The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Design at the atomic level: design of biaryloxazolidinones as potent orally active antibiotics.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ7 Q; 3CC4 Q; 1KC8 R; 2OTJ Q; 3CCS Q; 3G71 Q; 3CME Q; 1K8A R; 1VQ5 Q; 1Q82 R; 1Q81 R; 3G4S Q; 1Q7Y R; 1VQO Q; 1QVG P; 2QEX Q; 1NJI R; 1M1K R; 3CD6 Q; 3CCJ Q; 1K73 R; 1YJ9 Q; 1VQ8 Q; 1VQ4 Q; 1YIJ Q; 3CXC P; 3CC7 Q; 3CCM Q; 3I56 Q; 1VQP Q; 1VQN Q; 1QVF P; 1N8R R; 1K9M R; 3CCR Q; 2QA4 Q; 3G6E Q; 1VQK Q; 3OW2 P; 1W2B P; 3CCL Q; 1Q86 R; 1VQ9 Q; 1VQL Q; 3CC2 Q; 1VQ6 Q; 3CCU Q; 1YJN Q; 3CCV Q; 1YJW Q; 1YHQ Q; 3CCQ Q; 1KQS P; 3CCE Q; 1YI2 Q; 2OTL Q; 3CPW P; 1S72 Q; 1KD1 R; 1VQM Q; 3I55 Q; 1JJ2 P; 3CMA Q; 1M90 R; 1YIT Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HSB A; 4DBQ A; 2C0I A; 3VYG A; 2YUQ A; 1YIJ T; 1NZ9 A; 1VYV A; 3RBB B; 5GAO l; 2JNG A; 2W10 A; 3I35 A; 1EX4 A; 4B9X A; 4BB7 A; 1NLP C; 1D3B B; 2QQS A; 2BKD N; 1G5V A; 2DZC A; 1WDX A; 3G71 Q; 4M78 E; 1WLP B; 2JN0 A; 1KG1 A; 4ANJ A; 2EQU A; 2RK1 A; 3SFM A; 5CCA A; 1Q81 U; 2RHY A; 5CO7 A; 2DL3 A; 1OYX A; 1QKW A; 2QEX A; 5D6Y A; 2YSQ A; 2BE9 B; 2BTT A; 2X4Y A; 4BE1 A; 2CP7 A; 4M7D A; 3RKW A; 4J7I A; 5LJ3 d; 3TSW A; 2M51 A; 2VV5 A; 1G8X A; 1WIE A; 1UG1 A; 1WHK A; 2XDD A; 1X69 A; 3HPW A; 3M0Q A; 4M75 D; 4Z89 A; 4AFS C; 4M7A F; 2YT6 A; 4J9H A; 2QA4 Q; 2ZZD A; 2IG0 A; 4FM4 B; 2DFU A; 2L3P A; 1YJW T; 2J05 A; 3S3O A; 3HFN A; 3H6Z A; 1OU9 A; 3QZ9 B; 3EFR A; 3E1S A; 4KGV B; 3OYI A; 1OZ3 A; 5DY9 A; 4RCB A; 1UEB A; 2L3R A; 4XTZ A; 1KQ2 A; 1VQM A; 3KUF A; 1KQS A; 4WF2 A; 3CCM Q; 3M0P A; 3UA6 A; 5GAM d; 3ZL7 C; 3JCM f; 3E9F A; 3M0R A; 1WHG A; 2L89 A; 3LGL A; 2COW A; 2OX7 A; 4M7A B; 3E2U A; 5CKH A; 2VB6 A; 4ESR A; 1KC8 R; 1NG2 A; 4PJO F; 4F7U G; 3JB9 F; 2DTI A; 2SEM A; 3THK A; 2KXC A; 5J26 A; 2MK5 A; 3QWX X; 2RHI A; 2OTJ A; 4ZGE B; 3NPF A; 2EQI A; 3OS5 A; 2KY9 A; 4M77 C; 1TH7 A; 