length 352
sequence length 352
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2008-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3clmA00
1BWKA 1C29A 2E5DA 1WV2A 3KVLA 4HSNA 1ME9A 2I14A 1AK5A 2V5BA 3E12A 3ABSA 2NWSA 3FA5A 1W3IA 1TTQA 4WY0A 1GOXA 4H3DA 2QAPA 4IMFA 1WX0A 4JY8A 2JGYA 2ZTKA 3QYQA 2ZRZA 4FEZA 1K8XA 2GJNA 3G0SA 1TPEA 3T40A 4GUFA 3QZEA 2V5LA 2NX3A 2PRLA 3UZ5A 3W23A 1GVQA 1O94A 4WJEA 2E6DA 3G8EA 4MUZA 1ZJIA 3W07A 1ZNNA 1MEWA 3DFTA 5F1UA 5T26A 1DORA 1QO2A 1JRCA 3IGSA 1Z44A 2CLKA 1GG1A 4UFHA 5HWMA 1C9DA 3NOEA 8TIMA 3TFXA 4KWVA 1J5TA 2VFGA 1HTIA 1TPH1 4J9JA 3O16A 5AHIA 4UIOA 3UWZA 3G1YA 3BW3A 3C2RA 3FIGA 1OG0A 3GAKA 3L21A 3GAYA 4UTWA 4BK9A 5D2YA 1UB3A 3CLMA 2QF7A 1QOPA 5CPMA 1LM1A 1OYBA 4UNKA 1MSSA 1YDOA 5H2ZA 1X6UA 5CSSA 4LVBA 1WYIA 3LCHA 5CZ0A 3OA3A 5GVJA 2GUUA 4OGZA 4QISA 5IM51 2C0AA 1ALDA 1KM6A 4EVZA 2BWGA 1JR1A 2G97A 4NU7A 5D02A 3W76A 3MUXA 3MMTA 4O10A 4K7YA 1LDCA 4FNUA 4LC8A 5L9FA 1W8SA 4DPPA 3B04A 3FYOA 3MI6A 1LORA 3SR7A 3ATYA 1SZFA 2GQ8A 4XTIA 2HS8A 5I3HA 1G4SA 1EX5A 5AB3A 1LZOA 2J9XA 3LBMA 1WOAA 4O11A 1YADA 4GUGA 1KBJA 4JD4A 3E49A 2CFFA 1L6YA 2BX7A 2Y6ZA 5EMUA 1HUVA 5FEZA 1GTHA 3G1SA 4QNWA 1YPIA 1QNVA 3L5AA 4M7TA 5F4XA 1IGSA 4HNTA 1CW2A 2VFEA 4OQVA 3W1UA 4EWND 3W7KA 1SUXA 1MEIA 3LHVA 4UFJA 1ZAHA 3BG5A 2V82A 2A2IA 1FXPA 3NM1A 5FF4A 4O57A 3MHUA 3HGSA 3VNDA 3EEGA 5LZLA 3LDVA 2ABBA 3RMJA 5DELA 2QCDA 3A22A 3STCA 1JUBA 2E09A 1K7XA 1S3HA 2TYSA 3IV3A 1KM2A 4UFMA 2QR6A 5TQLA 1EIXA 3C61A 3VKJA 5TBOA 3H54A 4Q33A 2TPSA 3NQDA 5C55A 5CZJA 3CWOX 2Z6JA 2ISSA 1LRNA 1W54A 1LOSA 4S1FA 3O07A 3T78A 2A6LA 4GUHA 2CZEA 4C1KA 1GJPA 3C2EA 3U8GA 4DF0A 3L2IA 2X1RA 1PIIA 3LOTA 3CIWA 1QAPA 2WNNA 1I45A 2PCQA 3RLVA 1FX6A 