3CM5A

Crystal structure of cell-death related nuclease 4 (crn-4) bound with mn
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, apoptosis
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Crystal structure of CRN-4: implications for domain function in apoptotic DNA degradation
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 86
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cm5A01
1TL1A 3VN5A 1RT1A 4JRPA 2F8SA 3OYFA 5HRNA 4ZTFA 4K8XA 4M3UA 2RN2A 3NE6A 4BDYA 4B3OA 3OYKA 1ASUA 1QHTA 3L8BA 4OKJA 1DTTA 1CXUA 4BWMA 4FM0A 3SYZA 1SL1A 1L3TA 1WSGA 4RW4A 3F73A 1F21A 1X9SA 3CM5A 4QOZB 1JLCA 1JLEA 2KW4A 3L2WA 3P83D 1C6VA 3DOKA 3HK2A 4DTJA 3AVJA 5D3GA 4LH5A 4CJ5A 3B6OA 2Q3SA 1RDAA 1XI1A 1KSPA 4ZHRA 1CLQA 1RBVA 3HSTB 4AHVA 3U6FA 4FVMA 5I3UA 3TI0A 1QSSA 3DLBA 1HRHA 1S6QA 1ZBHA 4XIUA 4KHNA 2ETJA 1JL2A 1VSEA 4DTMA 3V9SA 1TAUA 4BE2A 3UIQA 1CZBA 3C94A 1LV5A 1YTAA 4CHYA 1KVBA 4OKEA 3VQPA 3SQ1A 5I42A 3KKSA 4CGHA 3DLHA 4DSJA 3D45A 3T19A 4CHPA 1VRTA 1X1PA 4RG8A 2E6LA 1L3VA 3M8RA 1JLAA 2VG6A 1RILA 5JS2A 4HHTA 2XRIA 3AVLA 2KFZA 3DM2A 2F96A 3PX4A 1Z25A 2QKKA 3HPGA 3L2UA 4KAZA 3EY1A 2EHGA 3SNNA 4Z4EA 2G8UA 1VSDA 4DQRA 4FLXA 1RT2A 1LAVA 4C8NA 4KB0A 3TANA 3O3GA 1S9GA 4ELVA 4CJ3A 5FRNA 3HO1A 3V9XA 4Z4IA 1IH7A 4DG1A 2IOCA 2Z1GA 3WNFA 1K6YA 4OLAA 1VSMA 3MAQA 4OVLA 4Z4CA 2FBYA 4HUGA 4FK0A 4KHWA 3NBPA 2Y1JA 3O3FA 2BGGA 1CZ9A 4ID5A 4B9NA 1VK0A 1IKWA 4FW2A 2P51A 2QXFA 4IG0A 4CIGA 3CFPA 4J2DA 3TAFA 1D8YA 5EU7A 3SV4A 3IS9A 2PZSA 4DTXA 3AO5A 3RMAA 4E89A 2GBZA 3PX6A 3ZT0A 1TKTA 1NOYA 4KHUA 1WLJA 3KTQA 3L2VA 2HVIA 4B9SA 5K14A 4CEFA 2DTUA 2OZMA 4DMNA 4DF8A 4O5BA 1REVA 1HPZA 2OA8A 2JGUA 1EX4A 4W5QA 1NKEA 4OLBA 4JS4A 3KD5E 4F8RA 