The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
69
|
structure length |
69
|
Chain Sequence |
MNLTVNGKPSTVDGAESLNVTELLSALKVAQAEYVTVELNGEVLEREAFDATTVKDGDAVEFLYFMGGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| molecule keywords |
Thiamine-biosynthesis protein ThiS
|
| publication title |
Crystal structure of thiamine biosynthesis protein (ThiS) from Geobacter metallireducens.
rcsb |
| source organism |
Geobacter metallireducens gs-15
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| total genus |
15
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| structure length |
69
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| sequence length |
69
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02597 | ThiS | ThiS family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E3T A; 2WDV B; 1QLB B; 1RWS A; 2M19 A; 2WDR B; 3P4P B; 1YJJ A; 1FRD A; 5H8Y E; 3LB8 C; 3KWL A; 1NI3 A; 2BS4 B; 1B9R A; 1ZXI A; 3FAH A; 4US8 A; 1JAL A; 3AEG B; 3AEF B; 1QOG A; 3W5U B; 3AM9 A; 3P1M A; 1VDV A; 1DOX A; 4N58 A; 5G5H A; 2L83 A; 3AE6 B; 4N59 A; 3LXF A; 2MJD A; 1KRH A; 1N63 A; 3P4S B; 4YTN B; 1L6U A; 3SFE B; 5H92 C; 4KX6 B; 2QJL A; 1OQQ A; 1V8C A; 1TKY A; 1J7A A; 1QOB A; 1WYG A; 2LEK A; 1XLQ A; 2W3R A; 4YSY B; 1XLN A; 4YSZ B; 5EE9 A; 2W3S A; 3NRZ A; 3NVZ A; 1DOY A; 2JX5 A; 3SR6 A; 1XLP A; 3NVV A; 1KF6 B; 4YXD B; 2KAJ A; 5G5G A; 2PIA A; 1CJE A; 2K5P A; 3AE9 B; 2K9X A; 1A70 A; 1N61 A; 2MJ3 A; 1FFV A; 1PFD A; 2WU2 B; 3AE3 B; 3HRD D; 3L4P A; 1WRI A; 4ZOH C; 3NS1 A; 1YJI A; 2BS3 B; 3AE8 B; 3AN1 A; 2WU5 B; 4JWS C; 3WCQ A; 3AE4 B; 4ZHP A; 5MPO A; 1JWB D; 1ZOY B; 3NVW A; 3AV8 A; 2CU3 A; 2MJE A; 2PVG C; 4YTP B; 3AEA B; 4C7Z A; 1PDX A; 2DBY A; 3AE1 B; 1AYF A; 1L5P A; 2WS3 B; 4C80 A; 1E0Z A; 3BII D; 3W5V B; 1GPX A; 3P63 A; 1NYR A; 1WGK A; 2KMM A; 1JRP A; 3CWI A; 1CZP A; 1WXQ A; 2PVO D; 1FM0 D; 3FC4 A; 4WWM A; 1E9M A; 2Y5C A; 3B2G A; 3HVZ A; 5EE1 A; 3VRB B; 4YTM B; 1NEK B; 3ETR A; 1TKG A; 3W9C B; 1SIJ A; 2H89 B; 4IDI A; 3SFD B; 2FBW B; 5EE0 A; 