2SRC A; 2FZG B; 4LD6 A; 2XDP A; 1SEM A; 3V7R A; 1KFZ A; 1VQ9 A; 3OYN A; 3L2Z A; 4EPC A; 2PVG B; 1U8R A; 2L2P A; 4MZT A; 5IHK A; 2X3X D; 1WGS A; 3S6W A; 1VQN Q; 4PJO B; 2FVU A; 2JTE A; 2DVJ A; 2KQW A; 1KJW A; 2QQR A; 4J9D A; 1T3S A; 2QDL A; 3M59 A; 4E7H A; 1AZG B; 1FWZ A; 4FYY B; 2BUD A; 2KDS A; 4IIO A; 3PMI A; 3CCV A; 3MP8 A; 4NL2 A; 1UUE A; 2KRO A; 3HP9 A; 4OF1 A; 2L3S A; 2XDB A; 3X20 B; 1YIT A; 3CC4 A; 1ZUK A; 2RQV A; 5IXF A; 5LJ5 h; 1AWJ A; 4J8O A; 5FU7 B; 1IO6 A; 3CCL Q; 4RUG A; 2CP0 A; 1VQL Q; 1PM3 A; 2QGF B; 1IGQ A; 4EMH A; 3VUB A; 2HSP A; 2B8A A; 1C6V X; 1ZSZ B; 4PK4 A; 2IVW A; 1X2Q A; 2NLU A; 2DXC A; 4LUD A; 4XU2 A; 1R0B G; 1KD1 U; 3CCE A; 3QYG B; 2ZPB B; 2X51 A; 3EH1 A; 2QEX T; 1QVG P; 4LN2 A; 4FSS A; 4XTY A; 2GBQ A; 1PRL C; 1SKU B; 3CC7 Q; 1B07 A; 3MKD A; 3TU4 K; 1M9S A; 3M0S A; 3VJP A; 1B3Q A; 2DM1 A; 1UEC A; 2M02 A; 1HD3 A; 2DTH A; 2PUK B; 4M78 F; 3BW1 A; 3PIO A; 5IXB A; 2O01 E; 1VQ5 Q; 3PT9 A; 5FLX E; 2XI9 A; 3CC2 A; 2OI3 A; 2DBK A; 2GFA A; 4CC2 A; 2DIL A; 2VWF A; 2FZK B; 3A8H B; 4GY5 A; 3MO8 A; 1BI2 A; 3QII A; 2JUF A; 5I11 A; 4OVA A; 1VQM T; 4M75 E; 1D1A A; 2O4X A; 3QJ6 A; 3VKI A; 2O9S A; 4C8Q A; 4RTZ A; 3EGX A; 3EGU A; 2G6F X; 4M78 B; 1LJO A; 5GAN j; 2LCL A; 1HXD A; 2K9G A; 4IIM A; 4HCB A; 2QG9 B; 3MPU B; 1RAD B; 3EFS A; 4J6X A; 2VAS A; 3G6E A; 1TG0 A; 3DLL A; 3RR6 A; 2OTJ T; 2D8J A; 4C92 A; 3TSZ A; 4ELZ C; 2RPN A; 1SHG A; 4LNP A; 1YJ9 Q; 3G71 A; 3JCM V; 3JSC A; 5FRN A; 4RG8 A; 1M1K C; 1VQ9 T; 2CZ7 B; 5GMK e; 1H3Z A; 2P4R A; 1K9M U; 4AFQ C; 4OP0 A; 3D7S B; 4X9C A; 4QVZ A; 4D8D A; 5LJ5 f; 3VUZ A; 3A98 A; 3JB9 G; 2K2V A; 3S3N A; 2EYQ A; 4NL3 A; 2MIO A; 1ZHI A; 4GLK A; 2MOX A; 3CCJ Q; 4M7D D; 3M5A A; 2VXF A; 2HZY A; 4CRI A; 4QQD A; 3BFM A; 1W6X A; 1QVF P; 2KK4 A; 2O88 A; 2AZS A; 2X3W D; 1VUB A; 3KFV A; 1KQ1 A; 4N0A C; 3CCV T; 2LNV A; 3EAE A; 5GAM g; 2HNI A; 1RAI B; 5LJ3 h; 1YIT T; 3EH2 A; 3CC4 T; 2O2O A; 2F5T