The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
87
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structure length |
86
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Chain Sequence |
SYPPHMQVLLPALSPTMTMGTVQRWEKKVGEKLSEGDLLAEIETDATIGFEVQEEGYLAKILVPEGTRDVPLGTPLCIIVEKEADI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
Pyruvate dehydrogenase [lipoamide] kinase isozyme 2, mitocho
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| publication title |
Structural and functional insights into the molecular mechanisms responsible for the regulation of pyruvate dehydrogenase kinase 2.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| total genus |
12
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| structure length |
86
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| sequence length |
87
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.3.1.12: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase. |
| pdb deposition date | 2008-04-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00364 | Biotin_lipoyl | Biotin-requiring enzyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B9N A; 1H9K A; 4DNT B; 3M85 A; 4KI0 A; 5BN3 A; 2BE5 C; 2D62 A; 2A69 C; 3AB9 A; 1OXU A; 1YNN C; 3ND9 A; 2K33 A; 2D2C C; 3H94 A; 2PCF B; 2BE5 D; 4HR7 B; 2A69 D; 4OGQ C; 1GUN A; 2DN8 A; 3A8J E; 4H44 C; 1OXS C; 1TU2 B; 3CRL C; 3A7A B; 3IKJ A; 1E2W A; 1H9S A; 2K32 A; 3D4R A; 3D31 A; 2AUK A; 2E76 C; 3NE5 B; 3T56 B; 3VA7 A; 2JE6 I; 1FYC A; 1ONL A; 1QJO A; 4OO1 H; 1HPC A; 1DD2 A; 2JEA I; 3M4Y A; 1B9M A; 1I6V C; 1ZYR C; 3DXJ C; 3ND8 A; 5C0X G; 1DXM A; 1GUG A; 5C0X H; 3BG3 A; 4DK0 A; 2EJG C; 3I4L A; 3VR4 A; 2KA7 A; 2NN6 G; 3MFY A; 3VR5 A; 2Q8I B; 1PMR A; 3VR6 A; 1Q1B A; 4BA2 I; 3T51 B; 2EJM A; 3KLR A; 3MXU A; 3SDZ A; 2K7V A; 4I7Z C; 2LMC B; 2O5I C; 1H9S B; 5KNB A; 2KCC A; 1GHJ A; 3LNN A; 3PUY A; 3QG1 A; 1E2V A; 5JEA G; 2ZT9 C; 5JEA H; 2F1M A; 1VCI A; 3VR2 A; 5A35 A; 1GUT A; 1VF7 A; 4KN7 C; 3RLF A; 4XTC S; 3I72 A; 2PNR C; 1OXV A; 4OO1 G; 4LK1 C; 2PPB C; 3OOC A; 1BDO A; 3OPO A; 1T5E A; 3A8K E; 1YNJ C; 2DNC A; 1OXT A; 1ZKO A; 4IFD H; 1V8Q A; 3FMC A; 3CRK C; 4LJZ C; 4KMU C; 1Y8O B; 1Z7T A; 3T53 B; 5BN4 A; 2L5T A; 2YYZ A; 2E75 C; 3OW7 A; 1K8O A; 3FPP A; 1Z6H A; 2E74 C; 4L8J A; 3M7N A; 1IW7 C; 1Q90 A; 3A8I E; 1HTP A; 3QJY A; 1IW7 D; 2B8G A; 1DCZ A; 4RCN