1T3Q A; 1L0V B; 3ZYY X; 1QT9 A; 1FIQ A; 1RYJ A; 4N6E B; 1NVI D; 4US9 A; 1FO4 A; 3P4Q B; 1J7C A; 1JWA D; 1IUE A; 1EWY C; 1N5X A; 4C7Y A; 1FRR A; 4A9A A; 1F0Z A; 1VJK A; 1ZUD 2; 3EUB 2; 3VR9 B; 1N5W A; 1FMA D; 1XO3 A; 3CIR B; 4FXC A; 4JWU C; 3HUI A; 4P6V F; 2N0S B; 1ZP0 B; 4HRO A; 3AEB B; 2WQY B; 4ZHO A; 5C3J B; 3AH7 A; 1JRO A; 1UWM A; 2L52 A; 1NEN B; 1TKE A; 1SF0 A; 5EE3 A; 1OFF A; 2W54 A; 2AX5 A; 3AMZ A; 3ABV B; 5GXG B; 1E10 A; 1R7S A; 1VLB A; 3B2F A; 5AUK A; 3P4R B; 1KFY B; 2H88 B; 1GAQ B; 2OHF A; 2QIE B; 1SB3 C; 2DWQ A; 5C2T B; 4HRS A; 1JQ4 A; 3AEC B; 2B76 B; 3VR8 B; 2BS2 B; 4YSX B; 2PKO A; 1E6E B; 2BT6 A; 1QOA A; 4YT0 B; 1J7B A; 1TJE A; 2ACZ B; 2WLB A; 2MH7 A; 3AEE B; 1JW9 D; 2WDQ B; 1TYG B; 1AWD A; 4USA A; 1WWT A; 1L6V A; 2WP9 B; 1OQR A; 1V97 A; 3AB5 A; 1E7P B; 2W55 A; 5AUI A; 3DWM A; 1YQ4 B; 3B9J A; 1DGJ A; 1N60 A; 2Q5W D; 3AE7 B; 1RM6 C; 2JQR B; 4JX1 C; 1FXA A; 1XLO A; 1NYQ A; 1QOF A; 1PUT A; 1N62 A; 3AED B; 3RPF C; 1FXI A; 2EKI A; 2HTM E; 4ITK A; 3AE5 B; 2M56 B; 3VRA B; 1QF6 A; 1DOI A; 1YQ3 B; 3NVY A; 1RFK A; 2CJO A; 4WQM A; 3AE2 B; 1FFU A; 2CJN A; 1I7H A; 1ROE A; 2G1E A; 3DWG C; 3PO0 A; 2K22 A; 4LTU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WDR B; 1TS5 A; 3BVM A; 2HJ1 A; 3ZNI D; 4IWQ A; 3QQ8 B; 4ANW A; 1LQB A; 5GMV A; 3DBR B; 4NAW A; 4KZC A; 3LXF A; 4IM0 A; 1FNW A; 4B6W A; 3P4S B; 4PYZ A; 3SFE B; 2D3G A; 1EF1 A; 3HHM A; 1MG8 A; 3RNE C; 3IHP C; 2QDF A; 1IGD A; 3HVD A; 4NJ6 A; 2CKH B; 3RNG C; 3RI7 C; 1Q10 A; 3MHS D; 4XE0 A; 5CTR C; 2ZVO A; 2MP2 A; 2BKR B; 2WXF A; 4A3P A; 2WX0 A; 4HCN B; 4OW0 A; 3JSV A; 4IWO A; 2GBM A; 1E9M A; 2FNJ B; 1I4R A; 2V3S A; 1ESF A; 1FNV A; 1WZ3 A; 1IBX A; 4GDL A; 4WQO B; 3VR9 B; 2JYT A; 5DCN A; 3B0A A; 2DZK A; 1QZE A; 4FAD A; 4HPL B; 3UI3 A; 4ZHO A; 4I6P A; 4WJO A; 1K51 A; 1KJT A; 2V3P A; 2TSS A; 5EE3 A; 2AEH A; 1NI2 A; 2E6X A; 2NPT B; 1VLB A; 1Z2M A; 3AEC B; 4WWP A; 2BS2 B; 1E7U A; 2D11 A; 4M8N A; 1H8C A; 1ISN A; 1TYG B; 2L00 B; 3QA8 A; 3RN9 C; 2D3C A; 5BO4 B; 1FXT B; 1V1P B; 4MJS A; 3PPA A; 1N60 