X; 1BU1 A; 1SRM A; 1WZO A; 1BK2 A; 1MMA A; 3RMQ A; 1UE9 A; 3HFO A; 5GAO n; 3EFO A; 3DKM A; 1KC8 U; 8ATC B; 3E19 A; 1UJ0 A; 1QVG S; 2ZPE B; 1UGV A; 2PU9 B; 3GBQ A; 1K73 U; 2HBP A; 3REB B; 1N9S A; 3CCM A; 3CCE T; 4JRI A; 3V7S A; 4KUL A; 1M2V A; 2L5Q A; 3HKS A; 4J6Y A; 4OMM A; 1MV3 A; 2DF6 A; 2R5A A; 1UHC A; 2VUB A; 2RM4 A; 3DB3 A; 1MHN A; 3MEA A; 3MJX A; 3X24 B; 1TU0 B; 3R6O A; 3VU3 C; 3C4S A; 2KI7 A; 3I56 Q; 3EG9 A; 3REA B; 5KH6 A; 1P92 A; 2KT1 A; 3JCM Q; 3NTK A; 1Q86 U; 1NLO C; 2EJF A; 3CC2 T; 1KK7 A; 5CR2 A; 2E6N A; 2FYK A; 5FWB A; 2LT4 A; 1QKX A; 3A8O B; 4FSX A; 5J39 A; 2M16 A; 2KRM A; 3M53 A; 2FZC B; 3EHR A; 4DA4 A; 1M3C A; 2JJ9 A; 3UT1 A; 1GCQ A; 2XG8 D; 1QVG A; 1VQN A; 2MWP A; 3GNF B; 3N5B B; 3I55 Q; 3CBP A; 3BDL A; 4CC3 A; 4ORZ A; 4EIK A; 2RQU A; 3J81 E; 3C0C A; 1I1J A; 1VQO Q; 2CP5 A; 2F5K A; 3JCM P; 3OYJ A; 2COZ A; 1LNX A; 4J83 A; 1VQ6 Q; 3G6E T; 1M3A A; 2AHJ B; 1Y96 A; 4M75 F; 1OX9 A; 2LNH B; 1N8R C; 2JW4 A; 1E6G A; 3PGG A; 2NUT A; 1VQL A; 3CCL A; 4DBH A; 4RTT A; 1EIF A; 3G71 T; 1KHI A; 3MP6 A; 5FW9 A; 1AOJ A; 2V8I A; 5LJ3 e; 1PNJ A; 1M1K R; 4OB2 B; 4J9I A; 3I5R A; 1SG5 A; 1QVF S; 2EYY A; 4XK8 E; 5IHI A; 2DIG A; 2D0N A; 3CC7 A; 1IRE B; 1MGQ A; 3CQT A; 3KBG A; 1QP2 A; 4QW2 A; 4HCK A; 5C0M A; 2DJZ A; 2ZPH B; 4IUR A; 2LJ3 A; 1HYO A; 4M75 B; 4RTV A; 1EZZ B; 2YHT A; 1Q7Y U; 3ZEH A; 5KYY A; 4E7J A; 2FRY A; 1Y57 A; 1A0N B; 2LQW A; 1VQ8 A; 4KGX B; 2K5L A; 4C5E A; 1AZE A; 1QCF A; 1VQK A; 1VQ7 Q; 1WQ7 A; 1PKS A; 3ER0 A; 1T0J A; 5GAM f; 1M90 U; 2Y4X A; 2HSE B; 2EKO A; 3OS2 A; 1WI7 A; 4DOW A; 4Z02 A; 3VS2 A; 3CCM T; 3EG3 A; 4HXJ A; 4IUP A; 2V1R A; 3CPW P; 2A37 A; 1YFN A; 1VIF A; 1AVZ C; 1QVF A; 3LLR A; 1JEG A; 5KE2 A; 3GNG A; 1HSQ A; 3QHS A; 3X28 B; 2ZAE A; 2ZPI B; 1VYU A; 1RL2 A; 2EBP A; 1NJI U; 4C92 D; 1SSF A; 2KE9 A; 1YJ9 A; 2EW3 A; 4VUB A; 2DEU A; 3F70 A; 1I4K 1; 1LCK A; 4QT7 A; 2RQR A; 2PVO B; 1ZUY A; 1K8A R; 1ZA1 