3D0C | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	LDYGEFSKRFSTISGINIVPFLEGTREIDWKGLDDNVEFLLQNGIEVIVPNGNTGEFYALTIEEAKQVATRVTELVNGRATVVAGIGYSVDTAIELGKSAIDSGADCVMIHQPVHPYITDAGAVEYYRNIIEALDAPSIIYFKDAHLSDDVIKELAPLDKLVGIKYAINDIQRVTQVMRAVPKSSNVAFICGTAEKWAPFFYHAGAVGFTSGLVNVFPQKSFALLEALEEGNQEKIWDVWEDVVPFEDLRAKHNNGNNVVIIKEAMEQLGLRAGVTREPVNPLSPNDRLELEELLKSWNTQE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Oceanobacillus iheyensis at 1.9 A resolution. rcsb
source organism	Oceanobacillus iheyensis hte831
total genus	111
structure length	302
sequence length	302
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2008-05-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3d0cA00

3C2VA 3PBWA 5KTLA 4JX5A 2ZZ5A 4D2JA 1W8SA 2FB3A 5D32A 4Y9AA 3QRHA 1F6PA 3QFEA 2V30A 4KFOA 3EKZA 4H6KA 3P67A 1OFAA 2YPIA 5BW6A 4HNNA 4LVGA 4R34A 1LBFA 2HS6A 3W86A 4HN4A 4LS1A 2VFIA 4RK8A 1OX5A 2A0NA 2Y89A 3GZ3A 2GVGA 3W1MA 1TO3A 3DFPA 2CLIA 1CW2A 4GXMA 1KM6A 3TX9A 2Z1BA 1K8XA 4NNAA 1JCXA 5F2MA 4UFMA 2V82A 5D05A 2WNNA 2WPBA 1DL3A 3UY8A 3C4UA 1AL8A 3G1VA 5EYWA 3HGJA 1PCKA 3TW6A 2V2CA 2W0UA 3OEXA 1YPFA 4YXGA 3CIWA 4I9AA 4N6FA 2E6AA 4Z1CA 2A7NA 3TK7A 5FF0A 2G96A 1UBSA 1EP2A 2RDTA 1I2PA 1KFKA 4POCA 1OFRA 1NF7A 4RJEA 3EX1A 3G8EA 4JY9A 3W7DA 4O1AA 4RZ5A 3HMJG 3L5AA 1ML1A 5HULA 1GG0A 1OFDA 3PC0A 3UY7A 1CX9A 3TAKA 3BGJA 4EF9A 3HGSA 2A85A 4UNKA 3NEVA 3OIXA 3G8RA 3EX2A 1TPFA 1MZHA 3OHIA 4O15A 4O11A 1XKYA 1OVDA 2GVLA 4PA8A 2TYSA 3EKLA 3R8RA 4AHQA 4GJ1A 5D2YA 2JBMA 3UWYA 4ZQNA 1RV8A 5DCEA 2HMCA 4QM1A 3FA5A 1FCBA 4Z1BA 1N55A 2Y62A 3QW3A 4JD4A 2ZFAA 2I1OA 1H7NA 1MEWA 3TJLA 3TQKA 5CPOA 4A29A 5G5IA 1KFJA 2EF9A 3P8IA 5G1YA 3CWNA 1LORA 3M5XA 3LOTA 3LCLA 3TXZA 3O6YX 1JQXA 1KW1A 4ML9A 1EWEA 2ZRVA 2ZZ4A 3P62A 1X1ZA 2QCFA 3S5ZA 4MZYA 1B3OA 3F4WA 5D2XA 3NM1A 1OX4A 3W7HA 1UJPA 5IM51 3ZWSA 2ATMA 1H7XA 1B4KA 3W1LA 5LNUA 3ABRA 1EX5A 3CQ0A 4O1DA 1VYSX 3CT7A 2Y61A 3ZR4A 3MI2A 2NX1A 3S42A 3R13A 4DO5A 3N9RA 3SI9A 3LGEA 2CLEA 4FF7A 3H54A 1JCYA 3LX9A 1W5MA 2WV8A 