A; 3VR3 A; 5KNC A; 5KND A; 1LAB A; 4DNR B; 4KHZ A; 1Y69 U; 2IT1 A; 3IFT A; 1G29 1; 2D5D A; 3LWU A; 1OXX K; 1VF5 C; 2BA1 A; 4IQZ A; 4G7Z C; 1H9M A; 2EJF C; 4GZY C; 1O7L A; 2V4D A; 3L7Z C; 1K8M A; 4XIG S; 1Q12 A; 1V43 A; 1GHK A; 4KN4 C; 3GD7 A; 2A68 C; 3PUX A; 4TQU S; 2R6G A; 4H0L C; 4BA1 I; 1LAC A; 1Q1E A; 2A68 D; 1Y8P B; 1GJX A; 3PUZ A; 1H9J A; 4IFD G; 3EQL C; 4KKS A; 1IYU A; 1HQM C; 2A6H C; 4TKO B; 4KKT A; 2BA0 A; 3PV0 A; 4KKU A; 3U9S A; 2A6H D; 1EWH A; 3PUV A; 4JK1 C; 1O78 A; 1Y8N B; 3GQB A; 3PUW A; 3HGB A; 1IYV A; 2DNE A; 1GUS A; 1CI3 M; 1TKW B; 2AUJ D; 2A6E C; 3A7L A; 2O5J C; 1E2Z A; 3BDO A; 2A6E D; 1H9R A; 2BDO A; 2CW0 C; 2JEB I; 5BN5 A; 3I73 A; 3WDN A; 2QF7 A; 3N6R A; 1CTM A; 3P20 A; 4H13 C; 2EVB A; 2NN6 I; 2EDG A; 4PV1 C; 2B8F A; 1HCZ A; 4DK1 A; 2JXM B; 4G7O C; 1SMY C; 3TZU A; 4G7H C; 1A6X A; 1FR3 A; 1CFM A; 5K36 G; 4JBW A; 2NN6 H; 2AWO A; 3SE0 A; 5K36 H; 1VDZ A; 1GUO A; 3QIA A; 3W3A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5DNF A; 2Q8T A; 1ZXT A; 2EY1 A; 2AQ3 B; 2ZJP A; 2PW5 A; 2Q2U A; 3HKS A; 3AB9 A; 1OXU A; 3PIP A; 2CWA A; 2WB1 G; 4OIJ A; 5IGC A; 1CZW A; 2JA7 G; 2BH2 A; 2QEX A; 3TRZ A; 1YJ9 A; 3NTH A; 2K32 A; 1WCM B; 5CV8 A; 2FMM A; 5H1S E; 2RA4 A; 2OT2 A; 1VMC A; 1HZA A; 5IP9 G; 1U4M A; 2NN6 G; 4BBR B; 2F3V A; 1B70 B; 1HUN A; 1EY4 A; 4OXP A; 5M3M B; 2R7Z G; 1XMQ L; 3I4N G; 4TVA B; 1VQJ A; 1CK1 A; 2GA4 B; 3S2D B; 3W1B A; 4DR7 Q; 1SJH D; 1LLR D; 4LF7 L; 4HCS A; 4K5V A; 2BCO A; 2KCT A; 3NEM A; 4KY7 A; 5A35 A; 4M8A A; 5GAG C; 4IFD I; 4R4O A; 1SAP A; 4DR5 L; 4C3H H; 3DUZ A; 3UI2 A; 3M9B A; 1KIX A; 1B7Y B; 2Q2H A; 2NVQ H; 4F88 A; 1EQT A; 4KMU C; 3J80 c; 5FLM G; 1PZK D; 2A73 B; 4JOI C; 4QJF A; 4A93 H; 5I2Y A; 4IUN A; 1VQI A; 2CQO A; 4OEL B; 1PH9 A; 2EYH A; 3U4Z A; 4HAE A; 4AYB B; 1XMO L; 3CKI B; 5IGD A; 1AP0 A; 2Q8R E; 1Q86 C; 4KHP L; 1B3Q A; 1F2M A; 2V4D A; 4ME5 A; 1HNZ Q; 2A1A A; 1SXT A; 1K8M A; 4A3B G; 2ZM6 Q; 1CSQ A; 4B3M L; 2PZW A; 1C0A A; 1GO3 E; 2FFK B; 4Y7N H; 1Y8P B; 1SE2 A; 2RF4 A; 1KRS A; 2OWO A; 5IT9 L; 5L37 A; 1E22 A; 2HDL A; 3B6Y A; 4CJ1 B; 1TT2 A; 1L0W A; 3A7L A; 4YWK A; 5BN5 A; 1DOK A; 2OQ0 A; 4PZ8 A; 1KQS A; 3H3V H; 1SNO A; 3NQI A; 1WCM H; 4H13 C; 1LT3 D; 1JE4 A; 2IPK D; 4P73 A; 3FKI G; 1ILQ A; 2N8N A; 2N55 A; 1JB7 A; 4LFA Q; 3J81 c; 4FVM A; 1DOL A; 3HRZ C; 2F0L A; 2N78 A; 1X56 A; 3CP0 A; 4JBW A; 3TBI B; 1WTW A; 1A8V A; 1G6Z