B; 2J7I A; 1RUW A; 2OTL A; 3LW5 E; 3OYE A; 1QWE A; 3GPL A; 2FPF A; 1VQN T; 1VQP Q; 1JJ2 A; 5FU6 C; 2DPP B; 3J7A F; 2JOY A; 2DL7 A; 3OW2 P; 2A28 A; 2J06 A; 3CCJ A; 1YJN Q; 5GAN 3; 1UGS B; 1E7O A; 1WXT A; 1YI2 Q; 2D8H A; 2QAZ A; 1RAF B; 4O5V A; 2F2V A; 3OSV A; 2L0A A; 3CCS Q; 1SPK A; 2ECZ A; 4RG2 A; 1N9R A; 5KYX A; 5GAN 6; 3RNJ A; 3P8D A; 2FRW A; 3OYM A; 4M77 D; 2H3E B; 1N8R R; 1B34 B; 2ESW A; 3CCL T; 1VQL T; 2LC4 A; 4OMF B; 4ME7 A; 2X4W A; 4PKC C; 2YUO A; 4JDS A; 2ZCF B; 4A53 A; 3A8L B; 3UAT A; 3JCM W; 3P8H A; 3SWN B; 1X75 C; 2WSC E; 4HT9 A; 3OMC A; 3SEM A; 2QQB A; 3CC7 T; 2XKO C; 1I0C A; 2VXE A; 5CAI A; 4M7A A; 1PHT A; 1UFF A; 2LMJ A; 4M75 G; 5CIU A; 4PFZ A; 4A4G A; 4FCY A; 3CMA Q; 2ROL A; 4OMN A; 1G83 A; 2HKN A; 1CKB A; 5CKB A; 3MHX A; 3FLG A; 4F16 A; 1R0C B; 2OJ2 A; 3G7Z A; 5KYW B; 1Q82 U; 1VQ8 T; 1NYG A; 1W4S A; 4JJC A; 2RB6 A; 2P0K A; 5EC7 A; 3LWH A; 1VQK T; 2DEQ A; 4XU1 A; 5KE3 A; 2LJ1 A; 3MEU A; 3Q1J A; 1AWX A; 3V8J A; 4JS5 A; 3RER A; 3CPW S; 3OYA A; 2QTX A; 5KYU B; 1XTD A; 3H0I A; 1O75 A; 3HHT B; 3OY9 A; 2AZV A; 5KCH A; 4PJO A; 3I55 A; 2QYZ A; 3JCM e; 1K4U S; 2RMO A; 4L59 A; 2F2X A; 4TVR A; 4DOV A; 2DA9 A; 1VQO A; 1M27 C; 3LGF A; 4QQ6 A; 1J3T A; 2LVM A; 5GMK l; 4XTV A; 2CH4 W; 3JB9 H; 1SHF A; 2DE0 X; 2ED0 A; 3SDZ A; 3M54 A; 3G4S Q; 2ZGW A; 1WNL A; 3TCJ A; 4C8Q E; 3NGP A; 1YJ9 T; 2AKL A; 4JPB W; 2JT4 A; 4DEY A; 3LH5 A; 1ZSZ A; 2NUP A; 1KSW A; 4QQG A; 5GAN g; 2CH4 A; 4ZGD B; 3OW2 S; 4XU0 A; 4N4I A; 3CCQ Q; 4J9E A; 2W0Z A; 2OTL T; 5GJV B; 3FRN A; 1OI1 A; 3H9N A; 2KVQ G; 3U23 A; 2X35 A; 4BE2 A; 3CCJ T; 3VS3 A; 5HK0 A; 1VQ4 Q; 4WTO B; 1GFD A; 1IRX A; 1WPY A; 3A8G B; 1TXQ A; 4CC4 B; 2KR3 A; 5CQY A; 1M1F A; 2GQV A; 1GFC A; 1Y71 A; 2P4T A; 4OMP A; 3VV0 A; 4RTY A; 1VQ7 A; 1BI3 A; 1TSF A; 2ROT A; 3UA7 A; 1V1C A; 3FC3 A; 3CCR Q; 1G3Y A; 1Z9Q A; 2FB7 A; 3VS0 A; 6AT1 B; 4FIB A; 3RKX A; 1YHQ Q; 2RH2 A; 4C5I A; 1JB0 E; 2JZ2 A; 