3CMJA

Crystal structure of engineered beta-glucosidase from soil metagenome
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
KKFPEGFLWGAATSSYQIEGAWNEDGKGESIWDRFTRIPGKIKNGDSGDVACDHYHRYEQDLDLMRQLGLKTYRFSIAWARIQPDSSRQINQRGLDFYRRLVEGLHKRDILPMATLYHWDLPQWVEDEGGWLSRESASRFAEYTHALVAALGDQIPLWVTHNEPMVTVWAGYHMGLFAPGLKDPTLGGRVAHHLLLSHGQALQAFRALSPAGSQMGITLNFNTIYPVSAEPADVEAARRMHSFQNELFLEPLIRGQYNQATLMAYPNLPEFIAPEDMQTISAPIDFLGVNYYNPMRVKSSPQPPGIEVVQVESPVTAMGWEIAPEGLYDLLMGITRTYGKLPIYITENGAAFDDQPDQSGQVNDPQRVGYFQGHIGAARRALADGVDLRGYYAWSLLDNFEWAEGYSKRFGIIYVDFETQQRTLKQSAQWYRDVIANNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Crystal structure of engineered beta-glucosidase from a soil metagenome.
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured bacterium
total genus 173
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3cmjA00
4JFVA 3GH5A 4D71A 1UD8A 3HN3A 3BXWA 4P8UA 4U5KA 2WHJA 1XHGA 3GH4A 2VJXA 5CZKA 3WNKA 4L4OA 1RPKA 1QW9A 2YLLA 4HMDA 1GJUA 2PI6A 5A2AA 1PX8A 1CPUA 3VKKA 3MUAA 4FLQA 6TAAA 1ISYA 3LPOA 2WSPA 2RGMA 4DUVA 4W84A 3N15A 3MO4A 4IUGA 4AD3A 1GPFA 1B9ZA 4IPNB 1QBAA 2XIBA 3WENA 1E72M 1V3JA 2WWDA 3N17A 4WSKA 1M04A 3BGAA 1KBBA 1US3A 1C8YA 3MUY1 5HNNA 1FHDA 1H1NA 3ARUA 4M29A 1EO5A 4W7WA 5A6BD 3MUZ1 3TTSA 4OZOA 3RJYA 3U57A 1GNXA 3AIVA 1RP8A 2BV9A 3WEOA 4P8WA 1G0CA 3DC0A 2A3CA 3W38A 2VX4A 2CCRA 4DM2A 4PUDA 3I3BA 5A6KA 2EPNA 4PMDA 3VGBA 1UH3A 3ZSSA 4JZ5A 1UR0A 5FIPA 3ZOAA 1UKTA 1WZAA 4U33A 3WQVA 1TVPA 1CXLA 5DT7A 4HOXA 1OB0A 4PMYA 1QNQA 3N9KA 4ACYA 4TOQA 2VVNA 1ISVA 8CGTA 1W9PA 3VNZA 5DFAA 1D2KA 3MMUA 1B3ZA 3VIFA 2G3MA 1YHTA 2J7BA 2G3NA 2DSKA 3VD9A 3PZTA 2CEQA 2EJ1A 1LLOA 2WVSA 1EHAA 3BAKA 3E1F1 4MDOA 1MW3A 3CH9A 3J7HA 1E6ZA 1EH9A 4NZCA 1IT0A 4QP0A 4UOQA 3PZUA 1HJUA 1HX0A 4OIFA 4Z2JA 2W61A 3AIQA 2WVUA 1E3ZA 3SUSA 2ZWYA 3ZR5A 1JF5A 2Z1KA 2YA2A 2G3IA 3PTQA 3ZJ6A 