5HLFA 2OPRA 4CEAA 3DLGA 4IBNA 1FXXA 1ZYQA 3B6PA 3T3FA 3OS2A 3P1GA 4PQUA 3K5OA 2YKMA 2VWJA 3LDSA 1GOCA 1IKVA 3I0SA 3P5JA 4NCBA 4DTRA 2OYQA 4BDZA 2F8TA 2Z1HA 1NJZA 1T7PA 4FJIA 4HVJA 5E41A 3QEWA 4B9UA 1SKWA 3OYHA 2FC0A 4OGCA 4AH9A 1EXQA 4CF1A 3NGZA 3K57A 5CYQA 4M3TA 4C8MA 4BWJA 2HHUA 3OJSA 3VQCA 2VG5A 4CK2A 2BDPA 1KCFA 3M8PA 3MEDA 4R5PA 4DTSA 3SV3A 3SPYA 1SL0A 3IG1A 5C25A 5C24A 4HUEA 1QSLA 4NYNA 4CECA 1X9MA 3KD1E 2X78A 3SPZA 1WN7A 3M8SA 3AVNA 3QEVA 4F3TA 2G8HA 5J1EA 2Y1IA 4GMJB 4EZ6A 4DFMA 3KJVA 3PY8A 1TKXA 2YNHA 3AO2A 4OKKA 4E7LA 3HVRA 3LZJA 4W5TA 4FJKA 4O4GA 3TAGA 2D0AA 4FJ5A 3KLIA 4IFVA 4J2AA 3TAEA 1S1UA 3OYDA 4B9TA 1U04A 2HVHA 4ID1A 1U47A 3VA3A 4CJPA 3NHGA 4CERA 4CJTA 4KHYA 3AVBA 1D5AA 4H4MA 2PYLA 1Q9YA 3RTVA 3HP9A 2Z1IA 4PUOA 1ZBUA 4M3RA 1S1VA 1C1CA 3SUOA 2HNDA 5KRSA 2VG7A 1J9AA 2XO7A 1NK4A 4FLWA 5C42A 1QS4A 1XHXA 4YFUA 3TAPA 1U45A 1RTHA 3CG7A 4NCGA 3HJFA 5KRTA 3AV9A 1UOCA 3OYEA 2WOMA 1UWBA 1BCOA 1QQCA 1JKHA 3O3HA 2XY5A 3SQ4A 4I7FA 3WNEA 1VSJA 5HBMA 3OS0A 3VQDA 4CCHA 5HP1A 4DLEA 1HNVA 1X9WA 4FCYA 4FM2A 2G8VA 2HMIA 2Z1JA 3PO5A 3QIPA 2RKIA 1VRUA 3HVTA 3SCXA 4DQPA 2ZD1A 1HQUA 3TAMA 3CQ8A 1NJXA 4LSNA 1W0HA 2FBTA 3DRRA 5HRRA 4FJHA 1HYSA 4E7HA 3KLFA 2QKBA 2DFHA 3LAKA 2PYJA 3NFAA 3F9KA 1RBUA 4I9LA 1NK8A 5J2QA 1KLNA 4IG3A 3RMDA 1ZBIA 2D0BA 4B9LA 3K5LA 3JYTA 4CJWA 3L3UA 4MQ3A 3LANA 4MFBA 3JSMA 4FLVA 4DQSA 3SQ0A 2G8KA 4AHCA 4B08A 1ASVA 3ITHA 3LP2A 4FW1A 4HUFA 4DF4A 2AJQA 1NJWA 4M3ZA 3AVHA 3KLHA 5DMRA 1KLMA 3LP3A 2KQ2A 4NYFA 3L3VA 3BGRA 1ZBFA 2A1SA 4DTUA 3QEPA 2YHAA 3NF8A 3ALYA 5KTQA 4Q0BA 4Y1DA 4KFBA 2YNFA 3OYAA 3QNNA 2IS3A 1TK0A 4IKFA 1WSIA 4WE1A 2R7YA 5HRPA 4CFCA 3VQEA 4O0IA 3OVNA 1L3SA 4N56A 1SKSA 1QTMA 1NKCA 3QINA 