5IHN A; 2FL7 A; 2RF0 A; 4M78 A; 3OW2 A; 1K8A U; 3UPU A; 3OS1 A; 1H64 1; 4UC4 A; 4M75 C; 4E2F B; 4RMO A; 1YCS B; 4FT2 A; 2B86 A; 3QG1 A; 2K5F A; 4FYV B; 2E70 A; 2GQI A; 3OYB A; 2YRD A; 3QUI A; 4JLG A; 3JCM X; 2KT8 A; 3PTA A; 2ENM A; 1V76 A; 4BDY A; 2KBT A; 2HL5 C; 2C0T A; 1RAC B; 4C0D C; 3L2U A; 1YNZ A; 4E7Z A; 1JBM A; 1NE8 A; 2J6O A; 4LDY A; 5I21 A; 1NM7 A; 1QCO A; 1QLY A; 3RIR A; 1QMC A; 4PLL A; 2X4J A; 3I55 T; 2KSS A; 4QVC A; 1YJN A; 2CZ0 B; 2E5K A; 4HA8 A; 1YI2 A; 1VQO T; 4BI4 A; 2X9H A; 5GAO p; 5FU6 B; 4A63 B; 4PNO A; 4AMC A; 3CCS A; 1Q81 C; 5IT9 E; 3HTR A; 3PIP A; 1VIE A; 2DJQ A; 4HVU A; 1TOV A; 4E7I A; 4II1 A; 2DD5 A; 1SF9 A; 1UTI A; 3EG1 A; 2LZ6 B; 4FT4 A; 4J9B A; 3C95 A; 2GNC A; 1D0Y A; 1ARK A; 1T0H A; 3JAM E; 5GMK j; 2KGT A; 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1OPK A; 3OYY A; 5GAN 4; 1H92 A; 3UWN A; 3OYK A; 3OYL A; 2HEQ A; 4QKU A; 3QDF A; 1O9S A; 5GAO r; 4Z8A A; 1BB9 A; 2RQT A; 1WYX A; 1ZBJ A; 1G2B A; 2VGM A; 4N4H A; 3CCR A; 2MF2 A; 5LJ3 j; 4MZM A; 1GRI A; 1YHQ A; 4CI0 C; 1OQK A; 2QGG A; 2RI3 A; 4LUE A; 1BBZ A; 5CKE A; 3HRU A; 4C0G A; 5I22 A; 4M7D C; 1AWW A; 3OYD A; 4EMK A; 2E3H A; 3MP1 A; 2LCS A; 1B7T A; 4M78 D; 5GAN 8; 2JS0 A; 1W2B P; 2WSE E; 3ZBD A; 4L5G A; 4DBR A; 1BIA A; 1F1B B; 3EGD A; 2CGH A; 2LX7 A; 4EDU A; 2CKK A; 2DRM A; 2PNI A; 1RI9 A; 2YWW A; 3H8Z A; 1UGQ B; 2R5M A; 2HDA A; 2QAS A; 2E65 A; 4X1V A; 4F7U A; 1FMK A; 4DQ2 A; 2MWO A; 4PJJ A; 5GAN d; 4E7K A; 2XHC A; 2RHX A; 3ASK A; 1VQ5 A; 2OAW A; 2QA4 T; 5L8R E; 4F17 A; 3E9G A; 2MYS A; 2QK0 A; 5GAM e; 3OBY A; 2O9V A; 2ABL A; 4C0D B; 1X2K A; 4M7D E; 2LJ0 A; 4C8Q G; 4IUV A; 4RCC A; 1RAH B; 3KXT A; 2CT3 A; 2BZ8 A; 4RTX A; 2RO0 A; 1K76 A; 3L2W A; 1Q95 G; 4KUI A; 2H3J A; 2DL5 A; 3CCV Q; 1K9M C; 3X25 B; 2EQM A; 1S72 Q; 2DO3 A; 2DD4 A; 4XTW A; 4C92 G; 7AT1 B; 2QTV A; 2K79 A; 5GAN 5; 2CP6 A; 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