5D33A 2Y85A 2ISWA 3UWYA 4HPXA 2I9EA 3PF3A 2Y70A 1TB3A 1BTMA 5CGQA 2RKXA 4IOTA 5FEXA 2O7SA 2PC4A 1OJXA 1GQNA 3S6DA 4DELA 1RV8A 1CI1A 2GJLA 4BI6A 2DZTA 1H62A 4GC4A 1B57A 3ATZA 1W5NA 3G0UA 4NJJA 4RCXA 3THQA 4KKXA 2YYUA 4DEFA 4JXCA 2J6XA 5LNRA 1O60A 2YYTA 2Z2UA 2ZZ7A 4UTTC 3R5EA 1XL9A 1H7PA 3GDTA 1JCNA 1GYNA 1OYAA 2Y7FA 4O19A 4IUOA 3HGRA 2FPVA 2CLIA 3W7NA 1FBAA 3S5YA 3O06A 3BO9A 3PWAA 4Z1CA 1TV5A 2E6YA 4IMGA 3S5NA 3L0NA 3NQVA 1VCVA 3S0CA 1JUKA 1OF8A 4GE8A 1XDLA 4JGDA 4O12A 1VLWA 3CM4A 1SSDA 4HNVA 3CU2A 4S2CA 4HSOA 3G8RA 4U4MA 3PVFA 1KTCA 5AHNA 1QCWA 4AF0A 3ABOA 1UBSA 3NZ1A 4O28A 5C5YA 3DFOA 1ME8A 3W22A 3W1NA 5D38A 4WOZA 2W6RA 3W9ZA 3IGXA 4CLMA 1OK6A 5AN7A 3PAJA 3C3NA 4RK8A 1S5VA 4UCGA 5K9XA 2ZA1A 3DGRA 1TPUA 1H61A 2DZPA 4OE7A 4WQ6A 2Y89A 4Y96A 3C52A 3WFAA 3SW6A 2NUXA 4O4VA 4MIMA 2YZRA 4I7WA 4UFLA 3W7CA 5A8GA 3O05A 1EB3A 1D3HA 4MFEA 5CSRA 3QJAA 3L5LA 3W1RA 3UQNA 4Y90A 1K03A 3W75A 5FF0A 3EX1A 3EKLA 3A5FA 5F1VA 1B4EA 1B3OA 3NPWA 3SGUA 4KFOA 2OT1A 5E93A 4M6VA 5D30A 3BG3A 4CQAA 4MZ1A 4ORMA 2FB3A 4UTIA 3KVJA 3N73A 4O1DA 2A1YA 3C2FA 4IXXA 1GVRA 4MPQA 1VQTA 1IIGA 5D04C 4AHOA 3TCEA 4DBEA 3O63A 1KM4A 1SW7A 4P61A 3TXZA 4RV8A 3UPWA 4TIMA 4JY9A 3W7QA 1OFQA 4UTTA 3W86A 3EWWA 1IXQA 4JYDA 3PBUA 3N2XA 3L68A 4FIQA 4A2RA 1EWEA 2EGZA 2ZZ5A 2QCFA 2PURA 3LHWA 1ICPA 5J5RA 4G1KA 4CCCA 5C2XA 5AC6A 1OFBA 1GYLA 3PM6A 1FCUA 5AHMA 1NEYA 3TX9A 2YPIA 4NXKA 5F2IA 3NQEA 1KM5A 1EPXA 4UMBA 5K2ZA 2A0NA 5EPDA 2EAWA 3G24A 1IF2A 3W2MA 2E6AA 3E9AA 4Z0SA 1DVJA 4TX9A 5FF7A 1VS1A 2DZWA 4L4MA 1YYAA 2YR1A 3LI1A 1TV7A 4YL2A 4FXSA 3Q94A 1O4UA 1KFJA 2XFWA 2A85A 2AQWA 1SO6A 1O5XA 3NDOA 4ADSA 5DCBA 3LI0A 3NL5A 3LERA 1JCMP 3SZ8A 1H7OA 3G1XA 3HPZA 4JIQA 4JTFA 2B7PA 1FWWA 3G18A 