A; 1RM6 C; 3T3N A; 4FHJ A; 3A1Q A; 1QOF A; 3VVW B; 1Y8R C; 3X23 A; 3NVY A; 3OWE B; 2G1E A; 1SE9 A; 1YD8 U; 2M19 A; 3WAL A; 4NPN A; 5IKC M; 4DXF A; 2AL6 A; 3FAH A; 2LUM A; 1R4N I; 4W9C A; 3AE6 B; 1STE A; 4DXA B; 1C4A A; 2MJD A; 3RT3 B; 2WXK A; 2O6V B; 2ZNV B; 3W2D A; 3DBH B; 2MQJ A; 4EFO A; 3DHI C; 5LLI A; 2PMV A; 2KFJ A; 5D94 A; 3VH3 B; 3HRD D; 4G3X B; 3KYD D; 3Q2A C; 3U52 E; 2WX1 A; 4S17 A; 2J0K A; 2DBY A; 2MRP A; 4C80 A; 2J52 A; 3MC9 A; 1JRP A; 1JRU A; 5IAA C; 5DPW A; 4HVB A; 2DEN B; 1D4B A; 2EKE C; 3SFD B; 3AI5 A; 1L0X B; 1CQV A; 1L0Y B; 1NVI D; 1N5X A; 4TUU A; 2WGS A; 4BAX A; 2X8X X; 3JW0 X; 5C3J B; 3AH7 A; 1JRO A; 4MEM A; 2YEP B; 2I2Y A; 2L3Z A; 2J7Q B; 1N6Z A; 1OFF A; 1TS4 A; 2PW9 A; 3AMZ A; 2BYV E; 3PTF C; 2KDI A; 2LGI A; 2ZNV C; 1K50 A; 2JPH A; 4PS3 A; 4LDT D; 1WMH B; 4BBN C; 5HKH A; 2WDQ B; 4ANU A; 2KJ6 A; 2N9P C; 2VZK D; 2LVP A; 1ZXH A; 3L17 A; 3PZ8 A; 1FPY A; 1T0Q C; 5J2R A; 4JQW C; 2IND C; 1P7E A; 3BK1 A; 3SEB A; 1HEZ E; 3KUZ A; 2RD0 A; 1J8C A; 4IM2 A; 1XCT L; 4WJP A; 2IPK D; 1EUV B; 2NS5 A; 1FCC C; 3W5U B; 4NAW B; 2DZI A; 3KH0 A; 2G45 B; 4PT5 A; 2DYO A; 2BBC A; 2WWZ A; 2LWP A; 3DHH C; 1V1O A; 1V49 A; 4RCO A; 4YSZ B; 1XLP A; 1GUA B; 1KF6 B; 2JY6 A; 3QWZ B; 3DDC B; 3Q3F A; 1KLU D; 2MP2 B; 3NS1 A; 5T8I A; 3QCA A; 3W1S C; 3JSV B; 1CMX B; 5D3I B; 3PZD A; 5TSS A; 4AS1 A; 1ZDV A; 2KTF A; 3CWI A; 3KVF B; 4RGT A; 2INC C; 3Q8F A; 2BWF A; 2L76 A; 4YTM B; 4OHJ A; 3W9C B; 2BTE A; 1EF5 A; 2JWU A; 5D3D A; 1SE4 A; 2DYB A; 4W9F A; 1VJK A; 1OEY J; 4M00 A; 3R66 C; 2RMM A; 1EU3 A; 2C7N B; 2KN4 A; 2KTR B; 2N9K A; 3HM3 A; 3ZDT A; 2FE8 A; 3ABV B; 1GAQ B; 2QIE B; 2QC8 A; 3OAW A; 1YNT E; 4DQO C; 4M8M A; 2Z59 B; 3AEE B; 2JXX A; 4MJS B; 4CO7 A; 1V97 A; 3AU5 A; 1WY8 A; 2V3N A; 3A1Q B; 3I9V 1; 3ZVV A; 1UZX B; 4OVV A; 1XLO A; 2NCN A; 1N62 A; 2WDT B; 2AWT A; 2ZPY A; 4B0M A; 5BMI A; 2WXH A; 4WAA A; 2K22 A; 3IAM 1; 4A20 A; 4LTU A; 4RF1 A; 3ALB A; 5C23 A; 2ZVN A; 1ZGU B; 3AEF B; 2IO2 B; 3P1M A; 3VXW A; 3C8Y A; 3PSE B; 1SJH D; 5D7G A; 4DHJ B; 1ENF A; 1QOB A; 