A; 3W3A A; 4B9W A; 1H9K A; 4JI3 Q; 3SEB A; 4DV5 L; 4IJL A; 1D8L A; 3S15 B; 2ZXO A; 4DR4 L; 1JJG A; 3S2D H; 1EYD A; 5C3E B; 2PMZ E; 4JBK A; 4R4C A; 3HFZ B; 2EQS A; 1A3U A; 2XWB B; 1AN8 A; 4A3C H; 4A3G H; 1YJW A; 3EVQ A; 3HS0 C; 2JEA I; 3TQY A; 1V1Q A; 3S1M B; 2F0I A; 3P1H A; 2F0S A; 3SK6 A; 5DLQ E; 1SMY D; 2KA7 A; 2RSN A; 5E4X A; 4DUZ L; 3CPF A; 4ZKC B; 3PO3 B; 4IN3 A; 4CBV A; 3LGJ A; 5NUC A; 1BXT A; 5ISR A; 1MI2 A; 3LNN A; 4F8M A; 5A2Q L; 3WOF A; 5JEA H; 4DAY A; 2G9H D; 5JPN C; 3CCL A; 1AFP A; 1EEI D; 1PH6 A; 1VF7 A; 1QCB D; 3NEN A; 4UP9 A; 5C0X J; 3LWE A; 1GKH A; 1G2T A; 3VDY A; 1AW7 A; 4XT3 B; 3JAM c; 2MO0 A; 1HH2 P; 5ELO A; 1G2S A; 1TQO A; 2JA8 G; 3P7J A; 2PQE A; 1VQP A; 3D6C A; 4RG1 A; 2NUC A; 3E5S A; 3I56 A; 1SRU A; 4NB3 A; 2CCZ A; 2K01 A; 3HG9 A; 1VQL A; 4MNO A; 4DV6 L; 3KJO A; 1TWG H; 2B29 A; 2PMZ B; 4JI1 Q; 5F2D A; 3DEO A; 5DEH A; 4CJ2 C; 3PO2 B; 2FHT A; 4LF9 L; 4DV1 Q; 1I50 B; 1I4H A; 1RJT A; 4GOP C; 1R4P B; 4KKT A; 4KKU A; 2Y0S G; 1EQV A; 4A93 G; 5AJ3 L; 2O4X A; 3GQB A; 2PW7 A; 4ID6 A; 2DNE A; 3CC7 A; 1BR9 A; 1K9M C; 3BDO A; 3S15 H; 1H9R A; 2CW0 C; 2JEB I; 4NXN Q; 2AQ2 B; 1SE8 A; 4KY5 A; 4X66 L; 2ASB A; 3N6R A; 2B2V A; 2EVB A; 3PMF A; 2E2J B; 1K0S A; 4DK1 A; 1KDB A; 1WOC A; 3U50 C; 4PZ7 A; 3NP8 A; 1UEB A; 2SNS A; 4UHV A; 1N36 L; 2F0T A; 2K5N A; 3PF4 A; 1S4Z A; 3VYR A; 1VS0 A; 2JP1 A; 4HIO A; 4BXX G; 2WAQ G; 3HKZ G; 2KQ3 A; 1HHV A; 1CM9 A; 1KNA A; 3M85 A; 1SEB D; 1YNN C; 4YCW A; 4GN3 B; 4X65 L; 4ALP A; 3KF8 A; 3M4O B; 1WCM G; 2F0Q A; 2PI2 E; 2F0K A; 4OON A; 5C4J B; 5FO9 B; 1YHB A; 3NTI A; 4B3S Q; 2CQA A; 3S1Q B; 1NTG A; 1PHJ A; 2AWN A; 1KRT A; 1DXM A; 1LTI D; 1DZ1 A; 4BBR G; 2Q8I B; 1YJN A; 4FXG C; 3MXG A; 3T51 B; 3SDZ A; 1KHI A; 1H9S B; 2WFW A; 3C1F A; 3UE1 A; 5M3M G; 3G6E A; 4L5R C; 1GHJ A; 2K52 A; 4NDX A; 1M1K C; 3D4W A; 1HNX Q; 4FNF A; 5KRU A; 4QB4 A; 3DM3 A; 1VQM A; 1FNU A; 3I8Z A; 2PNR C; 4I7A A; 4JW0 A; 1VQ4 A; 4WOR A; 4A3C G; 3OTO L; 3KBG A; 3M4Q A; 2DNC A; 1WTH A; 1UNS A; 1ZYR D; 5GRO A; 5C44 H; 1I50 H; 2F0W A; 3PO2 H; 4O0A A; 3OW7 A; 2SOB A; 3V2T A; 2WKD A; 3QOJ A; 5HY6 A; 1TWC H; 4K6L A; 4A76 A; 4JI4 L; 2OTL A; 4KV6 A; 4AYB G; 1IBK Q; 3PGZ A; 1ASZ A; 1IKL A; 4KLK A; 1E1O A; 2I07 B; 4QL5 A; 2HCC A; 2YV5 A; 3BU2 A; 3L7Z C; 3PSI A; 5EPJ A; 3NPP A; 3BJU A; 4B3T Q; 2A68 D; 4DV2 L; 3EFX D; 1GJX A; 4RWS C; 3GV3 A; 4OX9 L; 4GN5 A; 5HGQ A; 2EE1 A; 