3NQ6A 4O1CA 5H91A 4ZQCA 1XUZA 1WAUA 1P4CA 1TPC1 2NWRA 3W1MA 3TKFA 4DO6A 4OU1A 4FX6M 3GLCA 3I7RA 3M5XA 3S1UA 1KLZA 2ATSA 4UTLA 1YTDA 3L0KA 1G4EA 2RHGA 3GXPA 3I7SA 2RFGA 1AL7A 3IIZA 5DBUA 3EWZA 6TIMA 4WY0B 4O52A 1PCKA 1SFLA 2H8XA 2J88A 2NUYA 3OG3A 2EKCA 4OT7A 4E38A 5C54A 5AOUA 3SY5A 2QAFA 5CZTA 2YDAA 3M6YA 2QDHA 1SO4A 2ZZ6A 3FOKA 4M6QA 3KVKA 1SW3A 4AEOA 3QF0A 2EF9A 3PBWA 2O7QA 4DO4A 4LNYA 3TQ0A 4ZVJA 4ADUA 4PODA 4UR8A 5TIMA 3G22A 3TAKA 1G69A 1LP6A 4AVFA 3EX4A 4AXKA 1GTEA 2V9DA 3EWXA 4QM1A 3M0ZA 2VXNA 3ZWTA 1OYCA 1TQXA 1VLIA 1JVNA 3RNDA 3PSVA 3TA6A 1I2OA 4LUIA 2VOMA 1A50A 2GPTA 1IXOA 3WJXA 1P0NA 5DLCA 1NF0A 5G2WA 3TU9A 5DCDA 3NPUA 4UNLA 4R53A 2ZTJA 4UFIA 2YXGA 3MP3A 5HNRA 1U5JA 1YXYA 3NQAA 1K7FA 3BLEA 4IPIA 3M1ZA 4ZZ9A 3NXFA 1JULA 3W2KA 4JDYA 3TAOA 1ZCOA 4Z0JA 2P10A 4A3UA 1I8JA 4KFPA 4FNPA 3MYOA 5EKYA 2VEMA 3LCFA 3NQFA 3SECA 4QJ1A 4ADTA 4XZ9A 1ICSA 4HNNA 4JN6A 3M5VA 2FIQA 2RDUA 3QEZA 3MWAA 4LTSA 4XKYB 2YFNA 3QM3A 4NUWA 2VEIA 2J9ZA 2CZFA 2I1OA 1M7OA 3W70A 5DBTA 4YMZA 2Y61A 1TPVA 4PA8A 3M9YA 3S42A 5F2GA 2TSYA 4JX5A 4AB4A 3PY2A 4DF2A 3W1QA 2H3DA 4JR5A 4LUJA 4LC6A 4NNCA 1OK4A 3BG9A 1VJIA 3AJXA 4O18A 3LM7A 4LVGA 4M7SA 4HPJA 1TTIA 3G1FA 4AHQA 2VEKA 1DJNA 1NFBA 1LBMA 4WZHA 2W79A 3NGJA 1VH7A 4LS1A 3B06A 1PE1A 4WXZA 1ML1A 3CTLA 2C19A 4JTJA 1A53A 1W37A 1G7UA 2EPHA 4OHQA 1W3TA 3P60A 3LTSA 1FDJA 1QPOA 4B5NA 2DZXA 1YXDA 2E1DA 1MEHA 1ICQA 3W7HA 1D9EA 1YTKA 2BTMA 1XBYA 4RJEA 4PL2A 4IMCA 2ZYFA 2FPYA 4RZ5A 2XN1A 4LV9A 3QH2A 3I68A 4DO5A 3DZ1A 1AW2A 1WDWA 3GB6A 4GXMA 3TNOA 1UUOA 3QMSA 3NO5A 2Z1BA 1SZGA 4LS0A 4O13A 3PG8A 3W1XA 3DFNA 4LT9A 1KM1A 1K8YA 4MVAA 3CEUA 3L66A 4NJIA 2QCCA 1OX4B 3IIXA 4FNQA 4RZ4A 3E96A 1CX9A 3LV6A 2JK2A 1KFEA 3FS2A 