3BZD B; 2KMA A; 1MFW A; 1HTQ A; 3WAN A; 1NDD A; 4E71 A; 2PIA A; 3IT4 B; 2KKC A; 2QCZ A; 2WU2 B; 4NZL B; 5E6O A; 3ECI A; 2WU5 B; 2DAJ A; 3AE4 B; 1C4C A; 1I42 A; 4WWO A; 3DPD A; 4KDL B; 3PHW B; 3VDZ A; 5BYR A; 5G55 A; 4NJC A; 3VUX A; 3ZW3 A; 2XBB C; 4JE3 B; 1SIJ A; 4KSK C; 5DPS A; 5EE0 A; 4US9 A; 3N30 A; 3GB1 A; 4K1R B; 4WAF A; 4E3C A; 2N9L A; 2C60 A; 3L08 A; 4JWU C; 3BY4 B; 3PZ7 A; 4L2Y A; 2KC2 A; 3ZKJ C; 2BYF A; 4J6I A; 4Q2J A; 1YN5 A; 1SB3 C; 4MAC A; 1E6E B; 1WXA A; 1R4M I; 2BT6 A; 2ZW1 A; 5LNK 1; 1ACC A; 3BK2 A; 2K1F A; 3Q3J A; 3U4E G; 1AWD A; 2MSE D; 2WYQ A; 1L6V A; 2WP9 B; 2NVU I; 5JXV A; 1D5M C; 1WH3 A; 1YQ4 B; 4NQL B; 4JX1 C; 3S2A A; 1EWC A; 3ZXV A; 5BMH A; 3TMP B; 2O2V A; 1OEY A; 5AZF A; 3VRA B; 5HI1 A; 3DWG C; 1FFU A; 2LXC A; 3NHE B; 3RNF C; 4N58 A; 2V4L A; 3L13 A; 2IO1 B; 1YJJ A; 2LJ5 A; 2W82 A; 2C9W B; 5D6J B; 4FJV B; 1KLV A; 1B9R A; 3V6C B; 1JAL A; 1JWU D; 3JVZ X; 4BOZ B; 4FLH A; 1DOX A; 2L83 A; 4LNK A; 4W9J A; 1UGM A; 4TV3 A; 2IDY A; 3ZRF A; 2NBW B; 4ASW C; 1I4X A; 4TQ0 A; 3SR6 A; 4HCP B; 1TS3 A; 3ZTC A; 2BVC A; 2BGF A; 5IP4 D; 2KWU B; 5TR5 A; 2RSU A; 2ZJD A; 1WSP A; 3H8H A; 1HXY D; 3RUL A; 4GU2 A; 1ZOY B; 2KWD A; 4C7Z A; 2KMM A; 2KC1 A; 3U7D A; 2LGY A; 4MGY E; 3BVZ A; 3N1Z C; 2XK5 A; 3V3X A; 4IDI A; 3BWU D; 2NR2 A; 2GI9 A; 2KO3 A; 4IW0 A; 2LD9 A; 3A33 B; 3N32 A; 4HDO A; 3VH4 B; 3N20 C; 3V61 A; 1ZUD 2; 3EUB 2; 5JZE B; 4ARI A; 2J53 A; 2BKF A; 1LFD A; 2KQ4 X; 2WXO A; 2CU1 A; 1TGZ B; 2RDH A; 1GC7 A; 2CHW A; 4JGH B; 2KOX A; 1C77 A; 1K53 A; 2V0G A; 1C4P A; 1QOA A; 2M17 A; 1WGG A; 4MM3 A; 4USA A; 1WJ4 A; 2W55 A; 4R3D A; 4RGM A; 4C4V A; 1PUT A; 2EKI A; 3N1X C; 3GE8 C; 3AUL A; 4IG7 B; 1C9F A; 1ZW7 A; 3RD2 A; 3APD A; 4LJO B; 1RWS A; 4MDK E; 5CX3 A; 2J42 A; 4L23 A; 1NI3 A; 3H9D A; 1L2N A; 2ZCC A; 1QOG A; 1Z5S B; 1D3Z A; 4RF0 A; 4KIK A; 2FCS A; 4DBG A; 4PYU A; 1L4D B; 3KW5 B; 2RDG A; 4PS8 A; 2JU6 X; 1CJE A; 2IY0 B; 2HTH A; 4RGO S; 2KX3 A; 4ZOH C; 2BS3 B; 3AN1 A; 2BYE A; 2KN5 A; 2D2Q A; 3AEA B; 3SD5 A; 3NG0 A; 3TL5 A; 2JXT A; 3SHQ A; 2HE7 