1C93A 1CEOA 1H0GA 4LXFA 1CWYA 1B2YA 1W3JA 3G6LA 4PMVA 3IK2A 4QLJA 1UKQA 1GQIA 3AXHA 1BYAA 1BQCA 1W9DM 3WD4A 2V3GA 5A69A 3WDHA 4PMOA 4EKJA 4DWSC 3NIYA 4J27A 1KXHA 4LX4A 4XZWA 3AMCA 2ZWZA 1GJWA 2OYKA 1BG9A 5CXPA 2ZUUA 5IHSA 5A8QA 4E8DA 5I3DA 2JIEA 1VIWA 4FLRA 1I1XA 1IZJA 1JXJA 3WSUA 1VF8A 4WSJA 1SMDA 3ARTA 3TP4A 1L0PA 1ESWA 5CGTA 2XFRA 1UYQA 3W0KA 3VIGA 3DYOA 2CKSA 1GONA 1VB9A 1LF1A 1W1VA 2OYMA 3VINA 4S3JA 1BSIA 5A6AA 2VUYA 1R85A 5LYRA 4LPCA 3AIUA 3T0DA 2BY1A 1WDSA 2VZVA 3CZ8A 1MW2A 1WZKA 2ZXDA 1JZ6A 4W88A 2VC9A 1UWRA 1GQKA 3EDFA 1J9YA 1WAWA 2O9RA 3WDRA 5A3HA 4LYRA 2WLZA 2FH8A 3PZOA 3WY1A 1QBBA 5JBDA 2XFYA 3ZO9A 1KXQA 4LYPA 2ZIDA 1JZ8A 2Y5EA 3CUIA 1HJXA 1MFUA 3SUWA 4D6DA 2C8NA 1UZ1A 5I23A 4MB4A 3VD7A 3WNNA 4U5IA 2D3LA 1UWUA 1V6XA 3N11A 3WD2A 1ODZA 4WLCA 4M1RA 3AFBA 3U5YA 3QOKA 2XPKA 3FW6A 1XH1A 3BH4A 3MU7A 3W53A 1JZ7A 3WNLA 4ZXOA 1D7FA 4JFWA 5AC5A 4HZ7A 1TA3A 1X6NA 4PTWA 1GOIA 1M53A 1E6RA 5JUVA 2J7EA 5EFFA 4DUWA 5BXSA 2EPKX 1VJZA 3WF4A 2YIHA 3CUJA 1JYXA 2XIIA 5AYBA 1X1NA 5DEZA 1ECEA 2VCCA 2WZEA 1JFXA 3GXIA 1CXKA 1E5JA 4M80A 3W4RA 1JD9A 1GHRA 3SURA 4M56A 1VENA 3W24A 2GVYA 5FD0A 3B9EA 1Y7VA 3F5KA 3SCSA 4HZ6A 1HL9A 1V02E 4ATDA 1IV8A 4W85A 1EOKA 3WL1A 1K6AA 3AHVA 3EDJA 2OWCA 1E0VA 1R86A 1TFVA 5DMYA 4BZYA 2WHKA 1M7XA 2GJPA 2BNJA 2VNCA 3OGVA 1JI2A 3GBDA 3VIHA 1I75A 1KQYA 2J47A 3AS1A 3DYPA 3RDKA 1UA3A 2W4XA 3W27A 2O9OA 2XVPA 3NYDA 2GJRA 5AC4A 1SMAA 1WNOA 1AQMA 2PWGA 1IZKA 1VEPA 4UCFA 2J25A 1JNEA 1XSIA 2W91A 1E4LA 3BAIA 5CLTA 1C8XA 1JZ4A 1OIFA 2J7DA 4UFHA 3NSXA 2BHZA 3VIJA 4CD4A 1OT1A 2ZX7A 1E1EA 1GOKA 2X2YA 5GQBA 4HPGA 5IFPA 1E3XA 3PZNA 2PB1A 3WDPP 4PTVA 3VIKA 1LL4A 3N04A 1E40A 1J12A 2WKLA 2BHYA 3FXYA 5D4YA 3W28A 1NWUA 5E6YA 3KE0A 1EGZA 8A3HA 3VMPA 1B3XA 1OGGA 4UFKA 2J8FA 5D9PA 2OSXA 4UFIA 3BLKA 3N12A 5FCZA 2J4GA 2D24A 3F5JA 1MXGA 2BY3A 1GCYA 2CBUA 1QVBA 1GORA 1JAEA 4Z2IA 