2PQA B; 4B3R Q; 3S9W A; 5D3I B; 1EWH A; 1IYV A; 1SJE D; 3I4M G; 1R9T H; 5D65 A; 3S1R B; 4LFC L; 2F0H A; 4CKC A; 1LTR D; 1J6Q A; 3DWQ A; 1HR0 W; 3M4O H; 4BY7 B; 1PRT C; 1MBY A; 5M3F B; 1JJ2 A; 3CD6 A; 3G71 A; 3A74 A; 2B8F A; 3CW2 C; 1TS5 A; 3NWS A; 5C4J H; 4WJW A; 4A3D B; 4IFD J; 1NE3 A; 1P8L A; 3S1Q H; 4KHP Q; 4V0B A; 3TZU A; 2HQE A; 1YIT A; 3RLO A; 1KTK A; 2ZTD A; 4JYA Q; 4ZLT F; 3OMG A; 2Z9H A; 3R2T A; 4DV7 L; 3OIQ A; 1JOQ A; 1AEX A; 2D62 A; 1GD7 A; 2A69 C; 4IZ8 A; 2QW7 A; 3DWP A; 5FOB B; 4LAA A; 3J81 E; 5EKK A; 2XGT A; 5J1Z A; 1N8R C; 5IOD A; 5C3E G; 3HOZ B; 5IYD H; 2R92 B; 4ZAI A; 3VA7 A; 3KYH C; 2NTS A; 1HNW L; 1EWI A; 1WTP A; 3G48 A; 1PH7 A; 2R93 G; 4LF5 L; 1X3F A; 2N3S A; 3GO5 A; 2VQF L; 1VQ5 A; 1EY8 A; 1II3 A; 4BBS H; 4QIW B; 3H15 A; 3PO3 G; 5IP7 G; 1YHA A; 1L1O B; 1JR0 D; 4R4T A; 3EBE A; 1F2Y A; 3FPU B; 2WB1 B; 1BOS A; 1LT4 D; 2JA7 B; 2ICI A; 4CGY B; 1VQH A; 1PA6 A; 4DK6 C; 4DR4 Q; 1RDP D; 3GTK B; 1CUK A; 2ZXR A; 1K8G A; 4JI0 L; 1OXT A; 4C1N I; 2K04 A; 4JI5 Q; 1SYC A; 4GNX C; 2CH4 A; 3NTK A; 3FHW A; 4NW2 A; 4X3T A; 3N52 A; 3SXH A; 3S1R H; 2Z6B A; 1Y69 U; 1I4R A; 4DKA C; 2KEN A; 5C5M A; 1AE2 A; 3H0G B; 4HJ8 A; 4BY7 H; 1XJV A; 5M3F H; 2NVT B; 2I0Q A; 1JWS D; 1J5E L; 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4LK1 C; 2RDG A; 3OPO A; 3HOY B; 3KJP A; 1TWA B; 1FVI A; 1QIL A; 2KCN A; 4IPC A; 5FLM H; 4C3I G; 3R2I A; 1A3V A; 1EU3 A; 1Q90 A; 1VQ8 A; 3V05 A; 5BR8 Q; 4JPB W; 5IT9 E; 2XRQ D; 1G29 1; 3K7U C; 2BA1 A; 1ROD A; 3KLS A; 3I55 A; 4DUY Q; 1RKN A; 2MPM A; 2UXC Q; 3NQT A; 3T1H L; 2Z6K C; 1I4G A; 4K0K L; 5M5X H; 4YHH L; 1Y1W H; 1WTQ A; 1IYU A; 1PTO C; 2NVY H; 3S1N H; 4CKB A; 1ESF A; 2A6H D; 4UAI A; 1LTT D; 3J81 i; 1LTS D; 3HOX H; 3CCU A; 4HSP A; 5ELE A; 1O7I A; 2A6E C; 4LF6 Q; 5IGB A; 2E8G A; 4JG2 A; 4LUO A; 3J7A F; 2EIF A; 2UXD Q; 3L3O C; 2QF7 A; 2V1C C; 4J1M A; 4EGV A; 1LYL A; 5M3F G; 1FJG Q; 4BY7 G; 3HZX A; 2Q2T A; 3PQI A; 5ELB A; 3FKI H; 1VQ9 A; 4A3D G; 4G7H C; 5ELF A; 5J39 A; 3Q23 A; 3TP7 A; 1RCV D; 5C4X H; 4DV2 Q; 5CV4 A; 4GKJ L; 3JAM L; 4RKL A; 2QCP X; 4DAM A; 1CZG A; 1XTC D; 1BCP C; 2PCF B; 2Z4H A; 3Q24 A; 4H44 C; 3CME A; 3HOZ G; 2R92 G; 5M5W B; 2NYZ D; 5A2Q E; 3GTP H; 4OO1 H; 1HPC A; 2FXQ A; 1UE7 A; 2I46 A; 4LNQ A; 1MKH A; 3HOY H; 3VR4 A; 3I4L A; 1TWA H; 3PIO A; 2PZT A; 1WFQ A; 2DY7 A; 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