4M5PA 4RR4A 3SGUA 1LOLA 1JCNA 2E6YA 1R46A 2CU0A 4FNSA 4O1CA 1TSIA 2J6XA 4X22A 3V75A 4QJ1A 4JIPA 2YYUA 4A22A 3LERA 3VKJA 1OK4A 1HG3A 2FLIA 3PR2A 3SFKA 1S3HA 1I2QA 2V5LA 3MP5A 1TPUA 4GUGA 4O17A 3OVQA 2DZTA 3I7QA 5D04C 2WSRA 4QISA 4LRTA 3FFSA 4O1BA 1OFOA 3H53A 2A7PA 4K6AA 2Q8ZA 4N4PA 3VFLA 4XBSA 3W7EA 3DENA 4PODA 4JTIA 2E6FA 2QDHA 1TV5A 4JEQA 4MZ8A 3L5MA 4HHPA 3DFTA 1XFBA 1NFBA 3GDTA 3C56A 2B7NA 4LNYA 2VXNA 5F2LA 2C14A 3KRSA 1QMLA 4JYFA 4UXDA 1DJNA 1PHWA 2BLEA 1FXQA 1EUAA 3LHVA 3P82A 4PC8A 2PURA 2E6DA 2OX1A 3SZ8A 1M5WA 1RD5A 4O4WA 2ZRZA 3G0SA 1A5BA 1Z41A 1LRNA 1OF8A 3NQFA 5C6MA 1JCLA 4M6VA 1TMHA 4LUJA 3HG4A 3M16A 4IGHA 2X30A 1OF6A 3B0VC 3GDRA 4MFEA 2CW6A 2Y88A 4MOZA 4ZVJA 4JTEA 3BW2A 4AAJA 3QPZA 4CNPA 1W5PA 1SUXA 5FEXA 1Q6LA 3LCXA 3P81A 4O0ZA 3G1DA 5I3HA 2DP3A 4K8HA 4W9TA 1IF2A 4E38A 2A4AA 4JS3A 1D3GA 4PEKA 3LCFA 2DJXA 3EWZA 1AW2A 3MP3A 2E77A 2Y7FA 3G1AA 4CNNA 1T8XA 3T44A 3UQNA 2Q8LA 3OVRA 5KSWA 4U28A 2GVJA 1VRDA 1PIIA 1H7PA 4EVZA 5FF3A 3FKKA 4UTMA 3UWZA 3B03A 1TREA 3S5OA 4Y96A 2C1HA 5E0KA 1M7PA 3IIPA 1EP3A 1FWSA 3E9AA 3M41A 3WFAA 1H51A 5HMSA 3WJYA 3FEMA 4MKNA 4HNUA 1KA9F 2VFDA 3UXDA 3YPIA 3LCHA 2CLLA 3F03K 5AHMA 2B4GA 3RMJA 3PG8A 1OFQA 3LDVA 3EXTA 5CZTA 4UTKA 2NWSA 4WY0F 3QEZA 2CZFA 4AB4A 5LHEA 3NM3A 1FCUA 3STGA 3ZFHA 3QSTA 1IXQA 5AOUA 1X7FA 3MBDA 3W1TA 1JUKA 1ME8A 2R91A 4ZZ9A 4FO4A 3NL2A 3W7JA 3BW4A 2TRSA 4IUOA 4TMCA 4BI5A 2YYTA 3S1WA 5LNWA 1L6WA 3EX4A 5IBXA 1L6YA 1XBYA 4UFKA 1KBIA 3P8JA 4K38A 3P5YA 4DF1A 5AYZA 4OV4A 1HO1A 1XBXA 2FQIA 3UYCA 2YX0A 3O8AA 4X2RA 1WYIA 1KM0A 1GZGA 5G4EA 2ZCGA 1B4EA 4E2DA 3PB0A 5DCDA 2DORA 1W56A 1AMKA 2RH9A 3QMSA 3O1NA 4Z1DA 4WX2A 1AW1A 4GFSA 2W79A 5HJLA 4ZQOA 2ZYFA 2QCGA 1S5VA 3CU2A 1X1OA 4AHPA 4PL2A 3NQ8A 5D2WA 3WJXA 1PVNA 1K7XA 1YYAA 3GNNA 3I6RA 4A2SA 5C55A 3HGOA 3ABQA 4M7SA 4P2VA 5F4XA 1JUEA 1LLZA 5CPNA 4IWWA 4OT7A 2FPVA 1LBMA 3WK1A 5HWMA 3CM4A 4FEZA 2VOMA 2Y7GA 3TIMA 1ZAJA 2VELA 3PS7A 1F74A 1EEPA 4NXKA 3IVSA 3THAA 3NQ7A 3CC1A 4HNTA 1WX0A 3LI0A 2PE4A 4O57A 3PSVA 1QPNA 3LTYA 3NNTA 