3L65A 4FO4A 2QCLA 1A5SA 2QUUA 2Q3RA 4GFSA 3MI3A 7TIMA 1TSIA 1DQXA 3KVMA 4NX5A 3M41A 4BWLA 4A22A 3O6CA 4UFKA 4XWUA 3QSTA 3W7JA 2R94A 5F4SA 5HWJA 4CNNA 5G2HA 1GZGA 3STGA 1L6SA 2VKZG 3OBKA 1SFJA 3MW7A 1TPFA 1H7XA 1TQJA 1H7RA 1K02A 4Y9AA 4NJGA 4UMAA 4O8RA 2FFCA 5LGXA 4O17A 2A7RA 2ZRXA 3EXRA 3LXCA 1RQHA 2ZA3A 3UXAA 1H7WA 2QJGA 1I2NA 1Q6OA 3GXTA 5LHEA 1K3UA 2DZVA 3QQ1A 3N2MA 4UMCA 1KV5A 3TSMA 2YGYA 2A4AA 3R12A 2B0MA 3WJZA 1ZHAA 1KFBA 4I7VA 4CCEA 3N9RA 2FJKA 5FEWA 4FX7A 1VCGA 2ZA2A 3PB0A 4N6FA 2RDWA 3S5OA 1W5PA 3W6YA 3NEVA 4O1BA 3A21A 3Q37A 3P81A 3QC3A 5KITA 5F2MA 4AF0B 2WOQA 4PTNA 4NT0A 4ZQOA 3INPA 2FQIA 5HUPA 4HNUA 2WSYA 3SJ3A 1LRTA 3W71A 3UD6A 1LBFA 4DQWA 1XBZA 2LLEA 3EWYA 3IIOA 1EUAA 3FYPA 1JQVA 1YTEA 4R7JA 4GRSA 4M19A 3T55A 2A5HA 5G4EA 3OVPA 2GOUA 5HR6A 3QW4B 5BMWA 3B05A 3BGJA 3FEMA 4PEKA 4RLIA 1LOQA 1ZENA 2Y63A 1PS9A 1VC4A 4YCOA 4JICA 3RK8A 3RU6A 1B9BA 3W83A 3R2GA 2G5WA 1Q6QA 3NQGA 5CPOA 3P84A 4TR9A 3OIXA 2JKPA 1QFEA 3LX9A 3LCXA 4E0CA 3L9CA 3K30A 1TMHA 5U4NA 2PRMA 3P67A 2NXHA 3O8AA 3S1XA 4L4LA 2CLMA 4D2JA 1F73A 2ATMA 1R2RA 3O15A 1KTNA 4RZ6A 5MHBA 5BMXA 4QSHA 3FJLA 3T44A 2ZZ1A 1DKWA 1VPXA 1ONRA 4HHPA 4NZJA 1I4NA 3LCGA 1YPFA 4QIUA 4LVDA 3UWQA 1L9WA 3B8DA 3GX9A 4UTMA 3DU0A 3BV4A 2E5CA 4UTHA 5I3JA 4FB7A 4GNJA 4CNOA 4RXGA 1WBHA 2FLIA 3NQMA 3P7YA 1X1ZA 4O14A 3KOFA 1OFRA 3RF9A 2QUTA 1FWSA 2QJHA 3HF3A 4JX4A 3DFSA 3NQCA 2VFFA 1QO5A 1DQWA 3DH7A 1M6JA 1LBLA 3L5MA 3NQ2A 2G96A 1R2TA 3NNTA 5KZEA 3W7IA 3FLUA 1G4TA 1AW5A 1KFLA 3HPXA 5DXXA 2ISVA 1OFPA 2EHHA 1EP1A 5CG7A 2J24A 4ZQNA 3W1LA 2J9YA 2ZRWA 3OVQA 1VYRA 3KHJA 5ABTA 1XBVA 2Q8LA 1LLZA 1LTDA 5G1TA 3W87A 1SR9A 5DY2A 2Z0IA 5AFDA 2Y62A 3M5YA 3W7EA 4R34A 4BFAA 4NQ1A 1OFEA 1VR6A 3FJ6A 5D03A 