2DGAA 2E8ZA 3L4UA 1GQLA 3PZ9A 3AHYA 1MQRA 2PBOA 4N0RA 4M8UA 1XC6A 2RGLA 1QHOA 1GZJA 4B15A 2VQUA 5JIWA 2WMFA 3THDA 2V3EA 1NWRA 1PPIA 1FH8A 1W2VA 4PTXA 3WMSA 4R27A 4PMQA 4U31A 1PIFA 4XV0A 2EPLX 2Z1SA 1E70M 4CCDA 4HA1A 2WMGA 1DWIM 4HA4A 7TAAA 1CLVA 1E55A 4OOZA 2XGIA 2ESCA 1JNDA 2QF8A 4H7VA 4JL1A 2BXYA 3TA9A 1W1YA 3AS0A 1RH9A 3CHFA 1F4AA 4Q7NA 3SUTA 3NJ3A 2WC3A 1MW1A 4W5UA 2YL9A 4YPJA 1WDQA 5I5RA 4AEEA 1XSKA 4WKAA 4YN5A 2NT0A 1J01A 3KL0A 3RPMA 4PYSA 2DDXA 1E56A 4YHGA 1HP4A 4WF7A 4Z2KA 1BYDA 4GXPA 3MV01 3T09A 1QOXA 2ZUWA 1E73M 1E5NA 1NOUA 1QI4A 2V5CA 3PZQA 4UZUA 4CCEA 3RM9A 1DWJM 2BS9A 5E09A 2WANA 2F8QA 3A47A 3WDIA 2JF7A 3MV11 3CPUA 1PJ9A 1TVNA 3WEMA 3ZT7A 1JDDA 2VR5A 3GXDA 4Q22A 1B3VA 4MNJA 3EBVA 3KZSA 3PZGA 2XHYA 3TTQA 3WQ8A 4AD5A 5FL1A 4W93A 1CXEA 3RM4A 1GVYA 2E8YA 2XFFA 5A6SA 1NARA 3VGFA 4D6JA 3VM7A 1QI2A 1BYCA 3BAXA 1CXHA 1GOMA 1CXIA 3CHEA 2UWFA 1KB3A 4KRTA 1H49A 2J74A 2TAAA 2XGBA 4WIWA 5E6ZA 4E2OA 3VD4A 1BPLB 4XB3A 1JD7A 1W3HA 1BVNP 1DWHM 3D5HA 2WCSA 2ZXBA 1UD5A 2O9PA 4PCSA 2JEPA 3CHCA 3EMCA 2QLYA 3VUPA 2CBVA 3ZJ7A 3AZTA 5FL0A 3VO0A 5IHRA 1HKKA 1WO2A 4D6HA 1J0YA 3GXFA 3ZQ9A 5BROA 1MFVA 2Y8VA 1C90A 1G1YA 1V6YA 1UQYA 1JZ5A 4F66A 1V3HA 3PHAA 4PBGA 5BRQA 3SCRA 6CGTA 3WIJA 2VZOA 4AZBA 1GUVA 1EIBA 3SCVA 1ZJBA 1WP6A 4UQ9A 3BMWA 1RP9A 1LG1A 3AYSA 4KH2A 1KR1A 4W8BA 1MXDA 3HJEA 2X0YA 5A8MA 1Q6DA 4XX6A 1JYWA 3SUUA 1QPKA 3WNMA 4V2XA 4QLKA 4J3VA 1LJYA 2WAGA 2ZXQA 2VRQA 2VR4A 5HDRA 4KRUA 5A6JA 2ZX9A 3QR3A 2PWDA 3QOMA 2VTFA 1UWQA 1VFOA 5IXEA 4QDMA 3DHUA 2YDQA 4JKLA 3CO4A 3WH8A 1HT6A 1N82A 3IJ7A 1DWGM 3M46A 1NP2A 2WMHA 2QPUA 3A3HA 5D9MA 3WH5A 1KQZA 3VOCA 3OLDA 1XD1A 4MTVA 5CLWA 4J3UA 3AJ7A 1QNSA 4A4AA 5E9AA 2WMIA 1KXTA 2DT2A 4MB5A 3NSNA 2WSKA 1GOQA 3PTMA 1Q6EA 2CESA 7A3HA 4Y7EA 4JHOA 1HKIA 4TVCA 2CHNA 3FHAA 5AYIA 2VZSA 3AIBA 1BAGA 1SYTA 2DEPA 2J7FA 1V3KA 2XJ7A 2ZX8A 4FMVA 1E0WA 