2E4LA 4ICLA 4CJLA 4FZYA 1IKXA 3ZSYA 4FJMA 4CHZA 4CFDA 4C8LA 3CM6A 5SWMA 3HPHA 1RT6A 4CEBA 4I9QA 4KI4A 3KLEA 2A1RA 4UQGA 3G0ZA 4E1MA 3M8QA 3AA4A 3KIOA 4I2QA 1BIZA 4E7IA 2FBXA 2DFEA 3VQ8A 4BDPA 4HCBA 4PWDA 1LWEA 4DSFA 1VSIA 1JL1A 2BE2A 4J2EA 3QETA 3SUNA 2O4GA 4DQQA 2P5OA 1WAFA 1I3AA 3A2FA 3ZCMA 3CFOA 3DLRA 4LD0A 3QEXA 3SI6A 4CHOA 4B9MA 1RNHA 4CEZA 1CXQA 3VQ9A 2G8WA 4AHSA 4M3WA 5KI6A 4LY7A 1HQEA 2X74A 4CGFA 4KREA 2HW3A 4DFKA 1TKDA 2G8IA 2X6NA 4PY5A 4KKOA 4F4KA 3S3MA 2WONA 4B8AB 4FJXA 2D5RA 3DLEA 3I0RA 1TL3A 4CHNA 2YNGA 3FFIA 3K58A 3THVA 3RRGA 1LWCA 2DFFA 3S9HA 2GV9A 3NH1A 4Q5VA 1RCHA 4DWIA 4DS4A 1NK6A 1XHZA 4FLTA 3V81A 3V6DA 3S3NA 1HYVA 4KHQA 4FJ9A 1BHLA 3L2QA 4M3YA 3LWMA 3T1AA 2HB5A 5KGWA 4H4OA 3QERA 1T05A 4LSLA 4CGGA 1JLFA 1JXEA 4RW9A 4CJEA 3DRPA 1KFSA 3HPOA 3U3GA 1B9FA 3NF9A 3I8DA 4LH4A 4PA1A 1KVCA 1BI4A 3V1OA 3LWLA 2FBVA 4FYDA 2HHSA 3OYGA 5J2PA 3AO1A 3LP0A 4IDKA 1JLBA 3SQ2A 4C8KA 1RTIA 4CF2A 4H8KA 2JLEA 3HL8A 3MXIA 3IAYA 3TARA 3O4NA 1RBRA 3KK3A 1RBTA 3C6UA 1VSFA 1J54A 3SJJA 4OJRA 4N47A 4CJKA 5CY4A 4DU1A 2YHBA 3PX0A 3D0PA 1NK7A 3VQBA 4JLHA 3AA2A 3CYMA 2VWKA 3E01A 4G1QA 3WNGA 1HYZA 3ZSRA 4Z4HA 4KB1A 4DS5A 3NH0A 1C1AA 2RPIA 1LAWA 3AVIA 3G10A 4JRQA 2HHWA 1DLOA 3KKRA 3AVFA 3LPTA 4DTOA 1ASWA 4M42A 1J5OA 3ZSQA 3OYJA 4AILC 3ZT2A 1NK5A 1C0UA 4KTQA 3EZ5A 4L8RB 2E6MA 2O4IA 4HTUA 2B5JA 5JS1A 2KTQA 3LPUA 4KTWA 1EETA 4CEDA 4CE9A 1YT3A 1LWFA 2OPPA 3LAMA 1ZBLA 1TKZA 1HMVA 4YNQA 1R0AA 4DSKA 3MXJA 4C8OA 4CFAA 3CFRA 2HNYA 4DTPA 3MEGA 4KTZA 1O1WA 2HHVA 1S1WA 4AHRA 1WSEA 5KGXA 2P5GA 3KK2A 4E19A 2ITGA 1WAJA 3ZSVA 1TV6A 3VQ7A 1T8EA 2IC3A 2XY7A 2XY6A 3RR7A 4CHQA 3AVGA 3NAEA 1GOBA 1Z26A 2W42A 3AA3A 1FKOA 3DOLA 4E0DA 3AVMA 2OZSA 