1KLZA 1I8JA 3TQ0A 1RZMA 2ABAA 3W2LA 3EXRA 4UFHA 2J27A 4LTSA 3UWVA 1LTDA 3GDMA 5D38A 5K9XA 5KZEA 4WY0A 1SW3A 1X8FA 3HJZA 3LTSA 4O10A 3LHWA 3MP4A 1K3UA 4WXYA 6ALDA 4ZMGA 1O60A 3MW7A 3BG3A 4KFPA 4HPXA 1H7WA 5AHEA 1FX6A 5LZLA 5AFDA 4N2YA 1A50A 4UCGA 4JTFA 3C52A 4HNVA 2FPTA 1K7EA 1OFBA 4UC5A 1UUMA 3A23A 1VCVA 3G3DA 3TU9A 2VKZG 1FXPA 3B0PA 1ALDA 1SPQA 2YFOA 2PRHA 2WNZA 2WKJA 4ONVA 1SZNA 4PCFA 2P0OA 3Q58A 4ORMA 2YDAA 1G4TA 3O05A 5AC6A 2NUWA 4QIUA 1G67A 5LNRA 4B5NA 2GJNA 3A5VA 2CFFA 2ZA3A 1TTIA 2Y63A 1GYLA 2R8WA 1M6JA 1RQEA 1DHPA 1TRDA 2QCNA 2FJKA 1SZEA 2ZZ2A 1IXNA 3M1ZA 5H91A 4OBTA 1G4PA 1SFJA 2O7QA 3TDFA 1JQVA 4MJZA 3VE7A 4DO4A 1SFLA 1LOSA 2YZRA 3T4CA 2QCEA 2E1DA 1L2UA 4DBDA 3CTLA 2GQ8A 3W87A 1SR9A 4IXXA 4NX0A 4YWIA 1LLWA 3T7VA 3WK0A 3GXTA 4X9SA 2QCMA 1G69A 3NDOA 1PV8A 1FBAA 4UFLA 1IXPA 1G7UA 5A8GA 3DKJA 3LXBA 1TPH1 3G0XA 4LVBA 2YSWA 1RR2A 3R5EA 5KITA 2DZSA 1Z44A 4HIBA 4NJKA 1LP6A 3HO8A 1HTIA 5F2IA 4ADTA 2GQ9A 2QJGA 1O5KA 3IIXA 3SIZA 3STEA 3Q94A 4JDBA 3S1UA 2FFCA 1GOXA 4FX6M 1GQNA 3S1VA 1W0MA 1DBTA 3RLVA 3G1HA 3A21A 2QCDB 1H63A 4HSOA 2ISSA 1ICPA 4Y8FA 1OX4B 3DAQA 4GE8A 3TFXA 2G5WA 4O54A 3MWAA 3AO0A 4QITA 2R14A 3LV5A 4K7VA 1YTEA 3NQ2A 3KVJA 1DORA 2Y85A 1TRIA 5D33A 1U5JA 4XQ6A 3VE9A 1EPXA 1KV5A 1OX6A 3L21A 3NQAA 4O13A 3QMRA 3F1QA 4G1KA 3TC7A 5DBUA 3FYOA 4RZ6A 3TJXA 5CZSA 1P0KA 1NVMA 4Q33A 3O07A 4O53A 4MYXA 4M7TA 4AWTA 4AF0B 3HGRA 2A6NA 1ICSA 2D73A 4JTKA 3M7WA 4XTDA 2GPTA 2H8ZA 1LRQA 2WOQA 3RK8A 4UFJA 5T26A 3RNDA 5HR6A 2C19A 4O18A 3TMLA 3W2KA 3R2GA 3GIYA 2E5DA 2HSAA 1OYAA 1SO5A 4GUHA 2JGYA 1JCMP 3QM3A 5CZJA 1FUYA 4MJMA 3NQDA 3SJ3A 1LRTA 1HL2A 5FF7A 2BWGA 3HPXA 3HPSA 3P7YA 1PS9A 2E68A 2OJPA 4S2CA 1TIMA 4C1LA 4LUIA 4NZFA 3KAOA 1VS1A 4DF0A 2X1TA 2NX3A 3P84A 5EKYA 3BARA 3IRDA 3O6DA 3NR0A 3CWOX 2RFGA 3IEBA 4OV9A 3JR2A 5EY5A 4IOTA 3GXNA 5D2VA 4M6QA 1DV7A 3KVMA 3DZ1A 5I3GA 4N9DA 4TX9A 5AB3A 2P1FA 1YXCA 2ALDA 5F4SA 3W6YA 3B04A 3DHDA 1W31A 4ADUA 2FDSA 1FWTA 3C2OA 3Q2DA 2CZEA 3MMTA 3SGZA 1F73A 3S6DA 3D0CA 3UPWA 1T96A 5CGQA 3GAKA 