1C8QA 4RL3A 1MQQA 3AXIA 1VBRA 1W1TA 3VGGA 3PZIA 2D23A 4UZSA 3GTNA 1PX3A 5DO8A 1E1FA 2J78A 4GPNA 3DHPA 3ZMRA 4PCTA 1EA9C 4GI6A 1ITXA 1C3FA 3FHQA 3L4ZA 2XWDA 3ZIZA 1HNYA 4GZIA 3UCQA 5I0DA 1UD3A 2WMIB 4ML4A 1C7SA 5D8ZA 1LG2A 1C92A 4UOZA 4JFTA 1XYZA 2YJQA 3CZLA 3WN6A 4AD1A 3WQ4A 1OM0A 3OGRA 3WUFA 1EQPA 4S3KA 4BQ5A 2CYGA 1UWIA 2DIEA 4AZ6A 2W92A 2V3FA 4MAVA 3MMWA 5EBAA 4ACZB 1OGSA 4KWUA 3IJ8A 3IAPA 4AD2A 1QNRA 5I79A 1XCWA 3CUGA 2XVGA 2AAAA 2VZUA 3K8MA 1K9DA 3CHDA 2QPSA 1ZL1A 3G6MA 4E4PA 1UKOA 3RCNA 2VMFA 3K8KA 4JL2A 4BQ4A 4QFUA 5A6BA 1UH2A 3L4XA 4MJ2A 3L4YA 5M5DA 4YHEA 4F9DA 1ZBKA 4ATLA 3W37A 4HU0A 5KEZA 2JF6A 2GUYA 5C8BB 1VEMA 4P8XA 4D1IA 5A8OA 3MANA 3GM8A 3SCNA 4UFLA 1E6SM 3DECA 2DT0A 2W67A 3AQUA 4UNIA 4BQ3A 5HPOA 3SIMA 1VEOA 3VM5A 4J3TA 1P6WA 1ZB5A 4UQAA 5LA2A 4C7DA 3M6DA 4AC1X 1JF6A 3CZGA 1E15A 1QI3A 5ABFA 4QCFA 2YOCA 3AIEA 1F4HA 1BLIA 4W8AA 4P7QA 3B8SA 5A1AA 1NOWA 4N42A 4JFSA 1CGWA 4U2ZA 2IXUA 1B3YA 3WFLA 5I78A 4A3YA 1W91A 3I3DA 4Z2LA 5F7UA 2HVMA 3T2QA 2VI0A 3WBAA 5EFDA 4JIEA 3WF0A 5KZ6A 3UR8A 3VDCA 4PN2A 1K9EA 3WBEA 2NW0A 1WB0A 3AMGA 1WE5A 2VX7A 3WQWA 3A4WA 2W5FA 3ZR6A 1VRXA 1HJQA 4CVWA 1UR4A 1B90A 3AOFA 4M82A 5GNYA 4AZCA 3ARZA 1VFUA 2X1IA 3UEQA 4D72A 3EDKA 5CPTA 5ABFB 2CETA 4CVUA 4JCMA 2D1ZA 3FNDA 4CN6A 3WD3A 1NH6A 4HOWA 3OLGA 1KGXA 1VBUA 1XRVA 1AQHA 3TTOA 4IM4A 1V08A 1QW8A 3UESA 4BCEA 4MDPA 1CGTA 2VVSA 1KXVA 4W7UA 1OT2A 3K46A 4FK9A 1G94A 3WH6A 4RE3A 2J8GA 3UERA 4AD4A 5JBFA 1HL8A 1LWHA 3S2CA 1OWQA 3RMEA 1WDPA 2C0HA 5A2BA 4AIOA 2PWEA 5DT5A 1EDTA 1XD0A 4D6EA 4AZCB 5IFTA 3AS3A 1W9UA 2WMKA 2JE8A 5EMYA 1EHNA 3ZJ8A 4JCLA 2ZOXA 4DWSD 4W86A 1CECA 3L4WA 3QHOA 4HOZA 1EXPA 1E4IA 1CGUA 1V6WA 1WCGA 1PIGA 4JKKA 2CITA 1WZLA 3WNOA 3SCPA 1HVXA 4CD6A 2D20A 7CGTA 2YL8A 3GYCA 3WF2A 1NP0A 2ZXAA 1HKMA 3HU7A 3VNYA 3MMDA 2GK1A 3ALGA 1JAKA 4B9ZA 4OKDA 5GNXA 1NWSA 4B9YA 2VX6A 1A47A 3AI0A 