A; 2KX0 A; 4AOF A; 2MHJ A; 2BPS A; 3DBL I; 1J0G A; 1FO4 A; 1WXV A; 4FHK A; 1T0Y A; 1UEL A; 4OZC A; 1T0R C; 1WI0 A; 2JUO A; 1F9J A; 4BKG A; 3TUO A; 3A9K A; 4LDT B; 3M3J A; 4WJQ A; 5KHO A; 1V9J A; 1TY2 A; 2W54 A; 2W9N A; 1UGJ A; 4KVG B; 1M94 A; 1WX9 A; 3P4R B; 1V86 A; 2DLB A; 2B76 B; 2BB6 A; 2VZK B; 3JYU A; 3L0W B; 1F2R C; 5L95 C; 2LHE A; 3EHV A; 2GRI A; 4ICV A; 1E7V A; 3PRZ A; 2CS4 A; 5JHA A; 1TS2 A; 2O2V B; 4LNO A; 3KUC B; 3P42 A; 1FEH A; 1XQQ A; 1ET9 A; 2WNM A; 2L32 A; 1E8Z A; 1ET6 A; 3AU4 A; 4BKT A; 4L1B A; 1LM8 B; 1PGB A; 2AQ3 B; 1H4R A; 2D5G A; 4US8 A; 2DX5 B; 3GP7 A; 4HK2 A; 3MJ5 A; 1N63 A; 4YTN B; 2Z8L A; 3APC A; 3NZS A; 1V8C A; 3Q8B A; 1XF5 L; 1TZO A; 4OZB A; 2Z0D B; 1DOY A; 1RFA A; 1FNU A; 2VH1 A; 4DDG D; 3AE9 B; 3DVN V; 1SSN A; 3B08 A; 2GMI C; 4WJN A; 1MVK A; 4W9I A; 2KLG A; 3O13 A; 4HDQ A; 1YMH E; 1JWS D; 2KQS A; 2N7E A; 1VRA B; 3D32 A; 3L54 A; 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3A9K B; 4ZRJ A; 1SJE D; 3OG5 A; 2L52 A; 2RPV A; 3KUD B; 2WXM A; 1XXG A; 3A4R A; 2SEB D; 2MX2 A; 1Q5W B; 4HRS A; 1IBX B; 1ZE3 D; 4RMA A; 3VQI A; 4GDL B; 1QIL A; 3L10 B; 2K0P A; 4KSL C; 3TSS A; 1Y56 A; 3DWM A; 1PQS A; 2IO0 B; 2LAS A; 1NYQ A; 4ITK A; 4XWW A; 3H7S A; 4S0R A; 1BXT A; 4LJP B; 4BBN F; 3PLU A; 2KLC A; 2E3T A; 3DBH I; 4B0E A; 2OED A; 2BWE S; 3KWL A; 2BS4 B; 3A9J A; 3EFU A; 2I1J A; 3RZF A; 1WGD A; 1WGY A; 2M0A A; 1OQQ A; 1WYG A; 1XLQ A; 1XLN A; 3NRZ A; 1WR1 A; 3J9C A; 3Q14 C; 4RFB A; 5G5G A; 2JZZ A; 4EUT A; 5AZG A; 1MPE A; 1FFV A; 1G6J A; 1JWB D; 4FJY A; 2MJE A; 2PVG C; 1IYF A; 1YN4 A; 2YEP F; 1AYF A; 1L5P A; 4X57 B; 2ICI A; 1NYR A; 5DPR A; 2LFI A; 1HA5 A; 4WWM A; 3Q3O C; 4LNI A; 3VTW A; 2WXR A; 3GOE A; 3QJZ A; 1C79 A; 2D3A A; 4GMV A; 2LGS A; 1RYJ A; 1IUE A; 1EWY C; 1GC6 A; 2NTT A; 1TT5 B; 2M0X A; 4MT5 A; 3RNC C; 3C19 A; 1M4V A; 2D3B A; 2WQY B; 3MC0 B; 3ZO5 B; 5AZH A; 2KWC A; 3PV1 A; 1JML A; 1U4A A; 5AUK A; 4MH8 A; 1HQR D; 3R8B A; 2PKO A; 2C5L C; 4ZRP A; 4ZRQ A; 4AQ7 A; 1Q0W B; 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