5AYYA 4XKYA 3W73A 4NJHA 2CWNA 4NJJA 3TA6A 1F05A 2VC6A 4LVDA 5EBUA 5G2HA 1OK6A 1YDOA 5DCBA 2J9YA 1XL9A 1YDVA 4K39A 4ALDA 4CNOA 1QFEA 1OFEA 2WO5A 3NQ6A 1DQWA 1GYNA 1I2OA 1F7BA 5AHNA 1Y0EA 3W3OA 3DGRA 3UWUA 1K02A 1KTCA 3LRMA 1C8VA 3LLFA 3QZEA 2ZZ1A 3TSBA 1IIHA 4RLIA 1X6UA 1ZHAA 5TBOA 1YTKA 3UWWA 3W1UA 5FEWA 1XI3A 2JK2A 4HSNA 3NQCA 1R2RA 1U83A 1YLVA 3W85A 4QSHA 3GK0A 2C16A 4CQ9A 3ELFA 1H7OA 3SSJA 3M44A 4O50A 3M6YA 5BMXA 3TKFA 3W22A 2ISVA 3TE9A 3W23A 3L0NA 4J9JA 3DHFA 4NJIA 3W7LA 3G3MA 4YCPA 4LVFA 2YCEA 5D03A 4WJEA 5TIMA 5HWJA 4BI7A 1XDMA 4DF2A 3W7KA 4ZQMA 3O6CA 2X16A 3GB6A 3NQVA 3TSDA 1JR1A 4KKXA 4O52A 1RQBA 2V0TA 2QEZA 2GQAA 2Z0IA 2FTPA 2UV8G 3LBMA 1DKWA 1VR6A 1CI1A 1EUNA 1O94A 4RV8A 3P5ZA 1R2SA 4ORIA 3G24A 1XM3A 2E09A 3EB2A 5J5DA 2OCZA 4A21A 3C8FA 4RCXA 1XUUA 4MY1A 4K8EA 2Q3RA 5CSSA 4JDYA 3P74A 5C5YA 3I7RA 4BK9A 2CLOA 3DFNA 4UMCA 3L66A 1ZY9A 4LV4A 2E5BA 4GUFA 1VH7A 1R30A 1R47A 1QO2A 5FEZA 1HUVA 1T99A 3N2XA 3PUEA 3W1NA 2F84A 4DO6A 2NUXA 3B4UA 4IPJA 4OGZA 2A21A 3GKFA 1F2JA 2E5CA 3HF3A 2WJZA 3S1XA 4HPJA 2QUTA 1DQXA 4NVTA 2C3ZA 3AJXA 5BMWA 3JS3A 5K9CA 4RX0A 4LRSA 1VZWA 3EWUA 4CCEA 4PH6A 4I7VA 4M6PA 5LGXA 5K4ZA 2H90A 3GLCA 5EA9A 1WQ5A 3QF0A 2H3BA 2VEMA 2Y7DA 3OVPA 3W84A 2DZWA 3GX9A 2OT1A 4UIOA 1KLYA 3ZWTA 4IXHA 3W7RA 2ZBTA 2QUVA 1N7KA 5J5RA 3ABSA 1R2TA 4MLJA 4A3UA 1QOPA 1VLIA 3IGSA 5DLCA 3BK0A 3VNDA 2DZUA 5L6UA 4DPPA 5LSMA 1OHLA 3QC3A 3THQA 1ZNNA 4NU7A 2ZDRA 2C18A 1ONRA 3GR7A 1K8YA 1XDLA 1PL9A 5DXXA 4OQVA 4PTNA 3DBPA 2RDUA 2FB2A 4JTLA 4N6EA 3ATZA 4RXFA 1QCWA 1F5ZA 4FX7A 1XBVA 1GVSA 1MEIA 3CHVA 4WXZA 4I7WA 2EGZA 3OG3A 2C15A 3TMQA 1DOSA 4GRSA 4AVFA 3LCIA 1EP1A 3BV4A 1H62A 4XUGA 4GUIA 3TFCA 3MBFA 1WOBA 1IIGA 3TC6A 2ZTJA 3W1PA 2Z2UA 4N9BA 3A24A 3W88A 1YTDA 1EA0A 4L4MA 3QMTA 3MI3A 1HFBA 3ABOA 4TR9A 3W2MA 1KBJA 4UUIA 3DI1A 3FJ6A 1G4EA 5HNRA 5U7SA 1OG0A 1JRCA 2A1YA 1LCOA 1I2RA 3QPYA 4M19A 4RXGA 1QOQA 4NXSA 5D37A 3KOFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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