2A3HA 1E6XM 1O6IA 2YBTA 4AY1A 1J0ZA 3F5LA 3T2OA 3QGVA 4Z2HA 4LGXA 4MNMA 5ABEA 3VIIA 1EDGA 1PBGA 3PZMA 1J11A 5AY7A 1BVZA 4CGTA 1JL8A 1W1PA 2XUCA 5CPSA 1UR8A 3PN8A 1HKJA 2Q8XA 1QI0A 2GSJA 1ISZA 2PBGA 4TX6A 1ZBWA 4IPLA 1PAMA 4X9YA 2D0FA 3MSGA 2UY2A 3BSGA 3N1AA 5JIPA 3IJ9A 2WCGA 2BXZA 5A95A 3ARYA 4U3AA 2GK1B 4QAWA 2PF0A 1O7AA 2WNWA 1V6UA 1DTUA 4EK7A 4HMCA 1VAHA 1WZMA 4GINA 3VPLA 3WUGA 1CTNA 3AIRA 3OGSA 3WD0A 3VGDA 4WKHA 4V27A 3GZAA 3WMBA 2HISA 4J3SA 4B3KA 4AZ7A 3UR7A 5CPQA 2WC4A 2WK2A 1ITCA 5CSYA 2XM2A 1JZ2A 3NUKA 1KWKA 3GH7A 3UG5A 1CLXA 3U7BA 2QHAA 4W7VA 4TTGA 4U3CA 2B31A 3ALFA 2G4FA 1C7TA 4HZ8A 1TG7A 4EAMA 3ZT5A 4CU7A 3AXXA 3OIHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JFV A;  3GH5 A;  4D71 A;  1UD8 A;  3HN3 A;  3BXW A;  4P8U A;  4U5K A;  2WHJ A;  1XHG A;  3GH4 A;  2VJX A;  5CZK A;  3WNK A;  4L4O A;  1RPK A;  1QW9 A;  2YLL A;  4HMD A;  1GJU A;  2PI6 A;  5A2A A;  1PX8 A;  1CPU A;  3VKK A;  3MUA A;  4FLQ A;  6TAA A;  1ISY A;  3LPO A;  2WSP A;  2RGM A;  4DUV A;  4W84 A;  3N15 A;  3MO4 A;  4IUG A;  4AD3 A;  1GPF A;  1B9Z A;  4IPN B;  1QBA A;  2XIB A;  3WEN A;  1E72 M;  1V3J A;  2WWD A;  3N17 A;  4WSK A;  1M04 A;  3BGA A;  1KBB A;  1US3 A;  1C8Y A;  3MUY 1;  5HNN A;  1FHD A;  1H1N A;  3ARU A;  4M29 A;  1EO5 A;  4W7W A;  5A6B D;  3MUZ 1;  3TTS A;  4OZO A;  3RJY A;  3U57 A;  1GNX A;  3AIV A;  1RP8 A;  2BV9 A;  3WEO A;  4P8W A;  1G0C A;  3DC0 A;  2A3C A;  3W38 A;  2VX4 A;  2CCR A;  4DM2 A;  4PUD A;  3I3B A;  5A6K A;  2EPN A;  4PMD A;  3VGB A;  1UH3 A;  3ZSS A;  4JZ5 A;  1UR0 A;  5FIP A;  3ZOA A;  1UKT A;  1WZA A;  4U33 A;  3WQV A;  1TVP A;  1CXL A;  5DT7 A;  4HOX A;  1OB0 A;  4PMY A;  1QNQ A;  3N9K A;  4ACY A;  4TOQ A;  2VVN A;  1ISV A;  8CGT A;  1W9P A;  3VNZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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