5E0KA 2B7NA 3W7DA 3DFQA 3V75A 3B0UX 1DL3A 1OABA 1SPQA 3CIXA 3KXQA 3N3MA 1KW1A 1QPQA 5KMYA 2R91A 3C2VA 1YXCA 4HKPA 3NQ8A 5G4WA 1SZEA 4AAJA 4JTIA 2HSAA 4CQ9A 2ZQ0A 4JYFA 4HIBA 3U6WA 1TJPA 3GDMA 5DXYA 2Q3OA 1F5ZA 1T0OA 4DPQA 3EX6A 5KZDA 3CEPA 3HG3A 3I6RA 2CZDA 1TREA 3KX6A 3ABQA 5G2IA 3UZJA 4OV9A 4O1AA 3ANYA 2WJZA 4JX6A 1Q3NA 2H90A 4MFDA 3DXIA 1HFBA 2VELA 3LRMA 4K37A 5AYZA 3GVGA 3W1PA 4YWIA 2NX1A 3TXVA 3LCIA 3TUUA 3GR7A 3I65A 4MJZA 5D2WA 1TCDA 3WK2A 1R47A 1JCYA 2WKJA 4K8EA 5D05A 4N4PA 3W2UA 3KRUA 4W9TA 3SFKA 5AHLA 3CWNA 1LLWA 1F2JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HNN A;  2F2K A;  1BWK A;  3BLD A;  1ZSX A;  2E5D A;  4HSN A;  1ME9 A;  2I14 A;  3FA5 A;  2XDF A;  1W3I A;  1XRS A;  5I79 A;  1S2C A;  4X60 A;  4JY8 A;  3AIR A;  3QYQ A;  2QV5 A;  3IRS A;  4ATW A;  2GJN A;  3G0S A;  3WNL A;  1KCX A;  2V5L A;  1AJ0 A;  2PCE A;  3W23 A;  3CQI A;  3AI0 A;  4WJE A;  3IJ6 A;  2E6D A;  3G8E A;  1ZJI A;  5CSY A;  3QZ6 A;  1ZNN A;  3NQB A;  2W63 A;  4E5T A;  3DFT A;  4A6G A;  4ENL A;  1J93 A;  5T26 A;  3M0Y A;  1PTG A;  1RUS A;  4AZ6 A;  1W8G A;  1Z44 A;  3CUX A;  1TFV A;  2WXD M;  1GG1 A;  2WBG A;  3WNM A;  4L4O A;  3TFX A;  2V5K A;  3BAJ A;  3UR8 A;  2VFG A;  1HTI A;  1TPH 1;  4BKN A;  4WIW A;  5CJM A;  5AHI A;  4UIO A;  1AOD A;  1B3X A;  1ISW A;  3BW3 A;  3C2R A;  4H8U A;  1OG0 A;  1EA9 C;  3W27 A;  3THD A;  2AGT A;  2ONE A;  3UW6 A;  1R0M A;  3DGB A;  1QOP A;  2E8Y A;  1ZP4 A;  1OYB A;  4UNK A;  3ITT A;  5H2Z A;  5CSS A;  2GVY A;  4OGZ A;  4PUL A;  1ALD A;  1MW1 A;  4CEX C;  3EB4 A;  3ZZ1 A;  4NU7 A;  5D02 A;  3O0K A;  6XIA A;  4O10 A;  3LPF A;  1LQA A;  3REQ A; 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