2B6AA 3HXMA 4W5RA 3QEIA 5J2MA 3PV8A 1JXBA 4F2SA 3AO4A 3NCIA 1VSHA 3DI6A 4B8CA 1S9EA 4E3SA 2DY4A 4RW8A 1BL3A 2G8FA 4DLGA 3V1QA 1N5YA 4JS5A 1JLGA 1A5XA 4O44A 2KZMA 5FROA 4CGJA 3KK1A 1G15A 1IKYA 3AO3A 4CF0A 4CGDA 4CIEA 4CESA 5CZ2A 3ASMA 5HRSA 3V9ZA 3LALA 4M45A 3RMBA 4M3XA 1BCMA 1Y97A 4OGEA 4RW7A 1Q8IA 1RT5A 3C95A 5CYMA 3TWHA 1QE1A 4FJGA 1S1XA 1TVRA 1RT3A 5CZ1A 1RBSA 3ISNC 4FJ7A 3HP6A 1WSJA 3QNOA 1YTUA 4CK1A 1TK5A 3K2PA 2EX3A 1XWLA 1HJRA 3NGYA 3VQ6A 1NK9A 4AHTA 4QAGA 2IDOA 2YNIA 1I39A 4CIFA 4K8ZA 4KPYA 1IO2A 3HM9A 2D0CA 4DFPA 1BQNA 1N6QA 3MECA 3SZ2A 3QESA 1WSFA 4FJLA 4M41A 4CF9A 4QCLA 3C6TA 4CJFA 3NF6A 1RT7A 2HHQA 1L5UA 3H08A 4CEQA 3OYBA 3DLKA 3OYNA 4FLZA 2NUBA 4FLUA 4CJQA 3OY9A 4ZTJA 1U48A 4FJJA 3OYMA 4N41A 4FK2A 2YV0X 5SZTA 2ZE2A 4DSEA 2XY8A 1UAXA 5J2NA 3MXMA 3QIOA 4DU4A 2RF2A 2GUIA 3ZSXA 4OPJA 3U3YA 2BANA 3S3OA 3V9UA 4DSLA 4EZ9A 2XHBA 3VA0A 3RWUA 1RDBA 2IGIA 3V1RA 4CJUA 1L3UA 4Z0UA 1KFDA 3ULDA 1A5VA 1RTJA 1S5JA 5T7BA 1RDDA 4BE0A 1UA1A 4EP5A 1IG9A 4Z4GA 4NCAA 4O55A 1KVAA 3TR8A 3K5NA 4E1NA 1T03A 1Q9XA 4DSIA 4KV8A 3RR8A 1RTDA 4F2RA 5DK5A 1EKEA 1B9DA 1BQMA 3IRXA 3LP1A 2P1JA 4RW6A 3ZSOA 4N5SA 3HYFA 1LW2A 3TABA 1NK0A 1J53A 4GW6A 1WSHA 4KRFA 1LW0A 3OYLA 3EYZA 4TSXA 4AHUA 1U4BA 1SUQA 1WNSA 3AA5X 4BE1A 3O4QA 1FKPA 3K59A 1JLQA 4GVMA 1ITGA 4Y1CA 4CK3A 3ZT3A 1C1BA 3NF7A 1EP4A 2B4JA 3AVKA 1SL2A 2LSNA 4DTNA 2I5JA 4FXDA 4OPKA 4FZXC 4CJSA 4E7KA 1KRPA 3ZT4A 4FLYA 2ATQA 4CJRA 1RT4A 3ZSZA 4BACA 3V4IA 1C0TA 1B92A 1QSYA 4J2BA 4FZZA 2ZQBA 4E7JA 3VQ4A 4ELTA 3PUFA 3L2RA 3HT3A 3LZIA 4W5NA 3OJUA 1C0MA 4FJ8A 4CGIA 3VQ5A 2HHXA 1W9HA 4ELUA 1YVUA 4FM1A 3RMCA 3ZT1A 2QK9A 1VSLA 4CJVA 2X6SA 3OYCA 4EP4A 4KO0A 3KLGA 3SUQA 3BDPA 4CEOA 4W5OA 1U49A 3NGIA 3RRHA 4DU3A 4HCCA 4I2PA 4O0JA 3AVAA 2HHTA 3VQQA 1S6PA 1KTQA 3DRSA 5FRMA 1VSKA 4IFYA 2HNZA 1NOZA 4N76A 3DMJA 3QO9A 1BI4B 5HROA 4F3OA 4FJNA 1FK9A 2KFNA 1NKBA 4Z4FA 1SV5A 4CFBA 1TK8A 1D9DA 1GOAA 3NDKA 3DYAA 5FDLA 1BGXT 3VQAA 2YKNA 2OPQA 1MU2A 1S1TA 3QLHA 3SUPA 3TAQA 4FK4A 4DQIA 3ZSWA 1NJYA 3NH2A 1A5WA 2KZZA 2PY5A 4CEEA 2IAJA 1BISA 3WNHA 4CJ4A 1XC9A 4CF8A 4DFJA 1SKRA 1RDCA 1D9FA 4B9VA 1BIUA 1DTQA 3AVCA 3V9WA 1UA0A 3PO4A 4KI6A 2OPSA 1HNIA 1TAQA 3OS1A 3K5MA 3OYIA 3MEEA 4KHSA 1TGOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL1A 1KAZA 4JRPA 3MK6A 4ZTFA 3NE6A 5CE3A 4IDHA 1CXUA 1NM1A 4BWMA 3SYZA 1SL1A 4B3RK 3BF1A 4JKHA 1JLEA 3CI5A 4YY3K 3ULEB 3DOKA 1OH7A 4OPAA 3HK2A 5D3GA 4FWLA 1YITN 1KSPA 3HSTB 1ZBHA 3H3OB 3DLBA 5FPMA 3THYA 4H0XB 4YOVA 1TAUA 2FXUA 3VQPA 3DLHA 4FWMA 2NRWA 5BPNA 3T19A 4CHPA 1L3VA 2E6LA 3M8RA 1JLAA 5JS2A 2KFZA 4HHTA 4XH5A 3DM2A 2UXCK 4Y0WA 2QKKA 3D2FA 4DKWA 1YXQA 3CERA 2EHGA 4ILHA 4Z4EA 4BRHA 4DQRA 4GKKK 3T1HK 4EHUA 4K41A 3TANA 3O3GA 3V9XA 1IH7A 4DG1A 3H1VX 2Z1GA 5AFUA 1S22A 2CGKA 4GVEA 4Z4CA 3D6RA 4KHWA 1NJIO 1IKWA 4IG0A 3I8BA 2EWSA 3TAFA 5EU7A 3VPZA 3ZETA 3AO5A 2GBZA 3NMUA 1VQNN 1WLJA 1XMOK 1GLBG 1YJWN 2DTUA 3VERA 4DF8A 5A2QO 4O5BA 1N34K 1BA1A 1HPZA 1NKEA 3Q7CA 4JS4A 3KD5E 4F8RA 2KHOA 3SAGA 3MWPA 4FWOA 3OA9A 1FXXA 1ZYQA 4DUZK 4H5VA 1H1VA 3K5OA 4GKJK 3DXMB 3I0SA 4DR5K 1WBBA 4BDZA 2Z1HA 3IFRA 3K57A 3ENOA 5CYQA 4M3TA 1IJJA 2ZJRL 4C8MA 4BWJA 4CK2A 4CZIA 1HKCA 4DTSA 3SV3A 5C25A 4NYNA 3SPZA 4U67L 1W97L 4BR5A 2Y1IA 3LM9A 4DFMA 3PY8A 1OKJA 2YNHA 3AO2A 4OKKA 3HVRA 1N33K 4W5TA 3TAGA 4PHTX 4XH1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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